SNP检测方法汇总
SNP检测技术
PCR-RFLP方法
原理：利用限制性内切酶的酶切位点的特异性， 用两种或两种以上的限制性内切酶作用于同一DNA片 断，如果存在SNP位点，酶切片断的长度和数量则会 出现差异，根据电泳的结果就可以判断是否SNP位 点。 特点：该技术应用的前提是SNP的位点必须含有该 限制内切酶的识别位点，它是SNP筛查中最经典的 方法之一.
（2）富有代表性 某些位于基因内部的SNP 有可
能直接影响蛋白质结构或表达水平, 因此, 它们可能代 表疾病遗传机理中的某些作用因素。
SNP 的特点
（3）遗传稳定性 与微卫星等重复序列多态性标
记相比, SNP 具有更高的遗传稳定性。
（4）易实现分析的自动化 SNP标记在人群中
只有两种等位型(allele) 。这样在检测时只需一个 “ + \- ”或“全\无”的方式，而无须象检测限制性 片 段长度多态性，微卫星那样对片段的长度作出测 量，这使得基于SNP的检测分析方法易实现自动 化。
它包括单碱基的转换, 颠换、 插入及缺失等形式
SNP在基因组内的形式:
一是遍布于基因组的大量单碱基变异; 二是分布在基因编码区(coding region) , 称其 为cSNP，属功能性突变。
SNP在单个基因或整个基因组的分布是不均匀的： （1）非转录序列要多于转录序列 （2）在转录区非同义突变的频率, 比其他方式突变 的频率低得多。
MassARRAY技术流程：
应用：
1. 确定基因多态性和疾病的关系 2. 解释个体间的表型差异对疾病的易感程度 3. 对未来疾病做出诊断 4. 研究不同基因型个体对药物反应的差异，指导 药物开发及临床合理用药 5. 个体间SNP千差万别，通过SNP检测等技术进 行法医鉴定及个体识别
疾病相关基因的SNP筛查
疾病相关基因的SNP筛查随着近年来生物医学科技的飞速发展，人们对基因与疾病之间关联的认识逐渐加深。
大量研究表明，很多疾病都与基因的SNP （Single Nucleotide Polymorphism）变异有非常密切的关系，而这些基因变异会导致一些严重的疾病，如乳腺癌、肺癌、糖尿病等。
SNP是指在DNA序列中，单个碱基的变异，通常是由单个核苷酸的变换替代而成。
这种变异虽然只是单个碱基的变化，但却可以对整个基因产生广泛而深远的影响。
因此，SNP的筛查就成为了疾病预防和治疗的重要方向之一。
SNP筛查的方法多种多样，目前比较常用的有两种：芯片技术及基因测序技术。
芯片技术是指将已知的SNP信息预先固定在一个小型芯片上，以便能够同时检测多个SNP的变异情况。
目前，芯片技术已经被广泛应用于基因筛查和基因治疗。
然而，芯片技术存在一些局限性，例如无法检测未知的SNP变异以及误差率相对较高等。
与芯片技术相比，基因测序技术更加先进且能够更全面地检测DNA序列的变异情况。
基因测序技术主要包括Sanger测序、Illumina测序以及Next-generation Sequencing (NGS)等技术。
其中，NGS技术是当前最先进的优质高通量测序技术，能够同时检测大量的SNP变异以及其他类型的DNA序列变异。
尤其是在疾病诊断和治疗中具有无可比拟的优势。
无论是芯片技术还是基因测序技术，SNP筛查对疾病的预防和治疗都具有非常重要的意义。
首先，它能够识别特定基因的变异情况，从而预测某些疾病的风险。
其次，通过对这些变异基因的分析，医生可以更好地了解患者疾病的起源和发展，进而为其提供更加精准的治疗方案。
当然，我们需要注意的是，SNP筛查作为一项非常新的技术，仍存在一些难以回避的风险和挑战。
例如，基因检测所获取的结果并不是绝对的，仍需要进行进一步的临床验证和实验。
此外，基因检测还需要充分遵守道德和伦理规范，以确保在尊重患者隐私的同时，不造成不必要的伤害和误解。
SNP检测方法汇总
现在SNP的常用检测方法主要有：Taqman法、质谱法、芯片法、测序法。
Taqman法：准确性高，适合于大样本、少位点，价格比较贵；质谱法：准确性高，适合于大样本、多位点（能检测25个位点）；芯片法：准确性较低，适合于超多位点分析；测序法：非常准确，但是价格也非常的高，但是对于少样本、超多位点还是非常好的选择。
SNP检测方法汇总分析SNP的方法有许多种，本文收集目前还在用的方法，按通量从高到低排列：全基因组测序这是最贵的方法，但也是看SNP最全的方法大概一个人样本，花2万元外显子组测序外显子组测序，也可以得到较全面的SNP信息大概一个人样本，花1.5万元随着人全基因组测序的价格降到2万元左右，外显子组测序会很快退出市场全基因组SNP芯片原理，核酸杂交，荧光扫描Illumina和Affymetrix都有很著名的全基因组SNP芯片，例如：Affymetrix: CytoScan，SNP 6.0，Illumina: 660，中华，450K等SNP芯片，在2000~5000元每样本，还是比全基因组测序的2万元一个样本的价格要低质谱法原理，精确测量PCR产物的分子量，就可以知道SNP位点上是A/C/G/T中的哪一个Sequenome MassArray法测中等通量的SNP位点是十分准确的单个位点、单个样本的费用约2元人民币无需预制芯片、预订荧光探针,只要合成常规的PCR引物就可以做实验了如果测几十个点，到上百个点，是很方便的方法SNPseq法此方法为天昊公司所创，一次测几百个位点原理：用Goldgate法做出针对某些位点的多重PCR片段高通量测序，数据分析得到SNP位点结果SNPlex中等偏高通量的方法，一次几十个位点原理：用末端特异的引物做多重PCR，把模板进行扩增基于毛细管电泳，把片段分离开，读颜色SNaPshot中等通量的方法设计3'位挨着目标位点的探针用双脱氧的荧光标记ddNTP做一个碱基的延伸毛细管电泳，看延伸的这个碱基是什么颜色Taqman法Taqman原理，如果要找原理，请回复“荧光”两字Taqman方法，一次一管测一个位点通量最低，但是结果可靠原理：设计与SNP位点互补的荧光探针，其中一个标VIC（红色荧光基团）,另一个标FAM（绿色荧光基团），同时分别有淬来基团吸光Taq酶有5'-->3'的外切酶活性，如果探针粘有模板上，就被切碎探针被切碎后，荧光基团与淬灭基团分离，发出荧光。
SNP检测详细步骤
SNP检测(中文)Part I：样本基因组DNA的提取1.取50 μl血样于离心管中，加PBS缓冲液至1.5mL，轻轻地摇匀。
冷冻离心机6500 rpm离心10 min，去掉上清液，保留沉淀物。
重复洗2次。
2.向保留沉淀物的离心管中加入DNA提取液500 μl，15 μl的蛋白酶K，混匀放入55℃水浴锅中消化过夜。
3.将消化过夜的反应液冷却至室温，加入等体积冰冷的饱和酚溶液，盖紧离心管盖，缓慢地来回颠倒10 min（在冰上进行），形成均匀的乳浊液。
4.冷冻离心机12000 rpm离心10min。
5.小心地吸取上层水相至新管，用等体积饱和酚再抽提一次。
6.用等体积的氯仿再抽提一次。
7.离心后再取上清液于另一离心管中，加入1∕10体积3mol/L的NaAc使终浓度达到0.3mol/L，并加2倍体积冷无水乙醇，上下倒置混匀，置-20℃冰箱沉淀30-60min。
8.冷冻离心机12000 rpm离心10 min，弃上清液。
9.加入500 μl 70%冷乙醇小心洗涤沉淀。
冷冻离心机6500 rpm离心5 min，弃上清，用干净的吸水纸或用吸头将管壁残留的乙醇去除，干燥10～15 min，不要等沉淀完全干燥，否则难以溶解。
10.沉淀于100 μl超纯水中。
11.将提取的基因组DNA进行琼脂糖凝胶电泳及浓度的测定。
Part II：SNP分型检测1.引物的设计与合成(1)查阅文献，参考文献中的引物，直接合成；(2)根据SNP的位置找到其序列，设计引物并合成2.PCR扩增片段(1)PCR扩增体系：Components Volume (μl)DNA template1PrimeSTAR0.5dNTPs (2.5 mM)1Primer-F (10 μM)1Primer-R (10 μM)15*PS buffer(Mg2+)10ddH2O1(2)PCR扩增程序：(3)将PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳检测。
(4)A. 测序法：对目的条带进行切胶回收纯化测序，根据测序结果统计分析各个样本下该SNP的基因型。
SNP分析原理方法及其应用
SNP分析原理方法及其应用SNP（Single Nucleotide Polymorphism，单核苷酸多态性）是指在基因组中的一些位置上，不同个体之间存在的碱基差异，是常见的遗传变异形式之一、SNP分析是研究SNP在基因与表型之间关联性的方法，用于揭示SNP与遗传疾病、药物反应性等的关系。
本文将介绍SNP分析的原理、方法以及其应用。
一、SNP分析原理1.SNP检测技术：SNP检测技术包括基于DNA芯片的方法、测序技术、实时荧光PCR等。
其中，高通量测序技术是最常用的SNP检测方法，可以同时检测数千个SNP位点。
2.数据分析与统计学方法：通过SNP检测技术获得的数据可以分为基因型数据（AA、AB、BB等）和等位基因频率数据（A频率、B频率等）。
统计学方法常用的有卡方检验、线性回归、逻辑回归等，用于研究SNP与表型之间的关联性。
二、SNP分析方法1.关联分析：关联分析是研究SNP与表型之间关联性的基本方法。
常用的关联分析方法包括单基因型分析、单SNP分析、基因组关联分析（GWAS）等。
单基因型分析主要是比较单个SNP的基因型在表型不同组之间的差异；单SNP分析是研究单个SNP是否与表型相关；GWAS是通过分析数万个SNP与表型之间的关系来找到与表型相关的SNP。
2. 基因型预测：基因型预测是根据已有的SNP数据，通过统计模型来预测个体的基因型。
常用的基因型预测方法有HapMap、PLINK等。
3. 功能注释：功能注释是研究SNP位点的生物学功能，揭示SNP与基因功能、表达水平之间的关系。
常用的功能注释工具有Ensembl、RegulomeDB等。
三、SNP分析应用1.遗传疾病研究：SNP与遗传疾病之间存在着密切的关系。
通过SNP分析可以发现与遗传疾病相关的SNP位点，进一步揭示疾病发生的机制，为疾病的诊断、治疗提供依据。
2.药物反应性研究：个体对药物的反应性往往存在较大差异，这与个体的遗传背景密切相关。
SNP单核苷酸多态性检测技术
1定义：单核苷酸多态性（ single nucleotide polymorphism，SNP），主若是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所惹起的 DNA 序列多态性。
它是人类可遗传的变异中最常有的一种。
占全部已知多态性的 90%以上。
SNP 在人类基因组中宽泛存在，平均每 500～1000 个碱基对中就有1 个，预计其总数可达 300 万个甚至更多。
SNP 所表现的多态性只波及到单个碱基的变异，这类变异可由单个碱基的变换（transition）或颠换（transversion）所惹起，也可由碱基的插入或缺失所致。
但平时所说的 SNP 其实不包括后两种情况。
单核苷酸多态性（ SNP）是指在基因组上单个核苷酸的变异，包括置换、颠换、缺失和插入。
所谓变换是指同型碱基之间的变换 ,如嘌呤与嘌呤 ( G2A) 、嘧啶与嘧啶( T2C) 间的取代 ;所谓颠换是指发生在嘌呤与嘧啶 (A2T 、A2C 、C2G、G2T) 之间的取代。
从理论上来看每一个 SNP 位点都能够有 4 种不同的变异形式，但实质上发生的只有两种，即变换和颠换，两者之比为 2：1。
SNP 在 CG 序列上出现最为频频，而且多是C 变换为 T ，原因是 CG 中的 C 常为甲基化的，自觉地脱氨后即成为胸腺嘧啶。
一般而言， SNP 是指变异频率大于 1 %的单核苷酸变异。
在人类基因组中大体每 1000 个碱基就有一个 SNP ，人类基因组上的 SNP 总量大体是 3 ×106个。
依照排列组合原理 ,SNP 一共能够有 6 种取代情况,即 A/ G、 A/ T 、A/ C 、C/ G、C/ T 和 G/ T ,但事实上 ,变换的发生频率占多数 ,而且是 C2T 变换为主 ,其原因是 Cp G 的 C 是甲基化的 ,简单自觉脱氨基形成胸腺嘧啶T , Cp G 也所以变为突变热点。
理论上讲，SNP 既可能是二等位多态性，也可能是3 个或4 个等位多态性，但实质上，后两者特别少见，几乎能够忽略。
SNP突变点检测方法进展( 完整版)
（polymerase chain reaction-sequence specific primer）
1
2 3 4 5
简 特 经 直
便 异 济
准确
观
一般DNA实验室能满足实验 要求
Tagman探针技术（分子信标、分子灯塔） 实时荧光PCR技术 SYBR Green Ⅰ法（结合熔解曲线分析） 芯片分析（微阵列杂交实验技术）
特异性高；
引物设计简单； 反应条件易于优化；
分辨能力高。
随着科技的进步，SNP突变点检测方法在继续改进演 变。我们选择经济实用的技术方法来满足自己所做课题需 求。就目前来说，SNP检测技术手段还有待进一步提高。 科研在呼唤着一种最为理想的SNP检测方法，其能具 备以下优点: 1. 适合自动化操作, 简便快速;
基于PCR
荧光标记检测
相 关 技 术
寡核苷酸连接 分析
基于物理技术
内切酶酶切技 术
其它
单链构象多态性（SSCP） 变性梯度凝胶电泳（DGGE）
变性高效液相色谱分析技术（DHPLC）
(一)PCR-SSCP
1. 基本原理:
经PCR 扩增的目的片段在变性剂或低离子浓度下经 高温处理使之解链并保证在单链状态下,然后在一定浓度 的非变性聚丙稀酰胺凝胶中电泳。相同长度的单链DNA , 可以因其顺序或单个碱基差异,所形成的空间构象就会不 同,其在凝胶中泳动速度不一样,从而显示出带型的差异, 即多态型
20bp
优势
局 限 性
序列多态性座位中大约只有1/3的
碱基涉及限制酶识别序列；
遗传标记系统的个人识别能力有限； 限制酶消化条件较高。
微测序技术（SNaPshot）
焦测序技术（Pyrosequencing）
SNP检测方法汇总
现在SNP得常用检测方法主要有：Taqman法、质谱法、芯片法、测序法。
Taqman法：准确性高，适合于大样本、少位点，价格比较贵；质谱法：准确性高，适合于大样本、多位点（能检测25个位点）；芯片法：准确性较低，适合于超多位点分析；测序法：非常准确，但就是价格也非常得高，但就是对于少样本、超多位点还就是非常好得选择。
SNP检测方法汇总分析SNP得方法有许多种，本文收集目前还在用得方法，按通量从高到低排列：全基因组测序这就是最贵得方法，但也就是瞧SNP最全得方法大概一个人样本，花2万元外显子组测序外显子组测序，也可以得到较全面得SNP信息大概一个人样本，花1、5万元随着人全基因组测序得价格降到2万元左右，外显子组测序会很快退出市场全基因组SNP芯片原理，核酸杂交，荧光扫描Illumina与Affymetrix都有很著名得全基因组SNP芯片，例如：Affymetrix: CytoScan，SNP 6、0，Illumina: 660，中华，450K等SNP芯片，在2000~5000元每样本，还就是比全基因组测序得2万元一个样本得价格要低质谱法原理，精确测量PCR产物得分子量，就可以知道SNP位点上就是A/C/G/T中得哪一个Sequenome MassArray法测中等通量得SNP位点就是十分准确得单个位点、单个样本得费用约2元人民币无需预制芯片、预订荧光探针,只要合成常规得PCR引物就可以做实验了如果测几十个点，到上百个点，就是很方便得方法SNPseq法此方法为天昊公司所创，一次测几百个位点原理：用Goldgate法做出针对某些位点得多重PCR片段高通量测序，数据分析得到SNP位点结果SNPlex中等偏高通量得方法，一次几十个位点原理：用末端特异得引物做多重PCR，把模板进行扩增基于毛细管电泳，把片段分离开，读颜色SNaPshot中等通量得方法设计3'位挨着目标位点得探针用双脱氧得荧光标记ddNTP做一个碱基得延伸毛细管电泳，瞧延伸得这个碱基就是什么颜色Taqman法Taqman原理，如果要找原理，请回复“荧光”两字Taqman方法，一次一管测一个位点通量最低，但就是结果可靠原理：设计与SNP位点互补得荧光探针，其中一个标VIC（红色荧光基团）,另一个标FAM（绿色荧光基团），同时分别有淬来基团吸光Taq酶有5'-->3'得外切酶活性，如果探针粘有模板上，就被切碎探针被切碎后，荧光基团与淬灭基团分离，发出荧光。
SNP检测方法汇总
SNP检测方法汇总SNP（Single Nucleotide Polymorphism）是存在于基因组中的最小的遗传变异单位，是指基因组中单个核苷酸发生变化的现象。
SNP检测方法是针对这些变异进行分析和检测的工具或技术。
本文将对目前常用的SNP检测方法进行汇总和介绍。
1.基于PCR的SNP检测方法PCR是一种常用的DNA复制技术，在SNP检测中有多种变体，包括追踪标记PCR（TaqMan PCR）、Allele-Specific PCR（AS-PCR）、限制性片段长度多态性（RFLP）PCR等。
这些方法都利用PCR扩增目标DNA片段，并通过引入特定的引物或酶切位点来区分不同等位基因的差异。
2.基于测序的SNP检测方法测序是一种直接测定DNA序列的方法，可以通过测序检测SNP。
在基于测序的SNP检测中，有两种主要的方法：Sanger测序和大规模并行测序（Next-Generation Sequencing，NGS）。
Sanger测序是一种经典的测序方法，能够准确地确定单个核苷酸的序列，但是对于大规模SNP检测来说成本较高。
而NGS技术则可以同时测定多个样本的DNA序列，且速度和成本都更高效。
3.基于芯片的SNP检测方法芯片技术是通过固相法在芯片上固定已知的DNA片段，再与样本中的DNA进行杂交来实现SNP检测。
常用的芯片技术包括基于碱基延伸法（Primer Extension Assay）的Oligonucleotide Ligation Assay （OLA）、基于碱基延伸法的SNPstream和基于液相杂交法的GeneChip等。
这些方法在检测过程中通常采用荧光探针标记样本的SNP位点，通过荧光检测的方式进行分析和鉴定。
4.基于质谱的SNP检测方法质谱技术是通过检测质量-电荷比（m/z）来对样本中的DNA片段进行分析和检测的方法。
基于质谱的SNP检测主要采用基因分型质谱法（genotyping mass spectrometry），其中常用的方法有MALDI-TOF质谱（Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry）和Sequenom质谱。
SNP检测方法范文
SNP检测方法范文SNP（Single Nucleotide Polymorphism，单核苷酸多态性）是一种常见的遗传变异类型，它指的是基因组中单个核苷酸的变异，这种变异可能会导致个体间的差异，包括对疾病易感性、药物反应以及其他特征的影响。
因此，对SNP进行快速、准确的检测成为了当今遗传研究的重要任务之一、本文将介绍几种常用的SNP检测方法。
1. PCR-RFLP（Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism）：这是一种最早被使用的SNP检测方法。
它基于PCR扩增SNP位点周围的DNA序列，然后用限制性内切酶进行酶切。
由于SNP位点的突变可能导致酶切位点的消失或生成，通过分析产生的DNA片段的长度差异，可以确定该位点上的SNP类型。
2. Sanger测序法（Sanger sequencing）：这是一种经典的DNA测序方法，也可以用于SNP的检测。
方法是通过PCR扩增SNP位点附近的DNA序列，并使用荧光标记的末端引物进行测序。
通过分析测序结果，可以确认SNP位点上的碱基变异。
3. TaqMan探针法：这是一种基于荧光信号的SNP检测方法。
方法利用了TaqMan探针在荧光信号上的变化，从而实现对SNP的检测。
基本原理是引入两个探针，一个与正常碱基互补，另一个与变异碱基互补，进而实现对SNP类型的区分。
4. MassARRAY系统（Sequenom）：这是一种基于质谱分析的SNP检测方法。
该系统使用基质辅助激光解吸离子化时间飞行质谱（MALDI-TOF MS）技术，通过测量SNP位点的质荷比（m/z），可以区分不同的SNP类型。
5. SNP芯片（SNP Array）：这是一种高通量的SNP检测技术。
SNP 芯片基于DNA杂交原理，将待测DNA样本与芯片上的大量探针进行杂交。
通过信号的检测和分析，可以获得待测样本的SNP信息。
生物大数据分析中的遗传多态性检测方法与技巧
生物大数据分析中的遗传多态性检测方法与技巧遗传多态性是生物学研究中非常重要的一个概念，它指的是个体或群体基因组中存在的多个变异形式或等位基因。
遗传多态性不仅与个体间的差异有关，还与个体在适应环境和抵抗疾病方面的差异密切相关。
因此，在生物大数据分析中，准确检测和分析遗传多态性至关重要。
本文将介绍一些常用的遗传多态性检测方法与技巧。
1. 单核苷酸多态性（SNP）的检测方法：SNP是最为常见的遗传多态性形式之一，它是DNA中单个核苷酸（A、T、C或G）的变异。
SNP的检测可通过基于测序技术的方法，如Sanger测序、测序用探针芯片和下一代测序技术等。
这些方法可以快速、准确地检测出SNP位点上的碱基变异情况。
此外，还可以利用聚合酶链式反应（PCR）结合限制性内切酶（RFLP）方法，通过分析产生的DNA片段长度差异来检测SNP位点。
2. 微卫星序列的分析方法：微卫星序列是在基因组中广泛分布的、重复的DNA序列，由于个体间的插入、缺失或重复次数的差异，微卫星序列具有高度多态性。
检测微卫星序列的多态性可以通过PCR扩增方法，使用特异性引物扩增目标微卫星位点，然后通过电泳检测扩增片段的长度差异。
此外，还可以利用基于测序的方法来检测微卫星序列的变异情况。
3. 多态性标记的选择与筛选：在生物大数据分析中，选择适当的多态性标记对于准确检测遗传多样性至关重要。
一种常用的多态性标记是限制性片段长度多态性（RFLP），其基本原理是利用限制性内切酶切割DNA产生的不同长度的片段。
此外，还有单序列重复多态性（SSR）和随机扩增多态性（RAPD）等多态性标记可以选择。
在筛选多态性标记时，通常考虑标记的多态性、位点的连锁关系、扩增效果等因素。
4. 基于群体遗传学的分析方法：群体遗传学是研究个体在群体中遗传结构和动态变化的学科。
在生物大数据分析中，利用群体遗传学的方法可以检测遗传多样性和演化过程。
例如，可以通过计算群体间的遗传距离和群体结构来判断不同种群间的基因流程度。
SNP的检测方法(直接测序法与PCR-SSCP)
SNP的检测方法（直接测序法与PCR-SSCP）人类基因组中存在着广泛的多态性，最简单的多态形式是发生在基因组中的单个核苷酸的替代，即单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms, SNPs）。
S NP通常是一种二等位基因的（biallelic），即二态的遗传变异，SNP的数量大、分布广，在组成人类基因组的30亿个碱基中，平均每1000个就有一个SNP。
SNP作为第三代遗传标记，在复杂疾病的基因定位、关联分析、个体疾病易感性分析与药物基因组学的研究中发挥着愈来愈重要的作用。
1.直接测序法进行SNP分析在所有SNP的检测方法中，对欲检测片段进行直接扩增、测序是最为准确的方法。
通常情况下，纯合型SNP位点的测序峰为单一峰型，而杂合型SNP位点的测序峰为套峰，因而很容易将其区分开来。
通过直接测序方法进行SNP检测的检出率接近100%。
2. PCR-SSCP方法单链构象多态性分析（single-strand conformation polymorphism，SSCP）是一种简单、高效地检测DNA或RNA序列中点突变的技术，由于实验成本较低，也是一种目前较为常用的方法。
检测原理：单链DNA片段呈复杂的空间折叠构象，这种立体结构主要是由其内部碱基配对等分子内相互作用力来维持的，当有一个碱基发生改变时，会或多或少地影响其空间构象，使构象发生改变，空间构象有差异的单链DNA分子在聚丙烯酰胺凝胶中受排阻大小不同。
因此，通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)，可以非常敏锐地将构象上有差异的分子分离开。
需要注意的问题：A．PCR-SSCP只能作为一种突变检测方法，要最后确定突变的位置和类型，还需进一步测序。
B．由于SSCP是依据点突变引起单链DNA分子立体构象的改变来实现电泳分离的，这样就可能会出现当某些位置的点突变对单链DNA分子立体构象的改变不起作用或作用很小时，再加上其他条件的影响，使聚丙烯酰胺凝胶电泳无法分辨造成漏检。
SNP查找及SNP的几种研究方法
SNP位点的选择1，如果是检测基因的所有已知的SNP，那么首先要去了解并查询到这些SNP位点，SNP 位点可以通过查询dbSNP数据库（/SNP/）和TSC（The SNP Consortium）数据库（/），可以获知基因及上下游邻近序列的SNP位点。
2，至于挑选的原则，可以介绍一下Hap Map的正规化标准：SNP Selection CriteriaCategory 1 "verified"This contains all SNPs for which we have allele frequency or genotyping data. This includes SNPs from the TSC allele frequency project, as well as SNPs characterized by JSNP. These SNPs were generated from those rs clusters in which at least one of the SNPs in the cluster contains genotype or allele frequency data and the minor allele must have been seen in at least two individuals.Category 2 "two-hit"These are true double-hit SNPs, produced in collaboration with Jim Mullikin and Sarah Hunt. A double-hit SNP must be seen twice, in two different DNA samples which must have produced two alleles. TSC trace data was only allowed to contribute one hit per allele because the individual source DNA for a trace could not be identified.Category 3 "jsnp-verified/perlegen-verified"This category contains two groups: SNPs that JSNP certifies are likely to be real based on manual inspection of their data (but have not been genotyped)，and SNPs that Perlegen verified independently.Category 4 "bac-overlap"These are SNPs from BAC overlaps that do not fall into category 1 or 2 above.我的经验：也可以从文献中查找，找好几个SNP位点，如果你样本量很大，那么很容易出有意义的结果。
SNP检测方法汇总
TaqMan SNP基因分型技术方法：此技术是由美国Life technologies公司研发的SNP分型技术，其技术原理如下简介。
PCR 反应时，加入一对两端有不同荧光标记的特异探针来识别不同的等位基因（allele1和allele2），5’端为报告荧光基团（reporter），3’端为淬灭荧光基团(quencher)。
PCR过程中，两个探针能与正向引物和反向引物之间的互补序列特异退火结合。
当探针以完整形式存在时，由于能量共振转移，荧光基团只发出微弱荧光。
特异的探针与相应的等位基因杂合后，DNA聚合酶发挥5’到3’外切酶活性，把报告荧光基团切割下来，脱离了3’端淬灭荧光基团的淬灭作用(quench)，从而发出荧光。
两个探针的5’端标有不同的荧光(FAM或VIC)，3’端标有MGB 淬灭基团结合体。
根据检测到的不同荧光，可以判断相应的样本的SNP 等位基因型。
整个技术的示意图如下：应用领域：本方法适用于多个涉及到SNP分型的遗传研究领域。
尤其适合针对全基因组SNP 关联研究获得的初步阳性位点，以及全基因组测序得到的大量初筛突变位点进行进一步的大样品验证研究。
RFLP (多重荧光)SNP分型技术已知的很多SNP位点正好位于限制性内切酶的识别区域，针对这些SNP位点我们就可以使用此方法进行SNP分型。
尤其是对于大样品量的多个SNP分型来说，此方法的优势较为明显。
技术方法：RFLP技术于1980年由人类遗传学家Bostein提出。
它是第一代DNA分子标记技术。
Donis—Keller利用此技术于1987年构建成第一张人的遗传图谱。
DNA分子水平上的多态性检测技术是进行基因组研究的基础。
已被广泛用于基因组遗传图谱构建、基因定位以及生物进化和分类的研究。
RFLP是根据不同品种（个体）基因组的限制性内切酶的酶切位点碱基发生突变，或酶切位点之间发生了碱基的插入、缺失，导致酶切片段大小发生了变化，通过电泳将其区分。
SNP分子标记的原理及应用
SNP分子标记的原理及应用SNP（单核苷酸多态性）是一种常见的遗传变异形式，其是指在基因组中，单个核苷酸发生变异所引起的差异。
SNP分子标记是通过检测SNP位点的变异情况来确定个体之间的遗传差异。
SNP分子标记具有高度的稳定性和高通量检测的优势，因此被广泛应用于遗传学、基因组学、生物学研究以及医学诊断等领域。
首先，SNP位点的检测是指对目标DNA样本中的SNP位点进行筛查和确定。
目前常用的SNP检测方法有PCR-RFLP（聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性）、TaqMan探针法、等位基因特异性扩增等。
其中，PCR-RFLP是最为常用的方法之一、该方法通过PCR扩增目标DNA片段，然后利用特异性内切酶切割PCR产物，根据不同SNP位点的限制酶切模式进行分析，从而确定SNP位点的变异型。
而TaqMan探针法是一种高度特异性的SNP鉴定方法，通过引入特异性的TaqMan探针来区分不同SNP位点的变异型。
等位基因特异性扩增方法则是通过引入特异性引物和探针，根据SNP位点上的变异基因特异性扩增PCR产物，以确定SNP位点的变异情况。
SNP分子标记的应用非常广泛。
在人类遗传学和基因组学研究中，SNP分子标记被广泛应用于基因关联研究、人类种群遗传结构分析、基因组遗传图谱构建等。
在农业和动植物遗传改良领域，SNP分子标记被用于作物和家畜的选育和品种鉴定。
此外，SNP分子标记也被应用于药物代谢研究、疾病预测和诊断、亲子鉴定等医学领域。
总之，SNP分子标记具有高度的稳定性和可靠性，能够有效地开展高通量、精确和快速的遗传研究与分析，成为现代遗传学研究和应用的重要工具。
SNP检测方法
SNP检测方法—SNapShot SNP(Single Nucleotide Polymorphisms)，即单核苷酸多态性，是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，它是人类中可遗传的变异最常见的一种，并作为第三代遗传标志。
人体许多表型差异、对药物或疾病的易感性等等都可能与SNP有关，因此被广泛用于群体遗传学研究和疾病相关基因研究。
目前，SNP检测技术已经很成熟，主要有以下几种检测方法：TaqMan 探针法、HRM法、SNapShot法、dHPLC、illumina BeadXpress法等，本文主要针对SNapShot法进行阐述。
SNapShot法是一种新兴的SNP检测技术，该技术有美国应用生物公司（ABI）开发的，是基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术，也称小测序，其原理是先根据基因序列，设计特异性的扩增引物及延伸引物，在一个含有测序酶、四种荧光标记ddNTP、紧邻多态位点5’端的不同长度的延伸引物和PCR产物模板的反应体系中，引物延伸一个碱基即终止，经过测序仪检测后，根据峰的移动位置确定该延伸产物对应的SNP位点，根据峰的颜色可得知渗入的碱基种类，从而确定该样本的基因型。
SNapShot法操作简单、经济，可以在多种遗传分析仪上进行快速、准确地基因分型，实现了SNP分析的自动化，可以方便高效地用于高通量的SNP 验证及中通量的SNP筛选。
目前SNapShot技术广受科研人员的认可，国内耳聋基因SNP筛查、结合易感基因SNP位点筛查等用到的检测技术均为SNapShot技术，此外在nature、SCI等多个顶级杂志中也发表了多篇SNapShot技术相关的文献。
由此说明SNapShot技术在SNP研究领域中的地位在不断的提升，已成为SNP 研究中不可或缺的一部分。
北京阅微基因技术有限公司现拥有成熟的SNapShot技术平台，配备ABI3730xl测序仪及国内的杰出人才，实验结果准确、质量高，实验数据符合发表顶级杂志的要求，并提供相应的技术指导及疑难问题解答。
SNP检测
SNP(single nucleotide polymophism) ，即单核苷酸多态，是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态。
一般来说，一个SNP 位点只有两种等位基因，因此又叫双等位基因。
SNP研究包括SNP发现（discovery）、SNP验证（validation）以及SNP筛选（Screening or Scoring）。
广泛用于群体遗传学研究（如生物的起源、进化及迁移等方面，将逐渐取代微卫星而成为新一代的分子生物学标记），和疾病相关基因的研究，在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中起重要作用。
1.直接测序法
在所有SNP的检测方法中，对待检测片段进行直接扩增、测序是最为准确的方法，也是SNP 分析的金标准。
通过直接测序方法进行SNP检测的检出率接近100%。
服务内容
（1）样品基因组DNA提取
（2）根据不同的区域进行引物设计、合成
（3）对所有样品进行基因扩增并纯化
（4）测序
（5）统计与分析
客户提供
血液样品：样品为EDTA抗凝或柠檬酸钠抗凝，样品量大于1ml，样品采集后于-20℃或-80℃保存；组织样品：样品可以为新鲜组织（最好-80℃保存）、石蜡包埋组织或95%乙醇中固定的组织，组织量大于50μg 细胞、菌液等。
我们提供
详细的实验流程；
电泳图；
测序谱图；
SNP基因型统计结果。
snp分子标记的原理及应用
SNP分子标记的原理及应用概述单核苷酸多态性（SNP）是一种常见的基因组变异，它在基因组中占据重要地位。
SNP作为一种重要的分子标记，具有许多应用。
本文将从SNP的基本原理开始介绍，然后探讨SNP分子标记在遗传研究、医学诊断、农业育种等领域的应用。
SNP的原理SNP是指在基因组中单个核苷酸处发生的变异。
这些变异可以导致个体间的遗传差异，可能与疾病易感性、药物反应性、表型特征等相关。
SNP的形成有多种机制，包括突变、重组、等位基因演化等。
SNP的检测方法SNP的检测可以采用多种方法，其中最常用的方法包括：1.基于PCR的方法：通过特异性引物扩增目标SNP区域，并使用限制性内切酶或测序等技术进行检测。
2.基于芯片的方法：利用芯片上固定的DNA探针与样品DNA杂交，通过检测信号强度来确定SNP的基因型。
3.基于测序的方法：利用高通量测序技术对样品DNA进行测序，通过分析碱基对应位置碱基的差异来确定SNP。
4.基于大规模变异分析的方法：利用高通量基因分型技术，如SNP芯片、全基因组关联研究等，进行全基因组范围的SNP检测。
SNP分子标记的应用遗传研究SNP分子标记在遗传研究中发挥着重要的作用。
它可以用于构建遗传连锁图谱、进行群体遗传结构分析以及进行复杂疾病的关联分析。
通过分析SNP与特定性状的关系，可以探索人类遗传变异与疾病发生发展的相关性。
医学诊断SNP分子标记在医学诊断中具有潜在的应用。
通过分析个体SNP的基因型，可以帮助预测个体对某些药物的反应性以及易感性疾病的风险。
此外，SNP分子标记也可以用于亲子鉴定以及疾病致病基因的筛查。
农业育种SNP分子标记在农业育种中被广泛应用。
通过分析作物或家畜的SNP基因型，可以鉴定优良品种、预测物种的遗传背景、进行种质资源保护和遗传改良。
SNP分子标记的应用可以有效提高育种工作的效率和准确性。
DNA人身鉴定SNP分子标记在人身鉴定领域也起到了重要作用。
通过对个体的SNP基因型进行分析，可以确定个体的遗传信息，用于刑事侦破、亲子关系鉴定以及基因地理学研究等方面。
SNP检测方法
SNP检测方法（百度知道）现在SNP的常用检测方法主要有：Taqman法、质谱法、芯片法、测序法。
Taqman法：准确性高，适合于大样本、少位点，价格比较贵；质谱法：准确性高，适合于大样本、多位点（能检测25个位点）；芯片法：准确性较低，适合于超多位点分析；测序法：非常准备，但是价格也非常的高，但是对于少样本、超多位点还是非常好的选择。
人们对SNP 的研究方法进行了许多探索和改进。
SNP 分析技术按其研究对象主要分为两大类,即:①对未知SNP 进行分析,即找寻未知的SNP 或确定某一未知SNP 与某遗传病的关系。
检测未知SNP 有许多种方法可以使用,如温度梯度凝胶电泳( TGGE) 、变性梯度凝胶电泳(DGGE) 、单链构象多态性(SSCP) 、变性的高效液相色谱检测(DHPLC) 、限制性片段长度多态性(RFL P) 、随机扩增多态性DNA(RAPD) 等,但这些方法只能发现含有SNP 的DNA 链,不能确知突变的位置和碱基类别,要想做到这一点,必须对那些含有SNP 的DNA 链进行测序。
②对已知SNP 进行分析,即对不同群体SNP遗传多样性检测或在临床上对已知致病基因的遗传病进行基因诊断。
筛查已知SNP 的方法有等位基因特异寡核苷酸片段分析(ASO) 、突变错配扩增检验(MAMA) 、基因芯片技术(gene chips) 等。
由于人类基因工程的带动,许多物种都已开始了基因组的项目,并建立了大量数据库,比较这些来自不同实验室不同个体的序列, 就可以检测到SNP。
目前,可供利用的公开SNP 网上资源主要包括: ①由美国国立卫生研究院( National Institutes of Health ,NIH) 提供的主要是与癌症和肿瘤相关的候选SNP 数据库: http :/ / cgap. nci. nih. gov/ GAI ;②由NIH 开辟的适于生物医学研究的dbSNP 多态性数据库: http :/ / www. ncbi. nlm. nih. gov/ SNP ; ③德国的HGBAS 网站提供的人类SNP 数据库:http :/ / hgbas. Cgr. ki. sei 等。
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现在SNP的常用检测方法主要有：Taqman法、质谱法、芯片法、测序法。
Taqman法：准确性高，适合于大样本、少位点，价格比较贵；质谱法：准确性高，适合于大样本、多位点（能检测25个位点）；芯片法：准确性较低，适合于超多位点分析；测序法：非常准确，但是价格也非常的高，但是对于少样本、超多位点还是非常好的选择。
SNP检测方法汇总
分析SNP的方法有许多种，本文收集目前还在用的方法，按通量从高到低排列：
全基因组测序
这是最贵的方法，但也是看SNP最全的方法
大概一个人样本，花2万元
外显子组测序
外显子组测序，也可以得到较全面的SNP信息
大概一个人样本，花1.5万元
随着人全基因组测序的价格降到2万元左右，外显子组测序会很快退出市场
全基因组SNP芯片
原理，核酸杂交，荧光扫描
Illumina和Affymetrix都有很著名的全基因组SNP芯片，例如：
Affymetrix: CytoScan，SNP 6.0，
Illumina:660，中华，450K等
SNP芯片，在2000~5000元每样本，还是比全基因组测序的2万元一个样本的价格要低质谱法
原理，精确测量PCR产物的分子量，就可以知道SNP位点上是A/C/G/T中的哪一个Sequenome MassArray法测中等通量的SNP位点是十分准确的
单个位点、单个样本的费用约2元人民币
无需预制芯片、预订荧光探针,只要合成常规的PCR引物就可以做实验了
如果测几十个点，到上百个点，是很方便的方法
SNPseq法
此方法为天昊公司所创，一次测几百个位点
原理：
用Goldgate法做出针对某些位点的多重PCR片段
高通量测序，数据分析得到SNP位点结果SNPlex
中等偏高通量的方法，一次几十个位点
原理：
用末端特异的引物做多重PCR，把模板进行扩增基于毛细管电泳，把片段分离开，读颜色SNaPshot
中等通量的方法
设计3'位挨着目标位点的探针
用双脱氧的荧光标记ddNTP做一个碱基的延伸毛细管电泳，看延伸的这个碱基是什么颜色Taqman法
Taqman原理，如果要找原理，请回复“荧光”两字Taqman方法，一次一管测一个位点
通量最低，但是结果可靠
原理：
设计与SNP位点互补的荧光探针，其中一个标VIC（红色荧光基团）,另一个标FAM（绿色荧光基团），同时分别有淬来基团吸光
Taq酶有5'-->3'的外切酶活性，如果探针粘有模板上，就被切碎
探针被切碎后，荧光基团与淬灭基团分离，发出荧光。
看荧光颜色，就可以知道SNP位点上是什么碱基
ArrayTape法
基于Taqman原理
用塑料卷代替微孔板，用水浴锅代替PCR仪，提供通量
费用降到0.7元/SNP/样本以下
OpenArray法
OpenArray法，基于Taqman原理
用预置了PCR引物的微孔来代替微孔板
费用可降到1元人民币/SNP/样本。