酵母转化手册(译自Yeastmaker
酵母转化试剂盒使用说明书第二版
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酵母转化试剂盒使用说明书(第二版)储存条件:Carrier DNA-20℃保存,其它组分可室温保存,有效期1年。
产品内容:Components SK2400-200PEG Solution50mlLiAc Solution50mlCarrier DNA2×1ml说明书1份酵母感受态细胞的制备:1.活化菌种。
-80℃保存的菌种在固体YPDA培养基(YPDA加20g Agar/L)上划线,在30℃培养2-4天。
2.挑取酵母单菌落在固体YPDA培养基上划3-5mm的短线,在30℃培养2-4天。
待酵母单菌落长至2mm长时,接种。
3.首先把酵母细胞接种到3ml液体YPDA培养基中,30℃过夜培养。
4.第二天转接到含有30ml液体YPDA培养基的三角瓶中继续培养,待OD600到0.4-0.5范围内。
收集细胞,1000g,离心5min,去上清。
5.沉淀用30-50ml的无菌的去离子水悬浮。
1000g,离心5min,去上清。
6.沉淀用合适体积的1/10浓度的LiAc悬浮(30ml的酵母菌最多用不超过1mL的1/10浓度的LiAc悬浮,通常100μl的酵母细胞用于转化一个质粒,即一个反应)。
1/10浓度的LiAc稀释方法:100μl LiAc Solution+900μl无菌水。
7.把酵母细胞的悬浮液分装到1.5ml的离心管中,每管分装100μl,用于转化一个质粒即一个反应。
1000g,离心5min,去上清。
制备好的感受态细胞备用。
酵母转化:1.配制预混液,每转化一个质粒即一个反应需要360μl的预混液。
PEG Solution240μlLiAc Solution36μlCarrier DNA10μl质粒(大约200ng/μl)5μl(根据质粒的浓度加入相应的体积)总体积360μl(不足体积用ddH2O补充)2.吸取360μl的预混液加入到感受态细胞中,用枪头反复吹吸沉淀,使离心管底的酵母细胞彻底地悬浮在含有PEG的预混液中。
酵母手册
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酵母转化
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酵母转化(By HMM)1.取50mL YPD液体培养基于100mL已灭菌的三角锥形瓶中,从中吸取1mL培养基于已灭菌的1.5EP管,挑单克隆接种于1mL YPD培养基中,吹吸混匀(可再vortex继续混匀)后转移至50mL的YPD液体培养基中,过夜培养约11h45min;PS: 晚上21:15开始准备,21:30接种完毕开始摇菌。
(30℃ 250rpm)。
2.第二天早上9:15开始准备,取出1mL菌液用于测OD600,用1mL YPD培养基作为Blank. 9:30测完。
PS: a.要求OD600在0.5至0.6之间。
b.测完OD后打冰盒,将ssDNA置于冰上融化。
3.将菌液分装在2支50mL离心管(蓝色,无菌)中(锥形瓶留用),2500Xg常温离心5min.弃上清于之前的锥形瓶中,各用1mL灭菌ddH2O重悬转移至1.5EP管中,共水洗两次,再各用1mL 灭菌ddH2O重悬后转移至同一个5mL无菌EP管中,吹吸混匀置于冰上。
PS:a.离心期间将灭菌水置于65℃烘箱中预热,将所需平板置于30℃培养箱中预热。
b.为避免菌液浓度差异,故将重悬后的菌液混匀,因重悬后体积大于2mL,因此转移至5mLEP管中,也可在2mL EP管中混匀后分装出一部分在一个1.5EP管中。
4.待ssDNA溶化后根据所需量在1.5EP无菌管中分装几管,各100uL(有助于煮沸后迅速冷却)。
PS: a. ssDNA要尽量多出一些,煮沸和转移过程中均有损失。
b.看ssDNA快融化时即可打开水浴锅,中频煮沸(800即可),煮沸ssDNA时用最低频120.5.将ssDNA沸水浴5min, 然后迅速冰浴5min;PS:a.重复沸水浴5min与冰浴5min可提高转化效率。
b.冰浴ssDNA时将50%PEG与1M LiOAc也置于冰上。
6.在超净台中配制mix,vortex混匀。
Component Amount(for 5 transformation)50 % PEG 1.2 ml1 M LiOAc 180 µlSingle-stranded carrier DNA 125 µlPS: 50 % PEG特别粘稠,在分装时容易损失,因此配制mix时要注意量要足够。
酵母转化手册译自Yeastmaker
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3. 所需的附加材料 A. Clontech 的 Ready‐to‐Go Media Pouches Clontech 提供提供预先混合好的培养基,以方便使用 表 1 酵母转化实验所需要的培养基组分
本手册仅供学习交流,不做其他用途,如需 word 版本请发送站内信。
B.培养基的配法 配置好的培养基溶于 500mL ddH2O,121℃高压蒸汽灭菌 15min,在使用前要降 至常温,(液体培养基也可以过滤灭菌)。灭菌时间不能过长。
此方法提供如果要筛文就越有可能是因为该方plus液体培法可以获组分内容所需的附加材clont得3的readyto供提供预先混习交流不做其transforma方法适用于所常规转化方的转化效率是稀有的相互个特殊又重酵母细胞10转化子uogomediap混合好的培养酵母转其他用途如ationsyst所有的酵母方法更为高效是必要的条互作用此方重要的步骤
PEG/LiAc 溶液(聚乙二醇 3350/醋酸锂 溶液) 先配置母液:50% PEG 3350、10X TE Buffer 和 1 M LiAc (10X),转化前再配置工作液,
现配现用。
母液
工作液各组分 配置 10mL 工作液所 要求的终浓度 需各组分母液体积
50% PEG 3350
40%
8 ml
质粒 DNA(浓度、纯度高) 变性的**Yeastmaker 宿主 DNA (10 µg/µl)
Small‐Scale (1.5 ml tube) 100Байду номын сангаасng 5 µl
Library‐Scale (15 ml tube) 5–15 µg* 20µl
(* For example, use 5 µg of bait + 10 µg of prey for yeast two‐hybrid library cotransformation. )
酵母转化
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酵母转化方法步骤1.YPD固体培养基Yeast Extract:10 g;Peptone:20 g;葡萄糖:20 g;Agar:20 g2.1M LiAcLiAc:10.2 g;加水到100 ml高压蒸汽灭菌,4℃保存。
100 mM的LiAc只需将1M LiAc稀释10倍即可。
3.50% PEG3350(50% W/V)4.鲑鱼精DNA(2 mg/ml)i.鲑鱼精DNA:2 mg;加TE缓冲液至10 mlii.振荡溶解后用注射器剧烈抽吸30-40次,沸水浴20分钟后马上置于冰上降温,分装100 μl到1.5ml离心管中-80℃保存。
5.SD-Trp培养基(1L, pH6.8)无氨基氮源(含硫胺酸):6.7g;葡萄糖:20g;-Trp DO supplement:0.74g。
调节pH,121℃高压灭菌20分钟。
酵母热激转化1.将酵母XK1-35在YPD固体培养基划线活化,3-4天菌落长到直径大约2-3 mm待用(菌落平板可放在4℃冰箱保存2至3周)。
2.将单菌落挑到含有50 ml YPD的100 ml三角瓶中,30℃, 220 rpm摇12 h。
3.用分光光度计测量OD值到1.0(即5×107个/ml),吸取5ml培养液加入到含有45 ml YPD的100 ml三角瓶中,终浓度约为5×106个/ml。
4.置于30℃摇床中,200rpm摇至OD值为0.4-0.6(即2-3×107个/ml),约用时3小时(2.5小时测一次OD值防止浓度摇过)。
5.将OD值为0.4-0.6的培养物转移到预冷的50ml的离心管中,置于冰上冷却15分钟,3000g离心5分钟。
后面用到的试剂和仪器都要预冷,所有操作都要在冰上或者4℃。
6.倒掉上清液,加入30 ml预冷的无菌水并将酵母悬浮,同上步离心。
7.倒掉上清液,将酵母悬浮于1 ml 100 mM的LiAc中并转移到一个预冷2 ml无菌离心管中。
毕赤酵母表达操作手册(PDF精译版)
![毕赤酵母表达操作手册(PDF精译版)](https://img.taocdn.com/s3/m/5744372a3169a4517723a319.png)
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毕赤酵母多拷贝表达载体试剂盒用于在含多拷贝基因的毕赤酵母菌中表达并分离重组蛋白综述:基本特征:作为真核生物,毕赤酵母具有高等真核表达系统的许多优点:如蛋白加工、折叠、翻译后修饰等。
不仅如此,操作时与E.coli及酿酒酵母同样简单。
它比杆状病毒或哺乳动物组织培养等其它真核表达系统更快捷、简单、廉价,且表达水平更高。
同为酵母,毕赤酵母具有与酿酒酵母相似的分子及遗传操作优点,且它的外源蛋白表达水平是后者的十倍以至百倍。
这些使得毕赤酵母成为非常有用的蛋白表达系统。
与酿酒酵母相似技术:许多技术可以通用:互补转化基因置换基因破坏另外,在酿酒酵母中应用的术语也可用于毕赤酵母。
例如:HIS4基因都编码组氨酸脱氢酶;两者中基因产物有交叉互补;酿酒酵母中的一些野生型基因与毕赤酵母中的突变基因相互补,如HIS4、LEU2、ARG4、TR11、URA3等基因在毕赤酵母中都有各自相互补的突变基因。
毕赤酵母是甲醇营养型酵母:毕赤酵母是甲醇营养型酵母,可利用甲醇作为其唯一碳源。
甲醇代谢的第一步是:醇氧化酶利用氧分子将甲醇氧化为甲醛,还有过氧化氢。
为避免过氧化氢的毒性,甲醛代谢主要在一个特殊的细胞器-过氧化物酶体-里进行,使得有毒的副产物远离细胞其余组分。
说明书-翻译
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B 检测bait表达
要确定bait是否在酵母中表达,pGBKT7-bait质粒 p53 57 kD Western blot
C 自激活活性检测
BD-bait质粒转化Y2Hgold感受态细胞,SD/-Trp/X and SD/-Trp/X/A
这种分裂表示2个单倍体的亲本细胞和发育的二倍体细胞,有的像三叶草,clover leaf 有的像米老鼠
8.8 1000 g 离心10 min,收集细胞
8.9 50 ml 0.5*YPDA(50 ug/ml kan)清洗烧瓶2次,用这个悬浮收集的细胞。
8.10 1000 g 离心10 min,弃上清。
This system uses SMART cDNA synthesis technology, which allows you to construct cDNA libraries from any tissue source starting with as little as 100 ng of total RNA.
10.1 材料
感受态细胞、DDO/X,QDO/X/A
10.2 小规模转化Y2Hgold感受态细胞:pGBKT7/Bait + Prey(pGADT7,
Empty pGBKT7 +Prey
10.3 100μl 10倍,100倍稀释液涂板(DDO/X,QDO/X/A),30℃培养3~5 d,
混合,2L 烧瓶;c 加45 ml 2*YPDA液体培养基(50 ug/ml kan);d 用1 ml 2*YPDA 清洗的离心管两次,在加到2 L烧瓶中;
酵母双杂交H2Y和Y187系统protocol
![酵母双杂交H2Y和Y187系统protocol](https://img.taocdn.com/s3/m/ee1701c03186bceb19e8bbec.png)
目录(一)介绍 4 (二)试剂盒物品清单 7 (三)额外附加物品列表9 (四)酵母菌株11 (五)酵母载体14 (六)方法简述:单杂交文库的构建和筛选16 方法简述:双杂交文库的构建和筛选17 (七)构建用于酵母单杂交的报告质粒载体18 (八)构建用于酵母双杂交的DNA-BD融合载体19 (九)构建生成cDNA文库21 (十)构建和筛选酵母单杂交和双杂交文库(简述)27 (十一)酵母单杂交文库的构建和筛选28 (十二)酵母双杂交文库的构建和筛选30 方法A:通过酵母配对(Yeast Mating)来筛选目的蛋白30方法B:通过共转化的方法筛选目的蛋白35 (十三)分析阳性相互作用结果38 (十四)问题解决指南44 (十五)参考文献47 (十六)相关产品50 附录A: 双链 cDNA合成的典型结果51 附录B: 酵母感受态的制备—LiAc 法52 附录C:单杂交对照载体信息53 附录D:双杂对照载体信息54 表格列表Table I. BD Matchmaker酵母菌株的基因型11 Table II. BD Matchmaker酵母菌株的表型11 Table III.单杂交系统的载体14 Table IV.双杂交系统的载体15 Table V.各BD-Matchmaker DNA-BD 载体的比较19 Table VI. RNA起始浓度和PCR扩增循环数之间的关系24 Table VII.单杂交共转化的对照实验的设置29 Table VIII.单杂共转化对照实验:期望的结果29 Table IX.双杂交转化的对照实验的设置33 Table X.双杂交配对筛选的对照实验的设置Table XI.双杂交共转化的对照实验的设置Table XII.双杂交共转化的对照实验:期望的结果Table XIII.用于PCR筛选菌落的Assembling Master Mixs图片列表Figure 1.使用BD Matchmaker单杂交系统筛选蛋白-DNA相互作用 4 Figure 2.使用BD Matchmaker单杂交系统筛选蛋白-蛋白相互作用 4 Figure 3.酵母单杂交和双杂交筛选的大致步骤5 Figure 4.构建和筛选BD Matchmaker酵母单杂交和双杂交文库6 Figure 5.酵母菌株AH109和Y187中的报告基因12 Figure 6.BD Matchmaker酵母单杂交文库的构建和筛选16 Figure 7.BD Matchmaker酵母双杂交文库的构建和筛选17 Figure 8.用BD SMART技术合成高质量的ds cDNA 21 Figure 9.BD CHROMA SPIN纯化柱和收集管26 Figure 10.通过酵母重整合作用来构建AD融合文库27 Figure 11.为双杂交筛选AD融合文库32 Figure 12.分析和证明可能的单杂交和双杂交相互作用阳性结果的策略39 Figure 13.通过酵母配对来验证蛋白-蛋白相互作用42 Figure 14.用对照用人胎盘Poly A+ RNA合成双链cDNA 51 Figure 15.p53HIS对照载体的图谱53 Figure 16.pGAD-Rec2-53 AD对照载体的图谱53 Figure 17.pGADT7-RecT AD对照载体的图谱54 Figure 18.pGBKT7-53 DNA-BD 对照载体图谱54 Figure 19.pGBKT7-Lam DNA-BD 对照载体图谱55(一)介绍BD Matchmaker TM Library Construction & Screening试剂盒提供一种简便的方法构建cDNA文库用来进行酵母双杂交和单杂交的筛选,这些试剂盒结合了BD Matchmaker TM Systems和BD SMART TM cDNA Synthesis的技术,只需要用任何组织的1 μg poly A+ RNA 或total RNA就能构建cDNA文库。
TAKARA酵母双杂交实验步骤
![TAKARA酵母双杂交实验步骤](https://img.taocdn.com/s3/m/17d6438bdaef5ef7ba0d3c38.png)
酵母双杂交实验方法一)酵母感受态细胞的制备1. 于YPDA平板上划线培养酵母Y2H Gold菌株,30℃培养约3d;2. 挑取单菌落(2-3mm)接种于YPDA液体培养基中,30℃、250rpm摇培8-12h;3. 接种0.5μL至5mL YPDA液体培养基中(1:1W的接种比例),30℃、250rpm 摇培至OD600 = 0.15~0.3(16-20h);4. 700g离心5min,弃上清后用10mL YPDA(2倍体积)重悬;5. 30℃、230rpm摇培至OD600 = 0.4~0.5(3-5h);6. 将10mL菌液分装成2管5mL,700g离心5min,用3mL ddH2O重悬(0.6倍体积);7. 700g离心5min,用150μL 1.1×TE/LiAc重悬(0.05倍体积);8. 转移至1.5mL离心管后,高速离心15s;9. 用60μL 1.1×TE/LiAc重悬(0.02倍体积)。
二)酵母感受态转化方法1. 感受态细胞转化体系:感受态细胞50μLYeastmaker Carrier DNA(10ng/μL)5μL质粒DNA 100ng**共转化时,prey的质粒DNA量两倍于bait于50μL酵母感受态细胞中依次加入5μL Carrier DNA、100ng 质粒DNA,共转化时,猎物蛋白(未知蛋白)质粒DNA量为诱饵蛋白的2倍。
2. 混匀后加入500μL PEG/LiAc,30℃孵育30min,每10min轻微混匀;3. 加入20μL DMSO,42℃水浴15min,每5min轻微混匀;4. 10000rpm离心15s,用1mL YPD Plus重悬;5. 10000rpm离心15s,用1mL 0.9% NaCl重悬;6. 涂布于二缺培养基,30℃培养。
酵母转化
![酵母转化](https://img.taocdn.com/s3/m/2ee55447cf84b9d529ea7a0f.png)
(1)用于酵母转化的菌落,4℃保存,一般为新生长出来的菌落。
划YPDA 平板,28-30℃培养3-4 天。
挑取酵母直径3mm的菌落接种到5mL YPDA 液体培养基中,30℃培养8-12h。
(2)取5μL 菌液到新的50mL YPDA 培养液中,30℃,200rpm,培养16-20h。
(3)测OD 约在0.15-0.3 之间。
用80mL 无菌离心管以3000g 离心5min,弃上清,收集沉淀。
用100mL YPDA 培养液重悬菌体,30℃,200rpm,培养至OD 达到0.4-0.6,通常需要3~5h。
(4)用80mL 无菌离心管以3000g 离心5min,收集细胞。
(5)弃上清,把沉淀悬浮在30mL 无菌水中,同上,离心。
(6)重复步骤(5)一次。
(7)弃上清,把细胞悬浮在1mL 的100mmol/L 醋酸锂中,转移到一个无菌的1.5mL离心管中。
用1.5ml 1×TE/LiAc 重悬。
(8)高速离心15s,沉淀细胞,用微量移液器吸出上清。
(9)重新悬浮细胞到600μL 1×TE/LiAc 中,到此感受态细胞制备完成。
(10)将用于转化的双链载体DNA 样品煮沸5min,快速放入冰水中冷却。
(11)在1.5ml 离心管中加入2μL 10mg/ml 双链DNA,0.1μg 质粒(若共转AD 和BD质粒则总共0.1μg),混合均匀。
(12)加入100μL 上述感受态细胞轻轻混匀。
(13)向离心管中加入600μL 40% PEG/LiAc,完全混匀,30℃,30min。
每10min 混匀一次。
(14)加入70μL DMSO 至终浓度为10%,42℃,热激15min。
每5min 摇匀一次。
(15)高速离心15 秒,用微量移液器除去上清。
(16)向离心管中加入1ml YPDA 液体培养基,30℃,150rpm,90min。
(17)低速离心,用1ml 生理盐水重悬,取200μL 菌液涂对照培养基和选择平板。
酵母转化
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3.1酵母热激转化A.准备工作:1.固态YPD培养基,液态YPD培养基,20%葡萄糖,筛选培养基,2.预冷无菌水,100mM LiAc,1M LiAc,鲑鱼精DNA,PEG33503.50ml圆底离心管,2ml预冷离心管,1.5ml预冷离心管B.酵母感受态的制备1.提前三天活化酵母菌株,用接种环沾菌液涂YPD平板,30℃培养2.转化前一天晚上,挑取单菌落于50ml YPD液体中,30℃下220rpm摇培12h(第二天早上OD达到1.0左右,浓度为5×107左右即可)3.吸5ml菌液于45ml YPD瓶中,30℃下220rpm摇培2~3h4.OD达到0.4至0.6之间即可,将菌液倒入50ml圆底离心管中,冰上冷却15min(遇冷大离心机,准备50ml圆底离心管,无菌预冷-20℃;LiAc,PEG3350(感受态制备中PEG 3350的作用, 起到乳化剂和缓冲剂的效果,PEG 3350以上的都可以,我一般用的PEG 8000效果更好),DDW均提前4℃遇冷)5.4℃下2500rpm离心5min6.弃上清,加25ml预冷无菌水悬浮菌体。
4℃下2500rpm离心5min(取出鲑鱼精,DNA)7.弃上清,加1ml 100mM LiAc悬浮菌体,转移至2ml预冷离心管中8.4℃下以离心机最大转速离心15s9.吸出上清,加400ul 100mM LiAc,重新悬浮菌体C.转化10.取50ul至2ml 无菌预冷离心管中,微离15s,吸出上清11.PEG3350(50% W/V)240ul1 mol/L LiAc 36ul鲑鱼精DNA(20mg/ml) 25ul质粒DNA 0.7ug基因片段0.7~2ug12.剧烈震荡1min,完全混匀13.30℃,水浴30min14.42℃水浴培养40min(准备倒皿)15.7000rpm离心15s16.弃上清,加600ul DDW悬浮菌体17.吸200ul涂布于筛选平板,30℃培养2-4天D.所需试剂和培养基YPDYeast Extract 10gPeptone 20g + 2% DextroseAgar 20g定容至900mL,左右分开灭菌121℃灭菌20min再加入100mL经过灭菌的20% Dxtrose(10×)P.S. Dextrose、Yeast Extract、Peptone溶液混合后高温下可能发生化学反应,导致基本成分变化,故将二者分别灭菌后再混合Glucose (20%)称取20 g葡萄糖,用蒸馏水溶解定容至100 mL,过滤除菌备用。
Mate_Plate酵母双杂交文库构建中文说明书(clontech)
![Mate_Plate酵母双杂交文库构建中文说明书(clontech)](https://img.taocdn.com/s3/m/de3790bcfd0a79563c1e72fe.png)
系统说明书PT4085-1 (PR013451)Cat. No. 630490Published February 2010“Mate & Plate™”文库构建系统说明书目录I. 介绍&操作流程 (4)II. 组份列表 (5)III. 附加产品推荐 (7)IV. 缩写列表 (8)V. 宿主菌株信息 (9)VI. 对照实验 (10)A. 总论 (10)B. 操作:对照同源重组克隆的实验操作 (10)VII. cDNA文库构建 (11)A. 操作:第一链cDNA合成 (11)B. 操作:长距离PCR (LD-PCR)扩增cDNA (13)C. 操作: CHROMA SPIN™ TE-400 纯化ds cDNA (14)VIII. 双杂交文库构建 (16)A. 酵母双杂交文库构建&筛选总论 (16)B. 操作:制作Mate & Plate文库 (16)IX. 参考文献 (18)X. 疑难解答指南 (19)附录A: 文库滴度测定 (24)附录B: 质粒信息 (22)附录C: 酵母生长培养基&补充物 (23)附录D: SMART™ 技术概述 (25)Protocol No. A Clontech Laboratories, Inc. Version No. PR013451 Takara Bio Company2“Mate & Plate™”文库构建系统说明书目录,续图表Figure 1.利用酵母的生物学知识构建Mate & Plate文库 (4)Figure 2. Mate & Plate文库构建概述 (11)Figure 3. SMART cDNA合成高质量cDNA (14)Figure4. CHROMA SPIN纯化柱和收集管 (15)Figure 5. pGADT7-Rec 载体图谱和克隆位点 (22)Table I:酵母宿主菌株的基因型 (9)Table II:根据不同SD培养基的表型测试 (9)Table III: RNA起始量和PCR最优循环数的相关性分析 (13)Table IV:酵母培养基套装2&酵母培养基套装2Plus的各组份 (23)Table V: Matchmaker黄金酵母操作用独立包装的酵母培养基 (23)Table VI:酵母双杂交筛选用的附加培养基&培养基补充物 (24)_____________________________________________A Clontech Laboratories, Protocol No. PT4085-1 Takara Bio Company Version No.PR0134513“Mate & Plate™”文库构建系统说明书1.介绍&操作流程酵母双杂交系统主要是从prey文库中筛选与已知蛋白(bait)有相互作用的蛋白(prey)。
酵母单杂交手册(translated by mony)
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酵母单杂交手册目录1简介2试剂盒包含的内容3缩写4 Y1H Gold 酵母菌株的相关信息5附加材料&酵母培养基A cDNA扩增、文库构建和筛选所需的附加材料B 相应的培养基要求6诱饵质粒及诱饵酵母菌株的构建A方法:合成、克隆p目的基因-AbAi质粒B方法:构建诱饵-受体酵母菌株7利用AbA r的表达检测诱饵菌株A方法:找到抑制诱饵菌株生长的最低AbA浓度8 cDNA文库的构建A方法:利用SMART技术合成cDNA第一链B方法:利用Long Distance PCR (LD-PCR)扩增cDNA第一链C方法:利用CHROMA SPIN+TE-400 Columns技术纯化合成的双链DNA9单杂交的文库的构建和筛选A方法:单杂交cDNA的文库的构建和筛选10结果分析11阳性克隆检验和猎物(prey)质粒分离A方法:通过划板确认受体表型B方法:酵母菌落PCR以消除Duplicate Clones(假阳性克隆?多拷贝?)C分离和纯化文库中可靠的具有受体活性的质粒D方法:区分阳性克隆和假阳性克隆E分析阳性克隆的序列12问题排除指南13参考文献附录A:质粒信息附录B:酵母生长培养基的配置及所需营养物附录C:SMART技术原理图1 利用Matchmaker Gold One-Hybrid System筛选蛋白-DNA的相互作用图2 将相应的片段整合到Y1HGold菌株,构建诱饵受体菌株图3 利用SMART技术和酵母的特点构建和筛选你的文库图4 通过菌落PCR确认pBait-AbAi构建成功图5 利用SMART技术合成cDNA第一链并因此合成相应的粘性末端能够整合到pGADT7-Rec 图6 利用SMART技术进行扩增图7 利用CHROMA SPIN+TE-400技术并收集产物图8 说明受体基因表达阳性克隆和假阳性克隆之间的活性差异图9 通过共转化选择性培养基验证相互作用图10 pAbAi载体和做对照的p53-AbAi载体图谱图11 pGADT7-Rec载体图谱图12 pGADT7载体图谱表格表1 Y1HGold酵母菌株基因型表2 利用各种SD培养基验证Y1HGold酵母菌株的表型表3 AbA r本底表达的预期结果表4 RNA总量与最佳循环数直接的关系表5 Matchmaker Gold One-Hybrid问题排除指南表6 Set 1酵母培养基和Set 1 Plus酵母培养基的组分表7 Matchmaker Gold Protocols所包含的每一个内容A介绍Matchmaker Gold Yeast One-Hybrid Library Screening System为建立酵母单杂交cDNA文库的建立提供了一个简单高效的方法。
酵母单杂交 实验步骤总结
![酵母单杂交 实验步骤总结](https://img.taocdn.com/s3/m/45b847f5360cba1aa811daef.png)
1 pBait-AbAi载体的构建(酵母报道子的构建)注:酵母报道子(pBait-AbAi)包含目的顺式作用元件的一个或多个拷贝,且插入到pAbAi载体AbAi r报告基因的上游。
大量研究表明最有效的构建应包含目的DNA三个以上的首尾连接的拷贝。
首尾连接的拷贝产生方式很多,但对于长度小于20 bp的调控元件,人工合成寡核苷酸是最方便可靠的途径。
(1)设计并合成包含目的序列的两条反向平行的寡核苷酸序列,且两端加上与pAbAi载体酶切产物一致的粘性末端(建议合成一个目的序列的突变序列作为对照,以排除可能的假阳性)。
(2)用TE buffer溶解寡核苷酸至终浓度100 μmol/L。
(3)将正向链和反向链按照1:1的比例混合(退火后的双链寡核苷酸最大浓度为50 μmol/L)。
(4)95 ︒C保温30 s,去除二级结构。
(5)72 ︒C保温2 min,37 ︒C保温2 min,25 ︒C保温2min。
注:缓慢退火,有助于双链寡核苷酸的形成。
(6)冰上放置。
退火后的产物可贮存在-20 ︒C冰箱备用。
(7)酶切1 μL pAbAi载体,用凝胶回收纯化或柱纯化的方式纯化酶切产物。
注:回收前,可用琼脂糖凝胶检测是否酶切完全。
(8)将退火后的寡核苷酸稀释100倍至终浓度为0.5 μmol/L。
(9)在连接反应管中加入如下成分:pAbAi载体(50 ng/μL) 1.0 μLannealed oligonucleotide (0.5 μmol/L) 1.0 μL10×T4 DNA ligase buffer 1.5 μLBSA(10 mg/mL)0.5 μLNuclease-free H2O 10.5 μLT4 DNA ligase (400 U/μL)0.5 μL总体积15 μL注:如果有必要,可用1 μL nuclease-free H2O代替寡核苷酸作为阴性对照。
(10)将反应体系室温放置连接3 h,转化E coli,采用常规方法检测阳性克隆。
酵母菌表面展示操作步骤之酵母转化与筛选
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酵母菌表面展示操作步骤之酵母转化与筛选酵母菌表面展示技术是一种利用酵母菌作为生物载体,展示外源蛋白质或肽段的方法。
这种技术在生物医学研究、药物发现和工业生物催化等领域具有广泛的应用潜力。
其中,酵母转化与筛选是该技术的关键步骤之一。
本文将介绍酵母转化与筛选的详细操作步骤。
酵母转化是将外源的DNA导入到酵母细胞内的过程。
在酵母表面展示系统中,酵母细胞的表面会显示被选择的外源蛋白质或肽段。
以下是酵母转化与筛选的详细步骤:1. 提取酵母菌:从酵母培养物中提取酵母细胞,可使用离心、滤纸按压等方法。
2. 酵母细胞处理:洗涤酵母细胞以去除不需要的培养基和杂质。
3. 转化质粒DNA的制备:提取和纯化质粒DNA,这些质粒DNA会被导入酵母细胞中。
4. 酵母转化:将转化质粒DNA与酵母细胞一起处理,使质粒DNA转化进入酵母细胞。
5. 细胞恢复:将转化后的酵母细胞在适当的培养基上进行恢复,使其正常生长。
6. 选择性培养基筛选:为了筛选具有转化质粒的酵母细胞,使用含有适当抗生素的选择性培养基进行培养。
7. 验证转化:通过PCR、南方杂交等分子生物学方法,验证酵母细胞是否成功转化。
8. 单克隆的选择:从转化成功的酵母细胞中挑选出单个克隆并进行培养。
9. 酵母细胞培养:将筛选并验证过的酵母单克隆进行大规模培养,以获得足够的蛋白质或肽段。
10. 表面展示鉴定:使用适当的方法,如流式细胞术或免疫印迹,鉴定酵母细胞表面是否成功展示目标蛋白质或肽段。
11. 功能验证:对表面展示成功的酵母细胞进行功能验证,例如与配体的结合能力或酶活性等。
在酵母转化与筛选过程中,需要特别注意以下事项:1. 操作无菌:确保实验室操作环境和培养器具的无菌。
2. 培养基配制:准确配制培养基,包括选择性培养基和适宜的温度、pH值等。
3. 转化质粒DNA的质量和纯度:确保转化质粒DNA的质量和纯度,以提高酵母转化效率和筛选准确性。
4. 酵母细胞的培养和处理:定期检查和保存酵母细胞,适时进行酵母细胞培养和处理。
酵母电转化——精选推荐
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酵母电转化(2006)1)将划线培养的毕赤醉母GS115单菌落接种于3mLYPD培养基中,280度,250r/min 摇荡培养24-48h,2)取培养物100uL转接种于20mLYPD培养基中,28℃摇荡过夜,OD600=1. 3-1. 5,4'C 1500r/min离心5min收获细胞3)细胞依次用100mL, 50mL冰预冷水和20mL冰预冷的1moI/L山梨醇洗涤,4度,1500g离心5min,最后用0. 8mL冰预冷的lmol/L山梨醇悬浮菌体,置冰浴。
4)取Sa 1 I线性化的重组载体l0ul (l0ug)与80gL毕赤酵母感受态细胞混匀,然后转移到冰预冷的0.2 cm的电转移杯中,冰上放置5mino(2)将电转移杯放在电穿孔仪上用脉冲电流电击一次,电击条件:电压1500V电容25uF,电阻200,时间5ms,温度O 'c(3)电击结束,立即加入1mL冰预冷的lmol/L山梨醉,混匀,取250uL转化物涂营养缺陷型MD培养基平皿,置28'C恒温培养2-4d,能在MD培养基上生长的菌落为His,转化子。
另一种方法:①从毕赤氏酵母GS115平板上挑取一单菌落,接种于10 mL YPD培养基中,30℃,250 r/ min,振荡培养过夜;②从上述过夜培养液中吸取1 ML,接种于200 mL YPD培养基中,30℃,250 r/min, 振荡培养至OD600为1.1-1.5;③500Xg离心培养液,沉淀细胞,用去离子水和1 m的山梨糖醇各洗两次;④加入1 ML预冷的1M的山梨糖醇重悬细胞,此即为感受态细胞;⑤把感受态细胞分装,每管100 uL,-70℃保存,备用.①将冻存于一70℃的GS115感受态细胞取出,冰浴融解;②分别将四种各10 uL线性化重组表达载体加入100 uL GS115感受态细胞中,用Tip头轻轻混匀;③将混匀的感受态细胞和重组表达载体混合物加入2 mm的电击杯底部,轻轻振荡,使混合物完全沉落于电击杯底部,冰浴5m in;④将JY2000-1B基因导入仪的电压调到1500 V,电阻调到200 ,电容调到25 uF, 电击10m s;⑤将1 mL 1 M冰浴的山梨糖醇加入电击杯,混匀,各吸出200 pL,分别涂于4个YP D+Zeocin平板上;⑥将平板置于30℃培养箱,培养2d至长出菌落。
酵母单杂交实验步骤总结
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1 pBait-AbAi 载体的构建(酵母报道子的构建)载体的构建(酵母报道子的构建)注:酵母报道子(pBait-AbAi )包含目的顺式作用元件的一个或多个拷贝,且插入到pAbAi 载体AbAi r报告基因的上游。
大量研究表明最有效的构建应包含目的DNA 三个以上的首尾连接的拷贝。
首尾连接的拷贝产生方式很多,但对于长度小于20 bp 的调控元件,人工合成寡核苷酸是最方便可靠的途径。
的调控元件,人工合成寡核苷酸是最方便可靠的途径。
(1) 设计并合成包含目的序列的两条反向平行的寡核苷酸序列,且两端加上与pAbAi 载体酶切产物一致的粘性末端(建议合成一个目的序列的突变序列作为对照,以排除可能的假阳性)。
(2) 用TE buffer 溶解寡核苷酸至终浓度100 m mol/L 。
(3) 将正向链和反向链按照1:1的比例混合(退火后的双链寡核苷酸最大浓度为50 m mol/L )。
(4) 95 °C 保温30 s ,去除二级结构。
,去除二级结构。
(5)72 °C 保温2 min ,37 °C 保温2 min ,25 °C 保温2min 。
注:缓慢退火,有助于双链寡核苷酸的形成。
注:缓慢退火,有助于双链寡核苷酸的形成。
(6) 冰上放置。
退火后的产物可贮存在-20 °C 冰箱备用。
冰箱备用。
(7) 酶切1 m L pAbAi 载体,用凝胶回收纯化或柱纯化的方式纯化酶切产物。
载体,用凝胶回收纯化或柱纯化的方式纯化酶切产物。
注:回收前,可用琼脂糖凝胶检测是否酶切完全。
注:回收前,可用琼脂糖凝胶检测是否酶切完全。
(8) 将退火后的寡核苷酸稀释100倍至终浓度为0.5 m mol/L 。
(9) 在连接反应管中加入如下成分:在连接反应管中加入如下成分:pAbAi 载体(50 ng/m L )1.0 m L annealed oligonucleotide (0.5 m mol/L )1.0 m L 10×T4 DNA ligase buffer1.5 m L BSA (10 mg/mL )0.5 m L Nuclease-free H 2O10.5 m L T4 DNA ligase (400 U/m L )0.5 m L 总体积总体积15 m L 注:如果有必要,可用1 m L nuclease-free H 2O 代替寡核苷酸作为阴性对照。
质粒载体转化酵母感受态方法
![质粒载体转化酵母感受态方法](https://img.taocdn.com/s3/m/e66cd8c3e109581b6bd97f19227916888486b904.png)
30℃200rpm温育30min 每10min轻拍混匀一次高速离心15s
3.弃上清用1ml 0.9%生理盐水重悬涂于DDO平板上,倒置培养3-5天待长出克隆计算转化率。
4.PEG/LiAc现用现配:
PEG 3350 8ml
10×TE buffer 1ml
10×LiAc 1ml
2.
小规模1.5ml 注意事项
yeastmaker Carrier DNA 5μl
PEG/LiAc500μl 轻轻混匀
质粒DNA 100ng 轻轻混匀
酵母感受态50μl
30℃200rpm温育30min 每10min轻拍混匀一次DMSO 20μl 轻轻混匀
42℃热激15min 每5min轻拍混匀一次高速离心15s
弃上清用1ml09生理盐水重悬涂于ddo平板上倒置培养35天待长出克隆计算转化率
质粒载体转化酵母感受态方法
质粒载体转化酵母感受态方法:
一、材料
1.酵母感受态细胞
2.PEG/LiAc
3.0.9%生理盐水
4.Dபைடு நூலகம்SO
5.YPD培养基
6.Carrier DNA
二、方法
1.变性Carrier DNA:沸水浴5min后马上冰浴10min,使用前重复一次。
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3. 所需的附加材料 A. Clontech 的 Ready‐to‐Go Media Pouches Clontech 提供提供预先混合好的培养基,以方便使用 表 1 酵母转化实验所需要的培养基组分
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B.培养基的配法 配置好的培养基溶于 500mL ddH2O,121℃高压蒸汽灭菌 15min,在使用前要降 至常温,(液体培养基也可以过滤灭菌)。灭菌时间不能过长。
PEG/LiAc 溶液(聚乙二醇 3350/醋酸锂 溶液) 先配置母液:50% PEG 3350、10X TE Buffer 和 1 M LiAc (10X),转化前再配置工作液,
现配现用。
母液
工作液各组分 配置 10mL 工作液所 要求的终浓度 需各组分母液体积
50% PEG 3350
40%
8 ml
System 2
User Manual(PT1172‐1)
图表 表 1:酵母转化实验所需要的培养基组分
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1. 简介
Yeastmaker™ Yeast Transformation System 2 提供了一种高效的 PEG/醋酸锂 酵母细胞转化法,本方法适用于所有的酵母转化,包括酵母单杂交系统和酵母双 杂交系统。 此方法提供了一种比常规转化方法更为高效,含的克隆数越多,你 就越有可能发现新的、稀有的相互作用,此方法之所以较其他方法转化效率更高, 是因为该方法包含一个特殊又重要的步骤:在加入 DNA 和 DMSO 处理后,加入 YPD Plus 液体培养基培养酵母细胞(帮助酵母细胞摄取更多的质粒 DNA)。使用此方 法,可以获得≥3 X 105 转化子/ug 质粒 DNA。
2. 30℃恒温箱倒置培养 3–5 天,待菌落长至适宜大小 3. 用下列公式计算转化效率
转化效率 = 单菌落数 X 悬浮细胞液总体积(mL) 涂板的菌液体积(mL) X DNA 总量(ug)
(如果是用 10 倍稀释液或 100 倍稀释液涂板,还要乘以相应的倍数)
例如:转化 100 ng pGBT9 空载体(Yeastmaker Yeast Transformation System 2 的阳性对照质粒),将 1 ml 菌液稀释 10 倍,吸取 100 uL 涂板,培养 3 天后,在 SD/Trp 上长出 300 个单菌落,其转化效率为:
质粒 DNA(浓度、纯度高) 变性的**Yeastmaker 宿主 DNA (10 µg/µl)
Small‐Scale (1.5 ml tube) 100 ng 5 µl
Library‐Scale (15 ml tube) 5–15 µg* 20µl
(* For example, use 5 µg of bait + 10 µg of prey for yeast two‐hybrid library cotransformation. )
Biology, by Guthrie & Fink (1991) and Molecular Biology and Genetic Engineering of Yeasts, edited by Heslot & Gailardin (1992).
酵母菌在用封口膜封住的 YPD 或 YPDA 培养皿上,4℃可以保持 2 个月。但是新 鲜的菌种(1‐3 周)接菌到液体培养基上后活力更佳。
Clontech 公司提供的预先混合好的培养基不需要调 pH,但是如果配置使用的 ddH2O 偏酸性,就要将 pH 调到 5.8。
关于培养基配置的更多细节可以查询 Clontech Yeast Media Protocol‐at‐a‐Glance (PT4057‐2)。
4. 酵母转化所需溶液 1.1X TE/LiAc 溶液 先配置母液:10X TE buffer 和 1 M LiAc (10X),转化前再配置工作液,现配现用。 混合 1.1 mL 10X TE buffer 和 1.1 mL 1 M LiAc (10X),再加入 8.8mL 灭过菌的超纯水, 定容至 10mL,混合均匀。
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6. 酵母转化方法 A. 方法:酵母感受态细胞的制备 1. 材料 Yeastmaker Yeast Transformation System 2 (Cat. No. 630439) 1.1x TE/LiAc (Section 4) YPDA 固体培养基 YPDA 液体培养基 适宜的 SD 筛选培养基 酵母细胞 (S. cerevisiae)冷冻保存液 无菌(去离子)水(去离子水就是超纯水) 2. 挑酵母菌株(Y1HGold)在 YPDA 固体培养基上划板,30℃倒置培养,待菌生长至 适宜大小(约 3 天)。 注意:此时可以暂停实验,将平板转入暗下,4℃可保持 1 个月,待继续实验时将 平板再放入 30℃,菌落会继续生长。 3. 挑单菌落(直径 2–3 mm,储存时间<4 周),接种于有 3 ml YPDA 液体培养基的三 角瓶(规格:15mL)中。 (温馨提示:同时挑 4 个单菌落,接种到 4 个三角瓶中,最后挑生长速度最快的 菌落继续实验) 4. 在 30℃摇床中,以 250rpm 摇 8–12 小时。 5. 转大瓶:吸取 5uL 菌液转入有 50mL YPDA 液体培养基的三角瓶(规格:250mL)中。 6. 在 30℃摇床中,以 250rpm 继续摇 16–20 小时,期间测 OD,待 OD600 达到 0.15–0.3 时停止摇菌。 注意:一定要持续摇菌至 OD 值合适时停止,但培养时间不能过长。 7. 室温下,700 g 离心 5 min 收集菌体,弃上清,用滤纸吸干残余液体,加入 100mL YPDA 液体重悬菌体。 8. 在 30℃摇床中,以 250rpm 继续摇 3–5 小时至 OD600 达到 0.4–0.5。 注意:一定要持续摇菌至 OD 值合适时停止,但培养时间不能过长。 9. 将菌液分装至 2 个灭过菌的 50mL 离心管中,室温下 700 g 离心 5 min 收集菌体。 弃上清,用滤纸吸干残余液体,2 个离心管中各加入 30mL 灭过菌的超纯水,重悬 菌体。 10. 室温下 700 g 离心 5 min 收集菌体。弃上清,用滤纸吸干残余液体,2 个离心管中 各加入 1.5 ml 1.1xTE/LiAc 重悬菌体, 11. 将菌液分别转至 2 个 1.5mL 离心管中,高速离心 15s。 12. 弃上清,2 个 1.5mL 离心管各加入 600 µl 1.1xTE/LiAc,重悬菌体,酵母感受态细胞 已制备好,可用于转化质粒 DNA。 注意:为了使转化效率尽可能的高,感受态要现配现用,但是此感受态细胞在冰 上储存几个小时并不会明显降低转化效率。
转化效率=
300 x 1 x 10(稀释倍数) 0.1 x 0.1
=3x105 cfu/μg
新转化的酵母菌株的储存 1. 如果要保存新转化的酵母菌株,用接种环(牙签)接种单菌落。 2. 用包含 15–30% 无菌甘油的 0.5 ml YPD 或 YPDA 液体培养基(或者适宜的 SD 培养基)重悬菌体,接入 2mL 离心管 3. 用封口膜封紧盖子,轻轻混匀,速冻后放入‐70℃冰箱保存。 4. 如需使用该菌株,在冰上充分溶解后,挑适量菌液,在 YPD 或 YPDA 固体 培养基(或者适宜的 SD 培养基)上划线培养。(在划线前要充分混匀菌液)
高速离心 15s 700 g 离心 5 min
12. 弃上清,加入 0.9% (w/v) NaCl 溶液重悬菌体
1 ml
15 ml
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C. 方法:涂板、判定转化效率 1. 将菌液分别稀释 10 倍、100 倍,分别吸取 100 µl 稀释液,涂布到相应的 SD 筛选 培养基上。例如: pGBKT7 载体用 SD/‐Trp 培养基 pGADT7 载体用 SD/‐Leu 培养基 pGBKT7 和 pGADT7 共转,用 SD/‐Leu/‐Trp 培养基 注意:不要直接用未稀释的菌液涂板。
10X TE Buffer
1X
1 ml
1 M LiAc(10X)
1X
1 ml
0.9% (w/v) NaCl 溶液 称取 0.9g NaCl,溶解于 80mL 超纯水中,用容量瓶定容至 100mL,过滤灭菌。
5. 酵母菌株储存条件 如果想要了解更多关于酵母的知识,推荐去看 Guide to Yeast Genetics and Molecular
(**变性方法: 用 95–100°C 高温处理 5 min,迅速置入冰上数分钟,待温度降至 4℃再重复一次此步骤)
3. 加入感受态细胞,轻柔混匀 4. 加入 PEG/LiAc,轻柔混匀 5. 置于 30℃恒温箱孵化
(注意:期间 Small‐Scale 每隔 10min,Library‐Scale 每隔 15min,轻轻倒混几次)
50 µl 500 µl 30 min
600 µl 2.5 ml 45 min
6. 加入 DMSO,轻柔混匀
20 µl
160 µl
7. 在 42℃水浴锅中温浴
(注意:期间 Small‐Scale 每隔 5 min,Library‐Scale 每隔 10 min,轻轻倒混几次)
15 m习交流,不做其他用途,如需 word 版本请发送站内信。
B. 方法:转化酵母感受态细胞 1. 材料 Yeastmaker Yeast Transformation System 2 酵母感受态细胞(Section 6.A) PEG/LiAc (Section 4) 0.9% (w/v) NaCl DMSO 2. 将下列组分加入到已经预冷的无菌离心管中,混合均匀。
8. 离心收集菌体