NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

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图解blast验证引物教程

图解blast验证引物教程1、进入网页：/BLAST/2、点击Search for short, nearly exact matches3、在search栏中输入引物系列：注：文献报道ABCG2的引物为5’-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-3’;5’-TGCCCATCACAACATCATCT-3’（1）输入方法可先输入上游引物，进行blast程序，同样方法在进行下游引物的blast程序。

这种方法叫繁琐，而且在结果分析特异性时要看能与上游引物的匹配的系列，还要看与下游引物匹配的系列——之后看两者的交叉。

（2）简便的做法是同时输入上下游引物：有以下两种方法。

输入上下游引物系列都从5’——3’。

A、输入上游引物空格输入下游引物B、输入上游引物回车输入下游引物4、在options for advanced blasting中：select from 栏通过菜单选择Homo sapiens【ORGN】Expect后面的数字改为105、在format中：select from 栏通过菜单选择Homo sapiens【ORGN】Expect后面的数字填上0 106、点击网页中最下面的“BLAST！”7、出现新的网页，点击Format！果。

（1）图形格式：图中①代表这些序列与上游引物匹配、并与下游引物互补的得分值都位于40～50分图中②代表这些序列与上游引物匹配的得分值位于40～50分，而与下游引物不互补图中③代表这些序列与下游引物互补的得分值小于40分，而与上游引物不匹配通过点击相应的bar可以得到匹配情况的详细信息。

（2）结果信息概要：从左到右分别为：A、数据库系列的身份证：点击之后可以获得该序列的信息B、系列的简单描述C、高比值片段对（high-scoring segment pairs, HSP)的字符得分。

按照得分的高低由大到小排列。

得分的计算公式＝匹配的碱基×2＋0.1。

举例：如果有20个碱基匹配，则其得分为40.1。

Blast分析报告

Blast分析报告引言Blast（Basic Local Alignment Search Tool）是一种常用的生物信息学工具，用于比对和比较生物序列。

本报告旨在分析和解释Blast结果，帮助读者理解序列的相似性和演化关系。

方法为了进行Blast分析，首先需要准备两个序列：查询序列和参考序列。

查询序列是我们要研究的序列，而参考序列是已知的序列。

Blast会将查询序列与参考序列进行比对，并计算序列之间的相似性。

在本次分析中，我们使用了NCBI（National Center for Biotechnology Information）提供的在线Blast工具。

具体的分析步骤如下：1.登录NCBI网站并进入Blast页面。

2.将查询序列输入到指定的文本框中。

3.选择参考序列数据库。

4.点击“运行Blast”按钮，等待分析结果。

结果经过Blast分析，我们获得了以下结果：1.序列相似性分析：Blast会将查询序列与参考序列进行比对，并计算序列之间的相似性。

结果以百分比的形式表示相似度。

较高的相似度表明序列之间有较高的共同点。

2.演化关系分析：Blast还可以帮助我们了解序列之间的演化关系。

通过比较序列中的保守区域和变异区域，我们可以推断序列的起源和演化路径。

讨论根据Blast分析结果，我们可以得出以下结论：1.查询序列与参考序列的相似性较高。

根据相似性百分比可以判断两个序列之间的关系，例如亲缘关系或功能相似性。

2.查询序列可能与参考序列在演化上存在一定的共同点。

通过比较序列中的保守区域和变异区域，我们可以推断序列的起源和演化路径。

3.查询序列与参考序列之间的差异可能与物种间的差异相关。

通过进一步的分析，可以探究这些差异对生物体功能的影响。

结论本次Blast分析报告旨在帮助读者理解序列的相似性和演化关系。

通过Blast工具，我们可以快速准确地比对和比较生物序列。

通过对结果的分析，我们可以推断序列的起源和演化路径，并进一步探究序列间的差异对生物体功能的影响。

在线blast的用法总结

Blast（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。

BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。

BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列NCBI的在线blast：本文详细出处参考：475/举例一：核酸序列的比对1，进入在线blast界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。

不同的blast程序上面已经有了介绍。

这里以常用的核酸库作为例子。

（补充介绍下：1、BLASTN【 nucleotide blast】是核酸序列到核酸库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。

2、BLASTP【protein blast】是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。

3、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。

先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。

4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。

与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。

5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。

此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。

）2，粘贴fasta格式的序列。

选择一个要比对的数据库。

关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。

一般的话参数默认。

3，blast参数的设置。

注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。

筛选的标准。

最后会说明一下。

4，注意一下你输入的序列长度。

注意一下比对的数据库的说明。

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

NCBI正在线BLAST使用要领与截止详解之阳早格格创做BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套正在蛋黑量数据库或者DNA数据库中举止相似性比较的分解工具.BLAST步调能赶快与公启数据库举止相似性序列比较.BLAST截止中的得分是对于一种对于相似性的统计证明.BLAST 采与一种局部的算法赢得二个序列中具备相似性的序列.Blast中时常使用的步调介绍：1、BLASTP是蛋黑序列到蛋黑库中的一种查询.库中存留的每条已知序列将逐一天共每条所查序列做一对于一的序列比对于.2、BLASTX是核酸序列到蛋黑库中的一种查询.先将核酸序列翻译成蛋黑序列（一条核酸序列会被翻译成大概的六条蛋黑），再对于每一条做一对于一的蛋黑序列比对于.3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询.库中存留的每条已知序列皆将共所查序列做一对于一天核酸序列比对于.4、TBLASTN是蛋黑序列到核酸库中的一种查询.与BLASTX差异，它是将库中的核酸序列翻译成蛋黑序列，再共所查序列做蛋黑与蛋黑的比对于.5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询.此种查询将库中的核酸序列战所查的核酸序列皆翻译成蛋黑（每条核酸序列会爆收6条大概的蛋黑序列），那样屡屡比对于会爆收36种比对于阵列.底下是简直支配要领1，加进正在线BLAST界里，不妨采用blast特定的物种（如人，小鼠，火稻等），也不妨采用blast所有的核酸或者蛋黑序列.分歧的blast步调上头已经有了介绍.那里以时常使用的核酸库动做例子.2，粘揭fasta要领的序列.采用一个要比对于的数据库.闭于数据库的证明请瞅NCBI正在线blast数据库的简要证明.普遍的话参数默认.3，blast参数的树立.注意隐现的最大的截止数跟E值，E值是比较要害的.筛选的尺度.末尾会证明一下.4，注意一下您输进的序列少度.注意一下比对于的数据库的证明.5，blast截止的图形隐现.出啥佳道的.6，blast截止的形貌天区.注意分值与E值.分值越大越靠前了，E值越小也是那样.7，blast截止的仔细比对于截止.注意比对于到的序列少度.评介一个blast截止的尺度主要有三项，E值（Expect)，普遍性(Identities)，缺得或者拔出（Gaps）.加上少度的话，便有四个尺度了.如图中隐现，比对于到的序列少度为1405，瞅Identities那一值，才匹配到1344bp,而输进的序列少度也是为1344bp（瞅上头的图），便证明比对于到的序列要少一面.由Qurey（起初1）战Sbjct(起初35)的起初位子可知，5'端是是多了一段的.偶尔也要注意3'端的.附：E值（Expect)：表示随机匹配的大概性，E值越大，随机匹配的大概性也越大.E值交近整或者为整时，具原上便是实足匹配了.普遍性(Identities)：或者相似性.匹配上的碱基数占总序列少的百分数.缺得或者拔出（Gaps）：拔出或者缺得.用"—"去表示.。

NCBI网站BLAST使用方法介绍完整版

息学方法
BLAST
宿主菌
细胞转化
几周的时间蛋白质分离纯化及性质测定
Gene family Or
Protein Family
几分钟的时间
Function annotation

BLAST
Web Access
Text
Wang LS, Gao PJ, cellulase,et al.
? RPS BLAST
– searches a database of PSSMs – tool for conserved domain searches
Basic Local Alignment Search Tool
? Widely used similarity search tool
? Heuristic approach based on
ACATGGACCCT ...
Protein Words
Query : GTQITVEDLFYNIATRRKALKN
WGoTrdQsize = 3 (default)
TQI
Word size can only be 2 or 3
Make a lookup table of words
QIT ITV
Basic Local Alignment Search Tool
?Why use sequence similarity? ?BLAST algorithm ?BLAST statistics ?BLAST output ?Examples
Why Do We Need Sequence Similarity Searching?
11-mer
GTACTGGACAT
WORD SIZE

NCBI—blast和PDB的使用和介绍

原来是蛋白质，就可以直接用 protein blast
可以输入序列号或FASTA序列接受默认参数，点击开始搜索
腺苷脱氨酶
分子类型：氨基酸序列长度：352
已经发现潜在的同源性的领域, 请点击图像下面的详细结果
P03958的保守序列展示特征序列
其他资源的链接说明目标序列描述部分
ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
返回
返回
http://www.ncbi.nlm.n·/BLAS T/ 2.根据数据类型，选择合适的程序 3.填写表单信息 4.提交任务 5.查看和分析结果
在此输入P03958
Result counts displayed in gray indicate one or more terms not found
腺嘌呤核苷/AMP脱酰氨基酶
生物过程
细胞成分
谢谢！
PDB的介绍与运用
研究生物大分子的资源
11个结构 6个引证9个配体 2个网页
显示或下载的形式
综合报告
digital object 2价锌离子能稳定鼠 identifier：数字对科腺甙脱氨酶的结构
象标识
酶的分类编片段号
分类：水解酶
类型：多肽
化学配合基成分
外部域注释
聚合物
脱氨酶分子功能
NCBI-BLAST 和PDB 的使用和介绍
常用的BLAST工具
核库蛋核质酸中白蛋蛋酸数翻的质白白序据译核-质质蛋列库成酸序序核白翻中蛋译列列苷质译的白成比-酸核序成序质的对-酸列蛋列核序蛋数比白比苷列白据对质对酸质-核库序序序酸翻列列列数译-比蛋比据后对白对的
BLAST的搜索步骤
1.登陆blast主页

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

N C B I在线B L A S T使用方法与结果详解BLAST Basic Local Alignment Search Tool是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具;BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较;BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明;BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列;Blast中常用的程序介绍：1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询;库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对;2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询;先将核酸序列翻译成蛋白序列一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白,再对每一条作一对一的蛋白序列比对;3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询;库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对;4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询;与BLASTX相反,它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列,再同所查序列作蛋白与蛋白的比对;5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询;此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列,这样每次比对会产生36种比对阵列;NCBI的在线BLAST：下面是具体操作方法1,进入在线BLAST界面,可以选择blast特定的物种如人,小鼠,水稻等,也可以选择blast 所有的核酸或蛋白序列;不同的blast程序上面已经有了介绍;这里以常用的核酸库作为例子;2,粘贴fasta格式的序列;选择一个要比对的数据库;关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明;一般的话参数默认;3,blast参数的设置;注意显示的最大的结果数跟E值,E值是比较重要的;筛选的标准;最后会说明一下;4,注意一下你输入的序列长度;注意一下比对的数据库的说明;5,blast结果的图形显示;没啥好说的;6,blast结果的描述区域;注意分值与E值;分值越大越靠前了,E值越小也是这样;7,blast结果的详细比对结果;注意比对到的序列长度;评价一个blast结果的标准主要有三项,E值Expect,一致性Identities,缺失或插入Gaps;加上长度的话,就有四个标准了;如图中显示,比对到的序列长度为1405,看Identities这一值,才匹配到1344bp,而输入的序列长度也是为1344bp看上面的图,就说明比对到的序列要长一点;由Qurey起始1和Sbjct起始35的起始位置可知,5'端是是多了一段的;有时也要注意3'端的;附：E值Expect：表示随机匹配的可能性,E值越大,随机匹配的可能性也越大;E值接近零或为零时,具本上就是完全匹配了;一致性Identities：或相似性;匹配上的碱基数占总序列长的百分数;缺失或插入Gaps：插入或缺失;用"—"来表示;。

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CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCC
Human genome statistics CCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC
21
Seq1: 1 W--HERE 5 W HERE
Seq2: 3 WASHERE 9
Local
Seq1: 1 W--HERE 5 W HERE
Seq2: 15 WISHERE 21
The Flavors of BLAST
? Standard BLAST
– traditional “contiguous” word hit – position independent scoring – nucleotide, protein and translations (blastn, blastp,
AACCCTAACCCTAACCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAAACCCTAAACCCTAACCCTAACCCTAACC ACCCTAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCTAACCCCTAACCCTAACCCTA CTACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAACC ACCCTAACCCTAACCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTCGCGGTACCCTCAGCCGGC CCCGCCCGGGTCTGACCTGAGGAGAACTGTGCTCCGCCTTCAGAGTACCACCGAAATCTGTGCAGAG AACGCAGCTCCGCCCTCGCGGTGCTCTCCGGGTCTGTGCTGAGGAGAACGCAACTCCGCCGGCGCAG CAGAGAGGCGCGCCGCGCCGGCGCAGGCGCAGACACATGCTAGCGCGTCGGGGTGGAGGCGTGGCGC CGCAGAGAGGCGCGCCGCGCCGGCGCAGGCGCAGAGACACATGCTACCGCGTCCAGGGGTGGAGGCG CGCAGGCGCAGAGAGGCGCACCGCGCCGGCGCAGGCGCAGAGACACATGCTAGCGCGTCCAGGGGTG GCGTGGCGCAGGCGCAGAGACGCAAGCCTACGGGCGGGGGTTGGGGGGGCGTGTGTTGCAGGAGCAA CGCACGGCGCCGGGCTGGGGCGGGGGGAGGGTGGCGCCGTGCACGCGCAGAAACTCACGTCACGGTG CGGCGCAGAGACGGGTAGAACCTCAGTAATCCGAAAAGCCGGGATCGACCGCCCCTTGCTTGCAGCC CACTACAGGACCCGCTTGCTCACGGTGCTGTGCCAGGGCGCCCCCTGCTGGCGACTAGGGCAACTGC GCTCTCTTGCTTAGAGTGGTGGCCAGCGCCCCCTGCTGGCGCCGGGGCACTGCAGGGCCCTCTTGCT TGTATAGTGGTGGCACGCCGCCTGCTGGCAGCTAGGGACATTGCAGGGTCCTCTTGCTCAAGGTGTA GCAGCACGCCCACCTGCTGGCAGCTGGGGACACTGCCGGGCCCTCTTGCTCCAACAGTACTGGCGGA TAGGGAAACACCCGGAGCATATGCTGTTTGGTCTCAGTAGACTCCTAAATATGGGATTCCTGGGTTT AGTAAAAAATAAATATGTTTAATTTGTGAACTGATTACCATCAGAATTGTACTGTTCTGTATCCCAC CAATGTCTAGGAATGCCTGTTTCTCCACAAAGTGTTTACTTTTGGATTTTTGCCAGTCTAACAGGTG CCCTGGAGATTCTTATTAGTGATTTGGGCTGGGGCCTGGCCATGTGTATTTTTTTAAATTTCCACTG ATTTTGCTGCATGGCCGGTGTTGAGAATGACTGCGCAAATTTGCCGGATTTCCTTTGCTGTTCCTGC TAGTTTAAACGAGATTGCCAGCACCGGGTATCATTCACCATTTTTCTTTTCGTTAACTTGCCGTCAG

科研实验中的生物信息学工具使用教程

科研实验中的生物信息学工具使用教程生物信息学是将数学、统计学和计算机科学应用于生物学研究的交叉学科。

在现代科研中，生物信息学工具已经成为了生物学实验和研究的重要组成部分。

本文将介绍几种常用的生物信息学工具，并提供详细的使用教程。

1. BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）BLAST是生物信息学领域中最常见的工具之一，用于在数据库中快速比较DNA或蛋白质序列的相似性。

以下是使用BLAST进行基本比对的步骤：（1）打开NCBI网站，并进入BLAST页面。

（2）选择“nucleotide”或“protein”，取决于你要比对的序列类型。

（3）复制粘贴或上传你要比对的序列。

（4）选择合适的数据库进行搜索，如“nr”（非冗余数据库）。

（5）点击“BLAST”按钮，等待搜索结果。

BLAST会为你提供一个比对报告，其中包含了与你的查询序列相似的序列列表。

2. EMBOSS（European Molecular Biology Open Software Suite）EMBOSS是一个开源的生物信息学软件包，提供了一系列用于序列分析和比对的工具。

以下是使用EMBOSS进行序列分析的步骤：（1）打开EMBOSS软件（可以下载并安装在你的计算机上）。

（2）选择合适的工具，如“water”（Smith-Waterman比对算法）。

（3）输入查询序列和数据库序列。

（4）设置相关参数，如匹配分数和距离惩罚。

（5）点击“Run”按钮，等待分析结果。

EMBOSS将为你提供一个比对报告，并给出一些统计数据，如匹配分数和最佳比对。

3. R/BioconductorR是一种统计软件和编程语言，Bioconductor是R语言的一个生物信息学扩展包，提供了丰富的生物信息学工具和分析方法。

以下是使用R/Bioconductor进行基因表达分析的步骤：（1）打开R软件并加载Bioconductor包。

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解NCBI在线BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种广泛使用的生物信息学工具，用于比对和分析DNA、RNA或蛋白质序列。

它可以对已知和未知序列进行，找到与查询序列相似的序列，并提供有关相似性和功能的信息。

使用NCBI在线BLAST可以分为四个主要步骤：选择BLAST程序，输入查询序列，选择目标数据库，解析和分析结果。

第一步：选择BLAST程序NCBI提供了多种BLAST程序可供选择，包括BLASTN（DNA对DNA的比对）、BLASTP（蛋白质对蛋白质的比对）、BLASTX（DNA对蛋白质的比对）等。

根据实际需求选择相应的BLAST程序。

第二步：输入查询序列在查询序列的文本框中输入待比对的序列。

可以输入单个序列，也可以上传包含多个序列的文件。

如果输入的序列是DNA或RNA序列，需要选择相应的序列类型。

此外，还可以选择是否使用掩码序列或低复杂性筛选来优化比对结果。

第三步：选择目标数据库用户可以选择目标数据库来与查询序列相似的序列。

NCBI提供了多个常用的数据库，如nr（非冗余蛋白质数据库）、nt（核酸数据库）等。

此外，还可以选择特定的物种数据库来限制比对范围。

第四步：解析和分析结果在BLAST运行完成后，会生成一个结果页面，其中包含了比对结果的详细信息。

结果页面包括比对统计信息、序列比对图、E值、分数等。

通过分析这些信息，可以了解查询序列与目标数据库中的序列之间的相似性和可能的功能。

此外，NCBI在线BLAST还提供了一些高级选项，例如使用特定的算法或参数来进行比对、设置比对阈值、选择比对输出格式等。

这些选项可以根据实际需求进行调整。

总结起来，使用NCBI在线BLAST可以通过选择BLAST程序、输入查询序列、选择目标数据库以及解析和分析结果来比对和分析序列。

通过权衡算法和参数选择，在特定数据库中找到与查询序列相似的序列，从而获得有关其相似性和功能的信息。

(完整)NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

(完整)NCBI在线BLAST使用方法与结果详解编辑整理：尊敬的读者朋友们：这里是精品文档编辑中心，本文档内容是由我和我的同事精心编辑整理后发布的，发布之前我们对文中内容进行仔细校对，但是难免会有疏漏的地方，但是任然希望（(完整)NCBI在线BLAST使用方法与结果详解）的内容能够给您的工作和学习带来便利。

同时也真诚的希望收到您的建议和反馈，这将是我们进步的源泉，前进的动力。

本文可编辑可修改，如果觉得对您有帮助请收藏以便随时查阅，最后祝您生活愉快业绩进步，以下为(完整)NCBI在线BLAST使用方法与结果详解的全部内容。

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。

BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。

BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。

Blast中常用的程序介绍：1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。

2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。

先将核酸序列翻译成蛋白序列(一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。

3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。

4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。

与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。

5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。

此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。

NCBI的在线BLAST：http://blast。

蛋白blast的操作方法

蛋白blast的操作方法
蛋白质BLAST是一种用于比对和识别已知蛋白质序列的工具。

下面是进行蛋白质BLAST的基本操作方法：
1. 打开NCBI（国家医学图书馆）的BLAST页面，网址为
2. 选择适合的蛋白质数据库。

在页面的“blastp”部分，可以选择不同的蛋白质数据库，如“nr”（NCBI非冗余蛋白质数据库），“pdb”（蛋白质数据银行）等。

3. 复制或输入要比对的蛋白质序列。

在页面的“Enter Query Sequence”部分，可以粘贴或输入要比对的蛋白质序列。

4. 设置其他参数。

可以根据需要设置其他参数，如过滤序列中的低复杂性区域，调整比对结果的显示方式等。

5. 点击“BLAST”按钮开始比对。

点击页面底部的“BLAST”按钮，系统将开始进行蛋白质比对。

6. 等待比对结果。

根据输入的蛋白质序列的长度和数据库的大小，比对过程可能需要一段时间。

可以在页面上监视比对进度。

7. 查看比对结果。

比对完成后，系统将显示比对结果。

可以查看比对的蛋白质序列，比对的统计信息和潜在的同源蛋白质。

8. 解释和分析比对结果。

根据比对结果，可以解释蛋白质的结构和功能，进一步分析和研究。

以上是蛋白质BLAST的基本操作方法，根据具体需求和研究目标，还可以进行更多的参数设置和高级分析。

NCBI中Blast序列比对结果解释

NCBI中Blast序列比对结果解释2011-07-26 20:30:12| 分类：生物信息学|字号大中小订阅NCBI中Blast可以用来进行序列比对、检验引物特异性Blast导航主页面主体包括三部分BLAST Assembled Genomes选择你要对比的物种，点击物种之后即可进入对比页面Basic BLAST包含5个常用的Blast，每一个都附有简单介绍Specialized BLAST是一些特殊目的的Blast，如Primer-BLAST、IgBLAST根据需要做出选择本人本学期学习了最基本的核苷酸序列的比对点击Basic BLAST部分的nucleotide链接到一个新的页面，打开后的页面特征：大体上包括三个部分Enter Query Sequence部分可以让我们输入序列，其中的Job Title部分可以为本次工作命一个名字Choose Search Set部分可以选择要与目的序列比对的物种或序列种类。

其中的Entrez Query可以对比对结果进行适当的限制。

Program Selection部分可以选择本次对比的精确度，种内种间等等。

其次Blast按钮下面有一个“Algorithm parameters”算法参数，可设置参数。

点击Blast后，出现的页面大体上包括四个部分一．所询问和比对序列的简单信息1．询问序列的简单信息——名称、描述、分子类型、序列长度2．所比对数据库的名称、描述和所用程序二．Graphic Summary——blast结果图形显示相似度颜色图（黑、蓝、绿、粉红、红，相似度由低到高）三．Descriptions——blast结果描述区1．到其他数据库的链接2．描述以表格的形式呈现（以匹配分值从大到小排序）(1)Accession下程序比对的序列名称，点击相应的可以进入更为详细的map viewer(2)Descriptions下是对所比对序列的简单描述接下来是5个结果数值：(3)Max score匹配分值，点击可进入第四部分相应序列的blast的详细比对结果(4)Total score总体分值(5)Query coverage覆盖率(6)E value——E（Expect）值，表示随机匹配的可能性。

在线blast的用法总结

在线b l a s t的用法总结-标准化文件发布号：（9556-EUATWK-MWUB-WUNN-INNUL-DDQTY-KIIBlast（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。

BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。

BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列NCBI的在线blast：/Blast.cgi本文详细出处参考：/475/举例一：核酸序列的比对1，进入在线blast界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。

不同的blast程序上面已经有了介绍。

这里以常用的核酸库作为例子。

（补充介绍下：1、BLASTN【 nucleotide blast】是核酸序列到核酸库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。

2、BLASTP【protein blast】是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。

3、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。

先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。

4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。

与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。

5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。

此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。

）2，粘贴fasta格式的序列。

选择一个要比对的数据库。

关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。

一般的话参数默认。

3，blast参数的设置。

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解NCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个包含大量基因组学、生物信息学等相关数据和工具的数据库。

其中，BLAST （Basic Local Alignment Search Tool）是一种常用的序列比对工具，可用于在数据库中搜索相似序列。

一、BLAST简介BLAST是一种基于序列比对的方法，可用于确定一给定序列与数据库中序列的相似性。

其工作原理是将查询序列与数据库中的序列进行比对，并生成一个比对得分来衡量它们之间的相似程度。

通过BLAST的结果，可以获得序列的匹配位置、长度、相似性等信息，从而帮助研究人员进行更深入的生物学研究。

二、使用方法1. 打开NCBI网站首先，打开浏览器，输入NCBI的网址（https:///），进入NCBI的官方网站。

2. 进入BLAST页面在NCBI的主页上，找到“BLAST”或“BLAST and Alignments”选项，并点击进入BLAST页面。

3. 输入查询序列在BLAST页面上，找到“Enter Query Sequence”或“Enter accession number, gi, or FASTA sequence”等文本框，将需要查询的序列输入其中。

可以直接复制粘贴序列，或选择上传文件的方式输入。

4. 选择数据库在BLAST页面上，找到“Choose Search Set”或“Database”等选项，选择需要比对的数据库。

NCBI提供了多个数据库，如“nr”（非冗余蛋白数据库）、“nt”（非冗余核酸数据库）等，根据研究需要选择合适的数据库。

5. 设置参数根据需要，可以通过“Algorithm parameters”等选项来设置比对参数，如设置匹配的阈值、比对的方式等。

6. 运行BLAST设置完成后，点击“BLAST”或“Run BLAST”等按钮运行BLAST。

NCBI使用攻略

（一）DNA序列比对分析一）两个DNA序列的相似性比对分析1．进入NCBI主页（）2. 点击所有资源（All Resources）3．点击工具栏目（Tool）点击进入。

5. 找到Specialized BLAST，点击Align two (or more) sequences using BLAST (bl2seq)6. 将序列1复制、黏贴到Enter Query Sequence框中。

7. 将序列2复制、黏贴到Enter Subject Sequence框中。

8. 在Program Selection下面，选择Highly similar sequences (megablast) （高度相似序列）或其他分析程序9、点击BLAST按钮，进行比对分析。

10、观察、记录和分析两序列比对结果。

二）待查DNA序列与国际基因数据库中已有DNA序列的相似性比对分析。

1、进入NCBI主页（）2、点击所有资源（all resources）3．点击工具栏目（Tool）点击进入。

5．在Basic BLAST下，找到nucleotide blast（Search a nucleotide database using a nucleotide query），点击进入。

6. 将DNA序列复制、粘贴到Enter Query Sequence下面的方框中。

7. 在Choose Search Set栏目下，选择others数据库8. 选择Highly similar sequences (megablast)或其他程序。

9. 按BLAST按钮。

10. 观察、记录和分析DNA序列与国际基因库已有序列的比对结果。

（二）DNA序列开放阅读框的分析1．进入NCBI主页（）2．点击所有资源（all resources (A-Z) ）3．点击工具栏目（Tool）4. 找到Open Reading Frame Finder (ORF Finder)，点击进入。

NCBI在线Blast的图文说明

NCBI在线Blast的图文说明Blast（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。

BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。

BLAST 结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。

Blast中常用的程序介绍：1、BLASTP 是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。

2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。

先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。

3、BLASTN 是核酸序列到核酸库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。

4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。

与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。

5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。

此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。

NCBI的在线blast：/Blast.cgi1、进入在线blast界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。

不同的blast程序上面已经有了介绍。

这里以常用的核酸库作为例子。

NCBI在线blast页面2、粘贴fasta格式的序列。

选择一个要比对的数据库。

关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。

一般的话参数默认。

NCBI在线blast页面3、blast参数的设置。

注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。

筛选的标准。

最后会说明一下。

blast参数设置4、注意一下你输入的序列长度。

NCBI_blast_使用教程

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NCBI提供的Blast服务
登陆ncbi的 blast主页
核酸序列
蛋白序列
翻译序列
底下有其他一些针对特殊数据库的和查看以往的比对结果等
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Blast任务提交表单（一）
1.序列信息部分
序列范围（默认全部）
填入查询（query）的序列
选择搜索数据库如果接受其他参数默认设置，点击开始搜索
单机版单机版的blast可以通过NCBI的ftp站点获得，有适合不同平台的版本（包括linux，dos 等）。获得程序的同时必须获取相应的数据库才能在本地进行blast分析。单机版的优点是可以处理大批的数据，可以自己定义数据库，但是需要耗费本地机的大量资源，此外操作也没有网络版直观、方便，需要一定的计算机操作水平。
aix
hpux
freebsd win32
39
单机版的Blast使用（三）
3.获取Blast数据库 a.直接从ncbi下载 ftp:///blast/db/ b.用Blast程序包提供的formatdb工具自己格式化序列数据成数据库。假设有一序列数据（sequence.fa，多序列，fasta 格式），欲自己做成Blast数据库，典型的命令如下：
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两种版本的Blast比较（一）
网络版本包括NCBI在内的很多网站都提供了在线的blast服务，这也是我们最经常用到的 blast服务。网络版本的blast服务就有方便，容易操作，数据库同步更新等优点。但是缺点是不利于操作大批量的数据，同时也不能自己定义搜索的数据库。
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两种版本的Blast比较（二）
筛选结果
点击开始搜索
其他一些显示格式参数

如何使用NCBI中的Blast

如何使用NCBI中的BlastNCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个提供生物信息学数据库和工具的综合性资源平台。

其中，BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种经典的序列比对工具，用于比对和分析DNA、RNA和蛋白质序列的相似性。

使用NCBI中的BLAST可以有多种方式，包括在线使用和本地使用。

下面将对这两种使用方式进行详细介绍。

一、在线使用NCBIBLASTNCBI提供了一个在线的BLAST界面，用户可以直接在浏览器中使用。

具体步骤如下：1. 打开NCBI网站，点击"Blast"选项卡，然后选择需要比对的序列类型，例如，DNA、蛋白质或者其他。

2. 复制并粘贴待比对的序列到"Enter Query Sequence"文本框中。

或者，您也可以选择上传一个FASTA格式的文件。

3.选择适当的数据库。

NCBI提供了多个数据库供选择，根据您的研究目的选择合适的数据库。

4.配置其他参数。

您可以选择不同的比对算法、设置匹配参数、设定范围等。

5.点击"BLAST"按钮开始比对。

该过程可能需要一些时间，取决于比对数据的大小和服务器的负载情况。

6.一旦比对完成，系统将生成一个结果页面，显示比对结果。

您可以查看比对的统计信息、序列相似性分析、注释信息等。

7.针对一些结果，您可以选择进一步分析和操作，例如，设计引物、进行序列比对、构建进化树等。

二、本地使用NCBIBLAST3.准备待比对的序列，并保存到FASTA格式的文件中。

4.打开终端或命令提示符，并导航到BLAST软件的安装目录。

5. 运行BLAST命令。

根据您的比对需求，运行适当的BLAST命令，例如，“blastn”用于DNA比对，”blastp”用于蛋白质比对。

6.设置适当的输入参数，包括查询序列文件、目标数据库、比对算法等。