生物学数据库20180324
生物学数据库
生物学数据库生物学数据库是存储和管理生物学数据的系统，可以帮助科研人员和学生在生物学领域的研究中获取和分析大量的生物学数据。
随着生物学研究的不断发展和进步，生物学数据库在科学研究中发挥着重要的作用。
本文将介绍生物学数据库的定义、分类、应用以及未来的发展前景。
一、定义生物学数据库是指用于收集、存储、管理和处理生物学数据的电子化系统。
生物学数据可以包括基因组序列、蛋白质结构、代谢途径等各种不同类型的数据。
通过生物学数据库，科研人员可以方便地访问和查询大量的生物学数据，为生物学研究提供了重要的数据支持。
二、分类生物学数据库根据数据类型和应用领域的不同，可以分为不同的分类。
以下是几种常见的生物学数据库分类：1. 基因组数据库：存储和管理各种生物体的基因组序列数据，如NCBI（美国国家生物技术信息中心）的GenBank数据库。
2. 蛋白质数据库：存储和管理蛋白质序列、结构和功能等相关信息的数据库，如PDB（蛋白质数据银行）。
3. 代谢数据库：存储和管理生物体的代谢途径和代谢产物等相关数据的数据库，如KEGG（京都基因与基因组百科全书）数据库。
4. 基因调控数据库：存储和管理基因表达调控相关数据的数据库，如ENCODE（人类基因组的功能元件）数据库。
5. 生物图谱数据库：存储和管理植物和动物生物图谱数据的数据库，如PlantGDB（植物基因数据库）和AnimalTFDB（动物转录因子数据库）。
三、应用生物学数据库在生物学研究中有着广泛的应用。
以下是一些常见的应用领域：1. 基因组学研究：通过基因组数据库，研究人员可以分析不同生物体的基因组序列，并进行基因组比较、基因功能预测等研究。
2. 蛋白质学研究：蛋白质数据库可以帮助研究人员了解蛋白质的序列、结构和功能等信息，以及进行蛋白质互作网络分析等研究。
3. 基因调控研究：基因调控数据库可以帮助研究人员预测和分析基因的转录调控网络，并研究基因的表达调控机制。
4. 代谢途径研究：通过代谢数据库，研究人员可以了解生物体的代谢途径和代谢产物，并分析代谢途径的调控机制等。
第二章 生物学数据库及其检索
二级数据库（ Secondary database ）：在 一级数据库的信息基础上进行计算机加工 处理并增加了许多的人为注释而构成的 （例如：NCBI的RefSeq数据库等）。
Primary vs. Secondary Databases
Curators
Sequencing Centers
Labs
➢ DDBJ的英文版网址： http://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html/
国际上最权威的核酸序列数据库
日本国立遗传研究所的DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp/searches-e.html
（二）基因组数据库GDB
• 基因组数据库(GDB)创建于1990年，是一个专门 汇集人类基因组数据的数据库，为人类基因组计 划(HGP)保存和处理基因组图谱数据。
计算机文档，是统一管理的相关数 据的集合，其储存形式有利于数据 信息的检索与调用。
二、生物学数据库
在生物信息学者们的努力下， 人类基因组序列数据连同其它多种 模式生物的序列数据及各自相应的 基因结构与功能信息皆可供众多生 物学家们免费接入与使用。
模式生物
Ureaplasma urealyticum
Chapter 2
第二节 常用数据库
常用数据库
类 序列
型 一次数据库
核 酸
基因组 序列
一次数据库
一次数据库
蛋
白
质
复合数据库
二次数据库
名称 Genebank EMBL DDBJ GDB SWISS-PROT PIR TrEMBL UniProt MIPS
GenPept NRL-3D
NRDB OWL SWISS-PROT＋ TrEMBL PROSITE PRINTS BLOCKS Pfam IDENTIFY COGs ProDom
20180324--施一公介绍
前体信使RNA 成熟信使RNA 有活性蛋白质
剪接体的剪接
一条信使RNA可以变身成不同 长度、不同序列的成熟信使 RNA（mRNA）。在这过程中， 就需要剪接体发生作用，如左图 所示。
剪接体结构变化危害
单个剪接位点的增加或缺失可能引起α-或β-地中海贫血症
可变剪接平衡紊乱导致的某些外显子不正常表达可能导致额颞骨痴呆症
体的结构生物学研究。
项目难点
剪接体的不稳定性、 巨大的分子量和高 度动态的化学成分 和形态结构
实验研究方法的不 准确
实验材料选择不恰 当
观察手段的落后， 导致分辨率较低
解决方案
改进了相关实验步骤， 降低了剪接体不稳定性 对实验的影响。
将纯化的复合物制备 冷冻电镜样品，利用 单颗粒冷冻电子显微 镜进行观察。
1995年获美国约翰· 霍普金斯大学医学院分子生
物物理博士学位，随后在美国纪念斯隆· 凯特琳 癌症中心进行博士后研究； 2008年，婉拒美国霍华德休斯医学中心研究员的
邀请，全职回到清华工作；
2018年1月9日，辞去清华大学副校长职务，筹建 西湖大学；
简要介绍 2
所获荣誉
2013年4月，当选为美国艺术与科学学院 院士、美国国家科学院外籍院士； 2013年9月，瑞士皇家科学院宣布授予施 一公教授2014年度爱明诺夫奖；
一些剪接体关键蛋白的突变可能引起常染色体显性视网膜色素变性、慢 性淋巴细胞性白血病以及脊髓型肌肉萎缩
剪接体与癌细胞
除遗传性疾病外，癌细胞比正常细胞需要更 加大量的剪接这一现象引起了研究者的高度
关注。相比正常细胞，癌细胞的生长速度更
快，需要更多的能量来源和更迅速的生长周 期，想办法特异性地把癌细胞中剪接体的识 别和剪接体的能力降低甚至消除是一种治疗 癌症的新方向。
生物数据库介绍
GenPept Sequence Records (which contain the amino acid translations from GenBank/EMBL/DDBJ records that have a coding region feature annotated on them)
各种登录号（索引号）的类型（续） Type of Record Protein Sequence Records from PRF RefSeq Nucleotide Sequence Records Sample Accession Format A series of digits (often six or seven) followed by a letter, e.g.:1901178A Two letters, an underscore bar, and six digits, e.g.: mRNA records (NM_*):NM_000492 genomic DNA contigs (NT_*):NT_000347 complete genome or chromosome (NC_*):NT_000907 genomic region (NG_*):NG000019 Two letters (NP), an underscore bar, and six digits, e.g.:NP_000483
生物信息学数据库的分类：
生物信息学数据库
一级数据库
二级数据库
一级数据库
直接来源于实验获得的原始数据（DNA序
列、蛋白质序列、蛋白质结构等），只经 过简单的归类、整理和注释。
一级核酸数据库（3）：GenBank数据库、EMBL数
据库、DDBJ数据库 一级蛋白质序列数据库（2）：SWISS-PROT库、PIR 蛋白信息数据库 一级蛋白质结构数据库（1）：PDB数据库
中国生物医学文献数据库(CBMDisc)
CBMdisc03 CBMdisc02 CBMdisc2K CBMdisc99 CBMdisc97 CBMdisc94
收录 2002-2003 的文献题录。 收录 2001-2002 年的文献题录。 收录 2000 年的文献题录。 收录 1998-1999 年的文献题录。 收录 1995-1997 年的文献题录。 收录 1978-1994 年的文献题录。
R1 预防医学、卫生 学 R2 中国医学 R3 基础医学 R4 临床医学 R5 内科学 R6 外科学 R71 妇产科学 R72 儿科学 R73 肿瘤学
R72儿科学
R722 R723 R725 R726 R729 新生儿、早产儿疾病 婴儿的营养障碍 小儿内科学 小儿外科学 小儿其他疾病
例：查找“风湿性心脏病” 方面的文 献。
3． 标引和分类
中国生物医学文献数据库的全部题录均根据 美国国立医学图书馆的《医学主题词表》(即 MeSH词表)，以及中国中医研究院图书情报 研究所新版《中医药学主题词表》进行了主 题标引 并根据《中国图书资料分类法》R类 第三版 进行了分类标引。
二．数据库文档
2003年中国生物医学文献数据库分为以下文档:
选择合适类名
浏览选择合适分类号
(四)索引途径
索引词表包括数据库中所有可检索字段中的 所有单个字和部分词组，以及主题词、期刊 名称等词组。该表有助于用户通过浏览方式 选词检索。 索引词表检索仅在默认字段进行，即：题目、 文摘、 关键词、地址、主题词、刊名字段
(五)期刊途径
六.显示打印及存盘
主题词注释
1 “加入列表”按钮： 对多个主题词进行 检索时，可将选中 的主题词一一加入 列表， 同时检索 2 “扩展检索选项”： 不扩展，表示仅对 单个主题词进行检 索；·扩展全部树， 表示仅对当前的主 题词及其所有下位 主题词进行检索 3 “加权检索”选项： 表示是否对主题词 进行加权检索(主要 概念主题词或带星 号主题)。
常用的生物数据库(一)2024
常用的生物数据库（一）引言概述：本文将介绍一些常用的生物数据库，这些数据库在生命科学研究中起到了重要的作用。
生物数据库是存储和管理生物学数据的平台，为科学家们提供了丰富的数据资源，便于他们进行进一步的研究和分析。
在本文中，我们将介绍五个常用的生物数据库，分别是A数据库、B数据库、C数据库、D数据库和E数据库。
正文：一、A数据库1. A数据库是一个广泛应用于基因组学研究的生物数据库。
2. A数据库提供了大量的基因序列和蛋白质序列，以及与这些序列相关的注释信息。
3. A数据库还提供了丰富的基因组数据和表达数据，可以帮助研究人员了解基因的功能和调控机制。
4. A数据库还提供了工具和资源，用于基因组比较和功能注释分析。
5. A数据库不仅仅适用于基础研究，也为生物技术和药物开发提供了重要的数据支持。
二、B数据库1. B数据库是一个专门用于蛋白质相关研究的生物数据库。
2. B数据库提供了大量的蛋白质序列和结构信息，以及与这些蛋白质相关的功能和互作信息。
3. B数据库还提供了工具和资源，用于预测蛋白质结构和功能，并对蛋白质相互作用网络进行分析。
4. B数据库不仅仅适用于基础研究，也为药物设计和生物工程提供了重要的数据支持。
5. B数据库的数据来源于多个实验室的研究成果，经过严格的质量控制和标准化处理。
三、C数据库1. C数据库是一个应用于植物研究的生物数据库。
2. C数据库提供了大量的植物基因组数据和表达数据，以及与这些数据相关的注释信息和功能注释分析结果。
3. C数据库还提供了工具和资源，用于植物基因功能分析和代谢途径研究。
4. C数据库不仅仅适用于基础研究，还为农业和生物能源领域的研究提供了重要的数据支持。
5. C数据库的数据来源于多个研究机构和实验室的合作项目，经过严格的数据收集和整理。
四、D数据库1. D数据库是一个广泛应用于微生物研究的生物数据库。
2. D数据库提供了大量的微生物基因组数据和表达数据，以及与这些数据相关的功能注释信息和分类信息。
生物学中的数据库和信息库的构建和应用
生物学中的数据库和信息库的构建和应用生物学作为科学研究的一个重要领域，其知识的积累需要来源于丰富的数据和信息资源。
为了实现生物学研究的有效性与可靠性，建立适合生物学研究的数据库和信息库是必不可少的。
本文将从生物学数据库和信息库的构建、应用以及存在的问题等方面进行探讨。
一、生物学数据库的构建生物学是一个复杂的学科。
要对生物学进行广泛的研究，需要建立大量的数据库和信息库。
生物学数据库是指收集、存储、管理和维护与生物学相关的数据和信息。
生物学数据库的构建主要包括以下四个方面：1. 数据类型的确定在生物学数据库的构建过程中，首先需要确定要收集和存储哪些类型的数据。
这些数据可以是生物分类信息、基因组信息、蛋白质结构数据、代谢通路数据、疾病信息等。
2. 数据收集与整合生物学数据来源广泛，来自于不同的实验室和机构。
因此，在构建生物学数据库时，需要对这些数据进行收集和整合。
数据收集的方式可以是手动采集、网络抓取等。
数据整合的过程包括数据清洗、数据转换、数据合并等。
3. 数据库设计在数据收集和整合完成后，需要对数据库进行设计。
设计时需要考虑到数据库的精度、完整性、安全性等因素，同时也需要考虑到数据的查询和导出功能。
4. 数据库维护生物学数据库需要定期进行维护，包括更新、修复错误数据、备份等。
同时，也需要对数据库进行优化，提升查询速度和性能。
二、生物学信息库的构建生物学信息库是生物学数据库的一种形式，主要是为了方便使用者查询、获取生物学数据、信息。
通过生物学信息库，可以获取到生物学领域的最新进展、技术和方法等。
生物学信息库的构建主要包括以下方面：1. 数据结构和格式的统一为方便使用者的查询和获取，需要将各种类型的数据以同一结构形式存储，并在信息库中提供合适的查询语言和查询接口，以方便使用者进行查询。
2. 数据实时更新生物学信息库需要保持最新的研究进展和技术，因此需要定期更新，保证在使用者进行查询时，所获取的数据是最新的。
生物信息数据库网址
网上生物信息学教程EMBL biocomputing tutorials/Embnetut/Gcg/index.html Plant genome dababase tutorial/pgdic生物信息学机NCBI/International Nucleotide Sequence Database Collaboration. /collab/EBI/USDA/Sanger Centre/北京大学生物信息学中心数据库信息发布及其它GenBank Release Notesftp:///genbank/gbrel.txtdbEST summary report/dbEST/dbESTsummarv.html EMBL release noteshttp://www.bio.unizh.ch/db/docu.html?data=emrel Eukaryotic promoter database release noteshttp://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.htmlKEGG release noteshttp://www.genome.jp/kegg/docs/relnote.html核苷酸数据库GenBank/dbEST/dbEST/index.htmldbSTS/dbSTS/index.htmldbGSS/dbGSS/index.htmlGenome (NCBI)/entrez/query.fcgi?db=Genome dbSNP/SNP/HTGS/HTGS/UniGene/UniGene/EMBL核苷酸数据库/emblGenome (EBI)/genomes/向EMBL数据库提交序列/embl/Submission/webin.htmlDDBJhttp://www.ddbj.nig.ac.jp/启动子数据库Eukaryotic promoter databasehttp://www.epd.isb-sib.ch/转录因子数据库FRANSFAC/pub/databases.htmlTFD基因分类数据库Gene Ontology (GO)蛋白质数据库SWISS-PROT或TrEMBL/swissprot/http://www.expasy.ch/sprot/PIR/pir/PRFhttp://www.prf.or.jp/PDBSTRhttp://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bfind?pdbstrPrositehttp://www.expasy.ch/sprot/prosite.html结构数据库PDB/pdbNDB/NDB/ndb.html/DNA-Binding Protein Database/NDB/structure-finder/dnabind/index.html NMR Nucleic Acids Database/NDB/structure-finder/nmr/index.html Protein Plus Database/NDB/structure-finder/protein/index.html Swiss 3Dimagehttp://www.expasy.ch/sw3d/SCOP/scop/CATH/bsm/cath/酶、代谢和调控路径数据库KEGGhttp://www.genome.ad.jp/kegg/Enzyme Nomenclature Databasehttp://expasy.hcuge.ch/sprot/enzyme.htmlProtein Kinase Resource (PKR)/kinases/LIGANDhttp://www.genome.ad.jp/dbget/ligand.htmlWIT/WIT/EcoCyc/ecocyc/UM-BBD/umbbd/多种代谢路径数据库/stc-95/ResTools/biotools/biotools8.html 基因调控路径数据库(TRANSPATH)http://transfac.gbf.de基因组数据库禾本科比较基因组GrainGeneBotanical Databases/botanicaldatabase.htm Botanical Data/calflora/batanical.html日本水稻基因组(RGP)http://rgp.dna.affrc.go.jp水稻物理图谱/projects/rice/fpc华大水稻基因组框架图欧洲水稻测序（第12染色体）s.frMaize genomeBarley genome/Research/barley/nabgmp.htm Forage grasses genomes//Topics/Species/Grasses/ Triticum genomes/index.shtmlArabidopsis genomeSoyBasehttp://129.186.26.94Alfalfa genomeCotton genomeGlycine max genome/PlantGDB/glycine_max.html /PlantGDBC. elegans genome藻类（Chlamydomonas）基因组/chlamy_genome粘菌（Dictyostelium）基因组Animal genomes (ArkDB)FlyBase/Mouse Genome Informatics/Saccharomyces Genome Database/多种基因组数据库/GenomeWeb文献数据库PubMed/PubMed/OMIM/Omim/Agricola/ag98/Rice Genetics Newsletter/newsletters/rice_genetics Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS) 关键词为基础的数据库检索Entrez/Entrez/Entrez Nucleotide Sequence Search/Entrez/nucleotide.htmlEntrez Protein Sequence Search/Entrez/protein.htmlSequence Retrieval System, Singapore.sg:80/srs5/Sequence Retrieval System, US:80/srs/srscSequence Retrieval System, UK/GetEntry Nucleotide & Protein Sequence Searchhttp://ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8000/getstart-e.htmlDatabase Search with Key Wordshttp://ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8080/dbsearch-e-new.htmlDBGET/LinkDBhttp://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html序列为基础的数据库检索BLAST/BLAST/FASTA/fasta33/index.htmlBLITZ/bicsw/SSearchrs.fr/bin/ssearch-guess.cgiElectronic PCR/STS/Proteome analysis/proteome/多序列分析Clustal multiple sequence alignment:9331/multi-align/Options/clustalw. html BCM:9331/multi-align/multi-align.htmlEBI ClustalW analysis系谱分析PAUP/PAUP/EBI ClustalW analysisGCG package/PHYLIP/phylip.htmlMEGA/METREE/imegHennig86/~mes/hennig/software.htmlGAMBIT/mcdbio/Faculty/Lake/Research/Programs/ MacClade/macclade/macclade.html Phylogenetic analysis/stc-95/ResTools/biotools/biotools2.html ClustalXftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalXMEGA基因结构预测分析GENSCAN/GENSCAN.htmlhttp://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/genscan-simple.html http://bioweb.pasteur.frGeneFinder/gf/gf.shtml/nucleo.htmlGene Feature Searches:9331/Grail/Grail-1.3/GrailEXP/grailexp/GeneMark/GeneMark/eukhmm.cgi/GeneMark/hmmchoice.html Veil/labs/compbio/veil.htmlAAT/aat.htmlGENEIDhttp://www.imim.es/GeneIdentification/Geneid/geneid_input.html Genlang/~sdong/genlang_home.html GeneParser/~eesnyder/GeneParser.htmlGlimmer/labs/compbio/glimmer.htmlMZEF/genefinderProcrustes/software/procrustes/基因分类GO Annotator/gofigure蛋白质结构预测分析Expasyhttp://www.expasy.ch/CBShttp://www.cbs.dtu.dkPredicting protein secondary structure:9331/pssprediction/pssp.html Predicting protein 3D Structureshttp://dove.embl-heidelberg.de/3D/Predicting protein structures:9331/seq-search/struc-predict.html 其它分析工具和软件Putative DNA Sequencing Errors Checkhttp://www.bork.embl-heidelberg.de/Frame/MatInspectorhttp://www.gsf.de/cgi-bin/matsearch.plFastMhttp://www.gsf.de/cgi-bin/fastm.plWeb Signal Scanhttp://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/sigscan/signal.htmlBCM Search Launcher:9331/seq-util/seq-util.html Webcutter/cutter/cut2.htmlTranslate DNA to proteinhttp://www.expasy.ch/tools/dna.htmlABIMhttp://www-biol.univ-mrs.fr/english/logligne.htmlsequence motifs:Pfam/Pfam//ProDomhttp://protein.toulouse.inra.fr/prodom.htmlPRINTS/bsm/dbbrowser/PRINTS/其它多种数据库、分析工具和生物信息学机构/stc-95/Restools/biotools多种数据库和分析工具/Tools/Comparative sequence analysishttp://www.bork.embl-heidelberg.de/功能基因组分析Transcription profiling technologies/ncicgap/expression_tech_info.html Protocols for cDNA array technology/pbrown/array.htmlData management and analysis of gene expression arrays /DIR/LCG/15k/HTML/Examples of commercially available filter arrays: GeneFiltersTM (Research Genetics)Gene Discovery Arrays (Genome Systems)AtlasTM Arrays (CLONTECH)。
中国生物医学文献数据库
中国生物医学文献数据库简介
• 中国生物医学文献数据库（CBMdisc） 是国内最专业、权威的医学、生物学数 据库之一，作为国家查新必备库，已在 国内各医学领域得到了广泛的应用和认 可。中国医学科学院医学信息研究所与 维普资讯有限公司强强联手，整合国内 目前最大最专业的《中国生物医学文摘 数据库》与维普全文数据资源，共同推 出功能更为强大的CBMWeb版。
《中国生物医学文献数据库》（网络版） 功能简介
• 收录1978年至今以来1600多种医学期刊390余 万篇文献，涉及基础医学、临床医学、预防医 学、药学、口腔医学、中医学及中药学等生物 医学的各个领域。 • CBM注重数据的规范化处理和知识管理，根据 美国国立医学图书馆最新版《医学主题词表》、 《中国中医药学主题词表》以及《中国图书馆 分类法-医学专业分类表》进行主题标引和分类 标引。 • CBMWEB检索入口多，检索方式灵活，可获 得良好的查全率和查准率。
中国生物医学文献数据库
一、如何打开数据库
单击“电子资源导航”
输入“中国生物医学文献数据库”， 或 单击“Z”
选择“中国生物医学文献数据库”
点击进入
二、中国生物医学文献数据库 简介
收录时间与收录数量
• 收录时间 文摘：1978年- )/3790000 篇
限定检索：1995-2006
限定检索
结果
发表的单位在广东或广州
检索史：单击AND,OR, NOT 形成新的组合，进行检索
检索结果
帮助
小儿糖尿病，遗传学
输入“糖尿病”，单击“查找” 小儿糖尿病，单击“小儿糖尿病”
小儿糖尿病， 选择复分号：遗传学
小儿糖尿病，遗传学方面文献
（四）期刊检索
2005年《临床内科杂志》
中国生物医学文献数据库CBMdisc
输入词 （倒序） 主题词
✓ 处理方法：输入主题词片段
输入词 （≠） 主题词
✓ 处理方法：在标题中检索选择文摘格式翻 到总页数一半以后的页面确定主题词按主 题词检索途径检索
7. 点击检索按钮， 得到检索结果。
（题录格式）
主题词检索
基本检索
关键词检索：应用关键词对缺省字段（中文题目、 文摘、作者、主题词、特征词、关键词、期刊名 等字段）检索，也叫自由词检索。
A AND B :检索结果同时含有检索式A和检索式B要求的内容。 例：消化性溃疡 AND 胃镜检查
A OR B: 检索结果中含有检索式A或检索式B要求的内容。 例：结肠肿瘤 OR 直肠肿瘤
A AND NOT B: 在含检索式A的检索结果中，去掉含检索式B的 记录。
例：心脏病 AND NOT 冠心病
优先级运算：( ) > AND NOT > AND > OR 例：(贫血 OR 白血病) AND 放射治疗
基本检索
关键词检索：应用关键词对缺省字段（中文题目、文摘、 作者、主题词、特征词、关键词、期刊名等字段）检索， 也叫自由词检索。
指定字段检索：著者、著者单位、刊名、出版年、卷期、 文献类型等检索。
逻辑组配检索：应用逻辑组配符AND、OR、NOT进行检索。 通配符检索：应用*、？等通配符检索。
1. 检索关于药物氯沙坦 (又名科素亚)的综述文献 。 2. 中医治疗慢性肾功能衰竭的文献。
3. 检索中华医学创新杂志发表的磷酸二酯酶抑制剂的 文献 。
4. 护理学杂志上发表的有关膀胱癌护理的文献。 5. 阿糖胞苷治疗难治性早幼粒细胞白血病的文献。 6. 中国中西医结合杂志发表的黄芪治疗肺心病文献。 7. 阿司匹林诱发哮喘的非综述文献。 8. 检索1995年后有关阿斯匹林治疗老年心脏病方面的
生物学数据库大全
生物学数据库大全★INSD,国际核酸序列数据库（International Nucleotide Sequence Databank）。
由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护。
★EMBL库，欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库。
/embl.html★GenBank，美国国家生物技术信息中心（NCBI）所维护的供公众自由读取的、带注释的DNA序列的总数据库。
/Web/Genbank/★ DNA Databank of Japan (DDBJ) ，日本核酸数据库。
http://www.ddbj.nig.ac.jp/★GSDB是由美国国家基因组资源中心（NCGR）维护的DNA序列关系数据库（Genome Sequence DataBase）。
/gsdb/★TIGR DATAbase,是世界上最大的cDNA数据库，还有大量的EST序列和人类基因索引（HGI）。
/tdb/hcd/overview.htmlDNA序列数据库包括与DNA的复制、转录、修复等有密切关系的蛋白质因子。
★BioSino是中国自主开发的核酸序列公共数据库。
/★CUTG,MM子使用频度表。
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.htmlhttp://www.kazusa.or.jp/codon/http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html★EPD,真核生物启动子数据库（Eukaryotic Promotor Database）。
http://www.epd.isb-sib.ch/★TRANSFAC,真核生物基因表达调控因子的数据库。
http://transfac.gbf.de/TRANSFAC★ TRRD.真核生物基因组转录调控区数据库。
http://www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/★OOTFD,转录因子和基因表达数据库。
生物学数据库大全
★ ,国际核酸序列数据库（）.由日本地、欧洲地和美国地三家各自建立和共同维护.★库，欧洲分子生物学实验室地和序列库.★，美国国家生物技术信息中心（）所维护地供公众自由读取地、带注释地序列地总数据库.★() ，日本核酸数据库.★是由美国国家基因组资源中心（）维护地序列关系数据库（）.★,是世界上最大地数据库，还有大量地序列和人类基因索引（）.序列数据库包括与地复制、转录、修复等有密切关系地蛋白质因子.★是中国自主开发地核酸序列公共数据库.★子使用频度表.★,真核生物启动子数据库（）.★,真核生物基因表达调控因子地数据库.★ .真核生物基因组转录调控区数据库.★,转录因子和基因表达数据库.★,真核生物中重复序列数据库.★ ,微卫星重复序列数据库.★数据库是人及其他灵长类代表性地重复片段.★,简单重复序列库.★,复合元件数据库.★,分子探针数据库.★,灵长类调控区序列库，主要是人地和两个高变异区地序列.★,植物顺式作用()调控因子数据库.★是从文献中搜集地植物顺式作用调控元件模体地数据库,只涉及维管植物.★数据库,搜集植物和序列.★同源异型盒()基因数据库.★,寡核苷酸探针数据库( ).★,序列标记位点( )数据库.★.这是地重要组成部分,它包含若干物种地已表达地序列标记信息.★,后生动物线粒体多序列联配数据库,搜集了脊椎动物线粒体中编码蛋白质和地多序列对比数据,以及哺乳动物主调控区序列联配数据.★,脊椎动物同源基因数据库( ).★结构参数库.★数据库,收集实验测定地核小体数据,用于预测中与组蛋白八聚体结合地位点.★ ,随机化序列库.★ ,交替剪接基因地数据库.★,秀丽线虫内含子和交替剪接数据库.★和前者是内含子序列数据库，后者是内含子演化数据库.★,外显子、内含子数据库.★,外显子、内含子数据库.★,核酸晶体结构数据库.★,载体数据库.★和,包分子生物学常用地许多载体地注释和序列信息.序列和核糖体数据库:★年成立地学会，在出版刊物同时，还维护着两个信息网页：★,小核仁数据库....★数据库.★数据库，包含水解酶地亚基序列、联配、二级结构和三维模型.★网点.包含序列、公认蛋白质水解标记、序列联配、确定新地导引，以及简要综述等.★.已经联配好地、加有注释地、按亲缘关系排列地序列数据.★,导引数据库.★,信号识别粒子数据库.★,信使地组分和翻译控制信号数据库.类病毒和类病毒样数据库.★和.是真核生物地’端和’端非翻译区序列地非冗余数据库，搜集这些非翻译区序列中地功能片段.★,似地非编码数据库.★修饰数据库.★,酰氨基合成酶数据库.★序列和基因、结构与功能数据库.★基于地绿色植物线粒体分子和基因地数据库.★、、、、数据库，是一批和核糖体突变数据库.★二级结构网页，也有和地数据.★,已经联配好地、加有注释地、按亲缘关系排列地序列数据.★,编辑序列数据库，包含个无脊椎动质体目物种地线粒体基因和编辑后地序列.★,假扭结数据库.★,核糖体数据库计划.包含小亚基和大亚基地两部分,由已联配地序列以及亲缘树组成.★欧洲核糖体小亚基结构数据库.★欧洲核糖体大亚基结构数据库.★数据库.★,核糖体交链数据库.★和中功能位点数据库.★非正则配对数据库.基因图谱数据库:★,辐射杂交数据库.★数据库.★,人类基因组数据库.★’,人类基因图谱年版.★,人类基因遗传图谱和物理图谱地分布式集成数据库.。
常用的生物数据库
常用的生物数据库在当今的生命科学研究领域，生物数据库就如同一个个巨大的知识宝库，为科研人员提供了丰富的信息和宝贵的数据资源。
这些数据库涵盖了从基因序列到蛋白质结构，从疾病信息到生物进化等各个方面，对于推动生物科学的发展发挥着至关重要的作用。
接下来，让我们一起了解一些常用的生物数据库。
首先要提到的是 GenBank 数据库。
它是由美国国家生物技术信息中心（NCBI）建立和维护的，是全球最全面的核酸序列数据库之一。
GenBank 收录了来自各种生物的 DNA 和 RNA 序列，包括细菌、病毒、真菌、植物和动物等。
科研人员可以通过该数据库查询特定基因的序列信息，了解其结构和功能，为基因研究和基因工程提供了重要的基础。
另一个重要的数据库是 UniProt 。
它是整合了蛋白质序列、功能、分类和相互作用等信息的综合性蛋白质数据库。
UniProt 包含了大量经过人工注释和审核的数据，具有很高的准确性和可靠性。
对于研究蛋白质的结构与功能关系、蛋白质组学以及药物研发等领域来说，UniProt 是不可或缺的工具。
在疾病研究方面，OMIM（Online Mendelian Inheritance in Man）数据库是一个非常有价值的资源。
它主要聚焦于人类遗传疾病，提供了有关疾病的临床表现、遗传方式、基因定位和分子机制等详细信息。
对于医学研究人员和临床医生来说，OMIM 有助于诊断和治疗遗传疾病，以及深入了解疾病的发病机制。
PDB（Protein Data Bank）则是专门用于存储蛋白质和核酸等生物大分子三维结构的数据库。
通过 PDB ，科研人员可以直观地观察到生物大分子的空间结构，从而更好地理解其功能和作用机制。
这对于药物设计和开发具有重要的指导意义，因为药物的作用往往与靶点蛋白的结构密切相关。
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个综合性的生物通路数据库。
中国生物医学文献数据库使用说明
中国生物医学文献数据库
选择复分号（红框内所示内容）。 根据需要选择是否“扩展检索”。 点击“分类检索”按钮。
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中国生物医学文献数据库
期刊检索
红色框为检索入口 包括：刊名、出版单位、出版地、期刊主题词。 蓝色框为检索词输入框。 绿色框为期刊导航，可通过期刊导航逐级浏览。
中国生物医学文献数据库
检索入口处选择“刊名”。 检索词输入框输入“结核”。 点击“查找”按钮，显示期刊列表。 在出现的期刊列表中选择要检索的刊名，如图中红框所示。
中国生物医学文献数据库
检索策略存储
在“检索策略名称”框中输入名称。 点击“存储检索策略”按钮。 一个检索策略即制定完毕。
返回
中国生物医学文献数据库
检索策略调用
登录定题检索后，先前已经保存的检索策略名称会显示在页面下 方，可以点击亮显的检索策略名称浏览其对应的检索式集合 。 可选择一个或多个检索策略文件进行重新检索、最新文献检索或 删除该检索策略 。
中国生物医学文献数据库
设置“年代”及“期数”（默认为全部），选择“期刊刊 名”或“期刊代码”检索。 点击“期刊检索”按钮。
中国生物医学文献数据库
索引检索
检索入口处输入检索词，如“帕金森”。 点击“查找”按钮，显示索引词列表。 在出现的索引词列表中选择，如图中红框所示。 选择索引词后即检索完毕。 返回
中国生物医学文献数据库
选择检索入口“题目”。 输入检索内容“高血压的治疗”。 点击“检索”按钮。 检索结果：题目中含有“高血压的治疗”的所有文献。
中国生物医学文献数据库
在已有检索基础上，可以进行二次检索 重新选择“检索入口”---- “出版年”，在检索框内输入 相应的检索词“1999-2005”，选中“二次检索”，点击 检索按钮，进行二次检索。 检索结果：在已有检索条件的基础上，将文献的出版年 限制在1999-2005年。
中国生物医学文献数据库 CBM
信息素养培训课件
20112012年
18
检索方法
分类检索
在类名 类号输入框输入 R780 4即可实现口腔诊 断学类的检索
信息素养培训课件
20112012年
19
检索方法
分类检索
信息素养培训课件
检出结果
20112012年
20
信息素养培训课件
20112012年
10
检索方法
基本检索
信息素养培训课件
在缺省字段输入关键词
口腔扁平苔癣并勾选智 能检索
20112012年
11
检索方法
基本检索
信息素养培训课件
检出结果
20112012年
12
检索方法
主题检索
所谓主题检索;指采取规范化的主题词基于主题概念进行 检索 与基本检索相比;主题检索能有效提高查全率和查准 率
也可通过期刊分类导航或首字母导航逐级查找浏览期刊
信息素养培训课件
20112012年
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检索方法
期刊检索
可在基本检索入口处 直接输入刊名进行检 索
信息素养培训课件
20112012年
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检索方法
期刊检索
信息素养培训课件
检出结果
20112012年
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检索方法
期刊检索
信息素养培训课件
通过期刊分类导航浏览口 腔医学的期刊
进行主题检索最重要就是找到规范的主题词 可以在基本 检索界面找出标题包含某个检索词的文献;浏览检索结果; 看其对应的标引词是什么;这个就是要找的主题词
信息素养培训课件
20112012年
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EBI
EBI的网站在数据规模与承担的任务方面都与NCBI相当，其 资源也分为数据库、工具、EBI研究小组、培训、帮助等几 个部分，而全部资源及工具则显示在其Site Index页面（ /Information/sitemap.html）中。
DDBJ
DDBJ，全称是DNA Data Bank of Japan。
是日本国立遗传学研究所1986建造的DNA核酸序列 的序列数据库
CNGB
中国国家基因库（China National GeneBank，简称CNGB）， 位于深圳大鹏新区，是中国国家级基因库。2016年9月22日， 中国国家基因库正式投入运营。
它是中国唯一获批筹建的国家基因库，是世界上继美国国家生 物技术信息中心(NCBI)、欧洲分子生物学实验室(EBI)、日本 DNA数据库(DDBJ) 之后第四个基因库.
NCBI的主要任务是创建公共可接入数据库，引导在 计算生物学以及在基因组数据分析方面的软件开发， 同时发布各类生物医学信息。
EBI
EBI（），全称是European Bioinformatics Institute，是隶属于欧洲分子生物学研究室 （EMBL）的一个非盈利性的学术机构，专门从事生物信息 学方面的研究与服务。
几大数据库的关系
这四大数据库各有分工，他们各自收录了世界上所 报道的所有序列数据的一部分。其中美国NCBI的应 用最广泛，国际影响业最大。
每天实时交换数据。 因此，四大国际数据库在任何 给定时间包含相同的数据。
三、重要的生物数据库站点
—美国国家生物技术信息中心 EBI —欧洲生物信息研究所 DDBJ — 日本DNA数据库 CNGB —中国国家基因库
NCBI
NCBI
NCBI(), 全称为National Center for Biotechnology Information，建立于 1988年11月4日，隶属于美国国立卫生研究院 (National Institutes of Health，简称NIH) .
二、生物学数据库的分类
根据存放数据类型的不同，可以分为序列（如 GenBank， SWISSPROT等）、（三维）结构（如 PDB）、文献（如NCBI的PubMed）、序列特征 （如PROSITE， Pfam等）、基因组图谱（如 MapViewer, Ensembl等）、表达谱等多种数据库。 而根据数据库存储的具体内容则还可以分为一级数 据库和二级数据库（primary and secondary databases）以及用户针对性更强的专用数据库 （specialized databases） 。
生物学数据库曾玺 20Biblioteka 8年3月24日生物数据库简介
什么是数据库 生物学数据库的分类
重要的生物信息站点
一、什么是数据库
数据库（database）是一类用于存储和管理数据的 计算机文档，是统一管理的相关数据的集合。其存 储形式有利于数据信息的检索与调用。 数据库开发的主要任务就是将数据以结构化记录的 形式进行组织以便于信息的检索。