伯杰氏系统细菌学手册说明

"伯杰氏系统细菌学手册"第二版的分类?

从1984年第一版开始发行以来，细菌分类已取得了巨大进展，新命名的种成倍增加、新描述的属也在170个以上，尤其是80年代末以来，rRNA、DNA、蛋白质序列分析方法日趋实用，因而为细菌的系统发育积累了不少新的资料。因此已经有可能对其第一版进行新的修订。第二版预计分5卷出版，从已报导的资料看，它更多地依靠系统发育资料对细菌分类群的总体安排进行了较大的调整。第二版将原核生物分为30组，5卷大致的内容安排如下：？

第一卷：1～14组。包括古生菌、蓝细菌、光合细菌和最早分支的属?

第二卷：15～19组。包括变形杆菌(属革兰氏阴性真细菌类)?

第三卷：20～22组。包括低G+C含量的革兰氏阳性细菌?

第四卷：23组。包括高G+C含量的革兰氏阳性细菌(放线菌类)?

第五卷：24～30组。包括浮霉状菌、螺旋体、丝杆菌、拟杆菌和梭杆菌(属革兰氏阴性细菌类)?

有关系统手册第二版的分类大纲见下表

第三卷 2009年出版

第二卷2005年出版分为Parter A B C

第四卷2010年出版

表伯杰氏系统细菌学手册第二版分类纲要

分类群代表属

一、古生菌、蓝细菌、光合细菌和最早分支的属古生菌

嗜泉古生菌界 (Crenarchaeota)

1 组热变形菌、硫化叶菌和嗜压菌热变形菌属(Thermoproteus)、硫化叶菌属(Sulfolobus)

广古生菌界 (Euryarchaeota)

2 组产甲烷菌甲烷杆菌属(Methanobacterium)

3 组盐杆菌盐杆菌属(Halobacterium)、盐球菌属(Halococcus)

4 组热原体热原体属(Thermoplasma)等

5 组热球菌古生球菌属(Archaeoglobus)、热球菌属(Thermococcus)

最早分支的属

细菌(真细菌)

6 组产液菌和有关的细菌产液菌属(Aquifex)、氢杆菌属(Hydrogenobacter)

7 组热袍菌和地袍菌热袍菌属(Thermotoga)、地袍菌属(Geotoga)、热脱硫杆菌属(Thermodesulfobacterium)

8 组异常球菌异常球菌属(Deinococcus)

9 组栖热菌栖热菌属(Thermus)、磁杆菌属(Magnetobacterium)

10组产金色菌产金色菌属(Chrisiogenes)

11组绿屈挠菌和滑柱菌绿屈挠菌属(Chloroflexus)、滑柱菌属(Herpetosiphon)

12组热微菌热微菌属(Thermomicrobium)

13组原绿蓝细菌和蓝细菌原绿蓝细菌属(Prochloron) 、聚球蓝细菌属(Synechococcus)、颤蓝细菌属(Oscillatoria)、鱼腥蓝细菌属(Anabaena) 、念珠蓝细菌属(Nostoc)、真枝蓝细菌属(Stigonema)等

14组绿菌绿菌属(Chlorobium)、暗网菌属(Pelodictyon)

二、变形杆菌

细菌

变形杆菌界 (Proteobacteria)

15组α?变形杆菌红螺菌属(Rhodospirillum)、立克次氏体属(Rickettsia)、柄杆菌属(Caulobacter)、根瘤菌属(Rhizobium)、布鲁氏菌属(Brucella)、硝化杆菌属(Nitrobacter)、甲基杆菌属(Methylobacteriun)等

16组β?变形杆菌奈瑟氏菌属(Neisseria)、产碱杆菌属(Alcaligenes)、亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)、嗜甲基菌属(Methylophilus)、硫杆菌属(Thiobacillus)、伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia)等

17组γ?变形杆菌着色菌属(Chromatium)、亮发菌属( Leucothrix)、军团菌属(Legionella)、假单胞菌属(Pseudomonas)、固氮菌属(Azotobacter )、弧菌属(Vibrio)、埃希氏菌属(Escherichia)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、变形杆

菌属(Proteus)、沙门氏菌属(Salmonella)、志贺氏菌属(Shigella)、伊尔森氏菌属(Yersinia) 、嗜血杆菌属(Haemophilus) 18组δ?变形杆菌脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、蛭弧菌属(Bodellovibiro)、粘球菌属(Myxococcus)、多囊菌属(Polyangium)

19组ε?变形杆菌弯曲杆菌属(Campylobacter)、螺杆菌属(Helicobacter)

三、低G+C含量的革兰氏阳性细菌

20组梭菌和有关的细菌梭菌属(Clostridium)、消化链球菌属(Peptostreptococcus)、真杆菌属(Eubacterium)、脱硫肠状菌属(Desulfotomaculum )、韦荣氏菌属(Veillonella)等

21组柔膜菌枝原体属(Mycoplasma)、尿原体属(Ureaplasma)、螺原体属(Spiroplasma)、无胆甾原体属(Acholeplasma) 22组芽孢杆菌和乳杆菌芽孢杆菌属(Bacillus)、显核菌属(Caryophanon)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、高温放线菌属(Thermoactinomyces)、乳杆菌属( Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)、肠球菌属(Enterococcus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、利斯特氏菌属(Listeria)

四、高G+C含量的革兰氏阳性细菌

23组放线杆菌纲(Actinobacteria) 放线菌属(Actinomyces)、微球菌属(Micrococcus)、节杆菌属(Arthrobacter)、棒杆菌属(C orynebacterium)、分枝杆菌属(Mycobacterium)、诺卡氏菌属(Nocardia)、游动放线菌属(A ctinoplanes)、丙酸杆菌属(Propionibacterium)链霉菌属(Streptomyces)、高温单孢菌属( Thermomonospora)、弗兰克氏菌属(Frankia)、马杜拉放线菌属(Actinomadure)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)

五、浮霉状菌、螺旋体、丝杆菌、拟杆菌和梭杆菌

24组浮霉状菌、衣原体和有关的细菌浮霉状菌属(Planctomyces)、衣原体属(Chlamydia)

25组螺旋体螺旋体属(Spirochaeta)、疏螺旋体属(Borrelia)、密螺旋体属(Treponema)、小蛇菌属(Serpulina)、钩端螺旋体属(Leptospira)

26组丝状杆菌丝状杆菌属(Fibrobacter)

27组拟杆菌拟杆菌属(Bacteriodes)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、普雷沃氏菌属(Prevotella)

28组黄杆菌黄杆菌属(Flavobacterium)

29组鞘氨醇杆菌、屈挠杆菌和噬纤维菌鞘氨醇杆菌属(Sphingobacterium)、屈挠杆菌属(Flexibacter)、噬纤维菌属(Cytophaga)

30组梭杆菌梭杆菌属(Fusobacterium)

第二版更多地采用核酸序列资料对分类群进行新的调整，无疑这是细菌系统发育分类的重大进展，但另一方面，我们也应看到：在某些类群中，由于序列特征与某些重要的表型特征相矛盾，这将给主要按表型特征进行细菌鉴定带来新的困难，如何解决这些问题，有待进一步研究。