gephi使用交流

输入数据
• 自行输入结点和连边
• 从文本文件导入：需在首行输入标签，字段间的分隔符可为逗号、分号、tab、空格。
结点标签 标签说明 备注
连边标签
Source Target 起点 终点 网络类型 （Directed/Undirected） 边权重 向
标签说明
必需 必需
备注
Id Label
自定义• • • • • 显示结点标签 显示连边 连边赋以source结点的颜色 显示连边标签 调节连边权重 大小策略：fixed，scaled，Node size 颜色策略：unique，object 字体 字体大小调节器 默认颜色 结点和连边的标签内容：id、label等
插件库
• 类似于eclipse/netbeans的插件市场
• GeoLayout：可输入经纬度数据 • MapOfCountries：国家地图
• 更多：https:///
示例：创建Http Graph
• File-Generate-HTTP Graph • 然后在浏览器中设置浏览器代理为127.0.0.1:8088
功能细节
• 可交互：选择指定的结点/边； • 计算基本指标：度、网络直径、hits、pr、模块度、连通组件、聚类系数、特征向量
中心性、平均路径长度；
• 分割：分割结点/边，赋以不同颜色； • 排序：排序结点/边，赋以不同的颜色/大小/标签颜色/标签大小； • 多种布局方式：考虑结点间的引力和斥力； • 过滤：可定义多个过滤器（Operators），选择特定的结点/边（Attributes/Edges），选择
可空 可空
Type
可空，默认为有
Weight
自定义….
可空，默认为1
• 生成随机图：gephi自带功能，可指定节点数，连边概率 • 打开其它格式文件：.dl .dot .gv .gdf .gexf .gml • 从数据库导入 • 实时网页浏览记录
• 导入邮箱数据：导入本地eml文件，或配置接收服务器类型自动下载
功能区
• 左侧：
• • • • • • • • • • • • • • • • • • 全屏显示 选择：选择指定结点； 框选：可用于组合（Group）； 拖拽：拖拽结点的位置； 颜色调节器：点选结点，改变结点颜色； 大小调节器：点选结点，同时上下移动； 颜色调节器2：点选结点，改变结点及最近邻居的颜色； 添加结点：点击即增加结点； 添加连边：点选source和target即增加连边； 最短路径：点选source和target，显示最短路径； 热度图：点选结点，按距离显示邻居结点的颜色； 结点编辑：编辑结点属性； 居中显示 重置结点和连边颜色 重置结点大小 重置标签颜色 重置标签可见性 重置标签大小
符合特定拓扑逻辑的子网（Topology）；导出到新的工作区（workspace）
• 组合(Group)：选择特定的结点，右键选Group； • 含时变化：
预览导出
• Nodes： • Node labels：显示结点标签 • Edges：显示边，调节边权重 • Edge labels： • 导出：.svg，.pdf，.png • 调节背景颜色
其它可视化软件
• Excel、Origin • Graphviz、Networkx（Python的第三方库） • Gephi（复杂网络可视化，免费）、Tableau（可视化数据分析软 件，收费，无破解）、TillMill（地图制图可视化） • Cytoscape、Igraph、Pajek、Snap、Nodexl • Orange Canvas（可视化的数据挖掘工具）、weka
安装
• 可用在Windows、Linux、Mac上 • 需要jre或者jdk环境（jdk<=1.7）
手动配置方法：在C:\Program Files (x86)\Gephi-0.8.2\etc\gephi.conf 中添加jdkhome=“/path/to/jdk”， 譬如我的是jdkhome="D:\Program Files\Java\jre7"
Gephi使用交流
@uestc黄盼华 互联网科学中心 2014年10月25日星期六
概要
1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 简介 安装 输入数据 功能细节 预览导出 功能区 插件库 示例 其它可视化软件
简介
• 开源的网络可视化平台
• 用途：探索性的数据分析，链接分析，社交网络分析，生物学网分析 • 功能：组合，多种布局方式，可交互，分割，排序，基本指标，含时变化，过滤 • 限制：10万个结点（数据存储在内存中），稳定性， • 中文视频教程： https:///gephi • Gephi.mp4 或优酷在线 或YouTube