第25章核苷酸生物合成(刘建华)

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核苷酸代谢—核苷酸的合成代谢(生物化学课件)

核苷酸代谢—核苷酸的合成代谢(生物化学课件)
2、合成部位 肝是体内从头合成嘌呤核苷酸的主要器官,其次是 小肠和胸腺,而脑、骨髓则无法进行此合成途径。
项目一 、二 核苷酸的合成与分解代谢 3、从头合成过程
( 1 ) IMP的合成 ( 2 ) AMP和GMP的生成 ( 3 ) ATP和GTP的生成
项目一 、二 核苷酸的合成与分解代谢
PP-1-R-5-P
尿苷酸激酶
UDP
ATP ADP
二磷酸核苷激酶
ATP
ADP
UTP
CTP合成酶
谷氨酰胺 ATP
谷氨酸 ADP+Pi
项目一 核苷酸的合成代谢 ( 3)dTMP或TMP的生成
脱氧核苷酸还原酶
UDP
dUDP
CTP CDP dCDP dCMP
TMP合酶
N5, N10-甲烯FH4
FH2
dUMP
FH2还原酶 FH4 NADP+ NADPH+H+
项目一 、二 核苷酸的合成与分解代谢 ( 2 )胞嘧啶核苷酸的合成
尿苷酸激酶
UDP
ATP ADP
二磷酸核苷激酶
ATP
ADP
UTP
CTP合成酶
谷氨酰胺 ATP
谷氨酸 ADP+Pi
项目一 、二 核苷酸的合成与分解代谢 ( 3)dTMP或TMP的生成
脱氧核苷酸还原酶
UDP
dUDP
CTP CDP dCDP dCMP
腺苷激酶
激酶
AMP
ADP
ATP ADP
ATP ADP鸟苷激酶来自激酶GMPGDP
ATP ADP
ATP ADP
ATP GTP
项目一 、二 核苷酸的合成与分解代谢
头顶二氧碳; 2、

8-1核苷酸的合成代谢

8-1核苷酸的合成代谢

8-1核苷酸的合成代谢体内核苷酸的合成有两个途径:1.从头合成途径,即利用一些简单物质为原料,经过多步酶促反应,合成核苷酸。

2.补救合成(又称重新利用)途径,即利用已有碱基或核苷,经过简单的反应过程,合成核苷酸。

从量来看,从头合成是主要的途径,但补救合成也有重要的意义。

一、嘌呤核苷酸的从头合成途径肝是体内从头合成嘌呤核苷酸的主要器官,其次是小肠粘膜和胸腺。

嘌呤核苷酸合成部位在胞液。

嘌呤核苷酸从头合成的原料是:磷酸核糖焦磷酸(PRPP),由磷酸戊糖代谢而来,甘氨酸、天冬氨酸、谷氨酰胺、CO2和一碳单位(由四氢叶酸携带)。

如图所示。

嘌呤核苷酸从头合成的特点是:嘌呤核苷酸是在磷酸核糖分子基础上逐步合成的,不是首先单独合成嘌呤碱然后再与磷酸核糖结合的。

反应过程中的关键酶包括PRPP酰胺转移酶和PRPP合成酶。

合成过程首先合成次黄嘌呤核苷酸(IMP),然后再转变成腺苷酸(AMP)和鸟苷酸(GMP)。

从5-磷酸核糖(Ribose-5-phosphate,R-5-P)开始,经过12步反应生成IMP,如图所示。

在此过程中,碱基的成环在磷酸核糖分子上逐步缩合成IMP。

1.IMP的生成IMP图IMP的从头合成过程5-磷酸核糖经过磷酸核糖焦磷酸合成酶活化生成5-磷酸核糖焦磷酸,由谷氨酰胺提供酰胺基形成5-磷酸核糖胺,然后5-磷酸核糖胺与甘氨酸缩合并接受N10-甲酰基四氢叶酸提供的甲酰基转变成甲酰甘氨酰胺核苷酸,再次接受谷氨酰胺的酰胺氮并脱水环化形成5-氨基咪唑核苷酸,至此合成了嘌呤环中的咪唑部分。

5-氨基咪唑核苷酸被CO2羧化后与天冬氨酸缩合,然后进一步由N10-甲酰基四氢叶酸提供甲酰基生成5-甲酰胺咪唑-4-氨甲酰核苷酸,再脱水环化生成第一个阶段产物IMP。

2.AMP和GMP的生成IMP是嘌呤核苷酸合成的重要中间产物,是AMP和GMP的前体。

IMP由天冬氨酸提供氨基取代IMP上的酮基后进一步转变成AMP;如果IMP氧化成黄嘌呤核苷酸(XMP,简称黄苷酸),再由谷氨酰胺提供氨基,使嘌呤环C-2氨基化,则生成GMP,如图所示。

上海交大第3章生化(刘建华)

上海交大第3章生化(刘建华)
其沉降速度快。 4. 沉降速度也依赖于溶液密度(r)。溶液r 大, 颗粒沉降慢。。实际上,nr > 1颗粒上浮;当nr = 1颗粒不移动; nr < 1颗粒上浮。
图3.14 细胞组分的密度和沉降系数。
制备密度梯度 介质用于密度 梯度离心。
上样
水平降平衡技术能直接用来测定蛋 白质的分子量。此时离心速度较慢使蛋白 质沉降和蛋白质扩散达到平衡。用离心沉 降平衡技术测定的蛋白质质量非常准确, 条件温和、保留多亚基蛋白质天然的四级 结构。而SDS-PAGE只能提供解离多肽链 的质量。注意,如果我们既知道一个多聚 体蛋白质在变性条件下各个多肽的估算值 ,也知道沉降平衡离心的完整多亚基蛋白 的质量,我们就能够确定该多亚基蛋白各 个多肽链的拷贝数。
Berg • Tymoczko • Stryer
Biochemistry
Sixth Edition
Chapter 3: Exploring Proteins and Proteomes
Copyright © 2007 by W. H. Freeman and Company
奶汁是所有哺乳动物的营养源。奶汁含有不同蛋白质。用 MALDI-TOF质谱技术研究奶汁的蛋白质组成,依靠蛋白分子质 量/电荷比将奶汁蛋白质各组分分开。
依据蛋白质的净 电荷差异
离子交换层析的介质
阳离子交换
阴离子交换
亲和层析:依靠配基与蛋白质之间特异的亲和性。
HPLC (凝胶过滤柱) 支持物颗粒细, 分离效果好,但需要 施加高压才有合理的 流速。
SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳
电泳速度 球状分子
u = Ez/f f=6phr
(1) (2)
+ β-mercaptoethanol

高中生物竞赛课件:嘧啶核苷酸的合成与分解

高中生物竞赛课件:嘧啶核苷酸的合成与分解

UMP
嘧啶核苷酸的合成与分解
(三) 嘧啶核苷酸的从头合成 尿嘧啶核苷酸的合成 1、氨甲酰磷酸的生成
2ATP 2ADP+Pi
Gln + HCO3氨甲酰磷酸合成酶Ⅱ
(CPS-Ⅱ )
H2N C OPO3H2 + Glu
O
氨甲酰磷酸
区别于尿素循环中的氨甲酰磷酸合成酶Ⅰ (线粒体)
嘧啶核苷酸的合成与分解
(三) 嘧啶核苷酸的从头合成 尿嘧啶核苷酸的合成
胞嘧啶
转氨作用脱去氨基 ,参与有机酸代谢
β-丙氨酸
参与泛酸及 CoA的合成
嘧啶核苷酸的合成与分解
二、嘧啶核苷酸的分解代谢 胸腺嘧啶→β氨基异丁酸
胸腺嘧啶
二氢尿嘧啶 脱氢酶
二氢嘧啶酶
β-脲基异丁酸
二氢胸腺嘧啶 β-脲基丙酸酶
还原、水化、水解
TCA循环
β-氨基异丁酸
琥珀酰 CoA
甲基丙二酰半醛
氨基转移至 α-酮戊二酸
dTMP: 脱氧胸苷在胸苷激酶的催化下形成dTMP
胸苷激酶
脱氧胸苷 + ATP
dTMP +ADP
嘧啶核苷酸的合成与分解
嘧啶核苷酸生物合成的调节 细菌: ATCase是从头合成的主要调
HCO3-+Gln
节酶;ATP为激活剂; CTP为抑制剂
+2ATP
天冬氨酸转氨甲
⊕ 酰酶(ATCase)
PRPP
氨甲酰磷酸
HN C C
N
P O HC N C N CH CH2 O
OH OH
次黄嘌呤核苷酸 (I MP)
HN C C
N
P O HC N C N CH CH2 O

微生物工程课程教学大纲

微生物工程课程教学大纲

微生物工程课程教学大纲课程名称:微生物工程(Microbiology Engineering)课程编码:1313073214课程类别:专业课总学时数:60课内实验时数:24学分:2.5开课单位:生命科学学院生物技术教研室适用专业:生物技术适用对象:本科(四年)一、课程的性质、类型、目的和任务微生物工程又称发酵工程,是生物技术专业的专业必修课。

发酵工程是一门综合性很强的课程,涉及到数学、化学、生物学、生物化学、微生物学、物理化学、有机化学、化工原理等多个学科,基础理论性和实践性均很强,同时要求基础理论和生产实践密切结合.在课程讲授过程中,将要按照微生物发酵生产的全过程阐明各个阶段、各种产品生产的原理和技术,讲解理论知识的同时,又重点突出生产的工艺操作和控制技术等实际问题。

因此,该课程需要在理论教学的同时,配合实验的实践环节,也要求学生建立实际生产的概念,在实践中巩固本课程的教学效果,学生利用实验、参观、实习、社会实践等机会,培养分析问题和解决问题的能力。

学生通过该课程的学习将会缩短理论与生产实践的距离,建立用理论知识分析和解决生产实际问题的概念和能力,动手能力也将有所提高。

二、本课程与其它课程的联系与分工本课程与微生物学、生物化学、高等数学、物理化学、化工原理、有机化学等课程有联系,宜在前述课程开设后开设。

三、教学内容及教学基本要求[1]表示“了解”;[2]表示“理解”或“熟悉”;[3]表示“掌握”;△表示自学内容;○表示略讲内容;第一章绪论发酵工程定义[1];发酵工程的发展史[1];发酵工程的特点[3];发酵工程的分类及应用[2];发酵工程与现代生物技术的关系[1];国内外发酵工业概况及其发展趋势[1];重点:发酵工程的特点难点:发酵工程与现代生物技术的关系教学手段:多媒体教学教学方法:讨论与讲授结合法作业:1.发酵工程的传统概念与现代意义上的概念各指什么?2.发酵工程与传统酿造、化学工程相比有什么特点?课外活动:查阅一种发酵产品的发展现状及与世界先进水平的差距。

生物化学(查锡良,人卫七版)

生物化学(查锡良,人卫七版)

生物化学(查锡良,人卫七版)绪论 (2)第一章蛋白质的结构与功能 (3)第二章核酸的结构与功能 (5)第三章酶 (7)第四章糖代谢 (9)第五章脂类代谢 (12)第六章生物氧化 (16)第七章氨基酸代谢 (18)第八章核苷酸代谢 (21)第九章物质代谢的联系与调节 (22)第十章DNA的生物合成 (24)第十一章RNA的生物合成 (26)第十二章蛋白质的生物合成 (28)第十三章基因表达调控 (31)第十四章基因重组与基因工程 (34)第十五章细胞信号转导 (36)第十六章血液的生物化学 (39)第十七章肝的生物化学 (42)第十八章维生素与无机物 (43)第十九章糖蛋白、蛋白聚糖和细胞外基质 (45)第二十章癌基因、抑癌基因与生长因子 (46)第二十一章常用分子生物学技术的原理及应用 (48)绪论第一节生物化学发展简史一、叙述生物化学阶段二、动态生物化学阶段三、分子生物学时期1.DNA双螺旋结构被发现2.DNA克隆使基因操作无所不能3.基因组学及其他组学的研究四、我国科学家对生物化学发展的贡献1.协和-吴宪-血液化学分析-血滤液的制备、血糖测定法、蛋白质变性学说2.刘思职-免疫化学-定量分析法研究抗原抗体反应机制3.1965年-人工合成-牛胰岛素-解出三方二锌猪胰岛素的晶体结构4.有机合成+酶促→酵母丙氨酰tRNA第二节当代生物化学研究的主要内容1.生物分子的结构与功能2.物质代谢及调节3.基因信息传递及其调控第三节生物化学与医学一、生物化学已成为生物学各学科之间、医学各学科之间相互联系的共同语言二、生物化学为推动医学各学科发展做出了重要的贡献第一章蛋白质的结构与功能第一节蛋白质的分子组成一、组成人体蛋白质的20种氨基酸属于L-α-氨基酸二、氨基酸可根据侧链结构和理化性质进行分类三、20种氨基酸具有相同或特异的理化性质(一)氨基酸具有两性解离的性质(二)含共轭双键的氨基酸具有紫外吸收性质(三)氨基酸与茚三酮反应生成蓝紫色化合物四、蛋白质是由许多氨基酸残基组成的多肽链(一)氨基酸通过肽键连接而形成肽(二)体内存在多种重要的生物活性肽1.谷胱甘肽2.多肽类激素及神经肽第二节蛋白质的分子结构一、氨基酸的排列顺序决定蛋白质的一级结构二、多肽链的局部主链构象为蛋白质二级结构(一)参与肽键形成的6个原子在同一平面上(二)α-螺旋结构是常见的蛋白质二级结构(三)β-折叠使多肽链形成片层结构(四)β-转角和无规卷曲在蛋白质分子中普遍存在(五)模体是具有特殊功能的超二级结构(六)氨基酸残基的侧链对二级结构形成的影响三、在二级结构基础上多肽链进一步折叠形成蛋白质三级结构(一)三级结构是指整条肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置(二)结构域是三级结构层次上的局部折叠区(三)分子伴侣参与蛋白质折叠分子伴侣可分为3类:①热休克蛋白70(Hsp70)②伴侣蛋白③核质蛋白四、含有两条以上多肽链的蛋白质具有四级结构五、蛋白质的分类六、蛋白质组学(一)蛋白质组学基本概念(二)蛋白质组学研究技术平台1.双向电泳分离样品蛋白质2.蛋白质点的定位、切取3.蛋白质点得质谱分析(三)蛋白质组学研究的科学意义第三节蛋白质结构与功能的关系一、蛋白质一级结构是高级结构与功能的基础(一)一级结构是空间构象的基础(二)一级结构相似的蛋白质具有相似的高级结构与功能(三)氨基酸序列提供重要的生物进化信息(四)重要蛋白质的氨基酸序列改变可引起疾病二、蛋白质的功能依赖特定空间结构(一)血红蛋白亚基与肌红蛋白结构相似(二)血红蛋白亚基构象变化可影响亚基与氧结合(三)蛋白质构象改变可引起疾病第四节蛋白质的理化性质一、蛋白质具有两性电离性质二、蛋白质具有胶体性质三、蛋白质空间结构破坏而引起变性四、蛋白质在紫外光谱区有特征性吸收峰五、应用蛋白质呈色反应可测定蛋白质溶液含量1.茚三酮反应2.双缩脲反应第五节蛋白质的分离、纯化与结构分析一、透析及超滤法可去除蛋白质溶液中的小分子化合物二、丙酮沉淀、盐析及免疫沉淀是常用的蛋白质沉淀方法三、利用荷电性质可用电泳法将蛋白质分离四、应用相分配或亲和原理可将蛋白质进行层析分离五、利用蛋白质颗粒沉降行为不同可进行超速离心分离六、应用化学或反向遗传学方法可分析多肽链的氨基酸序列七、应用物理学、生物信息学原理可进行蛋白质空间结构测定1.同源模建2.折叠识别3.从无到有表格&示意图1.表格-氨基酸分类(结构式、英文名、三字符、一字符)2.芳香族氨基酸的紫外吸收3.GSH与GSSH之间的转换4.超二级结构与蛋白质模体(αα、βαβ、ββ、锌指结构、钙结合蛋白之螺旋-转角-螺旋)5.β-巯基乙醇及尿素对核糖核酸酶的作用6.肌红蛋白与血红蛋白的氧解离曲线7.PrP c转变为PrP sc的过程8.离子交换层析分离蛋白质9.凝胶过滤分离蛋白质肽的氨基酸末端测定法第二章核酸的结构与功能第一节核酸的化学组成及一级结构一、核苷酸是构成核酸的基本组成单位二、DNA是脱氧核苷酸通过3’,5’-磷酸二酯键连接形成的大分子三、RNA也是具有3’,5’-磷酸二酯键的线性大分子四、核酸的一级结构是核苷酸的排列顺序第二节DNA的空间结构与功能一、DNA的二级结构是双螺旋结构(一)DNA双螺旋结构的研究背景(二)DNA双螺旋结构模型要点1.DNA是反向平行、右手螺旋的双链结构2.DNA双链之间形成了互补碱基对3.疏水作用力和氢键共同维持着DNA双螺旋结构(三)DNA双螺旋结构的多样性(四)DNA的多链螺旋结构二、DNA高级结构是超螺旋结构(一)原核生物DNA的环状超螺旋结构(二)真核生物DNA高度有序和高度致密的结构三、DNA是遗传信息的物质基础第三节RNA的结构与功能一、mRNA 是蛋白质合成的模板1.大部分真核细胞mRNA的5’-末端都以7-甲基鸟嘌呤-三磷酸核苷(m7GpppN)为起始结构2.在真核生物mRNA的3’-末端,有一段由80~250个腺苷酸连接而成的多聚腺苷酸结构,称为多聚腺苷酸尾或多聚A尾3.mRNA依照自身的碱基顺序指导蛋白质氨基酸顺序的合成,也就是为氨基酸的生物合成提供模板4.mRNA的成熟过程是hnRNA 的剪接过程二、t RNA是蛋白合成的氨基酸载体1.t RNA含有多种稀有碱基2.t RNA具有茎环结构3.t RNA的3’-末端连有氨基酸4.t RNA的反密码子能够识别mRNA的密码子三、以rRNA为组分的核糖体是蛋白质合成的场所四、snmRNA参与了基因表达的调控五、核酸在真核细胞和原核细胞中表现了不同的时空特异性第四节核酸的理化性质一、核酸分子具有强烈的紫外吸收二、DNA变性是双链解离为单链的过程三、变性的核酸可以复性或形成杂交双链第五节核酸酶结构&流程图1.构成核苷酸的嘌呤和嘧啶的化学结构式2.构成核苷酸的核糖和脱氧核糖的化学结构式3.核苷和脱氧核苷的化学结构式4.核苷酸的化学结构(包括3’,5’-cAMP)5.多聚腺苷酸的化学结构式6.DNA双螺旋结构示意图(数据)7.封闭的环状DNA分子(形成超螺旋)8.真核生物DNA形成核小体的示意图9.双链DNA经历折叠、盘绕形成高度有序和高度致密染色体的示意图10.表格-真核细胞内主要RNA的种类和功能(5+3)11.成熟的真核mRNA的结构示意图12.mRNA的甲基化位点(2点)13.真核生物mRNA的帽结构及加帽过程14.真核生物mRNA多聚A尾结构的形成过程15.鸡卵清蛋白mRNA的成熟过程16.t RNA分子中含有的稀有碱基17.t RNA的二级结构和三级结构18.t RNA的反密码子与m RNA的密码子相互识别示意图19.表格-核糖体的组成(原核、真核)20.由核糖体、mRNA和t RNA形成的复合体21.真核细胞和原核细胞基因表达的时空特异性22.DNA在解链过程中表现出得增色效应23.DNA解链温度曲线24.核酸分子复性和杂交的示意图第三章酶第一节酶的分子结构与功能一、酶的分子组成中常含有辅助因子二、酶的活性中心是酶分子中执行其催化功能的部位三、同工酶是催化相同化学反应但一级结构不同的一组酶第二节酶的工作原理一、酶反应特点(一)酶反应具有极高的效率(二)酶促反应具有高度的特异性1.绝对特异性2.相对特异性3.有些酶具有立体异构特异性(三)酶促反应具有可调节性二、酶通过促进底物形成过渡态而提高反应速率(一)酶比一般催化剂更有效地降低反应活化能(二)酶和底物的结合有利于底物形成过渡态1.诱导契合作用使酶与底物密切结合2.邻近效应与定向排列使诸底物正确定位于酶的活性中心3.表面效应使底物分子去溶剂化(三)酶的催化机制呈多元催化1.酸碱催化作用:酶是两性电离的蛋白质,活性中心可为质子供体,或质子受体,参与质子转移2.共价催化作用:酶的催化基团通过形成瞬间共价键而将底物激活3.亲核催化作用:中心基团属于亲核基团,可提供电子给带正电荷的过渡态中的中间物,加速产物生成第三节酶促反应动力学一、底物浓度对反应速率影响的作图呈矩形双曲线(一)米-曼氏方程式揭示单底物反应的动力学特性(二)Km与Vm是最有意义的酶促反应动力学参数1.Km值=酶促反应速率为最大速率一半时的底物浓度2.Km值愈小,酶对底物的亲和力愈大3.Km值是酶特性常数之一,只于酶的结构、底物和反应环境(T Ph 离子强度等)有关,与酶的浓度无关4.Vmax是酶完全被底物饱和时的反应速率,与酶的浓度呈正比(三)Km值和Vmax值可以通过作图法求取二、底物足够时酶浓度对反应速率的影响呈直线关系三、温度对反应速率的影响具有双重性四、P H通过改变酶和底物分子解离状态影响反应速率五、抑制剂可逆地或不可逆地降低酶促反应速率(一)不可逆性抑制剂主要与酶共价结合(二)可逆性抑制剂与酶和(或)酶-底物复合物非共价结合1.竞争性抑制作用的抑制剂与底物竞争结合酶的活性中心2.非竞争性抑制作用的抑制剂不改变酶对底物的亲和力3.反竞争性抑制作用的抑制剂仅与酶-底物复合物结合六、激活剂可加快酶促反应速率第四节酶的调节一、调节酶实现对酶促反应速率的快调节(一)变构酶通过变构调节酶的活性(二)酶的化学修饰调节是通过某些化学基团与酶共价结合与分离实现的(三)酶原的激活使无活性的酶原转变成有催化活性的酶二、酶含量的调节包括对酶合成与分解速率的调节(一)酶蛋白合成可被诱导或阻遏(二)酶的降解与一般蛋白质降解途径相同第五节酶的分类与命名一、酶可根据其催化的反应类型予以分类:1.氧化还原酶类2.转移酶类3.水解酶类4.裂解酶类(裂合酶类,synthase):合酶属此类5.异构酶类6.合成酶类(连接酶酶,ligases)二、每一种酶均有其系统名称和推荐名称第六节酶与医学的关系一、酶和疾病密切相关(一)酶的质、量与活性的异常均可引起某些疾病(二)酶的测定有助于对许多疾病的诊断1.酶活性测定和酶活性单位是定量酶的基础2.血清酶对某些疾病的诊断具有更重要的价值(三)酶和某些疾病的治疗关系密切二、酶在医学上的应用领域广泛(一)酶作为试剂用于临床检验和科学研究1.酶法分析是以酶作为工具对化合物和酶活性进行定量分析的一种方法2.酶标记测定法是酶学与免疫学相结合的一种测定方法3.工具酶广泛地应用于分子克隆领域(二)酶的分子工程是方兴未艾的酶工程学1.固定化酶是固相酶2.抗体酶是具有酶活性的抗体结构&流程示意图1.表格-某些辅酶(辅基)在催化中的作用2.表格-几种蛋白激酶的共有序列3.底物浓度对酶促反应速率的影响4.对氨基苯甲酸-磺胺类药物5.表格-各种可逆性抑制作用的比较第四章糖代谢第一节概述一、糖的主要生理功能是氧化供能二、糖的消化吸收主要是在小肠进行三、糖代谢的概况第二节糖的无氧代谢一、糖无氧氧化反应过程分为糖酵解途径和乳酸生成两个阶段(一)葡萄糖经糖酵解途径分解为两分子丙酮酸1.葡萄糖磷酸化为6-磷酸葡萄糖2.6-磷酸葡萄糖变为6-磷酸果糖3.6-磷酸果糖转变为1,6-二磷酸果糖4.磷酸己糖裂解为2分子磷酸丙糖5.磷酸二羟丙酮转变为3-磷酸甘油醛6.3-磷酸甘油醛氧化为1,3-二磷酸甘油酸7.1,3-二磷酸甘油酸转变为3-磷酸甘油酸8.3-磷酸甘油酸转变为2-磷酸甘油酸9.2-磷酸甘油酸脱水生成磷酸烯醇式丙酮酸10.磷酸烯醇式丙酮酸将高能磷酸基转移给ADP形成ATP和丙酮酸(二)丙酮酸被还原为乳酸二、糖酵解的调控是对3个关键酶活性的调节(一)6-磷酸果糖激酶-1对调节糖酵解途径的流量最重要(二)丙酮酸激酶是糖酵解的第二个重要调节点(三)己糖激酶受到反馈调节三、糖酵解的主要生理意义是机体缺氧的情况下快速功能第三节糖的有氧氧化一、糖有氧氧化的反应过程包括糖酵解途径、丙酮酸氧化脱羧、三羧酸循环及氧化磷酸化(一)葡萄糖循糖酵解途径分解为丙酮酸(二)丙酮酸进入线粒体氧化脱羧生成乙酰CoA1.丙酮酸脱羧形成羟乙基-TPP2.由二氢硫辛酰胺转乙酰酶E2→乙酰硫辛酰胺-E23.生成乙酰CoA,E2二硫键还原为两个巯基4.二氢硫辛酰胺脱氢酶E3,脱氢生成FADH2和硫辛酰胺5.FADH2→NADPH+H+二、三羧酸循环是以形成柠檬酸为起始物的循环反应系统(一)TCA循环由8步代谢反应组成1.乙酰CoA与草酰乙酸缩合成柠檬酸2.柠檬酸经顺乌头酸转变为异柠檬酸3.异柠檬酸氧化脱羧转变为α-酮戊二酸4.α-酮戊二酸氧化脱羧生成琥珀酰CoA5.琥珀酰CoA合成酶催化底物水平磷酸化反应6.琥珀酸脱氢生成延胡索酸7.延胡索酸加水生成苹果酸8.苹果酸脱氢生成草酰乙酸(二)TCA循环受底物、产物、关键酶活性的调节1.TCA循环中有3个关键酶2.TCA循环与上游和下游的反应相协调3.TCA循环是糖、脂肪、氨基酸代谢联系的枢纽三、糖有氧氧化是机体获得ATP的主要方式四、糖有氧氧化的调节是基于能量的需求五、巴斯德效应是指糖有氧氧化抑制糖酵解的现象第四节葡萄糖的其它代谢途径一、磷酸戊糖途径生成NADPH和磷酸戊糖(一)磷酸戊糖途径的反应过程分为两个阶段1.6-磷酸葡萄糖在氧化阶段生成磷酸戊糖和NADPH2.经过基团转移反应进入糖酵解途径(二)磷酸戊糖途径主要受NADPH/NADP+比值调节(三)磷酸戊糖途径的生理意义在于生成NADPH和5-磷酸核糖1.为核酸的生物合成提供核糖2.提供NADPH作为供氢体参与多种代谢反应二、糖醛酸途径可生成葡萄糖醛酸三、多元醇途径可生成木糖醇、山梨醇等第五节糖原的合成与分解一、糖原的合成代谢主要在肝和肌组织中进行二、糖原分解产物—葡萄糖可补充血糖三、糖原的合成与分解受到彼此相反的调节(一)糖原磷酸化酶是糖原分解的关键酶(二)糖原合酶是糖原合成的关键酶四、糖原累积症是由先天性没缺陷所致第六节糖异生一、糖异生途径不完全是糖酵解的逆反应(一)丙酮酸经丙酮酸羧化支路变为磷酸烯醇式丙酮(二)1,6-二磷酸果糖转变为6-磷酸果糖(三)6-磷酸葡萄糖水解为葡萄糖二、糖异生的调节是通过对两个底物循环的调节与糖酵解调节彼此协调(一)第一个底物循环:在6-磷酸果糖和1,6-二磷酸果糖之间进行(二)第二个底物循环:磷酸烯醇式丙酮酸和丙酮酸之间进行三、糖异生的生理意义主要在于维持血糖水平恒定(一)维持血糖水平的恒定是糖异生最主要的生理作用(二)糖异生是补充或恢复肝糖原储备的重要途径(三)肾糖异生增强有利于维持酸碱平衡四、肌中产生的乳酸运输至肝进行糖异生形成乳酸循环第七节其他单糖的代谢一、果糖被磷酸化后进入糖酵解途径二、半乳糖可转变为1-磷酸葡萄糖成为糖酵解的中间代谢产物三、甘露糖可转变为6-磷酸果糖进入糖酵解途径第八节血糖及其调节一、血糖的来源和去路是相对平衡的二、血糖水平的平衡主要是受激素调节(一)胰岛素是体内唯一降低血糖的激素(二)机体在不同状态下有相应的升高血糖的激素1.胰高血糖素2.糖皮质激素可引起血糖升高3.肾上腺素是强有力的升高血糖激素三、血糖水平异常及糖尿病是最常见的糖代谢紊乱(一)低血糖是指血糖浓度低于3.0mmol/L(二)高血糖是指空腹血糖高于6.9 mmol/L(三)糖尿病是最常见的糖代谢紊乱疾病结构&流程示意图:1.糖酵解的代谢途径2.2,6-二磷酸果糖激酶-1的活性调节3.丙酮酸脱氢酶复合体作用机制4.三羧酸循环5.表格-葡萄糖有氧氧化生成的ATP6.三羧酸循环的调控7.磷酸戊糖途径8.糖醛酸途径9.分支酶的作用10.脱支酶的作用11.糖原合成、分解的共价修饰调节12.糖异生途径13.乳酸循环14.半乳糖的代谢15.甘露糖的代谢第五章脂类代谢第一节不饱和脂酸的命名及分类一、脂酸的系统命名遵循有机酸命名的原则二、脂酸主要根据其碳链长度和饱和度分类(一)脂酸根据其碳链长度分为短链、中链、长链脂酸(二)脂酸根据其碳链是否存在双键分为饱和脂酸和不饱和脂酸1.饱和脂酸的碳链不含双键2.不饱和脂酸的碳链含有一个或一个以上双键第二节脂类的消化吸收一、脂类的消化发生在脂-水界面,需要胆汁酸盐参与二、饮食脂肪在小肠被吸收第三节甘油三酯代谢一、甘油三酯是甘油的脂酸酯(一)甘油三酯是脂酸的主要储存形式(二)甘油三酯的主要作用是为机体提供能量1.甘油三酯是机体重要的能量来源2.甘油三酯是机体主要能量储存形式二、甘油三酯的分解代谢主要是脂酸的氧化(一)脂肪动员是甘油三酯分解的起始步骤(二)甘油经糖代谢途径代谢(三)脂酸经β-氧化分解功能1.脂酸的活化形式为脂酰CoA2.脂酰CoA经肉碱转运入线粒体3.脂酸的β-氧化的终产物主要是乙酰CoA(1)脱氢(2)加水(3)再脱氢(4)硫解4.脂酸氧化是体内能量的重要来源(四)脂酸的其他氧化方式1.不饱和脂酸的氧化2.过氧化物酶体的β-氧化3.奇数碳原子脂酸的氧化(五)酮体的生成及利用1.酮体在肝细胞中生成(1)2个乙酰辅酶A→乙酰乙酰辅酶A(2)乙酰乙酰辅酶A+乙酰辅酶A→HMG CoA(3)HMGCoA 裂解为乙酰乙酸和乙酰辅酶A2.酮体在肝外组织中利用3.酮体生成的生理意义4.酮体生成的调节(1)饱食及饥饿的影响(2)肝细胞糖原含量及代谢影响(3)丙二酰CoA抑制脂酰CoA进入线粒体三、脂酸在脂酸合成酶系的催化下合成(一)软脂酸的合成1.合成部位2.合成原料3.脂酸合成酶系及反应过程(1)丙二酰CoA的合成(2)脂酸合成(二)脂酸碳链的加长1.脂酸碳链在内质网中的延长2.脂酸碳链在线粒体中的延长(三)不饱和脂酸的合成(四)脂酸合成的调节1.代谢物的调节作用2.激素的调节作用四、甘油和脂酸合成甘油三酯(一)合成部位(二)合成原料(三)合成基本过程1.甘油一酯途径2.甘油二酯途径五、几种多不饱和脂酸衍生物具有重要生理功能(一)前列腺素、血栓烷、白三烯的化学结构和命名(二)PG、TX、LT的合成1.前列腺素及血栓烷的合成2.白三烯的合成(三)PG、TX、LT的生理功能1.PG的主要生理功能2.TX的主要生理功能3.LT的主要生理功能第四节磷脂代谢一、含磷酸的脂类被称为磷脂(一)由甘油构成的磷脂统称为甘油磷脂(二)由鞘氨醇或二氢鞘氨醇构成的磷脂称为鞘磷脂二、磷脂在体内具有重要的生理功能(一)磷脂是构成生物膜的重要成分1.卵磷脂存在于细胞膜中2.心磷脂是线粒体膜的主要脂质(二)磷脂酰肌醇是第二信使的前体(三)缩醛磷脂存在于脑和心组织中(四)神经鞘磷脂和卵磷脂在神经髓鞘中含量较高三、甘油磷脂的合成与降解(一)甘油磷脂的合成1.合成部位2.合成的原料及辅因子3.合成的基本过程(1)甘油二酯合成途径(2)CDP-甘油二酯合成途径(二)甘油磷脂的降解四、鞘磷脂的代谢(一)鞘氨醇的合成1.合成部位2.合成原料3.合成过程(二)神经鞘磷脂的合成(三)神经鞘磷脂的降解第五节胆固醇代谢一、胆固醇的合成原料为乙酰CoA和NADPH(一)合成部位(二)合成原料(三)合成基本过程1.甲羟戊酸的合成2.鲨烯的合成3.胆固醇的合成(四)胆固醇合成受多种因素调节1.限速酶2.饥饿与饱食3.胆固醇4.激素二、转变为胆汁酸及类固醇激素是体内胆固醇的主要去路(一)胆固醇可转变为胆汁酸(二)胆固醇可转变为类固醇激素(三)胆固醇可转化为维生素D3前体第六节血浆脂蛋白代谢一、血脂是血浆所含脂类的统称二、不同血浆脂蛋白其组成、结构均不同(一)血浆脂蛋白的分类1.电泳法2.超速离心法(二)血浆脂蛋白的组成(三)载脂蛋白(四)脂蛋白结构三、血浆脂蛋白是血脂的运输形式,但代谢和功能各异(一)乳糜微粒(二)极低密度脂蛋白(三)低密度脂蛋白(四)高密度脂蛋白四、血浆脂蛋白代谢异常导致血脂异常或高脂血症(一)高脂血症(二)动脉粥样硬化1.LDL和VLDL具有致AS作用2.HDL具有抗AS作用(三)遗传缺陷结构&流程示意图1.常见的脂酸2.甘油一酯途径3.脂肪动员4.长链脂酰CoA进入线粒体5.脂酸的β-氧化6.酮体在干细胞中的生成7.酮体的氧化8.柠檬酸-丙酮酸循环9.软脂酸的生物合成10.表格-体内几种重要的甘油磷脂11.磷脂酶对磷脂的水解12.胆固醇的生物合成13.血浆脂蛋白琼脂糖凝胶电泳示意图14.超速离心分离血浆脂蛋白示意图15.血浆脂蛋白结构示意图16.脂蛋白代谢示意图第六章生物氧化第一节生成ATP的氧化磷酸化体系一、氧化呼吸链是一系列有电子传递功能的氧化还原组分(一)氧化呼吸链由4种具有传递电子能力的复合体组成1.复合体Ⅰ作用是将NADPH+H+中的电子传递给泛醌2.复合体Ⅱ作用是将电子从琥珀酸传递到泛醌3.复合体Ⅲ作用是将电子从还原型泛醌传递给细胞色素C4.复合体Ⅳ将电子从细胞色素C传递给氧(二)氧化呼吸链组分按氧化还原电位由低到高的顺序排列二、氧化磷酸化将氧化呼吸链释能与ADP磷酸化生成ATP偶联(一)氧化磷酸化偶联部位在复合体Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ内1.P/O比值2.自由能变化(二)氧化磷酸化偶联机制是产生跨线粒体内膜的质子梯度(三)质子顺梯度回流释放能量被ATP合酶利用催化ATP合成三、氧化磷酸化作用可受某些内外源因素影响(一)有3类氧化磷酸化抑制剂1.呼吸链抑制剂阻断氧化磷酸化的电子传递过程2.解偶联剂破坏电子传递建立的跨膜质子电化学梯度3.ATP合酶抑制剂同时抑制电子传递和ATP的生成(二)ADP是调节正常人体氧化磷酸化速率的主要因素(三)甲状腺激素刺激机体耗氧量和产热同时增加(四)线粒体DNA突变可影响机体氧化磷酸化功能四、ATP在能量的生成、利用、转移和储存中起核心作用五、线粒体内膜对各种物质进行选择性转运(一)胞质中NADH通过穿梭机制进入线粒体氧化呼吸链1.α-磷酸甘油穿梭主要存在于脑和骨骼肌中2.苹果酸-天冬氨酸穿梭主要存在于肝和心肌中(二)ATP-ADP转位酶促进ADP进入和ATP移出紧密偶联第二节其他不生成ATP的氧化体系一、抗氧化酶体系有清除反应活性氧类的功能二、微粒体细胞色素P450单加氧酶催化底物分子羟基化结构&流程示意图1.表格-人线粒体呼吸链复合体2.电子传递链各复合体位置示意图3.化学渗透假说示意图4.ATP合酶结构和质子的跨内膜流动机制模式图5.ATP合酶的工作机制6.不同底物和抑制剂对线粒体氧耗的影响。

嘧啶核苷酸的合成与分解代谢PPT课件

嘧啶核苷酸的合成与分解代谢PPT课件

2019/11/27
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THX!
2019/11/26
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6-MP→次黄嘌呤-鸟苷酸酶 →硫代肌苷酸→阻止肌苷酸转 变为腺苷酸和鸟苷酸。这种药 物对S期细胞及其他期细胞有 效。临床主要用于儿童急性淋 巴母细胞性白血病的维持治疗, 亦用于治疗急性或慢性非淋巴 细胞性白血。
2019/11/27
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1.举出几种嘌呤与嘧啶抗代谢物的名称,举例说明抗代谢物具有抗肿瘤作用的机制
5-氟尿嘧啶结构与胸腺嘧啶 相似,本身并无生物学活性,
必须在体内转变成一磷酸脱氧 氟尿嘧啶核苷(FdUMP)及三 磷酸氟尿嘧啶核苷(FUTP) 后才能发挥作用。FdUMP是胸 苷酸合酶的抑制剂:FUTP可 以掺入RNA分子以破坏RNA的 结构与功能。
其抗肿瘤谱广,对多种肿瘤 尤其是对消化道癌症和乳腺癌 疗效较好。临床用于治疗食道 癌、胃癌、结肠癌、直肠癌、 胰腺癌及肝癌,也可用于治疗 卵巢癌、子宫癌、鼻咽癌、膀 胱癌及前列腺癌等。
2019/11/27
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28Βιβλιοθήκη 2.举例说明核苷酸的基本生物学功能
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作为核酸合成的原 料,这是核苷酸最 主要的功能。
体内能量的利用形式。ATP是细胞的主要 能量形式。此外GTP等也可以提供能量。
参与代谢和生理调节。某些核
苷酸或其衍生物是重要的调节 分子。例如cAMP是多种细胞膜 受体激素作用的第二信 使;cGMP也与代谢调节有关。
核苷酸的代谢、合成,减缓甚至阻滞癌细胞的增殖的作用而成为
治疗癌症的重要药物。但多数药物在对抗癌细胞的同时无法区分
正常组织细胞,故仍然对人体有害。
2019/11/27
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上海交通大学第6章生化 (刘建华)

上海交通大学第6章生化  (刘建华)

考察有进化关系的蛋白质分子中已经 存在的氨基酸替代,基于序列适当比对的数据 ,人们提出了替代矩阵。 1. 发生频率高的替代,得分高;发生频率非 常少的替代,失分就多 2. 一个氨基酸残基缺口扣12分,在此基础上 缺口每增加一个残基加扣2分。 采用这种打分方式,图6.6比对获得115 分。大多数替代是保守替代(得分是正值),极 少数替代是稀有替代(得分是负值)(图6.10 )。
图6.14 三维结构保守性。人血红蛋白a-链,肌红蛋白,和豆 血红蛋白三维结构保守。每个血红素辅基有一个铁原子。氧 分子就是结合于该铁原子上
蛋白质三维结构更保守。
当你知道血红蛋白、肌红蛋白和豆血红蛋 白的功能相似,你就会预测它们有相似的结构 。但是有些已经鉴定的功能并不相关的蛋白质 却有明显类似的三维结构。例如,肌动蛋白是 细胞骨架的一个主要组分,热休克蛋白70( Hsp-70)协助胞内蛋白折叠。这两种蛋白质序 列一致性只有15.6%(图6.15)。但是三维结构 比对显示它们是侧向同源物。尽管它们在体内 功能不同,但结构类似显示它们来自同一祖先 。随着空间结构明了的蛋白越来越多,发现这 种意料之外的亲缘关系的概率越来越大。确定 蛋白三维结构后,计算机搜寻三维结构类似蛋 白有助于鉴定这种亲缘关系。
Berg • Tymoczko • Stryer
Biochemistry
Sixth Edition
Chapter 6: Exploring Evolution and Bioinformatics
Copyright © 2007 by W. H. Freeman and Company
蛋白质序列清楚地反映出生物的进化关系。Jane Goodall和一只 黑猩猩互动提示人类与黑猩猩亲缘关系近。血红蛋白的氨基酸 序列也证明人类与黑猩猩的亲缘关系。在血红蛋白153个氨基酸 残基中,人血红蛋白(红色)与黑猩猩血红蛋白(蓝色)只有 一个氨基酸的最 有力工具之一。最新鉴定的新序列与数据库比 较,确定与该序列相关的分子。利用这些信息 ,能够研究具有这种新近测序分子功能和机制 。如果三维结构也清楚,我们能比较三维结构 、证实序列比较的结论,还能揭示那些序列比 较没有发现的成员。

上海交大 中文翻译 生物化学课本:第25章 核苷酸生物合成

上海交大 中文翻译 生物化学课本:第25章 核苷酸生物合成

第25章核苷酸生物合成细胞生长和复制需要核苷酸。

合成核苷酸的关键酶之一是二氢叶酸还原酶(右边)。

Methotrexate是二氢叶酸还原酶的抑制剂。

有methotrexate存在时,细胞的二氢叶酸还原酶基因的拷贝数增加。

在methotrxate存在时,染色体的荧光显微镜图谱显示有三个染色体区域出现亮黄色(左边)。

这些亮黄色区域含有数百拷贝的二氢叶酸还原酶基因。

很多生物过程需要有充足的核苷酸。

首先核酸生物合成的活化前体是核苷酸。

例如基因组复制和遗传信息转录成RNA需要核苷酸。

其次,腺嘌呤核苷酸,如ATP,是生物体的通用能量。

而鸟嘌呤核苷酸GTP是一些特定生物过程的能量。

第三,一些核苷酸衍生物如UDP-葡萄糖参与一些生物合成(如糖原的生物合成)。

第四,核苷酸是信号传导途径的必需组分。

环化核苷酸如cAMP和cGMP是第二信使,参与细胞内合细胞间的信号传导。

ATP是蛋白激酶转移的供体磷酸。

本章,我们接着24章的内容介绍。

在24章,我们介绍了无机物如氮气的N原子整合到氨基酸的生物过程。

甘氨酸和天冬氨酸能够组装成核苷碱基环骨架。

而且,天冬氨酸和谷氨酰胺为核苷酸提供-NH2。

核苷酸生物合成途径是治疗试剂干预的极为重要的位点。

很多广泛使用的癌症治疗药物封锁核苷酸生物合成途径,尤其是DNA前体的生物合成。

1图25.1 挽救途径和从头合成途径。

在挽救途径,碱基与5-磷酸核糖-1-焦磷酸(核糖的活化形式,PRPP)的核糖重新连接。

在从头合成途径,碱基是利用简单的起始物质合成的。

这些简单的起始物质包括氨基酸。

从头合成需要ATP的水解。

核苷酸可以从头合成,也可以用挽救途径合成核苷酸生物合成途径分为两类:从头合成和挽救途径合成(图25.1)。

在从头合成途径,利用更为简单的化合物组装核苷的碱基。

先组装嘧啶碱基的骨架,然后与核糖结合。

与此不同,嘌呤碱基的骨架式直接在核糖上组装的。

这些合成途径的基本反应数量不多,反复使用,产生不同的核苷酸。

第25章核苷酸生物合成(刘建华)

第25章核苷酸生物合成(刘建华)

第一步,碳酸被ATP磷酸化,生成羧基磷酸,同 时释放Aቤተ መጻሕፍቲ ባይዱP。羧基磷酸与氨反应,生成氨甲酸和 磷酸。
第二步:胺甲酰磷酸合成酶催化,氨甲酸被另 一ATP磷酸化形成氨甲酰磷酸。
图25.3 氨甲酰磷酸合成酶有三 个活性中心。较小的链(黄色): 谷氨酰胺水解(产生氨)。较大的 链有两个ATP-grasp结构域(蓝色 与红色)。蓝色: 将碳酸磷酸化成 羧酸磷酸,然后与氨反应生成氨 基甲酸。红色: 氨基甲酸被磷酸 化成胺甲酰磷酸。
图25.9 核苷酸还原酶还原核糖核苷酸,其活性位点有三个关键的 半胱氨酸和一个谷氨酸。每个R2亚基有一个酪氨酸自由基能够接 受活性位点半胱氨酸残基的电子,启动还原反应。
图25.10 核苷酸还原酶R2亚基。这个亚基的一个酪氨酸 残基含有稳定的自由基。这是邻近的含有两个铁原子之 间的氧(没有画出)与这个酪氨酸反应生成的自由基。 两个R2亚基结合在一起形成一个二聚体。
随后乳清酸核苷酸脱羧酶催化,乳清酸核苷酸(orotidylate) 脱羧生成尿苷酸(UMP)。UMP是合成RNA分子的主要前体之一 。 乳清酸核苷酸脱羧酶是已知的催化效率最高的酶之一。缺乏 这个酶,乳清酸核苷酸脱羧反应非常缓慢,每7800万年才发生 一次。有这个酶,乳清酸核苷酸每秒就能发生一次脱羧,反应速 率增加了1017倍。
还需要三个步骤才能完成嘌呤环的构建。与咪唑环连接的 天冬氨酸消除一分子延胡索酸,N10-甲酰四氢叶酸提供甲 酰基加成到末尾的氨基上,接着环化脱水,形成肌苷酸。
图25.7 肌苷酸的形成。消除延胡索酸、来源于N10-甲酰四氢叶酸的 甲酰基的加入、环化反应,合成肌苷酸(即次黄嘌呤核苷酸)。
从头合成嘌呤的中间体,很多在水溶 液中可被迅速降解。这些中间体在水溶液 中的不稳定性提示,这个合成途径的一个 酶促催化反应的产物经通道直接运给此途 径的下一个酶。但是这些酶(至少在没有底 物结合时)并没有结合在一起形成复合物。 目前正在研究的一种假设是,只有在相应 的中间物存在时,这些酶蛋白才形成这种 复合物。这种蛋白行为显示底物通道运输 复杂,是底物诱导酶蛋白构象变化所致。

核苷酸的合成分解PPT课件

核苷酸的合成分解PPT课件

C. N5,N10-CH-FH4提供
C. N5, -CHO. FH4提供
E. N5,N10-CH2-FH4提供
6. 人体内嘌呤碱分解终产物为
A. 次黄嘌呤
B. 黄嘌呤
C. 尿酸
D. 腺嘌呤
E. 鸟嘌呤
7. 6MP可从下列环节抑制嘌呤核苷酸的合成
A. IMP → AMP
B. IMP → XMP
C. XMP → GMP
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5-FU和氨基喋呤的抑制作用
5-FU dUMP
5-FdUMP
(-)
dTMP合酶
dTMP
N5, N10-CH2-FH4
FH2
FH2还原酶
-( )
氨基喋呤
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核苷类似物
阿糖胞苷(Ara-C)
Ara-C
-( )
CDP
dCDP
dCTP
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《核苷酸代谢》课堂练习
2、CTP的合成
ATP
UMP
ATP
UDP
UTP
CTP
谷氨酸
谷氨酰胺
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3、dTMP的合成
dUDP
还原
UDP
UMP
dUMP
N5,N10-甲烯基 FH4
FH2
dTMP
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三、核苷酸的补救合成
A / G / I + PRPP
嘌呤磷酸 核糖AM转P /移GM酶P / IMP
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第一节 核苷酸的合成代谢
第3页/共31页
两条合成途径
1.从头合成途径(肝、胸腺):
R-5-P
aa “-C” CO2

第9章 催化策略(刘建华)解析

第9章 催化策略(刘建华)解析

其他种类的肽水解酶:天冬氨酸蛋白酶
天冬氨酸蛋白酶活性位点中心有一对天冬氨酸,联合作用活化水 分子,后者攻击肽键。一个天冬氨酸去质子,攻击水分子(使之 脱去质子)。另一个天冬氨酸有质子,极化肽键使肽键对亲核攻 击敏感。这类蛋白酶包括肾素 ,HIV蛋白酶。
其他种类的肽水解酶: 金属蛋白酶
活性位点有金属离子(几乎都是锌离子)。金属离子活化水分子 ,后者亲核攻击肽键的羰基。嗜热细菌蛋白酶(thermolysin)和 消化酶羧肽酶A是锌离子蛋白酶。嗜热菌蛋白酶是锌蛋白酶家族 成员。这个家族很大,包括基质金属蛋白酶(负责组织重构和组 织降解)。但是羧肽酶A不属于这一家族。
每类酶的催化机制能解决各种化学反应所面临 的问题。
•蛋白酶:将缺乏催化剂和pH 7.0几乎不发生的反应 (蛋 白质水解)进行下去。
•碳酸脱水酶:将化学反应加速到能够与其他快速生理 过程融合的水平。
•限制性内切酶:实现酶切反应的高度特异性。
•NMP激酶:把磷酸基团从ATP转移给另一个核苷酸( 而不会转移到水分子)。
第7步: His 57作为酸催化剂,提供质子导致四面体 碳原子崩溃,断裂形成羧基。
第8步:释放羧酸产物和游离酶。
图9.8 胰凝乳蛋白酶水解肽键的催化反应 可以解释共价催化和酸碱催化机制。反应过 程包括8步:(1)底物结合;(2)丝氨酸亲核攻击肽键的羰基碳原子;(3)四面体 崩溃;(4)氨基组分释放;(5)水分子结合;(6)水分子亲核攻击酰化酶中间体; (7)四面体崩溃;(8)羧酸成分释放。虚线表示氢键。
图9.10 胰凝乳蛋白酶特 异性口袋。胰凝乳蛋白 酶底物结合口袋用相对 疏水的残基构建、很深 ,有助于结合长的疏水 性残基如苯丙氨酸(绿 色)侧链。活性位点195 位Ser定位在断裂肽键。 构成结合位点的关键残 基已经标出。

核苷酸的从头合成途径名词解释

核苷酸的从头合成途径名词解释

核苷酸的从头合成途径名词解释
核苷酸的从头合成途径是指利用氨基酸、磷酸戊糖等简单的化合物合成核苷酸的途径。

从头合成(denovo synthesis):生物体内用简单的前体物质合成生物分子的途径。

体内核苷酸的合成有两条途径:①利用磷酸核糖、氨基酸、一碳单位及等简单物质为原料合成核苷酸的过程,称为从头合成途径(denovo synthesis),是体内的主要合成途径。

②利用体内游离碱基或核苷,经简单反应过程生成核苷酸的过程,称重新利用(或补救合成)途径(salvage pathway)。

在部分组织如脑、骨髓中只能通过此途径合成核苷酸。

嘌呤核苷酸的主要补救合成途径是嘌呤碱与在磷酸核糖转移酶作用下形成嘌呤核苷酸。

《核酸化学》扩充部分习题

《核酸化学》扩充部分习题

《核酸化学》扩充部分习题1.UpGpCpAp经0.3mol/l KOH, RNaseT1,牛胰RNaseA处理所得结果:0.3mol/l KOH:,RNaseT1:,牛胰RNaseA:。

2.尿素分子中的两个氮原子,一个氮原子来自氨分子,另一氮原子来自。

3.真核生物染色体DNA的主要特点是有和。

4.突变是DNA上面的发生改变而引起的,突变的单位是,这种突变叫。

5.在RNA分子的螺旋区中,除了A与U、G与C标准配对外,还通常出现与的配对。

6.核苷酸生物合成时,从IMP转变为AMP经过,转变为GMP经过。

7.染色质中的DNA主要是以与结合成复合体的形式存在,并形成串珠的结构。

8.氨酰tRNA合成酶在ATP和Mg2+存在下选择正确的氨基酸加到tRNA的3´末端,使之氨酰化的过程,取决于。

9.核酸的增色作用是由二条链之间的和同一条链的产生。

10.编码丝氨酸的密码子有UCU、UCC、UCA、UCG、AGU、AGC,生物体至少要种丝氨酸tRNA同工受体,才能识别全部六种密码子。

精氨酸亦有六个密码子:CGU、CGC、CGA、CGG、AGA和AGG,识别全部六种密码子至少要种精氨酸tRNA同工受体。

11.根据中心法则,可从DNA序列推导蛋白质的氨基酸序列,但两者之间的对应关系存在一些不确定因素,如基因不连续性、、和等。

12.一个tRNA的反密码子为IGC,它可识别的密码子是、和。

13.许多核酸酶活性能被螯合剂(如EDTA)所抑制是因为。

14.真核细胞中编码Pr的基因多为,编码的序列还被保留在成熟mRNA中的是,编码的序列在前体分子转录后加工中被切除的是,在基因中被分隔,而在成熟的mRNA中外显子转录的序列被拼接起来。

15.嘧啶和嘌呤核苷酸从头合成均需要的原料有、、和谷氨酰胺。

16.催化IMP转变为AMP的酶有和。

17.催化IMP转变为GMP的酶有和。

18.嘧啶核苷酸从头合成需要的原料有、、和CO2。

19.CTP是由转变而来,dTMP是由转变而来。

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谷氨酰胺磷酸核糖转氨基酶有两个结构域: (1)结构域1:与挽救途径的磷酸核糖转移酶 同源,负责磷酸核糖转移。 (2)结构域2:将谷氨酰胺水解产生氨,但是 与氨甲酰磷酸合成酶执行相同功能的结构域在 结构上明显不同。在谷氨酰胺磷酸核糖转氨基 酶中,N-端半胱氨酸有助于谷氨酰胺的水解。 为了阻止底物无意义的浪费性水解,氨基转移 酶采用的构型是只有在PRPP和谷氨酰胺同时 与蛋白结合时才有活性。与胺甲酰磷酸合成酶 类似, 谷氨酰胺水解产生的氨经过通道到达 PRPP进行反应,而不会释放到溶液中。
图25.11 核苷酸还原酶作用机制。(1) R1的半胱氨酸残基 的电子转移给R2的酪氨酸自由基,产生高活性的半胱氨 酸S自由基。(2) 该自由基接受核糖C-3’的H原子。(3) C2’释放OH-,同时结合第二个半胱氨酸SH的质子结合形 成水。(4)第三个半胱氨酸残基SH的氢负离子转移,同 时形成二硫键。(5) C-3’自由基接受早先丢失的氢原子。 (6) R2电子转移,并还原S自由基,后者接受一个质子。 脱氧核苷酸离开R1。活性位点所形成的二硫键必须被还 原成SH才能启动下一轮反应。
核苷二磷酸激酶能够将核苷二磷酸和核苷三磷酸进行 相互转化。与核苷单磷酸激酶不同,核苷二磷酸激酶 的底物特异性宽泛。X和Y表示核糖核苷酸或脱氧核糖 核苷酸:
胞嘧啶核苷酸的合成
胞嘧啶核苷酸是用尿苷酸合成的。但是这种转化只 能在UTP的情况下才能执行。UTP碱基环上一个羰基被一 个氨基替代,生成CTP。如同氨甲酰磷酸的合成模式,其 氨来源于谷氨酰胺,而且需要ATP。碱基环O-4原子先被 磷酸化,形成活性中间体,然后用氨基替代磷酸基团。氨 来自谷氨酰胺的水解。
嘌呤核苷酸的合成
图25.5 从头合成嘌呤核苷酸。图 中指出嘌呤碱基各原子的来源。
嘌呤环是在核糖磷酸上组装的 从头进行的嘌呤合成需要PRPP。在嘌呤碱基的生物合成过 程中,PRPP作为嘌呤碱基从头合成的平台。最初决定命运的反 应是谷氨酰胺磷酸核糖转氨基酶催化,氨替代PRPP的焦磷酸(而 不是用预先组装的碱基替代PRPP的焦磷酸),产生5-磷酸核糖-1胺,其氨基处于核糖的b-构型。
第一步,碳酸被ATP磷酸化,生成羧基磷酸,同 时释放ADP。羧基磷酸与氨反应,生成氨甲酸和 磷酸。
第二步:胺甲酰磷酸合成酶催化,氨甲酸被另 一ATP磷酸化形成氨甲酰磷酸。
图25.3 氨甲酰磷酸合成酶有三 个活性中心。较小的链(黄色): 谷氨酰胺水解(产生氨)。较大的 链有两个ATP-grasp结构域(蓝色 与红色)。蓝色: 将碳酸磷酸化成 羧酸磷酸,然后与氨反应生成氨 基甲酸。红色: 氨基甲酸被磷酸 化成胺甲酰磷酸。
谷氨酰胺侧链的水解产生氨
谷氨酰胺水解是氨甲酰磷酸合成酶的 主要氨源。酶蛋白的第二个多肽组分负责 谷氨酰胺水解生成氨和谷氨酸的催化。谷 氨酰胺水解酶的酶的活性位点含有一个半 胱氨酸和一个组氨酸残基构成的催化双体 (dyad)。这种催化双体与半胱氨酸蛋白酶 (p251)活性位点相似,在酰胺转移酶家族 (包括CTP合成酶和GMP合成酶)保守。
Berg • Tymoczko • Stryer
Biochemistry
Sixth Edition
Chapter 25 Nucleotide Biosynthesis
Copyright © 2007 by W. H. Freeman and Company
合成核苷酸的关键酶之一是二氢叶酸还原酶(右边)。 Methotrexate是二氢叶酸还原酶的抑制剂。有methotrexate存在 时,细胞的二氢叶酸还原酶基因的拷贝数增加,染色体的荧光显 微镜图谱显示有三个染色体区域出现亮黄色(左边)。这些亮黄 色区域含合成酶有三个不同 的活性位点。活性位点之间的 间距总共有80A(图25.4)。一个 位点产生的中间体没有离开酶 蛋白就进入下一个活性位点。 这些中间体在活性位点之间的 转运途径是通道,这点与色氨 酸合成酶的中间体运输机制相 似。谷氨酰胺水解酶活性位点 产生的氨经过一个通道跨过 45A到达羧基磷酸位点。此位 点形成羧基磷酸,并与进入的 氨反应形成氨基甲酸。氨基甲 酸再经过通道扩散35A,到达 胺甲酰磷酸形成位点。
核苷酸可以从头合成,也可以用挽救途径合成 1. 从头合成途径,利用更为简单的化合物组装 核苷的碱基。先组装嘧啶碱基的骨架,然后 与核糖结合。与此不同,嘌呤碱基的骨架式 直接在核糖上组装的。 2. 挽救途径,碱基被回收并与核糖重新连接。 脱氧核苷酸:所有脱氧核苷酸都是用相应的核 糖核苷酸合成的,这点与进化过程中RNA出现 于DNA之前的情况一致。在合成途径的最后一 步加入甲基以区分DNA的胸腺嘧啶和RNA的尿 嘧啶。
还需要三个步骤才能完成嘌呤环的构建。与咪唑环连接的 天冬氨酸消除一分子延胡索酸,N10-甲酰四氢叶酸提供甲 酰基加成到末尾的氨基上,接着环化脱水,形成肌苷酸。
图25.7 肌苷酸的形成。消除延胡索酸、来源于N10-甲酰四氢叶酸的 甲酰基的加入、环化反应,合成肌苷酸(即次黄嘌呤核苷酸)。
从头合成嘌呤的中间体,很多在水溶 液中可被迅速降解。这些中间体在水溶液 中的不稳定性提示,这个合成途径的一个 酶促催化反应的产物经通道直接运给此途 径的下一个酶。但是这些酶(至少在没有底 物结合时)并没有结合在一起形成复合物。 目前正在研究的一种假设是,只有在相应 的中间物存在时,这些酶蛋白才形成这种 复合物。这种蛋白行为显示底物通道运输 复杂,是底物诱导酶蛋白构象变化所致。
R1活性中心的二硫键为特定的含有两个 SH的蛋白还原。这种蛋白如硫氧还蛋白。 经过还原再生有活性的核苷酸还原酶。
为了完成整个还原反应,此过程产生的氧 化型硫氧还蛋白必须被NADH还原,此反 应为硫氧还蛋白还原酶催化。所以,核苷 酸还原的最终还原剂是NADPH。
在其他生物中鉴定出没有酪胺酸自由基的核苷酸还 原酶。但是这些酶有其他类型的自由基。例如,有的酶 采用的自由基源自腺苷钴胺。 虽然核苷酸还原酶所采用的稳定自由基有差异,但 这些酶的活性位点与大肠杆菌核苷酸还原酶相似,作用 机制相同(都是基于半胱氨酸自由基特别的反应活性)。 因此这些酶的祖先相同,只是为了更好地适应不同的生 长条件,采用了不同的稳定自由基。如原型酶易于被氧 失活,而近代酶如大肠杆菌的核苷酸还原酶利用氧产生 酶蛋白起始的酪氨酸自由基。 核苷酸还原成脱氧核苷酸在化学上是很难进行的化 学反应,因此需要一种极其巧妙的催化剂催化。有一种 共同的酶催化剂骨架的存在强烈提示,RNA世界之后出 现的蛋白质将RNA与DNA连接起来,后者仅作为遗传信 息的稳定储存形式。
图25.1 挽救途径和从头合成途径。在挽救途径(上),碱基与5磷酸核糖-1-焦磷酸(核糖的活化形式,PRPP)的核糖重新连接。 在从头合成途径(下),碱基是利用简单的起始物质合成的。这 些简单的起始物质包括氨基酸。从头合成需要ATP的水解。
碳酸、天冬氨酸、和谷氨酰胺
图25.2 嘧啶核苷的从 头合城。嘧啶环的C-2 和N-3原子来自氨甲基 磷酸,而碱基环的其他 原子来自天冬氨酸。
因此,腺苷酸合成需要GTP,而鸟苷酸合成 需要ATP。此途径相互用对方的核苷酸活化是一 种重要的调节方式。
脱氧核苷酸合成
核苷二磷酸还原生成相应的脱氧核苷二磷酸。最终 的还原剂是NADPH。核苷酸还原酶负责所有四种核苷 二磷酸的还原。
了解得最彻底的大肠杆菌核苷酸还原酶酶促反应机理:酪氨酸残 基是核糖核苷酸还原酶作用的关键 该酶有两种亚基:即 87kD的二聚体R1和 43kD的二聚体R2。R1 有活性位点和两个别构 控制位点,含有三个保 守的半胱氨酸和一个谷 氨酸残基。这四个氨基 酸残基都参与了核苷酸 的还原。邻近的铁硫中 心是一个O2-离子桥联 两个铁离子(Fe3+)构成 的铁中心,能够产生异 常的自由基。
合成AMP:天冬氨酸加成后,接着消除延胡索酸。
讲至此处
合成GMP:肌苷酸先被NAD+氧化成黄嘌呤核苷酸(XMP),接着将 ATP的AMP转移给黄嘌呤核苷酸新形成羰基的氧原子(活化),最后 谷氨酰胺水解产生的氨替代AMP基团,形成鸟苷酸。
合成ATP时,肌苷酸和天冬氨酸缩合形成腺苷琥 珀酸中间体需要GTP(而不是ATP)提供磷酸。这 个酶蛋白没有ATP-grasp结构域,而是与G蛋白结 构相似,属于G蛋白家族的成员。催化腺苷酸琥 珀酸消除延胡索酸反应的酶与催化5-氨基咪唑-4N-琥珀酰羧胺消除延胡索酸的酶是相同的。 合成GMP时,黄嘌呤核苷酸活化是ATP提供AMP 给黄嘌呤核苷酸新形成羰基的氧原子,谷氨酰胺 水解产生的氨替代AMP基团,形成鸟苷酸。
通道的作用: (1) 一个位点产生的中间体不扩散损失,直接为下一个活性位点捕获;(2) 不 稳定的中间体,如羧基磷酸和胺甲酸(在pH7时1秒内就发生分解)受到保护,不会被水解。
氨甲酰磷酸与天冬氨酸反应生成氨甲酰天冬氨酸。然后氨甲酰 磷酸环化,生成二氢乳清酸,后者为NAD+氧化生成乳清酸。
嘧啶磷酸核糖转移酶催 化,乳清酸与PRPP缩合生 成嘧啶核苷酸。此反应受焦 磷酸水解驱动。能够与乳清 酸缩合的核糖是5-磷酸核糖1-焦磷酸,即核糖的活化形 式。戊糖磷酸途径产生R-5P。R-5-P加入ATP的焦磷酸 ,产生PRPP。嘧啶磷酸核 糖转移酶与其它的磷酸核糖 转移酶同源,能够将不同基 团加入PRPP,形成各种核 苷酸。
随后乳清酸核苷酸脱羧酶催化,乳清酸核苷酸(orotidylate) 脱羧生成尿苷酸(UMP)。UMP是合成RNA分子的主要前体之一 。 乳清酸核苷酸脱羧酶是已知的催化效率最高的酶之一。缺乏 这个酶,乳清酸核苷酸脱羧反应非常缓慢,每7800万年才发生 一次。有这个酶,乳清酸核苷酸每秒就能发生一次脱羧,反应速 率增加了1017倍。
连续的磷酸化活化接着替代,组装嘌呤环 组装嘌呤环还需要9步。最先的六步反应相 似,催化剂大多数有ATP-grasp domain(与氨甲 酰磷酸合成酶的ATP-grasp结构域相似)。每步 有与C结合的O原子(通常是羰基氧原子)磷酸化( 即活化),接着是氨基或氨亲核攻击替代磷酸基 团。
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