Vector NTI7.0中文使用说明书
Vector NTI学习报告

Vector NTI学习报告一,新序列的倒入鼠标点击File 然后点击Local Database,截图一,然后出现新界面,点击图标(鼠标放在该图标上会显示new subject),结果如截图二,默认名是Group,可以自己重新命名。
截图一截图二再点击另为一个图标(鼠标放在该图标上会显示new)会出现新界面,如截图三,在此处编辑加入序列的名称。
截图三截图四显示了DNA/RNA的一些特性,根据倒入序列自身的特性选择其中的选项。
截图四在截图五的界面下(也就是Sequence and maps),点击Edite Sequence截图五出现截图六的窗口截图六但是因为我的电脑安装的这个版本不能导入序列,所以点击Paste后,出现了截图七的界面截图七二,酶切位点分析操作过程如截图八,点击后出现截图九的窗口,这里可以删除和添加想要分析的限制酶。
截图九我删除了绝大多数限制酶,仅保留三个,见截图十。
截图十然后我又随机添加了三个,见截图十一,十二,十三截图十一截图十二截图十三最后点击OK,就可以分析这六个限制酶的酶切位点,见截图十四截图十四RFLP可以分析同一个限制酶对多个序列切出的片段数目具体过程如下,截图十五按照截图十五的步骤,会出现如下窗口,截图十六我随机选择了两个分子,和一个限制酶,点击calculate截图十七结果如下图截图十八Finding Common Non-Cutting Enzyme可以用来分析哪些限制酶不会切割序列截图十九按照上图操作,得到下图截图二十图二十的左边窗口可以多选,右边窗口也可以多选。
我随机选的几个,然后点击Start,过程与结果见下面两张图截图二十一结果可以打印和保存截图二十二Restriction Fragments可以分析现在没切的片段大小。
我安装的版本操作不了,所以也没有附上之后会出现的窗口。
截图二十三截图二十四Restriction Report 可以对所有限制酶对序列的酶切结果进行统计,操作和结果如下截图二十五这份表格可以打印保存截图二十六三,功能元件的标记这个序列是我在软件数据库能随机找的,酶切位点已经被我删去,用来演示标记功能元件的过程。
Vector NTI的使用经验交流

Thank you!
4. 加入特征:点击工具栏中的add feature按钮,出现右图框体,可 以选择添加的类型,长度并对其 命名
序列的添加
选中需要添加序列的位置,点击 “ Edit-New-Insert sequence at…”
将需要插入的序列复制进去,点击OK便可以完成序列的插入,随 之再利用之前所说到的add feature功能对其添加特征
图谱显示的变更 右键pMV2614488,选择”Molecule Properties…”
勾选图谱的各项属性,由linear改为circular
数据的保存
存为文件
保存至本地数据库
图谱的导出
在图谱空白处点击右键--camera
可以选择复制到剪贴板(clipboard)然后粘贴到PS或画图进行进一步编辑 或者可以直接输出为图片文件(file),不过只能选择jpg格式
文字窗口
图谱窗口 序列窗口
载体序列的操作
点击File-Open打开如下界面选择从GenBank上下载的文件
该序列的常规信息
以图形+注释的形式显示序列的特征:可编辑
序列信息:默认以双链形式显示,复制时默认复制正链
限制性酶切位点分析
选择工具栏中的Restriction site
选择需要添加或移除的酶切位点
Web of Science
检索高被引文章 检索近期高被引文章
位于页面左侧的筛选方式相较于NCBI更加可视化
文献清晰图片的导出方法ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
直接去下载文章的官方网站获取图片
找到图片的位置并点击弹出新窗口 点击放大以获取最大的图片
点击download slide会下载一张ppt,其中带有矢量图片
Vector NTI Suite使用简介

Vector NTI Suite使用简介资料来源:丁香园 Vector NTI Suite是一套功能强大、界面美观而又友好的分子生物学应用软件包。
它主要包括四个组件,分别对DNA、RNA和蛋白质进行各种分析和操作。
一、Vector NTI作为Vector NTI Suite的核心组成部分,它可以在各种分子生物学研究项目的全过程中提供数据组织、编辑和分析支持。
(一)对分子序列的操作我们以一个DNA序列为例,进行一系列的常规分析;最后将此DNA序列翻译成氨基酸序列,并对此氨基酸序列进行各种分析。
A,DNA序列为猪生长激素的cDNA序列,长为761bp。
首先使用Vector NTI的Create New命令将此序列导入到Vector NTI的数据库中:1,第一种方法:如果只知道序列时,点击Molecule才菜单中的Create New——Using Sequence Editor(DNA/RNA……);2,在出现的“New DNA/RNA Molecule”对话框中,首先在General填入导入序列的名称——PGH;3,在DNA/RNA Molecule活页中,选中Linear DNA, Animal/other Eukaryotes,Replicon Type中选Chromosome;4,Description中填入:S.Scrofa Growth hormone mRNA;5,在Sequence and Maps中点击“Edit Sequence”按钮,将DNA序列复制后,点“Paste”按钮-点“OK”-确认后就可以完成序列导入。
B,如果是一个从GenBank上下载的序列文件,则:点击“Molecule”菜单-Open-Molecule files命令,找到序列文件,在File format中选中GenBank Files;点击OK。
(二)常规操作:当序列导入完成后,在桌面出现三个窗口,上左侧的窗口中显示的是该序列的常规信息,上右侧窗口则以图形的格式展示序列的特征区及酶切图谱等。
Vector_NTI_10_使用说明书(繁体中文)-2

第十一章 AlignX BlocksAlignX Blocks可以用在蛋白質序列比對,和AlignX不同的地方在於比對的序列會以圖形表示比對的結果。
啟動AlignX Blocks的方式和AlignX是一樣的,可直接開啟或是從主程式上方開啟(圖11.1-2):圖11.1 直接於程式集中開啟AlignX Blocks圖11.2 於Vector NTI程式內開啟AlignX Blocks開啟程式後會看見和AlignX很類似的操作界面(圖11.3):圖11.3 開啟AlignX程式後的介面首先使用者要把序列檔案載入程式裡面,可以點選或者從左上方的Project→Add Files把序列檔案載入,序列只能分析蛋白質序列(圖11.4):圖11.4 利用Project→Add Files將序列載入到左上視窗進行比對前先將要比對的序列用滑鼠反白(圖11.5),操作和AlignX相同:圖11.5 全選欲進行比對的序列比對前可以依各人需求調整序列比對的條件跟參數(圖11.6)。
可點選或是從Blocks→AlignX Blocks Setup進行調整:圖11.6 參數的設定會影響程式的運算,要適當的調整得到所要的結果參數的設定會影響到程式的運算,並造成不同的比對結果。
使用者可針對這三個參數進行調整,直到得到滿意的結果為止。
Blocks'colors項目(圖11.7)表示比對後各序列相似區域所顯示的顏色,預設值為紅色,可以依照喜好設定顏色。
圖11.7 Blocks' colors改變顯示的顏色和AlignX相同,使用者也可以設定Score matrix的參數(圖11.8),但是不建議一般使用者更改。
圖11.8 更改Score matrix的參數,設定好了以後按下或者是選取Blocks→Search for blocks程式進行運算,經運算完成之後會出現下面的畫面:圖11.9 運算的結果:左下為相似的區域,右上為序列的圖形顯示,右下為比對的畫面在左下的視窗(圖11.9)中所顯示的是程式依照蛋白質序列和設定的參數所比對出相似的區域,此區域稱之為block;右上方的視窗是把比對的序列以圖形顯示,可以判別block之間的位置關係;右下方則是序列的比對畫面。
VectorNTI使用中文说明

VectorNTI使用中文说明Vector NTI它主要包括四个组件,分别对DNA、RNA和蛋白质进行各种分析和操作。
一、Vector NTI 作为Vector NTI Suite的核心组成部分,它可以在各种分子生物学研究项目的全过程中提供数据组织、编辑和分析支持。
(一)对分子序列的操作我们以一个DNA序列为例,进行一系列的常规分析;最后将此DNA序列翻译成氨基酸序列,并对此氨基酸序列进行各种分析。
A,DNA序列为猪生长激素的cDNA序列,长为761bp。
首先使用Vector NTI的Create New命令将此序列导入到Vector NTI的数据库中:1,第一种方法:如果只知道序列时,点击Molecule才菜单中的Create New——Using Sequence Editor (DNA/RNA……);2,在出现的“New DNA/RNA Molecule”对话框中,首先在General填入导入序列的名称——PGH;3,在DNA/RNA Molecule活页中,选中Linear DNA,Animal/other Eukaryotes,Replicon Type中选Chromosome;4,Description中填入:S.Scrofa Growth hormone mRNA; 5,在Sequence and Maps中点击“Edit Sequence”按钮,将DNA序列复制后,点“Paste”按钮-点“OK”-确认后就可以完成序列导入。
B,如果是一个从GenBank上下载的序列文件,则:点击“Molecule”菜单-Open-Molecule files命令,找到序列文件,在File format中选中GenBank Files;点击OK。
(二)常规操作:当序列导入完成后,在桌面出现三个窗口,上左侧的窗口中显示的是该序列的常规信息,上右侧窗口则以图形的格式展示序列的特征区及酶切图谱等。
下面一个窗口显示的是序列:默认状态下以双链形式出现,也可以更改为单链显示。
Vector NTI使用介绍(PPT)-PPT课件

molecules or sequences ☼ Manually creating new molecules
Constructed DNA/RNA Molecules
☼ Splicing
exons of an intron-exon join feature of another
323-442-3309
Workshop Outline
A. Overview of molecule types and creation methods
B. Major steps and tools for molecule construction and design
Constructed DNA/RNA Molecules
☼ Built
from one or more fragments (parent molecules, linkers, adapters, etc.) ☼ Automatically receive the Feature map and sequences from the parent molecules.
Constructed Protein Molecules
☼ Translated
from a coding sequence of a DNA molecule ☼ Does not receive the Feature map from its parent DNA molecule
Methods of Creating New Molecule in Vector NTI Basic Molecules (DNA/RNA/Protein)
Recipient and donor fragments are selected by users. Restriction sites are analyzed and generated by Vector NTI. Methods of terminus modification are determined by Vector NTI.
西门子Vector系列集合操作开关说明书

Vector® seriesGroup-operated switches manual and motorized/disconnectswitchesOverviewDesigned for superior reliability and load-breaking performance, the Vector series of group-operated air-break switches includes 15/25 kV and 38 kV versions. Manufactured as a true unitized switch, the Vector series is completely factory assembled and adjusted to eliminate the need for tuning in the field. Utilizing Siemens innovative Saf-T-Gap interrupters for dependable loadinterruption, bolt-on style interrupters are supplied as standard with plug-in styleinterrupters available as an option for rapid change-out using a shotgun stick.VectorOperational reliability is enhanced byenclosing the operating mechanism inside the switch base for superior weather protection. Ease-of-operation is assisted with the use of environmentally sealed, oil impregnated sintered bronze bearings supporting a balanced-force operating mechanism. Galvanized steel, fiberglass, and aluminum tubular bases are available.2OverviewInstallation is made simple with the factory-installed “single-point lift bracket.” Provisions for dead-ending all three conductors is standard (on most models) along with the “pole hugger” design for improved aesthetics.All Vector series switches are available in pipe-operated versions, hookstick-operated gang versions and motorized versions with SCADA control.3Enclosed operating mechanismOperational reliability is assured by enclosing the operating mechanism inside the switch base to shield it from the environment. Two interposing rods balance the forces acting on the rotating insulator shafts to provide dependable push-pull switching.14123455DetailsHookstick-operated gangThe HOG – horizontalThe HOG – vertical* Weight does not include operating pipe.* Weight does not include operating pipe.6Pipe operatedDetailsPipe operated – horizontalPipe operated – vertical (cable riser style)* Weight does not include operating pipe.* Weight does not include operating pipe.7DetailsHookstick-operated gangThe HOG – symmetricalThe HOG – inverted* Weight does not include operating pipe.* Weight does not include operating pipe.* Weight does not include operating pipe.8Pipe operatedDetailsPipe operated – symmetricalPipe operated – inverted* Weight does not include operating pipe.* Weight does not include operating pipe.* Weight does not include operating pipe.9ConfigurationsThe Vector ® series is available in pipe-operated and hookstick-operated versions. For additional options or configurations, please contact yourSiemens representative.1410AutomationVersatility is key when it comes to operating a motorized group-operatedairbreak switch locally or remotely. Combining the field proven reliability of themanually operated Vector series with engineered controls, the Auto-Pak Vector(APV) enables applications such as auto-transfer and auto-sectionalizing.Optional voltage and current sensors can be mounted directly to the switch unitto provide a cost-effective line monitoring and fault detection solution.11Vector numbering systemPosition:12345*A B1C*Consult factory for custom configurations.12DetailsVector ratings:• 900/1,200 A continuous current• 630 A loadbreak• Momentarycurrent loadbreak• 25,000 A three second• 20,000 A one-time symmetricalfault close in• 15,000 A three-time symmetricalfault close in.Standard features:• Silver-to-silver hinge andjaw contacts• Dead-end bracket supplied asstandard (not available for verticalriser model)• E nclosed balanced bearingoperating mechanism• Pole-hugger operating shaft forimproved installation appearance• Four 7’ pipe sections, handle andlocking assembly and necessarycouplings and guides• Single-point lift bracket• All components packaged inone crate• 630 A bolt-on Saf-T-Gapinterrupters. Plug-in style availableas an option.• Copper-bronze live parts• Tinned terminal pads.3EK4 (APS) surge arrester3EK8 (APS) surge arrester131415Siemens Industry, Inc.99 Bolton Sullivan DriveHeber Springs, Arkansas 72543For more information, including service or parts,please contact our Customer Support Center.Phone: 1-800-333-7421/disconnectswitchesOrder No.: E50001-F630-A167-01-76USPrinted in U.S.A.© 2019 Siemens Industry, Inc.The technical data presented in this document is based on an actual case or on as designed parameters, and therefore should not be relied upon for any specific application and does not constitute a performance guarantee for any projects. Actual results are dependent on variable conditions. Accordingly, Siemens does not make representations, warranties, or assurances as to the accuracy, currency or completeness of the content contained herein. If requested, we will provide specific technical data or specifications with respect to any customer‘s particular applications. Our company is constantly involved in engineering and development. For that reason, we reserve the right to modify, at any time, the technology and product specifications contained herein.。
NTI使用手册中文版

第一章安装和执行程序第一章安装和执行程序Vector NTI目前为网络版本,需要连到主机确认用户权力后才能运作。
厂商并没有针对授权时间进行限制,因此只要设定好License Server 的相关设定即可使用,不需要额外进行申请。
但用户IP 位置必须位于海洋大学校内,方可与授权服务器联机。
请下载下面这个档案进行安装.tw/Vector NTI Advance 10.exe 以下将说明如何设定的过程,变更为自服务器取得授权的方式: 1.选取开始→程序集→Invitrogen→Vector NTI Advance10→License Manager(图1.1)。
图1.1 授权设定2.在Applications 页面中(图1.2),点选下面的Dynamic 按钮,上面四个字段请填上使用者的姓名,系所单位,电话和电子邮件位置,最下面一栏URL of DLS 请入以下字符串:.tw:8080/vntidls.cgi。
DLS Server requires authentication 目前不需要勾选。
.tw/CMBB_REFIX/main/nti 1 Vector NTI教育训练手册图1.2 授权设定窗体3.在Internet Settings(图 1.3)里面建议选取Direct Connection,这样当IE 设定Proxy 之后,才不会导致Vector NTI因为IP 不在校内而不能联机。
图1.3 Vector NTI授权网络设定 4.设定之后可以点选Test Connection,程序会自动联机测试,如果在右边的联机结果显示Connection OK(图1.4),就表示设定成功;如果显示Connection error,则表示联机不成功,如果有开启防火墙/防病毒软件,请关闭或调整设定后再试一次。
图 1.4 Vector NTI授权网络设定,成功右下角会显示Connect OK .tw/CMBB_REFIX/main/nti 2 第一章安装和执行程序5.设定成功后,在Dynamic license 的页面记得按下Apply,最后在Applications (图1.5)把所有项目的Demo mode 改成Dynamic license。
Vector NTI的使用-文档资料

功能模块主要包括:序列编辑、引 物设计、模拟翻译、模拟电泳、序列比 对、Contig、第三方附加模块等。
4
一、本机数据模块:
5
✓ 数据库分类
✓ 核酸分子 ✓ 蛋白质分子 ✓ 内切酶 ✓ 寡核苷酸 ✓ 电泳marker ✓ 引文 ✓ BLAST搜索结果 ✓ (PCR)分析结果
Vector NTI的使用
1
软件: ✓Vector NTI 8.0 / 10.3
此课件仅是提纲,具体使用 库的维护 ✓ 限制性内切酶 ✓ DNA→Protein ✓ Contig ✓ 序列比对及多重比对 ✓ DNA/质粒图谱绘制
3
软件包含两大模块: 数据库模块和功能模块。数据库用
✓酶切片段
✓ 完全酶切 ✓ 部分酶切
21
22
部分酶切
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部分酶切
24
部分酶切
25
✓序列比对
26
按住“Ctrl”键后,用鼠标左键可以进行复杂的选择, 然后在选择的项目上点鼠标右键,关联菜单弹出……
27
这里先做选取
28
✓Contig
✓ *.abi或*.scf文件与序列文件 ✓ 构建一个Contig ✓Contig是“contiguous sequences group”的缩
✓ 每类数据库又分为基库(MAIN)和子库(subset)
✓ 真正的数据都在基库里,子库只是用户自己建立的数据条目(item)的子集,里面 是数据的联接不是数据本身,但是可以象操作数据一样进行直接操作;
✓ 对数据条目进行“拷贝”、“粘贴”操作,只会产生一个新的联接,不会产生新 的数据;要产生数据复制,需要用“Duplicate”(数据条目上点右键);
vectornti使用教程第六章_限制切位分析

vectornti使用教程第六章_限制切位分析第六章限制酶切位分析第六章限制酶切位分析在NTI主程序中,用户可以针对序列的限制酶切位和切割后的片段进行分析(图6.1)。
在主程序中,开启上方Analyi选项进入RetrictionAnalyi:图6.1限制酶切位和切割后的片段分析在RetrictionSite的选项中用户可以设定欲分析的限制酶:图6.2利用RetrictionSite选项设定欲分析的限制酶VectorNTI教育训练手册在窗口的左边是程序默认的限制酶(图6.2),欲进行调整可以点选Remove或是RemoveAll移除。
若要新增限制酶可以点选Add增加:图6.3选取数据库中所要的限制酶选取欲分析的限制酶后按OK(图6.3),在RetrictionSite窗口下再按一次OK就可以进行分析了:图6.4选取的限制酶,分析产生的结果使用者可以看到图谱和序列窗口都会显示用户加入的限制酶,并且都注明了剪切的位置;在文字窗口(图6.5)打开文件夹,可整理每种限制酶的切位位置:第六章限制酶切位分析图6.5文字窗口所显示的各种限制酶切位位置RetrictionFragment(图6.6):点选此项目可以分析剪切出来的片段大小:图6.6选择欲分析的片段进行分析选择想要分析的限制酶按OK:VectorNTI教育训练手册图6.7于文字窗口可以看到所分析的结果在文字窗口(图6.7)就可以看到分析的结果。
RFLP:这个项目可以比较分析同一限制酶对不同序列切出来的片段数目(图6.8):图6.8利用RELP比较分析同一限制酶对不同序列切出来的片段数目第六章限制酶切位分析左边的项目为其他的序列(可复选),这些序列数据是已经内建或是储存在LocalDatabae中,用户可以在Subet项目中转换数据。
右边的字段可以选择限制酶(可复选)。
选择好之后按下Calculate程序就会显示分析后的结果(图6.9):图6.9利用RELP显示出所选取的分析结果窗口中CreateGel的项目往后会再进一步介绍。
vector的使用方法

vector的使用方法容器vector称做向量,相当于可以动态改变大小的数组,使用方法简单。
vector里,提供了大量的函数,其中许多函数,在STL的不同容器里,用法是基本相同的,熟悉了vector,再掌握其容器,会简单的多。
下面说明vector的常用方法。
l 说明和赋值vector <int> viCount ; //定义一个空的整型vectorvector <int> viLen[10] ; //定义一个大小为10的整型vectorvector <string> vsZqdm ; //定义string型的vector下面定义一个struct的vector:typedef struct{char szZqdm[7] ;char szZqmc[9] ;} ZQXX ;vector <ZQXX> vZqdm ;在定义vector <string> 后,VC6里会有4786的警告信息,可以使用#pragma warning(disable:4786)来屏蔽。
对于vector中存在的元素,需要更改其值时,可以使用数组的方式,或成员函数at(),例如:viLen[1]=10;viLen.at(2)=11;l 迭代器iteratoriterator,叫做迭代器,相当于一个指针,指向容器中的元素,是STL许多操作的基础,在遍历容器等场景下必须使用的数据类型。
iterator的说明:vector<int>::iterator it;vector的begin()成员函数返回第一个元素的iterator指针,end()成员函数返回最后一个元素下一个位置的iterator指针。
* iterator返回iterator 所指的元素的值。
下例显示vector中的所有元素:vector <int> viCount(5) ;vector<int>::iterator it;viCount[2]=3;for(it=viCount.begin();it!= viCount.end();it++)cout << *it << endl ;l 增加元素在vector中增加元素,分为在尾部增加,和在中间插入元素两种情况,push_back()在尾部增加元素,insert()在vector中间插入元素。
最新Vector NTI使用介绍(PPT)

☼ Splicing exons of a gene ☼ Translated from DNA molecules
Molecule Construction vs. Molecule Design
❖ Recipient and donor fragments are defined by users.
construction parameters, including necessary terminus modifications. 4. Name, select data and describe the new molecule. 5. Verify and edit the component fragments in the Goal Molecule Definition List. 6. Initiate molecule construction.
❖ Fragment Wizard
☼ Construct fragments (define positions and termini) ☼ Design recipient/donor fragments (define termini) ☼ Add defined fragments to the Goal Molecule Definition List
❖ Restriction sites are defined by users.
❖ When required, the methods of terminus modification are defined by users.
❖ Recipient and donor fragments are selected by users.
04VectorNTI的使用

04VectorNTI的使用Vector NTI(简称NTI)是一款常用于分子生物学研究的软件,主要用于序列分析、蛋白质结构模拟和分子克隆实验的设计等方面。
本文将介绍NTI的安装和使用方法,并详细讲解其主要功能和特点。
一、安装NTI1. 打开浏览器,“Vector NTI”。
二、使用NTI1.启动NTI安装完成后,可以在开始菜单或桌面上找到NTI的快捷方式,点击打开软件。
2.序列分析NTI可以对DNA、RNA和蛋白质序列进行多方面的分析。
(1)打开序列文件点击菜单栏的“文件”>“打开”选项,选择要分析的序列文件,可以是FASTA、GenBank或其他格式的文件。
(3)序列比对点击菜单栏的“分析”>“序列比对”选项,选择要比对的序列文件,进行多序列比对分析。
(4)ORF预测点击菜单栏的“分析”>“ORF预测”选项,输入要预测的序列及参数设置,进行开放阅读框(ORF)的查找和分析。
(5)启动子预测点击菜单栏的“工具”>“启动子预测”选项,输入要预测的序列及参数设置,进行启动子的查找和分析。
3.蛋白质结构分析NTI可以对蛋白质的结构进行建模和分析。
(1)打开蛋白质结构文件点击菜单栏的“文件”>“打开”选项,选择要分析的蛋白质结构文件,可以是PDB、MOL或其他格式的文件。
(2)蛋白质结构模拟选中要模拟的蛋白质结构,点击右键选择“模拟结构”进行分子动力学模拟或力场优化。
(3)蛋白质结构可视化点击菜单栏的“显示”>“蛋白质结构”选项,可以调整蛋白质的显示方式,包括线框图、空间填充等。
4.分子克隆实验设计NTI可以辅助设计分子克隆实验。
(1)打开DNA序列文件点击菜单栏的“文件”>“打开”选项,选择要设计的DNA序列文件。
(2)引物设计点击菜单栏的“功能”>“引物设计”选项,输入目的序列及参数设置,进行引物的设计和注释。
(3)酶切位点分析点击菜单栏的“功能”>“酶切位点分析”选项,输入目的序列及参数设置,进行酶切位点的查找和分析。
Vector NT使用教程之第一章安装和执行程式

5
第一章 安裝和執行程式
第一章 安裝和執行程式
Vector NTI 目前為網路版本,需要連到主機確認使用者權限後才能運作。廠商並 沒有針對授權時間進行限制,因此只要設定好 License Server 的相關設定即可使用, 不需要額外進行申請。但使用者 IP 位置必須位於海洋大學校內,方可與授權伺服器 連線。 請下載下面這個檔案進行安裝 .tw/Vector NTI Advance 10.exe 以下將說明如 何設定的過程,變更為自伺服器取得授權的方式: 1.選取開始→程式集 →Invitrogen→Vector NTI Advance 10→License Manager(圖 1.1)。
圖 1.7 左邊為文字窗口,右邊為圖譜窗口,下方為序列窗口
文字窗口
圖譜窗口
序列窗口
這三個窗口為文字窗口、圖譜窗口和序列窗口。文字窗口會將分析結果,作簡 單的文字敘述,並且可以自動做註記;圖譜窗口會將序列以一個卡通圖形進行說明,
4
第一章 安裝和執行程式
同時具有繪圖的功能;序列窗口會將分析結果,標定在序列上面,以序列呈現出來。 接下來就是將序列載入程式中,我們可以將實驗或是搜尋所獲得的序列資料放
圖 1.1 授權設定
2.在 Applications 頁面中(圖 1.2),點選下面的 Dynamic 按鈕,上面四個欄位請填 上使用者的姓名,系所單位,電話和電子郵件位置,最下面一欄 URL of DLS 請入以 下字串: .tw:8080/vntidls.cgi。 DLS Server requires authentication 目前不需要勾選。
vectorNTI中文使用说明书

vectorNTI中文使用说明书Vector NTI7.0 User's Manual软件包中文翻译者:宋厚辉(浙江大学),记住这个伟大的人物吧!前言(Introduction)1.程序附带的数据库(Vector NTI database)包括:DNA/RNA、蛋白质、内切酶、寡核苷酸、凝胶mark。
另外程序还提供数据库开发(Database Explorer)功能,用户能够自己修改、添加、拷贝感兴趣的各类数据库。
2.创立新分子(有四种方法)A.用GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT and FASTA、ASCII等格式输入DNA或氨基酸。
B.手工粘帖,然后保存到数据库中C.从其它分子、接头、载体中剪切、拼接构键D.从DNA或RNA分子的编码区翻译成蛋白质3.关于新分子的序列特征图谱:利用GenBank/GenPept,EMBL/SWISS-PROT or FASTA等格式输入的分子都能显示出序列和结构图,但自己手工粘帖的没有,需要自己编辑第一章Chapter 1Tutorial: Display Windows(显示窗口)目的:创立显示窗口,并对图、序列和文本进行操作• 1.登录Vector NTI安装后首次登录,系统将提示是否允许填充空库,点OK。
这样DNA molecules, proteins, enzymes, oligos, and gel markers将组成NTI的数据库。
并出现下列两个窗口。
• 2. 观察出现的 Vector NTI 工作窗口和 Database Explorer窗口上面的第一个窗口为工作窗口,由菜单栏和工具条两栏,移动鼠标到工具栏任意选项处,鼠标自动显示每个工具条的功能。
第二个窗口为exlporing——local vector NTI database,显示的是上次打开的DNA/RNA或蛋白分子。
3. Create a Display Window for pBR322激活exlporing——local vector NTI database窗口中的DNA/RNA Molecules (MAIN) 数据库,找到pBR322分子并双击打开。
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Vector NTI7.0 User's Manual软件包中文翻译者:宋厚辉(浙江大学),记住这个伟大的人物吧!前言(Introduction)1.程序附带的数据库(V ector NTI database)包括:DNA/RNA、蛋白质、内切酶、寡核苷酸、凝胶mark。
此外程序还提供数据库开发(Database Explorer)功能,用户可以自己修改、添加、拷贝感兴趣的各类数据库。
2.创建新分子(有四种方法)A.用GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT and FASTA、ASCII等格式输入DNA 或氨基酸。
B.手工粘帖,然后保存到数据库中C.从其他分子、接头、载体中剪切、拼接构键D.从DNA或RNA分子的编码区翻译成蛋白质3.关于新分子的序列特征图谱:利用GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT or FASTA等格式输入的分子都能显示出序列和结构图,但自己手工粘帖的没有,需要自己编辑第一章Chapter 1Tutorial: Display Windows(显示窗口)目的:创建显示窗口,并对图、序列和文本进行操作∙ 1.登录Vector NTI安装后首次登录,系统将提示是否允许填充空库,点OK。
这样DNA molecules, proteins, enzymes, oligos, and gel markers将组成NTI的数据库。
并出现下列两个窗口。
∙ 2. 观察出现的Vector NTI 工作窗口和Database Explorer窗口上面的第一个窗口为工作窗口,由菜单栏和工具条两栏,移动鼠标到工具栏任意选项处,鼠标自动显示每个工具条的功能。
第二个窗口为exlporing——local vector NTI database,显示的是上次打开的DNA/RNA或蛋白分子。
3. Create a Display Window for pBR322激活exlporing——local vector NTI database窗口中的DNA/RNA Molecules (MAIN) 数据库,找到pBR322分子并双击打开。
显示如下窗口:∙ 4. 观察pBR322 显示窗口上面的窗口由文本区(对分子信息的文字描述,双击文件夹可以看到)、图形区(标住限制性内切酶位点等)和序列区(全序列及酶切位点)三个部分组成。
∙ 5. 显示窗口的管理(通过拖拉标尺,改变窗口、或每个显示区的相对大小)∙ 6. 转换pBR322’s 图形区:在工具栏左边的active pane右侧有三个按钮,用鼠标点当中那个(graphics pane)∙7. 对pBR322’s 结构图进行操作:用户可以尝试点击、、,此时图形的大小会发生变化。
选区设定:菜单Edit——>set selectio n,输入100bp–1000bp,然后OK.可以看到选取在图形中用扇型框圈了起来.将鼠标移到选取的5’端,可以看到,通过拖拉可以延长或缩短选区范围,同样在3’端也能做到。
如果用户一次只想移动一个碱基用直接拖拉就可能不方便,假如用户想在5’端移动一个碱基,首先将鼠标放到处,然后按住shift和键盘右侧的——>或<——箭头,则按一次箭头移动一个碱基距离。
如果一次想移动10个碱基,则同时按住shift+ctrl+箭头。
如果用户只是粗略选择,可以直接将鼠标移到图中,用十字花拖动。
将鼠标移到图的TCr处,此时鼠标箭头变成,并显示TCr代表的含义,如果用户此时按下鼠标,则TCr的编码区将被选中。
∙8. 检查pBR322’s nucleotide 序列移动标尺,尽可能将更多的PBR322序列显示出来,并点击序列中任何一处。
现在对序列显示的样式进行设定:点击(Display Setup)按钮,显示molecular display setup对话框:用户可以对序列的颜色、大小、10个一组显示还是15个一组(默认是10个碱基一组),结构图的颜色、限制酶切图谱(注意刚开始显示的PBR322上限制酶并不多)、ORF、Motif等进行设置。
现在我们打算把序列字体的颜色由黑色变成绿色,显示全部PBR322的酶切图。
操作如下:在刚才的窗口中点restriction map下面的RMap setup按钮,在出现的对话框中点Add,再在出现的对话框中点select all,然后OK。
点sequence下面的sequence setup,可以看到序列长度的设置等,在color栏中选green,一路点OK。
此时显示如下:我们发现限制酶是大大的多了,不过美中不足的是序列显示的是两条链(正链和互补链),实际上一条链就够了,还有最好再和编码的氨基酸一切显示。
这好办:先选中全序列(Ctrl-A),看到工具条中的(Translate Direct)图标了没,点它。
哈哈果然翻译成功了。
不要忘了看左右两侧的图标哟,点点看。
(注意用户在发表文章的时候,一般在文章中发表自己克隆或表达的DNA 序列,在DNA序列下面还有氨基酸序列,哈哈,这不帮你做到了。
什么?内切酶怎么去掉,刚才你怎么加上去的就怎么解除吧,看看我下面的图不就是办到了):9. 对pBR322’s text 文本描述进行操作拖动标尺,使文本区尽可能拉大。
选中Restriction Map文件夹,然后找到工具条中的Expand Branch按钮,点它。
其实这和双击restriction map文件夹是一样的,都是打开的意思,还有它左边的按钮。
在找到Feature Map文件夹,然后按按钮。
看到TC(R)了没,记住它。
这是一个四环素抗性基因,在第7章中将详细叙述如何将这段基因克隆到载体PUC19中。
10. 将pBR322’s 文本区和图区、序列区连接起来(可以让你一个一个的细细品位PBR322的每个细小结构,全部看可能会眼花,那就一个一个的看吧)激活文本区,然后找到(Link Panes)按钮,点它。
完了,PBR322的图区上的任何标记都没了,成了一个圆圈。
还有,序列区的酶切标记也没了。
哈哈,不用急,先点文本区的Restriction Map文件夹,然后点按钮打开文件(Standard Arrangement)按钮了没,点它。
会发现酶切图谱显示的方式和刚才不一样了,这是标准方式。
在文本区中选中feature map文件夹,点打开,发现图形又变了。
依次关掉feature map中的其他文件夹,只留TCR,此时图中只有TCR一个标记了。
最后别忘了再点一下链条,发现图又回到原样。
如下图:(看看上面的时钟都23:12了,该睡觉了),明天继续。
11. 打印pBR322’s 文本description, 图形map, 和序列sequence打印文本:先激活文本区,(就是active pane右边的第一个按钮,或者直接用鼠标在本文区点一下),然后按expand branch按钮打开文本区内的所有文件夹,然后点打印。
同样要想打印图形或序列,先激活其所在的选区,然后按打印机图标即可。
12.为41BB_HUMAN创建显示窗口点击窗口下面的exploring——local vector NTI database图标,打开打开Explorer窗口,点击窗口左上角的下拉式菜单,选Protein Molecules (MAIN)数据库。
找到41BB_HUMAN’s并双击。
打开窗口如下:窗口显示结构和DNA序列的显示窗口一致,也包括文本区,图形区和序列区三部分。
菜单和工具条也基本一样。
在文本区中双击Analysis文件夹,则蛋白自动分析结果以表格的形式在下面显示出来。
下面我们把这两个表格拷贝到word文档中,先用shift+鼠标将两个表格选中,然后点工具条中的照相机(camera)命令,在出现的对话框中可以看到序列的range中的selection已被选中,点Copy.,然后打开一个word文档,粘帖(ctrl-V),则表格被完整的拷贝到word文档中了。
如下所示:13. 为1B14_HUMAN创建显示窗口重新回到exploring——local vector NTI database窗口,找到1B14_HUMAN分子并双击打开。
如下图:注意该蛋白分子图形上的各种特征显示的十分紧凑,大有眼花缭乱的感觉,为了方便起见,我们可以按刚才介绍的link命令来逐一显示各个feature。
操作方法和DNA分子一致。
关闭窗口,结束,当最后一个窗口关闭是屏幕提示this will end your vector NTI session,点确定(OK)关闭。
第二章:Chapter 2Tutorial: Molecule Operations分子操作目的:对pBR322 的general data, feature map, and sequence进行编辑(注意蛋白质和DNA分子的操作是一样的)1.登录Vector NTI程序(刚刚说完,不用再教了吧)2.打开pBR322的显示窗口(再罗嗦一遍吧,程序vector NTI——Exploring local vector NTI Database——DNA/RNAMolecules (MAIN)——PBR322,双击。
)3. 对pBR322’s 的常用数据(general data)进行编辑在文本区的最上面,双击PBR322名字,弹出下面窗口:1st:给PBR322加关键词:点keywords,在弹出的关键词窗口中输入My own plasmid,点Add。
回到DNA/RNA Molecular 窗口,将最下面的description中的内容替换成My pBR322。
点OK(确定)。
注意屏幕的左上角pBR322*,在PBR322的后面有一个星号,说明现在显示的是PBR322的修饰形式。
现在我们要在数据库中保存这一结果:菜单molecular——save as,在弹出的对话框中输入序列的名字MypBR322,点OK。
这时发现星号不见了,说明结果已保存到数据库中,这时数据库中关于PBR322的DNA分子有两个,一个是原始的PBR322(就是最初打开的那个),另一个就是我们保存的那个my PBR322。
3.编辑My pBR322’s序列激活序列区,菜单edit——set selection,在对话框中输入范围21-40,点OK。
会发现序列选区内含有ClaI 和HindIII两个酶切位点。
点击菜单edit——new——Replace Sequence 21 bp–40 bp,将窗口中第23和24位的TC删除分别用AA代替,窗口将显示如下:注意该窗口左下脚显示有:inserted 2,delete 2,什么意思都不用说了。