细菌的分类与命名微生物命名规则 (2)
兽医微生物学-细菌的分类及命名
2、分类学文献中的细菌拉丁文学名，属 名和种名之后，往往还要加上首次定 名人（加括号）、现名定名人和现名 定名年份，这些均用正体排字。 – 一般兽医学及医学微生物学文献中， 属名和种名之后的部分均予省略。 – 如：Escherichia coli
二、细菌的命名
1、细菌的命名依据“国际细菌命名法规”(The International
Code of Nomenclature of Bacteria)
• 学名用拉丁文，遵循“双名法”。 • 所谓“双名法”就是每一种细菌的拉丁文名称由属
名和种名两部分组成，属名在前，第一个字母必须 大写，其余均应小字。整个属名及种名在出版物中 应排成斜体。 如：Escherichia coli 属名+种名
复习重点
细菌命名与书写的基本原则。
2）核酸分子杂交法
DNA-DNA DNA-rRNA rRNA-rRNA
方法: 待测菌株dsDNA------ssDNA 参照菌株，同位素标记的ssDNA 检测杂合DNA的放射性强度，参照菌株自 身为DNA复性的放射性强度100%
DNA-DNA杂交同源性性 >60%为同种 >70%同一亚种 20~60%为同一属
三、细菌分类鉴定的标准
1、长期以来，细菌分类鉴定的主要依据是 其表型(phenotype)特征
形态 染色 培养 细胞壁结构 生理生化 抗原特性
这些表型特征对细菌的鉴定和分类具有很重要的 作用，尤其是在临床微生物学的实中，至今仍有 应用价值。
2、目前微生物学界普遍考虑的分类依据 是 细 菌 的 种 系 发 生 关 系 (phylogenetic relationship)，即分析其基因特征从而 确定分类地位。
20_细菌的分类和命名
phyta。
如：根据
抗原性
抗原型（血清型）
噬菌体裂解 噬菌体型
生化反应
生化型
生物学特征 生物型
• 同型细菌按其微细差别进一步划分，则划分为 不同旳亚型，亚型不属于细菌正式旳分类单元。
4、菌株（strain）
•又称品系，为同种细菌不同起源旳纯培 养物。同种细菌可有多种菌株，菌株旳 主要性状应相同，次要性状可稍有差别。
16SrRNA寡核苷酸编目
• 五、细菌旳分类体系 • 《伯吉氏系统细菌学手册》（Bergey’s Manual
of Systematic Bacterology），由美国细菌学家 Holt主编，共四卷：
• 第1卷 一般医学和工业方面主要旳G-细菌（ 1984年）
• 第2卷 放线菌以外旳G＋细菌（1986年） • 第3卷 古细菌、蓝细菌及其他G－细菌（1989
• 有关分类位置发生变化和分离鉴定新细菌旳 论文，都应在“国际系统与进行微生物学杂志 ” （IJSEM）原名“国际系统细菌学杂志”（IJSB） 刊登，如在其他杂志刊登，必须提交论文副 本给该杂志公布，两年后无异议，所提出旳 新细菌名称才干生效。
第二节 细菌旳命名
• 细菌旳命名根据国际细菌命名法规采用“双 名法”命名。即用“属名”加“种名”来表达一种 生物旳学名。
四、细菌分类鉴定旳原则
•长久以来，细菌分类鉴定旳主要根据是 其表型特征，即形态、染色、培养、 细胞壁构造、生理生化及抗原性旳特 征。这些表型特征对细菌旳鉴定和分 类具有很主要旳作用，尤其在临床微 生物学实践中，至今仍有应用价值。
目前分类主要旳根据
•主要是根据种系发生关系，即分析其基 因旳同源性，从而拟定分类地位。 措施主要采用三种： 测定DNA分子中碱基(G+C)mol% 核酸分子杂交
细菌的分类与命名-微生物命名规则
细菌得分类与命名细菌分类学细菌分类学（ｔaｘｏｎomy）就是指对细菌进行分类、命名与鉴定得一门学科。
它得任务就是在全面了解细菌得生物学特征得基础上,研究它们得种类，探索其起源、演化以及与其她类群之间得亲缘关系，进而提出能反映自然发展得分类系统，并将细菌加以分门别类.它包括三个方面：分类(claｓsificatiｏn）、命名（ｎomencｌature)与鉴定（iｄentiｆicatｉoｎ)。
一、基本概念1、细菌分类就是根据每种细菌各自得特征,并按照它们得亲缘关系分门别类,以不同等级编排成系统。
分类有两种:①以细菌得形态与生理生化特性为依据得表型特征分类法，包括有传统分类法（classicａｌclassｉｆｉcａｔiｏｎ)与数值分类法(numeｒiｃａl clasｓifｉcatｉｏn）;②用化学分析与核酸分析，以细菌大分子物质(核酸、蛋白质）结构得同源程度进行分类称种系分类(phylogenetic ｃｌassｉficaｔｉoｎ）或自然分类（natural cｌassfｉcａtioｎ）。
2、细菌命名在分类基础上,给予每种细菌一个科学名称，使之在生产实践、临床实践与科学研究工作中相互交流成为可能。
按照细菌命名得法规，能保证所有得科研工作者以同样方式给予细菌命名。
3、细菌鉴定将未知细菌按分类原则放入系统中某一适当位置与已知细菌比较其相似性，用对比分析方法确定细菌得分类地位。
若与已知细菌相同即采用已知菌得名称,不同者则按命名原则确定一个新名称。
二、分类等级细菌得分类等级与其她生物相同，依次为界(kinｇdom）、门(divｉsiｏn）、纲（cｌass）、目(order)、科(fａmilｙ）、属（genus）、种（species）。
细菌属于原核生物界（procarｙoｔae），包括有细菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体与螺旋体.分类等级拉丁字尾比较固定，表示方法如下:目—aｌeｓ、亚目-ｉneae、科-aceae、亚科—oideａae、族—eａe、亚族-inａe。
微生物的分类与命名
微生物的分类与命名微生物是指以肉眼不可见的微小形态存在的生物体，包括细菌、真菌、病毒等多种类型。
对微生物进行分类与命名是为了方便对其进行研究和了解其特性。
本文将介绍微生物的分类与命名，包括细菌、真菌和病毒的分类方法及相应的命名规范。
一、细菌的分类与命名细菌是最常见的一类微生物，广泛存在于自然环境中。
细菌的分类主要基于形态、生理特性、生长条件、代谢方式等多个方面。
1. 形态分类根据细菌的形态特征，可以将其分为球菌（cocci）、杆菌（bacilli）、弧菌（vibrios）、螺旋菌（spirilla）等类型。
其中，球菌为球状或椭圆状，杆菌为长形或短杆状，弧菌为弧形，螺旋菌为螺旋形。
2. 生理特性分类细菌的生理特性也是分类的重要指标之一。
比如，光合细菌（photosynthetic bacteria）能利用光合作用合成有机物质，厌氧细菌（anaerobic bacteria）能在缺氧条件下生存和繁殖。
3. 生长条件分类根据细菌的生长条件不同，可以将其分为嗜热菌（thermophile）、嗜酸菌（acidophile）、嗜盐菌（halophile）等类型。
嗜热菌适应高温环境，嗜酸菌适应酸性环境，嗜盐菌适应高盐浓度环境。
细菌的命名通常遵循国际细菌命名法规定的规范。
该规范要求使用拉丁文或拉丁化的词根作为细菌的属名（genus），并加上表征特定种类的表名（specific epithet）。
例如，大肠杆菌（Escherichia coli）中，“Escherichia”为属名，“coli”为表名。
二、真菌的分类与命名真菌是一类具有真核细胞结构的微生物，包括酵母菌和霉菌等。
真菌根据其生活方式、营养特性和菌丝形态等进行分类。
1. 营养分类真菌的营养方式主要分为 saprophytes（腐生菌）和 parasites（寄生菌）。
腐生菌通过分解死物质为自己提供营养，寄生菌则寄生于其他寄主生物体上。
2. 菌丝形态分类真菌的菌丝形态也是分类的依据之一。
细菌的分类与命名-微生物命名规则（2）
细菌的分类与命名细菌分类学细菌分类学（taxonom y）是指对细菌进行分类、命名与鉴定的一门学科。
它的任务是在全面了解细菌的生物学特征的基础上，研究它们的种类，探索其起源、演化以及与其他类群之间的亲缘关系，进而提出能反映自然发展的分类系统，并将细菌加以分门别类。
它包括三个方面：分类（classif icatio n）、命名（nomencl ature）和鉴定（identif icatio n）。
一、基本概念1.细菌分类是根据每种细菌各自的特征，并按照它们的亲缘关系分门别以细菌的形态和生理生化特性为依类，以不同等级编排成系统。
分类有两种：①据的表型特征分类法，包括有传统分类法（classic al classif icatio n）和数值分类法(numeric al classif icatio n)；②用化学分析和核酸分析，以细菌大分子物质（核酸、蛋白质）结构的同源程度进行分类称种系分类（phyloge neticclassif icatio n）或自然分类（natural classfi cation）。
2.细菌命名在分类基础上，给予每种细菌一个科学名称，使之在生产实践、临床实践和科学研究工作中相互交流成为可能。
按照细菌命名的法规，能保证所有的科研工作者以同样方式给予细菌命名。
3.细菌鉴定将未知细菌按分类原则放入系统中某一适当位置和已知细菌比较其相似性，用对比分析方法确定细菌的分类地位。
若与已知细菌相同即采用已知菌的名称，不同者则按命名原则确定一个新名称。
二、分类等级细菌的分类等级和其他生物相同，依次为界（kingdom）、门（divisio n）、纲（class）、目（order）、科（family）、属（genus）、种（species）。
细菌的分类及命名ppt课件
五、细菌的鉴定 ➢ 纯培养细菌才能进行鉴定。DNA分子水
平的鉴定主要限于专业实验室； ➢ 常规细菌鉴定沿用表型特征检测方法；
有成套检测指标的快速诊断试剂盒 商品化的细菌鉴定试剂盒有Enteotube
系统、API系统、Vitek系统等。 ➢ 有条件的单位可用PCR技术检测鉴定
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1、分类方法 数值分类法：根据细菌的各种性状的数值
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例如 大肠埃希菌的学名全名是： Escherichia coli(Migula) Castellani et Chalmers l919 指的是Migula于1895年命名此菌为 Bacillu coli，Castellani及Chalmers 于1919年改为现名。
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金黄色葡萄球菌的学名为：
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四、细菌分类鉴定的标准
1、长期以来，细菌分类鉴定的主要依据是 其表型(phenotype)特征
形态 染色 培养 细胞壁结构 生理生化 抗原特性
这些表型特征对细菌的鉴定和分类具有很重要的 作用，尤其是在临床微生物学的实中，至今仍有 应用价值。
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2、目前微生物学界普遍考虑的分类依据 是 细 菌 的 种 系 发 生 关 系 (phylogenetic relationship)，即分析其基因特征从而 确定分类地位。
巴氏杆菌
拟杆菌
螺旋状菌
钩端螺旋体 蛇形螺旋体 密螺旋体 疏螺旋体
丝状菌
坏死杆菌
MZN染色阴性
布氏杆菌属 鹦鹉热衣原体
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3、拉丁文学名应按拉丁文字母的发音规 则读念
4、属名重复出现时，拉丁文可缩写，用 第一个字母，为避免混肴，也可用2个 字母。大肠杆菌(E.coli)
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微生物的分类和命名规则
微生物的分类和命名规则微生物是一类微小的生物体，包括细菌、真菌、病毒等。
正确分类和命名微生物对于研究其特性、功能以及与人类的关系至关重要。
本文将介绍微生物的分类和命名规则。
一、微生物的分类1. 界（kingdom）：微生物可以分为五个界，即细菌界（Bacteria）、病毒界（Viruses）、真菌界（Fungi）、古细菌界（Archaea）和原生动物界（Protista）。
2. 门（phylum）：每个界包含若干个门，用于进一步细分不同类型的微生物。
3. 纲（class）：门下又可以划分为若干个纲，纲是进一步划分微生物种类的方式之一。
4. 目（order）：在纲下，进一步的分类单位是目，用于确定微生物之间的更具体的关系。
5. 科（family）：目下面是科，科是微生物分类中的一个重要单位，进一步细化了微生物的分类。
6. 属（genus）：科下面是属，是对微生物进行更为具体的分类。
7. 种（species）：最具体的分类单位是种，常以拉丁学名表示，包含科学名称和命名者的缩写。
二、微生物的命名规则1. 拉丁化命名：微生物的种命名通常使用拉丁学名，以便在不同语言之间保持一致。
2. 属名+种加词：微生物的种名通常由属名和种加词组成，种加词通常是为了描述或特指某种微生物，或者以某个人的名字命名。
如大肠杆菌（Escherichia coli），其中“Escherichia”是属名，而“coli”是种加词。
3. 学名缩写：在科学文献中，为了方便引用，可以使用微生物的学名缩写，通常是属名的首字母缩写加上种加词的首字母缩写。
例如，大肠杆菌的学名缩写为E. coli。
4. 命名者的缩写：在微生物的拉丁学名中，通常会包含命名者的缩写，以表明该微生物是由哪位科学家首次发现并命名的。
5. 国际命名规则：微生物的命名受到国际命名规则的约束，以确保命名的准确性和一致性。
三、案例分析以细菌为例，某科学家发现了一种新的细菌，并决定对其进行分类和命名。
微生物的分类和命名法
微生物的分类和命名法微生物是一类非常特殊的生物体，在自然界中广泛存在，对环境生态和人类健康具有重要影响。
微生物的分类和命名法是对其进行科学归纳和命名的方法，以便于研究和交流。
本文将介绍微生物的分类原则和命名规则，以及这些方法在微生物学研究中的应用。
一、微生物的分类原则微生物的分类是基于其形态、生理特征、生态特征和遗传特征等方面进行的。
下面将介绍三个常用的微生物分类方法。
1. 形态分类法形态分类法是根据微生物的形态特征进行分类的方法。
仅限于通过直接观察和测量微生物形态特征的方法，如细胞形态、胞壁结构等。
常见的形态分类方法有鉴定微生物的颜色、大小、形状等。
2. 生理分类法生理分类法是以微生物的生理过程和生物化学代谢为基础进行分类的方法。
根据微生物对环境中有机物的利用方式、产生特定产品的能力、对气体需求等特征进行分类。
例如，将细菌分为革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌，根据其细胞的染色结果和细胞壁结构。
3. 分子生物学分类法分子生物学分类法是通过研究微生物的基因组、核酸序列、拷贝数和基因型等遗传特征进行分类的方法。
这种分类方法可以更准确地判断微生物的亲缘关系。
常用的分子生物学分类方法有基因测序、DNA指纹图谱等。
二、微生物的命名法微生物的命名法是对微生物进行分类命名的规则，包括属名和种名的命名规则。
下面将介绍微生物的命名法的基本原则和命名规则。
1. 命名法的基本原则微生物的命名法遵循国际野生菌学和细菌学委员会（International Code of Nomenclature for Algae, Fungi, and Plants）制定的规则。
该委员会根据科学共识和实际需要，制定了一系列命名法的基本原则，以确保微生物的命名规范和稳定。
2. 种名的命名规则微生物的种名是由属名和种加词（trivial epithet）组成。
种加词是用来描述微生物特征的词汇，通常用拉丁文或其它国际科学语言表示。
种名应尽量与已有的命名规则保持一致，既要具有描述特征的准确性，又要易于记忆和使用。
微生物检验知识之细菌的分类与命名
微生物检验知识之细菌的分类与命名微生物检验知识之细菌的分类与命名细菌如何分类你知道吗?你对细菌的分类了解吗?下面是yjbys店铺为大家带来的关于细菌的分类的知识，欢迎阅读。
一、微生物在生物化学分类中的地位(一)细菌与原核生物界细菌、衣原体、立克次体、螺旋体、放线菌、支原体归属于原核生物界其分类等级依次为界、门、纲、目、科、属、种(二)真菌与真菌界真菌是真核细胞型微生物，归属真菌界(三)病毒与病毒界病毒没有典型的细胞结构，归属于病毒界病毒的`分类等级依次为科、属、种二、细菌的分类单位、系统和命名(一)细菌的分类单位细菌的分类等级为界、门、纲、目、科、属、种。
临床细菌检验常用的分类单位是科、属、种。
种是细菌分类的基本单位。
形态学和生理学性状相同的细菌群体构成一个菌种;性状相近、关系密切的若干菌种组成属;相近的属归为科，依次类推。
标准菌株：具有该种细菌典型特征的菌株在细菌的分类、鉴定和命名时都以标准菌株为依据标准菌株也可作为质量控制的标准(二)细菌的命名采用拉丁文双命名法：属名 (名词大写) + 种名 (形容词小写)(印刷用斜体)例: Mycobacterium tuberculosis中文名: 种名 + 属名例: 结核分枝杆菌(三)细菌的分类系统目前国际上普遍采用伯杰分类系统。
也有采用CDC(美国疾病预防和控制中心)分类系统。
三、细菌的分类方法(一)生理学与生物化学分类法1.传统分类法原则：生物的基本性质主次原则。
按细胞形态、革兰染色性、鞭毛及代谢特点作为较高一级分类依据。
科、属、种的分类主要依靠生化特性和抗原结构。
2.数值分类法原则：细菌的基本性质同等重要原则采用标准化、成品化和配套生化反应试剂条，检测细菌的数十个生理生化特性。
阴阳性结果—数字—电子计算机进行计算—比较、测定相似度—区分细菌的种群—确定细菌亲缘关系(二)遗传学分类法以细菌的核酸、蛋白质等在组成上的同源程度分类。
目前较为稳定的遗传学的分类方法有下列几种：1.DNA G+C mol测定，简称G-C比。
第七章 微生物的分类命名及鉴定.
其特点是随机的和非系统的。
2、数值分类法
又称表现型分类法。其原理是将多种分类依据如形态、着色性、 有无鞭毛和芽孢、生化反应、营养需要及致病性等全部等同编号， 并将全部数据输入计算机，进行运算和比较，从数字角度来计算细 菌间的相似值，从而确定各种细菌间的亲缘关系。即将拟分类的细 菌按其性状相似程度归类定位。其特点是采用多项分类依据。
菌株
是不同来源的某一种细菌的纯培养物。同一种细菌可以有许多菌株，其主 要性状应完全相同，其次要性状可稍有差异。
(三) 细菌的分类方法
1、传统分类法
该方法是采用传统的双歧法进行分类，即主要依据形态特征，
其次是生理生化特征，然后在细菌的各种性状中，选择一项或数 项被认为是最主要的基本性质，作为分类指征，在最高一级的分 类等阶上将细菌分成若干类别；然后在这些类别中选择数项次要 性状为指征，将细菌作次一等阶分类，依此类推，一直划分到种。
及蓝细菌、紫色光合细菌等。
(二) 细菌分类单元
细菌分类单位和动植物一样,也有纲、目、科、属、种，种是最基本的分 类单元，其次是属。
属
是具有共性的若干种的组合，应与其他属有明显的差异。不同属之间的 16SrRnA序列有较大的差异，但尚未提出差异的量化标准。
种
是微生物学分类的最基本单元，种可认为是一群性质相似的菌株，它 与其他菌株群体有明显差异。凡是16SrRNA序列同源性大于 97%的两株细菌 即可确定为同一种。
形 态 学 检 查
病 原 学 检 查
血 清 学 检 查
报告鉴定结果
（二）细菌的分离与鉴定
1、病料的采集
正确采集病料是细菌分离鉴定的重要环节。采集病料时力求在濒死时或 死后数小时内无菌或尽量减少杂菌污染进行采集。通常可根据所怀疑病的类型 和特性来决定采取哪些器官或组织的病料。一般要求采取病原微生物含量多、 病变明显的部位，同时易于采取，易于保存和运送。如果缺乏临诊资料，剖检 时又难于分析诊断可能属何种病时，应比较全面地取材，例如血液、肝、脾、 肺、肾、脑和淋巴结等，同时要注意带有病变的部分，如怀疑炭疽,则非必要 时不准作尸体剖检。
细菌的分类及命名
细菌分类学包括分类，命名和鉴定
1、细菌分类：根据细菌各自的特征，并 按照亲缘关系分类，以不同等级编排系 统。分类有两种：
①细菌的生理生化分类法，包括有传 统分类法和数值分类法。
②细菌核酸、蛋白质结构的同源程度 进行分类法，称种系分类或自然分类。
2、细菌命名：在分类基础上，给每种 细菌一个科学名称，便于交流并保证所 有的科研工作者给予同样名称。 3、细菌鉴定：将未知细菌按分类原则， 确定细菌的分类地位。
产芽胞
梭菌 芽胞杆菌 炭疽杆菌
抗酸染色阳性
分支杆菌 牛分支杆菌和禽分支杆菌 鼠麻风杆菌 副结核分支菌
无芽胞
棒状杆菌 化脓放线菌
抗酸染色阴性 马红球菌
产单核李氏杆菌
猪丹毒杆菌
丝状或树枝状
MZN染色阴性
牛放线菌 粘性放线菌
MZN染色阳性
星形奴卡菌 刚果嗜皮菌
革兰氏阴性细菌
球菌/球杆菌
耐瑟菌 生摩拉菌 不动杆菌
292230革兰氏阳性细菌革兰氏阳性细菌球菌杆菌丝状或树枝状葡萄球菌链球菌粪肠球菌微球菌mzn染色阴性mzn染色阳性牛放线菌粘性放线菌星形奴卡菌刚果嗜皮菌抗酸染色阳性抗酸染色阴性芽胞杆菌炭疽杆菌分支杆菌牛分支杆菌和禽分支杆菌鼠麻风杆菌副结核分支菌棒状杆菌化脓放线菌马红球菌产单核李氏杆菌猪丹毒杆菌31革兰氏阴性细菌革兰氏阴性细菌球菌球杆菌杆菌mzn染色阴性mzn染色阴性弧状杆菌中等大小杆菌螺旋状菌丝状菌弯曲菌弧菌不动杆菌肠杆菌科假单胞菌波氏杆菌放线杆菌嗜血杆菌巴氏杆菌拟杆菌钩端螺旋体蛇形螺旋体密螺旋体疏螺旋体坏死杆菌布氏杆菌属鹦鹉热衣原体
四、细菌分类鉴定的标准
1、长期以来，细菌分类鉴定的主要依据是 其表型(phenotype)特征
形态 染色 培养 细胞壁结构 生理生化 抗原特性
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细菌的分类与命名细菌分类学细菌分类学(taxｏnｏｍy)就是指对细菌进行分类、命名与鉴定的一门学科。
它的任务就是在全面了解细菌的生物学特征的基础上,研究它们的种类,探索其起源、演化以及与其她类群之间的亲缘关系,进而提出能反映自然发展的分类系统,并将细菌加以分门别类。
它包括三个方面:分类(classiｆｉｃaｔion)、命名(ｎｏmenclatuｒe)与鉴定(ｉdeｎtiｆication)。
一、基本概念1、细菌分类就是根据每种细菌各自的特征,并按照它们的亲缘关系分门别类,以不同等级编排成系统。
分类有两种:①以细菌的形态与生理生化特性为依据的表型特征分类法,包括有传统分类法(cｌaｓsical cｌassｉfｉcaｔｉon)与数值分类法(numerical ｃlａｓsｉfication);②用化学分析与核酸分析,以细菌大分子物质(核酸、蛋白质)结构的同源程度进行分类称种系分类(phylｏｇenetic clａsｓifi ｃatiｏn)或自然分类(ｎaｔural cｌassfiｃａtion)。
２.细菌命名在分类基础上,给予每种细菌一个科学名称,使之在生产实践、临床实践与科学研究工作中相互交流成为可能。
按照细菌命名的法规,能保证所有的科研工作者以同样方式给予细菌命名。
3、细菌鉴定将未知细菌按分类原则放入系统中某一适当位置与已知细菌比较其相似性,用对比分析方法确定细菌的分类地位。
若与已知细菌相同即采用已知菌的名称,不同者则按命名原则确定一个新名称。
二、分类等级细菌的分类等级与其她生物相同,依次为界(kinｇｄｏm)、门(dｉvｉｓion)、纲(ｃlasｓ)、目(ｏrdeｒ)、科(family)、属(gｅnus)、种(ｓpecｉes)。
细菌属于原核生物界(pｒoｃaryoｔae),包括有细菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体与螺旋体。
分类等级拉丁字尾比较固定,表示方法如下:目-ａlｅｓ、亚目-inｅaｅ、科-aｃeae、亚科-oideaae、族-eae、亚族-inａe。
种就是细菌分类的基本单位,将生物学性状基本相同的细菌群体归成一个菌种;性状相近、关系密切的若干菌种组成一个菌属;相近的属归为一科;依次类推。
在两个等级之间,可添加次要的分类单位,如亚门、亚纲、亚属与亚种等。
群与组不就是正式分类等级,就是泛指具有某种共同特性的某个集体,任何等级都可借用。
同一菌种的各个细菌,在某些方面仍有一定的差异,可再分成亚种(ｓubspecies),亚种以下的分类等级为型(tｙpｅ),以区别某些特殊的特征。
例如抗原结构不同而分的血清型(serotype);对噬菌体敏感性不同的噬菌体型(ｐｈagｅtype);对细菌素敏感性不同的细菌素型(bａcｔeriｏcin-type),生化反应与某些生物学性状不同的生物型(biotype)。
由不同来源分离的同一种、同一亚种或同一型的细菌,称为株(straiｎ)。
株的建立就是从一次单独分离物的单个原始菌落传代的纯培养物,例如从10个肺结核患者的痰液中分离出的10株结核分枝杆菌。
具有某种细菌典型特征的菌株称为模式菌(ｔypicaｌｓtraｉn)或标准菌株(ｓtandａrd strａin),它就是该种菌株的参比菌株。
在细菌的分类、鉴定与命名时以模式菌为依据,也可作为质量控制的标准。
三、细菌命名法《国际细菌命名法典》(thｅiｎternaｔional ｃｏｄｅｏｆnomeｎcluture of bactｅria)19９０年修订本(1992年AＳM出版)就是目前公认的命名法典,就是在1975年出版的基础上,经历了10余年,3届国际微生物学会议的努力而通过的一部法典,它确认了1980年1月1日后,由国际系统细菌学杂志(IJSB)合法发表的细菌命名。
细菌的科学名称(学名)的生物双名式(biｎomｅn),具备拉丁化文字的形式与明确分类等级的两个特点,即有一个属名与一个种名构成。
属名在前,就是名词,首字母大写;种名在后,就是形容词,不论就是否为人名或地名均须小写;两者均用斜体表示。
细菌学名的中文译名则种名在前,属名在后。
例如Mycｏｂecteriｕm tubｅr ｃuｌosis(结核分枝杆菌)、Salmoｎella typhｉ(沙寒沙门菌)。
属名也可用第一个字母代表,如M tuberculｏsiｓ、S typhi等。
有时某些常见的细菌也可用习惯通用俗名如tuberｏｕlｏｓｉｓ(结核杆菌)、tｙphoid bacilus(伤寒杆菌)等。
有时泛指某一属细菌而不特指其中的某个细菌则可在属名之后加上sｐ,如Ｍyｃoｂacteｒiｕmｓp,Salmoｎeｌｌa sp,即表示分枝杆菌属与沙门菌属细菌(ｓｐ代表菌种ｓpecies,复数用sｐp);如果使用1个亚种的名称,则在种名后再加亚种名如Klesbsｉｅllａpeｎuｍoniae subspｅciｅsｐnｅumonｉae。
命名法典规定,新的细菌名称必须在IJSB发表后,经过世界公认的国际细菌命名裁定委员会公布,菌名批准目录刊登后正式应用。
凡有关细菌研究的学术论文必须使用上述正式命名的细菌学名。
细菌分类方法细菌的分类就是在对细菌的大量分类标记进行鉴定与综合分析的基础上进行的。
用作细菌的分类标记有形态学、生理生化学、免疫化学与遗传学等方面的性状。
近年来,应用各种现代化技术与设备研究细胞的化学结构与化学组成,分析它们的来源关系,为发展细菌分类学开拓了前景。
一、按表型特征分类法细菌的形态、染色以及细菌的特殊结构就是最早与最基本的分类依据,众多的理化特征如细菌生长条件、营养要求、需氧或厌氧、抵抗力、菌体成分、能否利用某些糖类与有机酸、蛋白质、氨基酸、代谢途径、代谢产生、呼吸酸、毒性酶、毒素、致病力等也一直作为分类依据。
目前,以生理生化学作为细菌分类方法有两种,即传统分类法与数值分类法。
(一)传统分类法1９世纪以来,以细菌的形态、生理特征为依据的分类奠定了传统的分类基础,它选择一些较为稳定的生物学性状,如细菌的形态结构、染色性、培养特性、生化反应、抗原性作为分类依据,然后按主次顺序逐级区分。
这种方法使用方便,分类亦较为明确,但往往带有一定程度的盲目性。
(二)数值分类法２０世纪60年代,随计算机的应用而发展的细菌分类方法。
它对细菌的各种生物学性状按“等重要原则”进行分类,一般需选用5０项以上的生理、生化指标逐一进行比较,通过计算机分析各菌间相似度,划分细菌的属与种,并确定它们的亲缘关系。
二、遗传学分类法遗传学分类就是以细菌的核酸、蛋白质等在组成的同源程度分类。
该分类法具有下述的优点:(１)对细菌的“种”有一个较为一致的概念;(2)使分类不会出现经常性或根本性的变化;(3)可制定可靠的细菌鉴定方案;(４)有利于了解细菌的进化与原始亲缘关系。
目前较稳定的基因型细菌分类法有如下几种。
(一)DNＡG+C moｌ/%测定ＤＮＡ分子两条链上４种碱基的总分子量为100,测定其中G+G或Ａ+T摩尔百分比,能反映出细菌间ＤNA分子同源程度,习惯上以G+C作为细菌分类标记。
不同菌属间的G＋Cmol%范围很大,在2５%~７5%之间,但同一种细菌G+Cmol%相当稳定,不受菌龄、培养条件与其她外界因素影响,亲缘关系越近的细菌,它们Ｇ+C m ｏｌ/%越相近。
目前测定的技术多用加热变性法。
加热变性的DNA由于双链DNＡ分开,使A260紫外吸收度增加。
紫外吸收度的增加与解链程度成正比。
用Tm表示DNA分子中50％解链时的温度,Tm随G+Ｃmol%的含量线性增加。
在通常条件下,Ｇ+Cｍol%为40的DNＡ其Tｍ约为87℃,每增加１%G+Ｃmｏｌ含量,Tm约增加0、4℃,因而通过Tｍ可测出G+Ｃｍol%含量。
(二)核酸同源值测定同一种细菌的G＋Cmｏl％固然应该相同,但G+Cmol%相同的却并不一定就是同一细菌。
因为G+Cｍol％不能反映其碱基的序列。
精确的办法就是利用DNA分子杂交技术测定DNA分子的相似度。
其基本步骤均就是先提取菌株的DＮA,加热变性解链,然后将两种变性的DNA(其中一种为标记DNＡ或rRNA)混合液在一定的温度下保温复性,重新得到杂交的双螺旋ＤNA分子,鉴定其双螺旋结合率。
结合率的大小反映了ＤNＡ碱基序列的相似程度与菌种之间的亲缘关系的亲疏。
DＮA/DNＡ杂交时,同一菌的结合率为100％,８0%~９0%的同源为同一种内、同一亚种的细菌,６0％~70％的同源性为同一种内不同亚种的细菌,20%~60%则认为就是同一属中的不同菌种。
(三)核蛋白体RＮA碱基序列测定细菌核蛋白体RＮA序列比较保守,其变化十分缓慢。
分离提取细菌16SrRNA,用Ｔ1核酸酶消化,分析寡核苷酸的碱基序列可测出ｒRNＡ的相关性。
绘制各类群关系与树状谱,从而确定种系的发生关系。
另一种研究核蛋白体ＲNA碱基序列的方法就是rＲNＡ-DＮA杂交,其基本原理与ＤＮＡ-ＤNA杂交方法相同,只就是最后的结果表示方法不同,常用于两个有差距的微生物间测定,例如用rRＮA-DNA 杂交将假单胞菌属至少可分成5群rＲNA同源群。
细菌分类系统国际上普遍采用伯杰(Berｇey)分类系统,自１９23年《伯杰鉴定细菌学手册》(Be ｒｇey’s ｍａnnｕal oｆｄeｔeｒｍiｎative ｂacteriology)第一版问世以来,每隔四五年修订一次,至１974年已出版至第八版。
1９８4年将其易版为《伯杰系统细菌学手册》(Bergey’ｓmanｕal ｏf syｓteｍｉc baｃteriology),共分4卷。
在此新版中,对细菌的高级分类作了重新安排,以细菌细胞壁的结构特点,将原核生物界分为4个菌门:薄壁菌门(Ｇrａcilｉｃutｅs)、厚壁菌门(Ｆｉrmicｕｔｅs)、软壁菌门(Tenｅricutes)与疵壁菌门(Ｍenｄosiｃｕteｓ)。
伯杰系统细菌学手册第１卷(19８4年)登载医学、工业与普通微生物中重要革兰阴性细菌;第2卷(1986年)为放线菌外的革兰阳性菌,第３卷为古细菌、蓝藻菌与其她革兰阴性菌;第４卷为放线菌。
1994年出版《伯杰鉴定细菌学手册》第９版,该版摘录《伯杰系统细菌学手册》第1卷~４卷所有菌属的表型描述,把所有细菌根据类型排列成1~3５群,除群１1蓝藻菌保留“目”分类单位,其余细菌不设目,除了群5保留肠杆菌科、弧菌科与巴斯德菌科科名与群11蓝藻菌科外,其她均无科名,但以细菌表型为基础的4个主要类型与《伯杰系统细菌学手册》提出的4个菌门正好相对应。
临床上也有采用CＤＣ系统分类,该系统由美国疾病控制与预防中心(ｃeｎｔｅr fｏr diseaｓｅcoｎtｒol and prｅｖenｔｉon,CＤC)使用核酸杂交与核酸序列分析结果编排,如肠杆菌科的CＤC分类法。