怎么查找一个基因的启动子序列

定义：启动子是参与特定基因转录及其调控的DNA序列。

包含核心启动子区域和调控区域。

核心启动子区域产生基础水平的转录，调控区域能够对不同的环境条件作出应答，对基因的表达水平做出相应的调节。

区域：启动子的范围非常大，可以包含转录起始位点上游2000bp，有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点，因此也属于启动子范围。

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Do One Thing, And Do It Well. mybbff edited on 2005-07-22 08:41 举报
∙超级细菌耐药性基因多重PCR检测
∙【原创】ensembl 改版后如何查找启动子
∙【原创】使用UCSC查找一个基因的启动子序列（终）
∙【共享】如何查找基因启动子，外显子，内含子序列-最新的资料
Revelation 2005-05-07 11:23 消息引用收藏分享
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下面以BCL-2基因为例，查找查找该基因的启动子区域，首先要找到该基因的基因组序列。

去NCBI吧，在Search的下拉菜单里找到Gene，在检索项里输入Bcl-2，检索第一项就是bcl-2 for human，点进去看看啥样。

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首先你可以看到该基因的参考序列（reference sequence）,然后看到bcl-2的位置和基因组背景。

bcl-2上游是PHLPP，下游是FVT1基因。

在这个长长的网页的最后是已经注册的Bcl-2基因的信息。

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Do One Thing, And Do It Well. Revelation edited on 2005-05-07 11:59 举报
∙基因过表达
Revelation 2005-05-07 11:35 消息引用收藏分享
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看到基因组序列了么，点进去，根据序列信息自己就能定位转录起始位点，上游就是promoter了，简单吧。

不！我觉得麻烦。

有更简单的方法么？有！注意到在网页的开头有这么个链接么？HGNC：990
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∙• 【消息】ACEI + ARB，你给血透患者用这样的组合吗？
Revelation 2005-05-07 11:38 消息引用收藏分享
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点进去，看看吧。

原来是BCL-2的symbol report，各种各样的连接。

注意到左下角的Ensembl GeneView 了么，很有用的，点击。

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Do One Thing, And Do It Well. 举报∙jetPEI DNA transfection reagent
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呵呵，原来到了Ensemble了，是Ensemble的report。

列出了一堆令人兴奋的信息，太全了，只要是和这个基因相关的信息都能找到，包括SNP，Isoforms，等等等。

我们感兴趣的是，这个连接“View genomic sequence for this gene with exons highlighted”
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∙• 【读片】产科疑难超声病例（299）：十指连心，水深请谨慎Revelation 2005-05-07 11:48 消息引用收藏分享
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点击，看看，原来是bcl-2的基因组结构，红底色碱基是exon，绿底色碱基是SNP，太牛了。

别光高兴，忘了找promoter，默认的这个report只是显示bcl-2，上游600bp，下游600bp。

想想，短了一点。

怎么样让5'端多显示几百个碱基呢？秘密在这里。

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∙罗氏NimbleGen比较基因组杂交4x72K芯片服务
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把“5' Flanking sequence”的值改成5000bp，哼！小样！！不行？10000，20000，。

，靠，上一个基因的exon都露出来，算了吧（最大值99999）。

如果保守估计可以做起始位点上游2000bp内的区域，如果最大化估计，可以用起始位点上游至上有基因的最后一个exon结尾处，算你狠！！！
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然后就分析吧，先到MATCH分析一下转录因子结合位点/pub/programs.html#match 然后，然后。

，不管我的事了。

对方有大狙，撤！！！！
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∙• 【求职】要么不当医生，要么就当庸医
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2005-05-07 15:07 消息 引用 收藏 分享
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akanggg
2005-05-07 15:16 消息 引用 收藏 分享 分享到哪里？ ∙ 复制网址 ∙ 新浪微博
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好文！
不过CXCR4的基因点了ensamble后怎么没有结果呢？？0票
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∙microRNA及靶基因荧光素酶报告基因技术
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这个我check了一下，主要的问题出在NCBI数据库和Ensemble数据库之间的融合性上，也就是说目前二者之间的统一性与一致性还有一些小小的运转不灵。

解决方案：
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丁当加关注1，我说过你可以看到四项：
1)Ensembl GeneView 2)GENATLAS 3)GeneCards 4)GeneClinics/GeneTests
第一项不行，其他的试试，当看到第三项GeneCards的时候就会发现CXCR4的蛋白的Ensemble注册号：ENSP00000241393
2，点击进去会看到相应的核酸序列的Ensemble注册号：ENSG00000121966。

点击去就回看到你要找的东西了。

3，这时候你会注意到Ensemble给的ID是CXCR4_HUMAN ，而NCBI给的ID是CXCR4,用CXCR4检索Ensemble数据库确实不能检索到任何东西，而用
CXCR4_HUMAN 作关键词就可以。

所以，问题出在这两大数据库之间命名的一致性上，偌大的两个数据库，肯定大量存在这种问题，所以，我上门查找启动子的根本思路就是找到Ensemble注册号，不要局限于一种方法，get it！！
Good Luck！！
Sadas Dasd Asd
Asd asd Asd ad a
Asd ad。