mega 6 构建系统发育树
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评估系统发育树: bootstrap，使构建的tree有统计上的 意义。
界 门 纲 目 科 属 种
二、序列比对
1、打开txt或fasta格式的序列
2、用ClustalW做多序列比对，比对结果输出为meg文件
MEGA只能打开meg格式的文件，但是它可以把其他格式的 多序列比对文件转换过来，用.aln格式（Clustal的输出 文件）转换.meg文件。
点File:Convert to MEGA Format，打开转换文件对话框， 从目的文件夹中选文件，点击打开。
系统进化树分有根(rooted)和无根(unrooted)树。 有根树反映了树上物种或基因的时间顺序，而无
根树只反映分类单元之间的距离而不涉及谁是谁 的祖先问题。
有根树与无根树
两个临近的分支的 连接处称为节点 （node） 表示推断祖先的现 存类群在树最底部 的分支点成为根节 （root node） 分支（branches） 分类（taxa，the singular form is taxon)
1、利用该软件可得到不同树型
2、为了美观，也是为了满足发表文章的要求，需要对进 化树进行树形、字体、字号的修改：
点击View，选择Options。弹出窗口中，在Tree标签中可 以修改枝与枝之间的距离（Taxon Separation）、枝长 （Branch Length）和树宽（Tree Width），调整至美观 即 可 。 Branch 标 签 中 ， 可 以 选 择 勾 选 “ Hide values lower than %”，一般隐藏50%以下的数值。其他的参数 可以自行研究，一般默认即可。点击主菜单栏里的Image， 保存成.pdf等,这之后用其他软件编辑图片。即可更改字 体字号再导成图片就可以了。
的。（分子钟理论， Molecular clock 1965 ）
• 实际情况：虽然很多时候仍然存在争议，但是分子 进化确实能阐述一些生物系统发生的内在规律。
（用于分子进化分析中的序列必须是直系同源的，才能真实反映进化过程。）
系统发生树
系统发生树（英文：Phylogenetic tree）又称为 演化树（evolutionary tree）。以树的表现形式， 描述被认为具有共同祖先的各物种间演化关系。
转换好的meg文件，会弹出一个提示信息，点击ok。
三、构建进化树
主菜单File:open a file打开比对结果.meg的文件,主窗 口举例选择邻位相连法（Neighbor-joining）建树。
结果输出：这个过程所耗时间和序列的数量和长短成正比， 程序就会产生一个树。
四、进化树的优化
五、总结
构建系统进化树的一般原则 1、可靠的待分析数据； 2、准确的多序列比对； 3、选择合适的建树方法： 序列相似程度高，MP最大简约性法（Maximum Parsimony methods）首选； 序列相似程度较低，距离法即除权配对法（UPGMAM）和 邻位相连法（Neighbor-joining）； 其他，ML最大可能性法（Maximum Likelihood methods） 一般采用两种及以上方法构建进化树，无显著区a，不选非培养(unclutured)微生物为参比； b，所选参考序列要正确，里面无错误碱基； c，在保证同属的前提下，优先选择16S rDNA全长
测序或全基因组测序的种； d，每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列
中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。
MEGA 6 构建系统发育树
MEGA
全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis 即分子进化遗传分析 MEGA 可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速
度、验证进化假说等。
下载网址：/
分子进化分析介绍
分子进化研究的目的：从物种的一些分子特性出
发，从而了解物种之间的生物系统发生的关系。
• 蛋白和核酸序列 • 通过序列同源性的比较进而了解基因的进化以及生
物系统发生（即生物系统如何行使功能）的内在规 律。
分子进化研究的基础
• 基本理论：在各种不同的发育谱系及足够大的进化 时间尺度中，许多序列的进化速率几乎是恒定不变
界 门 纲 目 科 属 种
二、序列比对
1、打开txt或fasta格式的序列
2、用ClustalW做多序列比对，比对结果输出为meg文件
MEGA只能打开meg格式的文件，但是它可以把其他格式的 多序列比对文件转换过来，用.aln格式（Clustal的输出 文件）转换.meg文件。
点File:Convert to MEGA Format，打开转换文件对话框， 从目的文件夹中选文件，点击打开。
系统进化树分有根(rooted)和无根(unrooted)树。 有根树反映了树上物种或基因的时间顺序，而无
根树只反映分类单元之间的距离而不涉及谁是谁 的祖先问题。
有根树与无根树
两个临近的分支的 连接处称为节点 （node） 表示推断祖先的现 存类群在树最底部 的分支点成为根节 （root node） 分支（branches） 分类（taxa，the singular form is taxon)
1、利用该软件可得到不同树型
2、为了美观，也是为了满足发表文章的要求，需要对进 化树进行树形、字体、字号的修改：
点击View，选择Options。弹出窗口中，在Tree标签中可 以修改枝与枝之间的距离（Taxon Separation）、枝长 （Branch Length）和树宽（Tree Width），调整至美观 即 可 。 Branch 标 签 中 ， 可 以 选 择 勾 选 “ Hide values lower than %”，一般隐藏50%以下的数值。其他的参数 可以自行研究，一般默认即可。点击主菜单栏里的Image， 保存成.pdf等,这之后用其他软件编辑图片。即可更改字 体字号再导成图片就可以了。
的。（分子钟理论， Molecular clock 1965 ）
• 实际情况：虽然很多时候仍然存在争议，但是分子 进化确实能阐述一些生物系统发生的内在规律。
（用于分子进化分析中的序列必须是直系同源的，才能真实反映进化过程。）
系统发生树
系统发生树（英文：Phylogenetic tree）又称为 演化树（evolutionary tree）。以树的表现形式， 描述被认为具有共同祖先的各物种间演化关系。
转换好的meg文件，会弹出一个提示信息，点击ok。
三、构建进化树
主菜单File:open a file打开比对结果.meg的文件,主窗 口举例选择邻位相连法（Neighbor-joining）建树。
结果输出：这个过程所耗时间和序列的数量和长短成正比， 程序就会产生一个树。
四、进化树的优化
五、总结
构建系统进化树的一般原则 1、可靠的待分析数据； 2、准确的多序列比对； 3、选择合适的建树方法： 序列相似程度高，MP最大简约性法（Maximum Parsimony methods）首选； 序列相似程度较低，距离法即除权配对法（UPGMAM）和 邻位相连法（Neighbor-joining）； 其他，ML最大可能性法（Maximum Likelihood methods） 一般采用两种及以上方法构建进化树，无显著区a，不选非培养(unclutured)微生物为参比； b，所选参考序列要正确，里面无错误碱基； c，在保证同属的前提下，优先选择16S rDNA全长
测序或全基因组测序的种； d，每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列
中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。
MEGA 6 构建系统发育树
MEGA
全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis 即分子进化遗传分析 MEGA 可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速
度、验证进化假说等。
下载网址：/
分子进化分析介绍
分子进化研究的目的：从物种的一些分子特性出
发，从而了解物种之间的生物系统发生的关系。
• 蛋白和核酸序列 • 通过序列同源性的比较进而了解基因的进化以及生
物系统发生（即生物系统如何行使功能）的内在规 律。
分子进化研究的基础
• 基本理论：在各种不同的发育谱系及足够大的进化 时间尺度中，许多序列的进化速率几乎是恒定不变