2015生物信息学练习题概论

2020/11/9
6
系统发生分析
1. 为什么可以使用分子序列信息进行系统发生分析？ 2. 通过Blast搜索得到一组相似序列，先做多重序列比对，
然后用MEGA构建系统发生树，并进行Bootstrap采样检 验。目标：理解系统发生树的构建过程，学会读懂系统 发生树，并主要了解非加权分组平均和邻近归并法的算 法思路。
2020/11/9
7
后基因组生物信息学相关
1. 练习通过关键词查询GEO和SRA数据，了解这两种数据 库都包含了哪些信息。
2. 练习通过关键词对REACTOME和KEGG数据库进行分 子相互作用网络查询，并以SBML格式保存，然后利用 Cytoscape软件打开、观察。
3. 任意打开BioModels数据库中的一个数学模型，了解其 描述哪种生化过程、模型方程式及其中的参数取值等信 息。 按下面的打分矩阵、练 习使用动态规划法重新
计算表中的数值，并画 出最优比对途径。
T序列 A CA C A C T A 0 -2 -4 -6 -8 -10 -12 -14 -16
打分矩阵：
A -2
p (a, a) = 1
S G -4
p (a, b) = -1 a b
序 列
C
-6
p (a, -) = p ( -, b) = -2 A -8
C -10
A -12
C -14
A -16
2020/11/9
3
序列比对部分练习
2. 练习通过Blast分别搜索任意核酸和氨基酸序列的相似序 列，学会读懂搜索结果，并下载多条搜索到的序列；比 较不同比对参数设置对Blast搜索结果的影响；并理解各 种Blast算法之间的差异。
3. 提交一个核酸序列，通过Blast尝试多种搜索方法判断其 中是否包含编码序列。
4. 练习将上一题中下载的多条序列在ClustalX中进行多重 序列比对，尝试采用不同的比对参数设置。
2020/11/9
4
氨基酸序列分析
1. 找一条氨基酸序列，尝试对其进行理化性质分析，看看 都能得到什么样的结果。
2. 利用InterProScan对一条氨基酸序列进行序列模体综合 分析，比较不同工具的分析结果是否相同。
《生物统计学与生物信息学》研究生课
生物信息学练习题
大连理工大学生命科学与技术学院 滕虎
2020/11/9
1
生物信息数据库使用
1. （可以结合课题背景）练习通过输入关键词、登录号等方式，利用 NCBI或EBI的序列数据库，查询一个核酸序列，分别以TEXT、 FASTA格式保存，并读懂TEXT格式中所包含的注释信息。
4. 在PDB数据库中查询一个蛋白质结构，并以.pdb格式保存下来，尝 试解读其中的信息；在网页上观察该蛋白的结构，并从选项卡中进 一步了解其各种二级结构沿序列的分布、相似序列、相似结构等情 况。
5. 通过关键词搜索的方式在Ensembl、UCSC数据库中查找一个基因 （任选），并尝试了解其调控信息。
2. 通过关键词查询NCBI的Neucleiotide和RefSeq数据库，比较一下查询 结果有什么不同？
3. 练习利用蛋白质数据库UniProt中的UniProtKB数据库查询一个蛋白 序列，并读懂其中的注释信息；同时利用UniRef查询，并理解 UniRef100、UniRef90、UniRef50的含义。
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5
基因预测
1. 掌握基因预测的基本步骤，理解基于序列内容和信号位 点的统计和模型方法的基本原理和生物学基础。
2. 综合使用各种预测工具对一个核酸序列进行重复序列屏 蔽、启动子区域预测、基因编码区预测等。
3. 任选一个包含基因的核酸序列，利用ORF Finder工具预 测其开放阅读框，并通过Blast搜索这些开放阅读框是否 有高度相似的编码序列。