NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA

数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。

Blast中常用的程序介绍：

1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。

2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。

3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。

4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。

5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。

下面是具体操作方法

1，进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。

2，粘贴fasta格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。一般的话参数默认。

3，blast参数的设置。注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。筛选的标准。最后会说明一下。

4，注意一下你输入的序列长度。注意一下比对的数据库的说明。

5，blast结果的图形显示。没啥好说的。

6，blast结果的描述区域。注意分值与E值。分值越大越靠前了，E值越小也是这样。

7，blast结果的详细比对结果。注意比对到的序列长度。评价一个blast结果的标准主要有三项，E值（Expect)，一致性(Identities)，缺失或插入（Gaps）。加上长度的话，就有四个标准了。如图中显示，比对到的序列长度为1405，看Identities这一值，才匹配到1344bp,而输入的序列长度也是为1344bp（看上面的图），就说明比对到的序列要长一点。由Qurey（起始1）和Sbjct(起始35)的起始位置可知，5'端是是多了一段的。有时也要注意3'端的。

附：

E值（Expect)：表示随机匹配的可能性，E值越大，随机匹配的可能性也越大。E值接近零或为零时，具本上就是完全匹配了。

一致性(Identities)：或相似性。匹配上的碱基数占总序列长的百分数。

缺失或插入（Gaps）：插入或缺失。用"—"来表示。

【电子商务运营合作协议】

甲方：浙江超雷皮具有限公司 (以下简称甲方)

乙方：永嘉县主力机械制造厂（以下简称乙方）

甲乙双方经平等、友好协商，根据《中华人民共和国合同法》的规定，就双方合作建立官方电子商务网上商城淘宝第三方电子商务销售渠道（以下简称网上合作平台）的运营推广达成如下协议，并愿意在此基础上双方共同遵守，精诚合作，互相支持，共同发展。

第一章总则

1．合作内容：甲方是拥有包括卡琳斯顿品牌、设计、生产的公司。乙方是一家专注于从事面向消费者的电子商务（B2C）运营推广的公司。乙方以自身的技术实力和在电子商务方面的运营经验和能力，双方合作运作以销售甲方拥有的品牌商品为目的的电子商务平台。

2．合作条件：甲方品牌在互联网上的商标使用权，商标使用权再授权，以及产品的分销权、零售权。乙方拥有建设并运营面向最终消费者的电子商务网上商城（B2C）的能力；

3．合作方式：乙方通过互联网等非线下实体店铺的形式向最终消费者销售可授权的品牌商品，乙方为甲方该项业务提供外包运营服务，该外包运营服务包括网店建设、网店运营、广告推广、客户服务、收款结算等服务。甲方负责，产品拍摄，图片美工、编辑上架、店铺装修、数据更新、物流配送等服务。

甲方授权乙方在淘宝、拍拍、京东等电子商务平台的网络销售经营权。双方建立电子商务战略合作关系。甲方并按本协议第三章的约定向乙方支付建设及运营服务费；

4．合作区域：中国大陆；

5．合作及授权期限：自本协议签订之日起至 2016 年 12 月 31 日。第二章权利及义务

A．甲方权利及义务

1．甲方保证在互联网上所销售商品的合法性，并对所提供的所有产品承担所有责任，包括并不限于知识产权、产品质量等；

2．甲方制定网上合作平台的产品统一零售价格。乙方承诺不以低于甲方零售指导价的价格出售（促销活动除外）。

3．甲方负责提供网上合作平台所售商品并保证稳定的库存。

4．甲方应向乙方提供为建设网上合作平台所需要的有关产品图片、信息、介绍、市场及宣传等文档内容。甲方负责协助办理网上合作平台经营许可的各种资质。

5．甲方有义务依照双方共同制定的客户服务规范对网站销售的产品进行退换货处理；

6．甲方负责打包发货以及设立客服辅助乙方跟踪订单以及售后查件方面服务。7．甲方负责由产品质量问题以及发货错误等造成的退换货费用。

8．甲方负责将乙方下午4点之前提交的订单当天发货。特殊原因没有及时发货的要及时通知乙方，否则造成的一切损失由甲方承担。

B．乙方的权利及义务

1．乙方应确保乙方运营的网上合作平台的信息系统性能满足合作需要的技术规范。

2．乙方负责网上合作平台的网店建设、网店运营、网店推广、电话客服。3．乙方负责第三方网上商城的日常推广、节庆等特殊促销活动的策划及实施。

4、乙方对于计划销售的产品信息应及时通知甲方，并将有关数量、运输方式等及时交给甲方。

5. 除本合同明确授权外，乙方不得在其它场合使用卡琳斯顿品牌。乙方不得销售任何假冒或仿冒卡琳斯顿品牌的产品，不得做出任何侵害卡琳斯顿品牌的知识产权的行为。

6. 乙方在销售活动中不得损害国家利益、社会公共利益、消费者权益和他人合法权益，也不得损害甲方权益，不得做出有损卡琳斯顿品牌形象的行为。