分子数据库及NCBI序列检索
NCBI如何查找序列
NCBI如何查找序列NCBI（National Center for Biotechnology Information，国家生物技术信息中心）是一个提供生物技术信息服务的综合性数据库。
该数据库包含了大量的基因序列、蛋白质序列、文献等信息。
要查找序列，可以使用NCBI提供的不同工具和资源，包括基本功能、BLAST（基本局部序列比对工具）和Entrez等。
1.基本功能：NCBI提供了一个称为"Basic Search"的引擎，可以使用关键字、序列ID、序列描述等进行。
只需要在框中输入关键字，系统将返回与该关键字相关的所有序列。
可以通过筛选选项进一步缩小范围，例如组织选择、物种选择、发表年份等。
这对于查找特定的序列非常有用。
2.BLAST（基本局部序列比对工具）：BLAST是NCBI提供的一种用于快速和比对生物序列的工具。
它可以比对给定的序列与NCBI数据库中的序列进行相似性。
用户只需将目标序列输入到框中，选择BLAST数据库和其他设置，小工具将返回与目标序列相似的其他序列和相关信息，包括序列标识符、比对分数、比对位置等。
3. Entrez：Entrez是NCBI提供的一个综合性数据库引擎，可以用于不同类型的生物信息，包括序列、文献、生物样本等。
用户可以在框中输入关键字，并选择要的数据库类型。
对于序列，选择"Nucleotide"、"Protein"或"Gene"数据库类型。
此外，用户还可以使用高级选项进行更精确的。
结果将包括与关键字相关的序列、文献、记录和其他相关信息。
此外，NCBI还提供一些其他工具和资源，可以进一步帮助用户查找和分析序列，如NCBI数据浏览器、Gene数据库、SRA数据库等。
这些工具和资源可以根据具体需求进行使用。
总之，通过NCBI提供的基本功能、BLAST工具和Entrez系统，用户可以方便地查找到自己需要的生物序列。
ncbi使用方法
ncbi使用方法（原创版4篇）《ncbi使用方法》篇1CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，它提供了许多生物学和生命科学相关的数据库和工具。
以下是使用NCBI 的一些基本方法：1. 核酸序列数据库（Nucleotide Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择核酸序列数据库，输入序列名称或序列号，然后点击“Search”按钮即可查询序列信息。
2. 蛋白质序列数据库（Protein Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择蛋白质序列数据库，输入蛋白质名称或蛋白质号，然后点击“Search”按钮即可查询蛋白质信息。
3. 基因组数据库（Genome Database）：在NCBI 主页上，可以选择基因组数据库，输入基因组名称或基因组号，然后点击“Search”按钮即可查询基因组信息。
4. 代谢通路数据库（Metabolic Pathway Database）：在NCBI 主页上，可以选择代谢通路数据库，输入代谢通路名称或代谢通路号，然后点击“Search”按钮即可查询代谢通路信息。
5. 生物投影数据库（BioProject Database）：在NCBI 主页上，可以选择生物投影数据库，输入生物投影名称或生物投影号，然后点击“Search”按钮即可查询生物投影信息。
6. 序列比对工具（Sequence Alignment Tool）：NCBI 提供了一款名为“Clustal Omega”的序列比对工具，可以在NCBI 主页上使用该工具进行序列比对。
7. 基因表达数据库（Gene Expression Database）：NCBI 提供了一款名为“GEO”的基因表达数据库，可以在NCBI 主页上查询基因表达数据。
8. 蛋白质结构数据库（Protein Structure Database）：NCBI 提供了一款名为“RCSB PDB”的蛋白质结构数据库，可以在NCBI 主页上查询蛋白质结构信息。
NCBI良心教程寻找基因转录本序列及相关编码蛋白
NCBI良心教程寻找基因转录本序列及相关编码蛋白NCBI (National Center for Biotechnology Information) 是一个全球顶级的生物医学数据库，提供了大量的基因序列和相关的生物信息。
在这个教程里，我们将介绍如何在NCBI中基因转录本序列以及相关编码蛋白。
第一步：访问NCBI网站首先，打开你的浏览器，并输入 "NCBI"，然后点击按钮。
在结果中，选择并点击进入 "NCBI - National Center for Biotechnology Information" 的官方网站。
第二步：选择数据库在NCBI的官方网站中，你可以看到很多不同的数据库。
对于本教程，我们将使用 "GenBank" 数据库来基因转录本序列以及相关编码蛋白。
点击页面左上角的 "Databases" 菜单，然后选择 "Nucleotide" 数据库，它是用于基因序列的数据库。
第三步：基因转录本序列在 "Nucleotide" 页面中，你会看到一个框，可以输入你感兴趣的基因的名称或相关关键词。
在框中输入基因的名称或相关关键词，然后点击按钮。
此时，你将看到与该基因相关的转录本序列的结果列表。
除了查找基因转录本序列，你还可以使用NCBI相关的编码蛋白质序列。
在 "Nucleotide" 页面中，选择 "Protein" 或 "Protein database" 选项卡。
在框中输入与你感兴趣的蛋白质相关的关键词，并点击按钮。
此时，你将看到与该蛋白质相关的转录本或基因的结果列表。
点击结果列表中感兴趣的蛋白质，你将进入蛋白质的详细页面。
在这个页面上，你可以找到该蛋白质的序列以及其他相关信息。
总结：在NCBI中基因转录本序列及相关编码蛋白可以通过以下步骤完成：1.访问NCBI官方网站；2.选择 "GenBank" 数据库；3.你感兴趣的基因的名称或相关关键词；4.点击结果中的转录本，查看序列和其他详细信息；5.如果你想相关编码蛋白质，选择 "Protein" 选项卡，并输入相关关键词；6.点击结果中的蛋白质，查看蛋白质序列和其他相关信息。
NCBI如何查找序列
1、请练习在GenBank获得一个GenBank序列文件，解释以一下各个部分代表的含义。
①开Genbank主页（/Web/Genbank/），②database选择“Nucleotide”，输入“Monkey（猴子）“，点击“Search”②单击“search”后得到以下页面：③然后选择第一个序列文献打开；找到如下图的位置，选择“file“，保存到电脑。
序列内容如下：序列内容各部分意思如下：Go to:LOCUS AGMSV40RP 436 bp DNA linear PRI （名称）（碱基数）（分子类型）（分子类型）（灵长类）27-APR-1993（修正日期）DEFINITION African green monkey SV40 homologue replication origin. （定义行，精要描述序列特征）ACCESSION K01786（检索号）VERSION K01786.1 GI:176550（版本信息）KEYWORDS origin of replication.（关键词）SOURCE Chlorocebus aethiops (Cercopithecus aethiops)（物种来源及常用名）ORGANISM Chlorocebus aethiops（科学命名及该物种的分类地位）Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata;Euteleostomi;Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates;Haplorrhini;Catarrhini; Cercopithecidae; Cercopithecinae; Chlorocebus. REFERENCE 1 (bases 1 to 436)（参考文献）AUTHORS Queen,C., Lord,S.T., McCutchan,T.F. and Singer,M.F.（作者）TITLE Three segments from the monkey genome that hybridize to simian （题目） virus 40 have common structural elementsJOURNAL Mol. Cell. Biol. 1 (12), 1061-1068 (1981)（期刊来源）PUBMED 6287216（数据库编号）REFERENCE 2 (sites)（参考文献）AUTHORS Dynan,W.S., Saffer,J.D., Lee,W.S. and Tjian,R.（作者）TITLE（题目） Transcription factor Sp1 recognizes promoter sequences from the monkey genome that are simian virus 40 promoterJOURNAL Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 82 (15), 4915-4919 (1985)（期刊来源）PUBMED 2991898（数据库编号）COMMENT（注释）Original source text: African green monkey liver DNA, clonepCaOri7.01 [1].[2] sites; Sp1 binding sites.Draft entry and clean copy sequences for [2] kindly provided byW.Dynan, 31-OCT-1985.Two segments of monkey DNA were hybridized and compared to SV40DNA. Each contained multiple copies of the sequence 'gggcggrr'which also appears six times near the origin of SV40 [1]. Bothcontained a long internal degenerate repeat [1]. The SV40 origin ofreplication contains several long repeats [1]. The SV40 hybridizingsegments are members of a larger family of genomic monkey sequencesthat hybridize well to each other, but not necessarily to SV40 [1].Two regions in the monkey DNA bind the promoter-specific cellulartranscription factor (SP1) and are protected by it in DNaseprotection experiments [2].FEATURES Location/Qualifiers（特征）source 1..436（物种来源） /organism="Chlorocebus aethiops"/mol_type="genomic DNA"/db_xref="taxon:9534"ORIGIN（序列区） SalI site.1 tcgaccacag ccagagtcca tgcatcggga ggttcactcg gtttgcgaag aacgggcagg61 gcatgcacgg cctgggctcg gcgggcgggc gggcgggccg gggcgcagtt cccaggttcg121 ccactagagg tcaggaggtg accgcttcgg ggctggaaga cgggcccgtc gtggattggc181 tagtgccggc ggagggcggg gcggagagtg gggcggggcg gagagtgggg cggggcgcag241 ttccccagtt cgccactaga ggtcaggagg tgaccgcttc ggggcgggaa gactggcccg301 tcggggattg gctagtgccg gcggggggcg gggcgggggg cggagggcgg ggtggacgtg361 gcacctggtt gctgacatct ggaatgactt ttttttggca tcggatttcc tgtctttgtg421 gggctgatgg acccga//2.预习genbank中blast的用法BLAST 是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序。
ncbi数据库检索解读
收集并储存大分子结构信息,部分来源于PDB
提供并及时更新后生生物的全基因组序列以及最为精确的注释. 是一个蛋白质信息最为准确的蛋白质数据库, 它所提供的蛋白质信息有着最详尽的注释和 最少的冗余..
5 UniProtKB\Swiss-prot
2.2.4 SRS 检索实例
已知BPMV的名字,查询其基因组的信息,核酸序 列信息,蛋白质序列信息和结构信息
第二章 数据库检索
2.1 综合性数据库 NCBI
2.1.1 NCBI简介
美国参议员Claude Pepper率先意识到信息计算机化过程 方法对指导生物医学研究的重要性，发起了在1988年11月4日 建立国立生物技术信息中心的立法. （National Center for Biotechnology Information , NCBI） . NCBI隶属于国立医学图书馆（ National Library of Medicing, NLM)。NLM在创立和维护生物医学数据库方面有 丰富的经验。
包含用于群体进化或变异研究的比对序列
准确的基因表达谱数据和大规模的分子实验数据
公众医学信息中心,是NLM在生命科学领域 Central数据库 期刊文献的数字存档 医学主题5 Bookshelf 数据库
16 OMIM 数据库
主要着眼于可遗传或遗传性的基因疾病,包括文献, 序列记录,染色体定位图谱及相关的数据库的链接
7 uniSTS数据库 8 基因数据库 9 UniGene数据库
可通过基因名称,同义词,编号,出版物,染色体号等属性 寻找基因 GenBank 中基因序列的集合
10 SNP数据库 11 PopSet 12 GEO数据库 13 PubMed
用于存储包括单核苷酸替换,一两个碱基的插入 或缺失等多态性信息
NCBI检索
NCBI的检索NCBI包括五个部分，第一部分是欢迎进入NCBI，包括NCBI的最新信息、计划与活动、读者来信、服务地址和用户评论等。
第二部分是基因序列数据库(GenBank)，包括基因库概述、检索与投稿。
第三部分是数据库服务，包括免费的PubMed检索、Entrez检索、BLAST序列族性检索、电子邮件服务（详见本章第四节）、匿名FTP服务。
第四部分是NCBI的其它资源。
GenBank的检索在NCBI主页的第二部分点击“Searching GenBank”，即可进入GenBank的检索屏幕。
NCBI•提供了五种检索，即Entrez浏览检索、BLAST序列类似性检索、dbEST检索、dbSTS•检索和文本检索(Text Searching)。
一、Entrez浏览检索1.Entrez检索的数据库及其检索信息Entrez浏览器(Entrez Browser)可以检索以下与NCBI•链接的基因序列数据库的分子生物数据和书目文献资料。
••••(1) GenBank、EMBL、DDBJ中的DNA序列；••••(2) SWISS-PROT、PIR、PRF、PDB中的蛋白质序列以及DNA序列数据库中翻译的蛋白质序列；••••(3) 基因和染色体图像数据；••••(4) PDB以及收入NCBI分子模型数据库(MMDB)的蛋白质三维结构；••••(5) 通过PubMed检索Medline和PreMedline数据库。
••••2.Entrez检索功能••••Entrez提供了以下三种检索功能。
••••(1)自由词检索功能••••用户可以通过文本词、关键词、截词、期刊名或文献的作者检索Entrez数据库。
截词用*号，期刊名必须用Medline刊名缩写，作者姓名必须是姓在前，名在后，用首字母缩写。
••••(2)索引词表(List Terms)检索功能••••索引词表检索是当你键入检索词，Entrez•在你选定的字段中显示从该检索词开始的一个索引词表窗口，这时，你可以选择一个或几个词进行检索，这对单词拼写不准确时非常有用。
《植物分子生物学》PPT课件
生物信息学基础(10学时)
唐玉荣 tangyurong@
主要内容
1. 绪论
2学时
2. 分子数据库及NCBI序列检索
3. 双序列比对及BLAST比对工具 4学时
4. 多序列比对和分子系统发育
4学时
5. 核酸和蛋白质序列分析工具
主要参考书
1.基础生物信息学及应用，蒋彦等，清华大学 出版社
蛋白数据库
SWISS-PROT(蛋白序列数据库) /swissprot/
BioSino
网址： /
HKBIC
网址： .hk/
MBC
网址： .tw/index.php
TUBIC
网址： /
EMBL
NIH
DDBJ
• GenBank数据库
–基因组DNA数据库 –对应于表达基因的cDNA数据库 –表达序列标签(ESTs) –序列标签位点(STS) –基因组测序序列(GSSs) –高通量基因组序列(HTGS)
• 其它核酸数据库
• HIV Database(HIV序列数据库)
/content/index
数学
计算机
生物信息学
生物
1.3 生物信息学目标任务
• 收集和管理生物分子数据 • 数据分析和挖掘 • 开发分析工具和实用软件
–生物分子序列比较工具 –基因识别工具 –生物分子结构预测工具 –基因表达数据分析工具
1.4 生物信息学研究内容
序列比对 (Sequence Alignment) 蛋白质结构预测 计算机辅助基因识别 非编码区分析和ＤＮＡ语言研究 分子进化和比较基因组学 序列重叠群装配 遗传密码的起源 基于结构的药物设计 基因表达谱分析 ,代谢网络分析 ,基因
NBCI介绍与使用方法
NBCI介绍与使用方法2012-02-25 21:35:32| 分类：书籍学术| 标签：nbci blast 基因组测序 dna |字号大中小订阅NCBI (National Center for Biotechnology Information), 美国国家生物技术信息中心[url]/[/url]NCBI是NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。
NCBI提供检索的服务包括：1．GenBank（NIH遗传序列数据库）：一个可以公开获得所有的DNA序列的注释过的收集。
GenBank 是由NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库（EMBL和DDBJ）交换数据建立起数据库的。
它同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。
这三个组织每天交换数据。
其中的数据以指数形式增长，最近的数据为它已经有来自47000个物种的30亿个碱基。
2．Molecular Databases（分子数据库）：Nucleotide Sequence（核酸序列库）：从NCBI其他如Genbank数据库中收集整理核酸序列，提供直接的检索。
Protein Sequence （蛋白质序列库）：与核酸类似，也是从NCBI多个不同资源中编译整理的，方便研究者的直接查询。
Structure（结构）-——关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划，另外也可以访问三维蛋白质结构的分子模型数据库（MMDB）和用来搜索和显示结构的相关工具。
MMDB：分子模型数据库—一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。
Taxonomy（分类学）——NCBI的分类数据库，包括大于7万余个物种的名字和种系，这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。
其目的是为序列数据库建立一个一致的种系发生分类学。
3．Literature Databases（文献数据库）（1）PubMed是NLM提供的一项服务，能够对MEDLINE上超过1200万条的上世纪六十年代中期至今的杂志引用和其他的生命科学期刊进行访问，并可以连接到参与的出版商网络站点的全文文章和其他相关资源。
NCBI如何查找序列
NCBI如何查找序列NCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个提供生物医学信息服务的国家机构。
NCBI的数据库中包含了大量的生物医学和基因组学的数据和文献，其中包括各种序列数据。
在NCBI上查找序列包括以下几个步骤：2. 选择数据库：由于NCBI有多个数据库，您需要选择适当的数据库来查找您感兴趣的序列。
常用的数据库包括：GenBank、RefSeq、PubMed 等。
3. 使用基本：如果您已经知道您要查找的序列的具体信息，您可以使用基本进行查找。
在NCBI的主页上，您可以看到一个栏，您可以在这里输入您的查询。
例如，如果您想查找一些基因的序列，您可以输入基因的名称或序列的Accession号码。
4. 使用高级选项：如果您想进行更精确的，您可以使用高级选项。
在栏旁边有一个下拉菜单，您可以在这里选择“Advanced search”选项。
在高级页面上，您可以选择更多的限定条件进行。
例如，您可以选择限制的数据库、限定结果的时间范围、指定关键字的位置等。
5. 根据结果浏览：NCBI将会返回与您的查询相匹配的结果列表。
您可以点击每个结果的标题来查看详细信息。
在详细信息页面上，您可以找到该序列的Accession号码、相关文献、相关数据库的链接等。
7. 进行进一步分析：一旦您获得了您感兴趣的序列，您可以将其用于进一步的分析。
您可以在NCBI的其他数据库中使用该序列进行比对、注释、序列比较等。
例如，您可以将序列输入到BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）进行比对，并获得与该序列相似的其他序列。
总之，NCBI是一个强大的工具，能够提供各种生物医学信息和序列数据。
通过使用NCBI的功能和相应的数据库，您可以找到所需的序列并进行相关的生物信息学分析。
NCBI检索方法[1]
![NCBI检索方法[1]](https://img.taocdn.com/s3/m/3be47cb380eb6294dc886c53.png)
2020/11/2
NCBI检索方法[1]
NCBI检索方法
2020/11/2
NCBI检索方法[1]
1.NCBI数据库
• 美国国家生物技术信息中心NCBI
NCBI检索方法[1]
1.NCBI数据库
• NCBI的数据库是多种生物信息 学数据库的集合。
• NCBI对其管理下的数据库进行了系统 整合，并建立了各数据库之间的信息 互联，在检索过程中只要定位其中的 一条记录，通过数据库之间的超链接 就可以定位其他的相关链接。
NCBI检索方法[1]
NCBI检索方法[1]
通过ＢＬＡＳＴ寻找该 序列的相似序列
NCBI检索方法[1]
NCBI检索方法[1]
可以将检索结果按ＰＤＢ 结构数据库的登录号列表
NCBI检索方法[1]
登录ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｒｓｃｂ．ｏｒｇ／ 利用PDB的ACCESSION号即可获得相应的ＰＤＢ的文件
• 检索策略表达式的建立与编辑
特征栏
NCBI检索方法[1]
NCBI检索方法[1]
4.2NCBI数据库检索系统Entrez
NCBI检索方法[1]
NCBI检索方法[1]
2.NCBI数据库检索系统Entrez
• 结果输出、显示选项
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2.NCBI数据库检索系统Entrez
• Entrez检索策略的定制 • 核酸序列数据库的检索
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分
默认的显示结果类型
类 列
核酸库的结果显示
表
NCBI检索方法[1]
NCBI检索方法[1]
NCBI检索方法[1]
NCBI检索方法[1]
NCBI简介及序列编号说明
一：NCBI简介NCBI的GenBank与DDBJ(DNA Data Bank of Japan)、EMBL的EBI数据库共同组成国际DNA 数据库，每日都交换更新数据和信息，并主持两个国际年会－国际DNA数据库咨询会议和国际DNA数据库协作会议，互相交换信息，因此三个库的数据实际上是相同的。
GenBank 有来自于70,000多种生物的核苷酸序列。
每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。
（是美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information ，NCBI)建立的DNA序列数据库，从公共资源中获取序列数据，主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测序计划( Benson等，1998)。
Entrez 是美国国家生物技术信息中心所提供的在线资源检索器。
该资源将GenBank序列与其原始文献出处链接在一起。
Entrez 是由NCBI主持的一个数据库检索系统。
它包括核酸，蛋白以及Medline文摘数据库，在这三个数据库中建立了非常完善的联系。
因此，可以从一个DNA序列查询到蛋白产物以及相关文献，而且，每个条目均有一个类邻（neighboring）信息，给出与查询条目接近的信息。
）DDBJ主要向研究者收集DNA序列信息并赋予其数据存取号，信息来源主要是日本的研究机构，亦接受其他国家呈递的序列。
EBI的主要任务：⑴为科学界建立和维护生物学数据库，提供免费的数据和生物信息服务，支持生物学数据的存储和挖掘，促进科技进步；⑵通过生物信息学的基础研究继续推动生物学发展；⑶为各个层次的科学工作者提供生物信息学培训；⑷支持帮助边缘尖端科技成果向工业界的转化；⑸协调欧洲生物数据的提供。
RefSeq是NCBI数据库的参考序列。
RefSeq资料库是NCBI将GenBank的序列再做详细整理的non-redundent序列资料库，它的序列格式和GenBank几乎完全相同，但因为是完全不同的独立资料库,为与GenBank区别，RefSeq的Accession Number格式和GenBank不同。
生物信息学：第二讲NCBI序列检索
1. 打开 打开NCBI网址： 网址： 网址 2. 选择目标数据库Nucleotide 选择目标数据库 3. 输入检索词及限制条件 4. 检索基因序列
例子3:下载玉米 例子 下载玉米(Zea mays)的PEP羧化 下载玉米 的 羧化 酶(PEP carboxylase)蛋白质序列 蛋白质序列
第二讲 NCBI序列检索 NCBI序列检索
（一）NCBI简介 简介
NCBI即美国国立生物技术信息中心 即美国国立生物技术信息中心 ()，于1988年 ， 年 11月4日立法建立，NCBI的主要任务是发 日立法建立， 月 日立法建立 的主要任务是发 展新的生物资讯技术， 展新的生物资讯技术，以增进对于健康和 疾病相关的基本遗传分子的理解。 疾病相关的基本遗传分子的理解。
（二）NCBI数据检索 数据检索
例子1：下载水稻 例子 ：下载水稻waxy基因 基因
1. 打开 打开NCBI网址： 网址： 网址 2. 选择目标数据库 选择目标数据库Nucleotide 3. 输入检索词 4. 检索基因序列
例子2:下载 月至12月提交的水稻 例子 下载2002年3月至 月提交的水稻 下载 年 月至 mRNA序列 序列
1. 打开 打开NCBI网址： 网址： 网址 2. 选择目标数据库Protein 选择目标数据库 3. 输入检索词 4. 检索蛋白质序列 Nhomakorabea作业
1. 检索迄今为止发表在Nature上的人类基 检索迄今为止发表在Nature上的人类基 因组序列。 因组序列。 2. 检索长度为501个氨基酸的乙醛脱氢酶 检索长度为501个氨基酸的乙醛脱氢酶 (acetaldehyde dehydrogenase)的蛋白质 dehydrogenase) 序列。 序列。 3. 检索自己感兴趣的基因序列。 检索自己感兴趣的基因序列。
NCBI简介及序列编号说明
一：NCBI简介NCBI的GenBank与DDBJ(DNA Data Bank of Japan)、EMBL的EBI数据库共同组成国际DNA 数据库，每日都交换更新数据和信息，并主持两个国际年会－国际DNA数据库咨询会议和国际DNA数据库协作会议，互相交换信息，因此三个库的数据实际上是相同的。
GenBank 有来自于70,000多种生物的核苷酸序列。
每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。
（是美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information ，NCBI)建立的DNA序列数据库，从公共资源中获取序列数据，主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测序计划( Benson等，1998)。
Entrez 是美国国家生物技术信息中心所提供的在线资源检索器。
该资源将GenBank序列与其原始文献出处链接在一起。
Entrez 是由NCBI主持的一个数据库检索系统。
它包括核酸，蛋白以及Medline文摘数据库，在这三个数据库中建立了非常完善的联系。
因此，可以从一个DNA序列查询到蛋白产物以及相关文献，而且，每个条目均有一个类邻（neighboring）信息，给出与查询条目接近的信息。
）DDBJ主要向研究者收集DNA序列信息并赋予其数据存取号，信息来源主要是日本的研究机构，亦接受其他国家呈递的序列。
EBI的主要任务：⑴为科学界建立和维护生物学数据库，提供免费的数据和生物信息服务，支持生物学数据的存储和挖掘，促进科技进步；⑵通过生物信息学的基础研究继续推动生物学发展；⑶为各个层次的科学工作者提供生物信息学培训；⑷支持帮助边缘尖端科技成果向工业界的转化；⑸协调欧洲生物数据的提供。
RefSeq是NCBI数据库的参考序列。
RefSeq资料库是NCBI将GenBank的序列再做详细整理的non-redundent序列资料库，它的序列格式和GenBank几乎完全相同，但因为是完全不同的独立资料库,为与GenBank区别，RefSeq的Accession Number格式和GenBank不同。
NCBI数据库的使用与功能介绍
NCBI数据库的使用与功能介绍NCBI (National Center for Biotechnology Information)数据库是世界上最大的生物信息学数据库之一，旨在为全球科学家提供生物学、生物化学、生物物理学和生物医学研究的数据和工具。
该数据库包含了来自各种生物学研究领域的大量数据，包括基因组序列、蛋白质序列、文献引用、医学图像和结构信息等。
NCBI数据库的使用和功能非常多样化，本文将介绍其中的一些主要功能。
一、检索和浏览数据NCBI数据库提供了强大的功能，可以帮助用户检索和浏览各种生物学数据。
用户可以使用关键词、序列、ID或其他查询方式来感兴趣的信息。
例如，用户可以通过基因组序列、蛋白质序列或特定生物物种来查找相关的数据。
二、基因组和基因信息NCBI数据库中包含大量的基因组序列和基因信息，包括人类和其他生物物种的基因组数据。
用户可以使用NCBI数据库来特定基因的相关信息，如基因序列，基因表达数据，蛋白质序列，基因功能和遗传变异等。
此外，NCBI数据库还提供了对基因组浏览器的访问，可以帮助用户在特定基因组上查看和分析基因注释和结构信息。
三、蛋白质信息NCBI数据库也包含了大量的蛋白质序列和相关信息。
用户可以使用NCBI数据库来特定蛋白质的相关信息，如蛋白质序列，结构信息，功能注释，亚细胞定位和表达水平等。
此外，用户还可以使用NCBI数据库中提供的BLAST工具来进行蛋白质序列比对和相似性，以帮助识别新的蛋白质序列。
四、文献和引用NCBI数据库中包含了大量的科学文献引用和摘要信息。
用户可以使用PubMed工具来特定主题的科学文献，并查看摘要和全文。
此外，用户还可以使用PubMed工具来查找相关文献的引用信息，以帮助了解和分析科学研究领域的发展趋势。
五、医学图像和结构信息NCBI数据库还提供了医学图像和结构信息的访问，帮助用户了解各种疾病和病理过程的图像和结构特征。
用户可以使用NCBI数据库来和浏览医学图像数据库，如CT扫描、MRI图像和遗传学图像等。
如何在NCBI查找基因序列
如何在NCBI查找基因序列在NCBI（美国国家生物技术信息中心）网站上查找基因序列是生物学和生物医学研究中常见的任务之一、NCBI提供了各种数据库和工具，可以轻松地和检索各种基因序列。
以下是一些可能有助于您查找基因序列的指南：1.登录NCBI网站：2.选择合适的数据库：- GenBank: GenBank是一个基因组、核酸序列和蛋白质序列的公共数据库。
您可以在GenBank上找到来自各个物种的多个基因序列。
- RefSeq: RefSeq是一个包含参考序列信息的数据库，包括基因组、转录本和蛋白质序列。
-GEO:GEO是一个基因表达谱数据库，可以提供基因序列在不同组织和条件下的表达情况。
- dbSNP: dbSNP是一个单核苷酸多态性（SNP）数据库，可以提供不同个体之间的基因序列差异信息。
3.使用工具：NCBI提供了多种工具和选项，可以帮助您查找特定基因序列。
-基础：在NCBI的主页上，您会看到一个栏。
在栏内输入基因名称、基因ID、关键词、物种等信息，然后按下按钮，系统会返回与您条件相匹配的结果。
-BLAST：BLAST（基本局部序列比对工具）是一个广泛使用的比对工具，可以用来查找特定序列。
您可以在主页上找到BLAST栏，将您的序列输入到栏内，选择相应的数据库，然后点击按钮，系统将返回与您的序列相似的其他序列。
4.进一步筛选和过滤结果：在结果页面，您可以使用不同的过滤选项来进一步筛选和过滤结果。
您可以根据物种、序列长度、相似性等进行筛选。
6.使用NCBIAPI和高级选项：如果您需要进一步定制化的和分析，您可以使用NCBI提供的API （应用程序编程接口）来自动化和批量处理。
此外，NCBI还提供了高级选项，可以通过高级菜单来设置更复杂的条件。
NCBI数据库的使用与功能介绍
数据下载与保存
数据下载
用户可以下载NCBI数据库中的数据，支持多种数据格式，如FASTA、 GenBank、GFF等，方便用户进行数据分析和处理。
数据保存
用户可以将检索到的数据保存到本地计算机中，方便随时查看和使用。同时， NCBI数据库还支持数据导出功能，方便用户将数据分享给其他研究人员。
数据可视化
蛋白质组学研究中的应用
蛋白质序列
NCBI数据库收录了大量蛋白质序列，为蛋白质组学研究提供了基础数据。
蛋白质功能研究
通过NCBI数据库，研究人员可以了解蛋白质的结构、相互作用和功能，从而深入探究生命活动的本质。
生物信息学研究中的应用
基因组学与蛋白质组学数据整合
NCBI数据库提供了多种生物信息学工具，可以将基因组学和蛋白质组学数据进行整合， 为系统生物学和药物研发等领域提供支持。
04
NCBI数据库的案例分析
基因组学研究中的应用
基因组测序
NCBI数据库提供了大量基因组测序数 据，包括人类、动物、植物和微生物 等物种，为基因组学研究提供了丰富 的资源。
基因注释
研究人员可以利用NCBI数据库中的基 因注释信息，了解基因的功能、位置 和表达情况，为基因功能研究和疾病 治疗提供依据。
发展
NCBI数据库不断发展壮大，推出了多个知名的子数据库和工具，如GenBank、PubMed、PubMed Central、Gene、NCBI Taxonomy等，为生物医学研究提供了全方位的信息支持。同时，NCBI数据 库也不断更新和改进检索和分析工具，提高数据质量和用户体验。
02
NCBI数据库的使用方法源自新技术与新方法的融合新技术应用
NCBI需要关注新兴技术的发展，如人工智 能、云计算等，将这些技术应用于数据处理 、分析和管理中，提高数据库的技术水平和 应用范围。
NCBI分子数据库介绍【范本模板】
NCBI分子数据库介绍信息来源：中国生命科学论坛更新时间：2003—10—12 2：33:00核酸序列（nucleotides）·Entrez核酸- 用accession number,作者姓名，物种，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本术语来搜索核酸序列记录（在GenBank + PDB中）。
更多的关于Entrez的信息见下。
如果要检索大量数据,也可使用Batch Entrez （批量Entrez）。
·RefSeq— NCBI数据库的参考序列。
校正的,非冗余集合,包括基因组DNA contigs，已知基因的mRNAs和蛋白，在将来，整个的染色体。
Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx，NP_xxxxxx，和NC_xxxxxx的形式来表示。
·dbEST - 表达序列标签数据库，短的、单次(测序）阅读的cDNA序列。
也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列.·dbGSS—基因组调查序列的数据库，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列，exon trap获得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。
·dbSTS—序列标签位点的数据库，短的在基因组上可以被唯一操作的序列，用于产生作图位点。
·dbSNP - 单核苷酸多态性数据库，包括SNPs，小范围的插入/缺失，多态重复单元，和微卫星变异。
完整的基因组·参见Genome 和Maps 部分，包括各种物种资源，人，小鼠,大鼠，酵母，线虫,疟原虫，细菌，病毒，viroids,质粒。
·UniGene - 被整理成簇的EST和全长mRNA 序列，每一个代表一种特定已知的或假设的人类基因，有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考.序列数据可以以cluster 形式在Unigene 网页下载，完整的数据可以从FTP站点repository/UniGene 目录下下载.1.奶牛UniGene2.人类UniGene3.小鼠UniGene4.大鼠UniGene5.斑马鱼UniGene·BLAST—将你的序列同核酸库中的的序列比较，检索相似的序列.(更详细的信息见下面Tools/Sequence 相似搜索部分）蛋白序列（proteins）· Entrez蛋白-用accession number,作者姓名，物种,基因/蛋白名字，以及很多其它的文本术语来搜索蛋白序列记录（在GenPept + Swiss-Prot + PIR + RPF + PDB中）。
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• GenBank数据库 –基因组DNA数据库 –对应于表达基因的cDNA数据库 –蛋白质数据库 –表达序列标签(ESTs) –序列标签位点(STS) –基因组测序序列(GSSs) –高通量基因组序列(HTGS)
• 其它核酸数据库
• HIV Database(HIV序列数据库)
/content/index
1.4
生物信息学研究内容
序列比对 (Sequence Alignment) 蛋白质结构预测 计算机辅助基因识别 非编码区分析和ＤＮＡ语言研究
分子进化和比较基因组学
序列重叠群装配 遗传密码的起源 基于结构的药物设计 基因表达谱分析 ,代谢网络分析 ,基因 芯片设计和蛋白质组学数据分析等
• EMBL
（ European Molecular Biology Laboratory欧洲分子生 物学实验室数据库 ，EBI维护）
• GenBank
（ NCBI , National Center for Biotechnology Information 美国国家生物技术信息中心数据库）
• DDBJ
TUBIC
网址： /
CHGC
网址：
/
2.
分子数据库及NCBI序列检索
核酸序列数据
2.1 分子数据类型
生 物 分 子 信 息 生物分子功能数据
2.2
分子数据库 核酸数据库
植物分子生物学
生物信息学基础(12学时)
唐玉荣
tangyurong@
主要内容
1. 绪论
2学时(第2周) 4学时(第2周) 2学时(第3周) 2学时(第5周)
2. 分子数据库及NCBI序列检索
3. 双序列比对及BLAST比对工具
4. 多序列比对和分子系统发育
5. 核酸和蛋白质序列分析工具
Sanger
网址： 主要提供基因组研究相关的数 据与分析工具
SIB
网址：
http://www.isb-sib.ch/
ANGIS
网址：
.au/
NIG
网址：
http://www.nig.ac.jp/index-e.html
NCBI
网址： / 包含了公共数据库、生物信 息工具及应用等多种资源。 与很多生物信息软件相关的 站点及资源有链接。
NCBI站点图
EBI
/ 包含了生物数据库、 软件等多种资源，很 多都有相当优秀的使 用指导帮助
• IMGT(ImMunoGeneTics数据库含有与免疫系统有
关的核酸序列数据 ) /imgt/
• dbEST (序列表达标记数据库)
/dbEST/index.html
• EPD(真核启动子数据库)
http://www.epd.isb-sib.ch/
国内
北京大学生物信息中心（CBI） 中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心 （BioSino） 香港中文大学生物信息中心（HKBIC） 台湾分子生物信息中心（MBC） 天津大学生物信息中心（TUBIC） 国家人类基因组南方研究中心（CHGC）
CBI
网址：
是EMBnet和亚太生物信息网络 （APBioNet）的中国节点。
BioSino
网址： /
HKBIC
网址：
.hk/
MBC
网址：
.tw/index.php
6. 蛋白质结构预测
2学时(第8周)
主要参考书
1.基础生物信息学及应用，蒋彦等，清华大学 出版社
2.生物信息学方法与实践，张成岗、贺福初， 科学出版社
3.生物信息学，赵国屏等，科学出版社
4.生物信息学—基因和蛋白质分析的使用指南， 李衍达，清华大学出版社
5.生物信息学与功能基因组学，孙之荣主译， 化学工业出版社
1.5
国内外生物信息网址
美国国家生物技术与信息中心（NCBI） 欧洲分子生物学网络组织（EMBnet）
专业节点： 欧洲生物信息研究所（英国，EBI） Sanger研究所（英国，Sanger） 国家节点： 瑞士 (SIB) 澳大利亚 (ANGIS)
国外
日本国立遗传学研究所（NIG）
6. Bioinformatics :sequence and genome analysis, David W. Mount, 科学出版社
7. Instant Notes in Bioinformatics (影 印版), 科学出版社
1. 绪论 1.1 生物信息学产生背景
数据和知识的矛盾产生了生物信息学
1.2
生物信息学定义
生物信息学(Bioinformatics): 是一门交叉科学，它包含了生物信息的获 取、处理、存储、分发、分析和解释等在 内的所有方面，它综合运用数学、计算机 科学等工具，来阐明和理解大量生物数据 所包含的生物学意义。
数学
计算机 生物信息学
生物
1.3
生物信息学目标任务
• 收集和管理生物分子数据 • 数据分析和挖掘 • 开发分析工具和实用软件 –生物分子序列比较工具 –基因识别工具 –生物分子结构预测工具 –基因表达数据分析工具
（ NIG, National Institute of Genetics日本国立遗传学研 究所）
NCBI
GenBank
CIB
DNA Databank of Japan
EBI
EMBL Nucleotide Sequence Database
Patent Literature Individual Scientists/Groups Genome Sequencing Centres