如何找到选择性剪接位点位置
mrna选择性剪接的分子机制
mrna选择性剪接的分子机制mrna选择性剪接的分子机制：细胞核内前体mRNA的剪接的执行者是剪接小体，它能够在成熟mRNA出核和翻译之前识别剪接信号，移除不编码内含子，并将能够编码蛋白的外显子拼接在一起。
细胞核内前体mRNA的剪接需要经历2次转酯化反应化步骤去掉内含子才能将相邻的外显子拼接成成熟的mRNA。
在前体mRNA上有三个反应区域分别在5'剪接位点(5'SS)，3'剪接位点(3'SS)以及分枝位点（图1）。
除了这三个反应区域外，在多细胞生物体的内含子上还拥有保守性的多聚嘧啶束，它位于3'剪接位点以及分枝位点之间。
图1选择性剪接发生过程示意图选择性剪接由内含子5'剪接位G和U2个核昔酸点以及3'剪接位点A和G2个核昔酸介导。
分支点A 核昔酸非常保守的，一般位于3'剪接位点上游20-50个核营酸。
剪接反应的过程发生2次转酶化反应，这个过程中需要5个snRNPs复合物(Ul，U2,U4,U5,andU6)。
这些复合物能够聚集在前体mRNA 上形成大分子的聚合物剪接小体，核内最大的RNP复合物，能够识别这些反应位点并催化前体mRNA发生剪接。
剪接小体中主要的模块是snRNPs复合物。
剪接小体一般包含5种snRNPs：U1、U2、U4，U5和U6 snRNP。
每一个snRNP包含了单个snRNA和至少7种蛋白亚基。
这些snRNP和另外的非snRNP相关蛋白（例如SF1、U2AF和Prp19复合物）一步步有序的聚集在前体mRNA上依次形成前剪接小体E，A，B以及C复合物（图1）。
在这有序的过程中，这些snRNP以及非snRNP相关蛋白和反应位点之间发生复杂的结合与去结合过程，这些复杂的过程为核小体提供了多次检查的机会以保证它们结合的准确性从而提高位点选择的精确性。
在核小体组装之前，U1 snRNP占据5'剪接位点，而SF1结合在分枝位点，这2个过程是ATP依赖的并最终形成前剪接小体E复合物（图1）。
《基于序列信息预测选择性剪接位点和盒式外显子》范文
《基于序列信息预测选择性剪接位点和盒式外显子》篇一一、引言随着人类基因组研究的深入，越来越多的研究关注到了选择性剪接现象，这是一种重要的转录后基因表达调控机制。
选择性剪接通过不同的剪接方式，使得同一个基因可以产生多种不同的剪接产物，进而影响蛋白质的多样性和功能。
盒式外显子作为选择性剪接的一种常见形式，其剪接位点的预测对于理解基因表达调控具有重要意义。
本文旨在基于序列信息，对选择性剪接位点和盒式外显子进行高质量预测，为后续的基因功能研究和疾病诊断提供有力支持。
二、材料与方法1. 数据收集本研究收集了大量基因序列数据，包括已知的选择性剪接位点和盒式外显子信息。
通过分析这些数据，提取出与选择性剪接相关的关键序列特征。
2. 算法设计针对选择性剪接位点和盒式外显子的预测，本文设计了一种基于深度学习的算法模型。
该模型能够自动提取序列中的关键特征，并预测出可能的剪接位点和盒式外显子。
3. 模型训练与优化使用收集到的数据对模型进行训练和优化，通过调整模型参数和结构，提高预测的准确性和稳定性。
同时，采用交叉验证等方法对模型进行评估和验证。
三、结果与分析1. 预测结果通过模型预测，我们得到了大量的选择性剪接位点和盒式外显子信息。
与已知的数据库进行比对，发现我们的预测结果具有较高的准确性和可靠性。
2. 特征分析通过对预测结果进行特征分析，我们发现某些序列特征与选择性剪接位点和盒式外显子的存在具有显著相关性。
这些特征包括特定类型的碱基序列、剪接位点的保守性等。
这些发现为后续的基因功能研究和疾病诊断提供了重要线索。
3. 模型评估通过交叉验证等方法对模型进行评估，我们发现我们的模型在预测选择性剪接位点和盒式外显子方面具有较高的准确性和稳定性。
同时，我们还对模型的鲁棒性进行了测试，发现模型在不同类型的数据上均能保持良好的预测性能。
四、讨论与展望本研究基于序列信息对选择性剪接位点和盒式外显子进行了高质量预测，为后续的基因功能研究和疾病诊断提供了有力支持。
选择性剪接在肿瘤化疗耐药中的研究进展
㊀基金项目:双一流团队 药物安全预警关键技术研究创新团队 项目资助(Ｎｏ.ＣＰＵ２０１８ＧＹ３３)ꎻ江苏省研究生科研与实践创新计划(Ｎｏ.ＫＹＣＸ２０＿０６６６)作者简介:苗春萌ꎬ女ꎬ硕士生ꎬ研究方向:药理学ꎬＥ－ｍａｉｌ:１７１２８０１２５８＠ｑｑ.ｃｏｍ通信作者:张陆勇ꎬ男ꎬ博士ꎬ教授ꎬ研究方向:药理学ꎬＴｅｌ:０２０－３９３５２１００ꎬＥ－ｍａｉｌ:ｌｙｚｈａｎｇ＠ｃｐｕ.ｅｄｕ.ｃｎ选择性剪接在肿瘤化疗耐药中的研究进展苗春萌１ꎬ吴启鹏１ꎬ江振洲１ꎬ张陆勇１ꎬ２(１.中国药科大学新药筛选中心ꎬ江苏省药效研究与评价服务中心ꎬ江苏南京２１０００９ꎻ２.广东药科大学新药研发中心ꎬ广东广州５１０００６)摘要:恶性肿瘤是威胁人类健康的重大疾病之一ꎬ治疗过程中肿瘤细胞对化疗药物产生耐药性是化疗失败的重要原因ꎮ肿瘤细胞耐药机制复杂ꎬ许多化疗耐药机制涉及基因和蛋白质的突变和表达改变ꎮ近年来ꎬ发现选择性剪接是导致肿瘤化疗耐药的新机制之一ꎮ为了全面了解选择性剪接对癌症生物学和化疗的影响ꎬ本文总结了选择性剪接调节癌细胞获得耐药性的作用ꎬ通过分析总结这些分子调节剪接事件为应对肿瘤耐药性提供新思路ꎮ关键词:选择性剪接ꎻ剪接体ꎻ化疗耐药中图分类号:Ｒ７３０.５３㊀文献标志码:Ａ㊀文章编号:２０９５－５３７５(２０２３)１２－１０１６－００７ｄｏｉ:１０.１３５０６/ｊ.ｃｎｋｉ.ｊｐｒ.２０２３.１２.０１２ＲｅｓｅａｒｃｈｐｒｏｇｒｅｓｓｏｆａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇｉｎｔｕｍｏｒｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙｒｅｓｉｓｔａｎｃｅＭＩＡＯＣｈｕｎｍｅｎｇ１ꎬＷＵＱｉｐｅｎｇ１ꎬＪＩＡＮＧＺｈｅｎｚｈｏｕ１ꎬＺＨＡＮＧＬｕｙｏｎｇ１ꎬ２(１.ＪｉａｎｇｓｕＣｅｎｔｅｒｆｏｒＰｈａｒｍａｃｏｄｙｎａｍｉｃｓＲｅｓｅａｒｃｈａｎｄＥｖａｌｕａｔｉｏｎꎬＮｅｗＤｒｕｇＳｃｒｅｅｎｉｎｇＣｅｎｔｅｒꎬＣｈｉｎａＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬＮａｎｊｉｎｇ２１０００９ꎬＣｈｉｎａꎻ２.ＣｅｎｔｅｒｆｏｒＤｒｕｇＲｅｓｅａｒｃｈａｎｄＤｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔꎬＧｕａｎｇｄｏｎｇＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬＧｕａｎｇｚｈｏｕ５１０００６ꎬＣｈｉｎａ)Ａｂｓｔｒａｃｔ:Ｍａｌｉｇｎａｎｔｔｕｍｏｒｉｓｏｎｅｏｆｔｈｅｍａｊｏｒｄｉｓｅａｓｅｓｔｈｒｅａｔｅｎｉｎｇｈｕｍａｎｈｅａｌｔｈ.Ｔｈｅｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｏｆｔｕｍｏｒｃｅｌｌｓｔｏｃｈｅｍｉｃａｌｄｒｕｇｓｉｓａｎｉｍｐｏｒｔａｎｔｒｅａｓｏｎｆｏｒｔｈｅｆａｉｌｕｒｅｏｆｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ.Ｔｈｅｍｅｃｈａｎｉｓｍｓｏｆｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｉｎｔｕｍｏｒｃｅｌｌｓａｒｅｃｏｍｐｌｅｘꎬａｎｄｍａｎｙｏｆｔｈｅｍｉｎｖｏｌｖｅｍｕｔａｔｉｏｎｓａｎｄｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｃｈａｎｇｅｓｏｆｇｅｎｅｓａｎｄｐｒｏｔｅｉｎｓ.Ｒｅｃｅｎｔｌｙꎬａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇｉｓｏｍｅｒｓｈａｖｅｂｅｅｎｆｏｕｎｄｔｏｂｅｏｎｅｏｆｔｈｅｎｅｗｍｅｃｈａｎｉｓｍｓｌｅａｄｉｎｇｔｏｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｉｎｔｕｍｏｒｓ.Ｉｎｏｒｄｅｒｔｏｆｕｌｌｙｕｎｄｅｒｓｔａｎｄｔｈｅｉｍｐａｃｔｏｆａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇｏｎｃａｎｃｅｒｂｉｏｌｏｇｙａｎｄｔｒｅａｔｍｅｎｔｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔꎬｗｅｓｕｍｍａｒｉｚｅｄｔｈｅｒｏｌｅｏｆａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇｉｎｒｅｇｕｌａｔｉｎｇｔｈｅａｃｑｕｉｓｉｔｉｏｎｏｆｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｉｎｃａｎｃｅｒｃｅｌｌｓꎬａｎｄａｎａｌｙｚｅｄａｎｄｓｕｍｍａｒｉｚｅｄｔｈｅｓｅｍｏｌｅｃｕｌａｒｒｅｇｕｌａｔｏｒｙｓｐｌｉｃｉｎｇｅｖｅｎｔｓｔｏｐｒｏｖｉｄｅｎｅｗｉｄｅａｓｆｏｒｃｏｐｉｎｇｗｉｔｈｔｕｍｏｒｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ.Ｋｅｙｗｏｒｄｓ:ＡｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇꎻＳｐｌｉｃｅｏｓｏｍｅꎻＣｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ㊀㊀选择性剪接(ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇꎬＡＳ)是扩大转录组和构成蛋白质组多样性的关键过程ꎬ为高等真核生物提供了进化优势ꎮ人类大约９５％的基因通过ＡＳ机制转录一个以上的转录物ꎬ扩大基因组多样性ꎮＡＳ是一个时空过程ꎬ对细胞生命活动㊁细胞分化和器官发育至关重要[１]ꎮ其中ꎬ受调控基因中的顺式作用元件和反式剪接调节子之间的相互作用是保证ＡＳ过程精确执行的关键条件[２]ꎮ研究发现致癌相关基因调节元件的突变[３]和剪接因子表达的改变[４]ꎬ导致ＡＳ过程被扰乱ꎬ该过程与肿瘤发生发展密切相关ꎮ这也表明靶向突变顺式作用元件或受损反式剪接调节子在癌症治疗中具有巨大价值[５]ꎮ恶性肿瘤是危害人类健康的主要疾病之一ꎮ放化疗㊁靶向免疫治疗是治疗肿瘤的常用方法ꎬ其中化疗更是发挥着重要作用ꎬ但肿瘤细胞对化疗药物耐药严重影响治疗效果和患者预后ꎮ尽管近几年癌症化疗取得了重大进展ꎬ但是许多对治疗反应良好的患者对化疗药物产生了耐药性ꎬ导致治疗失败ꎮ药物靶点改变㊁药物外排和ＤＮＡ损伤修复等耐药机制的研究一直是肿瘤研究的热点ꎬ其中许多化疗耐药机制涉及基因和蛋白质的突变和表达改变ꎮ细胞蛋白质组是细胞对药物产生化疗反应的关键因素ꎬ受到基因突变㊁基因转录㊁ｍＲＮＡ加工㊁翻译㊁蛋白质修饰和蛋白质降解等多个环节的影响ꎮＡＳ虽然是一种正常的细胞过程ꎬ但可以被癌细胞用于提高化疗时的存活率[６]ꎮ对ＡＳ的调控是癌症发展的重要机制ꎬ虽然已经确定许多化疗药物可以影响ＡＳꎬ但ＡＳ在耐药性中的作用尚未阐述明确[７]ꎮ本文总结了ＡＳ在肿瘤中发挥的作用ꎬ以及改变ＡＳ事件对不同癌症耐药性的病理影响ꎬ并讨论ＡＳ如何调节癌细胞获得耐药性ꎬ以期为肿瘤化疗耐药性的进一步研究提供参考ꎮ１㊀选择性剪接与剪接体１.１㊀选择性剪接定义及意义㊀选择性剪接指的是ｍＲＮＡ中外显子进行不同组合产生多样化的成熟ｍＲＮＡ的过程[８]ꎬ进而可翻译产生多个功能的蛋白质ꎮＡＳ是蛋白质多样性的重要来源ꎬ在剪接过程中ꎬ前体ｍＲＮＡ(ｐｒｅ－ｍＲＮＡ)前转录本的内含子被移除ꎬ外显子按照在基因中出现的顺序结合ꎬ进而形成不同的成熟ｍＲＮＡ变体ꎬ这些变体在翻译后可以产生功能不同的蛋白质ꎮ与癌症相关的异常剪接包括产生或破坏剪接位点或者剪接增强子或沉默子的突变ꎬ剪接因子的异常表达ꎬ以及影响剪接过程的信号通路受损[９]ꎮ在癌变过程中ꎬ许多剪切性因子过表达导致致癌通路的激活ꎬ比如ＭＹＣ通路[１０]ꎮＡＳ与许多生理活动息息相关ꎬ如细胞分化㊁组织和器官发育㊁血管生成等[１１]ꎮｍＲＮＡ剪接位点内的基因突变㊁剪接体或剪接调节因子表达水平的改变与肿瘤发生发展密切相关[１２]ꎬ肿瘤的侵袭㊁转移和血管生成ꎬ也受到ＡＳ的影响ꎮ在ｍＲＮＡ加工过程中ꎬＡＳ可能会导致肿瘤细胞的细胞周期失调㊁细胞骨架紊乱㊁迁移和黏附ꎬ这些变化除了影响癌症的发生发展过程ꎬ还会导致癌细胞对化疗药物的敏感性下降[１３]ꎮ近年来ꎬＡＳ在肿瘤发生发展中的作用研究取得了很大进展ꎬ尤其是机制方面ꎬ但仍需要更多的研究来阐明剪接过程对癌症表型的影响ꎮ而阐明ＡＳ在异常ｍＲＮＡ加工和修饰产生的癌症特异性ｍＲＮＡ中的作用ꎬ将为癌症治疗提供新的策略ꎮ１.２㊀选择性剪接的过程㊀ＡＳ是实现基因表达和蛋白质组多样性的重要过程ꎬ调节来自同一基因的多种蛋白质异构体的合成ꎬ是维持细胞多样性的重要机制ꎬ该过程受到许多剪接体因子的调控[１４]ꎮ剪接体主要由５个ｓｎＲＮＰｓ(Ｕ１㊁Ｕ２㊁Ｕ４㊁Ｕ５和Ｕ６)组成ꎬ如图１所示[１５]ꎬ依赖许多ＡＴＰ酶和剪接因子促进ｓｎＲＮＰｓ在剪接过程中不同步骤的结构重塑ꎬ调控ｍＲＮＡ剪接反应ꎮｓｎＲＮＰｓ是剪接体的核心单位ꎮＳｍ蛋白也是剪接体的组成成分ꎬ是维持剪接体正常功能的关键蛋白ꎬ７个Ｓｍ蛋白共同形成异七聚环结构ꎬ分别为ＳｍＢ/Ｂᶄ㊁ＳｍＥ㊁ＳｍＦ㊁ＳｍＧ㊁ＳｍＤ１㊁ＳｍＤ２和ＳｍＤ３ꎮ结构高度相似的Ｓｍ蛋白在每个ｓｎＲＮＡ周围形成一个七聚环结构ꎬ可能作为其他ｓｎＲＮＰ蛋白组装的平台ꎮ图１㊀剪接体的结构和组成部分㊀㊀ＡＳ过程由剪接体和剪接因子完成ꎮ首先ꎬ富含丝氨酸和精氨酸的剪接因子１蛋白(ｓｅｒｉｎｅａｎｄａｒｇｉ￣ｎｉｎｅｒｉｃｈｓｐｌｉｃｉｎｇｆａｃｔｏｒ１ꎬＳＲＳＦ１)Ｃ端被细胞质中富含丝氨酸/精氨酸的蛋白特异性激酶 ＳＲＳＦ蛋白激酶(ＳＲＳＦｐｒｏｔｅｉｎｋｉｎａｓｅꎬＳＲＰＫｓ)二次磷酸化[１６]ꎮ然后ꎬ磷酸化的ＳＲＳＦ蛋白被ＣＤＣ２样激酶１(ｃｙ￣ｃｌｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔｋｉｎａｓｅ－ｌｉｋｅ１－ｒｅｌａｔｅｄｋｉｎａｓｅꎬＣＬＫ１)磷酸化ꎮ磷酸化的ＳＲＳＦ蛋白通过一个核糖核酸识别基序结合前核糖核酸[１７]ꎬ招募Ｕ１小核核糖核蛋白(Ｕ１ｓｎＲＮＰ)和Ｕ２ｓｎＲＮＰ与内含子的剪接位点结合ꎮＵ１ｓｎＲＮＰ与５ᶄ剪接位点的保守序列Ｇ－Ｕ结合ꎬＵ２ｓｎＲＮＰ取代分支位点结合蛋白(ＢＢＰ)ꎬ与３ᶄ剪接位点的保守序列Ａ－Ｇ结合ꎮ随后ꎬＵ４㊁Ｕ６和Ｕ５ｓｎＲＮＰ在磷酸化的ｐｒｅ－ｍＲＮＡ加工因子激酶３１(ｐｒｅ－ｍＲＮＡｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇｆａｃｔｏｒ３１ꎬＰＲＰＦ３１)的作用下组装Ｔｒｉ－ｓｎＲＮＰ(ＰＲＰ３１)和ｐｒｅ－ｍＲＮＡ加工因子激酶６(ＰＲＰ６)ꎬ两个蛋白均被ｐｒｅ－ｍＲＮＡ加工因子激酶４ｋ(ＰＲＰ４ｋ)磷酸化[１８]ꎮＰＲＰ３１通过ｐｒｅ－ｍＲＮＡ加工因子激酶２８(ＰＲＰ２８)与剪接体Ａ相互作用ꎮＵ２ｓｎＲＮＰ取代Ｕ４ｓｎＲＮＰ与Ｕ６和Ｕ５ｓｎＲＮＰ结合ꎬＵ６ｓｎＲＮＰ取代Ｕ１ｓｎＲＮＰ与内含子５ᶄ剪接位点的保守序列Ｇ－Ｕ结合ꎬ产生剪接体Ｂ的构象ꎮ最后ꎬｐｒｅ－ｍＲＮＡ经历两次酯交换ꎬ第一次酯交换反应生成复合物Ｃꎬ在复合物Ｃ中发生重排ꎬ促进第二次酯交换ꎬ产生剪接体后复合物ꎬ外显子相互连接形成成熟的ｍＲＮＡꎬ之后内含子被降解ꎬｓｎＲＮＰ被回收[１９]ꎮＡＳ作为一种重要的基因表达调控机制ꎬ极大地提高了转录组的复杂性和蛋白质组的多样性ꎮ但是当ＡＳ发生异常ꎬ会导致蛋白质表达障碍和各种疾病ꎬ包括癌症㊁神经退行性疾病㊁肌肉营养不良以及心血管和免疫疾病等[２０]ꎮ其中ꎬ肿瘤细胞通过异常剪接事件ꎬ表达异常蛋白ꎬ促进癌症进展ꎬ这些异常剪接事件与肿瘤的恶性进展和化疗耐药性相关ꎮ２㊀选择性剪接在肿瘤化疗耐药中的作用恶性肿瘤是一种严重危害人类健康的疾病ꎬ其发病率仍在不断升高[２１]ꎮ医疗技术的快速发展使得癌症患者整体生存率有了较大提高ꎬ然而长期使用化疗药物的肿瘤患者容易逐渐产生耐药性ꎬ进而导致治疗失败ꎮ化疗耐药已成为抗肿瘤治疗中的一个重大问题ꎮ肿瘤耐药机制复杂ꎬ主要包括增加药物外排㊁ＤＮＡ损伤修复增强㊁细胞周期失调㊁肿瘤微环境改变㊁肿瘤干细胞转化(ｃａｎｃｅｒｓｔｅｍｃｅｌｌｓꎬＣＳＣｓ)㊁自噬㊁上皮间质转化(ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ－ｍｅｓｅｎｃｈｙｍａｌｔｒａｎｓｉｔｉｏｎꎬＥＭＴ)和细胞凋亡的抵抗等[２２]ꎮ肿瘤的固有耐药或获得性耐药导致肿瘤复发是肿瘤化疗的主要障碍ꎮ现有的肿瘤耐药机制研究无法完全阐释清楚耐药的产生ꎬ仍需更深入的研究耐药机制ꎮ近年来ꎬ越来越多的证据表明剪接体改变与肿瘤耐药密切相关ꎮ异常的ＡＳ是改变肿瘤细胞基因表达谱的主要因素ꎬ它通过改变药物的靶点和信号转导途径来诱导耐药ꎮ以剪接体为治疗药物的靶点ꎬ结合传统化疗药物联合用药ꎬ可能是克服耐药性肿瘤的有效方法ꎮ常见的与化疗耐药相关的剪接体靶点有ＳＲＳＦ蛋白㊁ＳＲＰＫ蛋白㊁ＨＮＲＮＰ蛋白㊁Ｓｍ蛋白㊁ＳＰＦ４５和ＳＦ３Ｂ１ꎮ２.１㊀ＳＲＳＦ家族㊀ＳＲＳＦ家族成员包含一个或多个ＲＮＡ识别基序(ｒｍｓ)和一个ｃ端精氨酸－丝氨酸重复序列ꎬ称为ＲＳ域ꎮＳＲＳＦ蛋白参与多种转录后调控过程ꎬ例如ＡＳꎮ一些ＳＲＳＦ蛋白可以增强交替剪接转录本ꎬ在不同的癌症中发挥促癌特性[２３]ꎬ参与多种转录后调控过程[２４]ꎮＳＲＳＦ在胰导管腺癌㊁卵巢癌和乳腺癌的化疗耐药中发挥重要作用ꎮ研究发现ꎬ吉西他滨上调剪接因子ＳＲＳＦ１ꎬ诱导ＭＡＰ激酶相互作用丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶２(ＭＡＰｋｉｎａｓｅｓｉｇｎａｌ－ｉｎｔｅｇｒａｔｉｎｇｋｉｎａｓｅ２ꎬＭＮＫ２)基因向ＭＮＫ２ｂ变体转化ꎮＭＮＫ２ｂ剪接变异体磷酸化真核起始因子４Ｅ(ｅｕｋａｒｙｏｔｉｃｉｎｉｔｉａｔｉｏｎｆａｃｔｏｒ４ＥꎬｅＩＦ４Ｅ)ꎬ减少吉西他滨诱导的凋亡ꎬ促进胰导管腺癌细胞存活㊁细胞增殖ꎬ最终对吉西他滨产生耐药性[２５]ꎮ在铂类药物治疗耐药性卵巢癌过程中发现剪接因子富含丝氨酸和精氨酸的剪接因子２(ｓｅｒｉｎｅａｎｄａｒｇｉｎｉｎｅｒｉｃｈｓｐｌｉｃｉｎｇｆａｃｔｏｒ２ꎬＳＲＳＦ２)突变ꎬ提示ＡＳ可能有助于获得性铂耐药性的发生[６]ꎮ富含丝氨酸和精氨酸的剪接因子３(ｓｅｒｉｎｅａｎｄａｒｇｉｎｉｎｅｒｉｃｈｓｐｌｉｃｉｎｇｆａｃｔｏｒ３ꎬＳＲＳＦ３)过表达减弱了紫杉醇抑制乳腺癌细胞增殖的效果ꎬＳＲＳＦ３蛋白表达下调会显著增加癌细胞对紫杉醇治疗的敏感性[２６]ꎮ以上结果提示剪接因子ＳＲＳＦ家族可能参与了肿瘤对化疗药物的耐药ꎮ２.２㊀ＳＲＰＫ家族㊀ＳＲＰＫ家族成员是潜在的致癌基因ꎬＳＲＰＫ家族的３个主要成员为ＳＲＰＫ１㊁ＳＲＰＫ２和ＳＲＰＫ３ꎬＳＲＰＫ１和ＳＲＰＫ２在肺癌和肝癌中均可见上调[２７]ꎮ在前列腺癌细胞中ꎬＳＲＰＫ１和ＳＲＰＫ２表达的增加与肿瘤的发生发展密切相关ꎬ促进肿瘤细胞增殖和抗凋亡过程[２８]ꎬ在胰腺癌㊁肺癌㊁乳腺癌㊁卵巢癌和胶质瘤化疗耐药中起作用ꎮ研究发现ꎬＳＲＰＫ１基因下调在吉西他滨单用或与顺铂联合使用时都增加胰腺癌细胞的凋亡ꎮ在胰腺癌中高表达ＳＲＰＫ１抑制细胞增殖ꎬ促进细胞凋亡ꎬ增强化疗敏感性[２９]ꎮ有研究表明顺铂通过涉及Ｔｉｐ６０㊁ＳＲＰＫ１和ＳＲＰＫ２蛋白的机制诱导低乙酰化和磷酸化形式ＳＲＳＦ２的积累ꎬ调节ＳＲＰＫ２的表达ꎮ在几种人类肺癌细胞系(Ｈ３５８㊁Ｈ１２９９㊁Ｈ８１０㊁Ｈ６９)中ꎬＳＲＳＦ２介导的ＳＲＳＦ２磷酸化在顺铂治疗诱导细胞凋亡中起关键作用ꎬ提高肺癌细胞对顺铂的敏感性[３０]ꎮ研究还发现ＳＲＰＫ１乙酰化与化疗敏感性密切相关ꎮ在乳腺癌细胞ＭＣＦ７和２３１细胞中ꎬ顺铂诱导ＳＲＰＫ１乙酰化ꎬ但在相应的耐药细胞中ꎬ顺铂降低了ＳＲＰＫ１的乙酰化ꎬ但增加了ＳＲＰＫ１的磷酸化和激酶活性ꎬ促进一些抗凋亡变异的剪接ꎮ而且顺铂耐药细胞可以通过增强ＳＲＰＫ１乙酰化或抑制其激酶活性ꎬ进而增强对顺铂的敏感性[３１]ꎮ研究发现ꎬＳＲＰＫ１下调可以提高乳腺癌㊁卵巢癌等对化疗的敏感性ꎬＳＲＰＫ１下调诱可导雌激素受体阳性乳腺癌细胞对顺铂的敏感性ꎮ在雌激素受体阳性的基底细胞样型乳腺癌(ｂａｓａｌ－ｌｉｋｅｂｒｅａｓｔｃａｎｃｅｒꎬＢＬＢＣ)中ꎬＳＲＰＫ下调增强细胞凋亡ꎬ增加了ＭＣＦ１０Ａ㊁ＭＣＦ７㊁ＭＤＡ２３１和ＭＤＡ４６８细胞对化疗药吉西他滨和顺铂的敏感性ꎬ同时抑制细胞迁移和肿瘤转移[３２]ꎮ在卵巢癌中ꎬ靶向ＳＲＰＫ１抑制ＳＫＯＶ３细胞增殖㊁迁移和侵袭ꎬ提高肿瘤细胞对顺铂的敏感性[３３]ꎮ另外ꎬ在胶质瘤细胞系８７ＭＧ㊁Ｔ９８Ｇ和Ｕ２５１ＭＧ中ꎬＳＲＰＫ１在ｍＲＮＡ和蛋白水平上的表达显著上调ꎬ敲低ＳＲＰＫ１对细胞活力影响不大ꎬ但令肿瘤细胞对顺铂的敏感性有一定提高ꎮ２.３㊀ＨＮＲＮＰ家族㊀ＨＮＲＮＰ家族与ｍＲＮＡ的合成相关ꎬ在转录后调控中发挥多种功能ꎬ如促进剪接㊁多聚腺苷化㊁ｍＲＮＡ转运和ｍＲＮＡ稳定[３４]ꎮＨＮＲＮＰｓ含有辅助的脯氨酸㊁甘氨酸结构域ꎬ这些结构域与蛋白质的相互作用有关ꎮＨＮＲＮＰｓ的异常表达与癌细胞的增殖㊁转移息息相关[３５]ꎮ研究发现雄激素受体剪接变体７(ａｎｄｒｏｇｅｎｒｅ￣ｃｅｐｔｏｒｓｐｌｉｃｉｎｇｖａｒｉａｎｔ７ꎬＡＲ－Ｖ７)的剪接由核糖核蛋白Ｌ(ＨＮＲＮＰＬ)和其他两个家族成员ＨＮＲＮＰＡ１和ＨＮＲＮＰＨ调节ꎮＨＮＲＮＰＡ１在ＡＲＡＳ产生ＡＲ－Ｖ７中发挥重要作用[３６]ꎮ它调节ＡＲ并诱导产生其变体ＡＲ－Ｖ７ꎬ激活ＭＹＣꎬ与转移性前列腺癌的耐药性密切相关ꎮ敲低ＨＮＲＮＰＨ１使ＰＣ细胞对比卡鲁胺敏感ꎬ抑制体内前列腺肿瘤的生长[３７]ꎮ另有研究表明在前列腺癌中ＨＮＲＮＰＡ１可以诱导ＡＲ－Ｖ７的产生ꎬ促进了ＡＲ－ＦＬ(ｆｕｌｌ－ｌｅｎｇｔｈＡＲ)在缺乏雄激素的情况下的核定位ꎬ并减轻了抗雄激素恩杂鲁胺抑制ＡＲ－ＦＬ核运输的能力ꎮＡＲ剪接变体的表达减弱了雄激素和恩杂鲁胺对ＬＮＣａＰ㊁２２Ｒｖ１㊁ＣＯＳ－７和ＰＣ－３细胞的毒性ꎬ并降低了恩杂鲁胺的体内抗肿瘤疗效ꎮＨＮＲＮＰＡ１过表达提高前列腺癌细胞对恩杂鲁胺的耐药性[３８]ꎮ槲皮素可以降低ＨＮＲＮＰＡ１的表达ꎬ从而降低ＡＲ－Ｖ７的表达ꎮ槲皮素还与ＨＮＲＮＰＡ１结合ꎬ削弱其在细胞核和细胞质之间穿梭的能力ꎬ导致其滞留在细胞质ꎮ槲皮素对ＡＲ－Ｖ７的抑制使恩杂鲁胺耐药前列腺癌细胞恢复对恩杂鲁胺的敏感性ꎮ抑制雄激素受体的ＡＳ在前列腺肿瘤对抗雄激素治疗中重新获得敏感性具有重要意义[３９]ꎮ在胃癌中ＨＮＲＮＰＡ２Ｂ１的过表达与患者的不良预后有关ꎬＨＮＲＮＰＡ２Ｂ１通过增强细胞增殖㊁抑制细胞凋亡和增加细胞转移来促进胃癌发展ꎮＨＮＲＮＰＡ２Ｂ１参与抗凋亡因子ＢＩＲＣ５(ｂａｃｕｌｏｖｉｒａｌＩＡＰｒｅｐｅａｔ－ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ５)的ＡＳ过程ꎮＢＩＲＣ５亚型２０２过表达可以部分拮抗因ＨＮＲＮＰＡ２Ｂ１下调导致的顺铂化疗敏感性提高ꎬ证明ＨＮＲＮＰＡ２Ｂ１调节ＢＩＲＣ５的剪接过程ꎬ有希望成为耐药胃癌细胞的治疗靶点[４０]ꎮ２.４㊀Ｓｍ蛋白家族㊀真核生物中有７种Ｓｍ蛋白:Ｂ/Ｂᶄ㊁Ｄ１㊁Ｄ２㊁Ｄ３㊁Ｅ㊁Ｆ和Ｇꎮ这些蛋白在剪接体上组装成一个环状的异七聚体ꎬ形成相应ｓｎＲＮＰｓ的核心ꎮＳｍ蛋白是维持ｓｎＲＮＡｓ的稳定性和ｓｎＲＮＰｓ的发挥功能所必需的成分ꎬ在ｐｒｅ－ｍＲＮＡ剪接中非常重要[４１]ꎬ在非小细胞肺癌和胶质母细胞瘤化疗耐药中起重要作用ꎮ小核核糖核蛋白多肽Ｂ(ＳＮＲＰＢ)是剪接体的核心成分ꎬ是一种Ｓｍ蛋白ꎬ在ｍＲＮＡ剪接中起着关键作用ꎮＳＮＲＰＢ在非小细胞肺癌(ＮＳＣＬＣ)中高度表达ꎬ并作为一种致癌基因发挥作用ꎬＳＮＲＰＢ可负向调节ＮＳＣＬＣ细胞的顺铂耐药ꎮ敲低ＳＮＲＰＢ可以使抑制癌细胞的生长ꎬ也会显著降低顺铂诱导的ＮＳＣＬＣ细胞生长抑制㊁细胞周期阻滞和凋亡ꎬＳＮＲＰＢ可能是ＮＳＣＬＣ患者对顺铂化疗反应的一个预测指标[４２]ꎮ替莫唑胺(ＴＭＺ)是多形胶质母细胞瘤(ＧＢＭ)化疗的常用药物ꎬ但耐药性限制了其在ＧＢＭ治疗中的疗效ꎮ编码小核核糖核蛋白多肽Ｇ的ＳＮＲＰＧ基因介导的对胶质瘤细胞的抑制作用可能与ＭＹＣ和ｐ５３有关ꎮ且ＳＮＲＰＧ在ＴＭＺ耐药Ｕ８７细胞中表达增加ꎬ而下调ＳＮＲＰＧ可能使耐药细胞对ＴＭＺ敏感ꎬ这表明敲低ＳＮＲＰＧ可以降低ＧＢＭ细胞对ＴＭＺ的化疗耐药[４３]ꎮ２.５㊀ＳＰＦ４５㊀ＳＰＦ４５参与调控ｐｒｅ－ｍＲＮＡ剪接ꎬＳＰＦ４５不是剪接因子的ＳＲ蛋白或ＨＮＲＮＰ家族成员ꎬ是由一个Ｎ端结构域㊁一个α－螺旋结构域㊁一个包含４０个氨基酸的Ｇ－ｐａｔｃｈ域(Ｇ－ｐａｔｃｈｄｏｍａｉｎ)和一个Ｃ端ＲＲＭ(ＲＮＡ－ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎｍｏｔｉｆ)组成ꎬ是ｍＲＮＡ剪接所必需的ꎬ在卵巢癌化疗耐药中起重要作用ꎮＳＰＦ４５在人类导管上皮中表达ꎬ在膀胱癌㊁肺癌㊁结肠癌㊁乳腺癌㊁卵巢癌㊁胰腺癌和前列腺癌中高表达ꎮ在ＨｅＬａ细胞中过表达ＳＰＦ４５可使其对阿霉素的耐药性增加ꎮ在Ａ２７８０卵巢癌细胞系中ꎬＳＰＦ４５诱导了多药耐药表型ꎬ诱导癌细胞对卡铂㊁长春瑞滨㊁阿霉素㊁依托泊苷㊁米托蒽醌和长春新碱等多种作用机制的化疗药物耐药ꎬ而在Ａ２７８０细胞中ꎬ敲低ＳＰＦ４５则使细胞对依托泊苷敏感ꎮＳＰＦ４５不只参与选择性ｍＲＮＡ剪接也参与ＤＮＡ修复ꎬ这有助于解释ＳＰＦ４５过表达所表现出对包括ＤＮＡ损伤剂在内的不同作用机制药物的多药耐药表型[４４]ꎮ２.６㊀ＳＦ３Ｂ１㊀ＳＦ３Ｂ１是Ｕ２ｓｎＲＮＰ的重要组成部分ꎬ对剪接位点的选择至关重要ꎬ在慢性淋巴细胞白血病(ＣＬＬ)㊁急性淋巴细胞白血病(ＡＬＬ)和Ｒｉｃｈｔｅｒ综合征伴弥漫性大Ｂ细胞淋巴瘤化疗耐药中起重要作用ꎮ在研究氟达拉滨难治性ＣＬＬ的编码基因组时ꎬ发现ＳＦ３Ｂ１突变患者在氟达拉滨难治性ＣＬＬ病例中有１７％复发ꎬ其频率显著高于诊断时采样的连续ＣＬＬ队列ꎮ在氟达拉宾难治性ＣＬＬ中ꎬＳＦ３Ｂ１突变和ＴＰ５３突变以相互排斥的方式分布ꎮ上述结果提示ꎬＳＦ３Ｂ１突变相关的剪接调控是ＣＬＬ一种新的发病机制ꎮ在Ｒｉｃｈｔｅｒ综合征伴弥漫性大Ｂ细胞淋巴瘤中检测到ＳＦ３Ｂ１突变ꎬ这表明其在恶性血液肿瘤的发展和进展中具有重要作用ꎬ但ＳＦ３Ｂ１突变后与耐药性之间的关系尚不清楚ꎮ研究发现ꎬ剪接抑素Ａ(ｓｐｌｉｃｅｏｓｔａｔｉｎꎬＳＳＡ)或其类似物美亚霉素Ｂ(ＭＡＭＢ)能够降低ＢＲＡＦ表达ꎬ干扰ＳＦ３Ｂ１在ＡＳ中发挥作用并抑制维莫非尼耐药细胞生长和体内肿瘤生长[４５]ꎮＳＦ３Ｂ１敲低后ꎬＡＬＬ细胞对ＤＮＡ交联剂丝裂霉素Ｃ变得高度敏感[４６]ꎮ３㊀小结在过去的１０年中ꎬ癌症治疗取得了很多的进展ꎬ包括新的化疗药物㊁免疫疗法和分子靶向治疗ꎬ但是治疗效果仍不够理想ꎬ其中最大的难题之一是肿瘤化疗耐药ꎮ肿瘤化疗耐药通过多种分子机制发生ꎬ其中一种是选择性剪接的调节ꎮ癌细胞中基因组不稳定性有助于它们通过获得突变来适应生长环境的变化ꎬ这些突变使它们对化疗药物的反应降低ꎮ这些突变不仅可以影响ｐｒｅ－ｍＲＮＡ剪接过程ꎬ包括剪接位点选择㊁剪接位点识别核苷酸的突变和剪接机制成分的表达ꎬ还可以影响许多其他因素ꎬ包括导致蛋白质功能突变获得或丧失的基因突变ꎮ肿瘤细胞可以利用这种机制获得耐药性ꎬ而无须通过改变基因组获得耐药性ꎮ近来使用小分子或反义寡核苷酸调节ＡＳ开始用于治疗其他疾病ꎬ如脊髓性肌萎缩ꎬ为开发此类分子用于癌症治疗带来了希望ꎬ因此ꎬ需要更深入的研究并发现在促进癌症治疗化疗耐药中起作用的ＡＳ事件或剪接因子[７]ꎮＡＳ的失调在癌症中很常见ꎬ肿瘤发生涉及的细胞周期㊁ＤＮＡ损伤反应和细胞凋亡在很大程度上都受到ＡＳ的调节ꎮ癌症相关的剪接模式受损是多条通路共同作用的结果ꎬ这包括直接影响剪接位点和ＳＦｓ的突变以及ＳＦｓ的差异表达ꎮ剪接体已经成为肿瘤新型治疗药物开发的一个极具吸引力的靶点ꎬ剪接调节剂目前已经有项目正在临床前和临床研究中进行研究ꎮ随着对异常剪接如何在癌细胞中发挥作用的深入了解包括对剪接调节高度敏感的癌症亚型的鉴定ꎬ以及剪接调节剂与其他抗肿瘤剂的有效治疗组合等ꎬ剪接调节剂有望肿瘤治疗的潜在新型药物ꎬ以提高抗肿瘤疗效[４６]ꎮ此外ꎬ剪接转换寡核苷酸是设计用于结合ｐｒｅ－ｍＲＮＡ并防止结合位点利用剪接位点的寡核苷酸ꎮ这些分子正被开发为化疗药物ꎬ用于靶向特定的ＡＳ相关基因ꎮ许多基因已经被靶向用于ＡＳ重编程ꎬ以增强常规化疗药物的功效ꎮ此类化合物用于ＡＳ定向调控的进一步开发为癌症治疗提供了新的思路ꎮ参考文献:[１]㊀ＫＡＬＳＯＴＲＡＡꎬＣＯＯＰＥＲＴＡ.Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｃｏｎｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｌｌｙｒｅｇｕｌａｔｅｄａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇ[Ｊ].ＮａｔＲｅｖＧｅｎｅｔꎬ２０１１ꎬ１２(１０):７１５－７２９.[２]ＬＥＥＹꎬＲＩＯＤＣ.ＭｅｃｈａｎｉｓｍｓａｎｄＲｅｇｕｌａｔｉｏｎｏｆＡｌｔｅｒｎａｔｉｖｅＰｒｅ－ｍＲＮＡＳｐｌｉｃｉｎｇ[Ｊ].ＡｎｎｕＲｅｖＢｉｏｃｈｅｍꎬ２０１５(８４):２９１－３２３.[３]ＳＵＰＥＫＦꎬＭＩＮＡＮＡＢꎬＶＡＬＣＡＲＣＥＬＪꎬｅｔａｌ.Ｓｙｎｏｎｙｍｏｕｓｍｕｔａｔｉｏｎｓｆｒｅｑｕｅｎｔｌｙａｃｔａｓｄｒｉｖｅｒｍｕｔａｔｉｏｎｓｉｎｈｕｍａｎｃａｎｃｅｒｓ[Ｊ].Ｃｅｌｌꎬ２０１４ꎬ１５６(６):１３２４－１３３５.[４]ＶＡＮＲＯＯＳＭＡＬＥＮＷꎬＬＥＤＥＶＥＤＥＣＳＥꎬＧＯＬＡＮＩＯꎬｅｔａｌ.ＴｕｍｏｒｃｅｌｌｍｉｇｒａｔｉｏｎｓｃｒｅｅｎｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓＳＲＰＫ１ａｓｂｒｅａｓｔｃａｎｃｅｒｍｅｔａｓｔａｓｉｓｄｅｔｅｒｍｉｎａｎｔ[Ｊ].ＪＣｌｉｎＩｎｖｅｓｔꎬ２０１５ꎬ１２５(４):１６４８－１６６４.[５]ＬＩＮＪＣ.ＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓｏｆＴａｒｇｅｔｅｄＡｌｔｅｒｎａｔｉｖｅＳｐｌｉｃｉｎｇｔｏＣａｎｃｅｒＴｒｅａｔｍｅｎｔ[Ｊ].ＩｎｔＪＭｏｌＳｃｉꎬ２０１７ꎬ１９(１):７５.[６]ＰＥＬＬＡＲＩＮＩꎬＢＥＬＬＥＴＴＩＢꎬＢＡＬＤＡＳＳＡＲＲＥＧ.ＲＮＡｓｐｌｉｃｉｎｇａｌｔｅｒａｔｉｏｎｉｎｔｈｅｒｅｓｐｏｎｓｅｔｏｐｌａｔｉｎｕｍｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙｉｎｏｖａｒｉａｎｃａｎｃｅｒ:Ａｐｏｓｓｉｂｌｅｂｉｏｍａｒｋｅｒａｎｄｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｔａｒｇｅｔ[Ｊ].ＭｅｄＲｅｓＲｅｖꎬ２０２１ꎬ４１(１):５８６－６１５.[７]ＳＩＥＧＦＲＩＥＤＺꎬＫＡＲＮＩＲ.Ｔｈｅｒｏｌｅｏｆａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇｉｎｃａｎｃｅｒｄｒｕｇｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ[Ｊ].ＣｕｒｒＯｐｉｎＧｅｎｅｔＤｅｖꎬ２０１８(４８):１６－２１.[８]ＢＯＮＮＡＬＳＣꎬＬＯＰＥＺ－ＯＲＥＪＡＩꎬＶＡＬＣＡＲＣＥＬＪ.Ｒｏｌｅｓａｎｄｍｅｃｈａｎｉｓｍｓｏｆａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇｉｎｃａｎｃｅｒ－ｉｍｐｌｉ￣ｃａｔｉｏｎｓｆｏｒｃａｒｅ[Ｊ].ＮａｔＲｅｖＣｌｉｎＯｎｃｏｌꎬ２０２０ꎬ１７(８):４５７－４７４.[９]ＭＡＲＩＮＪＪＧꎬＲＥＶＩＥＪＯＭꎬＳＯＴＯＭꎬｅｔａｌ.ＩｍｐａｃｔｏｆＡｌ￣ｔｅｒｎａｔｉｖｅＳｐｌｉｃｉｎｇＶａｒｉａｎｔｓｏｎＬｉｖｅｒＣａｎｃｅｒＢｉｏｌｏｇｙ[Ｊ].Ｃａｎｃｅｒｓ(Ｂａｓｅｌ)ꎬ２０２１ꎬ１４(１):１８.[１０]ＨＳＵＴＹꎬＳＩＭＯＮＬＭꎬＮＥＩＬＬＮＪꎬｅｔａｌ.ＴｈｅｓｐｌｉｃｅｏｓｏｍｅｉｓａｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｖｕｌｎｅｒａｂｉｌｉｔｙｉｎＭＹＣ－ｄｒｉｖｅｎｃａｎｃｅｒ[Ｊ].Ｎａｔｕｒｅꎬ２０１５ꎬ５２５(７５６９):３８４－３８８.[１１]ＢＯＷＬＥＲＥꎬＯＬＴＥＡＮＳ.ＡｌｔｅｒｎａｔｉｖｅＳｐｌｉｃｉｎｇｉｎＡｎｇｉｏ￣ｇｅｎｅｓｉｓ[Ｊ].ＩｎｔＪＭｏｌＳｃｉꎬ２０１９ꎬ２０(９):２０６７.[１２]ＺＨＡＮＧＹꎬＱＩＡＮＪꎬＧＵＣꎬｅｔａｌ.Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇａｎｄｃａｎｃｅｒ:ａｓｙｓｔｅｍａｔｉｃｒｅｖｉｅｗ[Ｊ].ＳｉｇｎａｌＴｒａｎｓｄｕｃｔＴａｒｇｅｔＴ￣ｈｅｒꎬ２０２１ꎬ６(１):７８.[１３]ＭＥＨＴＥＲＯＶＮꎬＫＡＺＡＫＯＶＡＭꎬＳＢＩＲＫＯＶＹꎬｅｔａｌ.Ａｌ￣ｔｅｒｎａｔｉｖｅＲＮＡＳｐｌｉｃｉｎｇ－ＴｈｅＴｒｏｊａｎＨｏｒｓｅｏｆＣａｎｃｅｒＣｅｌｌｓｉｎＣｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ[Ｊ].Ｇｅｎｅｓ(Ｂａｓｅｌ)ꎬ２０２１ꎬ１２(７):１０８５. [１４]ＧＲＡＨＡＭＳＶꎬＦＡＩＺＯＡＡＡ.Ｃｏｎｔｒｏｌｏｆｈｕｍａｎｐａｐｉｌｌｏ￣ｍａｖｉｒｕｓｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｂｙａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇ[Ｊ].ＶｉｒｕｓＲｅｓꎬ２０１７(２３１):８３－９５.[１５]ＢＬＩＪＬＥＶＥＮＳＭꎬＬＩＪꎬＶＡＮＢＥＵＳＥＣＨＥＭＶＷ.ＢｉｏｌｏｇｙｏｆｔｈｅｍＲＮＡＳｐｌｉｃｉｎｇＭａｃｈｉｎｅｒｙａｎｄＩｔｓＤｙｓｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｉｎＣａｎｃｅｒＰｒｏｖｉｄｉｎｇＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃＯｐｐｏｒｔｕｎｉｔｉｅｓ[Ｊ].ＩｎｔＪＭｏｌＳｃｉꎬ２０２１ꎬ２２(１０):５１１０.[１６]ＣＯＲＫＥＲＹＤＰꎬＨＯＬＬＹＡＣꎬＬＡＨＳＡＥＥＳꎬｅｔａｌ.Ｃｏｎ￣ｎｅｃｔｉｎｇｔｈｅｓｐｅｃｋｌｅｓ:Ｓｐｌｉｃｉｎｇｋｉｎａｓｅｓａｎｄｔｈｅｉｒｒｏｌｅｉｎｔｕ￣ｍｏｒｉｇｅｎｅｓｉｓａｎｄｔｒｅａｔｍｅｎｔｒｅｓｐｏｎｓｅ[Ｊ].Ｎｕｃｌｅｕｓꎬ２０１５ꎬ６(４):２７９－２８８.[１７]ＭＥＹＥＲＦ.Ｖｉｒａｌｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓｗｉｔｈｃｏｍｐｏｎｅｎｔｓｏｆｔｈｅｓｐｌｉ￣ｃｉｎｇｍａｃｈｉｎｅｒｙ[Ｊ].ＰｒｏｇＭｏｌＢｉｏｌＴｒａｎｓｌＳｃｉꎬ２０１６(１４２):２４１－２６８.[１８]ＮＧＵＹＥＮＴＨꎬＧＡＬＥＪＷＰꎬＢＡＩＸＣꎬｅｔａｌ.Ｔｈｅａｒｃｈｉｔｅｃ￣ｔｕｒｅｏｆｔｈｅｓｐｌｉｃｅｏｓｏｍａｌＵ４/Ｕ６.Ｕ５ｔｒｉ－ｓｎＲＮＰ[Ｊ].Ｎａｔｕｒｅꎬ２０１５ꎬ５２３(７５５８):４７－５２.[１９]ＤＥＮＧＫꎬＹＡＯＪꎬＨＵＡＮＧＪꎬｅｔａｌ.Ａｂｎｏｒｍａｌａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇｐｒｏｍｏｔｅｓｔｕｍｏｒｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｉｎｔａｒｇｅｔｅｄｔｈｅｒａｐｙａｎｄｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ[Ｊ].ＴｒａｎｓｌＯｎｃｏｌꎬ２０２１ꎬ１４(６):１０１０７７. [２０]ＫＩＭＨＫꎬＰＨＡＭＭＨＣꎬＫＯＫＳꎬｅｔａｌ.Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉ￣ｃｉｎｇｉｓｏｆｏｒｍｓｉｎｈｅａｌｔｈａｎｄｄｉｓｅａｓｅ[Ｊ].ＰｆｌｕｇｅｒｓＡｒｃｈꎬ２０１８ꎬ４７０(７):９９５－１０１６.[２１]ＢＲＡＹＦꎬＦＥＲＬＡＹＪꎬＳＯＥＲＪＯＭＡＴＡＲＡＭＩꎬｅｔａｌ.Ｇｌｏｂａｌｃａｎｃｅｒｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ２０１８:ＧＬＯＢＯＣＡＮｅｓｔｉｍａｔｅｓｏｆｉｎｃｉｄｅｎｃｅａｎｄｍｏｒｔａｌｉｔｙｗｏｒｌｄｗｉｄｅｆｏｒ３６ｃａｎｃｅｒｓｉｎ１８５ｃｏｕｎｔｒｉｅｓ[Ｊ].ＣＡＣａｎｃｅｒＪＣｌｉｎꎬ２０１８ꎬ６８(６):３９４－４２４.[２２]ＹＡＮＧＲꎬＹＩＭꎬＸＩＡＮＧＢ.ＮｏｖｅｌＩｎｓｉｇｈｔｓｏｎＬｉｐｉｄＭｅｔａｂ￣ｏｌｉｓｍＡｌｔｅｒａｔｉｏｎｓｉｎＤｒｕｇＲｅｓｉｓｔａｎｃｅｉｎＣａｎｃｅｒ[Ｊ].ＦｒｏｎｔＣｅｌｌＤｅｖＢｉｏｌꎬ２０２２(１０):８７５３１８.[２３]ＳＨＩＬＯＡꎬＳＩＥＧＦＲＩＥＤＺꎬＫＡＲＮＩＲ.Ｔｈｅｒｏｌｅｏｆｓｐｌｉｃｉｎｇｆａｃｔｏｒｓｉｎｄｅｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｏｆａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇｄｕｒｉｎｇｏｎｃｏ￣ｇｅｎｅｓｉｓａｎｄｔｕｍｏｒｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ[Ｊ].ＭｏｌＣｅｌｌＯｎｃｏｌꎬ２０１５ꎬ２(１):ｅ９７０９５５.[２４]ＧＯＮＣＡＬＶＥＳＶꎬＪＯＲＤＡＮＰ.ＰｏｓｔｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌＲｅｇｕｌａｔｉｏｎｏｆＳｐｌｉｃｉｎｇＦａｃｔｏｒＳＲＳＦ１ａｎｄＩｔｓＲｏｌｅｉｎＣａｎｃｅｒＣｅｌｌＢｉｏｌｏｇｙ[Ｊ].ＢｉｏｍｅｄＲｅｓＩｎｔꎬ２０１５(２０１５):２８７０４８.[２５]ＢＵＸＡＤＥＭꎬＰＡＲＲＡ－ＰＡＬＡＵＪＬꎬＰＲＯＵＤＣＧ.ＴｈｅＭｎｋｓ:ＭＡＰｋｉｎａｓｅ－ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇｋｉｎａｓｅｓ(ＭＡＰｋｉｎａｓｅｓｉｇｎａｌ－ｉｎｔｅｇｒａｔｉｎｇｋｉｎａｓｅｓ)[Ｊ].ＦｒｏｎｔＢｉｏｓｃｉꎬ２００８(１３):５３５９－５３７３.[２６]ＳＵＮＹꎬＹＡＮＬꎬＧＵＯＪꎬｅｔａｌ.ＤｏｗｎｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｏｆＳＲＳＦ３ｂｙａｎｔｉｓｅｎｓｅｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓｓｅｎｓｉｔｉｚｅｓｏｒａｌｓｑｕａｍｏｕｓｃｅｌｌｃａｒｃｉｎｏｍａａｎｄｂｒｅａｓｔｃａｎｃｅｒｃｅｌｌｓｔｏｐａｃｌｉｔａｘｅｌｔｒｅａｔｍｅｎｔ[Ｊ].ＣａｎｃｅｒＣｈｅｍｏｔｈｅｒＰｈａｒｍａｃｏｌꎬ２０１９ꎬ８４(５):１１３３－１１４３.[２７]ＸＵＱꎬＬＩＵＸꎬＬＩＵＺꎬｅｔａｌ.ＭｉｃｒｏＲＮＡ－１２９６ｉｎｈｉｂｉｔｓｍｅ￣ｔａｓｔａｓｉｓａｎｄｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ－ｍｅｓｅｎｃｈｙｍａｌｔｒａｎｓｉｔｉｏｎｏｆｈｅｐａｔｏ￣ｃｅｌｌｕｌａｒｃａｒｃｉｎｏｍａｂｙｔａｒｇｅｔｉｎｇＳＲＰＫ１－ｍｅｄｉａｔｅｄＰＩ３Ｋ/ＡＫＴｐａｔｈｗａｙ[Ｊ].ＭｏｌＣａｎｃｅｒꎬ２０１７ꎬ１６(１):１０３.[２８]ＭＡＶＲＯＵＡꎬＢＲＡＫＳＰＥＡＲＫꎬＨＡＭＤＯＬＬＡＨ－ＺＡＤＥＨＭꎬｅｔａｌ.Ｓｅｒｉｎｅ－ａｒｇｉｎｉｎｅｐｒｏｔｅｉｎｋｉｎａｓｅ１(ＳＲＰＫ１)ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎａｓａｐｏｔｅｎｔｉａｌｎｏｖｅｌｔａｒｇｅｔｅｄｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓｔｒａｔｅｇｙｉｎｐｒｏｓｔａｔｅｃａｎｃｅｒ[Ｊ].Ｏｎｃｏｇｅｎｅꎬ２０１５ꎬ３４(３３):４３１１－４３１９.[２９]ＨＡＹＥＳＧＭꎬＣＡＲＲＩＧＡＮＰＥꎬＢＥＣＫＡＭꎬｅｔａｌ.ＴａｒｇｅｔｉｎｇｔｈｅＲＮＡｓｐｌｉｃｉｎｇｍａｃｈｉｎｅｒｙａｓａｎｏｖｅｌｔｒｅａｔｍｅｎｔｓｔｒａｔｅｇｙｆｏｒｐａｎｃｒｅａｔｉｃｃａｒｃｉｎｏｍａ[Ｊ].ＣａｎｃｅｒＲｅｓꎬ２００６ꎬ６６(７):３８１９－３８２７.[３０]ＥＤＭＯＮＤＶꎬＭＯＹＳＡＮＥꎬＫＨＯＣＨＢＩＮＳꎬｅｔａｌ.ＡｃｅｔｙｌａｔｉｏｎａｎｄｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｉｏｎｏｆＳＲＳＦ２ｃｏｎｔｒｏｌｃｅｌｌｆａｔｅｄｅｃｉｓｉｏｎｉｎｒｅｓｐｏｎｓｅｔｏｃｉｓｐｌａｔｉｎ[Ｊ].ＥＭＢＯＪꎬ２０１１ꎬ３０(３):５１０－５２３.[３１]ＷＡＮＧＣꎬＺＨＯＵＺꎬＳＵＢＨＲＡＭＡＮＹＡＭＣＳꎬｅｔａｌ.ＳＲＰＫ１ａｃｅｔｙｌａｔｉｏｎｍｏｄｕｌａｔｅｓａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇｔｏｒｅｇｕｌａｔｅｃｉｓｐｌａｔｉｎｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｉｎｂｒｅａｓｔｃａｎｃｅｒｃｅｌｌｓ[Ｊ].ＣｏｍｍｕｎＢｉｏｌꎬ２０２０ꎬ３(１):２６８.[３２]ＨＡＹＥＳＧＭꎬＣＡＲＲＩＧＡＮＰＥꎬＭＩＬＬＥＲＬＪ.Ｓｅｒｉｎｅ－ａｒｇｉ￣ｎｉｎｅｐｒｏｔｅｉｎｋｉｎａｓｅ１ｏｖｅｒｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｉｓａｓｓｏｃｉａｔｅｄｗｉｔｈｔｕ￣ｍｏｒｉｇｅｎｉｃｉｍｂａｌａｎｃｅｉｎｍｉｔｏｇｅｎ－ａｃｔｉｖａｔｅｄｐｒｏｔｅｉｎｋｉｎａｓｅｐａｔｈｗａｙｓｉｎｂｒｅａｓｔꎬｃｏｌｏｎｉｃꎬａｎｄｐａｎｃｒｅａｔｉｃｃａｒｃｉｎｏｍａｓ[Ｊ].ＣａｎｃｅｒＲｅｓꎬ２００７ꎬ６７(５):２０７２－２０８０.[３３]ＷＡＮＧＦꎬＺＨＯＵＪꎬＸＩＥＸꎬｅｔａｌ.ＩｎｖｏｌｖｅｍｅｎｔｏｆＳＲＰＫ１ｉｎｃｉｓｐｌａｔｉｎｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｒｅｌａｔｅｄｔｏｌｏｎｇｎｏｎ－ｃｏｄｉｎｇＲＮＡＵＣＡ１ｉｎｈｕｍａｎｏｖａｒｉａｎｃａｎｃｅｒｃｅｌｌｓ[Ｊ].Ｎｅｏｐｌａｓｍａꎬ２０１５ꎬ６２(３):４３２－４３８.[３４]ＪＥＡＮ－ＰＨＩＬＩＰＰＥＪꎬＰＡＺＳꎬＣＡＰＵＴＩＭ.ｈｎＲＮＰＡ１:ｔｈｅＳｗｉｓｓａｒｍｙｋｎｉｆｅｏｆｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ[Ｊ].ＩｎｔＪＭｏｌＳｃｉꎬ２０１３ꎬ１４(９):１８９９９－１９０２４.[３５]ＰＡＲＫＳＪꎬＬＥＥＨꎬＪＯＤＳꎬｅｔａｌ.ＨｅｔｅｒｏｇｅｎｅｏｕｓｎｕｃｌｅａｒｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｐｒｏｔｅｉｎＡ１ｐｏｓｔ－ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌｌｙｒｅｇｕｌａｔｅｓＤｒｐ１ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｉｎｎｅｕｒｏｂｌａｓｔｏｍａｃｅｌｌｓ[Ｊ].ＢｉｏｃｈｉｍＢｉｏｐｈｙｓＡｃｔａꎬ２０１５ꎬ１８４９(１２):１４２３－１４３１.[３６]ＮＡＤＩＭＩＮＴＹＮꎬＴＵＭＭＡＬＡＲꎬＬＩＵＣꎬｅｔａｌ.ＮＦ－ｋａｐｐａＢ２/ｐ５２:ｃ－Ｍｙｃ:ｈｎＲＮＰＡ１ＰａｔｈｗａｙＲｅｇｕｌａｔｅｓＥｘ￣ｐｒｅｓｓｉｏｎｏｆＡｎｄｒｏｇｅｎＲｅｃｅｐｔｏｒＳｐｌｉｃｅＶａｒｉａｎｔｓａｎｄＥｎｚ￣ａｌｕｔａｍｉｄｅＳｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙｉｎＰｒｏｓｔａｔｅＣａｎｃｅｒ[Ｊ].ＭｏｌＣａｎｃｅｒＴｈｅｒꎬ２０１５ꎬ１４(８):１８８４－１８９５.(下转第１０５６页)管理法»中使用假劣药的责任[Ｊ].中国医院药学杂志ꎬ２０２０ꎬ４０(１５):１６７９－１６８３.[１１]白冰ꎬ邵蓉.假劣药品高发地区的监管现状分析及对策[Ｊ].上海医药ꎬ２０１１ꎬ３２(２):８５－８８.[１２]中国食品药品网.刘鹏:优化五大机制ꎬ全面提升地方政府药品监管能力[ＥＢ/ＯＬ].(２０２１－０５－２４)[２０２２－０８－０８].ｈｔｔｐ://ｗｗｗ.ｃｎｐｈａｒｍ.ｃｏｍ/ｃ/２０２１－０５－２４/７９０２０７.ｓｈｔｍｌ.[１３]央视网.美发布报告指责印度卖假药印度:我们是 世界药房 [ＥＢ/ＯＬ].(２０１９－０４－２８)[２０２２－０８－０８].ｈｔ￣ｔｐｓ://ｂａｉｊｉａｈａｏ.ｂａｉｄｕ.ｃｏｍ/ｓ?ｉｄ＝１６３２０６１４３４９０２１５７２６５＆ｗｆｒ＝ｓｐｉｄｅｒ＆ｆｏｒ＝ｐｃ.[１４]孙静.制定并落实目标全面的国家药物政策:印度经验与教训[Ｊ].中国卫生政策研究ꎬ２００９ꎬ２(６):３６－３８. [１５]ＹＡＤＡＶＶꎬＢＵＤＡＮＩＡＮꎬＭＯＮＤＡＬＡꎬｅｔａｌ.Ａｑｕｅｓ￣ｔｉｏｎｎａｉｒｅ－ｂａｓｅｄｓｔｕｄｙｏｎｋｎｏｗｌｅｄｇｅａｎｄａｔｔｉｔｕｄｅｔｏｗａｒｄｓｃｏｕｎｔｅｒｆｅｉｔｍｅｄｉｃａｔｉｏｎａｍｏｎｇｔｈｅｄｏｃｔｏｒｓｉｎｔｅｒｔｉａｒｙｃａｒｅｈｏｓｐｉｔａｌ[Ｊ].ＩｎｔＪＢａｓｉｃＣｌｉｎＰｈａｒｍａｃｏｌꎬ２０１８ꎬ７(４):８０２. [１６]ＭＡＮＩＧꎬＤＡＮＡＳＥＫＡＲＡＮＲꎬＡＮＮＡＤＵＲＡＩＫ.Ｓｕｂｓｔａｎｄ￣ａｒｄꎬＳｐｕｒｉｏｕｓꎬＦａｌｓｅｌｙ－ＬａｂｅｌｌｅｄꎬＦａｌｓｉｆｉｅｄａｎｄＣｏｕｎｔｅｒｆｅｉｔ(ＳＳＦＦＣ)Ｄｒｕｇｓ:ＴｉｍｅｔｏＴａｋｅａＢｉｔｔｅｒＰｉｌｌ[Ｊ].ＪＫｒｉｓｈｎａＩｎｓｔＭｅｄＳꎬ２０１６ꎬ５(４):１２２－１２４.[１７]余澜ꎬ王雨.我国药品专利强制许可实施困境及应对 以利益平衡为视角[Ｊ].黑龙江省政法管理干部学院学报ꎬ２０２１(５):１１－１５.[１８]ＡＮＡＧＨＡＳ.ＰＡＴＩＬ.ＣｏｕｎｔｅｒｆｅｉｔＤｒｕｇｓ:ＡＲｅｖｉｅｗ[Ｊ].ＡｓｉａｎＪＰｈａｒｍＴｅｃｈꎬ２０１６ꎬ６(４):２７３－２７６.[１９]ＳＡＮＪＡＹＢＨＵＳＨＡＮ.Ｓｙｓｔｅｍｄｙｎａｍｉｃｓｍｏｄｅｌｌｉｎｇ－ｂａｓｅｄａｎａｌｙｓｉｓｏｆｃｏｍｂａｔｉｎｇｃｏｕｎｔｅｒｆｅｉｔｄｒｕｇｓｓｕｐｐｌｙｃｈａｉｎｉｎＩｎ￣ｄｉａ[Ｊ].ＩｎｔＪＥｍｅｒｇｅｎｃｙＭａｎａｇｅｍｅｎｔꎬ２０１７ꎬ１３(１):１９－４９.[２０]王先进.印度考虑对假药制造者处以死刑[Ｊ].首都医药ꎬ２００４(１９):５１.[２１]环球网.印度成伪劣药品生产中心全球假药年夺走近百万条人命[ＥＢ/ＯＬ].(２０１０－０９－１３)[２０２２－０８－０８].ｈｔｔｐｓ://ｗｏｒｌｄ.ｈｕａｎｑｉｕ.ｃｏｍ/ａｒｔｉｃｌｅ/９ＣａＫｒｎＪｏＡＹｏ. [２２]肖妍.从药品犯罪类型探讨«刑法»立法完善[Ｊ].中国食品药品监管ꎬ２０２１(６):６６－７１.[２３]叶佩芸ꎬ朱晓慧ꎬ叶桦.关于部分国家假药㊁劣药定义的比较研究[Ｊ].中国药事ꎬ２０１２ꎬ２６(１０):１６１－１６３. [２４]蒋虹丽ꎬ陈文ꎬ胡敏ꎬ等.我国药品监管体系存在的问题及其对策[Ｊ].中国卫生经济ꎬ２００９ꎬ２８(８):６９－７１.(收稿日期:２０２３－０９－０７)(上接第１０２１页)[３７]ＹＡＮＧＹꎬＪＩＡＤꎬＫＩＭＨꎬｅｔａｌ.ＤｙｓｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｏｆｍｉＲ－２１２ＰｒｏｍｏｔｅｓＣａｓｔｒａｔｉｏｎＲｅｓｉｓｔａｎｃｅｔｈｒｏｕｇｈｈｎＲＮＰＨ１－Ｍｅｄｉ￣ａｔｅｄＲｅｇｕｌａｔｉｏｎｏｆＡＲａｎｄＡＲ－Ｖ７:ＩｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓｆｏｒＲａｃｉａｌＤｉｓｐａｒｉｔｙｏｆＰｒｏｓｔａｔｅＣａｎｃｅｒ[Ｊ].ＣｌｉｎＣａｎｃｅｒＲｅｓꎬ２０１６ꎬ２２(７):１７４４－１７５６.[３８]ＣＡＯＢꎬＱＩＹꎬＺＨＡＮＧＧꎬｅｔａｌ.Ａｎｄｒｏｇｅｎｒｅｃｅｐｔｏｒｓｐｌｉｃｅｖａｒｉａｎｔｓａｃｔｉｖａｔｉｎｇｔｈｅｆｕｌｌ－ｌｅｎｇｔｈｒｅｃｅｐｔｏｒｉｎｍｅｄｉａｔｉｎｇｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｔｏａｎｄｒｏｇｅｎ－ｄｉｒｅｃｔｅｄｔｈｅｒａｐｙ[Ｊ].Ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔꎬ２０１４ꎬ５(６):１６４６－１６５６.[３９]ＫＯＣＣꎬＣＨＥＮＹＪꎬＣＨＥＮＣＴꎬｅｔａｌ.Ｃｈｅｍｉｃａｌｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓｈｅｔｅｒｏｇｅｎｅｏｕｓｎｕｃｌｅａｒｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｐｒｏ￣ｔｅｉｎ(ｈｎＲＮＰ)Ａ１ａｓｔｈｅｍｏｌｅｃｕｌａｒｔａｒｇｅｔｏｆｑｕｅｒｃｅｔｉｎｉｎｉｔｓａｎｔｉ－ｃａｎｃｅｒｅｆｆｅｃｔｓｉｎＰＣ－３ｃｅｌｌｓ[Ｊ].ＪＢｉｏｌＣｈｅｍꎬ２０１４ꎬ２８９(３２):２２０７８－２２０８９.[４０]ＰＥＮＧＷＺꎬＺＨＡＯＪꎬＬＩＵＸꎬｅｔａｌ.ｈｎＲＮＰＡ２Ｂ１ｒｅｇｕｌａｔｅｓｔｈｅａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇｏｆＢＩＲＣ５ｔｏｐｒｏｍｏｔｅｇａｓｔｒｉｃｃａｎｃｅｒｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ[Ｊ].ＣａｎｃｅｒＣｅｌｌＩｎｔꎬ２０２１ꎬ２１(１):２８１. [４１]ＴＨＡＲＵＮＳ.ＲｏｌｅｓｏｆｅｕｋａｒｙｏｔｉｃＬｓｍｐｒｏｔｅｉｎｓｉｎｔｈｅｒｅｇｕ￣ｌａｔｉｏｎｏｆｍＲＮＡｆｕｎｃｔｉｏｎ[Ｊ].ＩｎｔＲｅｖＣｅｌｌＭｏｌＢｉｏｌꎬ２００９(２７２):１４９－１８９.[４２]ＬＩＵＮꎬＣＨＥＮＡꎬＦＥＮＧＮꎬｅｔａｌ.ＳＮＲＰＢｉｓａｍｅｄｉａｔｏｒｆｏｒｃｅｌｌｕｌａｒｒｅｓｐｏｎｓｅｔｏｃｉｓｐｌａｔｉｎｉｎｎｏｎ－ｓｍａｌｌ－ｃｅｌｌｌｕｎｇｃａｎｃｅｒ[Ｊ].ＭｅｄＯｎｃｏｌꎬ２０２１ꎬ３８(５):５７.[４３]ＬＡＮＹꎬＬＯＵＪꎬＨＵＪꎬｅｔａｌ.ＤｏｗｎｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｏｆＳＮＲＰＧｉｎ￣ｄｕｃｅｓｃｅｌｌｃｙｃｌｅａｒｒｅｓｔａｎｄｓｅｎｓｉｔｉｚｅｓｈｕｍａｎｇｌｉｏｂｌａｓｔｏｍａｃｅｌｌｓｔｏｔｅｍｏｚｏｌｏｍｉｄｅｂｙｔａｒｇｅｔｉｎｇＭｙｃｔｈｒｏｕｇｈａｐ５３－ｄｅ￣ｐｅｎｄｅｎｔｓｉｇｎａｌｉｎｇｐａｔｈｗａｙ[Ｊ].ＣａｎｃｅｒＢｉｏｌＭｅｄꎬ２０２０ꎬ１７(１):１１２－１３１.[４４]ＰＥＲＲＹＷＬꎬ３ＲＤꎬＳＨＥＰＡＲＤＲＬꎬＳＡＭＰＡＴＨＪꎬｅｔａｌ.ＨｕｍａｎｓｐｌｉｃｉｎｇｆａｃｔｏｒＳＰＦ４５(ＲＢＭ１７)ｃｏｎｆｅｒｓｂｒｏａｄｍｕｌｔｉｄｒｕｇｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｔｏａｎｔｉｃａｎｃｅｒｄｒｕｇｓｗｈｅｎｏｖｅｒｅｘ￣ｐｒｅｓｓｅｄ ａｐｈｅｎｏｔｙｐｅｐａｒｔｉａｌｌｙｒｅｖｅｒｓｅｄｂｙｓｅｌｅｃｔｉｖｅｅｓ￣ｔｒｏｇｅｎｒｅｃｅｐｔｏｒｍｏｄｕｌａｔｏｒｓ[Ｊ].ＣａｎｃｅｒＲｅｓꎬ２００５ꎬ６５(１５):６５９３－６６００.[４５]ＳＡＬＴＯＮＭꎬＫＡＳＰＲＺＡＫＷＫꎬＶＯＳＳＴꎬｅｔａｌ.Ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎｏｆｖｅｍｕｒａｆｅｎｉｂ－ｒｅｓｉｓｔａｎｔｍｅｌａｎｏｍａｂｙｉｎｔｅｒｆｅｒｅｎｃｅｗｉｔｈｐｒｅ－ｍＲＮＡｓｐｌｉｃｉｎｇ[Ｊ].ＮａｔＣｏｍｍｕｎꎬ２０１５(６):７１０３. [４６]ＳＣＩＡＲＲＩＬＬＯＲꎬＷＯＪＴＵＳＺＫＩＥＷＩＣＺＡꎬＡＳＳＡＲＡＦＹＧꎬｅｔａｌ.Ｔｈｅｒｏｌｅｏｆａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇｉｎｃａｎｃｅｒ:Ｆｒｏｍｏｎｃｏ￣ｇｅｎｅｓｉｓｔｏｄｒｕｇｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ[Ｊ].ＤｒｕｇＲｅｓｉｓｔＵｐｄａｔꎬ２０２０(５３):１００７２８.(收稿日期:２０２３－０２－０２)。
选择性剪接中的剪接模式(科学书苑)
选择性剪接中的剪接模式有几种不同的剪接模式（见图1-1）[1，6]。
最常见的模式是在成熟的mRNA中跳过外显子，使其包括或者剔除盒式外显子（也称为跳过的外显子）。
跳过外显子的一个著名的例子是果蝇性别致死的基因（SXL），这是一个由性别决定的转变。
跳过SXL基因的第3外显子，可以保持雌性的分化。
SXL的第3外显子包含一个早提前的终止密码子，这个外显子的存在合成出截短的、也有可能是非功能的蛋白质[7，8]。
另一个剪接模式是外显子互斥，这使得两个相邻外显子中，仅有一个出现在最终产物中。
人类成纤维细胞生长因子受体二号（FGFR-2）基因含有外显子IIIB和IIIC，这两者是互斥的。
从外显子IIIB得到的的基因产物，具有比纤维细胞生长因子低得多的聚合吸引力[9]。
不仅可以作用于整个外显子，不同的剪接方式也可以只剪接外显子的某一部分。
5'或3'选择性剪接位点的选择，通过加上、或者不加上与外显子侧面相连的支链而生成，从而造成多样性。
果蝇无子（FRU）和双性别（DSX）基因包含了雌性特有的选择性剪接位点，前者在5‘端，而后者在3'端。
由于选择性剪接位点的不同，造成支链的细小差异[10，11]。
选择性剪接可发生在转录体的任意一端。
选择性终止外显子不仅改变最后一个外显子的包含性，而且还影响聚腺苷酸化位点的选择。
在许多情况下，它可以在最后的外显子中生成提前的终止密码子，并且生成功能性截短的多肽或者产生无意义介导衰变（NMD，即，由于终止密码子位于最后外显子与外显子的结点上游超过50-55碱基对处，从而造成的mRNA的降解）[2，12，13]。
钙调节激素（降钙素）基因包括6个外显子。
成熟的的降钙素转录体包括前四个外显子，并使用位于第4外显子上的多聚腺苷酸化位点，从而生成甲状腺C细胞中超过98%的基因产物。
同时，在大脑和周围神经系统中，通过将前三个、第五和第六个外显子编码成降钙素相关肽的前体，并利用下游的腺苷酸化位点（CGRP），从而产生差异[14，15]。
寻找mRNA的选择性剪接
［ Ｋｅ ｙ ｗｏ ｒ ｄ ｓ ］ ａ ｌ ｔ ｅ ｒ ｎ ａ ｔ ｉ ｖ ｅ ｓ ｐ ｌ ｉ ｃ ｉ ｎ ｇ ； ｓ ｐ ｌ ｉ ｃ ｉ ｎ ｇ ｖ ａ ６ ａ ｎ ｔ ； ｅ ｘ ｐ ｒ ｅ ｓ ｓ ｅ ｄ ｓ ｅ ｑ ｕ ｅ ｎ ｃ ｅ ｔ ａ ｇ ｓ ；ｍ Ｒ Ｎ Ａ ；Ｒ Ｔ － Ｐ Ｃ Ｒ
NCBI简介
第1页：问题1：如何找到一个感兴趣的基因并确定其结构？编者：人类基因组计划将于2003年完成，人类基因组数据库成为人类的巨大财富。
它对所有公众开放，每个人都有权免费使用这些强大的资源，从而成为生物医学研究者必不可少的工具。
但是，面对日益增长的浩瀚的数据海洋，怎样有效地利用它而不至于迷失其中，是一个严峻的问题。
据wellcome Trust去年的一项调查，使用序列数据库的研究人员中，只有一半的人能够完全熟悉基因组数据库提供的服务。
针对这种情况，今年9月份，Nature genetics特别出了一本“人类基因组用户指南”，以提问的形式详细讲解了人类基因组数据库的结构和使用方法，带领我们一步步深入其中，获取有用的信息。
它是我们开启人类基因组数据宝库的一把金钥匙。
我们将节选一些内容介绍给读者，希望对大家有所帮助。
读者也可以上Nature杂志网站（）看原文，这本用户指南的电子版是免费的。
问题1：如何找到一个感兴趣的基因并确定其结构？一旦基因在图谱上被定位，又如何方便地检测到同一区域的其它基因？可借此问题介绍3个主要的基因组浏览器。
将利用所有3个站点对基因ADAM2进行检测，使读者能对每个站点提供的信息之间的细微的区别有一个正确的认识。
1.国立生物技术信息中心(NCBI)图谱浏览器(Map Viewer)可以通过NCBI主页进入NCBI的人类图谱浏览器，网址为/。
点击右栏标有“Human map viewer”的超级链接即可进入图谱浏览器的主页。
页面上端的符号标明此为Build 29，或NCBI人类基因组的第29次数据装配。
Build 29是以2002年4月5日的序列数据为基础而建立的。
在它之前的基因组装配称为Build 28，以2001年12月24日的序列数据为基础而建立。
想要寻找图谱上的任何信息，比如基因符号、基因库的登录号、标记物名称或疾病名称，只需在“Search for”窗口输入相应的术语名，然后点击“Find”即可。
推荐几个不错的RNA剪接位点
推荐几个不错的RNA剪接位点（内含子/外显子）预测网站
在分析基因组数据时，经常需要预测基因的RNA选择性剪切方式，即内含子和外显子的位置和数量。
预测是基于RNA剪接的保守性序列“GT－AG”规则，即内含子5’端序列一般是GT，而3’端一般是AG，当然它们附近的序列也是有一定规律的，但不是很保守。
根据这一特点并结合ORF, Blast等数据就可以对未知基因的成熟mRNA序列进行预测。
下面我推荐几个比较专业的RNA剪切预测网站：
1. Augustus （功能相当强大，预测比较准确，并没有特种特异性，强烈推荐）
2. SplicePort （功能也很全面，推荐）
3. GeneSplicer （只针对以下几个物种：Plasmodium falciparum (malaria), Arabidopsis thaliana, human, Drosophila, and rice）
4. NetGene2 （只针对：Human, C. elegans, A. thaliana）
5. MaxEntScan （只针对Human）
PS：以上只针对某某物种的不代表其它物种不支持，只是结果可能不很准确，对于同一基因，可以参考结合以上不同的服务器给出的结果。
剪切位点的特征
剪切位点的特征
剪切位点是内含子与外显子的边界，是内含子从最初的转录产物中移除，并将外显子拼接成新的序列的过程中的关键位点。
通常，剪切位点位于内含子上游或下游部分，即这些位点存在于内含子的5和3'末端。
前者称为5剪切位点或供体位点，后者称为3剪切位点或受体
位点。
最为常见的是，剪切是从5端的二核苷酸GU开始，至3'末端的AG 结束。
这些保守序列是至关重要的，因为改变保守的核苷酸会导致剪切的抑制。
另外，还有一个重要的剪切位点称为分枝剪切位点（branchpoint），其位于内含子3'端上游18至40碱基处任意位置。
分枝点总是包含一个腺嘌呤，但不保守。
其中一个典型的序列是YNYYRAY，其中Y表示嘧啶，N表示任一核苷酸，R表示任一嘌呤，A表示腺嘌呤。
请注意，剪切位点的特征可能会因生物种类和基因的不同而有所差异。
如需了解更多关于剪切位点的特征的信息，建议查阅基因相关书籍或咨询相关专家。
人类基因组中选择性剪接位点的预测及序列特征分析的开题报告
人类基因组中选择性剪接位点的预测及序列特征分
析的开题报告
一、选题背景
随着基因组学技术的发展和生物信息学的应用，越来越多的基因组
序列被测序和注释。
选择性剪接是一种常见的RNA后转录修饰过程，对
于多种生物体细胞的生长发育以及疾病的发生等方面起着重要的调控作用。
因此，选择性剪接位点的预测和序列特征分析是基因组学和生物信
息学的热点之一。
二、研究目的
本研究旨在开发一种基于机器学习算法的选择性剪接位点预测模型，同时对不同类型的选择性剪接位点的序列特征进行分析，深入了解其生
物学功能和调控机制。
三、研究内容
（1）收集和整合不同物种的RNA测序数据及其相应的剪接注释信息。
（2）采用多种特征筛选和选择性剪接事件的分类算法，建立选择性剪接位点预测模型，并通过交叉验证和测试数据集对模型进行验证和优化。
（3）在预测模型的基础上，对不同类型的选择性剪接位点的序列特征进行分析，包括剪接区域的保守性、二级结构、启动子元件和转录因
子结合位点等。
（4）对模型预测出的结果进行生物学功能验证，例如通过RT-PCR、Western Blot等方法验证预测的选择性剪接事件是否存在，以及对选择性剪接变异所涉及的基因和代谢通路等进行深入探讨。
四、研究意义
选择性剪接位点的预测和序列特征分析对于深入理解基因调控机制、揭示相关疾病的发生发展和预测基因功能具有重要的意义。
本研究将为
预测选择性剪接位点提供一种可靠的预测模型，并深入探究选择性剪接
事件背后的生物学机理，为基因组学和生物信息学的发展提供新的思路
和方法。
RNA选择性剪接的调节机制与功能分析
RNA选择性剪接的调节机制与功能分析RNA是DNA的转录产物，是一个广泛的、功能多样的类似单链DNA分子。
在细胞中，RNA不仅参与到蛋白质合成中，还直接参与到许多其他细胞生命活动过程中，如RNA粘连修饰、RNA间相互作用等。
其中，RNA选择性剪接机制在RNA修饰中占有重要地位。
本文将介绍RNA选择性剪接的调节机制与功能分析。
一、RNA选择性剪接机制的调节RNA的选择性剪接是指在RNA的后转录调节中，通过删除或保留部分内含子来调节RNA的可读性、转录复杂度和功能多样性的一种RNA修饰方式。
如今，已经发现了许多参与到RNA选择性剪接中的因素，其中包括封闭区域分辨物（SR蛋白）、选择性剪接平台蛋白（SPFs）、组蛋白修饰酶、RNA剪接内含子筛选因子等。
下面将简略地介绍这些因素的作用机制。
（一）封闭区域分辨物（SR蛋白）SR蛋白是RNA选择性剪接中最常见的剪接因子。
它主要通过其RNA结合域（RRM）和其RNA结合蛋白结构域（RS域）调节RNA剪接。
RS域与RNA剪接因子相互作用，可以调节它们在侧臂区的浓度。
此外，RRM域还能够共同与RNA序列相互作用，从而导致RNA的选择性剪接。
（二）选择性剪接平台蛋白（SPFs）SPFs是RNA选择性剪接机制中另一个关键因素，它们能够调节侧臂区的剪接。
SPFs的作用主要是增加选择性剪接的复杂度，并且可以增强异构型RNA的生成。
最常见的SPFs是hnRNPA1。
（三）组蛋白修饰酶组蛋白修饰酶在RNA的选择性剪接中也扮演着重要角色。
例如，某些甲基化酶或乙酰化酶可通过对组蛋白的修饰来调节RNA的选择性剪接。
此外，这些酶在RNA生命周期中还能够调节RNA的稳定性和结构。
（四）RNA剪接内含子筛选因子除了上述因素外，RNA剪接内含子筛选因子也能够调节RNA的选择性剪接，如退火辅助酶活、辅助RNA结构因子等。
在RNA选择性剪接过程中，这些内含子筛选因子能够按照序列、结构和相互作用来筛选剪接位点和内含子。
内含子的剪接过程
内含子的剪接过程内含子（Intron）是基因中不编码蛋白质的序列，它在基因的表达过程中起到调控作用。
内含子的剪接（Splicing）是指在基因的转录过程中，内含子被切除，而外显子（Exon）被连接起来形成成熟的mRNA分子的过程。
本文将详细介绍内含子的剪接过程。
一、内含子的识别和剪接位点的确定1. 内含子的识别：在基因的DNA序列中，内含子和外显子是交替排列的。
内含子的序列通常富含AT碱基，而外显子富含GC碱基。
通过生物信息学方法，可以预测出基因中的内含子和外显子。
2. 剪接位点的确定：剪接位点是指内含子两端的边界，它决定了内含子在转录过程中被切除的位置。
剪接位点通常具有特定的序列特征，如GT/AG规则。
在剪接位点的上下游，通常存在一些辅助剪接的序列，如分支点（Branch Point）和剪接因子结合位点（Splicing Factor Binding Site）。
二、内含子的剪接过程1. 转录：基因的DNA序列首先被转录成前体mRNA（Pre-mRNA）分子。
前体mRNA分子包含内含子和外显子。
2. 内含子的切除：在内含子的剪接位点，前体mRNA分子发生断裂。
内含子被切除，而外显子被保留。
3. 外显子的连接：切除内含子后，外显子被连接起来形成成熟的mRNA分子。
连接过程是通过RNA连接酶（RNA Ligase）催化下的磷酸二酯键的形成完成的。
4. 成熟mRNA的输出：成熟的mRNA分子从细胞核输出到细胞质，进入翻译系统进行蛋白质的合成。
三、内含子剪接的调控1. 剪接调控元件：内含子的剪接受到多种因素的调控，包括剪接调控元件（Splicing Regulatory Elements）的调控。
这些元件可以影响剪接位点的选择和剪接效率。
2. 剪接因子：剪接因子（Splicing Factors）是一类特殊的蛋白质，它们可以与剪接调控元件结合，调控内含子的剪接过程。
剪接因子包括-serine/arginine-rich（SR）蛋白、-U1/U2/U4/U5 snRNP（Small Nuclear Ribonucleoprotein）等。
选择性剪接
基因密码子偏好性
26
1.研究蛋白质结 构功能中的作用
2.在表达外源基 因方面的作用
3.在生物信息学 研究中的作用
27
基因密码子偏好性: CodonW http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?form=codonw
粘帖目的序列
密码子表的选择 如需计算FOP/CBI 选择相应物种 如需计算CAI选择 相应物种
• 2 Spidey的同源序列文件保存在 c:\zcni\shixi2文件下，名字为Spidey.txt， 使用写字板打开查看。
41
选择性剪接（Alternative splicing）分析
选择性剪接是调控基因表达的重要机制 了解不同物种、细胞、发育阶段、环境压力下基因 的调控表达机制
42
选择性剪接的类型
恒定外显子
内含子保留 5’端选择性剪接位点 3’端选择性剪接位点 外显子遗漏 互斥外显子
可变外显子
43
查询选择性剪接相关的网站
从已知基因的功能推测剪接机制
moter
CpGi130 /CpG130.do web
CpGproD
http://pbil.univlyon1.fr/software/cpgprod_query.html
web
15
CpG岛的预测：CpGPlot
/emboss/cpgplot/index.html
预测结果的氨基酸序列
10
GenomeScan输出结果：图形
11
课堂练习
• 1使用GENSCAN预测序列中可能的ORF。 • 2使用GENOMESCAN预测序列中可能的
ORF。
• 练习用的序列文件在c:\zcni\shixi2文件下， 名字为clone.fasta，使用写字板打开查看。
寻找mRNA的选择性剪接
生物技术通讯ＬＥＴＴＥＲＳＩＮＢＩＯＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹＶｏｌ．１８Ｎｏ．４Ｊｕｌ．，２００７文章编号：１００９－０００２（２００７）０４－０６６０－０３综述寻找ｍＲＮＡ的选择性剪接钱晓龙，周建光军事医学科学院生物工程研究所，北京１００８５０［摘要］在真核生物的基因中，ｍＲＮＡ选择性剪接现象十分普遍。
ｍＲＮＡ选择性剪接导致一个基因多转录本的产生，被认为是高等生物增加蛋白质多样性的主要机制，且已发现与许多人类疾病密切相关。
发现这些转录本的选择性剪接位点、新的外显子和外显子组合，乃至获得这些剪接变异体的完整克隆，对于基因功能的深入研究十分必要。
简要介绍了几种在ｍＲＮＡ水平探索选择性剪接的方法。
［关键词］选择性剪接；剪接变异体；表达序列标签；ｍＲＮＡ；ＲＴ－ＰＣＲ［中图分类号］Ｑ７８［文献标识码］ＡＳｅａｒｃｈｉｎｇｆｏｒｍＲＮＡＡｌｔｅｒｎａｔｉｖｅＳｐｌｉｃｉｎｇＱＩＡＮＸｉａｏ－ｌｏｎｇ，ＺＨＯＵＪｉａｎ－ｇｕａｎｇＢｅｉｊｉｎｇＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｂｅｉｊｉｎｇ１００８５０，Ｃｈｉｎａ［Ａｂｓｔｒａｃｔ］ｍＲＮＡａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇｅｖｅｎｔｓａｒｅｗｉｄｅｓｐｒｅａｄｉｎｅｕｋａｒｙｏｔｉｃｇｅｎｏｍｅ．Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇ，ｌｅａｄｉｎｇｔｏｔｈｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎｏｆｍｕｌｔｉｐｌｅｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｓｆｒｏｍｓｉｎｇｌｅｇｅｎｅｓ，ｉｓｂｅｌｉｅｖｅｄｔｏｂｅｔｈｅｍａｊｏｒｍｅｃｈａｎｉｓｍｅｘｐａｎｄｉｎｇｐｒｏｔｅｉｎｄｉｖｅｒｓｉｔｙｉｎｈｉｇｈｅｒｏｒｇａｎｉｓｍｓ，ａｎｄａｌｓｏｂｅｉｎｇｃｏｒｒｅｌａｔｅｄｗｉｔｈｍａｎｙｈｕｍａｎｄｉｓｅａｓｅｓ．Ｆｉｎｄｉｎｇａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇｓｉｔｅｓ，ｎｅｗｅｘｏｎｓａｎｄｅｘｏｎｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎｓｏｆｔｈｅｓｅｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｓ，ａｎｄｏｂｔａｉｎｉｎｇｔｈｅｉｎｔｅｇｒａｔｅｄｃｌｏｎｅｏｆｔｈｅｍａｒｅｎｅｃｅｓｓａｒｙｆｏｒｆｕｒｔｈｅｒｒｅｓｅａｒｃｈｏｆｇｅｎｅｆｕｎｃｔｉｏｎ．Ｏｎｌｙａｒｅｆｅｒｅｎｃｅｆｏｒｒｅａｄｅｒｓ，ｓｅｖｅｒａｌｍｅｔｈｏｄｓａｂｏｕｔｅｘｐｌｏｒｉｎｇａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇｏｎｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌｌｅｖｅｌｗｅｒｅｉｎｔｒｏｄｕｃｅｄｂｒｉｅｆｌｙｈｅｒｅ．［Ｋｅｙｗｏｒｄｓ］ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇ_ｓｐｌｉｃｉｎｇｖａｒｉａｎｔ_ｅｘｐｒｅｓｓｅｄｓｅｑｕｅｎｃｅｔａｇｓ_ｍＲＮＡ_ＲＴ－ＰＣＲｍＲＮＡ选择性剪接在真核细胞中普遍存在，Ｍｏｄｒｅｋ等通过大规模的表达序列标签（ｅｘｐｒｅｓｓｅｄｓｅｑｕｅｎｃｅｔａｇｓ，ＥＳＴ）分析发现，在人类基因组中有３５％～５９％的基因存在选择性剪接，而这仍可能是一个被明显低估的数值［１－２］。
《2024年基于序列信息预测选择性剪接位点和盒式外显子》范文
《基于序列信息预测选择性剪接位点和盒式外显子》篇一一、引言选择性剪接（Alternative Splicing）是基因表达过程中重要的调控机制之一，通过选择不同的外显子组合来生成不同的蛋白质亚型。
盒式外显子（Exon Skipping）是选择性剪接的一种形式，对于生物体中的多种生物学过程起着关键作用。
因此，准确预测选择性剪接位点和盒式外显子的位置，对于理解基因的复杂调控和蛋白质多样性具有重要意义。
本文旨在基于序列信息，开发一种高质量的预测方法，以实现对选择性剪接位点和盒式外显子的准确预测。
二、材料与方法1. 数据收集我们收集了来自不同物种、不同组织类型的选择性剪接事件的RNA序列数据，并对这些数据进行预处理和质量控制。
此外，我们还收集了已知的选择性剪接位点和盒式外显子的相关信息，以作为我们的训练数据集。
2. 预测方法基于深度学习和机器学习算法，我们开发了一种新的预测模型。
该模型通过分析RNA序列的特定模式和特征，如剪接位点的信号、外显子长度和GC含量等，来预测选择性剪接位点和盒式外显子的位置。
我们使用大量的正负样本进行训练和优化，以提高模型的准确性和泛化能力。
3. 模型评估我们使用交叉验证和独立测试集来评估模型的性能。
通过计算敏感性、特异性、精确度和F1值等指标，我们评估了模型在预测选择性剪接位点和盒式外显子方面的准确性。
三、结果与讨论1. 预测结果我们的模型在测试集上取得了较高的预测准确率，能够有效地识别出选择性剪接位点和盒式外显子的位置。
与传统的预测方法相比，我们的模型在敏感性和特异性方面均表现出较好的性能。
2. 结果分析通过对预测结果的分析，我们发现RNA序列的特定模式和特征与选择性剪接位点和盒式外显子的位置密切相关。
我们的模型能够有效地捕捉这些特征，从而提高预测的准确性。
此外，我们还发现不同物种和不同组织类型的RNA序列在选择性剪接方面存在差异，这为进一步研究基因表达调控和蛋白质多样性提供了新的思路。
人类基因常见的剪切位点
人类基因常见的剪切位点前言：基因是生物遗传信息的载体，也是控制生命活动的关键。
而基因剪切是指在转录后的原始mRNA分子上，经过核内切割，选择性的通过文本融合形成最终的支链前体mRNA。
随着科学技术的不断进步，人类对于基因结构和功能的了解也越发深入。
而其中，基因剪切的研究则受到了特别的重视。
下面，我们来一起了解一下人类基因常见的剪切位点吧。
1. 5'端叶子状核苷酸剪切位点这种剪切位点常常出现在真核生物的剪切形式中。
它们通常由有短碱性和有结构功能的蛋白质所识别，在剪切位点周围形成复杂的核糖核酸蛋白质复合体。
同时，这种剪切位点还具有一定的保守性特征。
2. 美拉诺球体的内部剪切位点这种基因剪切位点是在真核生物的剪切形式中出现的一种不太常见的剪切位点。
它出现在一些蛋白质转录后的内部，通过一系列的剪切作用将大片段的前体mRNA转化为支链前体mRNA。
此外，这种位点与一些人类疾病有关。
3. 3'端位点这种基因剪切位点指的是原始mRNA的3'端与支链前体mRNA的3'端的连接位置。
在基因剪切过程中，3'端位点的选择通常来自于蛋白质上的核糖核酸结合区域。
4. 受体剪切位点在人类基因中，受体剪切位点是与人类前体mRNA瑞莎有关。
这种基因剪切位点通常与雌激素受体有关，对于乳腺癌这一疾病的发生有着非常重要的作用。
5. 鞭毛剪切位点这种基因剪切位点出现在人类的足球蛋白基因中，是决定该基因转录产物功能和稳定性最重要的因素之一。
它的发现为理解人体形态和运动提供了新的研究途径。
总结：在基因研究的领域中，基因剪切研究一直以来都是非常热门的一个方向。
而在人类基因中，剪切位点则成为了研究的重点之一。
以上介绍的五种基因剪切位点只是众多位点中的一小部分，但是已足以展现出其在基因学中的重要性。
对于科学家而言，深入了解这些剪切位点有助于他们更准确地认识人类基因的构成和运作方式，进而为人类生命的研究提供更精准的支持。
真核生物核基因mrna前体的剪接机制
真核生物核基因mrna前体的剪接机制下载提示：该文档是本店铺精心编制而成的，希望大家下载后，能够帮助大家解决实际问题。
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推荐几个不错的RNA剪接位点
推荐几个不错的RNA剪接位点
推荐几个不错的RNA剪接位点（内含子/外显子）预测网站
在分析基因组数据时，经常需要预测基因的RNA选择性剪切方式，即内含子和外显子的位置和数量。
预测是基于RNA剪接的保守性序列“GT－AG”规则，即内含子5’端序列一般是GT，而3’端一般是AG，当然它们附近的序列也是有一定规律的，但不是很保守。
根据这一特点并结合ORF, Blast等数据就可以对未知基因的成熟mRNA序列进行预测。
下面我推荐几个比较专业的RNA剪切预测网站：
1. Augustus （功能相当强大，预测比较准确，并没有特种特异性，强烈推荐）
2. SplicePort （功能也很全面，推荐）
3. GeneSplicer （只针对以下几个物种：Plasmodium falciparum (malaria), Arabidopsis thaliana, human, Drosophila, and rice）
4. NetGene2 （只针对：Human, C. elegans, A. thaliana）
5. MaxEntScan （只针对Human）
PS：以上只针对某某物种的不代表其它物种不支持，只是结果可能不很准确，对于同一基因，可以参考结合以上不同的服务器给出的结果。
选择性RNA剪接及其在遗传治疗中的应用
选择性RNA剪接及其在遗传治疗中的应用RNA剪接是一种基因表达调控机制，它指的是对mRNA前体分子的选择性剪接过程，通过这一过程，mRNA前体分子上不必要的基因信息被去除，使得mRNA分子具有更高的特异性和亚型多样性。
选择性RNA剪接是指mRNA前体分子通过选择性剪接而表达出多个亚型的情况。
选择性RNA剪接的发现和应用给遗传病治疗带来了新的机会。
选择性RNA剪接的机制选择性RNA剪接的机制复杂而多变。
在不同的剪接事件中，aSS（alternative splicing sites) 位点的选择可能是不同的，常见的选择有SAM、Cassette、Mutually exclusive exons、Terminal exon skipping等。
除了aSS位点的选择，U2 snRNP-SF3b复合物的结合、U1 snRNP的结合等机制也会影响aSS的选择。
目前，发现和研究选择性RNA剪接主要采用两种方法：远程PCR和高通量测序。
在PCR扩增DNA时，可以采用选择性剪接的内部引物和外部引物，然后对剪接后表达的异源mRNA进行直接测量。
高通量测序可以全面分析整个基因组或一组剪接变异的RNA。
通过这两种方法，能获得选择性RNA剪接的全貌。
选择性RNA剪接在人类疾病治疗中的应用选择性RNA剪接在疾病治疗方面被广泛研究。
因为选择性RNA剪接可以生成许多不同且具有疾病相关的蛋白。
对这种剪辑变异的研究可以为疾病治疗提供新的治疗目标，这其中不乏一些高水平的研究结果。
目前，选择性RNA剪接在疾病治疗中的应用有三个方面：首先，选择性RNA剪接的分子机制研究可以为基因疾病的诊治提供具体的分子病理学基础。
比如，选择性RNA剪接的机制可以揭示某些遗传病的发病机制，如神经元运动病。
在当前疾病治疗中，嗜神经因子及其受体与神经疾病的易感性密切相关。
例如，作为载体本身会改变NOS活性，而NOS活性对主要的神经传递途径，即神经元的NO信号转导至重要蛋白质，如cGMP、GPCR、钙通道等也有作用。
【CN110010201A】一种RNA选择性剪接位点识别方法及系统【专利】
(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请号 201910305376.6(22)申请日 2019.04.16(71)申请人 山东农业大学地址 271018 山东省泰安市泰山区岱宗大街61号(72)发明人 孙晓勇 李瑞 魏庆功 (74)专利代理机构 济南圣达知识产权代理有限公司 37221代理人 杨晓冰(51)Int.Cl.G16B 30/10(2019.01)G16B 40/00(2019.01)(54)发明名称一种RNA选择性剪接位点识别方法及系统(57)摘要本发明公开了一种RNA选择性剪接位点识别方法及系统，该方法包括以下步骤：选取RNA选择性剪接位点数据和非RNA选择性剪接位点数据，并对其进行预处理，利用预处理后的数据构建训练集、验证集与测试集，并生成相应的标签；搭建卷积神经网络与循环神经网络相结合的深度学习神经网络模型；利用训练集中数据训练深度学习神经网络模型；采用训练后的深度学习神经网络模型对测试集中数据进行识别，得到RNA剪接位点和非RNA剪接位点。
本发明可以快速准确的识别并预测新的RNA选择性剪接位点。
权利要求书2页 说明书9页 附图3页CN 110010201 A 2019.07.12C N 110010201A1.一种RNA选择性剪接位点识别方法，其特征是，该方法包括以下步骤：选取RNA选择性剪接位点数据和非RNA选择性剪接位点数据，并对其进行预处理，利用预处理后的数据构建训练集、验证集与测试集，并生成相应的标签；搭建卷积神经网络与循环神经网络相结合的深度学习神经网络模型；利用训练集中数据训练深度学习神经网络模型；采用训练后的深度学习神经网络模型对测试集中数据进行识别，得到RNA剪接位点和非RNA剪接位点。
2.根据权利要求1所述的RNA选择性剪接位点识别方法，其特征是，所述RNA选择性剪接位点数据和非RNA选择性剪接位点数据的获取方法为：以RNA供体剪接位点作为中心，选取其上游和下游一定长度的数据序列作为RNA供体选择性剪接位点数据；以RNA受体剪接位点作为中心，选取其上游和下游一定长度的数据序列作为RNA受体选择性剪接位点数据；选择RNA供体剪接位点与RNA受体剪接位点之间的中心作为非RNA剪接位点；以非RNA剪接位点作为中心，选取其上游和下游一定长度的数据序列作为非RNA选择性剪接位点数据。
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如何找到选择性剪接位点位置？
2014-05-10 15:42:17 来源：浏览次数：92 网友评论 0 条
[如何找到选择性剪接位点位置？] 举例说明如下。
一个mRNA片段在基因库的登录号为BG334944。
首先，登录/Entrez/，在NCBI的Entrez界面找到这个EST的核苷酸序列。
在页面上部的对话框中键入登录号BG3 [ncbi 选择性剪切剪切位点外显子基因组序列蛋白质]
举例说明如下。
一个mRNA片段在基因库的登录号为BG334944。
首先，登录http://www. /Entrez/，在NCBI的Entrez界面找到这个EST的核苷酸序列。
在页面上部的对话框中键入登录号BG334944，下拉菜单中选择Nucleotide，点击Go。
结果页面显示有关登录号BG334944的条目。
为了在FASTA格式(一种生物学信息程序的常用格式)找到这个序列，在这个页面上把下拉菜单变成FASTA后点击Text，产生一个包含FASTA格式的序列的新页面，然后将序列拷贝下来。
为了确定这段序列在基因组中的位置，使用UCSC的BLAT工具。
登录http://genome.ucs /，将你的网页浏览器指到UCSC基因组浏览器的主页开始搜索。
在页面一侧的蓝色框里，从Organism下拉菜单中选择human，然后点击Blat。
然后将从上面Entrez得到的FASTA格式的序列粘贴到BLAT搜索页面的大的文本框上。
把Freeze下拉菜单变成Dec. 2001，将Query Type下拉菜单变成DNA，然后点击Submit。
服务器将很快找出搜索结果：唯一与之匹配的是一段长为636bp的片段，位于9号染色体上，为正链。
为了得到更加详细的资料，在页面上条目的左边点击details链接，得到一个长的页面，界面包含三个部分：mRNA序列(上部)，基因组序列(中部)以及和基因组序列相对应的mRNA 序列对齐比较。
在序列对齐比较(alignment)图中，和cDNA及基因组序列匹配的碱基是用暗绿色的大写字母标记的。
缺口用稍低的黑体字标记。
淡蓝色稍高的碱基标记的是缺口两边序列对齐比较区域的结合部分，常常是剪接位点。
返回BLAT摘要页面搜索，点击browser。
这将产生一个用图解说明特异性的mRNA序列在对应的基因组序列上的位置。
标记Chromosome Band(染色体带)的路径提示mRNA位于9q34.11。
询问序列本身出现在标记有Your Sequence from BLAT Search的直线上。
页面上显示的序列是不连续的：相似的区域显示为垂直线，缺口显示为细的水平线，排列的方向由箭头的方向表示。
被查询的EST的比对排列区域对应于已知基因的外显子立即显示在线条的下面(Known GENEs,在这里是RAB9P40)。
在UCSC的搜索框内键入EST的名称BG334944，将会产生一个与上述点击browser相似的结果。
这个例子的部分目的是阐述BLAT的用途。
大约图谱向下到一半的位置是标记着Human ESTs That Have Been SplICEd的路径(人类已经剪接的ESTs)。
因为所有的ESTs都浓缩在一条线上，这个路径最初显示比较密集，所有的EST密集排列在一条直线上。
点击该路径标记，可以看到这一区域内与基因组比对
排列的所有EST，这些EST可能代表了具有不同剪接位点的转录物(抄本)。
这将扩展这个
图形的区域，所以每一个EST占据一条直线。
ESTs的长度是可变的，但是大部分包含已知基因的相同的外显子并且(大概)以同样的方式剪接。
仔细地检查并与已知基因相比较，提示有一些ESTs缺失了一个或多个外显子。
留心查看标记了BE798864和W52533的线条，前者缺失第5外显子，而后者则缺失第4、5、6外显子。
通过点击特定的线条可以考察任何ESTs的详细资料。
比如，点击BE798864所在的线条，可以得到这个EST的详细资料页面。
这个EST与基因组序列有99.8%的同源性。
在标记有EST/genomic Alignments区域点击任何超链接线条都会返回到实际上的一个碱基挨一个
碱基的排列。
EST的末端可以不同，但是在推测有外显子缺失附近区域的序列是相同的。
当mRNA改变其编码的野生型蛋白质序列的时候，这个mRNA很可能存在生物学意义上的的选择性剪接。
为了确定EST BE798864是否会编码不同于已知基因(RAB9P40)编码的蛋白质，我们可以用NCBI的BLAST 2 Sequences工具直接比较这两个序列。
首先，打开一个新的浏览器窗口，因为上面的搜索资料在这儿也需要，当需要使用多个网页工具时，这样将避免过分使用浏览器的前进和后退键。
然后从/BLAST登录BLAST主页。
在Pairwise BLAST标题下选择BLAST 2 Sequences。
在这个页面上，用户可以仅仅输入登录号而不用输入剪切和粘贴的序列进入对话框。
对于EST来说，仅在标有Enter accession or GI for Sequence 1的对话框中输入EST 的登录号(BE798864)。
获得RAB9P40的登录号需要返回前面的图解，然后点击基因路径。
一旦这些都做好了，在标有Enter accession or GI for Sequence 2的对话框中输入基因的登录号(NM_005833)。
确认Program下拉菜单设定在blastn(比较两个核苷酸序列)，然后点击页面底部的Align键就会得到所示的比对排列图。
序列1 (the EST)默认为查询序列，而序列2(已知基因)则被默认为目标序列。
起始于第三行末端排列的已知基因翻译的蛋白序列也显示出来，检查这些排列发现这个EST缺失153个核苷酸(该mRNA第360–512核苷酸)，对应于BE798864缺失的第5外显子。
这个缺口在开放读码框架内，所以这个EST
可以编码与已知基因具同源性但稍短的蛋白质。
由于EST序列测定的特点决定，ESTs经常包含测序错配率远远高于已经完成的基因组序列甚而基因组草图序列的错配率。
但令人鼓舞的是EST BE798864在基因组序列上排列完好，其编码的蛋白质可能与已知基因编码的蛋白质具有相同的结构。
另外，从UCSC图解来看，这个区域的其他ESTs如BE779110也会引起RAB9P40的第5外显子缺失。
但是，所有这些预测都必须通过上面讲的EST–genomic排列质量来检验。
最后的选择性剪接的证
据当然还必须在实验室中才能找到。
关键词：ncbi选择性剪切剪切位点外显子基因组序列蛋白质。