Cytoscape软件画图说明

Cytoscape软件画图说明

1、画图前，先准备两个输入文件。

2、打开cytoscape软件，导入数据。

导入edge.txt文件

点击File ----Import ----Network

点击ok得到原始图形节点1，文件中

第一列

节点2，文件中

第2列

连接类型，文件

中第3列

点击layout ----Apply Preferred Out 改变图形排列方式

此处可以用鼠标在画布中拖动图形到合适的位置。

改变画布背景。点击左侧Contro Panel ----Style---network ---Backgroud paint

设置节点之间连线的宽度和颜色

Contro Panel ----Style---Edge

颜色

宽度

导入node.txt个文件

点击File ----Import ----Table

设置节点图形属性

Contro Panel ----Style---Node

-

1、node大小

通过设置Height和Width来控制大小

2、Node性状

通过设置Shape来控制

3、Node填充色

通过设置Fill Color来控制

4、Node标签的设置

点击Properties -- Label Position

点击Label Position

来设置标签位置。这里是一个示范操作，要细致调整标签位置还是要设

置Column和Mapping Type两个参数。设置完成之后图形

调节节点之间的距离

点击layout ----Scale

鼠标拖动

最后，画图导出成pdf文件

点击File ----Export----Network View as Graphics