iTRAQ定量蛋白质组学结题报告
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2.3 iTRAQ 定量原理
iTRAQ定量蛋白质组技术自2004年在美国质谱年会第一次被提出以来，已经成为一种越 来越广泛应用的定量蛋白质组技术。在2009年，有超过150篇的研究文章采用该技术,而且逐 年增加。
图 2.3 iTRAQ 试剂结构 iTRAQ 试剂由报告离子（Report Group），平衡基团（Balance Group），反应基团（Peptide Reactive Group） 三部分构成，反应基团可以与肽段 N-端或赖氨酸侧链发生反应，从而可以标记任何肽段。
5 文件下载 ..................................................................................................................24 6 文件格式说明 ..........................................................................................................25
3 标准生物信息分析 ....................................................................................................7
3.1 原始质谱数据.....................................................................................................................7 3.2 数据库的选择.....................................................................................................................7 3.3 Mascot 搜索........................................................................................................................8 3.4 鉴定质量评估.....................................................................................................................8 3.5 重复性分析.......................................................................................................................10 3.6 蛋白质鉴定....................................................................................................................... 11 3.7 蛋白质定量.......................................................................................................................15 3.8 GO 分析............................................................................................................................17 3.9 COG 注释 .........................................................................................................................19 3.10 Pathway 代谢通路注释 ..................................................................................................19 3.11 差异蛋白的 GO 富集分析 .............................................................................................20 3.12 差异蛋白的 Pathway 富集分析 .....................................................................................20
1 排版约定
本文档使用以下排版约定如表 1.1：
表 1.1 排版符号约定
符号名称
符号说明
三号黑体字 小三黑体字 小四字体 五号字体 小五字体
一级标题 二级标题 三级标题
正文 图表注释
1
2 iTRAQ 定量蛋白质工作流程
同重同位素相对与绝对定量（Isobaric tags for relative and absolute quantitation，iTRAQ） 技术是可以在一次实验中进行多达八个样品的蛋白质组定量技术，该定量方法几乎可以对任 何蛋白样品进行定量分析，具有高定量精度的特点，目前已经越来越广泛的应用于定量蛋白 质组学领域。
图 2.2 信息分析流程 该图显示 iTRAQ 定量蛋白质组学的基本信息分析流程。首先对于质谱下机的原始文件，进行峰识别， 得到峰列表。其次建立参考数据库，进行肽段及蛋白质的鉴定。最后比较各蛋白在各样品之间的相对含量
4
的关系，从而获得一些感兴趣的重要蛋白。也可以将转录组数据和蛋白组数据结合起来，进行蛋白组与转 录组的关联分析。
6.1 蛋白鉴定及定量...............................................................................................................25 6.2 GO 功能注释....................................................................................................................26 6.3 COG 功能注释 .................................................................................................................26 6.4 Pathway 功能注释............................................................................................................27 6.5 差异蛋白的 GO 富集分析 ...............................................................................................27 6.6 Pathway 富集分析............................................................................................................28
2
2.1 实验流程
图 2.1 实验流程 该图显示iTRAQ定量蛋白质组学实验的基本流程。第一步，从样品中提取蛋白。第二步，对提取后的 蛋白样品进行还原烷基化处理，打开二硫键以便后续充分酶解蛋白。第三步，用GE公司的2D quant kit法 进行蛋白质的浓度测定。第四步，等体积进行SDS（十二烷基磺酸钠）电泳。第五步，酶解蛋白。第六步， 用iTRAQ试剂标记肽段。第七步，将标记后的肽段进行等量混合。第八步，对混合后的肽段使用强阳离子
7 联系我们 ..................................................................................................................29 8 参考文献 ...................Baidu Nhomakorabea..............................................................................................29
4 高级信息分析 ..........................................................................................................21
4.1 多样品间表达模式聚类...................................................................................................21 4.2 蛋白组与转录组关联分析...............................................................................................22 4.3 蛋白相互作用网络分析...................................................................................................24
3
交换色谱（Strong Cation Exchange Choematography，SCX）进行预分离。第九步，进行液相串联质谱 (li quid chromatography coupled with tandem mass spectrometry，LC−MS/MS)分析。
2.2 信息分析流程
蛋白 iTRAQ 定量分析
年月日
目录
1 排版约定 ....................................................................................................................1 2 iTRAQ 定量蛋白质工作流程...................................................................................2
2.1 实验流程.............................................................................................................................3 2.2 信息分析流程.....................................................................................................................4 2.3 iTRAQ 定量原理................................................................................................................5
iTRAQ定量蛋白质组技术自2004年在美国质谱年会第一次被提出以来，已经成为一种越 来越广泛应用的定量蛋白质组技术。在2009年，有超过150篇的研究文章采用该技术,而且逐 年增加。
图 2.3 iTRAQ 试剂结构 iTRAQ 试剂由报告离子（Report Group），平衡基团（Balance Group），反应基团（Peptide Reactive Group） 三部分构成，反应基团可以与肽段 N-端或赖氨酸侧链发生反应，从而可以标记任何肽段。
5 文件下载 ..................................................................................................................24 6 文件格式说明 ..........................................................................................................25
3 标准生物信息分析 ....................................................................................................7
3.1 原始质谱数据.....................................................................................................................7 3.2 数据库的选择.....................................................................................................................7 3.3 Mascot 搜索........................................................................................................................8 3.4 鉴定质量评估.....................................................................................................................8 3.5 重复性分析.......................................................................................................................10 3.6 蛋白质鉴定....................................................................................................................... 11 3.7 蛋白质定量.......................................................................................................................15 3.8 GO 分析............................................................................................................................17 3.9 COG 注释 .........................................................................................................................19 3.10 Pathway 代谢通路注释 ..................................................................................................19 3.11 差异蛋白的 GO 富集分析 .............................................................................................20 3.12 差异蛋白的 Pathway 富集分析 .....................................................................................20
1 排版约定
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表 1.1 排版符号约定
符号名称
符号说明
三号黑体字 小三黑体字 小四字体 五号字体 小五字体
一级标题 二级标题 三级标题
正文 图表注释
1
2 iTRAQ 定量蛋白质工作流程
同重同位素相对与绝对定量（Isobaric tags for relative and absolute quantitation，iTRAQ） 技术是可以在一次实验中进行多达八个样品的蛋白质组定量技术，该定量方法几乎可以对任 何蛋白样品进行定量分析，具有高定量精度的特点，目前已经越来越广泛的应用于定量蛋白 质组学领域。
图 2.2 信息分析流程 该图显示 iTRAQ 定量蛋白质组学的基本信息分析流程。首先对于质谱下机的原始文件，进行峰识别， 得到峰列表。其次建立参考数据库，进行肽段及蛋白质的鉴定。最后比较各蛋白在各样品之间的相对含量
4
的关系，从而获得一些感兴趣的重要蛋白。也可以将转录组数据和蛋白组数据结合起来，进行蛋白组与转 录组的关联分析。
6.1 蛋白鉴定及定量...............................................................................................................25 6.2 GO 功能注释....................................................................................................................26 6.3 COG 功能注释 .................................................................................................................26 6.4 Pathway 功能注释............................................................................................................27 6.5 差异蛋白的 GO 富集分析 ...............................................................................................27 6.6 Pathway 富集分析............................................................................................................28
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2.1 实验流程
图 2.1 实验流程 该图显示iTRAQ定量蛋白质组学实验的基本流程。第一步，从样品中提取蛋白。第二步，对提取后的 蛋白样品进行还原烷基化处理，打开二硫键以便后续充分酶解蛋白。第三步，用GE公司的2D quant kit法 进行蛋白质的浓度测定。第四步，等体积进行SDS（十二烷基磺酸钠）电泳。第五步，酶解蛋白。第六步， 用iTRAQ试剂标记肽段。第七步，将标记后的肽段进行等量混合。第八步，对混合后的肽段使用强阳离子
7 联系我们 ..................................................................................................................29 8 参考文献 ...................Baidu Nhomakorabea..............................................................................................29
4 高级信息分析 ..........................................................................................................21
4.1 多样品间表达模式聚类...................................................................................................21 4.2 蛋白组与转录组关联分析...............................................................................................22 4.3 蛋白相互作用网络分析...................................................................................................24
3
交换色谱（Strong Cation Exchange Choematography，SCX）进行预分离。第九步，进行液相串联质谱 (li quid chromatography coupled with tandem mass spectrometry，LC−MS/MS)分析。
2.2 信息分析流程
蛋白 iTRAQ 定量分析
年月日
目录
1 排版约定 ....................................................................................................................1 2 iTRAQ 定量蛋白质工作流程...................................................................................2
2.1 实验流程.............................................................................................................................3 2.2 信息分析流程.....................................................................................................................4 2.3 iTRAQ 定量原理................................................................................................................5