如何用Gaussview在分子结构图上把键长值显示出来
分子轨道
普通化学 I 实验
一、实验目的
1. 了解原子轨道线性组合成分子轨道的原理，以及原子轨道之间相位的含义。
2. 掌握电子按照构造原理依次填充分子轨道的过程。
3. 了解分子轨道的能量和分子的键能。
4. 了解分子轨道的节面和对称性符号。
5. 掌握成键轨道和反键轨道的概念和判别方法。
6. 掌握键级的定义和计算方法。
Molecular orbitals
注意两个原子轨道 2 pyA 和 2 pyB 的正负符号与线性组合方程式中的系数符号、以及与图中
原子轨道波函数的相位（红色为正，蓝色为负）是一致的。以此类推，分别画出序号为 3、 5、7 的三个分子轨道是怎样由不同的原子轨道、按照不同的波函数相位组合而成的（组合 系数之间的相对大小可以不必表示出来）。
1 1 H 1S
0.58489 0.96364
2 2 H 1S
0.58489 -0.96364
这一段记录了每个分子轨道的具体信息。第二行横向排列的数字 1 和 2 是分子轨道按能量
5
普通化学 I 实验 由低往高的编号，第三行的对称性符号 SGG、SGU 以及表示占有和空轨道的符号 O、V 与
分子轨道的编号相对应。第四行的 eigenvalues 就是各个分子轨道的能量计算值，单位是
9
普通化学 I 实验 4. 在 O2 的分子轨道中，有几对是能量简并的（能量相差万分之一以内可认为是简并的）？ 直观地解释为什么会出现能量简并的分子轨道。 （4）N2 与 O2 的比较 1. 根据分子轨道中电子的排布方式，解释为什么 O2 是顺磁性的，而 N2 是反磁性的。 2. 在 N2 与 O2 中，各有几个电子占据了成键轨道和反键轨道？按照以下定义公式计算 N2 和 O2 的键级：
Gaussview软件使用手册
Gaussview软件使用手册GaussView是一个被设计来帮助准备输入进入高斯软件的文档以及以图形的形式来检验高斯软件完成并输出的结果的图形化的用户界面。
GaussView是不在高斯软件的计算模块中，而是以前端/后端的模式来协助高斯软件的运行。
GaussView为高斯用户提供了三种主要的便利。
首先，通过它先进的可视化工具，GaussView使得用户可以很快的做出大分子的结构图甚至是很大的分子，然后旋转，在这些分子的基础上经过简单的搜寻操作来编译和放大。
它同样可以载入例如PDB类型的标准的分子结构文档。
第二，GaussView使得建立多种形式的高斯计算变得容易。
它使得准备为普通工作模式以及如ONIOM，QST2/OST3转变结构优化方法，CASSCF计算方法，周期边缘状态计算方法（PBC）以及其他的许多前沿方法的复杂的载入更加简单。
如果高斯软件被安装在了同一台电脑上的话，用户同样可以使用GaussView来进行工作。
最后，GaussView使得用户可以通过多种的图形技巧来检验高斯计算的结果。
高斯的计算结果中可以用图形来表示的有下列几种：1.经过优化的分子结构；2.分子轨道3.任何估算密度的电子密度表面；4.静电潜在表面；5.原子价；6.与振动频率相符的一般模型；7.IR,Raman,NMR,VCD以及其他的频谱；8.结构优化，IRC反应途径的后续，能级表面的扫描以及ADMP和BOMD轨道的模拟；9.整体能量的小部分以及其他来自于相同工作类型的数据；这本书为所有的GaussView结构提供了一个参考。
该软件的每一个程序的结构都被详细记录。
将项目按照一般目的分类。
在每一个分类中，项目是按照逻辑结构来排列的，开始于最简单的项目，然后是引用最广泛的项目，最后是更加复杂和不经常使用的项目。
为了找出用户感兴趣的特殊信息，可以通过索引来打开有关主题或者是特殊的对话框。
颜色收集以及对话在索引中的主题菜单下（下面直接中英语）显示了出来。
GaussView高级技巧(一)
GaussView高级技巧（一）：十个基本高级技巧摘要本文主要介绍了利用GaussView 分子模型的十个高级技巧，其中大多数技巧是鲜为人知的。
这些技巧的组合能够使GaussView发挥巨大威力，可以快速方便地构造出复杂的分子结构。
最后，以构造乙烷的重叠式构象和二茂铁结构为例进一步说明了这些高级技巧的具体应用。
本文主要介绍利用GaussView构建分子模型的高级技巧，希望对大家有所帮助。
本文所使用的版本是GaussView 3。
1. 三个变形工具上图的三个变形工具可以实现平移和旋转分子的某一部分以及断键成键和选择键型等功能，我们不妨将这些工具依次称为“键长”、“键角”和“二面角”工具。
根据需要必须适当选择某些原子的移动方式，有“平移全组”（“T ranslate group”，默认），“平移原子”（“Translate atom”）和“固定”（“F ixed ”）三种，如下图所示。
2. 添加虚原子定义参考原子或参考旋转轴在很多场合，我们可以利用添加虚原子X来定义参考原子或参考旋转轴，然后利用前述的三个变形工具对分子进行我们想要的操作。
一旦操作完成，我们再删除掉原先添加的虚原子。
我们可以用删除工具直接删除（见下图）：但由于虚原子体积很小，有时会被其他原子覆盖，这时无法用删除工具直接删除。
更通用的删除方法是：点击“原子列表”按钮（也可以选择菜单Edit > Atom List...），见下图。
在弹出的“Atom List Editor”窗口中选中要删除的原子，然后选择菜单Edit > Delete Atoms > Selected。
3. 利用加氢工具获得最佳成键位置利用上图的加氢工具可以对某个原子添加一个氢原子。
但这个氢原子的成键取向有时并非我们想要的。
解决办法是：既然我们第一个加氢的取向不理想，那么我们就再添加一个，就这样连续不断地加氢，直到所加的氢原子的位置符合我们需要位置。
然后利用删除工具将前面添加的氢原子全部删除即可。
GaussView高级技巧(一)
GaussView高级技巧（一）：十个基本高级技巧摘要本文主要介绍了利用GaussView 分子模型的十个高级技巧，其多数技巧是鲜为人知的。
这些技巧的组合能够使GaussView发挥巨大威力，可以快速方便地构造出复杂的分子结构。
最后，以构造乙烷的重叠式构象和二茂铁结构为例进一步说明了这些高级技巧的具体应用。
本文主要介绍利用GaussView构建分子模型的高级技巧，希望对大家有所帮助。
本文所使用的版本是GaussView 3。
1. 三个变形工具上图的三个变形工具可以实现平移和旋转分子的某一部分以及断键成键和选择键型等功能，我们不妨将这些工具依次称为“键长”、“键角”和“二面角”工具。
根据需要必须适当选择某些原子的移动方式，有“平移全组”（“T ranslate group”，默认），“平移原子”（“Translate atom”）和“固定”（“F ixed ”）三种，如下图所示。
2. 添加虚原子定义参考原子或参考旋转轴在很多场合，我们可以利用添加虚原子X来定义参考原子或参考旋转轴，然后利用前述的三个变形工具对分子进行我们想要的操作。
一旦操作完成，我们再删除掉原先添加的虚原子。
我们可以用删除工具直接删除（见下图）：但由于虚原子体积很小，有时会被其他原子覆盖，这时无法用删除工具直接删除。
更通用的删除方法是：点击“原子列表”按钮（也可以选择菜单Edit > Atom List...），见下图。
在弹出的“Atom List Editor”窗口中选中要删除的原子，然后选择菜单Edit > Delete Atoms > Selected。
3. 利用加氢工具获得最佳成键位置利用上图的加氢工具可以对某个原子添加一个氢原子。
但这个氢原子的成键取向有时并非我们想要的。
解决办法是：既然我们第一个加氢的取向不理想，那么我们就再添加一个，就这样连续不断地加氢，直到所加的氢原子的位置符合我们需要位置。
然后利用删除工具将前面添加的氢原子全部删除即可。
GaussView-画图技巧
3. 点群工具(是将分子进行对称化)
精选课件
选择菜单 Edit > Point Group...即弹出上 图的点群工具对话框，选定适当的容差值 （tolarence）即可将分子进行对称化，使分 子具有某种点群对称性。点击“Symmetrize” 按钮后，分子就已经具有相应点群对称性了。 如果再选择“Constrain to subgroup”中的某 个点群，则笛卡尔坐标轴的定向将按照分子 的对称轴进行选取，如下图所示。
后面添加其他基团做准备。用基团工具点击 氢原子将氢原子取代掉后即可达到在一定的 成键方向添加某个基团的目的。
例2.1：构造出环戊二烯，用删除工具删 除CH2的两个氢原子。再用加氢工具加一个 氢原子即可得到正确取向的氢。
例2.1：构造出环戊二烯，用删除工具删 除CH2的两个氢原子。用加氢工具加一个氢 原子即可得到正确取向的氢。用羰基点击氢 原子将氢原子取成羰基。
体系的电荷了，没有就是0，自旋多重度就是 2S+1，其中S 是体系的总自旋量子数，其实 用单电子数加 1 就是了。没有单电子，自旋 多重度就是1. 1.6分子几何构型 一般可以用迪卡尔坐标，也可以用Z-矩阵 (Z-Matrix)
精选课件
二，Gaussian 计算实例（进行几何优化,在 起始结构的附近寻找具有最低的能量的结构.）
精选课件
8 复制和粘贴工具进行分子的复制和粘 贴
但其局限性在于只能按照软件默认的方向粘贴
分子，因此往往需要一些后续操作才能符合我们
的要求。
精选课件
9. 平移分子，旋转分子
用快捷键Alt+Shift即可平移。用Ctrl+Alt 即可旋转分子。
精选课件
几何优化
精选课件
在GaussView中利用对称性画分子结构图
在GaussView5.0中利用对称性画二茂铁的分子结构图
Example: 二茂铁分子
Software: Gaussview 5.0
1. 在GaussView的视窗中按五边形大致画出五个C原子
2. 点击Edit/Point group… , Enable Point group symmetry
3. Symmetrize D5h或者较低的对称性, 然后constrain to subgroup to 最高对称性D5h
4. 调整(Modify Bond)C-C键为1.44 angstrom
5. 添加H原子: 点击Build Fragment的下三角, 点选Custom Mode下的”Bond to Target Atom Instead of Deleting It”, 这样才能顺利添加C-H键;设置C-H键为1.07 angstrom
6. 将画好的环戊烷分子复制粘贴一个,大致调整两个分子的间距
(Alt+鼠标左键点在单个分子上,只转动这个分子; Alt+鼠标中键点在单个分子上,只平动这个分子; Alt+Ctrl+鼠标左键点在单个分子上,绕垂直于屏幕的方向转动这个分子)
7. (把这两个分子constrain point group to D5h, ) 调整分子使两个分子交叉重叠, 然后constrain point group to D5d;
8. 选定所有原子，再选定要添加的Fe原子, 右键中选Build, Place Fragment at centroid of selected atoms;（GaussView5.0新增加功能）
9. 调整(Modify Bond)C-C键为2.10 angstrom;
10. Done!。
GaussView
Result ：显示计算的结果，包括电荷，静电势表示的表面，振动,频率，核磁，势能面 扫描，优化等。注意有些结果只能 用检查点文件才能显示。
常用功能键的介绍
以构建一个间氟苯乙烷分子并从 Gview里递交计算为例来说明
(1)双击Gview图标， 打开Gview ，下图就是Gview打开后的窗口
Gview的界面及主要功能键的介绍
GVIEW的界面
第一行为菜单栏:
File:主要功能是建立，打开，保存和打印当前的文件 Save Image 将当前文件保存为图片格式 Preferences。可以在里面改变Gview默认的各种显示的设置。
Edit: 在这里可以完成对分子的剪贴,拷贝,删除 和 抓图等。 Atom List,显示当前分子的内坐标，笛卡儿坐标，分数坐标等。 Point Group 可以显示当前分子的点群及可能有的点群。 PBC显示晶体文件（可以将CIF文件转换为图形，在点PBC按钮后所给并的对话框 中根据选项调节具体显示的格式。 Mos用于显示分子轨道（只有检查点文件，此选项才能给出分子轨道图。 Symmetrize，对当前体系进行对称性控制。
在构建分子前，应对分子的键长，键角和点群等有一个详细的了解。这样在构建过 程中才能更好的把握细节，如构建大分子时，各个集团间的键长，键角和二面角一 定要给的准确。相当一部分的错误（如SCF不收敛，1502报错等）都是分子建模不 合理造成的。分子模型不合理导致程序根据分子模型所得的薛定鄂方程不合理，也 就导致了对方程的解不能顺利完成，所以报错。对于大分子，不会出现分子直线排 步的情况，链烃通常为锯齿型的排列，环之间总是有一定的夹角，共面情况虽有但 不多见，这些都是在构建分子模型的过程中需要注意的。再者，分子建模是量化计 算的一个难点，特别是对金属配合物，块状体系和纳米体系的构建。只有给出合理 的结构，程序才能给出合理的解。如果不能体现出分子的对称性，则程序不能正确 判断分子轨道的对称性，这在涉计到反应机理和轨道相互作用的研究中可能会导致 错误的判断。
gaussview使用简介
（12）．向Gauss递交计算。点Gview界面上Calculation 会出来一种递交计算旳对话框。从所给旳对话框中能够选择工作类型Job Type（如优 化，能量或频率等）;计算措施Method（如半经验措施，HF措施，DFT措施，MP措施 等，还能够选定基组）;Title(对所要做旳计算给一种阐明，以备后来旳查看) Link 0（给 检验点文件命名，还能够在此用RWF命令设置临时数据互换文件旳大小）； General, Guess,（这两个选项主要是给出体系中各原子旳连接关系及怎样给出初始猜测）； NBO（可在此设定NBO计算）,PBC（可在此设定晶体旳有关计算）, Solvation（可在 此设定溶液中旳计算，除了选择溶剂外，还要选择模拟溶剂旳理论模型）旳Gaussian
打开Gview ，下图就是Gview打开后旳窗口
(2)．双击窗口中 图标，得到如下窗口里面有常用旳环状官能团。选中苯环（单 击即可选中）
(3).在目前工作窗口（打开Gview时程序自动打开一种工作窗口，如下图）也可经过 File-new 途径 新建一种工作窗口
在这个窗口中点鼠标左键窗口中就会出现苯分子，见下图
GaussView使用简介
Gview是一种专门设计于高斯配套使用旳软件，其 主要用途有两个构建高斯旳输入文件以图旳形式显示 高斯计算旳成果除了能够自己构建输入文件外， Gview还可读入CHEM3D，HYPERCHEM和晶体数据 等诸多格式旳文件。从而使其能够于诸多图形软件连 用，大大拓宽了使用范围（详见下图）
在构建分子前，应对分子旳键长，键角和点群等有一种详细旳了解。这么在构建过 程中才干更加好旳把握细节，如构建大分子时，各个集团间旳键长，键角和二面角 一定要给旳精确。相当一部分旳错误（如SCF不收敛，1502报错等）都是分子建模 不合理造成旳。分子模型不合理造成程序根据分子模型所得旳薛定鄂方程不合理， 也就造成了对方程旳解不能顺利完毕，所以报错。对于大分子，不会出现分子直线 排步旳情况，链烃一般为锯齿型旳排列，环之间总是有一定旳夹角，共面情况虽有 但不多见，这些都是在构建分子模型旳过程中需要注意旳。再者，分子建模是量化 计算旳一种难点，尤其是对金属配合物，块状体系和纳米体系旳构建。只有给出合 理旳构造，程序才干给出合理旳解。假如不能体现出分子旳对称性，则程序不能正 确判断分子轨道旳对称性，这在涉计到反应机理和轨道相互作用旳研究中可能会造 成错误旳判断。
水分子在高斯view中的内坐标表示
在高斯视图（Gaussian View）中，水分子的内部坐标表示通常使用原子坐标和内部坐标（Internal Coordinates）来描述。
内部坐标是相对于分子内部原子之间的键长、键角和二面角的坐标系统。
对于水分子（H2O），内部坐标通常描述了氧原子（O）与两个氢原子（H）之间的键长和键角。
一种常见的内部坐标表示是使用键长（bond length）和键角（bond angle）来表示水分子的几何结构。
例如，假设氧原子（O）与第一个氢原子（H1）之间的键长为rOH1，氧原子（O）与第二个氢原子（H2）之间的键长为rOH2，氧原子（O）与两个氢原子（H1和H2）形成的键角为θ。
在高斯视图中，可以使用如下形式的内部坐标来表示水分子的几何结构：
css
H1 O H2
rOH1 rOH2 θ
其中，H1、O和H2分别代表氢原子1、氧原子和氢原子2；rOH1和rOH2代表键长；θ代表键角。
需要注意的是，这只是一种常见的内部坐标表示形式，实际上，还有其他不同的内部坐标表示方式，以适应更复杂的分子结构和计算需要。
在使用高斯视图时，您可以根据具体的分子结构和计算需求来选择和设置合适的内部坐标表示方式，以准确描述分子的几何结构和内部坐标关系。
gaussview使用教程1
• 元素板块
• 在周期表中选择元素种类，以及原子的成键 方式
• 端基板块提供了一些列已经过AM1方法优化的端 基碎片，默认端基为羰基。
• 环形板块提 供了一系列 AM1方方优 化后的环形
结构，默认 环为苯。
• 生物分子下拉菜单可选择所需的是氨基酸或核苷。
• 当选择氨基酸时，左边下拉菜单可选择氨基酸种 类，右边下拉菜单选择分子片断作为中间部分、 氨基端或酰基端。这样就制定了氨基酸的种类。
• Always track point group symmetry：当结构变化时，不断计 算分子所属点群，此选项与对称性限制为None联合使用，当 改变键长的结构参数时，可以看到对称性的变化，通常来说， 只有参数的改变完成后，对称性才会发生改变，对一些大的 体系，此选项可能导致反应时间明显变长。
Bond SmartSlide对话框也可以在没有化学键相连的原子间添 加化学键。当对话框打开时，可通过单击选择所需要的化学 键类型。同样也可以取消原子间的化学键。
• Displacement选项指认当键长改变时，原子所连接的基团的 变化。
• Translate Atom：只移动原子，所连接基团的位置不变。 • Translate Group：原子所连接基团的位置随原子改变（即看
• Rebonding Structures • Rebonding按钮和Edit-Rebond选项：以间距算法为
基础确认原子间距离，Gaussian不用屏幕所显示的 键长信息来计算，这些信息是为了便于我们观看。
Imposing Symmetry对话框
• Imposing Symmetry
• Enable point group symmetry：使Gaussview图形具有对称 性。
实验一、分子模型的构建和优化
实验一、分子模型的构建和优化一、实验目的1. 掌握用Gaussian软件优化分子结构的方法。
2. 掌握构建分子结构的方法。
3. 能够利用Gaussian输出文件分析实验数据并收集所需的数据。
二、实验原理Gaussian软件是一款量子化学软件，其可以通过计算得到分子和化学反应的许多性质，如分子的机构和能量、电荷密度分布、热力学性质、光谱性质、过渡态结构和能量等等。
分子几何构型的变化对能量有很大的影响。
由于分子几何构型而产生的能量的变化，被称为势能面。
势能面是连接几何构型和能量的数学关系。
对于双原子分子，能量的变化与两原子间的距离相关，这样得到势能曲线，对于大的体系，势能面是多维的，其维数取决与分子的自由度。
势能面中，包括一些重要的点，包括全局最大值，局域极大值，全局最小值，局域极小值以及鞍点。
极大值是一个区域内的能量最高点，向任何方向的几何变化都能够引起能量的减小。
在所有的局域极大值中的最大值，就是全局最大值；极小值也同样，在所有极小之中最小的一个就是具有最稳定几何结构的一点。
鞍点则是在一个方向上具有极大值，而在其他方向上具有极小值的点。
一般的，鞍点代表连接着两个极小值的过渡态。
几何优化做的工作就是寻找极小值，而这个极小值，就是分子的稳定的几何形态。
对于所有的极小值和鞍点，其能量的一阶导数，也就是梯度，都是零，这样的点被称为稳定点。
所有的成功的优化都在寻找稳定点，虽然找到的并不一定就是所预期的点。
几何优化由初始构型开始，计算能量和梯度，然后决定下一步的方向和步长，其方向总是向能量下降最快的方向进行。
大多数的优化也计算能量的二阶导数，来修正力矩阵，从而表明在该点的曲度。
当一阶导数为零的时候优化结束，但实际计算上，当变化很小，小于某个量的时候，就可以认为得到优化结构。
对于Gaussian，默认的条件是：力的最大值必须小于 0.00045均方根小于 0.0003为下一步所做的取代计算为小于 0.0018其均方根小于 0.0012这四个条件必须同时满足，比如，对于非常松弛的体系，势能面很平缓，力的值已经小于域值，但优化过程仍然有很长的路要走。
GaussView软件在分子和晶体结构模拟中的使用探究
GaussView软件在分子和晶体结构模拟中的使用探究作者：田亚利张聪杰来源：《化学教学》2015年第06期摘要：在多媒体辅助教学下，为了使学生对分子和晶体的结构有直观的认识，在教学过程中对微观结构的可视化呈现是非常有意义的。
采用生成文件小但功能强大的GaussView图形软件对中学化学中一些典型的分子、晶体等进行结构的模拟，通过与其他几种化学作图软件进行比较，凸显了GaussView图形软件的优越性。
关键词：GaussView软件；中学化学；分子结构；晶体结构文章编号：1005–6629（2015）6–0090–04 中图分类号：G633.8 文献标识码：B在中学化学教材中关于粒子微观结构的教学内容占据了较大的比例，如初中化学内容关于分子、原子、离子的概念，元素的概念等，再如高中化学内容关于物质结构、有机化合物以及晶体结构与性质等[1]。
这类知识在中学阶段大致可以归类为分子结构和晶体结构两部分内容。
在化学学科中，物质的性质由物质的几何结构和电子结构决定[2]，因此，学生只有知道分子和晶体的几何结构以及原子和一些简单分子的轨道图形才能更好地理解和掌握化学知识。
1 图形软件在中学化学教育教学中的应用现状随着信息技术的全面发展，将图形软件作为一种信息资源辅助教学已经成为一种新的教育理念。
目前，已经有许多图形软件应用于中学化学教学中，如GaussView、Chemoffice、Shockwave3D、Authorware等软件，其中Shockwave3D软件对教师的计算机水平要求较高[3]，在中学阶段难以推广；Chemoffice软件在平面分子和3D分子的设计以及化学实验装置的绘制方面具有较大的优势[4]，但是该软件不能绘制晶体结构；Authorware软件则在多媒体课件的制作方面有着强大的功能[5]，但对于分子结构及晶体结构的模拟不够精确。
由于分子结构和晶体结构作为中学化学的难点，同时也是学生今后学习有机化学和结构化学的基础。
gaussian view使用手册
Gaussian View使用手册一、引言Gaussian View是一款用于分子建模和计算化学领域的软件，它提供了一系列强大的功能来帮助用户进行分子结构的建模、分析和计算。
本文将为您介绍如何使用Gaussian View软件进行分子建模和计算的基本操作，包括软件的安装、界面的介绍、分子结构的建立和优化、能量和频率的计算等方面的内容。
二、软件安装与启动1. 下载Gaussian View软件安装包，并按照安装向导逐步进行安装。
2. 安装完成后，双击桌面上的Gaussian View图标，打开软件。
三、界面介绍1. 主窗口：软件的主要操作界面，包括菜单栏、工具栏、分子编辑区、控制台等组件。
2. 分子编辑区：用户可以在此处进行分子结构的建立、编辑和优化操作。
3. 控制台：显示软件运行的状态和输出信息。
四、分子结构的建立与编辑1. 新建分子：点击菜单栏中的“File”-“New”选项，选择分子的基本信息，并在分子编辑区中绘制原子和键。
2. 分子编辑：在分子编辑区中可以通过拖动、旋转、缩放等操作改变分子的结构。
3. 分子优化：点击菜单栏中的“Calculate”-“Optimization”选项，对分子结构进行优化。
五、能量和频率的计算1. 能量计算：点击菜单栏中的“Calculate”-“Single Point Energy”选项，对已优化的分子结构进行能量的计算。
2. 频率计算：点击菜单栏中的“Calculate”-“Frequency”选项，对已优化的分子结构进行振动频率的计算。
六、结果分析与导出1. 结果可视化：在控制台中查看计算过程的输出信息和结果，包括能量、振动频率等数据。
2. 结果导出：将分子结构、能量、振动频率等结果导出为文件，方便后续的分析和报告撰写。
七、常见问题与解决方法1. 软件安装问题：如果在安装过程中遇到问题，可以参考官方的安装文档或联系技术支持。
2. 分子结构优化失败：可能是由于初始结构不合理或参数设置不当，可以尝试调整参数或重新建立分子结构。
GaussView高级技巧(一)
GaussView 高级技巧(一)：十个基本高级技巧摘要本文主要介绍了利用GaussView分子模型的十个高级技巧，其多数技巧是鲜为人知的。
这些技巧的组合能够使GaussView发挥巨大威力，可以快速方便地构造出复杂的分子结构。
最后，以构造乙烷的重叠式构象和二茂铁结构为例进一步说明了这些高级技巧的具体应用。
本文主要介绍利用GaussView构建分子模型的高级技巧，希望对大家有所帮助。
本文所使用的版本是GaussView 3。
1. 三个变形工具上图的三个变形工具可以实现平移和旋转分子的某一部分以及断键成键和选择键型等功能，我们不妨将这些工具依次称为“键长”、“键角”和“二面角”工具。
根据需要必须适当选择某些原子的移动方式，有“平移全组” (“ T ran slate group”，默认)，“平移原子” (“ Tran slate atom”)和“固定” (“F ixed ”)三种，如下图所示。
2. 添加虚原子定义参考原子或参考旋转轴在很多场合，我们可以利用添加虚原子X 来定义参考原子或参考旋转轴，然后利用前述的三个变形工具对分子进行我们想要的操作。
一旦操作完成，我们再删除掉原先添加的虚原子。
我们可以用删除工具直接删除（见下图）：但由于虚原子体积很小，有时会被其他原子覆盖，这时无法用删除工具直接删除。
更通用的删除方法是：点击“原子列表”按钮（也可以选择菜单Edit > Atom List...），见下图。
在弹出的“ Atom List Editor”窗口中选中要删除的原子，然后选择菜单Edit > Delete Atoms > Selected。
3. 利用加氢工具获得最佳成键位置利用上图的加氢工具可以对某个原子添加一个氢原子。
但这个氢原子的成键取向有时并非我们想要的。
解决办法是：既然我们第一个加氢的取向不理想，那么我们就再添加一个，就这样连续不断地加氢，直到所加的氢原子的位置符合我们需要位置。
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用Gaussview画图，分子结构有了，但如何把键长，键角也显示在图片上呢。
看别人已发表的文章，就有显示键长键角值的，
如果在GV中不好操作，可以将结构保存为*.MOL格式文件，在CHEM 3D 2008中打开，可以从结构菜单中选择“Measurements”，再从其子菜单中选择相应的命令以显示键长（Generate All Bond Lengths）、键角（Generate All Bond Angles）或双面角（Generate All Dihedral Angles）。
勾选“Display”列对应的某个键，可在
3D建模区标记该键的键长值。
或以鼠标拖出矩形框的形式选中某个键、某个键角（选中相邻的三个原子）或某个双面角（选中四个连续的原子）时，再从结构菜单中选择“Measurements”，则其子菜单中会出现“Dislpay Distance Measurement”等命令，此时，在打开的“Measurements”显示框中只显示所选中键（键角、双面角）的值。
勾选其“Display”列，可在3D建模区标记所选的键、键角或双面角的值。
就是楼上的，我发现chem3D2008只能显示2.7A，也就是只能显示一位小数，能不能多显示几位啊。
我每次都是保存完图像以后，用画图板自己画上去的呀。