SNP检测详细步骤

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生物样本的单核苷酸多态性(SNP)位点检测--高通量飞行时间质谱法(MALDI-TOF MS)

生物样本的单核苷酸多态性（SNP）位点检测--高通量飞行时间质谱法（MALDI-TOF MS）1 适用范围本标准为检验实验室进行药物靶点基因的检测提供技术指导。

本标准适用的样本包括：全血标本、石蜡包埋组织、干血片、口腔拭子、唾液等。

2 规范性引用文件下列文件对于本文件的应用是必不可少的，凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文件。

凡是不注日期的引用文件，其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。

药物代谢酶和药物作用靶点基因检测技术指南(试行)，（2015年国家卫生和计划生育委员会医政医管局国卫医医护便函〔2015〕240号）个体化医学检测微阵列基因芯片技术规范（国家卫生计生委办公厅，国卫办医函〔2017〕1190号）感染性疾病相关个体化医学分子检测技术指南（国家卫生计生委办公厅，国卫办医函〔2017〕1190号）农业部1782号公告-12-2012 转基因生物及其产品食用安全检测蛋白质氨基酸序列飞行时间质谱分析方法卫生部办公厅关于印发《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》的通知(卫办医政发〔2010〕194号)3、术语和定义3.1 rs和ss体系SNP由美国国立生物技术信息中心（national center for biotechnologyinformation，NCBI）建立、dbSNP数据库制定的SNP命名体系，rs体系的SNP代表已获得官方认可和推荐的参考SNP（reference SNP），ss体系的SNP代表用户新递交但尚未得到认可的SNP（submitted SNP）。

3.2 单核苷酸多态性（SNP）是指由单个核苷酸-A、T、C或G的改变而引起的DNA序列的改变，造成包括人类在内的物种之间染色体基因组的多样性。

3.3 等位基因（allele）一般是指位于一对同源染色体相同位置上控制某一性状的不同形态的一对基因。

若成对的等位基因中两个成员完全相同，则该个体对此性状来说是纯合子。

SNP检测技术

PCR-RFLP原理图
单链构象多态性(SSCP)
原理：单链DNA 在中性条件下会形成二级结构，不同的二级结构在电泳中会出现不同的迁移率。这种二级结构依赖于碱基的组成，单个碱基的改变也会影响其构象，最终会导致在凝胶上迁移速度的改变。在非变性聚丙烯酰胺凝胶上，短的单链 DNA 和RNA 分子依其单碱基序列的不同而形成不同的构象，这样在凝胶上的迁移速率不同，出现不同的条带，检测SNP。特点：由于该方法简单快速，因而被广泛运用于未知基因突变的检测。这种方法的弊端在于不能确定突变类型和具体位置。
PCR-RFLP方法
原理：利用限制性内切酶的酶切位点的特异性，用两种或两种以上的限制性内切酶作用于同一DNA片断，如果存在SNP位点，酶切片断的长度和数量则会出现差异，根据电泳的结果就可以判断是否SNP位点。特点：该技术应用的前提是SNP的位点必须含有该限制内切酶的识别位点，它是SNP筛查中最经典的方法之一.
MassARRAY技术流程：
应用：
1. 确定基因多态性和疾病的关系 2. 解释个体间的表型差异对疾病的易感程度 3. 对未来疾病做出诊断 4. 研究不同基因型个体对药物反应的差异，指导药物开发及临床合理用药 5. 个体间SNP千差万别，通过SNP检测等技术进行法医鉴定及个体识别
一、 SNPs经典检测方法

一大类是以凝胶电泳为基础的传统经典的检测方法,如: 1 . 限制性片段长度多态性法 PCR- RFLP ; 2 .单链构象多态性法 PCR- SSCP ; 3 . 变性梯度凝胶电泳 ( dena t ur i ng gradient gel eletrophoresi s DGGE ); 4 .等位基因特异性 PCR ( allele specific PCR, ASPCR )等等

SNP检测方法(讲课版)2

11
3.以构象为基础的方法

单链构象多态性( single strand conformational polymorphism ,SSCP) 温度梯度凝胶电泳( temperature gradient gel electrophoresis ,TGGE) 变性梯度凝胶电泳( denaturing gradient ge electrophoresis ,DGGE) 变性高效液相色谱检测 ( denaturing high performance liquid chromatography ，DHPLC)
CCR(combined chain reaction )
1
基本步骤
1、DNA模板的变性 2、引物和单链模板间的退火 3、DNA聚合酶(无5′- 3′外切酶活性) 催化引物延伸 4、延伸引物的3′端和下游引物5′端间的连接。
2
优点：
1.快速简单，仅需DNA 的分离、CCR 扩增、琼脂糖凝胶电泳检测产物几步 2. 产生的产物片段大, 通过琼脂糖凝胶电泳就可实现对产物的检测（不需引物标记等繁琐技术）
20
基本原理和步骤
1.质谱分析在样品分子离子化后,根据不同离子间的质荷比的差异来分离并确定分子量，很容易将仅含有一个不同碱基的两段基因序列区别开。 2.样品来源可以是PCR 产物、引物延伸反应、入侵者酶切产物等,通过质谱可直接检测样品或探针的不同质量,推导出样品的SNPs. 3.利用质谱分析一个样品只需几秒钟, 具有快速、准确、自动化程度高和高通量等特点. 5.主要的问题是需对分析样品进行纯化后才能检测。
3
LRCA (ligation-rolling circle amplication）

SDS7.SNP筛查标准实验流程

SNP筛查标准实验流程2 x TaqMan Universal PCR Master Mix试剂盒配合20 x TaqMan SNP Genotyping Assays试剂盒1．D NA、引物及探针用量DNA：纯度OD260/OD280=1.6-2.0；浓度1-20 ng/µL引物和探针：Primers/Probes Mix 贮存液（20×）工作液（1×）每反应用量6-FAM Probe 4 µM 200 nM 5.0 pmol/Rxn VIC Probe 4 µM 200 nM 5.0 pmol/Rxn Forward Primer 18 µM 900 nM 22.5 pmol/Rxn Reverse Primer 18 µM 900 nM 22.5 pmol/Rxn2．PCR反应试剂用量（µL/Rxn）2 × TaqMan Universal PCR Master Miix, no AmpErase UNG 12.5020 × SNP Genotyping Assay Mix 1.25DNA(1-20 ng/µL) 1.00H2O 10.25 总体积25.00a循环参数：(50°C × 2 min →)b 95°C × 10 min → (92°C c × 15 sec → 60°C × 1 min) × 40循环注：a. 对于7500Fast系统，标准反应体系为20 µL。

b. 根据PCR Master Mix中有无UNG酶决定是否增删开始的50 °C × 2 min步骤。

c. 如果使用Primer Express软件设计的引物和探针，变性温度应调整为95 °C。

SNP检测工艺(建工)

特点：该技术应用的前提是的位点必须含有该限制内切酶的识别位点，它是筛查中最经典的方法之一.
原理图
单链构象多态性()
原理：单链在中性条件下会形成二级结构，不同的二级结构在电泳中会出现不同的迁移率。这种二级结构依赖于碱基的组成，单个碱基的改变也会影响其构象，最终会导致在凝胶上迁移速度的改变。
一、经典检测方法
一大类是以凝胶电泳为基础的传统经典的检测方法,如:
. 限制性片段长度多态性法 ;
.单链构象多态性法 ;
. 变性梯度凝胶电泳 (
);
.等位基因特异性 ( , )等等
方法
原理：利用限制性内切酶的酶切位点的特异性，用两种或两种以上的限制性内切酶作用于同一片断，如果存在位点，酶切片断的长度和数量则会出现差异，根据电泳的结果就可以判断是否位点。
变性条件产生差异, 从而在凝胶上形成不同的条
带。
等位基因特异 ( )
原理：根据位点设计特异引物,其中一条链(特异链)的′末端与位点的碱基互补(或相同) , 另一条链(普通链)按常规方法进行设计,因此技术是一种基于的标记。因为特异引物在一种基因型中有扩增产物,在另一种基因型中没有扩增产物,用凝胶电泳就能够很容易地分辨出扩增产物的有无,从而确定基因型的。
测序和序列比较, 以确定所研究的碱基是否变异, 其
检出率可达。
特点：可以得到的类型及其准确位置等分型所需要的重要参数。
基因芯片技术( )
原理:是将具有特定碱基序列的探针固定在特殊的载体上，待测基因经提取、荧光标记后，与固定好的探针进行杂交，最后根据荧光的强度和种类测出待测序列的碱基类别。
度不同的原理,通过梯度变性胶将片段分开

snp鉴定流程

SNP（单核苷酸多态性）鉴定是研究基因变异和关联分析的重要方法。

SNP鉴定流程主要包括以下几个步骤：
1. 样本收集与DNA提取：从生物体（如血液、组织、细胞等）中提取DNA。

2. 基因组DNA定量：使用spectrophotometer（分光光度计）或其他相关设备，对提取的DNA进行定量，确保实验过程中的DNA浓度一致。

3. 基因组DNA酶切：根据实验需求，选择合适的酶切酶，对DNA进行酶切。

酶切后的DNA片段长度分布均匀，便于后续实验操作。

4. 连接酶切片段与荧光标记的适配子：将酶切后的DNA片段与荧光标记的适配子连接，形成复合物。

该步骤为后续杂交和检测打下基础。

5. 杂交与洗涤：将制备好的复合物在特定设备（如杂交箱）中进行杂交，然后洗涤去除未结合的荧光标记适配子。

6. 荧光检测与数据分析：将洗涤后的样本置于荧光检测设备中，检测荧光信号。

根据荧光信号的强弱，分析样本中的SNP位点。

7. 结果验证与分析：对检测结果进行验证，如PCR扩增、测序等。

进一步分析SNP位点的分布、频率等，探讨其与疾病、表型等因素之间的关系。

snp检测金标准

SNP检测金标准一、样本采集样本采集是SNP检测的关键步骤之一。

为确保样本的真实性和可靠性，应遵循以下原则：1.采集样本时应根据研究设计确定合适的样本量，并确保样本具有代表性。

2.采集样本时应使用无菌、无污染的器械和试剂，并严格遵守操作规程。

3.采集样本后应立即进行实验，以确保检测结果的准确性。

二、实验设计实验设计是SNP检测的关键环节之一。

为确保实验结果的准确性和可靠性，应遵循以下原则：1.根据研究目的和实验条件选择适当的实验方法，如基于芯片的基因分型、基于PCR的SNP检测等。

2.根据实验数据确定实验方案，包括实验样本的分组、实验操作的流程、实验数据的记录和分析等。

3.根据实验条件选择合适的实验仪器和试剂，并确保其质量和可靠性。

三、数据分析数据分析是SNP检测的关键步骤之一。

为确保数据分析的准确性和可靠性，应遵循以下原则：1.使用经过验证的数据分析方法，如单因素方差分析、卡方检验等，对实验数据进行统计分析。

2.对实验数据进行去噪和质量控制，如去除异常值、对缺失数据进行插补等。

3.根据统计分析结果对SNP进行基因分型和基因型频率统计，并对其与疾病的关联性进行分析。

四、验证和确认验证和确认是确保SNP检测结果准确性和可靠性的重要步骤。

应进行以下验证和确认：1.对实验数据进行内部验证，如重复实验、对同一份样本进行多次检测等。

2.对实验数据进行外部验证，如使用不同方法对同一份样本进行检测、比对不同实验室的检测结果等。

3.对SNP检测结果进行基因型真实性和可靠性的确认，如对阳性样本进行基因测序等。

五、参考标准为确保SNP检测结果的准确性和可靠性，应使用经过权威机构认可的参考标准。

参考标准可以包括以下内容：1.SNP数据库（如dbSNP）中经过权威机构认可的SNP序列和基因型信息。

2.经过权威机构认可的SNP检测试剂盒和实验方法。

3.经过权威机构认可的SNP基因型频率统计数据和关联性分析结果。

4.其他经过权威机构认可的SNP检测相关标准和指南等。

SNP突变点检测方法进展( 完整版)

（polymerase chain reaction-sequence specific primer）
1
2 3 4 5
简特经直
便异济
准确
观
一般DNA实验室能满足实验要求
Tagman探针技术（分子信标、分子灯塔）实时荧光PCR技术 SYBR Green Ⅰ法（结合熔解曲线分析）芯片分析（微阵列杂交实验技术）
特异性高；
引物设计简单；反应条件易于优化；
分辨能力高。
随着科技的进步，SNP突变点检测方法在继续改进演变。我们选择经济实用的技术方法来满足自己所做课题需求。就目前来说，SNP检测技术手段还有待进一步提高。科研在呼唤着一种最为理想的SNP检测方法，其能具备以下优点: 1. 适合自动化操作, 简便快速;
基于PCR
荧光标记检测
相关技术
寡核苷酸连接分析
基于物理技术
内切酶酶切技术
其它
单链构象多态性（SSCP）变性梯度凝胶电泳（DGGE）
变性高效液相色谱分析技术（DHPLC）
(一)PCR-SSCP
1. 基本原理:
经PCR 扩增的目的片段在变性剂或低离子浓度下经高温处理使之解链并保证在单链状态下,然后在一定浓度的非变性聚丙稀酰胺凝胶中电泳。相同长度的单链DNA , 可以因其顺序或单个碱基差异,所形成的空间构象就会不同,其在凝胶中泳动速度不一样,从而显示出带型的差异, 即多态型
20bp
优势
局限性
序列多态性座位中大约只有1/3的
碱基涉及限制酶识别序列；
遗传标记系统的个人识别能力有限；限制酶消化条件较高。
微测序技术（SNaPshot）
焦测序技术（Pyrosequencing）

检测单核苷酸多态性(SNP)的新方法------Invader assay.

检测单核苷酸多态性（SNP）的新方法------Invader assay 一、什么是单核苷酸多态性及其研究意义：✧SNP (single nucleotide polymorphism)：染色体DNA上某一给定位置的碱基多态性。

✧SNP是直接导致遗传病的原因之一。

镰刀型贫血症（sickle-cell anemia）：血红蛋白的β珠蛋白基因17位的A突变为T，导致Val变Glu，血红蛋白构型改变，其携氧能力大大降低，引发严重贫血。

静脉血栓（venous thrombosis）：凝血因子5（factor V）基因1691位的G突变为A，导致Arg变为Glu，封闭了抗凝血因子APC(activated Protein C)对factor V的切割位点而促使血栓形成。

✧SNP的研究意义：二、Invader assay的原理：✧Invasive complexGTTGGATCAGTTGGA CGGCATG~~~TCAGTCAACCTGCCGTACGCT~~~~✧Flap endonucleases (FENs)特点：1.特异性识别invasive complex结构，包括模板、信号探针（signal probes）和侵入探针（invader probes）。

2.切掉信号探针游离部分，且切割位点固定(N1位点)。

3.两探针必须有至少一个碱基的重叠时才会发生切割，没有重叠则不发生切割。

所以信号探针N1位置的碱基是否与模板配对决定了是否发生切割作用。

（有趣的是，侵入探针3’末端的碱基与酶的切割作用毫无关系。

）NNNNNGTCAGTTGGA CGGCATG~~~TCAGTCAACCTGCCGTACGCT~~~~✧Invader assay的基本原理1999年由Third Wave Technologies 公司研究人员发明。

A.Mut probes Mut target:B.WT probes Mut target:✧Invader assay的具体过程：三、Invader assay技术的优点：✧只有两个探针与模板完全配对后才可形成invasive complex的结构，因此其检测结果比简单杂交的准确性好。

生物样本的单核苷酸多态性(SNP)位点检测--高通量飞行时间质谱法(MALDI-TOF MS)

本标准适用的样本包括：全血标本、石蜡包埋组织、干血片、口腔拭子、唾液等。

2 规范性引用文件下列文件对于本文件的应用是必不可少的，凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文件。

凡是不注日期的引用文件，其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。

3.2 单核苷酸多态性（SNP）是指由单个核苷酸-A、T、C或G的改变而引起的DNA序列的改变，造成包括人类在内的物种之间染色体基因组的多样性。

3.3 等位基因（allele）一般是指位于一对同源染色体相同位置上控制某一性状的不同形态的一对基因。

若成对的等位基因中两个成员完全相同，则该个体对此性状来说是纯合子。

SNP实验标准操作规程

一、原理SNP (Single Nucleotide Polymorphism)即单核苷酸多态性，是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。

据估计，在人类基因组中，大约每千个碱基中有一个SNP，无论是比较于限制性片段长度多态性(RFLP)分析还是微卫星标记(STR)，都要广泛得多。

SNP是我们考察遗传变异的最小单位,据估计，人类的所有群体中大约存在一千万个SNP位点。

一般认为，相邻的SNP s倾向于一起遗传给后代。

于是，我们把位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点称作单体型（haplotype）。

大多数染色体区域只有少数几个常见的单体型（每个具有至少5%的频率），它们代表了一个群体中人与人之间的大部分多态性。

一个染色体区域可以有很多SNP位点，但是我们一旦掌握了这个区域的单体型，就可以只使用少数几个标签SNPs(tagSNP)来进行基因分型，获取大部分的遗传多态模式。

二、样品准备1. DNA抽提①1、取新鲜肌肉组织约100mg，PBS漂洗干净，置于1.5ml离心管中，加入液氮，迅速磨碎。

②加200μl 缓冲液GA，震荡至彻底悬浮。

加入20μl 蛋白酶K（20mg/ml）溶液，混匀③加220μl 缓冲液GB，充分混匀，37℃消化过夜，溶液变清亮。

加220μl 无水乙醇，充分混匀，此时可能会出现絮状沉淀。

④将上述一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱CB 中，（吸附柱放入废液收集管中）12000rpm 离心30 秒，弃掉废液。

⑤加入500μl 去蛋白液GD（使用前请先检查是否已加入无水乙醇），12000rp m 离心30 秒，弃掉废液。

⑥加入700μl 漂洗液GW（使用前请先检查是否已加入无水乙醇），12000rpm 离心30 秒，弃掉废液。

加入500μl 漂洗液GW, 12000rpm 离心30 秒，弃掉废液。

将吸附柱CB 放回废液收集管中，12000rpm 离心2 分钟，尽量除去漂洗液。

SNP检测方法

SNP检测方法—SNapShot SNP(Single Nucleotide Polymorphisms)，即单核苷酸多态性，是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，它是人类中可遗传的变异最常见的一种，并作为第三代遗传标志。

人体许多表型差异、对药物或疾病的易感性等等都可能与SNP有关，因此被广泛用于群体遗传学研究和疾病相关基因研究。

目前，SNP检测技术已经很成熟，主要有以下几种检测方法：TaqMan 探针法、HRM法、SNapShot法、dHPLC、illumina BeadXpress法等，本文主要针对SNapShot法进行阐述。

SNapShot法是一种新兴的SNP检测技术，该技术有美国应用生物公司（ABI）开发的，是基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术，也称小测序，其原理是先根据基因序列，设计特异性的扩增引物及延伸引物，在一个含有测序酶、四种荧光标记ddNTP、紧邻多态位点5’端的不同长度的延伸引物和PCR产物模板的反应体系中，引物延伸一个碱基即终止，经过测序仪检测后，根据峰的移动位置确定该延伸产物对应的SNP位点，根据峰的颜色可得知渗入的碱基种类，从而确定该样本的基因型。

SNapShot法操作简单、经济，可以在多种遗传分析仪上进行快速、准确地基因分型，实现了SNP分析的自动化，可以方便高效地用于高通量的SNP 验证及中通量的SNP筛选。

目前SNapShot技术广受科研人员的认可，国内耳聋基因SNP筛查、结合易感基因SNP位点筛查等用到的检测技术均为SNapShot技术，此外在nature、SCI等多个顶级杂志中也发表了多篇SNapShot技术相关的文献。

由此说明SNapShot技术在SNP研究领域中的地位在不断的提升，已成为SNP 研究中不可或缺的一部分。

北京阅微基因技术有限公司现拥有成熟的SNapShot技术平台，配备ABI3730xl测序仪及国内的杰出人才，实验结果准确、质量高，实验数据符合发表顶级杂志的要求，并提供相应的技术指导及疑难问题解答。

agena 质谱检测snp实验步骤

agena 质谱检测snp实验步骤AGENA质谱检测SNP实验步骤概览本实验旨在通过AGENA质谱检测技术快速、准确地检测样品中的SNP变异。

该技术基于质谱分析原理，通过PCR扩增、SNP引物扩增和扩增产物分析等步骤，完成对SNP位点的检测。

实验步骤1. DNA提取使用商业DNA提取试剂盒将样品中的DNA提取出来。

按照试剂盒说明书进行操作。

提取后的DNA样本可立即使用或在-20℃保存。

2. 确定SNP位点选择待检测的SNP位点并获取该位点的引物序列和单核苷酸多态性（SNP）信息。

可以在NCBI数据库或其他公共数据库中获取信息。

3. PCR扩增- 预变性程序：94℃，5min- 扩增程序：循环35次- 94℃，30秒- 56℃，30秒- 72℃，45秒- 最终延伸：72℃，10min- 4℃，静置4. 扩增产物纯化5. SNP引物扩增6. 扩增产品清洁将SNP扩增产物使用PCR产品纯化试剂盒进行纯化。

按照说明书进行操作。

清洁后的样品可用于后续的下游实验。

7. 检测使用AGENA质谱检测仪对样品进行检测。

在仪器中加入清洁后的SNP扩增产物，然后进行质谱分析。

结论本实验介绍了通过AGENA质谱检测技术快速、准确地检测样品中的SNP变异的过程。

该实验可广泛用于基因研究、药物筛选和临床诊断等领域。

AGENA质谱检测技术是一种基于质谱分析原理的分子生物学技术，可以快速、准确地检测样品中的SNP变异。

该技术广泛应用于基因研究、药物筛选和临床诊断等领域，具有高通量、高灵敏度、高精度和高重复性等优势。

在该技术中，PCR扩增和SNP引物扩增是关键步骤。

PCR扩增是一种在体外反应中利用DNA聚合酶扩大特定DNA序列的方法，可通过引物的选择，产生特定长度的DNA产物。

在SNP引物扩增中，在两个不同等位基因之间引入一个匹配或不匹配的核苷酸，通过PCR扩增将其扩大。

然后将扩增产物分别使用PCR产品纯化试剂盒进行纯化，清洁后的样品即可用于后续检测。

全基因组snp分型步骤

全基因组snp分型步骤1.引言1.1 概述全基因组SNP分型是一种用于分析人类基因组中的单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP）的方法。

SNP是指基因组中单个核苷酸的变异，这种变异可能与遗传疾病、药物反应等多种生物学特征相关。

全基因组SNP分型通过对整个基因组中的SNP进行分析，可以帮助我们了解人类基因组的个体差异，从而更好地理解遗传病理学、个体化医疗以及演化等方面的问题。

全基因组SNP分型的研究步骤包括样本准备、DNA提取和测序、数据处理和质量控制以及SNP分型算法。

首先，我们需要准备研究所需的样本，并对样本进行处理以获取所需的DNA。

接着，通过测序技术对DNA 进行测序，得到原始的测序数据。

在数据处理和质量控制阶段，我们需要对原始数据进行处理和过滤，以确保数据的准确性和可靠性。

最后，我们使用各种SNP分型算法对处理后的数据进行分析和解读，以获取SNP位点的基因型信息。

全基因组SNP分型具有广泛的应用前景。

在科学研究领域，它可以帮助我们研究遗传病理学、复杂疾病的致病机制以及人类演化历史等重要问题。

在临床医学中，全基因组SNP分型可以帮助医生进行个体化医疗决策，根据患者的基因信息选择最适合的治疗方案，提高治疗效果。

此外，全基因组SNP分型还可以应用于人口遗传学研究、药物研发与评价等方面，为我们提供更多关于人类基因组的信息。

本文将详细介绍全基因组SNP分型的步骤，希望能够为读者提供一个清晰的了解和入门指南，并展示全基因组SNP分型在生命科学领域的重要性和应用前景。

1.2 文章结构文章结构部分的内容可以包括以下内容：本文将按照以下顺序介绍全基因组SNP分型的步骤。

首先，我们将在引言部分进行概述，介绍全基因组SNP分型的定义、背景知识和研究目的。

接下来，在正文部分，我们将详细介绍全基因组SNP分型的步骤。

其中，包括样本准备、DNA提取和测序、数据处理和质量控制以及SNP 分型算法的介绍。

使用gatk找snp的流程

使用gatk找snp的流程概述GATK（Genome Analysis Toolkit）是一种用于进行基因组分析的软件包。

其提供了多种工具和算法，用于对DNA测序数据进行处理、变异分析和变异注释。

本文档将介绍使用GATK进行SNP（Single Nucleotide Polymorphism）分析的流程，并提供相应的步骤和示例命令。

步骤1.数据预处理–使用Trimmomatic进行数据质量控制和去除低质量的reads。

–使用BWA（Burrows-Wheeler Aligner）将reads与参考基因组进行比对。

–使用SAMtools对比对结果进行排序和索引。

2.重复序列标记–使用GATK中的MarkDuplicates工具，对比对结果进行重复序列标记。

3.局部重比对–使用GATK中的IndelRealigner工具，对重复序列标记后的比对结果进行局部重比对。

4.基质质量评估–使用GATK中的BaseRecalibrator工具，对局部重比对结果进行基质质量评估。

5.基质质量校正–使用GATK中的PrintReads工具，对基质质量评估结果进行基质质量校正。

6.变异检测–使用GATK中的HaplotypeCaller工具，对校正后的比对结果进行变异检测。

7.变异筛选–使用GATK中的VariantFiltration工具，对变异检测结果进行筛选。

示例命令以下是使用GATK进行SNP分析的示例命令：1.数据预处理java -jar trimmomatic.jar PE -phred33 input_R1.fastq.gz input_R2.fas tq.gz output_R1.fastq.gz output_R2.fastq.gz SLIDINGWINDOW:4:20 MINLEN:5 0bwa mem -t 4 ref_genome.fa output_R1.fastq.gz output_R2.fastq.gz > alig ned.sam**********************************.samsamtools index sorted.bam2.重复序列标记java -jar GenomeAnalysisTK.jar MarkDuplicates -I sorted.bam -O marke d_duplicates.bam -M marked_dup_metrics.txt3.局部重比对java -jar GenomeAnalysisTK.jar -T IndelRealigner -R ref_genome.fa -I marked_duplicates.bam -targetIntervals realignment_targets.intervals -o realigned.bam4.基质质量评估java -jar GenomeAnalysisTK.jar -T BaseRecalibrator -R ref_genome.fa -I realigned.bam -knownSites dbsnp.vcf -o recal_data.table5.基质质量校正java -jar GenomeAnalysisTK.jar -T PrintReads -R ref_genome.fa -I rea ligned.bam -BQSR recal_data.table -o recalibrated.bam6.变异检测java -jar GenomeAnalysisTK.jar -T HaplotypeCaller -R ref_genome.fa -I recalibrated.bam -o raw_variants.vcf7.变异筛选``` java -jar GenomeAnalysisTK.jar -T VariantFiltration -R ref_genome.fa -Vraw_variants.vcf -window 35 -cluster 3 -filterName FS -filter。

SNP检测

SNP(single nucleotide polymophism) ，即单核苷酸多态，是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态。

一般来说，一个SNP 位点只有两种等位基因，因此又叫双等位基因。

SNP研究包括SNP发现（discovery）、SNP验证（validation）以及SNP筛选（Screening or Scoring）。

广泛用于群体遗传学研究（如生物的起源、进化及迁移等方面，将逐渐取代微卫星而成为新一代的分子生物学标记），和疾病相关基因的研究，在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中起重要作用。

1.直接测序法
在所有SNP的检测方法中，对待检测片段进行直接扩增、测序是最为准确的方法，也是SNP 分析的金标准。

通过直接测序方法进行SNP检测的检出率接近100%。

服务内容
（1）样品基因组DNA提取
（2）根据不同的区域进行引物设计、合成
（3）对所有样品进行基因扩增并纯化
（4）测序
（5）统计与分析
客户提供
血液样品：样品为EDTA抗凝或柠檬酸钠抗凝，样品量大于1ml，样品采集后于-20℃或-80℃保存；组织样品：样品可以为新鲜组织（最好-80℃保存）、石蜡包埋组织或95%乙醇中固定的组织，组织量大于50μg 细胞、菌液等。

我们提供
详细的实验流程；
电泳图；
测序谱图；
SNP基因型统计结果。

玉米品种鉴定技术规程 snp 分子标记法

玉米品种鉴定技术规程一、引言玉米是我国重要的粮食作物之一，而对于玉米的种质资源鉴定与保护具有重要意义。

传统的玉米品种鉴定方法往往依赖于形态学特征和遗传学性状，但这些方法存在一定的局限性，因此迫切需要引入新的鉴定技术，其中snp 分子标记法是一种全基因组基础的玉米品种鉴定技术，具有高通量、高分辨率和高灵敏度等特点，能够有效地解决传统鉴定方法存在的问题。

本文即将介绍玉米品种鉴定技术规程中的snp 分子标记法。

二、snp 分子标记法的基本原理snp （single nucleotide polymorphisms）是一种常见的DNA序列变异类型，是基因组中地位较为稳定的核苷酸多态性，是DNA分子在个体间存在的一种常见差异。

snp 分子标记法通过检测DNA序列中snp位点的变异情况，从而进行玉米品种的鉴定。

其基本原理包括：通过PCR技术扩增目标DNA片段，然后对扩增产物进行SNP位点检测，并通过测序、杂交或其他方法判断样品间的差异，最终进行品种鉴定。

三、snp 分子标记法在玉米品种鉴定中的应用1. 样品的DNA提取在进行snp 分子标记法鉴定之前，需要进行样品的DNA提取工作。

通常可以采用CTAB法、硅胶柱法、磁珠法等方法进行DNA提取，确保所提取的DNA质量和纯度适合于后续的PCR扩增和序列检测。

2. PCR扩增PCR扩增是snp 分子标记法的关键步骤之一，可以选择合适的引物设计，按照PCR扩增的优化条件进行反应，扩增目标DNA片段。

在PCR扩增中，需要注意反应体系的准确配制、反应条件的控制和PCR 产物的纯化等工作。

3. SNP位点检测在获得PCR产物之后，需要进行SNP位点的检测工作。

可以通过测序、引物延伸、核酸芯片或者其他方法进行SNP位点的检测，从而确定样品间的差异情况。

4. 数据分析与鉴定结果获得SNP位点的检测数据之后，需要进行数据分析工作，可以利用生物信息学软件或其他统计学方法进行数据的处理和分析，最终得出品种鉴定的结果。