昆明理工大学计算化学上机实验三-利用Gaussian对分子几何构型进行优化
用Gaussian研究化学问题
用Gaussian研究化学问题一：单点能的计算单点能计算是指对给定几何构性的分子的能量以及性质进行计算，由于分子的几何构型是固定不变的，只是"一个点"，所以叫单点能计算。
单点能计算可以用于：计算分子的基本信息可以作为分子构型优化前对分子的检查在由较低等级计算得到的优化结果上进行高精度的计算在计算条件下，体系只能进行单点计算单点能的计算可以在不同理论等级，采用不同基组进行。
例：甲醛单点能The electronic state of the initial guess is 1-A1.Warning! Cutoffs for single-point calculations used.Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-04 within 128 cycles. Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-02.Requested convergence on energy=5.00D-05.No special actions if energy rises.Keep R1 integrals in memory in canonical form, NReq= 649414.SCF Done: E(RHF) = -113.863702135 A.U. after 6 cyclesConvg = 0.4799D-04 -V/T = 2.0031S**2 = 0.0000********************************************************************* Population analysis using the SCF density.*********************************************************************二：几何优化收敛标准当一阶导数为零的时候优化结束，但实际计算上，当变化很小，小于某个量的时候，就可以认为得到优化结构。
上机作业4-Gaussian在结构化学中的应用二
昆明理工大学理学院上机实验报告课程名称：计算化学实验名称：专业班级：学生姓名：学号：上机作业4：Gaussian程序使用二：频率和热力学性质计算对乙烯酮( H2C=C=O)分子的振动频率和热力学性质进行计算。
1）写出乙烯酮( H2C=C=O)分子的内坐标及高斯输入文件。
，其中C=C: 1.35 C=O: 1.20 C-H: 1.09，H-C=C：120.0°。
（提示：设虚原子）%CHK=YIXITONG.CHK%rwf=yixitong.rwf#p B3LYP /6-31G* spYixitong0 1CC 1 R1X 2 R2 1 A1O 2 R3 3 A1 1 180.0H 1 R4 2 A2 3 0.0H 1 R4 2 A2 3 180.0R1=1.35R2=1.0R3=1.20R4=1.09A1=90.0A2=120.02）对H2C=C=O分子进行结构优化，给出结构的对称性，优化后的结构数据（键长、键角、二面角），能量值，并通过GaussView或ChemOffice将输入的结构图形以球棍形式列出。
计算方法：B3LYP基组设定：6-31G*优化：OPT对称性：C2V能量= -152.5984712921 C 0.0000002 C 1.314839 0.0000003 O 2.486220 1.171381 0.0000004 H 1.082743 2.077840 3.167280 0.0000005 H 1.082743 2.077840 3.167280 1.878582 0.0000003）对优化后的结构进行频率计算。
（提示：保持*.chk文件不变），找出计算的红外频率、振动模式及对称性，对频率进行矫正，并将校正后的数据和实验值相对比（填写表1）。
给出主要振动模式的图形、对应的峰值和红外光谱图（要求用origin作图）。
表1. 乙烯酮的红外分析振动模式实验值(cm-1) 计算值(cm-1) 校正值(cm-1) 红外强度对称性面内振动438 440.7177 423.662 2.9343 B2面外摇摆528 538.7049 517.8573 74.4313 B1面外摇摆588 590.7611 567.899 74.0799 B1面内扭曲977 1003.0527 964.22341 8.3269 B2伸缩振动1118 1179.8738 1134.2135 6.9638 A1面内伸缩1388 1434.7138 1379.1909 16.2242 A1面内拉伸2152 2239.9335 2153.2481 526.0268 A1面内拉伸3071 3209.1869 3084.9915 23.7501 A1面外拉伸3166 3298.0569 3170.4221 5.7145 B2计算方法：B3LYP基组设定：6-31G*频率计算：Freq geom=check guess=read频率矫正因子：0.9613(2)(1)(3)(4)(5) (6(7)(8)(9)-10010020030040050060070080005010015020025030010.7036549533175.0751177974257.3788746988E p s i l o nFrequency (cm-1)4）列表给出H2C=C=O分子的热力学数据。
Gaussian中分子的几何构型
Gaussian中分子的几何构型分子的几何构型************************************分子的几何构型（Molecular Geometry）************************************分子的平衡构型（molecular equilibrium geometry）是分子电子能量和核间排斥能量最小时分子的核排列。
分子势能一个含有N个原子核的非线性分子的几何构型可以用3N-6个独立的核坐标决定，分子的电子能量，U(q1,q2,…,q3N-6)是这些坐标的函数。
U = Ee +VNN注意到3个平移和3个转动自由度（线性分子的转动自由度为2）对U是没有贡献的，因此对一个双原子分子，U的表达式中仅仅保护一个变量，即两个核之间的距离，U?。
对一个多原子分子，U是每两个原子核之间距离的函数，是分子势能面（potentialenergy surface, PES）的一部分。
对某一特定的分子核排列下U的计算被成为单点（single-point）计算，因为这一计算仅仅涉及到分子PES上的一个点。
一个大分子可能在其PES上有多个极小点，对应于不同的平衡构象和鞍点。
分子构象（molecular conformation）可以通过指定围绕单键的二面角的指得到。
在能量极小点处的分子构象称为构型（conformer）。
几何构型优化从初始几何构型出发寻找U的极小值的过程称几何构型优化（geometry optimization）或者能量极小化（energy minimization）。
极小化的算法同时计算U和U梯度。
在一个局部最小点，U的3N-6个偏微分都是0。
PES上▽U = 0的点称为稳定点（stationary point）或者判据点（critical point），它可以是极小点，极大点或者鞍点。
除了▽U之外，一些最小化方法使用到U的二阶偏微分，从而生成Hessian矩阵，又称为力常数（force constant）矩阵，因为d^2U/Qi^2 = fi为力常数。
Gaussian软件应用——几何优化
Gaussian软件应用——几何优化第三章几何优化前面讨论了在特定几何构型下的能量的计算,可以看出,分子几何构型的变化对能量有很大的影响.由于分子几何构型而产生的能量的变化,被称为势能面.势能面是连接几何构型和能量的数学关系.对于双原子分子,能量的变化与两原子间的距离相关,这样得到势能曲线,对于大的体系,势能面是多维的,其维数取决与分子的自由度.3.1势能面势能面中,包括一些重要的点,包括全局最大值,局域极大值,全局最小值,局域极小值以及鞍点.极大值是一个区域内的能量最高点,向任何方向的几何变化都能够引起能量的减小.在所有的局域极大值中的最大值,就是全局最大值;极小值也同样,在所有极小之中最小的一个就是具有最稳定几何结构的一点.鞍点则是在一个方向上具有极大值,而在其他方向上具有极小值的点. 一般的,鞍点代表连接着两个极小值的过渡态.寻找极小值几何优化做的工作就是寻找极小值,而这个极小值,就是分子的稳定的几何形态.对于所有的极小值和鞍点,其能量的一阶导数,也就是梯度,都是零,这样的点被称为稳定点.所有的成功的优化都在寻找稳定点,虽然找到的并不一定就是所预期的点.几何优化有初始构型开始,计算能量和梯度,然后决定下一步的方向和步长,其方向总是向能量下降最快的方向进行.大多数的优化也计算能量的二阶导数,来修正力矩阵,从而表明在该点的曲度.3.2 收敛标准当一阶导数为零的时候优化结束,但实际计算上,当变化很小,小于某个量的时候, 就可以认为得到优化结构.对于Gaussian,默认的条件是力的最大值必须小于0.00045,均方根小于0.0003 为下一步所做的取代计算为小于0.0018,其均方根小于0.0012 . 这四个条件必须同时满足,比如,对于非常松弛的体系,势能面很平缓,力的值已经小于域值,但优化过程仍然有很长的路要走.对于非常松弛的体系,当力的值已经低于域值两个数量级,尽管取代计算仍然高于域值,系统也认为找到了最优点.这条规则用于非常大,非常松弛的体系.3.3 几何优化的输入Opt关键字描述了几何优化例3.1 文件e3_01 乙烯的优化输入文件的设置行为#R RHF/6-31G(d) Opt Test表明采用RHF方法,6-31G(d)基组进行优化3.4 输出文件优化部分的计算包含在两行相同的GradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad...........之间,这里有优化的次数,变量的变化,收敛的结果等等.注意这里面的长度单位是波尔.在得到每一个新的几何构型之后,都要计算单点能,然后再在此基础上继续进行优化,直到四个条件都得到满足.而最后一个几何构型就被认为是最优构型.注意,最终构型的能量是在最后一次优化计算之前得到的.在得到最优构型之后,在文件中寻找--Stationmay point found.其下面的表格中列出的就是最后的优化结果以及分子坐标.随后按照设置行的要求,列出分子有关性质例3.2 文件e3_02 氟代乙烯的优化3.5 寻找过渡态Gaissian使用STQN方法确定反应过渡态,关键词是Opt=QST2例3.3 文件e3_03 过渡态优化例中分析的是H3CO --> H2COH 的变化,输入文件格式#T UHF/6-31G(d) Opt=QST2 TestH3CO --> H2COH Reactants0,2structure for H3CO0,2structure for H2COHGaussian也提供QST3方法,可以优化反应物,产物和一个由用户定义的猜测的过渡态.3.6 难处例的优化有一些系统的优化很难进行,采用默认的方法得不到结果,其产生的原因往往是所计算出的力矩阵与实际的相差太远.当默认方法得不到结果时,就要采用其他的方法.Gaussian提供很多的选择,具体可以看User's Reference.下面列举一些.Opt=ReadFC 从频率分析(往往是采用低等级的计算得到的)所得到的checkpoint文件中读取初始力矩阵,这一选项需要在设置行之前加入%Chk= filename 一句,说明文件的名称.Opt=CalCFC 采用优化方法同样的基组来计算力矩阵的初始值.Opt=CalcAll 在优化的每一步都计算力矩阵.这是非常昂贵的计算方法,只在非常极端的条件下使用.有时候,优化往往只需要更多的次数就可以达到好的结果,这可以通过设置MaxCycle来实现.如果在优化中保存了Checkpoint 文件,那么使用Opt=Restart可以继续所进行的优化.当优化没有达到效果的时候,不要盲目的加大优化次数.这是注意观察每一步优化的区别,寻找没有得到优化结果的原因,判断体系是否收敛,如果体系能量有越来越小的趋势,那么增加优化次数是可能得到结果的,如果体系能量变化没有什么规律,或者,离最小点越来越远,那么就要改变优化的方法.也可以从输出文件的某一个中间构型开始新的优化,关键词Geom=(Check,Step=n)表示在取得在Checkpoint文件中第n步优化的几何构型3.7 练习练习3.1 文件3_01a (180), 3_01b (0) 丙烯的优化从两种丙烯的几何异构体进行优化,一个是甲基的一个氢原子与CCH形成180度二面角,另一个是0.优化结果表明,二者有0.003Hartree的差别,0度的要低.练习3.2 文件3_02a (0), 3_02b (180), 3_02c (acteald.) 乙烯醇的优化乙醇氧端的原子与OCC平面的二面角可以为0和180,优化得到的结果时, 0度的能量比180度的低0.003Hartree,但同时做的乙醛的优化表明,乙醛的能量还要低,比0度异构体低0.027hartree.练习3.3 文件3_03 乙烯胺的优化运行所有原子都在同一平面上的乙烯胺的优化.比较本章的例子和练习,可以看到不同取代基对乙┨碳双键的影响.练习3.4 文件3_04 六羰基铬的优化本例采用STO-3G和3-21G基组,在设置行中加入SCF=NoV arAcc对收敛有帮助.3-21G基组的优化结果要优于STO-3G练习3.5 文件3_05a (C6H6), 3_05b (TMS) 苯的核磁共振采用6-31G(d)基组,B3LYP方法优化几何构性,采用HF方法,6-311+G(2d,p)基组在优化的几何构型基础上计算碳的化学位移.注意,核磁共振的可靠程度依赖准确的几何结构和大的基组.输入文件如下%Chk=NMR%Chk=NMR#T B3LYP/6-31G(d) Opt TestOptmolecule specification--Link1--%Chk=NMR%NoSave#T RHF/6-311+G(2d,p) NMR Geom=Check Guess=Read TestNMRcharg & spin同样,还需要采用同样方法计算TMS.下面是计算结果绝对位移相对位移实验值TMS Benzene188.7879 57.6198 131.2 130.9练习3.6 文件3_06a (PM3), 3_06b (STO-3G) 氧化碳60的优化C60中有两种碳碳键,一是连接两个六元环的6-6键,另一是连接六元环和无元环的5-6键.氧化C60就有两种异构体.本例采用PM3和HF/STO-3G方法来判断那种异构体是稳定的,以及氧化后的C-C键的变化.采用Opt=AddRedundant关键词可以在输出文件中打印所要求的键长,键角,这一关键词需要在分子构型输入结束后在增加关于所要键长键角的信息,键长用两个原子的序列号表示,键角则用三个原子表示.计算结果显示,6-6键的氧化,碳碳键仍然存在,接近环氧化合物,而5-6键已经打开.采用不同的方法,得到的几何结构相差不多,但在能量上有很大差异.在采用MNDO,PM3,HF/3-21G方法得到的能量数据中,5-6键氧化的异构体的能量低,但采用HF/STO-3G得到的结果,确实6-6键氧化的能量低.Raghavachari在其进行的上述研究中阐述动力学因素同样是重要的;实验上还没有发现那个是能量最低的异构体;应该进行更精确的计算练习3.7 文件3_07 一个1,1消除反应的过渡态优化分析反应SiH4 --> SiH2 + H2, 可以采用Opt=(QST2, AddRedundant)关键词来进行过渡态优化,同时特别关注过渡态结构中的某个键长练习3.8 文件3_08 优化进程比较采用下述三种方法优化二环[2,2,2]直接采用默认方式冗余内坐标优化Opt;采用迪卡尔坐标优化Opt=Cartesian;采用内坐标优化Opt=Z-Matrix结果显示,冗余内坐标优化的优化次数最短,内坐标优化的次数最多.。
gaussian计算反应机理的具体步骤
1. 介绍在化学领域，研究反应机理是非常重要的。
而计算机在帮助我们理解反应机理方面发挥了越来越重要的作用。
高斯计算是一种常用的计算方法，广泛应用于化学反应机理的研究中。
在本文中，我们将探讨高斯计算在反应机理研究中的具体步骤，并共享个人观点和理解。
2. 确定反应物和产物的结构在进行高斯计算之前，首先需要确定反应物和产物的分子结构。
这包括确定原子的类型、位置和化学键的情况。
只有准确确定了这些结构，才能进行后续的计算工作。
3. 优化分子构型接下来，需要对反应物和产物的分子构型进行优化。
这一步是为了找到分子的最稳定构型，以便进行后续的能量和动力学计算。
高斯计算能够帮助我们精确地确定分子的几何构型，从而更好地理解反应机制。
4. 计算反应路径一旦确定了反应物和产物的结构，并且优化了分子构型，接下来就是计算反应路径。
通过高斯计算，可以得到反应物转变为产物的过渡态结构，并计算其能量。
这有助于我们理解反应的物理和化学过程，找到反应的关键步骤和速率限制步骤。
5. 能量计算高斯计算可以帮助我们计算反应物、过渡态和产物的能量，从而确定反应的热力学和动力学性质。
这对于预测反应速率、研究反应路径和优化反应条件非常重要。
6. 分析结果并得出结论我们需要对高斯计算得到的数据进行分析，并得出关于反应机理的结论。
这包括分子轨道分析、反键轨道分析、自然键轨道分析等，以便更深入地理解反应的本质。
7. 个人观点和理解通过高斯计算，我们能够深入地理解反应机理，揭示化学反应背后的原子和分子层面的奥秘。
这有助于我们设计更高效的催化剂、优化反应条件，并推动化学反应机理的理论研究和应用实践。
8. 总结通过以上步骤的高斯计算，我们可以深入地理解化学反应的机理。
这种计算方法结合了理论模拟和实验验证，为我们揭示了化学反应的微观本质，为催化剂设计、反应优化等领域提供了重要的理论指导。
高斯计算在化学反应机理研究中发挥着不可或缺的作用，将在未来的研究中继续发挥重要作用。
实验 分子构型优化
在进行分子结构优化前，首先我们需要了解势能面（Potential Energy Surface， PES）的概念。根据 Born-Oppenheimer 近似，分子基态的能量可以看作只是核坐 标的函数，体系能量的变化可以看成是在一个多维面上的运动，这个多维面就是 势能面。势能面是一个超平面，由势能对全部原子的可能位置构成，全部原子的 位置可用 3N-6 个坐标来表示（双原子分子，独立坐标数为 1）。其中，在直角坐 标系中，N 指的是原子数，3N 是指直角坐标数，描述平动坐标的数为 3，描述 转动坐标的数为 3，独立的坐标数为 3N-6；在内坐标系中，内坐标自由度的数目 为 3N-6。具体来讲，在不分解的前提下，分子可以有很多个可能的构型，每个 构型都有一个能量值，所有这些可能的结构所对应的能量值的图形表示就是一个 势能面。势能面描述的是分子结构和其能量之间的关系，以能量和坐标作图。势 能面上的每一个点对应一个结构。
图 1. 势能面中的驻点
计算化学研究分子性质，是从优化分子结构开始，这一点要牢记！这是因为 我们通常认为，在自然情况下分子主要以能量最低的形式存在。只有低能的分子 结构才具有代表性，其性质才能代表所研究体系的性质。在建模过程中，我们无 法保证所建立的模型具有最低的能量，所以，计算化学工作的起点都是分子结构 优化，要将分子优化到一个能量的极值点。如图 2-1 所示，在势能剖面图中，无 论是极小点还是鞍点，都是有意义的分子结构。只有找到这些合理的分子构型， 才能保证其后所得到的计算结果有意义。 2.2 确定能量极小值
昆明理工大学计算化学上机实验三-利用Gaussian对分子几何构型进行优化
昆明理工大学理学院上机实验报告课程名称： 计算化学实验名称：利用Gaussian 对分子几何构型进行优化 专业班级： 应化10级学生姓名： 龙玉姣 学号： 21. 写出两种丁二烯的分子输入内坐标，其中C=C ：1.35Å, C-C ：1.50 Å，C-H ：1.09 Å，HCC 键角：120°，CCC 键角：120°，二面角根据右手规则判断，通过Gaussian 进行单点能量计算，从结果文件中给出两个结构的对称性和能量值，并通过Gaussianview 或ChemOffice 将输入的结构图形以球棍形式列出。
C CC C H H HH 12345678910C CCH C H123456910H H 78C C 1 R1 H 1 R3 2 AH 1 R3 2 A 3 180.0 H 2 R3 1 A 4 0.0 C 2 R2 1 A 4 180.0 C 6 R1 2 A 1 0.0 H 6 R3 2 A 1 180.0 H 7 R3 6 A 2 180.0 H 7 R3 6 A 2 0.0C C 1 R1 H 1 R3 2 AH 1 R3 2 A 3 180.0 H 2 R3 1 A 4 0.0 C 2 R2 1 A 4 180.0 C 6 R1 2 A 1 180.0 H 6 R3 2 A 1 0.0 H 7 R3 6 A 2 0.0 H 7 R3 6 A 2 180.0R1=1.35 R2=1.50 R3=1.09 A=120.0 R1=1.35 R2=1.50 R3=1.09 A=120.0顺丁二烯：单点能量SCF Done:E(RHF) = -154.913916052 Hartrees 结构的对称性：Full point group C2V通过Gaussianview将输入的结构图形以球棍形式列出：反丁二烯：单点能量SCF Done: E(RHF) =-154.913916052 Hartrees 结构的对称性：Full point group C2H通过Gaussianview将输入的结构图形以球棍形式列出：2.对上述顺反丁二烯分子分别采用HF和B3LYP方法进行结构优化，并对其进行能量、布居分析计算。
Gaussian中分子的几何构型.doc
Gaussian中分子的几何构型分子的儿何构型木***********************************分子的几何构型(Molecular Geometry)************************************分子-的平衡构烈(molecular equilibrium geometry)是分子电子能最和核间排斥能量戢小时分子的核排列。
分子势能一个含有N个原了核的非线性分了的几何构型可以用3N-6个独立的核坐标决定，分了的电子能屋，U(ql,q2,-,q3N-6)是这些坐标的函数。
U = Ee +VNN注意到3个平移和3个转动口由度(线性分子的转动口由度为2)对U是没有贡献的，因此对一个双原子分子，U的表达式屮仅仅保护一个变量，即两个核之间的距离，U?o对一个多原了分了，U是每两个原子核Z间距离的两数，是分子势能面(potential energy surface, PES)的一部分。
对某特定的分子核排列下U的计算被成为单点(single-point)计算，因为这一计算仅仅涉及到分子PES ±的一个点。
一个大分子可能在其PES上有多个极小点，对应于不同的平衡构象和鞍点。
分子构線(molecular conformation) 口J以通过指定围绕单键的二面角的指得到。
在能量极小点处的分子构彖称为构型(conformer)。
几何构型优化从初始儿何构型出发寻找U的极小值的过程称儿何构型优化(geometry optimization) 或者能量极小化(energy minimization)。
极小化的算法同时计算U和U梯度。
在一个局部最小点，U的3N-6个偏微分都是0。
PES±VU = 0的点称为稳定点(stationary point)或者判据点(critical point),它可以是极小点,极大点或者鞍点。
除了^UZ外，一些最小化方法使用到U的二阶偏微分，从而生成Hessian矩阵，又称为力常数(force constant)矩阵，因为d A2U/Qi A2 =五为力常数。
Gaussian优化第三步
Gaussian优化第三步优化第三步：优化结果分析，⼀般要进⾏频率计算，⽆虚频，表⽰是极⼩值；有虚频，表⽰是过渡态。
如果出现虚频，可根据虚频的简正模式进⾏调整以获得极⼩值，我还没有碰到这种情况，希望各位朋友能给些详细的资料。
如前信所说，键长键⾓有差别是很正常的，因为⽓相分⼦和晶体内分⼦的结构不可能完全吻合，只可能近似相同。
另外，对不同元素的限制主要看基组是否能计算该类元素，例如你所采⽤的⽅法中⽤了6－31G(D)基组，该基组⽀持H-Kr的元素，即可以计算Br原⼦但是不能够计算I原⼦。
如果你所⽤的基组不⽀持你所计算的某个原⼦可以采⽤扩展基组来进⾏计算，或者降低基组的精度。
我⽤Gaussian优化⼀个分⼦结构，由于⽬前实验上没有办法得到纯净的样品来实验验证，那么我怎么判断优化得到的结构是正确的？⼀些主要的键长和键⾓的实验值或者别⼈计算的值是否和与你计算的分⼦类似？这个判断不好做。
所谓正确不正确，如果计算出来的频率没有虚频，就表⽰你找到了⼀个局域稳定点。
要确定是不是全局稳定点很难，只有通过别的⽅式⽐如HOMO-LUMO能级差等信息看你算出来态是不是稳定。
也觉得⾼级的⽅法和⼤基组的结果更可信,谢谢各位⾼⼿的指点!!再问⼀个问题,如果出现虚频如何修改得到分⼦稳定的结构⽤GV看⼀下，根椐产⽣虚频的振动模式调整结构消去虚频有什么技巧？我有⼀个计算结果，虚频有三个，都只有－30~－20左右，如果结构改动过⼤，⼀不⼩⼼，虚频就会更⼤。
头痛ing～～～那你就把结构朝振动的⽅向改⼩⼀点试⼀下确实据我了解，消除虚频的主要⽅法是改变构型。
其次在计算上还可以尝试：nosymm；加⼤循环次数；提⾼收敛度；iop(1/8=1)等。
其实我⾃⼰也是有这个问题，对于势能⾯很平，较⼩的虚频很难消除。
⾸先，1在优化时采⽤Scf(tight)的选项，增加收敛的标准。
再去计算频率。
如果还有虚频，参见下⼀步。
2. 对称性的影响，很多情况下的虚频是由于分⼦本⾝的对称性造成的。
Gaussian 03软件对分子及离子的几何构型的描绘
Ｇａｕｓｓｉａｎ０３软件对分子及离子的几何构型的描绘作者：崔金玉来源：《现代电子技术》2008年第20期摘要：通过Gaussian 03优化2-甲基环戊酮分子及离子结构,寻找离子下一步变化的可能的微观过程。
采用量子化学从头算方法，通过Gaussian 03对图形的描绘，得出离子稳定结构图及离子振动光谱图。
最后通过红外光谱图分析得出：氢原子振动最强，离子结构将变化，发生氢原子重组。
关键词：2-甲基环戊酮；Gaussian 03；振动频率；红外光谱中图分类号：TP311文献标识码：B文章编号：1004373X(2008)2007102Description on the Structure of Molecule and Ion Using Gaussian 03CUI Jinyu1,2(1.Suihua University,Suihua,152060,China;2.Institute of Atomic and Moleculer Physics,Jilin University,Changchun,130000,China)Abstract：The purpose of this article is adopting Gaussian 03 optimization 2-methyl molecules and ions cyclopentanone structure,the next step-finding may change the microscopic process.By quantum chemical methods,through the graphic depiction Gaussian 03 obtained ion stability and structure of the ion vibration spectra.Finally,infrared spectroscopy analysis obtained:hydrogen atom has strongest vibration,ion structure is changed,hydrogen atoms is reorganized.Keywords：2-methyl cyclopentanone;vibration frequency;infrared spectrumGaussian 03是Gaussian系列电子结构程序的最新版本。
分子平衡几何构型优化及分子性质计算
一、实验目的1、学会从实际操作出发，掌握程序的使用，得到正确的数据。
2、学习Gaussian 程序使用，运用程序进行几种分子模型的构建及优化。
3、利用Gaussian 程序对分子体系薛定谔方程所代表的化学理论加深理解。
4、掌握构建分子模型的方法和分子几何构型的输入方法，为目标分子设定计算坐标，模拟化学分子，能够正确解读计算结果，采集有用的结果数据。
二、实验原理1、Gaussian 程序可以作为功能强大的工具，用于研究许多化学领域的课题，例如取代基的影响，化学反应机理，势能曲面和激发能等等。
它还可以预言分子和化学反应的许多性质，如，分子能量和结构、过渡态的能量和结构、电子密度分布、热力学性质、振动频率、红外和拉曼光谱、NMR 化学位移、极化率和静电势，等等。
本实验教材的重点，通过驻点(分子和反应势能面上的极小点和鞍点)的优化和性质计算，进行结构与性质关系的预测和化学反应动力学，包括反应速率和反应机理的预测。
2、HF 方程自洽场近似：在结构化学中，“变数分离”方法对于单电子体系(氢原子和类氢离子)的Schrödinger方程进行精确求解。
但是对于多电子的分子体系，由于第i 个电子与其余电子间的排斥能取决于所有电子的坐标，使这种分离变为不可能。
但可以在定核近似下将核的运动分离出去后，在固定的核势场中近似求解多电子体系的能量本征方程。
具体做法是，对第i 个电子，可以假定一个单电子的分子轨道(单电子近似)，并将它用现成的原子轨道线性展开(LCAO 近似)。
这时，Schrödinger方程由微分方程变成一个齐次线性的代数方程组。
求解该方程组，即求各分子轨道能级及相应的分子轨道展开系数。
具体过程是在给定的核坐标下，先猜测一组展开系数(极端情况均为0)，代入方程组得到一组新的系数，再代入方程组求解，周而复始，直到前后两组系数相同，称为“自恰场迭代”。
这就是HF 自恰场分子轨道方法。
3、基组用于描述体系波函数的若干具有一定性质的函数。
Gaussian 03 使用
Path 1: CH3O2+NO2→CH3O2NO2
（1）先优化其产物结构（CH3O2NO2） 建模：
保存，用高斯计算优化
（2）在优化结构的基础上扫描N－O键：
★ 在分子说明后空一行加上：
6 7 1.35 S 30 0.05
开始扫描 Scan 扫描的 扫描步长 原子序号 的键长 点数
★开且命令行中的opt要改为opt=addred
1.2方法
1. HF从头计算(ab initio) 2. 半经验法 (SCF)： CNDO， INDO，MNDO，AM1 ， PM3等. 3.Post-HF法 组态相互作用法(CI) 多级微扰法(MPn) 4.密度泛函法(DFT/TDDFT) 5.专用方法：ZINDO法（UV谱），ONIOM法（分层次计算 大分子体系）
单点能计算的输出结果
单点能计算的输出结果的解释
SCF Done: E(RHF) = -113.217407219 Convg = 0.1073D-03 S**2 = 0.0000
A.U. after 6 cycles -V/T = 2.0040
第一行：表示所计算的能量值，单位是 Hartre（=627.5kJ/mol），6表示这个方程迭带了6次后得到能量值； 第二行：Convg表示收敛标准，-V/T 其实就是位力定理的表达式， 值为2表示这个结果是比较合理的。 第三行：S**2表示自旋污染情况，当这个值比较大时就必须要消 去自旋污染。这种情况在HF计算时有时出现。DFT和MP方法由 于考虑电子相关，这种情况要少见些。
实验证明Path 1 是一个无能垒的加和过程。
Path 2: CH3O2+NO2→HNO2+H2CO2
由于此过程有旧键的断裂，和新键的形成，不能用Scan 操作，而需要 尝试（调整键长，键角，二面角等）,后做opt ,freq分析，作IRC确认。
实验 小型分子的构型优化 一、实验目的
实验 小型分子的构型优化 一、实验目的实验小型分子的构型优化一、实验目的1．学会使用Gaussian程序优化分子构型。
2．学会使用密度泛函（DFT）方法得到分子的最优构型。
3．学会从输出文件中找到分子的能量、频率等数据。
二、预习要求明确实验目的、实验内容，熟悉实验操作步骤。
三、实验原理1.构型优化过程说明：对分子的构型进行优化是Gaussian03软件的常用功能之一。
构型优化过程是建立在能量计算基础上的，即寻找势能面上的能量极小值点，对于所有的极小值点，其能量的一阶导数（即梯度）为零时，被称为稳定点。
稳定点对应分子的稳定构型，因此所有的构型优化过程都在寻找稳定点，并通过检查各原子受力和位移大小是否满足收敛标准来判断找到的稳定点是否是预期的点，进而完成分子构型优化过程。
如下图所示，构型优化由初始构型开始，通过对初始构型能量和梯度的计算，确定下一步的方向和步长，优化方向总是沿能量下降最快的方向进行。
通过检查各原子受力和位移大小是否满足收敛标准来判断优化过程是否继续进行。
大多数的构型优化也计算能量的二阶导数，来修正力矩阵，从而表明在该点的弯曲程度。
2.构型优化的输入：确定初始构型的坐标，选定优化方法及基组，添加关键词OPT 即可。
3.频率的计算为了保证计算得到的构型为稳定构型，通常需在构型优化的基础上进行频率计算。
中间体构型不存在虚频，过渡态构型有且仅有一个虚频。
同时，频率分析可以用于预测分子的红外光谱和拉曼光谱（频率和强度）、计算几何优化的力矩阵、判断分子在势能面上的位置、计算零点能和热力学数据（系统的熵和焓）等方面。
四、计算机与软件计算机所需软件为Gaussian03及其相应做图软件GaussView。
计算机内存要求在256M以上，可以在PC机或工作站上进行。
五、实验步骤1.根据提供的参考构型，运用GaussView软件构造待优化分子的初始结构，得到它们的坐标。
2.选择密度泛函(B3LYP)方法和6-31G基组，添加关键词OPT，编写Gaussian03软件的输入文件。
计算化学实验_分子结构模型的构建及优化计算
实验9分子结构模型的构建及优化计算一、目的要求1 .掌握Gaussian和GaussView程序的使用。
2 •掌握构建分子模型的方法，为目标分子设定计算坐标。
3. 能够正确解读计算结果，采集有用的结果数据。
二、实验原理量子化学是运用量子力学原理研究原子、分子和晶体的电子结构、化学键理论、分子间作用力、化学反应理论、各种光谱、波谱和电子能谱的理论，以及无机、有机化合物、生物大分子和各种功能材料的结构和性能关系的科学。
Gaussian程序是目前最普及的量子化学计算程序，它可以计算得到分子和化学反应的许多性质，如分子的结构和能量、电荷密度分布、热力学性质、光谱性质、过渡态的能量和结构等等。
GaussView 是一个专门设计的与Gaussian配套使用的软件，其主要用途有两个：构建Gaussian的输入文件；以图的形式显示Gaussian计算的结果。
本实验主要是借助于GaussView程序构建Gaussian的输入文件，利用Gaussian程序对分子的稳定结构和性质进行计算和分析。
三、软件与仪器1. 软件：Gaussian03、GaussView 计算软件，UltraEdit 编辑软件。
2. 仪器：计算机1台。
四、实验步骤1 .利用GaussView程序构建Gaussian的输入文件打开GaussView程序，女口图9-1所示，在GaussView中利用建模工具(View f Builder ,如图9-2所示，在程序界面元素周期表的位置处找到所需的元素，单击即可调入该元素与氢元素的化合物。
图9-1 GaussView打开时的界面若要构建像乙烷这样的链状分子， 需要先点击工具栏中的按钮'，常见的链状分子就显示在新打开的窗口中，如图 9-3所示。
图9-3常见链状官能团窗口图若要构建像苯、萘等环状结构的分子结构，需要双击工具栏中的 J 按钮，常见的环状有机分子就显示在新打开的窗口中，如图9-4所示。
进行分子的基本构型搭建后， 在进行元素及键型、 特殊基团的选择， 重现构建分子直至 构建为所需分子。
实验一、分子模型的构建和优化
实验一、分子模型的构建和优化一、实验目的1. 掌握用Gaussian软件优化分子结构的方法。
2. 掌握构建分子结构的方法。
3. 能够利用Gaussian输出文件分析实验数据并收集所需的数据。
二、实验原理Gaussian软件是一款量子化学软件，其可以通过计算得到分子和化学反应的许多性质，如分子的机构和能量、电荷密度分布、热力学性质、光谱性质、过渡态结构和能量等等。
分子几何构型的变化对能量有很大的影响。
由于分子几何构型而产生的能量的变化，被称为势能面。
势能面是连接几何构型和能量的数学关系。
对于双原子分子，能量的变化与两原子间的距离相关，这样得到势能曲线，对于大的体系，势能面是多维的，其维数取决与分子的自由度。
势能面中，包括一些重要的点，包括全局最大值，局域极大值，全局最小值，局域极小值以及鞍点。
极大值是一个区域内的能量最高点，向任何方向的几何变化都能够引起能量的减小。
在所有的局域极大值中的最大值，就是全局最大值；极小值也同样，在所有极小之中最小的一个就是具有最稳定几何结构的一点。
鞍点则是在一个方向上具有极大值，而在其他方向上具有极小值的点。
一般的，鞍点代表连接着两个极小值的过渡态。
几何优化做的工作就是寻找极小值，而这个极小值，就是分子的稳定的几何形态。
对于所有的极小值和鞍点，其能量的一阶导数，也就是梯度，都是零，这样的点被称为稳定点。
所有的成功的优化都在寻找稳定点，虽然找到的并不一定就是所预期的点。
几何优化由初始构型开始，计算能量和梯度，然后决定下一步的方向和步长，其方向总是向能量下降最快的方向进行。
大多数的优化也计算能量的二阶导数，来修正力矩阵，从而表明在该点的曲度。
当一阶导数为零的时候优化结束，但实际计算上，当变化很小，小于某个量的时候，就可以认为得到优化结构。
对于Gaussian，默认的条件是：力的最大值必须小于 0.00045均方根小于 0.0003为下一步所做的取代计算为小于 0.0018其均方根小于 0.0012这四个条件必须同时满足，比如，对于非常松弛的体系，势能面很平缓，力的值已经小于域值，但优化过程仍然有很长的路要走。
计算化学实验报告
4、作业类型为：优化几何构型
5、保存输入文件，注意保存路径 6、对所构建输入文件进行运算
7、对输出文件进行分析，对比优化前后，键长键角的变化
实验步骤： 1、打开gaussianview 2、利用gaussianview构建一个苯甲酸分子 3、利用gaussianvie构建计算输入文件， 并进行保存，注意保存路径
4、对文件进行运算
5、对输出文件进行分析，对比优化前后，键长键角的变化、计算后体系能量的数值
实验二 利用Gaussian软件进行分子结构的优化
实验目的： 利用HF/STO-3G优化实验一中的分子构型
对C2H4利用gaussian构建输入文件 对苯甲酸利用gaussianview构建输入文件
实验步骤： 1、打开gaussian程序 2、新建一个输入文件界面 3、以C2H4为例，构建输入文件 其中，C-C键长为1.4；C-H键长为1.0
Gaussian程序使用：分子平衡几何构型优化及分子性质计算
aussian程序使用：分子平衡几何构型优化及分子性质计算Gaussian程序使用：分子平衡几何构型优化及分子性质计算【实验目的与要求】计算化学，其本质是对分子体系薛定谔方程所代表的化学理论通过大型计算机程序的求解，模拟化学的各种实验研究。
作为一门计算化学实验课程，主要目的是从实际操作出发，掌握程序的使用，以便得到预期的结果。
对于所涉及的理论和方法，只要求结合程序的演算能够定性予以理解。
本实验主要涉及优化分子几何构型的程序输入及计算结果的解读。
【实验原理】1. 在结构化学中，曾用“变数分离”方法对于单电子体系(氢原子和类氢离子)的Schrödinger方程进行精确求解。
但是对于多电子的分子体系，由于第i个电子与其余电子间的排斥能取决于所有电子的坐标，使这种分离变为不可能。
但可以在定核近似下将核的运动分离出去后，在固定的核势场中近似求解多电子体系的能量本征方程。
具体做法是，对第i个电子，可以假定一个单电子的分子轨道(单电子近似)，并将它用现成的原子轨道线性展开(LCAO近似)。
这时，Schrödinger方程由微分方程变成一个齐次线性的代数方程组。
求解该方程组，即求各分子轨道能级及相应的分子轨道展开系数。
具体过程是在给定的核坐标下，先猜测一组展开系数(极端情况均为0)，代入方程组得到一组新的系数，再代入方程组求解，周而复始，直到前后两组系数相同，称为“自恰场迭代”。
这就是HF自恰场分子轨道方法。
2. 量子化学中的基组是用于描述体系波函数的若干具有一定性质的函数。
基组是量子化学从头计算的基础，在量子化学中有着非常重要的意义。
在量子化学计算中，根据体系的不同，需要选择不同的基组，构成基组的函数越多，基组便越大，计算的精度也越高，计算量也随之增大。
要提高量子化学计算精度，必须加大基组的规模，即增加基组中基函数的数量，增大基组规模的一个方法是劈裂原子轨道，也就是使用多个基函数来表示一个原子轨道。
[VIP专享]计算机在化工中的应用-上机实验五-Gaussian
![[VIP专享]计算机在化工中的应用-上机实验五-Gaussian](https://img.taocdn.com/s3/m/187bb6dfa0116c175f0e48f6.png)
3. 在 Gaussview 中把分子投入到 G03 中进行单点能计算。 计算方法与基组为：PM3, HF/STO-3G, HF/6-31G(d), MP2/6-31G(d), B3LYP/6-31G(d) 4. 练习用 Gaussview 观看结果。
X,1,1.,2,A3
O,1,R2
C
1) B2Ak+22+12=+15+c51mc+=5m=2c111++m+12+21+++2=12=2+1+2+1+2+2+22+32k+1+2
88.8918÷.12990.÷1=4214÷3922=.0034=1÷15251371=8.535.78208÷.0232173c0*0÷1=m920.30392.2c=1÷203m=2÷1202.52=3535=42314)c*5232m40341*.31252=3.*1.153.5*03134.2*920522..104455=+21*3*50202.2.0285.4850.13*50+5c8*125*12m0.2+050.+0*014.852*0051000+0+/038.T+0÷+=55*+1011+010+91÷0145405*00010200+5+0+080+40*04+***115.103910*-%*C%6(+÷*M==5M÷5)0*3*0(31÷3110**5*+*÷414.m2371e=%7)8n08%.=s8.5=77.93cc60.mc*m4*m13,101w9.9o.k24mc-.cem5nm2csp2665m*9..03-4.50c60*5.pc3m85,9cm0.5g.i50mr0l-.p.s85p/6c50bc.0om7m.yp.cs6pc5m+;c0m..m7.ckm; 1+1k+12+1+k2234=1c+m1++4+4+2
分子构型优化和红外光谱计算实验报告
一、实验目的（1)了解Gaussian程序中优化分子结构的基本原理和流程（2)掌握优化分子结构的计算技术及判断优化是否正常完成的标准.（3)了解红外光谱产生的原理，学会用Gaussian程序计算体系的红外光谱。
二、基本原理1.分子构型优化计算化学研究分子性质,是从优化分子结构开始的。
通常认为，在自然情况下分子主要以能量最低的形式存在.只有低能的分子结构才具有代表性，其性质才能代表所研究体系的性质。
结构优化是Gaussian程序的常用功能之一。
分子构型优化(OPT）的目的是得到稳定分子或过渡态的几何构型，用Z矩阵成者Gauss View输入的结构通常不是精确结构，必须优化。
至于不稳定分子、构型有争议的分子、目前还难以实验测定的过渡态结构，优化更为必要.(1）势能面分子势能的概念源于Born—Oppenheimer近似，根据该近似,分子基态的能量可以看作只是核坐标的函数，体系能量的变化可以看成是在一个多维面上的运动。
分子可以有很多个可能的构型，每个构型都有一个能量值，所有这些可能的结构所对应的能量值的图形表示就是一个势能面。
势能面描述的是分子结构和其能量之间的关系，以能量和坐标作图.势能面上的每一个点对应一个结构。
分子势能对于核坐标的一阶导数是该方向的势能梯度失量,各方向势能梯度矢量均为零的点称为势能面上的驻点，在任何一个驻点（staionary point)上。
分子中所有原子都不受力。
驻点包括:全局极大点（最大点，global maximum)，局部极大点(local maximum），全局极小点(最小点global minimum），局部极小点（local minimum)和鞍点(saddle point, 包括一阶鞍点和高阶鞍点），具体来说，在势能面上，所有的“山谷”为极小点，对这样的点，向任何方向几何位置的变化都能引起势能的升高。
极小点对应着一种稳定几何构型，对单一分子不同的极小点对应于不同构象或结构异构体。
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昆明理工大学理学院上机实验报告课程名称： 计算化学实验名称：利用Gaussian 对分子几何构型进行优化 专业班级： 应化10级学生姓名： 龙玉姣 学号： 201011104120 1. 写出两种丁二烯的分子输入内坐标，其中C=C ：1.35Å, C-C ：1.50 Å，C-H ：1.09 Å，HCC 键角：120°，CCC 键角：120°，二面角根据右手规则判断，通过Gaussian 进行单点能量计算，从结果文件中给出两个结构的对称性和能量值，并通过Gaussianview 或ChemOffice 将输入的结构图形以球棍形式列出。
C CC C H H HH H H 12345678910C CCH H C HH 123456910H H 78C C 1 R1 H 1 R3 2 AH 1 R3 2 A 3 180.0 H 2 R3 1 A 4 0.0 C 2 R2 1 A 4 180.0 C 6 R1 2 A 1 0.0 H 6 R3 2 A 1 180.0 H 7 R3 6 A 2 180.0 H 7 R3 6 A 2 0.0C C 1 R1 H 1 R3 2 AH 1 R3 2 A 3 180.0 H 2 R3 1 A 4 0.0 C 2 R2 1 A 4 180.0 C 6 R1 2 A 1 180.0 H 6 R3 2 A 1 0.0 H 7 R3 6 A 2 0.0 H 7 R3 6 A 2 180.0R1=1.35 R2=1.50 R3=1.09 A=120.0 R1=1.35 R2=1.50 R3=1.09 A=120.0顺丁二烯：单点能量SCF Done:E(RHF) = -154.913916052 Hartrees 结构的对称性：Full point group C2V通过Gaussianview将输入的结构图形以球棍形式列出：反丁二烯：单点能量SCF Done: E(RHF) =-154.913916052 Hartrees 结构的对称性：Full point group C2H通过Gaussianview将输入的结构图形以球棍形式列出：2.对上述顺反丁二烯分子分别采用HF和B3LYP方法进行结构优化，并对其进行能量、布居分析计算。
1）给出两种方法优化后的结构图；HF方法优化后的结构图:顺丁二烯：顺丁二烯：2）列表给出两种方法优化后的结构数据（键长、键角、二面角）以及单点能量值，比较哪种结构更为稳定；HF:顺丁二烯（键长、键角、二面角）：Symbol NA NB NC Bond Angle Dihedral CC 1 1.3499997H 1 2 1.0900003 120.0000019H 1 2 3 1.09 120.0000063 180H 2 1 4 1.0900003 120.0000019 0C 2 1 4 1.5 120.0000063 180C 6 2 1 1.3499997 120.0000063 0H 6 2 1 1.0900003 119.9999919 180H 7 6 2 1.09 120.0000063 180H 7 6 2 1.0900003 120.0000019 0单点能量值：SCF Done:E(RHF)=-154.902034489 Hartrees反丁二烯：（键长、键角、二面角）：Symbol NA NB NC Bond Angle Dihedral CC 1 1.35H 1 2 1.0900003 119.9999919H 1 2 3 1.0900003 119.9999919 180H 2 1 3 1.0900003 119.9999919 180C 2 1 3 1.4999999 120.000002 0C 6 2 1 1.35 120.000002 180H 6 2 1 1.0900003 120.0000061 0H 7 6 2 1.0900003 119.9999919 0H 7 6 2 1.0900003 119.9999919 180单点能量值：SCF Done: E(RHF) = -154.919508560 Hartrees B3LYP顺丁二烯（键长、键角、二面角）：Symbol NA NB NC Bond Angle Dihedral CC 1 1.3499997H 1 2 1.0900003 120.0000019H 1 2 3 1.09 120.0000063 180H 2 1 4 1.0900003 120.0000019 0C 2 1 4 1.5 120.0000063 180C 6 2 1 1.3499997 120.0000063 0H 6 2 1 1.0900003 119.9999919 180H 7 6 2 1.09 120.0000063 180H 7 6 2 1.0900003 120.0000019 0单点能量值：SCF Done: E(RB3LYP) = -155.977959921 Hartrees 反丁二烯：（键长、键角、二面角）：Symbol NA NB NC Bond Angle Dihedral CC 1 1.35H 1 2 1.0900003 119.9999919H 1 2 3 1.0900003 119.9999919 180H 2 1 3 1.0900003 119.9999919 180C 2 1 3 1.4999999 120.000002 0C 6 2 1 1.35 120.000002 180H 6 2 1 1.0900003 120.0000061 0H 7 6 2 1.0900003 119.9999919 0H 7 6 2 1.0900003 119.9999919 180单点能量值：SCF Done: E(RB3LYP) = -155.988565512 Hartrees 比较哪种结构更为稳定：（通过表格进行比较）方法物质能量值大小比较稳定性（同种方法）稳定性次序HF顺丁二烯-154.902034489 大反丁二烯-154.919508560 小更稳定B3LYP顺丁二烯-155.977959921 大反丁二烯-155.988565512 小更稳定最稳定结论：同种方法进行优化，反丁二烯要比顺丁二烯稳定，不同种方法比较，B3LYP比HF方法优化的结构更稳定。
3）给出B3LYP方法优化后的前线轨道HOMO和LUMO的能量和轨道图形、（提示：采用Chem3D将*.chk文件转成*.fch文件）B3LYP方法优化后顺丁二烯的前线轨道HOMO能量和轨道图形:Energy：-0.227329HartreesB3LYP方法优化后顺丁二烯的前线轨道LOMO能量和轨道图形:Energy：-0.030164HartreesB3LYP方法优化后反丁二烯的前线轨道HOMO能量和轨道图形:Energy：-0.229033HartreesB3LYP方法优化后反丁二烯的前线轨道LOMO能量和轨道图形:Energy：-0.022517 Hartrees4）给出两种方法优化后各原子上的Mulliken电荷分布情况及键电荷布居。
HF方法优化后顺丁二烯各原子上的Mulliken电荷分布情况及键电荷布居Condensed to atoms (all electrons):1 2 3 4 5 61 C 5.067018 0.648226 0.398110 0.392318 -0.035190 -0.0546232 C 0.648226 4.898962 -0.045624 -0.034936 0.388154 0.3957853 H 0.398110 -0.045624 0.504178 -0.023485 0.002926 -0.0042074 H 0.392318 -0.034936 -0.023485 0.483132 -0.002427 0.0024575 H -0.035190 0.388154 0.002926 -0.002427 0.483321 -0.0326506 C -0.054623 0.395785 -0.004207 0.002457 -0.032650 4.8989627 C -0.025170 -0.054623 -0.003570 0.000319 0.002610 0.6482268 H 0.002610 -0.032650 0.000012 -0.000078 -0.000730 0.3881549 H 0.000319 0.002457 0.000056 0.000000 -0.000078 -0.03493610 H -0.003570 -0.004207 -0.003299 0.000056 0.000012 -0.045624 键电荷布居：布居Condensed to atoms (all electrons):1 2 3 4 5 61 C 5.078068 0.630388 0.397165 0.391414 -0.034382 -0.0556862 C 0.630388 4.888087 -0.046037 -0.036831 0.390555 0.4093213 H 0.397165 -0.046037 0.490727 -0.023181 0.002801 -0.0033084 H 0.391414 -0.036831 -0.023181 0.487872 -0.002453 0.0027345 H -0.034382 0.390555 0.002801 -0.002453 0.479423 -0.0338836 C -0.055686 0.409321 -0.003308 0.002734 -0.033883 4.8880877 C 0.001026 -0.055686 0.000195 -0.000101 -0.000051 0.6303888 H -0.000051 -0.033883 0.002475 -0.000013 0.001873 0.3905559 H 0.000195 -0.003308 0.000010 -0.000006 0.002475 -0.04603710 H -0.000101 0.002734 -0.000006 0.000002 -0.000013 -0.036831 键电荷布居：电荷布居Condensed to atoms (all electrons):1 2 3 4 5 6C 5.078068 0.630388 0.397165 0.391414 -0.034382 -0.055686 1C 0.630388 4.888087 -0.046037 -0.036831 0.390555 0.409321 2H 0.397165 -0.046037 0.490727 -0.023181 0.002801 -0.003308 3H 0.391414 -0.036831 -0.023181 0.487872 -0.002453 0.0027344H -0.034382 0.390555 0.002801 -0.002453 0.479423 -0.033883 5C -0.055686 0.409321 -0.003308 0.002734 -0.033883 4.888087 6C 0.001026 -0.055686 0.000195 -0.000101 -0.000051 0.630388 7H -0.000051 -0.033883 0.002475 -0.000013 0.001873 0.390555 8H 0.000195 -0.003308 0.000010 -0.000006 0.002475 -0.046037 9H -0.000101 0.002734 -0.000006 0.000002 -0.000013 -0.03683110键电荷布居：电荷布居Condensed to atoms (all electrons):1 2 3 4 5 61 C 5.064477 0.630989 0.371208 0.361737 -0.049686 -0.0306222 C 0.630989 4.773564 -0.037793 -0.024154 0.367450 0.4411593 H 0.371208 -0.037793 0.563421 -0.038410 0.005428 -0.0112664 H 0.361737 -0.024154 -0.038410 0.562497 -0.006352 0.0041395 H -0.049686 0.367450 0.005428 -0.006352 0.590552 -0.0447226 C -0.030622 0.441159 -0.011266 0.004139 -0.044722 4.7735647 C 0.002757 -0.030622 0.000485 -0.000227 -0.004330 0.6309898 H -0.004330 -0.044722 0.004945 0.000022 0.003890 0.3674509 H 0.000485 -0.011266 0.000015 -0.000006 0.004945 -0.037793 10H-0.0002270.004139-0.0000060.0000030.000022-0.024154键电荷布居：。