生物信息学实验一

三：作业
1、了解NCBI、EMBL和SWISS-PROT数据库的结 构和主要内容。 2、找到编码拟南芥（arabidopsis）phyA（光敏色 素A）基因的核酸序列编号, 并记录查找过程。 3、以phyA为检索词，在pubmed数据库中分别检 索在题目和摘要字段中含有该检索词的文献，记录 检索出的条目数目。 4、仔细阅读所查询核酸序列在NCBI和EMBL数据库 中格式的解释，理解各字段的含义，并比较NCBI与 EMBL中序列格式的异同。 5、将GenBank数据库中检索出的任一条查询核酸 序列以FASTA序列格式显示并保存。
序列来源的物种学名和分类地位
相关文献编号，或递交序列的注册信息
相关文献作者，或递交序列的作者
RT RL RX RC RP CC DR FH FT SQ 空格
TITLE JOURNAL MEDLINE REMARK COMMENT
FEATURES BASE COUNT ORIGIN
相关文献题目
相关文献刊物杂志名,或递交序列的作者单位
二：实验内容及操作步骤
5．使用SRS信息查询系统检索一条核酸序列， 链接提取该序列内容，阅读序列格式的解释， 理解其含义；比较NCBI与EMBL中序列格式 的异同。
调用Internet浏览器并在其地址栏输入SRS 网址（http://srs.ebi.ac.uk ），查询自己感 兴趣的核酸序列。
二：实验内容及操作步骤
2.2.1进入Entrez Home页面 文献数据库 有关的限制字段设置 选择Pubmed
点击limits，进入与Pubmed 如选择Title等不同字
段，及限制期刊类型，作者等进行查询。
Hale Waihona Puke Baidu
二：实验内容及操作步骤
2.2.2 Preview（搜索结果预览）/Index（索 引词表检索）的应用。所谓的索引词表检索 是当你选定查询字段并键入检索词如Bird Flu时 点击Index 这时返回一个在该 字段中的以“Bird Flu”开始的索引词表窗口， 后面括弧中的数字代表包含该索引词的记录 条数 选择一个或几个关键词，点击 Preview可进行结果的预览 点击Go可获 得查询结果。
EMBL和GenBank数据库格式
EMBL GenBank
ID LOCUS
含义
序列简单说明
DE
AC
DEFINITION
ACCESSION
序列简单描述
序列编号
SV
KW OS OC RN RA
VERSION
KEYWORDS SOURCE ORGANISM REFERENCE AUTHORS
序列版本号
关键词 序列来源的物种名
二：实验内容及操作步骤
练习使用AND, OR, BUT逻辑词来限定关键 词，如Bird Flu AND human cases 等查询 人感染禽流感的相关记录，比较查询结果。 2.2 学习使用limits等限制字段查询方式，检 索与禽流感相关的文献，并统计检索结果。 比较不同检索方式的查询效率。
相关文献Medline引文代码 相关文献注释 相关文献其它注释 关于序列的注释信息 相关数据库交叉引用号 序列特征表起始 序列特征表子项 碱基种类统计数 序列
二：实验内容及操作步骤
4.GenBank数据库FASTA序列格式的显示与保存； 以步骤3所获得的感兴趣核酸序列结果页面为例，在 显示模式“Display”的下拉菜单中选择一个需要的 序列格式如FASTA序列格式，然后点击Display按 钮，结果就出现该序列的FASTA格式。
如果需要保存该条序列信息，可以直接通过点击浏 览器IE的“文件”菜单中的另存为命令将序列保存 到本地计算机；也可以利用Entrez系统自身的保存 功能，即点击Send to，选择File,就会出现保存文 件相应的窗口，然后按指示操作即可。
二：实验内容及操作步骤
2.2.3 点击History，可以看到本次练习结果 页面的历史记录。包括所采用的主题词、查
询字段范围、花费时间、及相应结果等。
二：实验内容及操作步骤
3.使用Entrez信息查询系统检索与禽流感相关的核 酸序列，链接提取其中一条感兴趣的序列内容，阅 读序列格式的解释，理解其含义。 进入NCBI主页 进入Entrez Home页面 选 择Nucleotide数据库 在Search后的输入栏中 选择Nucleotide 在输入栏内输入关键词H5N1 点击go查询。 阅读查询结果，选择一条感兴趣的核酸序列，点击 该序列与数据库的超链接，阅读序列格式的解释， 理解其含义。
二：实验内容及操作步骤
2. 使用Entrez信息查询系统检索文献，并阅读 感兴趣文献的摘要或全文。 2.1调用Internet浏览器并在其地址栏输入 Entrez网址 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez) 进入 NCBI主页 进入Entrez Home页面 选择 pubmed文献数据库 在Search后的输入栏中 选择Pubmed 在输入栏内输入关键词Avian Influenza/Bird Flu 点击go查询。统计查询 结果，并阅读感兴趣文献的摘要或全文。
一：实验目的
3：熟悉GenBank数据库序列格式及其主要 字段的含义；
4．了解EBML数据库序列格式及其主要字段 的含义； 5．掌握对GenBank数据库里的序列进行 FASTA序列格式的显示与保存。
二：实验内容及操作步骤
1.登陆NCBI、EMBL、SWISS-PROT、PDB 数据库主页，打开数据库的SITE MAP页面， 了解各数据库的结构和主要内容。 网址:NCBI:www.ncbi.nlm.nih.gov EMBL:www.ebi.ac.uk SWISS-PROT: www.expasy.org/sprot/ PDB: www.rcsb.org/pdb/
生物信息学实验
实验纪律 1、遵守计算机实验室的规章制度 2、上课时间严禁打游戏、聊天及浏览与 课程内容无关的网页。 3、不得迟到、不得带食物进入实验室
实验一
生物信息学数据库及信息检索
一：实验目的
1：了解NCBI、EMBL、SWISS-PROT、PDB 数据库。 2：了解NCBI、EMBL数据库的检索系统 ENTREZ、SRS，并掌握文献、序列的快速 高效检索方法。