采用密度泛函理论中的B3LYP
聚苯乙烯热降解机理的理论研究
聚苯乙烯热降解机理的理论研究程小彩;黄金保;潘贵英;童红;蔡勋明【摘要】采用密度泛函理论B3LYP/6-311G(d)方法,对聚苯乙烯(PS)热降解反应机理进行了研究.PS热降解的主要产物是苯乙烯,其次是甲苯、α-甲基苯乙烯、乙苯和二聚体等芳烃化合物.PS热降解反应主要包括主链C-C键均裂、β-断裂、氢转移和自由基终止等反应.针对以上各类反应进行了路径设计和理论计算分析,对参与反应的分子的几何结构进行了优化和频率计算,获得了各热降解路径的标准动力学和热力学参数.计算结果表明,苯乙烯主要由自由基的链端β-断裂反应形成;二聚体主要由分子内1,3氢转移的反应形成;α-甲基苯乙烯由分子内的1,2氢转移后进行β-断裂形成;甲苯由苯甲基自由基夺取主链上的氢原子形成;乙苯由苯乙基自由基夺取氢原子形成.动力学分析表明,苯乙烯形成所需要的能垒低于其他产物形成所需要的能垒,故苯乙烯为主要的热降解产物;这与相关实验结果基本一致.【期刊名称】《燃料化学学报》【年(卷),期】2019(047)007【总页数】13页(P884-896)【关键词】聚苯乙烯;反应机理;密度泛函理论;热降解【作者】程小彩;黄金保;潘贵英;童红;蔡勋明【作者单位】贵州民族大学数据科学与信息工程学院,贵州贵阳 550025;贵州民族大学机械电子工程学院,贵州贵阳 550025;贵州民族大学数据科学与信息工程学院,贵州贵阳 550025;贵州民族大学机械电子工程学院,贵州贵阳 550025;贵州民族大学机械电子工程学院,贵州贵阳 550025【正文语种】中文【中图分类】TK6;O642聚苯乙烯(polystyrene)简称PS,是现在常用的化工原料,在塑料里被广泛应用。
它的优点在于透明性好、容易进行二次加工、导热系数不随温度变化、耐辐射[1]、热解产油率高[2]。
一般用在塑料制品和泡沫制品上,包括常用的家用电器、外卖餐盒、工业上的一些配饰、小商品等[3]。
密度泛函法对于锂原子的研究
目录引言 (1)第一章绪论 (2)1.1 锂原子簇简介 (2)1.2 锂原子簇国内外研究进展 (2)1.3 理论计算介绍 (4)1.3.1 电子结构理论 (5)1.3.2 密度泛函理论 (5)1.4软件介绍与计算方法 (6)1.4.1 软件介绍 (6)1.4.2 计算方法确定 (7)1.5 研究内容 (7)第二章小型锂原子簇的结构计算 (8)2.1 前言 (8)2.2 Li2与Li2+ (8)2.3 Li3与Li3+ (9)2.3.1 Li3 (9)2.3.2 Li3+ (10)2.4 Li4与Li4+ (10)2.4.1 Li4 (11)2.4.2 Li4+ (12)2.5 Li5与Li5+ (13)2.5.1 Li5 (13)2.5.2 Li5+ (14)2.6 Li6与Li6+ (16)2.6.1 Li6 (16)2.6.2 Li6+ (18)2.7 Li7与Li7+ (19)2.7.1 Li7 (19)2.7.2 Li7+ (21)2.8 Li8与Li8+ (22)2.8.1 Li8 (22)2.8.2 Li8+ (24)2.9 总结 (25)第三章小型锂原子簇的结构讨论与电离能 (26)3.1 中性团簇结构讨论 (26)3.1.1 结构分析 (26)3.1.2 结果 (27)3.2 阳离子团簇结构讨论 (28)3.2.1 结构分析 (28)3.2.2 结果 (29)3.3 电离能 (30)结论 (31)参考文献 (32)致谢 (36)引言关于原子簇[1-2]的研究是目前化学前沿领域中最富有活泼性的领域之一,他不仅具有理论的研究意义而且在实用方面也很重要,例如在新型催化剂、超导材料、分子材料和纳米材料领域中原子簇有很大的应用前景。
对于原子簇的定义较多,本篇论文采用的原子簇定义是以徐光宪教授所提出的:3个或者3个以上的有限原子直接成键,构成的多面体或者缺顶点多面体的骨架为特征的分子或离子[2]。
b3lyp方法
b3lyp方法B3LYP方法是一种理论计算方法,是密度泛函理论的一种应用。
B3LYP方法是由John P. Perdew、Kieron Burke和Maurizio Ernzerhof三人在1996年提出的。
B3LYP方法在化学、物理和材料科学等领域都有广泛的应用,被视为计算分子和固体基态和过渡态电子结构的重要工具。
B3LYP方法的计算精度通常比半经验哈特里-福克(HF)方法更高,而计算时间比行波方法短。
B3LYP方法被广泛应用于分子结构优化、振动光谱、反应势能面的表征、分子动力学模拟等方面。
B3LYP方法是由三个部分构成的混合泛函,分别是贝克(Becke)的三重杂化泛函、李-杨(Lee-Yang)-帕尔(Parr)的局部密度近似(LDA)和恩泽霍夫(Ernzerhof)的梯度修正。
这三个部分在计算分子的时候相互作用,改善了计算分子的精度和速度。
在B3LYP方法中,分子的电子密度用一组分子轨道描述,这些轨道是由一组基函数表示的。
B3LYP方法使用HF方法作为默认的参考点,在HF方法的基础上,通过调整混合泛函参数来利用LDA近似和杂化方法,以提高计算精度。
B3LYP方法治理离子和自由基的离散性较好,可以在修复HOMO-LUMO距离的情况下给出准确的反应路径。
B3LYP方法的优缺点:优点:B3LYP方法准确性高,同时计算速度比行波方法快,能适用于分子的某些性质计算。
B3LYP方法可用于描述具有稠密结构和大分子的化合物的反应性和催化功能,具有广泛的适用性和灵活性。
缺点:B3LYP方法在计算某些化合物的电子性质时可能仍不够准确。
由于需要调整混合泛函参数,B3LYP方法需要更多的计算,在计算大分子时需要更长时间。
B3LYP方法并不适用于处理电子成对的离子和有机金属化合物的计算。
总之,B3LYP方法具有广泛的应用,对于分子和固体基态和过渡态电子结构的分析具有重要的作用,同时也有不足之处。
在应用B3LYP方法进行计算时需要综合考虑其优缺点,并且根据实际情况选择合适的计算方法。
DNA碱基对之间的氢键相互作用
题目DNA碱基对之间的氢键相互作用姓名学号院系化学与化工学院专业化学指导教师职称2013年05 月12 日大学教务处制DNA碱基对之间的氢键相互作用化学专业学生指导老师摘要:采用密度泛函理论B3P86、BLYP和B3LYP三种方法对DNA的四种碱基腺嘌呤A、胸腺嘧啶T、鸟嘌呤G和胞嘧啶C的结构进行了计算,由于四个碱基的特殊结构, A和T、C和G容易形成氢键复合物,我们队碱基对复合物的结构进行优化,并在优化结构的基础上计算了频率。
结果表明,与氢键相关的键的键长以及频率都发生了较大的变化关键词: DNA碱基对氢键密度泛函理论Hydrogen bonding interactions between the DNA base pairsStudent majoring in chemistry Yu ChuntingTutor Du DongmeiAbstract: DNA's four bases adenine A, thymine T, guanine G) and cytosine (C structure was calculated using density functional theory B3P86, with BL YP function and, and B3L YP three methods, Easy to form a hydrogen bond complex due to the special structure of the four bases, A, T, C and G, the base of our team to optimize the structure of the compound, and in the frequency is calculated on the basis of the optimized structure. The results show that associated with the hydrogen bond length and frequency have undergone a greater change.Keywords: DNA base pairs;Hydrogen bonds;Density functional theory引言对化学家来说,分子间的相互作用问题已不是一个新课题,20世纪初,人们就发现,许多化学及物理化学现象与分子间的弱相互作用有关,其中氢键作为最基本的化学相互作用,是人们最早研究的分子键弱相互作用现象之一,氢键的存在影响着很多物质的性质,如熔沸点、溶解度、密度等,正因如此, 氢键在化学、物理、生物等领域都非常重要, 一直是化学家们感兴趣的热门领域之一,其在分子科学和生物学体系中发挥重要意义,愈来愈受到人们的重视,引起国内外大量学者的关注,氢键的本质是强极性键X上的氢核,与电负性很大、含孤对电子并带有部分负电荷的原子Y之间的静电引力,随着对氢键认识的不断深入,氢键概念已不再局限于具有较大电负性的F、O和N原子与H的相互作用,氨基化合物和醇是制杀虫剂和制药的重要原料,它们之间的相互作用引起了广泛关注,,本文利用应用量子化学理论计算方法包括B3P86、BLYP和B3LYP三种方法在6-31+g(d ,p)基组来计算DNA碱基对A和T、C和G单体及分子间不同构型的氢键及键长键角的变化,以及能量的变化为相关实验研究提供参考价值的结果。
WmBn(m+n≤7)团簇电子结构与光谱性质的计算研究
WmBn(m+n≤7)团簇电子结构与光谱性质的计算研究张秀荣;尹琳;陈晨【摘要】采用密度泛函理论中的B3LYP方法,在LANL2DZ基组水平上优化了WmBn(m+n≤7)团簇的几何结构,得到了它们的基态构型,并对其自然键轨道( natural bond orbital ,NBO)以及振动光谱进行了计算研究。
结果表明:团簇中NBO电荷分布状况与团簇的对称性相关;W原子比B原子电荷调节能力强,易与其他原子形成化学键;最大频率以及最强峰值对应的振动模式大部分是B 原子或W原子的伸缩振动以及摇摆振动。
%Geometric structures of WmBn (m+n≤7) clusters are optimized by using the density functional theory at the B3LYP/LANL2DZ level.For the ground state configurations , the polarizability, magnetism,NBO(natural bond orbital ) and vibrational spectrum are analyzed .The calculated results show that the charge distribution of NBO is related to the symmetry of cluster;W charge regulation capability is better than B , which is easy to form chemical bonds;the strongest peak vibration mode corresponds to stretching or wagging vibration of atom B or W .【期刊名称】《江苏科技大学学报(自然科学版)》【年(卷),期】2013(000)004【总页数】10页(P399-408)【关键词】WmBn(m+n≤7)团簇;NBO;振动光谱【作者】张秀荣;尹琳;陈晨【作者单位】江苏科技大学数理学院,江苏镇江212003;江苏科技大学数理学院,江苏镇江212003;江苏科技大学材料科学与工程学院,江苏镇江212003【正文语种】中文【中图分类】O641过渡金属混合团簇具有特殊的电子结构和物理化学性质,为此成为目前团簇科学的热门课题[1-8].W合金材料,因其有很高的硬度、较好的耐磨、耐蚀性和延展性、抗高温氧化、易脱模、不粘着等特殊性质,引起了科技工作者的广泛关注[9-15].文献[16]利用电子散射衍射和映像分析技术研究了在烧结过程中WC颗粒的生长行为;文献[17]利用电沉积方法获得的Ni-W合金具有很强的延展性和抗拉强度,可以沿一个角度旋转180°而不使材料断裂.文献[18]对BmN (m=2~9)团簇的几何构型、电子结构、振动频率、自然键轨道(natural bond orbital,NBO)等性质进行了理论研究,得到了BmN (m=2~9)团簇结构的稳定性信息.文献[19]对AlBn+(n=2~10)团簇几何结构、稳定性、电子结构和成键特性进行了系统理论的研究,得到了AlBn+(n=2~10)团簇的最稳定结构,并且通过对其红外振动光谱的研究得出了硼原子间更容易成键的结论.文献[20]计算得出FeBn(n≤15)团簇基态结构中Fe的d轨道和B原子的P轨道存在着明显的杂化现象,研究表明FeB3、FeB5、FeB12和FeB15团簇较相邻团簇稳定.文献[21]对FeBn (n≤6)团簇的磁性做了系统研究,发现除了FeB5团簇外,FeBn (n≤6)团簇的总磁矩和Fe原子磁矩随团簇尺寸的增大而减小.文献[22]计算出了W6Sin0, ±(n=1,2)团簇基态及亚稳态结构,发现Si-Si之间不成键,并且分析了其芳香性及磁性.文中将对WmBn团簇的电子结构和光谱性质进行研究.1 计算方法文中采用量子化学程序Gaussian03,在B3LYP/LANL2DZ水平上对WmBn混合团簇基态结构的电子结构和光谱性质进行了计算研究.为了寻找WmBn的基态结构,设计了WmBn(m+n≤7)团簇多种可能的几何结构,进行几何参数优化,把优化之后无虚频的结构定为稳定结构,把能量最低且没有虚频的结构定为基态结构.然后对基态结构的电子结构和光谱性质进行了计算研究.2 结果与讨论2.1 基态结构图1给出了WmBn(m+n≤7)团簇的基态构型.图中颜色较深的大球为W原子,较浅的小球为B原子.通过图1可知,当只有一个W原子时,团簇的构型是平面结构,当m≥2,且m+n≥4时,除W3B团簇外,其余团簇的基态结构均为立体结构.对称性最高的是W2B3团簇,其对称性为D3h.图1 WmBn(m+n≤7)团簇的基态结构Fig.1 Ground state structures of WmBn(m+n≤7) clusters2.2 自然键轨道分析文中采用自然键轨道(NBO)方法分析了WmBn (m+n≤7)团簇的自然电荷布局以及成键性质.处于稳定状态的原子,核外电子将尽可能地按能量最低原理排布,另外它们还要遵守泡利不相容原理和洪特规则.处于基态的原子中电子以1s,2s,2p,3s,3p,4s,3d,4p,5s,4d 次序排布,从而得出电子组态.自由W原子最外电子层排布为5s25p65d46s2.B原子最外电子层排布为1s22s22p1.表1列出了WmBn (m+n≤7)团簇基态结构的各轨道上的NBO电荷分布.表1 WmBn (m+n≤7)团簇基态结构的自然电子组态和电荷Table 1 Natural electron configuration and atomic charge of the ground state structures of WmBn(m+n≤7) clusters团族自然电子组态电荷团族自然电子组态电荷WBWB21B2S(1.58)2p(1.44)-0.0261B2S(1.26)2p(1.72)3p(0.01)0.0053W6S(0.97)5d(4.96)6p(0.12)-0.009 WB3WB41B2S(1.12)2p(2.06)3p(0.01)-0.1851B2S(1.02)2p(2.09)-0.113 2B2S(1.12)2p(2.06)3p(0.01)-0.1852B2S(1.01)2p(2.21)3p(0.01)-0.2333B2S(1.11)2p(1.80)3p(0.01)0.0823B2S(1.02)2p(1.91)3p(0.01)0.0654W6S(0.82)5d(4.87)6p(0.06)7S(0.01)0.2884B2S(1.06)2p(2.02)3p(0.01)-0.096 5W6S(0.78)5d(4.83)6p(0.05)0.377 WB5WB61B2S(0.97)2p(2.12)3p(0.01)-0.1011B2S(0.95)2p(2.01)3p(0.01)0.032 2B2S(1.04)2p(2.00)3p(0.01)-0.0582B2S(1.00)2p(2.06)3p(0.01)-0.068 3B2S(1.04)2p(2.00)3p(0.01)-0.0583B2S(0.96)2p(1.99)3p(0.01)0.044 4B2S(0.97)2p(2.12)3p(0.01)-0.1014B2S(1.00)2p(2.06)3p(0.01)-0.0685B2S(1.05)2p(1.93)3p(0.01)0.0165B2S(0.95)2p(2.01)3p(0.01)0.0326W6S(0.80)5d(4.88)6p(0.05)0.3026B2S(0.66)2p(2.65)3p(0.02)-0.3317W6S(0.59)5d(4.98)6p(0.11)6d(0.01)0.359W2BW2B21W6S(1.00)5d(4.82)6p(0.15)0.0841W6S(0.34)5d(2.55)6p(0.14)-0.001 2W6S(1.00)5d(4.82)6p(0.15)0.0842B2S(0.68)2p(0.81)0.0013B2S(1.37)2p(1.79)3p(0.01)-0.1693B2S(0.68)2p(0.81)0.0014W6S(0.34)5d(2.55)6p(0.14)-0.001 W2B3W2B41B2S(1.10)2p(1.91)3p(0.01)-0.0161W6S(0.26)5d(2.51)6p(0.15)0.111 2B2S(1.10)2p(1.91)3p(0.01)-0.0162B2S(0.46)2p(1.11)-0.068 3B2S(1.10)2p(1.91)3p(0.01)-0.0163B2S(0.46)2p(1.11)-0.0684W6S(0.57)5d(5.35)6p(0.10)6d(0.01)0.0244B2S(0.53)2p(1.01)-0.0435W6S(0.57)5d(5.35)6p(0.10)6d(0.01)0.0245B2S(0.53)2p(1.01)-0.0436W6S(0.26)5d(2.51)6p(0.15)0.111 W2B5W3B1B2S(0.96)2p(2.04)3p(0.01)-0.2092W6S(1.05)5d(4.81)6p(0.10)6d(0.01)0.0903B2S(1.03)2p(1.90)3p(0.02)0.0603W6S(0.78)5d(4.97)6p(0.27)6d(0.01)0.029 4B2S(0.96)2p(2.04)3p(0.01)-0.0154B2S(1.44)2p(1.70)3p(0.01)-0.1495B2S(1.03)2p(1.90)3p(0.02)0.0606W6S(0.68)5d(5.17)6p(0.17)6d(0.01)0.0287 W6S(0.47)5d(5.05)6p(0.42)6d(0.02)0.091因为每个原子处在不等价的空间位置,所受到的势场不同,当一部分原子失去电荷,另一部分得到电荷就出现了电荷转移现象.从表1发现,钨原子的6s轨道上的NBO电荷分布在0.22至1.05,钨原子NBO电荷主要集中在5d轨道,分布在2.42至5.35,同时6p轨道上的NBO电荷在0.05至0.52,分布相对较少.当m<3时,部分钨原子含有6d轨道,当m≥3时,钨原子都含有6d轨道,但是电荷分布均极少,在0.01至0.02范围内.只有WB和WB3团簇中的钨原子含有7s轨道,电荷分布也较少.由上述分析以及表1看出,除W2B4、W3B2、W3B4和W4B2团簇外,钨原子的5d轨道和6p轨道得到电子,6s轨道失去电子,说明钨原子内部出现了轨道杂化现象,结论与WnNim (n+m=8)团簇[23]自然轨道电荷转移现象相吻合.硼原子中2s轨道上的NBO电荷分布在0.45至1.82,硼原子NBO电荷主要集中在2p轨道(除了WB 团簇),此时NBO电荷分布在0.81至2.65,大部分硼原子含有3s轨道,但是电荷分布极少.据此以及表1可知,除W2B2,W3B4和W4B2团簇外,硼原子的2p轨道得到电子,2s轨道失去电子,硼原子内部也发生了轨道杂化,结论与WnNim (n+m=8)团簇[23]自然轨道电荷转移现象也相吻合.深入探讨可以发现,WmBn (m+n≤7)团簇中,除了WB2和W2B2团簇外,与钨原子相邻的硼原子上的2p轨道得到电荷数目大于2s轨道失去电荷数目,而钨原子6s 轨道失去电子数目大于5d,6d轨道得到的电荷数目,说明钨原子中的部分电荷转移到了硼原子,所以在两个轨道电子的相互作用的过程中,电荷从钨原子转移到硼原子,形成了W-B键.而对于WB2和W2B2团簇,W原子得到了电荷,B原子得到了电荷,即B原子2p轨道上的部分电荷转移到了W原子上,W原子变成了电荷的受体,使得W原子的6s轨道和B原子的2p轨道形成了复杂的化学键.综上所述,在W原子与B原子内部轨道之间发生了电荷转移现象,即轨道杂化现象,这些杂化轨道在原子之间相互作用形成化学键,决定了团簇的稳定性和特殊的物理化学性质.结合表1和基态结构图发现WmBn (m+n≤7)团簇中NBO电荷分布状况与团簇的对称性相关,在对称性较高的团簇中位置相同的原子,其NBO电荷分布状况也相同.如在W2B3团簇(对称性为D3h)中,1B,2B和3B的电荷分布相同均为2S(1.10)2p(1.91)3p(0.01),4W和5W原子上的NBO电荷分布均为6S(0.57)5d(5.35)6p(0.10)6d(0.01);W4B3团簇(对称性为C3V)中,对称位置上的2W和3W的NBO电荷分布状况相同,4W和5W,6B和7B的NBO电荷分布状况也分别相同.表1同时也列出了WmBn (m+n≤7)团簇基态结构中各个原子上的净电荷分布情况.在WmBn (m+n≤7)团簇中,W原子的净电荷分布在-0.065e至0.377e,B原子的净电荷分布在-0.331e至0.083e,W原子的净电荷分布比B原子的净电荷分布范围较大一些,说明W原子比B原子对电荷调节能力要强,易与其他原子形成化学键.在W原子和B原子相互作用形的过程中,原子间发生了电荷转移,大部分W原子呈正电性,大部分B原子呈负电性,B原子从W原子得到电子,这部分W原子提供电荷,在形成团簇的过程中起主要作用.2.3 光谱分析一个多原子的化合物分子可能存在很多振动方式,但并不是所有的分子振动都能吸收红外光.当分子的振动不致改变分子的偶极矩时,它就不能吸收红外辐射,不具有红外活性,即红外光谱的吸收强度由振动中的偶极距变化大小决定的.分子振动(和点阵振动)与转动引起分子极化率发生变化,则产生拉曼光谱.图2给出了WmBn(m+n≤7)团簇基态结构的红外(IR)光谱图和拉曼(Raman)光谱图.通过GaussView来判定各团簇光谱峰值所对应频率的振动方式的归属情况.由图2可以看出,WB2团簇红外光谱只有1个振动峰位于频率695 cm-1处,该处的振动模式为2个B原子沿W-B键的方向做不对称伸缩振动;拉曼光谱中有3个振动峰,其最强振动峰位于频率847 cm-1处,该处的振动模式为2个B原子沿W-B键的方向做对称伸缩振动.WB3团簇红外光谱有4个振动峰,其最强振动峰所对应频率1 010 cm-1处,振动方式为3个B原子沿着B-B键方向往返伸缩振动,在振动过程中化学键的键长发生变化,次强峰位于频率877cm-1处,该处的振动模式为2个B原子沿W-B键的方向做不对称伸缩振动,从而引起化学键键长的变化;拉曼光谱中有只有1个振动峰,位于频率827 cm-1处,其振动模式为W原子和其中1个B原子固定不动,其他2个B原子做对称伸缩振动;WB3团簇的IR和Raman主峰都在高频段,表明在高频段该团簇红外和拉曼活性都很强.WB4团簇红外光谱有多个振动峰,其中最强振动峰位于频率443 cm-1处,其振动模式为B原子做面内弯曲振动;拉曼光谱和红外光谱一样,几乎整个频段上都有峰值分散出现,其最强振动峰位于频率995 cm-1处,其振动模式为不对称伸缩振动;次强峰位于波数672 cm-1处,此时2个B原子做不对称伸缩振动,而引起的结构变形以及化学键键长的改变.WB5团簇红外光谱有4个振动峰,最强峰位于频率529 cm-1处,其振动模式为平面剪式振动;拉曼光谱中有多个振动峰,最强振动峰位于频率1 205 cm-1处,振动模式为平面对称伸缩振动.a)WB2b) WB3d) WB5e) WB6f) W2Bg) W2B2h) W2B3i) W2B4 j) W2B5 k) W3B l) W3B2 m) W3B3 n) W3B4p) W4B2q) W4B3r) W5Bs) W5B2t) W6B图2 WmBn (m+n≤7)团簇IR光谱和Raman光谱Fig.2 IR spectra and Raman spectra of WmBn(m+n≤7) clustersWB6团簇红外光谱在1 000 ~1 200 cm-1段内有连续多个峰值,说明在这个频段内该团簇红外活性很好,且主峰值相差较小,最强振动峰位于频率1 112 cm-1处,振动模式为位于几何中心的B原子做不对称伸缩振动;拉曼光谱中有多个振动峰,最强振动峰位于频率805cm-1处,振动模式为平面剪式振动.W2B团簇红外光谱有3个振动峰,最强峰的振动模式是B原子的对称伸缩振动,位于频率727 cm-1处;拉曼光谱有3个振动峰,最小峰强度小的几乎看不出来,最强峰的振动模式为平面对称伸缩振动,位于727 cm-1处.W2B2团簇红外光谱有4个振动峰,最强振动峰位于频率为584 cm-1处,振动模式为2个B原子在各自的平面内做摇摆振动;拉曼光谱中有多个振动峰,最强峰位于频率为797 cm-1处,振动模式为2个B原子分别沿W-B键做对称伸缩振动.W2B3团簇红外光谱有3个振动峰,在频率288 cm-1处的是最强峰,振动模式为下方2个B原子的上下摇摆振动; 拉曼光谱中只有2个振动峰,最强峰位于频率为700 cm-1处,振动模式为呼吸振动.W2B4团簇红外光谱有多个振动峰,最强振动峰位于467 cm-1处,振动模式为位于两翼的B原子做面外摇摆振动;拉曼光谱的振动峰几乎分布在整个频段上,最强峰位于913 cm-1处,振动模式为各个B原子在同一平面内做剪式振动.W2B5团簇红外光谱在200~450 cm-1段内有多个连续的峰值,但强度都很小,其中最强振动峰峰位于339 cm-1出,振动模式为面外弯曲振动;拉曼光谱的峰值几乎分散整个频段,在1 179 cm-1处的振动最强,振动模式为沿B-B键方向的对称伸缩振动.W3B团簇的红外光谱在258 cm-1处出现了最强谱峰,是由于B原子做面外摇摆振动产生的;拉曼光谱和红外光谱类似,分布在相对较高和较低的频段,在718 cm-1处出现了最大谱峰,是由于W原子之间的相互伸缩振动而产生的.W3B2团簇红外光谱和拉曼光谱都有多个振动峰,红外光谱最强振动峰位于545 cm-1处,振动模式为面内弯曲振动;拉曼光谱最强振动峰位于545 cm-1处,同红外光谱相同,振动模式为面内弯曲振动.W3B2团簇与WB4团簇的分布情况类似,IR和Raman的峰值比较分散,几乎整个频段上都有.W3B3团簇红外光谱有多个振动峰,分布在整个频段上,最强振动峰位于621 cm-1处,位于左右下方的2个B原子做前后面外摇摆振动;拉曼光谱虽然有多个振动峰,但是只有一个显著的峰,位于735 cm-1处,该振动模式为3个B原子沿W-B键做对称伸缩振动.W3B4团簇红外光谱分布在整个频段上,最强振动峰位于739 cm-1处,振动模式为扭曲振动;拉曼光谱也分散在整个频段,最强振动峰位于269 cm-1处,振动模式为剪式振动.W4B团簇红外光谱有多个较强振动峰,最强振动峰位于646 cm-1处,振动模式为B 原子的伸缩振动;拉曼光谱的最强振动峰位于646 cm-1处,振动模式为B原子的伸缩振动.W4B2团簇的红外光谱和拉曼光谱峰都比较多,而且都是分段集中;红外光谱最强振动峰位于627 cm-1处,振动模式为2个B原子的前后不对称摇摆振动;拉曼光谱的最强振动峰位于703 cm-1处,振动模式为2个B原子的前后对称伸缩振动.W4B3团簇红外光谱和拉曼光谱都有多个振动峰,而且都比较分散;红外光谱最强振动峰位于456 cm-1处,振动模式为位于顶端的B原子的摇摆振动;拉曼光谱最强振动峰位位于822 cm-1处,振动模式为3个B原子沿B-B键做伸缩振动.W5B团簇红外光谱在100~260 cm-1频段上有多个连续的峰值,最强振动峰位于118 cm-1处,振动模式为W-W键和W-B键的伸缩振动;拉曼光谱有多个振动峰,最强振动峰位于118 cm-1处,振动模式为W-W键和W-B键的伸缩振动.W5B2团簇红外光谱只有3个振动峰,193 cm-1处的最强振动峰振动模式为伸缩振动;拉曼光谱有多个振动峰,最强振动峰位于595 cm-1处,振动模式表现为2个B原子的剪式振动.W6B团簇红外光谱在70~230 cm-1范围内集中了许多小峰,最强振动峰位于549 cm-1处,振动模式为B原子的摇摆振动;拉曼光谱主要集中分布在70~300 cm-1频段间,最强峰位于76 cm-1处,振动模式为剪式振动.通过对WmBn(m+n≤7)团簇基态结构的光谱分析可知,WmBn团簇的红外和拉曼光谱的振动峰都较多,主要分布在30至1 288 cm-1处,最大频率以及最强峰值对应的振动模式大部分是B原子或W原子的伸缩振动以及摇摆振动.周围环境的改变对频率的变化影响较小,力常数较大致使体系的电偶极矩变化大,所以基团伸缩振动常在高频处出现吸收,W原子之间化学键的力常数较大,容易产生较高的振动频率,所以一般来说频率值较大的几乎都是W原子之间的伸缩振动.WB2,WB3,W2B,W2B2和W2B3团簇红外光谱的吸收峰相对较少,振动模式大部分为伸缩振动.从红外光谱强度图上可以看出,WB5,WB6和W4B2团簇的最强峰分别达到了58.69 km.mol-1,42.20 km.mol-1和40.53 km.mol-1,和其他团簇的最强峰相差较多,说明这两个团簇的振荡模式大大改变了其结构中的电子云分布,偶极距的急剧变化导致了这一现象.3 结论采用密度泛函理论中的B3LYP方法,在LANL2DZ基组水平上优化了WmBn(m+n≤7)团簇的几何结构,得到了它们的基态构型,并对其自然键轨道(NBO)以及振动光谱进行了计算研究.对NBO的分析可知,团簇中NBO电荷分布状况与团簇的对称性相关,在对称性较高的团簇中位置相同的原子,其NBO电荷分布状况也相同,W原子比B原子对电荷调节能力强,易和其它原子形成化学键;振荡光谱分析表明,振动频率主要分布在30~1 288 cm-1处,最大频率以及最强峰值对应的振动模式大部分是B原子或W原子的伸缩以及摇摆振动.参考文献[1] Suetin D V, Shein I R, Ivanovskii A L. Structural, electronic properties and stability of tungsten mono-and semi-carbides: a first principles investigation [J].Journal of Physics and Chemistry of Solids,2009, 70(1): 64-71.[2] Ding F, Larsson P, Larsson J A, et al. The importance of strong carbon-metal adhesion for catalytic nucleation of single-walled carbon nanotubes[J].Nano Lett,2008, 8(2): 463-468.[3] 张秀荣,高从花,吴礼清,等, WnNim (n+m≤7; m=1,2) 团簇电子结构与光谱性质的理论研究[J].物理学报,2010,59(8):5429-5438.Zhang Xiurong, Gao Conghua, Wu Liqing,et al.The theory study of electronic structures and spectram properties of WnNim (n+m≤7; m=1,2) clusters[J].Acta Physica Sinica,2010,59(8):5429-5438.(in Chinese)[4] Ludwig A, Cao J, Dam B, et al. Opto-mechanical characterization of hydrogen storage properties of Mg-Ni thin film compositionspreads[J].Applied Surface Science,2007, 254(3): 682-686.[5] 仇毅翔,李佳,王曙光.配体稳定的二元过渡金属团簇[PdAu8(PR3)8]2+ (R=Me, OMe, H, F, Cl, CN)的量子化学理论研究[J].化学学报, 2010,68(7):611-616.Qiu Yixiang,Li Jia,Wang Shuguang. Theoretical investigations on ligand-stabilized binary transition-metal cluster [PdAu8(PR3)8]2+ (R=Me, OMe, H, F, Cl, CN)[J].Acta Chimica Sinica,2010,68(7):611-616.(in Chinese)[6] Zhang Lin, Zhang Caibei, Qi Yang. Local structure changes of Cu55 cluster during heating[J].Chinese Physics,2007, 16(1): 77-82.[7] 张秀荣,张伟,高从花,等.(OsB)n(n=1-6)团簇结构与稳定性的第一性原理研究[J]. 计算机与应用化学,2010,27(2):221-224.Zhang Xiurong,Zhang Wei,Gao Conghua,et al.First-principles study of structures and stable properties of (OsB)n(n=1-6) clusters[J].Computers and Applied Chemistry,2010,27(2):221-224.(in Chinese)[8] 华英杰,王崇太,孟长功.NiTi合金表面镍离子释放的电子结构理论计算[J]. 计算机与应用化学,2005,22(12):1115-1118.Hua Yingjie,Wang Chongtai,Meng Changgong.The theoretical calculation of electronic structure for the release of nickel ion on NiTi alloysurface[J].Computers and Applied Chemistry,2005,22(12):1115-1118.(in Chinese)[9] 朱佳,金华,李奕,等.TiO2(110)表面负载W3O10团簇构型和电子结构的理论研究[J].化学学报,2011,69(8):905-911.Zhu Jia,Jin Hua,Li Yi,et al.Theoretical study on the geometry and electronic structure of W3O10 clusters supported on the TiO2 (110) surface[J].Acta Chimica Sinica,2011,69(8):905-911.(in Chinese)[10] Yamaguchi W, Murakami J. Geometries of small tungstenclusters[J].Chemical Physics,2005, 316(1/3): 45-52.[11] 姚明珍,顾牡,梁玲,等. PbWO4晶体空位型缺陷电子结构的研究[J].物理学报,2002,51(1):125-128.Yao Mingzhen,Gu Mu,Liang Ling, et al.Electronic structures of defects associated with intrinsic vacancies in PbWO4 crystals[J].Acta Physica Sinica,2002,51(1):125-128.(in Chinese)[12] Suetin D V, Shein I R, Ivanovskii A L. Structural, elastic and electronic properties and formation energies for hexagonal (W0.5Al0.5)C in comparison with binary carbides WC and Al4C3 from first-principles calculations[J].Physica B, 2008, 403:2654-2661.[13] Wei A, Heath T C. Electronic structure calculations of gas adsorption on boron-doped carbon nanotubes sensitized with tungsten [J].Chemical Physics Letters,2009, 482(4/6): 274-280.[14] Shane M S, Adam W S, Michael D M. Optical spectroscopy of tungsten carbide WC[J].Journal of Chemical Physics,2002,116: 993-1002.[15] 邵泽旭,张启仁,刘延禹,等.CaWO4晶体中F型色心电子结构的研究[J].物理学报,2007,56(7):4089-4093.Shao Zexu,Zhang Qiren,Liu Yanyu,et al.Electronic structures of CaWO4 crystal with F type color center[J]. Acta Physica Sinica,2007,56(7):4089-4093.(in Chinese)[16] Mannesson K, Elfwing M. Analysis of WC grain growth during sintering using electron backscatter diffraction and image analysis[J].International Journal of Refractory Metals & Hard Materials,2008,26:449-455.[17] Tohru Yamasaki. High-strength nanocrystalline Ni-W alloys produced by electrodeposition[J].Mater Phys Mech,2000,1:127-132.[18] 马文瑾,王艳宾,张静,等.BmN (m=2-9)团簇的结构特征与稳定性[J]. 物理化学学报,2007, 23(2): 169-172.Ma Wenjin,Wang Yanbin,Zhang Jing,et al.Structure characteristics and stability of BmN(m=2-9) clusters[J].Acta Phys-Chim Sin,2007, 23(2): 169-172. (in Chinese)[19] 李莉莎,刘甫,孙久雨,等,AlBn+(n=2~10)团簇结构和红外振动光谱研究[J].光子学报,2011,40(2):321-326.Li Lisha,Liu Fu, Sun Jiuyu,et al.Theoretical study of structure and infrared vibration spectra about AlBn+(n=2~10) clusters[J]. Acta Photonica Sinica,2011,40(2):321-326. (in Chinese)[20] 刘火雁,雷雪玲,陈杭,等,FeBN(N≤15)团簇结构、电子性质和磁性的密度泛函理论研究[J].原子与分子物理学报,2011,28(2):258-266.Liu Huoyan,Lei Xueling,Chen Hang,et al.Structures,electronic properties and magnetisms of FeBN(N≤15) clusters:density functional theory investigations[J].Journal of atomic and molecular physics,2011,28(2):258-266. (in Chinese)[21] 杨致,闰玉丽,赵文杰,等,FeBN(N≤6)团簇的结构与磁性[J].物理学报,2007,56(5):2590-2595.Yang Zhi,Yan Yuli,Zhao Wenjie,et al.Structures and magnetism ofFeBN(N≤6) clusters[J].Acta Physica Sinica,2007,56(5):2590-2595. (in Chinese)[22] 张秀荣,刘小芳,康张李.W6Sin0, ±(n=1,2)团簇结构与电子性质的密度泛函理论研究[J].江苏科技大学学报:自然科学版,2010,24(6):619-624.Zhang Xiurong,Liu Xiaofang,Kang Zhangli.Density functional theory study on the structure and electronic properties of W6Sin0, ±(n=1,2)clusters[J].Journal of Jiangsu University of Science and Technology:Natural Science Edition,2010,24(6):619-624. (in Chinese)[23] 张秀荣,李扬,杨星. WnNim(n+m=8)团簇结构与电子性质的理论研究[J]. 物理学报, 2011,10:236-245.Zhang Xiurong,Li Yang,Yang Xing.Theoretical study on structural and electronic properties of WnNim(n+m=8) clusters[J].Acta Physica Sinica,2011,10:236-245. (in Chinese)。
水对5-氟尿嘧啶质子转移影响规律的研究
物理化学学报(Wuli Huaxue Xuebao)Acta Phys.鄄Chim.Sin.,2005,21(9):952~956September 水对5鄄氟尿嘧啶质子转移影响规律的研究∗胡兴邦李浩然梁婉春韩世钧(浙江大学化学系,杭州310027)摘要采用密度泛函理论(DFT)B3LYP方法,在6⁃311++G(d,p)基组上研究了由质子转移引起的5⁃氟尿嘧啶(5⁃FU)的异构化反应.共研究了38个含水与不含水的构型,其中包括15个过渡态结构.研究发现,在5⁃氟尿嘧啶周围存在两类不同的区域,在其中一类区域中,水分子能促进质子转移的发生;而在另一类区域中,水分子却能阻碍质子转移的发生.通过与尿嘧啶质子转移过程相比较,发现在各种情况下5⁃氟尿嘧啶异构化为烯醇式的几率均比尿嘧啶的大,在一定程度上解释了为什么5⁃氟尿嘧啶具有优良抗癌作用的同时具有一定的毒副作用.关键词:密度泛函理论,5⁃氟尿嘧啶,质子转移,异构化,水中图分类号:O6425⁃氟尿嘧啶在临床上是一种经常使用的抗癌药物,其在体内能够转化为5⁃氟尿嘧啶脱氧核苷酸(F⁃dUMP)[1⁃2].F⁃dUMP能够不可逆地抑制胸腺嘧啶核苷酸激酶的合成,阻断代谢环节,影响DNA的生物合成,从而抑制肿瘤细胞的生长.虽然它对多种癌症都有较好的疗效,但同时也具有一定的毒副作用[3⁃4].5⁃氟尿嘧啶具有毒副作用的原因至今仍不为人所知.生物体内由质子转移而引起的生物碱基异构化是引起基因突变的一个重要原因,因此生物分子的质子转移一直吸引着众多研究者的兴趣[5⁃7].孤立的生物分子内质子转移其活化能往往是比较高的,后来的研究发现,水分子能够促进质子转移的发生,使反应的活化能极大地降低[8⁃10].我们[11⁃14]最近的研究发现,生物分子周围的水分子在质子转移过程中的作用并不是单一的,虽然在某些区域的水分子能促进质子转移的发生(水分子对生物分子的诱变性),但在另一些区域的水分子却能阻碍质子转移的发生(水分子对生物分子的稳定性).利用此现象,我们提出了一条全新的5⁃溴尿嘧啶导致基因突变的机理[15].5⁃氟尿嘧啶(5⁃FU)在水诱变或保护下的质子转移过程是怎么样的?到目前为止还未见文献报道.为了研究5⁃氟尿嘧啶所有可能的质子转移过程,并探索5⁃氟尿嘧啶具有毒副作用的机理,我们采用密度泛函的方法研究了孤立的5⁃氟尿嘧啶与质子转移相关的所有可能的异构体与过渡态,以及其与水分子作用后与质子转移相关的所有可能的异构体与过渡态,重点考察水分子对5⁃氟尿嘧啶的诱变性及稳定性的影响.1计算方法5⁃氟尿嘧啶可能的异构体共有12个,但其中只有5个与质子转移有关,其余7个与质子旋转有关.对于5⁃氟尿嘧啶,由于质子旋转过程发生在质子转移过程之后,本文不对其进行研究.Gaigeot等[16⁃17]的研究表明,对嘧啶体系B3LYP 与MP2获得的结果比较类似,鉴于B3LYP具有较快的计算速度与优良的计算精度,本文在B3LYP/6⁃311++G(d,p)水平下对所有构型进行全自由度优化.构型优化,能量、频率计算以及零点能校正均在同一理论方法下进行.通过振动频率分析来确认过渡态,所有过渡态均有且仅有一个虚振动频率,而所有的反应物及产物均不存在虚振动频率.文中5⁃氟尿嘧啶及其异构体和水分子的结合能由如下公式给出:ΔE b=E comp-∑E single其中E comp为氟尿嘧啶⁃水复合物经零点能校正的热焓,E single为相应氟尿嘧啶或水分子单体经零点能校正的热焓.所有计算采用Gaussian98程序进行[18].952No.9李浩然等:水对5⁃氟尿嘧啶质子转移影响规律的研究表15⁃氟尿嘧啶异构化过程的吉布斯自由能变ΔG (kJ ·mol -1)、吉布斯活化自由能变Δ≠G (kJ ·mol -1)以及过渡态虚振动频率数据Table 1The Gibbs free energy changes,ΔG (kJ ·mol -1)and the Gibbs activation free energy changes,Δ≠G (kJ ·mol -1),of the tautomerizing processes of 5⁃fluorouracil and the corresponding imaginary frequencies,νi ,at the transition states①taken from Ref.[14]Tautomerism ΔG (FU)ΔG (U)①Δ≠G (FU)Δ≠G (U)①νi /cm -1A FU →FU2∗54.3751.33179.60173.411911.6i FU →FU3∗71.4581.10194.85200.051908.5i FU →FU4∗40.7448.41177.45178.021907.2i FU2∗→FU24∗-1.26 5.87147.55161.851892.2i FU4∗→FU24∗12.539.12157.94165.651896.3i B FU ⁃W2→FU2∗⁃W243.2140.4965.4163.851433.6i FU ⁃W3→FU3∗⁃W353.4363.4071.5777.371374.6i FU ⁃W4→FU4∗⁃W437.2943.8259.5363.051452.7i FU2∗⁃W4→FU24∗⁃W4 5.2114.0844.2447.261573.4i FU4∗⁃W2→FU24∗⁃W212.5010.0647.6846.211453.5iC FU ⁃W1→FU2∗⁃W156.3358.36176.27179.451896.3i FU ⁃W4→FU3∗⁃W476.2587.11193.63200.381898.3i FU ⁃W3→FU4∗⁃W349.6254.41177.03178.181901.3i FU2∗⁃W3→FU24∗⁃W36.619.22151.44153.831887.9i FU4∗⁃W1→FU24∗⁃W120.4019.55160.22155.181889.3i图1孤立的5⁃氟尿嘧啶的质子转移通道Fig.1The proton transfer pathways in isolated图25⁃氟尿嘧啶周围水的结合位点Fig.2Preferential sites of water molecules in the2结果与讨论2.1孤立的5⁃氟尿嘧啶的质子转移过程由图1可见,在所有异构体中,双酮式的5⁃氟尿嘧啶(FU)要比其他4个异构体(FU2∗、FU3∗、FU4∗、FU24∗)稳定.5⁃氟尿嘧啶一共有5种可能的质子转移通道:(1)~(2)质子从5⁃氟尿嘧啶N 1转移到O 7,FU →FU2∗和FU4∗→FU24∗;(3)从N 1转移到O 8,FU →FU3∗;(4)~(5)从N 4转移到O 8,FU →FU4∗和FU2∗→FU24∗(见图1).但这些质子转移过程却有较大的区别.FU →FU3∗过程的活化能要高于其他所有过程,同时FU3∗也是所有异构体中最不稳定的一个.FU2∗→FU24∗和FU4∗→FU24∗的活化能要明显低于其他三个异构化过程,这是由于FU2∗、FU4∗和FU24∗三者在热力学上稳定性均较差,它们之间的互变过程变得相对容易.从表1(A 部分)可以看出,不论从热力学还是动力学上考虑,5⁃氟尿嘧啶异构化成FU3∗、FU4∗和FU24∗的几率要比尿嘧啶(U)异构化成U3∗、U4∗和U24∗的大,而烯醇式的嘧啶碱基的出现往往是引起基因突变的一个重要原因[5⁃7,15],也就是说与尿嘧啶相比,5⁃氟尿嘧啶更容易异构化从而与错误的碱基配对而引起基因突变.2.25⁃氟尿嘧啶在有水参与的情况下的质子转移生物分子都是处在一个充满水的环境中的,而水分子往往对生物分子的各种生物性质具有重要的作用.我们研究了5⁃氟尿嘧啶在有水参与情况下的质子转移.在5⁃氟尿嘧啶的周围共有4个水分子的结合位点,在图2中分别以S1、S2、S3和S4来表示不同的结合位点.当在5⁃氟尿嘧啶的S1位有一个水分子时我们将其表示为FU ⁃W1,其余以此类推.尽管5⁃氟尿嘧啶的各种异构体与水分子的结合能存在较大数量差异(表2),但所有结合能均为负值,这表明水分子在S1、S2、S3和S4区域与5⁃氟尿嘧啶结合在能量上均是可行的.对双酮式的5⁃氟尿嘧啶而言,其一水合物的稳定性顺序为:FU ⁃W4>FU ⁃W2>FU ⁃W3>FU ⁃W1,与双酮式的尿嘧啶⁃水合物的稳定性顺序相同[11].2.2.1水分子促进5⁃氟尿嘧啶质子转移我们[11]早期的研究发现水分子能够促进尿嘧啶的质子转移过程.在本文中发现,当水分子处在S2、953Acta Phys.鄄Chim.Sin.(Wuli Huaxue Xuebao ),2005Vol.21O 7O 8H 12H 11FU -0.304-0.3390.3640.347FU ⁃W2-0.341-0.3280.4510.358FU ⁃W3-0.298-0.3810.4520.347FU ⁃W4-0.304-0.3890.3640.433FU2∗⁃W4-0.180-0.3780.3120.418FU4∗⁃W2-0.362-0.1910.4430.318表3水合前后5⁃氟尿嘧啶上原子电荷(Q /|e |)Table 3Atomic charge (Q /|e |)of 5⁃fluorouracil with and without waterS4位,质子从FU 分别转移到FU2∗、FU4∗,从FU4∗、FU2∗转移到FU24∗时,以及当水分子处在S3位,质子从FU 转移到FU3∗时(图3),水分子也同样对5⁃氟尿嘧啶的质子转移过程具有促进作用.我们称这些水分子能促进质子转移的区域为诱变区域.在这些水分子促进质子转移的过程中,5⁃氟尿嘧啶N —H 键上的氢原子转移到水分子上,同时水分子上的另一个氢原子转移到5⁃氟尿嘧啶C=O 键上,所有过渡态均对应于一个双质子转移的过程.它们的过渡态均以一个六元环的形式出现,此六元环对于降低过渡态的能量具有重要的意义.此外,处在诱变区域的水分子还使与其形成氢键的氧原子周围的局部电子密度增加(见表3),使得氧原子更容易被质子进攻.同时使参与转移的氢原子周围局部电子密度减少(见表3),从而更容易进攻电负性的氧原子.从表1(B 部分)可见,当水分子处在图3所示位置时,与孤立的5⁃氟尿嘧啶的质子转移过程相比,水分子使质子转移的活化能降大大的降低,降低幅度从103.31kJ ·mol -1到123.28kJ ·mol -1.同时除FU2∗⁃W4→FU24∗⁃W4外,所有质子转移过程的自由能变化均明显降低,降低幅度从3.45kJ ·mol -1到18.02kJ ·mol -1.也就是说,处于诱变区域的水分子能够同时从动力学与热力学上促进5⁃氟尿嘧啶的质子转移,并使5⁃氟尿嘧啶的烯醇式结构变得更稳定.从表1(B 部分)可以看出,当水分子处于诱变区域时,不论从热力学还是动力学上考虑,5⁃氟尿嘧啶异构化成FU3∗、FU4∗和FU24∗的几率也要比尿嘧啶(U)异构化成U3∗、U4∗和U24∗的几率大.也就是Compound -ΔE b Compound -ΔE b Compound -ΔE b FU ⁃W115.46FU3*⁃W350.42FU4*⁃W237.07FU ⁃W230.87FU3*⁃W426.77FU24*⁃W238.70FU ⁃W329.58FU4*⁃W319.18FU2*⁃W319.71FU ⁃W435.87FU4*⁃W440.74FU24*⁃W39.76FU2*⁃W18.84FU4*⁃W115.26FU2*⁃W441.26FU2*⁃W244.87FU24*⁃W17.70FU24*⁃W435.39表25⁃氟尿嘧啶各种异构体与水的结合能(kJ ·mol -1)Table 2Binding energies (kJ ·mol -1)of 5⁃fluorouracil tautomers to watermolecule图3水分子协助质子转移情况下的优化结构954No.9李浩然等:水对5⁃氟尿嘧啶质子转移影响规律的研究说,当水分子处于诱变区域时,与尿嘧啶相比较而言,5⁃氟尿嘧啶也是更容易异构化从而与错误的碱基配对而引起基因突变.2.2.2水分子阻碍5⁃氟尿嘧啶质子转移早期在研究水分子对质子转移过程的影响时,人们重点考察的是水分子对质子转移的促进作用[8⁃10].在先期的工作中,我们提出水分子对尿嘧啶的质子转移过程可能同时具有阻碍作用[11].在随后以甲酰胺[12]和甘氨脒[13]为模型分子进行的研究中,也同样展示出在主体分子的不同结合位点的水分子对质子转移过程的贡献是不一样的.水分子在某些区域可以促进质子转移,在某些区域却能阻碍质子转移.我们称这些水能够阻碍质子转移的区域为保护区域,如图4中水分子所处的S1、S3和S4位对于图中所描述的质子转移过程就是保护区域(表1C部分).必须引起注意的是S3和S4位在图3描述的质子转移过程中是诱变区域,而在图4描述的质子转移过程中是保护区域,可见诱变及保护区是相对不同的质子转移过程而言的,并不是某个区域的水分子对所有过程起绝对的诱变或保护作用.在本文中,我们发现当水分子处在S1、S3位,质子从FU2∗、FU4∗分别转移到FU24∗时(图4),水分子也同样对5⁃氟尿嘧啶的质子转移过程具有阻碍作用(表1C部分).且从动力学及热力学上这种阻碍作用均是存在的.与孤立的5⁃氟尿嘧啶的质子转移过程相比,在保护区域的水分子可以明显提高质子转移过程的自由能,提高幅度为7.87kJ·mol-1.同时还能提高质子转移的活化能,提高幅度从2.28kJ·mol-1到3.89kJ·mol-1.但对FU⁃W1→FU2∗⁃W1,FU⁃W4→FU3∗⁃W4及FU⁃W3→FU4∗⁃W3而言,与孤立的FU1→FU2∗,FU→FU3∗及FU→FU4∗相比, W1、W3及W4一方面提高了质子转移过程的自由能,另一方面却降低了质子转移过程的活化能.而W1、W3及W4却能同时提高尿嘧啶质子转移过程的活化能及自由能.我们早期的研究发现,水分子使活化能升高或降低主要与质子传递距离有关,若水分子的参与使质子传递距离增加则显示为活化能上升,若水分子的参与使质子传递距离减少则显示为活化能下降[14].从表1(C部分)可以看出,当水分子处在保护区域时,不论从热力学还是动力学上考虑,5⁃氟尿嘧啶异构化成FU2∗、FU3∗和FU4∗的几率均要比尿嘧啶异构化成U2∗、U3∗和U4∗的大.也就是说,当水分子处在保护区域时,与尿嘧啶相比较而言,5⁃氟尿嘧啶也是更容易异构化从而与错误的碱基配对而引起基因突变.从以上讨论可见,尿嘧啶的5位被氟取代后,与尿嘧啶相比,S1、S3及S4位上的水分子的保护作用图4水分子阻碍质子转移情况下的优化结构955Acta Phys.鄄Chim.Sin.(Wuli Huaxue Xuebao ),2005Vol.21Received :December 3,2004;Revised :January 7,2005.Correspondent :LI,Hao ⁃Ran(E ⁃mail :lihr@ ;Tel :+86⁃571⁃87952424).Explore the Effect Induced by Water in the Proton Transfer Process of 5鄄fluorouracil ∗HU,Xing ⁃Bang LI,Hao ⁃Ran LIANG,Wan ⁃ChunHAN,Shi ⁃Jun (Department of Chemistry,Zhejiang University,Hangzhou310027)Abstract In order to investigate the tautomerism of 5⁃fluorouracil(5⁃FU)induced by proton transfer,we describe a study of structural tautomer interconversion using density functional theory (DFT)calculations at B3LYP/6⁃311++G(d ,p )level of the theory.Thirty ⁃eight geometries including fifteen transition states with and without water molecule were studied.The calculated results indicate that there are two absolutely opposite regions in the vicinity of 5⁃FU.In one of the regions,water molecules can assist the tautomerism from 5⁃FU to its enol form (5⁃FU ∗),whereas in another region,water molecules can protect 5⁃FU from tautomerizing to 5⁃FU ∗.Furthermore,compared with the tautomerizing processes of uracil,the probability of 5⁃FU to tautomerize to its enol form is much higher.Based on such facts,the reason why 5⁃FU is an effective anticancer medicament but with some of toxicity is explained to some extent.Keywords :Density functional theory,5⁃fluorouracil,Proton transfer,Tautomerism,Water从热力学及动力学的同时保护转变为单纯热力学的保护,也就是说氟取代使嘧啶失去了水分子对其动力学上的保护.而对于我们早期研究的5⁃溴尿嘧啶而言,由于溴原子的电子效应及体积效应,使得5⁃溴尿嘧啶S1位失去了水的保护,即溴取代使嘧啶同时失去了水分子对其热力学及动力学上的保护[15].3结论综上所述,我们发现在5⁃氟尿嘧啶的周围存在两种完全不同的水合区域,在诱变区域中,水分子能够协助5⁃氟尿嘧啶的质子转移,使其更趋向于异构化为易引起基因突变的烯醇式结构;而在保护区域中,水分子却能够阻止5⁃氟尿嘧啶的质子转移,使其以具有抗癌药效的双酮式结构存在.通过与尿嘧啶质子转移情况(包括无水分子参与、水分子处于诱变区域、水分子处于保护区域)相比较,我们发现不论从热力学还是动力学上考虑,5⁃氟尿嘧啶异构化成烯醇式的几率要比尿嘧啶的大,而烯醇式的嘧啶碱基的出现往往是引起基因突变的一个重要原因[5⁃7,15],也就是说与尿嘧啶相比,5⁃氟尿嘧啶更容易异构化从而与错误的碱基配对而引起基因突变.References1Atichartakarn,V.;Kraiphibul,P.;Clongsusuek,P.Int.J.Radiat.Oncol .,1988,14:4612Dimery,I.W.;Legha,S.S.;Shirinian.M.;Hong,W.K.J.Clin.Oncol .,1990,8:10563Forastiere,A.A.;Metch,B.;Schuller,D.E.;Ensley,J.F.;Hutchins,L.F.J.Clin.Oncol.,1992,10:12454Vokes,E.E.;Mick,R.;Lester,E.P.J.Clin.Oncol .,1992,9:13765Holbrook,S.R.;Cheong,C.;Kim,S.H.Nature ,1991,353:579.6Florian,J.;Leszczynski,J.J.Am.Chem.Soc .,1996,118:30107Rogstad,K.N.;Jang,Y.H.;Sowers,L.C.;Goddard,W.A.Chem.Res.Toxicol .,2003,16:14558Gorb,L.;Leszczynski,J.J.Am.Chem.Soc .,1998,120:50249Gorb,L.;Podolyan,Y.;Dziekonski,P.;Sokalski,W.A .;Leszczynski,J.J.Am.Chem.Soc .,2004,126:1011910Gorb,L.;Leszczynski,J.Inter.J.Quan.Chem .,1998,70:85511Hu,X.B.;Li,H.R.;Liang,W.C.;Han,S.J.J.Phys.Chem.B ,2004,108:1299912Liang,W.C.;Li,H.R.;Hu,X.B.;Han,S.J.J.Phys.Chem.A ,2004,108:1021913Sun,Y.;Li,H.R.;Liang,W.C.;Han,S.J.J.Phys.Chem.B ,2005,109:591914Hu,X.B.;Li,H.R.;Liang,W.C.;Han,S.J.J.Phys.Chem.B ,2005,109:593515Hu,X.B.;Li,H.R.;Ding,J.Y.;Han,S.J .Biochemistry ,2004,43:636116Gaigeot,M.P.;Leulliot,N.;Ghomi,M.;Jobic,H.;Coulombeau,C.;Bouloussa,O.Chem.Phys .,2000,261:21717Hocquet,A.;Leulliot,N.;Ghomi,M.J.Phys.Chem.B ,2000,104:456018Frisch,M.J.;Trucks,G.W.;Schlegel,H.B.et al .,Gaussian 98Revision A.3.Pittsburgh,PA :Gaussian Inc.,1998956。
b3lyp计算分子结构的流程
b3lyp计算分子结构的流程英文回答:The B3LYP method is a widely used computational approach in quantum chemistry for calculating the molecular structure and properties of a system. The workflow of aB3LYP calculation involves several steps.1. Geometry optimization: The first step is to determine the optimized geometry of the molecule. This involves finding the arrangement of atoms that minimizes the total energy of the system. The B3LYP method uses a combination of density functional theory (DFT) and Hartree-Fock (HF) theory to calculate the energy. The optimization is performed by iteratively adjusting the positions of the atoms until the forces on each atom are minimized.2. Basis set selection: The next step is to choose an appropriate basis set to describe the electronic wavefunctions of the system. The basis set consists of aset of mathematical functions that are used to approximate the wavefunctions of the electrons. There are manydifferent basis sets available, ranging from simple to highly accurate ones. The choice of basis set depends on the size and complexity of the molecule being studied.3. Single-point energy calculation: Once the optimized geometry and basis set are determined, a single-point energy calculation is performed. This involves calculating the total energy of the system at the optimized geometry using the B3LYP method. The single-point energy calculation provides information about the stability and electronic properties of the molecule.4. Analysis of results: After obtaining the energy, various properties of the molecule can be calculated and analyzed. These include molecular orbital energies, bond lengths, bond angles, vibrational frequencies, and dipole moments. These properties can provide insights into the molecular structure, reactivity, and spectroscopic behavior of the system.In summary, the B3LYP method for calculating molecular structure involves geometry optimization, basis set selection, single-point energy calculation, and analysis of results. It is a powerful tool for understanding the properties and behavior of molecules in a computational setting.中文回答:B3LYP方法是量子化学中广泛使用的一种计算方法,用于计算分子的结构和性质。
b3lyp计算分子结构的流程
b3lyp计算分子结构的流程英文回答:B3LYP Calculations for Molecular Structure Determination.B3LYP (Becke, three-parameter, Lee-Yang-Parr) is a hybrid density functional theory (DFT) method that is widely used for the calculation of molecular structures. It is a relatively accurate and computationally efficient method, making it suitable for a wide range of applications in computational chemistry.The B3LYP functional is a combination of the Becke exchange functional (B), the three-parameter Lee-Yang-Parr correlation functional (LYP), and a local exchange functional (LDA). The B functional is designed to improve the treatment of exchange interactions, while the LYP functional is designed to improve the treatment of correlation interactions. The LDA functional is added toprovide a local correction to the exchange-correlation energy.The B3LYP functional has been shown to perform well for a variety of molecular systems, including organic molecules, inorganic molecules, and biological molecules. It is particularly well-suited for the calculation of molecular geometries, vibrational frequencies, and thermochemical properties.Procedure for B3LYP Calculations.The following procedure can be used to perform B3LYP calculations for molecular structure determination:1. Geometry optimization: The first step is to optimize the molecular geometry. This can be done using a variety of methods, but the B3LYP functional is a good choice for this purpose.2. Frequency calculation: Once the molecular geometry has been optimized, a frequency calculation should beperformed. This will calculate the vibrational frequencies of the molecule, which can be used to confirm that the optimized geometry is a true minimum.3. Thermochemical property calculation: Once the molecular geometry and vibrational frequencies have been calculated, a variety of thermochemical properties can be calculated. These properties include the total energy, the heat capacity, and the entropy.中文回答:B3LYP 计算分子结构的流程。
几种席夫碱衍生物的二阶NLO性质的理论计算和实验研究
几种席夫碱衍生物的二阶NLO性质的理论计算和实验研究1梁小蕊1,王刚2,赵波3,*,江炎兰1,梁承红11海军航空工程学院基础部,山东烟台(264001)2中国科学院烟台海岸带可持续发展研究所,山东烟台(264003)3南京师范大学化学与环境科学学院,南京(210097)E-mail:zhaobopaper@摘要:采用密度泛函理论B3L YP方法,在6-31G水平上对10种芳醛缩芳胺类席夫碱衍生物进行几何结构优化,在获得稳定构型的基础上,用TDHF/6-31G方法计算了它们的分子二阶非线性光学系数β值。
用室温固相方法合成了其中的6种化合物,并测试了它们的宏观SHG响应。
从微观和宏观两个方面研究了芳醛缩芳胺类席夫碱衍生物系列二阶非线性光学材料的性质,探讨了取代基种类、取代位置等有关因素对这类化合物非线性光学性质的影响规律。
关键词:席夫碱,DFT,二阶非线性光学材料,固相合成,SHG中图分类号:O621.11.引言近年来,由于有机二阶非线性光学(NLO)材料在许多光电子学领域如光学信息处理、远程通讯等有广泛的应用,因而仍是人们的研究热点之一[1,2]。
与目前研制的无机材料相比,有机材料具有非线性光学系数大、响应时间快和抗光伤阈值高等优点。
在设计有机二阶非线性光学(NLO)材料时,分子具有足够大的二阶NLO系数β值是材料具有理想的宏观二阶NLO 响应的先决条件。
但是,材料是否具有宏观的非线性响应不仅取决于分子的β值,还要在宏观上形成非中心对称的晶体结构,因此如何在宏观上设计出非中心对称的晶体材料是有机二阶非线性光学材料研制的重要课题。
席夫碱类化合物及其金属配合物在药学、催化、分析化学、腐蚀以及光致变色等领域研究较多[3-5],作为非线性光学材料被人们所关注是近几年才开始的,在此方面的研究还不深入,然而该类化合物的分子共轭性强、可变性大,有利于产生SHG效应,且截止吸收波长短,在可见光区吸收少或无吸收,分子易结晶,是一类比较理想的有机倍频材料。
b3lyp泛函
b3lyp泛函B3LYP泛函是基于密度泛函理论的一种多电子泛函,它的发展得到了电子结构理论领域的广泛应用。
B3LYP泛函是由贝尔实验室的基于密度泛函理论的三原子Perdew、Becke和Lee的组合,于1993年提出的。
这种泛函的精确度和在电子结构计算领域的性能优异,使其得到了广泛的应用。
B3LYP泛函是基于密度泛函(DFT)技术的多电子泛函,它在电子结构理论中有着极其重要的地位。
这种泛函被认为是一种精确度更高的计算方法,它可以提供较准确的电子结构信息。
B3LYP泛函可以用来计算电子结构,密度,能量和力学性质,包括结构和振动性质。
B3LYP泛函的发展为计算电子结构和性质提供了新的方法。
它的出现使许多电子结构理论的计算变得非常容易,这些理论包括极化率,能带结构和电子相关等。
此外,B3LYP泛函还帮助定量地研究了不同的电子结构,而不需要过多的计算时间,从而提升了电子结构理论的应用效率。
B3LYP泛函在不同领域多处得到了成功的应用。
在超算技术中,B3LYP泛函被用来分析电子结构,以求得有效的解决方案。
在能源学领域,这种泛函被用来研究能量转化机制,以及分析物质的反应性质。
在激光刻蚀技术中,B3LYP泛函被用来估计材料的反应速率和活性度。
此外,它还被用于研究分子的拓扑结构,以此来计算分子上可能发生的各种反应。
这类泛函的优越性主要取决于它的精确度和计算效率,要求较高的计算能力。
它比较适合于计算多体系统,在模拟不对称,有极端环境和复杂分子等复杂系统中,B3LYP泛函的准确性和计算效率表现出色。
因此,B3LYP泛函的发展给许多研究领域带来了新的发展机遇。
它的应用广泛,不仅可以用于电子结构理论中,也可以用于物理化学,有机化学,化学物理,材料科学等多个领域。
这种泛函的准确度和计算能力在未来将会被大量利用,从而更好地理解和研究电子结构和性质。
几种常用离子液体阴离子吸附so2行为的dft计算
离子液体阴离子吸附SO2的行为通常可以通过分子动力学模拟和密度泛函理论(DFT)计算来研究。
在DFT 计算中,常用的几种方法包括:
1.B3LYP方法: B3LYP方法是一种常用的DFT 方法,它结合了波函数自洽场理论和李维汀-
普朗克理论。
2.PBE方法: PBE方法是一种泛函理论方法,它是基于密度的方法,能够较好地描述结构
和能量。
3.M06-2X方法:M06-2X是一种密度泛函理论方法,它是在M06方法的基础上进行改进,
能够很好地描述酸性和碱性化合物的性质。
4.CAM-B3LYP方法:CAM-B3LYP是一种自洽场理论方法,它是在B3LYP方法的基础上进行
改进,能够很好地描述酸性和碱性化合物的性质。
这些方法都可以用来研究离子液体阴离子吸附SO2的行为,但是结果可能会有所不同,因此需要根据具体应用来选择最合适的方法.。
瑞德西韦的密度泛函和分子对接研究
Visualizer20. 1. 0( https: / / www. 3dsbiovia. com / ) 和 Pymol 软件包
中被描绘为详细的配体 - 蛋白相互作用ꎮ 图 7 给出了配体与
受体对接位置的详细信息. 对接结果表明ꎬ瑞德西韦对 RNA 聚
的图形( b) 表示ꎮ
图ꎮ 从 MEP 结构中识别出其亲电和亲核反应位点ꎮ MEP 表
面静电势的不同值用不同的颜色映射:红色、蓝色分别代表静
MEP 与电子密度有关ꎬ对于理解亲电、亲核反应以及氢键
[9]
电势最正、最负的区域. MEP 的负( 蓝色) 区域与亲电性有关ꎬ而
刘雪莹ꎬ等:瑞德西韦的密度泛函和分子对接研究
3. 4 约化密度梯度( RDG)
RDG 是电子密度及其一阶导数ꎬ通过将 ρ( r) 映射为 λ2 ꎬ就
可以理解分子中存在的相互作用的性质和强度ꎮ λ2 符号用来
区分排斥( λ2 > 0ꎬ 无 键) 和 吸 引 ( λ2 < 0ꎬ 成 键) 相 互 作 用 [9] ꎮ
分子对接结果显示ꎬ瑞德西韦与抗 COVID - 19 药物潜在作用靶点具有较强的亲和力ꎮ
关键词:瑞德西韦ꎻ密度泛函( DFT) ꎻ前线轨道( FMO)
中图分类号:R914. 5 文献标识码:A 文章编号:1008 - 021X(2021)10 - 0051 - 03
Dendity Functional and Molecular Docking Study of Remdesivir
1. 696
2. 638
1. 298
2. 135
4. 434
抗病毒药物奥司他韦的密度泛函和分子对接研究
2021年第10期 广 东 化 工 第48卷总第444期 · 55·抗病毒药物奥司他韦的密度泛函和分子对接研究刘雪莹*,刘艳艳(菏泽医学专科学校药学与检验系,山东菏泽274030)[摘 要]以奥司他韦为研究对象,采用密度泛函理论的B3LYP/6-311G(d,p)方法,用Gaussian 16软件对分子结构进行优化,并对分子静电势(MEP),前线轨道、分子对接进行了计算。
通过HOMO-LUMO 能量差值预测了奥司他韦的化学活性(化学柔软度和化学势、电负性、硬度),结果表明奥司他韦分子中O7、O8、O9、N1、N5原子很可能是其发挥药理活性的亲电和亲核反应部位。
分子对接结果显示,奥司他韦与抗流感药物潜在作用靶点具有较强的亲和力。
[关键词]奥司他韦;密度泛函(DFT);前线分子轨道;静电势(MEP);分子对接[中图分类号]TQ [文献标识码]A [文章编号]1007-1865(2021)10-0055-03Dendity Functional and Molecular Docking Study of OseltamivirLiu Xueying *,Liu Yanyan(Department of Pharmacy and Examination, Heze Medical College, Heze 274030, China)Abstract:The molecular geometries of Oseltamivir were optimized using DFT approach applying B3LYP/6-311G(d,p) base set. Moreover, the HOMOs and LUMOs analyses, chemical reactivity parameters, molecular electrostatic potential (MEP) were also performed. The results show that the O7, O8, O9, N1, N5atoms in the Oseltamivir molecule are likely to be the electrophilic and nucleophilic reaction sites for its pharmacological activity.Furthermore, the molecular docking were studied to check the mode of interactions with the neuraminidase PDB:3K39. The results indicate that Oseltamivir has a strong affinity with the potential targets of anti-Influenza virusdrugs.Keywords: Oseltamivir ;DFT ;FMO;MEP ;Molecular docking1 引言流感病毒是引起流感的主要病原体,为单分子负链RNA [1],流行感冒具有很高的发病率,其潜伏期短,全年可发病,扩散迅速,易爆发流行,患者感染后,巨噬、单核细胞活化产生多种细胞因子,控制炎症反应、调节免疫应答,表现为畏寒发热、咽痛、全身疼痛、乏力、咳嗽少痰、喘息气促等不适症状,是我国主要的公共卫生健康问题之一[2]。
b3lyp引用文献
b3lyp引用文献b3lyp是一种密度泛函理论(DFT)方法,用于计算分子和固体体系的电子结构和相互作用。
它的全称是Becke,三角函数和逐体积积分法(Becke, Three-parameter, Lee-Yang-Parr),是由两种不同的密度泛函方法(B和LYP)的组合构成。
b3lyp方法已被广泛应用于理论计算化学和材料科学领域,并产生了许多重要的研究成果。
b3lyp方法的关键之处在于其能够有效地处理分子中的电子相关性。
电子相关性是指电子之间的相互作用,是在纯粹的哈特里-福克(HF)方法中无法准确描述的。
在b3lyp方法中,通过引入Becke的渐近密度泛函(B)和Lee-Yang-Parr的局域自旋密度近似(LYP),成功地解决了电子相关性的问题。
这使得b3lyp方法能够更准确地描述分子的电子结构和能量。
许多研究已经证明了b3lyp方法在计算化学和材料科学领域的有效性和准确性。
例如,在分子构型优化中,b3lyp方法能够给出准确的键长和键角。
在催化反应和电催化材料的研究中,b3lyp方法可用于计算反应中心的能垒和反应速率。
在晶体和材料的计算中,b3lyp方法对于描述电子结构和性质也表现出良好的准确性。
此外,b3lyp方法还被广泛应用于计算化学和材料科学的交叉领域,如生物化学和药物设计。
它可以用于研究药物分子的分子结构、构型优化和亲和力,为药物发现和设计提供重要的理论指导。
在过去的几十年里,b3lyp方法已经成为计算化学研究的重要工具,并产生了大量的引用文献。
例如,一项关于使用b3lyp方法研究催化剂的文献指出,通过优化催化剂的结构和理解其电子性质,可以设计出更有效的催化剂,从而促进催化反应的发展(引用文献:XXX et al.,Journal of Physical Chemistry B,年份,卷号,页码)。
另一个关于使用b3lyp方法研究光催化材料的文献指出,通过理解材料的电子结构和光吸收能力,可以设计出更高效的光催化材料,用于水分解和二氧化碳还原反应(引用文献:XXX et al.,ACS Catalysis,年份,卷号,页码)。
锂离子电池成膜添加剂丙烯基-1,3-丙磺酸内酯还原机理研究
锂离子电池成膜添加剂丙烯基-1,3-丙磺酸内酯还原机理研究曾丽珍;郑雄文【摘要】采用密度泛函理论方法研究了锂离子电池成膜添加剂丙烯基-1,3-丙磺酸内酯(PES)的还原机理. 通过B3LYP/6-311++G(d,p)水平的密度函数理论与偏振连续模型(PCM)理论计算结果表明, PES的还原活性优于碳酸丙烯酯(PC), PES较PC 优先通过所获得的前线分子轨道能量和电子亲和能被还原形成PES+e. 由于PES+e的结构是不稳定的, 易于通过破坏C1—O2或O2—S7键而自发重排形成PES-1或PES-2. 通过振动频率分析和内反应坐标(IRC)方法优化和确认PES的过渡态(TS). 使用自然键轨道(NBO)方法在DFT的B3LYP/6-311++G(d,p)水平上分析沿着最小能量路径(MEP)的稳定点的键顺序和原子电荷分布. 基于结构, 键顺序和电荷分布结果分析, 负电荷大部分分布在PES+e中的—SO2基团上, 因此PES+e 的成膜机理经历C1—O2或O2—S7的断裂形成稳定的开环环状阴离子自由基(PES-1或PES-2).%The mechanism for the reduction of Prop-1-ene-1,3-sultone (PES) on anode of lithium ion battery is understood by theoretical calculation at the B3LYP/6-311++G (d, p) level of density functional theory with the polarized continuum models (PCM). It is found that PES in solvent is reduced prior to PC to form PES+e by the obtained frontier molecular orbital energy and electron affinity. The structure of PES+e is unstable, and prone to a spontaneous rearrangement to form PES-1 or PES-2 by the breaking of C1—O2 or O2—S7. The transition state (TS) is optimized and confirmed by vibrational frequency analysis and intrinsic reaction coordinate (IRC) method. The bond orders and atomic charge distribution of the stable points along the minimum energy path (MEP) are analyzedusing the natural bond orbital (NBO) method at the B3LYP/6-311++G (d, p) level of DFT. The negative charge is mostly distribution on —SO2 group in PES+e, based on the structures, bond order and Charge distribution analyses, and it is known that PES+e experiences the breaking of C1—O2 or O2—S7 to form a stable open cyclic anion radical (PES-1 or PES-2).【期刊名称】《广东工业大学学报》【年(卷),期】2017(034)005【总页数】5页(P86-90)【关键词】锂离子电池;碳酸丙烯酯;PES;还原机理;密度泛函理论【作者】曾丽珍;郑雄文【作者单位】华南师范大学实验中心;华南师范大学化学与环境学院, 广东广州510006【正文语种】中文【中图分类】TM912Abstract:The mechanism for the reduction of Prop-1-ene-1,3-sultone (PES) on anode of lithium ion battery is understood by theoretical calculation at the B3LYP/6-311++G (d, p) level of density functional theory with the polarized continuum models (PCM). It is found that PES in solvent is reduced prior to PC to form PES+e by the obtained frontier molecular orbital energy and electron affinity. The structure of PES+e is unstable, and prone to a spontaneous rearrangement to form PES-1 or PES-2 by thebreaking of C1—O2 or O2—S7. The transition state(TS) is optimized and confirmed by vibrational frequency analysis and intrinsic reaction coordinate (IRC) method.The bond orders and atomic charge distribution of the stable points along the minimum energy path (MEP) are analyzed using the natural bond orbital (NBO) method at the B3LYP/6-311++G (d, p) level of DFT. The negative charge is mostly distribution on —SO2 group in PES+e, based on the structures, bond order and Charge distribution analyses, and it is known that PES+e experiences the breaking of C1—O2 or O2—S7 to form a stable open cyclic anion radical (PES-1 or PES-2).Key words:lithium ion battery; propylene carbonate; prop-1-ene-1,3-sultone; reduction mechanism; density functional theory (DFT)锂离子电池已广泛用于便携式电子装置、电动汽车和混合动力汽车中,并且由于其高能量密度,低自放电率和长循环寿命而被认为是电动汽车的最有前景的动力源[1-3]. 然而电解液在充电过程中是热力学不稳定的[4-5],在过充或过热条件下,电解液在正极容易被氧化,在负极表面容易被还原[6-7]. 一般情况下,电解液在电池负极表面发生还原反应之后会形成一层固态电解质相界面膜(SEI),从而抑制电解液的持续分解[8].电解液对锂离子电池的性能有很大影响,是电池的重要组成部分. 与其他电解液溶剂相比,碳酸丙烯酯(PC),具有宽温度范围,高介电常数等优点[9],成为锂离子电池电解液的重要组成部分. 但是在石墨负极表面PC容易和Li+发生共嵌,从而引起石墨体积膨胀和电极材料的剥落,最后导致电池容量的下降和循环寿命的衰减[10]. 由于PC在0.8V vs.Li+/Li的电位下开始被还原分解,和Li+发生共嵌[11],因此可以通过加入低于0.8V vs.Li+/Li电位下发生还原反应的SEI成膜添加剂来抑制PC对石墨的破坏. 至今,研究者开发出了若干SEI成膜添加剂,包括亚硫酸乙烯酯[12],亚硫酸丙烯酯[13],氟代碳酸烯酯[14],碳酸亚乙烯酯(VC)[15]和含硼类化合物[16-18]等. 一般情况下,加入低于5%质量分数的添加剂就能在负极表面形成有效的SEI膜,其中VC的成膜效果最好而广泛应用于商品锂离子电池中,然而VC在正极表面容易发生聚合反应从而影响电池的性能[19-21]. 近年来,丙磺酸内酯(PS)和1,4-丁磺酸内酯(BS)对电池的高温性能有显著改善,因而受到研究者广泛关注[22-23].丙烯基-1,3-丙磺酸内酯(PES)是一种新型的电解液成膜添加剂,因与PS具有类似结构而得到越来越多人的关注. 它也可以产生有效的阳极SEI膜,并且可以同时保护LiMn2O4/石墨电池的阴极和阳极[24-27]. 迄今为止,关于PES对电池性能的影响,以及其在负极的还原机制仍不清楚. 研究电解液添加剂反应机理,对搜索新的有效的添加剂和预测添加剂的性能具有重要意义[6-7,28-29]. 本文采用密度泛函理论方法DFT,研究添加剂PES的作用机理.本文的计算在Gaussian 09软件包中完成. 所有的结构是采用密度泛函理论方法中的B3LYP/6-311++G(d,p),在气态和液态下优化得到. 对液态环境的模拟通过采用连续极化介质模型(PCM)方法完成[30],采用的介电常数为20.5. 通过振动频率分析势能面上各驻点的性质,以确认优化得到的结构是势能面上的稳定点或是过渡态,以驻点虚频的唯一性确定反应的过渡态. 同时使用内禀反应坐标(IRC)方法对过渡态进行跟踪计算,验证反应势能面上各过渡态与反应物和产物之间的连接关系. 用自然键轨道(NBO)[31]方法分析优化得到的分子中原子的电荷分布以及分子键的键级.本文假设溶剂分子得到一个电子是PES和PC的初始还原反应,忽略了电极界面的影响. PES和PC分子得到电子前后的优化结构以及还原反应的过渡态及产物优化结构如图1所示. 气态下的结构与液态下的相似. 比较图1中PES和PC得到电子前后的结构变化可知,PC和PC+e计算几何参数相似, 因此PC+e的结构是稳定的. 比较PES和PES+e的结构可以明显地发现,对于PES,C1—O2,O2—S7,C3—S7和S7—O8 (S7—O9)的键长分别是0.144 7 nm,0.165 2 nm,0.177 5 nm和0.146 0 nm. PES得到一个电子形成PES+e之后,C1—O2,O2—S7,S7—O8和S7—O9的键长分别延长了0.002 0 nm,0.001 9 nm,0.003 0 nm和0.002 2 nm. 但是C3—S7的键长明显缩短了0.005 1 nm. —SO2基团的结构也发生了变化,从PES的117.3°到PES+e的112.0°. 计算结果表明,PES+e的结构是不稳定的.PES和PC分子前线轨道能量和电子亲和能(ΔE=E(anion)–E(neutral))如表1所示. 根据分子轨道理论可知,分子的最低未占据轨道(LUMO)能量越低,分子越容易得到电子. 比较液态下PES和PC的LUMO能量可知,PES(–1.381 eV)明显比PC(–0.174 eV)低,表明PES具有更高的还原活性. 分子前线轨道能量得到的结果与分子的电子亲和能一致,PES(–210.277 kJ·mol–1)得到电子释放出的能量比PC(–85.806 kJ·mol–1)高. 计算结果可见,在含PES的PC基电解液中,PES将优先于PC发生还原反应,而不是PC优先于PES发生还原反应.通过使用自然群体分析(NPA)获得的PES和PES+e中的原子上的电荷分布列于表2中. 从表2可以看出,PES和PES+e中的原子上的电荷分布完全不同.—SO2基团在PES得到电子后电荷由0.408 7变为0.224 5,而五元环中的5个原子在PES得到电子后电荷由0.198 6增加到0.861 1. 这表明,C1—O2或O2—S7键的断裂归因于环和—SO2基团之间弱的共轭效应,这也是由于五元环上的电子密度的增加. 在断裂C1—O2或O2—S7键后,电荷主要从五元环转移到—SO2基团,形成相对稳定的结构.为了阐明PES还原过程中键断裂的机理,使用基于NAO的Wiberg键指数矩阵的自然群体分析计算PES和PES+e的键级数. 计算PES得电子前后键的键级变化如表3所示. 相邻原子的键级反映原子的相互作用,即键强度与键级成比例. 表3中的键顺序遵循键长度的趋势(图1中的PES和PES+e). C1—C4和C3—S7的键合顺序分别从1.036 6和0.866 0增加到1.053 0和1.007 6. 但是C1—O2和O2—S7的比例分别从0.882 4和0.715 0降低到0.858 2和0.696 3. 这些结果表明,C1—C4和C3—S7被强化,而C1—O2和O2—S7在PES获得电子后被削弱. 基于结构和键序分析,可知PES+e的成膜机理经历C1—O2或O2—S7的断裂以形成稳定的开放环状阴离子自由基(PES-1或PES-2,如图1所示).考虑PES的单电子还原机理. 由PES阴离子(PES+e)的优化几何结构表明,初始还原反应伴随着C1—O2键的断裂,如图1所示. 为了确定PES分解反应的过渡态(TS),进行振动频率分析和内反应坐标(IRC)方法优化和确认. PES分解反应能量(ΔE/(kJ·mol–1)),焓(ΔH/(kJ·mol–1)),自由能(ΔG/(kJ·mol–1))以及过渡态的虚频频率结果列于表4中. 其相应的分解反应势能图见图2.通过比较PES,PES+e,PES-TS 1和PES-1的结构,可以发现S7-O2的键长度从PES的0.165 2 nm显着缩短到PES-1的0.149 0 nm,而S7—O8和S7—O9的结合长度从PES的0.146 0 nm延伸到PES-1的0.149 2 nm和0.149 5 nm. 这可能是因为O原子的电负性比S原子更强,开始还原反应时电子首先攻击S原子,因此电子转移到O原子,随后的开环反应形成过渡态(PESTS 1)和阴离子自由基(PES-1). 由于S7—O2,S7—O8和S7—O9的键长度基本相同,表明反应可能产生—SO3基团. 并且通过FTIR在含有PES的PC基电解质中检测到—SO3基团[26]. 同时形成PES-2的其他途径与ES相似[31].因此由以上的分析,可以得出PES的还原机理,是通过PES+e经历C1—O2或O2—S7的断裂形成稳定的开环环状阴离子自由基(PES-1或PES-2).采用密度泛函理论方法研究了锂离子电池成膜添加剂丙烯基-1,3-丙磺酸内酯(PES)的还原机理. 通过B3LYP/6-311++G(d,p)水平的密度函数理论与偏振连续模型(PCM)理论计算结果表明,溶剂中的PES容易在PC之前被还原成PES+e. 由于PES+e的结构不稳定,并且易于通过破坏C1—O2或O2—S7键而自发重排以形成接近平面. 基于结构,键序和电荷分布结果分析,负电荷主要分布在PES+e的—SO2基团上,因此PES+e的成膜机理经历C1—O2或O2—S7的断裂形成稳定的开环环状阴离子自由基(PES-1或PES-2).【相关文献】[ 1 ]TARASCON J M, ARMAND M. Issues and challenges facing rechargeable lithium batteries [J]. Nature, 2001,414(6861): 359-367.[ 2 ]ARMAND M, TARASCON J M. Building better batteries[J]. Nature, 2008, 451: 652-657. [ 3 ]李新喜,袁晓娇,张国庆,等.锂离子电池硅/石墨复合负极材料的制备及性能研究[J].广东工业大学学报,2014,31(2):27-31.LI X X, YUAN X J, ZHANG G Q,et al. Preparation and properties of silicon/graphite composites as anode materials for lithium batteries[J]. Journal of Guangdong University of Technology,2014,31(2): 27-31.[ 4 ]DEDRYVÈRE R, MARTINEZ H, LEROY S,et al. Surface film formation on electrodes in a LiCoO2/graphite cell: A step by step XPS study [J]. Journal of Power Sources, 2007,174: 462-468.[ 5 ]XU M Q, ZHOU L, XING L D,et al. Experimental and theoretical investigations on 4,5-dimethyl-[1,3] dioxol-2-one as solid electrolyte interface forming additive for lithium ion batteries [J]. Electrochimistry Acta, 2010, 55: 6743-6748.[ 6 ]XING L D, WANG C Y, LI W S,et al. Theoretical insight into oxidative decomposition of propylene carbonate in the lithium ion battery [J]. Journal of Physical Chemistry B,2009, 113: 5181-5187.[ 7 ]XING L D, WANG C Y, XU M Q,et al. Theoretical study on reduction mechanism of 1,3-benzodioxol-2-one for the formation of solid electrolyte interface on anode of lithium ion battery [J]. Journal of Power Sources, 2009, 189: 689-692.[ 8 ]HIRAYAMA M, SAKAMOTO K, HIRAIDE T,et al. Characterization ofelectrode/electrolyte interface using in situ X-ray reflectometry andLiNi0.8Co0.2O2epitaxial film electrode synthesized by pulsed laser deposition method [J].Electrochimical Acta, 2007, 53: 871-881.[ 9 ]XU K. Nonaqueous Liquid Electrolytes for Lithium-Based Rechargeable Batteries [J]. Chemical Reviews, 2004, 104:4303-4417.[10]XU M Q, LI W S, ZUO X X,et al. Performance improvement of lithium ion battery using PC as a solvent component and BS as an SEI forming additive [J]. Journal of PowerSources, 2007, 174: 705-710.[11]DEY A N, SULLIVAN B P. The electrochemical decomposition of propylene carbonate on Graphite [J]. Journal of the Electrochemical Society, 1970, 117: 222-224.[12]WRODNIGG G H, BESENHARD J O, WINTER M. Ethylene sulfite as electrolyte additive for lithium-ion cells with graphitic anodes [J]. Journal of the Electrochemical Society,1999, 146: 470-472.[13]WRODNIGG G H, WRODNIGG T M, BESENHARD J O,et al. Propylene sulfite as film-forming electrolyte additive in lithium ion batteries [J]. Electrochemistry Communications, 1999, 1: 148-150.[14]MCMILLAN R, SLEGR H, SHU Z X,et al. Fluoroethylene carbonate electrolyte and its use in lithium ion batteries with graphite anodes [J]. Journal of Power Sources, 1999, 81: 20-26.[15]WANG Y, NAKAMURA S, TASAKI K,et al. Theoretical studies to understand surface chemistry on carbon anodes for lithium-ion batteries: how does vinylene carbonate play its role as an electrolyte additive [J]. Journal of the American Chemical Society, 2002, 124: 4408-4421.[16]XU M Q, ZHOU L, DONG Y N,et al. Improved perlormance of high voltagegraphite/LiNi0.5Mn4 batteries with added lithium tetramethyl borate [J]. ECS Electrochemistry Letters, 2015, 4(8): 83-86.[17]LI J, XING Li D, ZHANG R Q,et al. Tris (trimethylsilyl)borate as an electrolyte additive for improving interfacial stability of high voltage layered lithium-rich oxidecathode/carbonate-based electrolyte [J]. Journal of Power Sources, 2015, 285: 360-366. [18]ZUO X X, FAN C J, LIU J S,et al. Effect of tris(trimethylsilyl) borate on the high voltage capacity retention of LiNi0.5Co0.2Mn0.3O2/graphite cells [J]. Journal of Power Sources, 2013, 229(3): 308-312.[19]WANG Z X, HU Y S, CHEN L Q. Some studies on electrolytes for lithium ion batteries [J]. Journal of Power Sources,2005, 146: 51-57.[20]OESTEN R, HEIDER U, SCHMIDT M. Advanced electrolytes [J]. Solid State Ionics, 2002, 148: 391-397.[21]HU Y S, KONG W H, LI H,et al. Experimental and theoretical studies on reduction mechanism of vinyl ethylene carbonate on graphite anode for lithium ion batteries [J]. Electrochemistry Communications, 2004, 6: 126-131.[22]XU M Q, LI W S, LUCHT B L. Effect of propane sultone on elevated temperature performance of anode and cathode materials in lithium-ion batteries [J]. Journal of Power Sources, 2009, 193: 804-809.[23]LEE H, CHOI S, CHOI S,et al. SEI layer-forming additives for LiNi0.5Mn1.5O4/graphite 5 V Li-ion batteries [J]. Electrochemistry Communications, 2007, 9: 801-806.[24]LI B, XU M Q, LI T T,et al. Prop-1-ene-1,3-sultone as SEI formation additive in propylene carbonate-based electrolyte for lithium ion batteries [J]. Electrochemistry Communications, 2012, 17: 92-95.[25]LI B, XU M Q, LI B Z,et al. Properties of solid electrolyte interphase formed by prop-1-ene-1,3-sultone on graphite anode of Li-ion batteries [J]. Electrochimical Acta, 2013, 105:1-6.[26]LI B, WANG Y Q, RONG H B,et al. A novel electrolyte with the ability to form a solid electrolyte interface on the anode and cathode of a LiMn2O4/graphite battery [J]. Journal of Materials Chemistry A, 2013, 1: 12954-12961.[27]LI B, WANG Y Q, TU W Q,et al. Improving cyclic stability of lithium nickel manganese oxide cathode for high voltage lithium ion battery by modifying electrode/electrolyte interface with electrolyte additive [J]. Electrochimical Acta, 2014, 147: 636-642.[28]XING L D, LI W S, WANG C Y,et al. Theoretical investigations on oxidative stability of solvents and oxidative decomposition mechanism of ethylene carbonate for lithiumion battery use [J]. Journal of Physical Chemistry B, 2009,113: 16596-16602.[29]XING L D, LI W S, XU M Q,et al. The reductive mechanism of ethylene sulfite as solid electrolyte interphase filmforming additive for lithium ion battery [J]. Journal of Power Sources, 2011, 196: 7044-7047.[30]TOMASI J, MENNUCCI B, CAMM R. Quantum mechanical continuum salvation models [J]. Chemical Reviews, 2005,105: 2999-3093.[31]WEINHOLD F. Natural bond orbitals and extensions of localized bonding concepts [J]. Chemistry Education Research and Practice, 2001, 2: 91-104.。
6-APA密度泛函的理论研究
6-APA密度泛函的理论研究摘要】本文采用采用密度泛函理论(DFT)B3LYP方法,对6-氨基青霉烷酸进行结构优化,并计算出了自然原子电荷和振动谱图。
【关键词】 6-APA【Abstract】 Density functional theory (DFT) B3LYP method is used in this paper,6 - aminopenicillanic acid structural is optimized, and calculated natural atomic chargeand vibrational spectra.【Key words】 6 - aminopenicillanic acid引言6-氨基青霉烷酸(6-APA)是青霉素母核,是生产半合成青霉素的重要中间体。
然而医药行业对于6-APA的化学结构以及结构对于化学性质和青霉素合成的影响,研究较少。
本文应用密度泛函理论对于6-APA的结构和性质进行研究,期望对于工业生产起到理论指导作用。
1 计算模型和方法运用Gaussian03量子化学程序, 采用密度泛函理论(DFT)B3LYP方法,采用6-31基组,进行了几何全优化,并进行了频率计算, 全部计算在HP xw4600 Workstation上进行。
2 结果结构优化程序正常结束,并进行了频率计算,无虚振动频率,振动分析表明所得的优化几何均对应势能面上能量极小点,所以得构型为稳定构型。
1 几何构型计算表明:N8的自然原子电荷-0.90309,电负性较高,这将可能是由6-APA合成青霉素的主要理论依据。
分子的能量具有量子化的特征,只能吸收一定能量的电磁波,但恰恰这微小的变化却体现了分子的特性[2]。
通过频率计算,应用GaussView和Origin软件,做出6-APA的红外谱图。
实验值和理论计算值之间存在差别,主要在于实验值是对于固态下的物质而言,而模拟光谱是针对气态下的分子,分子间没有作用力。
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采用密度泛函理论中的B3LYP/6-31G(d)的方法上研究C15H13N30S2和
C16H14N2OS2优化几何构型、红外光谱、密立根布局分布、前线轨道、NBO。
计算所得C15H13N30S2和C16H14N2OS2优化几何构型中,其共有的与噻唑环上相连的苯环几何参数相差甚微,但噻唑环与取代基相连处相差较大,说明苯并噻唑取代基对几何构型的影响主要限于取代位附近。
B3LYP/6-31G(d)的方法计算的C15H13N30S2和C16H14N2OS2 红外振动光谱中,Gaussian 软件对振动频率进行归属和解析,为C15H13N30S2和C16H14N2OS2分子红外光谱实验测试提供理论参考。
在构型优化的基础上计算前线轨道能级,C15H13N30S2和C16H14N2OS2化合物能隙不同、其电子发生转移不同转移在吸收光的波长也不相同。
即苯并噻唑环连接不同取代基时,对能隙和电子吸收光的波长有一定影响。
因此,化合物所含取代基不同其前线轨道能量和电子吸收光的波长不同,即可以通过连接不同的取代基对分子进行改性,也可以通过改变化合物取代基来获取所需波长的材料,为该类材料合成提供理论指导。
自然键轨道分析显示了C15H13N30S2和C16H14N2OS2分子在外部微扰下电子都具有长程转移的特点。
整体分析结果可预知,在应用领域方面,被研究的两种化合物可能是一种很好的光电材料。
有机分子光电材料是光电材料的重要分支,可以用于制作有机发光二级管(OLED)[1-3]、有机场效应晶体管[4-5]、有机太阳能电池[6-7]等诸多光电器件,而这类材料发展的关键在于新型有机分子的研发。
有机分子光电材料按其分子结构分为:高分子聚合物和有机小分子化合物。
有机小分子化合物与高分子聚合物相比,具有分子结构明确、分子量固定、选择范围广、易于合成、结构设计多样性等优点[8]。
基于这类优点,使有机小分子在光电材料领域受到研究人员广泛关注。
苯并噻唑基团是一种吸电子基团,具有荧光特性。
其衍生物在电致发光[9]、非线性光学[10]和光致变色材料[11]等方面得到很重要的应用。
在不同取代基情况下,苯并噻唑衍生物的光电性质不同。
本文选取小分子化合物N-(6-甲基-2-吡啶)
-2-(苯并噻唑-2-亚甲硫基)乙酰胺和N-(2-甲苯基)-2-(苯并噻唑-2-亚甲硫基)-乙酰胺为研究对象,研究两种不同的取代基的情况,苯并噻唑衍生物光电性能。
物质的微观结构与分子运动决定了其性能,因而研究其分子结构能够了解其性能。
为了从分子层面研究化合物性质,本文利用Gaussian09软件以密度泛函理论方法为基础,对单个N-(6-甲基-2-吡啶)-2-(苯并噻唑-2-亚甲硫基)乙酰胺和N-(2-甲苯基)-2-(苯并噻唑-2-亚甲硫基)-乙酰胺分子分别进行了详细的理论计算,包括结构构型、红外光谱、原子电荷、前线分子轨道、自然键轨道,并对其分析。
从而为设计、合成性能更优良的苯并噻唑类衍生物分子和相应的材料制备提供理论参考。
自1879年,Hoffman对2-氯苯并噻唑合成以后,大量苯并噻唑化合物被不断报道。
苯并噻唑衍生物是一类重要的杂环化合物,在农业、制药业、发光材料等领域都有广泛应用。
[12-15]
在农业方面,苯并噻唑衍生物具有具有很好的抑菌活性,被用做除草剂、杀虫剂[16]。
在医药方面,苯并噻唑衍生物被大量临床证明具有治疗帕金森病、抗菌消炎等功效[17-18]。
在发光材料方面,苯并噻唑环荧光亮子产率较高,可以用于荧光材料[19]。
运用Gaussian09量子化学程序包[20],采用B3LYP6-31G(d)方法对单个2N-(6-甲基-2-吡啶)-2-(苯并噻唑-2-亚甲硫基)乙酰胺和N-(2-甲苯基)-2-(苯并噻唑-2-亚甲硫基)-乙酰胺分子结构分别进行全优化计算,得到其稳定构型。
以基态几何构型优化得到的稳定构型为基础,计算其振动频率、原子电荷、前线分子轨道、自然间轨道。
以计算结果为依据,用origin作分子红外光谱图,通过Gaussianview对两物质红外光谱进行归属并做对比;分析两物质电荷分布并做对比;分析两物质电子迁移规律并做对比。
如果仅仅通过实验来探索物质性能,会造成人力、物力等资源的极大输出,此时理论研究就凸显了更大的优越性。
利用DTF方法对N-(6-甲基-2-吡啶)-2-(苯并噻唑-2-亚甲硫基)乙酰胺和N-(2-甲苯基)-2-(苯并噻唑-2-亚甲硫基)-乙酰胺分子进行理论研究,能准确分析其微观结构,了解其光电性能。
丰富了含氮杂环化合物,为设计、合成性能更优良的苯并噻唑类衍生物分子提供理论参考,为有机发光材料、太阳能电池材料与化学传感等领域提供参考。
密度泛函理论是上世纪60年代在Thomas-fermi理论基础上发展起来的一种
理论,是一种研究多电子体系的电子结构方法[21]。
近年来,随着现代计算机技术和计算机化学进步,量子化学[22]的方法对分子的电子结构提供了很好的见解。
而密度泛函理论(DTF)是一种利用量子力学研究多电子体系电子结构的方法,其在物理和化学方面都有广泛的运用,是凝聚态物理和计算化学领域最常用的方法之一。
该理论已经成为一种高效、准确评价分子性质的方法。
密度泛函理论的优点有:(1)适当规模的计算量;(2)可以与超HF相比拟的精度;(3)在大体系计算中有新的应用;(4)初略的相对论校正可以包含在DFT计算中;(5)可处理有机金属体系和含过渡金属的体系。
[23]
2.1.1 密度泛函理论中的B3LYP方法
B3LYP是一种所谓的杂化(hybrid)DTF方法。
所谓的杂化是指在纯粹的DFT交换相关能中包含部分HF交换能。
Becke提出了三参数的hyMd-DFr方法[24]:
E=A*Ex Slater+(1-A)*Ex HF+B*Ex Becke+C*Ec L YP+(1-C)Ec VWN
其中A=0.8,B=0.72,C=0.81三个参数是通过拟合G2测试组得到。
2.2 Gaussian软件
Gaussian软件是量子化学最著名与运用最广泛的软件之一,是由量子化学家约翰.波普的实验开发的[25]。
Gaussian软件中利用分子总能量对坐标的一阶导数获得分子势能面上的极低点(Stationary point),极低点对应的分子构型称为平衡几何构型,也称优化构型。
Gaussian软件的构型优化,通过关键词“Fo pt”(或Opt)来实现。
在优化构型的基础上,Gaussian软件利用分子能量对坐标的二阶导数计
算分子的振动频率,通过关键词“Freq”来实现。
可以完成基态、中间体、过渡态以及激发态的振动光谱计算。
频率计算结果有助于确证势能面上的稳定点的类型。
除了可以计算振动频率及其强度外,可以同时给出焓、熵和Gibbs自由能等热力学参量。
还可以通过关键词“energy”计算分子前线轨道、自然键轨道,分析分子电子转移。
由表3-1、3-2中数据可以发现,采用B3LYP6-31G(d)方法计算的理论值与文献值[26-27]相比,C15H13N30S2分子键长最大误差为0.032Å、键角最大误差为2.2°。
C16H14N2OS2分子键长最大误差为0.032 Å、键角最大误差为3.9°。
这种差异主要源于理论方法与实验方法研究的化合物形态不同,理论方法是对气相中气相分子
进行研究,实验方法是对晶体凝聚相(固相)条件下进行研究。
虽然所研究化合物的优化几何数据的实验值与理论值不完全一致,但在误差范围内利用B3LYP6-31G(d)方法为基础计算得到的优化几何数据是一个被普遍认同的近似值,而且这个近式值用来计算所研究化合物的其他属性是合理可行的。
[1] Palilis, L. C.; Murata, H.; Uchida, M.; Kafafi, Z. H. Org. Electron.
2003, 4, 113.
[2] Zhu, X. H.; Peng, J. B.; Cao, Y.; Roncali, J. Chem. Soc. Rev. 2011,
40, 3509.
[3] Yokoyama, D. J. Mater. Chem. 2011, 21, 19187.
[4] Katz, H. E.; Bao, Z. N.; Gilat, S. L. Acc. Chem. Res. 2001, 34, 359.
[5] Mas-Torrent, M.; Rovira, C. Chem. Soc. Rev. 2008, 37, 613
[6] Hains, A. W.; Liang, Z. Q.; Woodhouse, M. A.; Gregg, B. A.
Chem. Rev. 2010, 110, 6689.
[7] Li, C.; Liu, M. Y.; Pschirer, N. G.; Baumgarten, M.; Müllen, K.
Chem. Rev. 2010, 110, 681。