NCBI数据库检索

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11,500 Employees
9,900 Employees
4,400 Employees
3,100 Employees
2,600 Employees
2,800 Employees
supplied by publisher]的标记
。
以下是几条PubMed的记录，标记不同，其出自的分库也不同
图1
三、PubMed文献检索
PubMed页面的结构
PubMed Central页面的结构
三、PubMed页面的结构 执行检索
基本检索输入框
侧栏提供其他检索如 期刊数据库检索、规 范词数据库检索、特 定文献检索
Taxonomy：微生物类别数据库
OMIM：人类孟德尔遗传学在线数据库。
一. Nucleotide(GenBank)
该数据库由国际核苷酸序列数据库成 员美国国立卫生研究院 GenBank 、日本 DNA 数据库 (DDBJ) 和英国 Hinxton Hall 的 欧洲分子生物学实验室数据库(EMBL）三 部分数据组成。
[PubMed--Indexed for MEDLINE] 标志。
MEDLINE
PreM edline
PreMedline：收集未正式给予MeSH词、
出版类型等深度标引信息的一个临时库。 NLM 每天把最新记录加入到 PreMedline
库 中 ， 每 条 记 录 均 带 有 [PubMed--in
三、PubMed页面的结构 执行检索
基本检索输入框
侧栏提供其他检索如 期刊数据库检索、规 范词数据库检索、特 定文献检索
•Related Resources :
MeSH Database-主题词数据库 •Journal Database-杂志数据库 •Clinical Trials-对公众提供临床科研的当前信息
Process] 标志。工作人员在一周内将这
些记录标引，然后转入 MEDLINE ，同时
从PreMedline中删去。
New Data
PubMed
Collect
Pre-Medline
Process
Medline
PubMed
出版商提供的书目信息：出版商
提供的是整本期刊的信息，若有
部分没有被MEDLINE收录，PubMed 仍保存，在记录中做[PubMed--as
Library of
Medicine）
NIH是美国国立卫生研究院
（National Institutes of
Health）
NCBI中通过Entrez可互查的数据库
NCBI数据库
Nucleotide：DNA序列数据库
Protein：蛋白质序列数据库 Genome：基因组序列数据库 Structure：分子结构模型数据库 Popset：种群、种系发生或突变序列数据库
即生物学门类数据库，可以按
生物学门类进行检索或浏览其核苷 酸序列、蛋白质序列、结构等。
五. PopSet
包含研究一个人群、一个种系发生 或描述人群变化的一组组联合序列。
PopSet既包含核酸序列数据又包含蛋白
质序列数据。
六. OMIM
孟德尔遗传学(OMIM)数据库是人类 基因和基因疾病的目录数据库。该数据 库包括原文信息、图片和参考信息，同 时还可以链接到Entrez系统MEDLINE数
BIOSIS 与 MEDLINE的覆盖范围
MEDLINE 2919 独有 2043 shared BIOSIS 3071 BIOSIS (Biosciences Information Service, 美国生物科学信息服务社)
MEDLINE：联机医学 文献分析和检索系统
North American Legal
六、检索结果的保存 1
六、检索结果的保存 2
文章数目
七、检索结果的链接(Links)
链接(Links) 链接外部资源——LinkOut
LinkOut 是链接到本站点外部信息的出口。可以与出版商
、信息集成者、图书馆、生物学数据库、序列中心等链接 来获取更多的相关信息。
链接带星号的LinkOut 是表明提供者需要订阅、会员资格
National Center of Biotechnology Information
NCBI简介
http://www.ncbi.nlm.nih.gov
NCBI就是美国国家生物技术信息中心（National
Center of Biotechnology Information）
NLM是美国国家医学图书馆（National
•PubMed Tools:
Citation Matcher-引文匹配器 在表格输入刊物的 引文信息来定位特定文章。 Clinical Queries-与临床相关的疗法，诊断，病因， 预后咨询。
四、PubMed的基本检索功能
1、词语检索及自动词语匹配
四、PubMed的基本检索功能（二）
2、作者姓名检索
或需要交费进入。 链接相关图书——Books
为帮助用户解决对检索结果中不熟悉的要领提供背景资料
文摘中的期刊图标链接
Linkout链接
三大基因数据库

Genbank Genbank库包含ห้องสมุดไป่ตู้所有已知的核酸序列和蛋白质序列。它是由 美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护的。
NCBI的网址是：http://www.ncbi.nlm.nih.gov。
来，即强迫PubMed进行词组检索。如“single cell”。
当用双引号括起词语时，PubMed将不执行自动词语匹配
功能。
五、显示检索结果(Display)：
text1
Summary——作者姓名、文章题目、出处、记录状态、 语种、出版物类型、PMID。
Abstract——出处、记录状态、文章题目、作者姓名、 作者单位、文摘、出版物类型、缩写、注释、PMID等。
9
10
file BJAS0701.sqn:
file BJGPAT0701.sqn
BJAS0701
BJGPAT0701
EU049887
EU049888
举例：序列数据的查询
某天，Prof.
Gene发现人的Hela细胞中，有丝分裂 期间有异常情况：细胞不再分裂，而是开始凋亡( 表型，phenotype)，通过实验的方法，发现了与有 丝分裂期间某个蛋白可能相互作用的一个基因， 测序结果如下(genotype)：
据库中相关文献和序列信息。
一、PubMed数据库简介
PubMed 是美国国家医学图书馆 (NLM)下属的国家
生物技术信息中心 (NCBI) 开发的、基于 WWW 的医
学数据库查询系统。
PubMed的网址：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi

2005 营业收入 87亿美元 为全球2千万用户提供服务 市值260亿美元，福布斯全球500强之一

二、通过PubMed可检索 到如下的信息
MEDLINE
PreMedline
出版商提供的书目信息
MEDLINE：是美国国立医学图书馆
MEDLARS系统中最大的生物医学数 据库，收录1966年以来70多个国家近 4300种生物医学期刊的书目信息和著 者文摘，每周更新。每条记录均带有
在检索框内按照姓+名缩写(不用标点)的 格式键入作者姓名，如Liu C，系统会自动 在作者字段内进行检索。
如果想进行更精确的检索，可以用双引 号 将 作 者 名 引 起 来 ， 再 加 [au] ， 如 “ Liu C”[au]
四、PubMed的基本检索功能（三）
3、杂志名检索

在检索框中键入杂志全名molecular biology of the cell 也可以直接键入Medline的期刊标准缩写形式，如 ：mol boil cell， 键入刊物的ISSN(国际标准出版物代码）进行检 索，如1059-1524。
每页显示数目
显示格式 符合条件的记录 数
mRNA数量
不同物种记录数
在线获取序列方法 2
显示格式 符合条件的记录 数
mRNA数量 不同物种记录数
在线获取序列 方法3
Accession number
序列长度 数据类型
Definition: 标题
物种名称
GI number
基因名称 编码蛋白名称
三大基因数据库之间的关系
GenBank
EMBL Data Library
Public free Available via Internet
DDBJ (DNA Data Bank of Japan)
在线获取序列（ entrez）方法1
1.进入entrez
3.查询关键词 2.选择数据库 4.开始查询
CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCAAGA ACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATGGCCGA GGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTTGGCCCAGT GTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAGATGACGACCCC ATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTTTCCTTTCTGTCAAGA AGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTTTGAAACTGGACAGAGAAAG AGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACCAACAATAAGAAGAAAGAATTTGAG GAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCGTGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGA TTGAGGCCTCTGGC
GenBank数据格式
该序列发表在哪篇论文中
基因序列提交Genbank
方法 1 在线提交
基因序列提交Genbank
方法 2 Sequin软件提交
共克隆、测序了北京油鸡风味特性基因43个，五指山小 型猪3个，虎源犬瘟热病毒基因4个，提交GenBank 50个。
序列 1 2 3 4 5 6 7 8 文件名 file BJIFNA0701.sqn file BJcCRABP.sqn file BJIL-18.sqn file BJPurh0701.sqn: file BJmusclin0701.sqn file BJTBP0701.sqn file BJIL-15.sqn file BJADSL0701.sqn: 提交编号 DBJASL0701 BJcCRABP-I0701 BJIL-180701 BJPurH0701 BJmusclin0701 BJTBP0701 BJIL-150701 BJADSL0701 收录号 EU334503 EU334504 EU334505 EU334506 EU334507 EU334508 EU334509 EU049886
PubMed
数据类型：期刊论文、综述、以及
与其他数据资源链接。
特点：
1.免费提供题录和文摘
2.可与提供原文的网址链接 (部分免费获取） 3. 操作简便、快捷
期刊来源地理分布
北美 (31%)
ASIAN, Australia (14%) 中南美洲 (2%) 非洲 (1%) 欧洲和中东 (52%)
四、PubMed的基本检索功能（五）
5、短语检索
PubMed 首先将键入的检索词（词组）视为合理的短语在
短语索引中进行查找。如： single cell ，PubMed将其视为 词组进行查找。当 PubMed 没有找到该词组时，系统将自 动把两个词分开进行检索；
如果不希望系统将两词分开，则需要用“”把检索词括起

EMBL核酸序列数据库 由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护的核酸序列数据构成。
数据库网址是：http://www.ebi.ac.uk/embl/。

DDBJ数据库 日本DNA数据仓库(DDBJ)也是一个全面的核酸序列数据库。 DDBJ的网址是：http://www.ddbj.nig.ac.jp/。
二 . Genome
即基因组数据库，提供了多种
基因组、完全染色体、临近序列图 谱以及一体化基因物理图谱。
三. Structures
即结构数据库或称分子模型数据
库（ MMDB ），包含来自 X 线晶体学
和三维结构的实验数据。 MMDB 的数
据从PDB（Protein Data Bank）获得。
四. Taxonomy



Cell transplantation [ta]
四、PubMed的基本检索功能（四）
4、截词检索
可利用系统的截词功能获取更多的相关文献
，截词符“*”可代表多个字符，将*加在检 索词后可以表示对所有以该词开头的词进行 检 索 ； 如 ： bacter* ， 可 以 检 出 bacter, bacteria, bacterium, bacteriophage等词。