PubMed使用详解.ppt
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摘要型(Abstract)的数据库, 提供文献的线索； 部分文献（约5%）提供免费全文(链接网上免费资 源或者自己的图书馆已经购买的电子期刊全文数据 库中的全文。
8
1. Pubmed简介
来源期刊 5000多种
English 约4800 （约占85%)
Chinese
French Japanese Italy
树状结构表（分类表） 16大类
副主题词表（80多个副主题词）
29
MeSH字顺表
30
MeSH树状结构(Tree Structures)
10/5/2020Dept. of Medical Information
31
MeSH副主题词表(Subheadings)
Abnormalities、Administration & Dosage、Adverse Effects、 Analysis、Anatomy & Histology、Biosynthesis、Blood、 Complication、Congenital、Cytology、Diagnosis Diagnosis use、Diet therapy、Drug therapy、Epidemiology、 Etiology、Genetics、Immunology、Injuries、Metabolism、 Microbiology、Mortality、Pathology、Psychology、 Surgery、Therapeutic Use、Therapy………………….
10/5/2020Dept. of Medical Information
51
6. My NCBI(个性化功能)
10/5/2020Dept. of Medical Information
52
6. My NCBI(个性化功能)
53
6. My NCBI——My Saved Data
54
6. My NCBI—— Save Search
逻辑运算 and(空格)、or、not
词语检索 “single cell”；“liver cancer” 截词检索 bacter*， disease?
bacter
disease
bacteria
diseases
bacterium
作者检索 smith ja; jones k
julia s wong; wong julia s(2002年始）
62
7.1 Journal Database
可以从期刊的名称(全称或缩写)、ISSN 号、刊名中的任意词来查找期刊信息。
63
10/5/2020Dept. of Medical Information
64
7.2 Clinical Queries
10/5/2020Dept. of Medical Information
issue 14 4、"A powder formulation of measles vaccine
for aerosol delivery"
67
10/5/2020Dept. of Medical Information
68
10/5/2020Dept. of Medical Information
检索词的输入形式： （1）单词、短语、缩写
如，interleukin；stomach cancer；AIDS （2）著者姓名：如，Smith W （3）期刊相关信息：刊名全称、缩写、ISSN
如，Cancer Research、JAMA、0741-5400
13
3.1 PubMed基本检索——检索规则
3
NCBI生物医学检索系统(Entrez)
4
NCBI网站 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)
10/5/2020Dept. of Medical Information
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PubMed主页
10/5/2020Dept. of Medical Information
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1. Pubmed简介
“liver cancer”
43
自动匹配检索功能关闭
44
4. PubMed检索结果处理
Display(显示) Send to(输出)
45
Display(检索结果显示)
46
Send to(检索结果输出)
47
Clipboard
剪贴板可集中存放一次或多次检索结果当中的选定记录，方便用户集 中打印、下载文献。剪贴板中可存的最多记录为500条，如果八小时 内无作何操作，记录将自动消失。
32
MeSH的标引和检索
MeSH应用 PubMed（Medline） 中国生物医学文献数据库(CBMdisc) 医学搜索引擎
标引人员根据文章的内容，给出多个MeSH 词，以确切描述一篇文章内容的重点。 检索人员根据检索需求，选择相关MeSH词 进行检索。
33
例:肝癌的手术治疗
34
例:肝癌的手术治疗
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10/5/2020Dept. of Medical Information
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MeSH词检索的特点
不必考虑自由词的各种变化形式，提高检索效 率。 可以很容易地检索宽广的概念，提高查全率； MeSH词一般都反映了记录较为重要的内容，具 有较高的检准率； 可以选用相关的副主题词进行组配，对检索进 行限定。
PubMed数据库
1
NCBI(美国生物技术信息中心）
网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov NCBI是美国国立卫生研究院(NIH)下属的一个机构。 NCBI创建了生物医学领域中最著名的信息检索系 统。
2Байду номын сангаас
NCBI生物医学检索系统(Entrez)
Pubmed：生物医学文献数据库； Nucleotide：核苷酸序列数据库； Protein：蛋白质序列数据库； Genome：完整的基因组汇编； Structure：大分子三维结构； PMC：数字化生物医学期刊存储与检索系统 Taxonomy：分类学数据库； OMNI；孟德尔人类遗传学数据库； Books：生物医学网络版图书。
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Tutorial和Help
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小结Pubmed特点
免费(Internet用户) 全科文献数据库，5000多种期刊(主流期刊) 数据更新及时（每日更新） 界面动态更新 词汇自动转换功能（智能检索） 广泛的链接功能（NCBI数据库和整个互联网） 个性化功能(My NCBI)
主题词
Neoplasms Aspirin
关键词
neoplasm、tumors、tumor、cancer aspirin、acetylsalicylic acid、 micristin、 solprin
28
Medical Subject Headings, MeSH
字顺表(2万多个医学词汇) 如:aspirin,hepatitis,asthma等
查找引文信息
1、Gene Therapy, 1999, and the title words, mitochondrial gene therapy.
2、Arthritis Rheum, 1982, page 1271 3、V. Lee, Biochemical Pharmacology, vol. 29,
专为临床医生设计的查找 有关某一疾病的治疗、诊 断、病因、预后等与临床 密切相关问题的文献。
检索系统评价 (循证医学证据)
65
7.3 Citation Matcher 引文匹配器
引文匹配器可通过已知的刊名、日期、卷、 期、论文首页码、作者名等任一项信息查找 论文的详细信息。
经常用于核对参考文献
66
期刊论文发表 时所用的语言
Germany……
9
PubMed中的非英文文献
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PubMed主页
基本检索
主题词检索
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3、PubMed检索
基本检索 简单检索 高级检索 主题词检索 智能检索
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3.1 PubMed基本检索——简单检索
24
查看检索历史，进行逻辑运算
25
3.1 PubMed基本检索——实例
1、哮喘治疗(限定题目字段)的英文综述文献 2、近五年来中国研究者发表的有关Aids病研究的文
献
26
3.2 PubMed主题词检索(MeSH）
27
什么是主题词(MeSH词)?
主题词是经人工规范化处理的最能表达文章主题概 念的语词。所谓规范化处理，就是在文献存储时， 对文献中的同义词、近义词、多义词等加以严格的 控制和规范，使得同一主题概念的文献相对集中在 一个主题词下。
14
例: 肝癌的化学疗法
15
例: 肝癌的化学疗法
16
3.1 PubMed基本检索——高级检索
17
3.1 PubMed基本检索——高级检索
字段限定检索
18
PubMed检索字段
19
3.1 PubMed基本检索—— Limits功能
1)字段限定检索 2)限定文献类型、语种、出版日期、
年龄、性别、研究对象等
NCBI于97年5月推出，Internet用户免费检索。 检索全世界生物医学期刊论文的重要工具； 学科覆盖范围：
临床医学、基础医学、护理学、牙科学、兽医 学、药理学、环境和公共卫生。 收录文献的时间范围：
1948Update everyday (Tuesday - Saturday)
7
1. Pubmed简介
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举例:消化系统疾病的CT诊断
扩展 主要主题
40
3.3 PubMed的智能检索
41
词语自动匹配，优化检索策略
10/5/2020Dept. of Medical Information
自由词和MeSH词联合
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PubMed智能检索原理
对于输入检索框中的非限定检索词，系统 将依次到MeSH词转换表、刊名转换表、 短语表以及作者索引表中进行词语匹配查 找。 检索词加入有些限定（如字段限止, 引号 等），自动匹配检索功能关闭。 例： heart disease[ti]
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6. My NCBI—— Save Search
Email发送新文献 跟踪专题最新文献
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通过My NCBI查看新文献
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6. My NCBI——Search Filters
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Thanks!
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5. PubMed链接
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Full Text(全文链接)
网上免费资源 或者自己的 图书馆已经购买的电子期 刊全文数据库中的全文
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Limits功能 （限定检索）
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字段限定
10/5/2020Dept. of Medical Information
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Limits：限定文献类型、语种、出版日期、
年龄、性别、研究对象等
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3.1 PubMed基本检索——检索历史
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6. My NCBI——Search Filters
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6. My NCBI——Preferences
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7. 其他辅助工具
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1. Pubmed简介
来源期刊 5000多种
English 约4800 （约占85%)
Chinese
French Japanese Italy
树状结构表（分类表） 16大类
副主题词表（80多个副主题词）
29
MeSH字顺表
30
MeSH树状结构(Tree Structures)
10/5/2020Dept. of Medical Information
31
MeSH副主题词表(Subheadings)
Abnormalities、Administration & Dosage、Adverse Effects、 Analysis、Anatomy & Histology、Biosynthesis、Blood、 Complication、Congenital、Cytology、Diagnosis Diagnosis use、Diet therapy、Drug therapy、Epidemiology、 Etiology、Genetics、Immunology、Injuries、Metabolism、 Microbiology、Mortality、Pathology、Psychology、 Surgery、Therapeutic Use、Therapy………………….
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6. My NCBI(个性化功能)
10/5/2020Dept. of Medical Information
52
6. My NCBI(个性化功能)
53
6. My NCBI——My Saved Data
54
6. My NCBI—— Save Search
逻辑运算 and(空格)、or、not
词语检索 “single cell”；“liver cancer” 截词检索 bacter*， disease?
bacter
disease
bacteria
diseases
bacterium
作者检索 smith ja; jones k
julia s wong; wong julia s(2002年始）
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可以从期刊的名称(全称或缩写)、ISSN 号、刊名中的任意词来查找期刊信息。
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7.2 Clinical Queries
10/5/2020Dept. of Medical Information
issue 14 4、"A powder formulation of measles vaccine
for aerosol delivery"
67
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68
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检索词的输入形式： （1）单词、短语、缩写
如，interleukin；stomach cancer；AIDS （2）著者姓名：如，Smith W （3）期刊相关信息：刊名全称、缩写、ISSN
如，Cancer Research、JAMA、0741-5400
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3.1 PubMed基本检索——检索规则
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NCBI生物医学检索系统(Entrez)
4
NCBI网站 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)
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5
PubMed主页
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1. Pubmed简介
“liver cancer”
43
自动匹配检索功能关闭
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4. PubMed检索结果处理
Display(显示) Send to(输出)
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Display(检索结果显示)
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Send to(检索结果输出)
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剪贴板可集中存放一次或多次检索结果当中的选定记录，方便用户集 中打印、下载文献。剪贴板中可存的最多记录为500条，如果八小时 内无作何操作，记录将自动消失。
32
MeSH的标引和检索
MeSH应用 PubMed（Medline） 中国生物医学文献数据库(CBMdisc) 医学搜索引擎
标引人员根据文章的内容，给出多个MeSH 词，以确切描述一篇文章内容的重点。 检索人员根据检索需求，选择相关MeSH词 进行检索。
33
例:肝癌的手术治疗
34
例:肝癌的手术治疗
35
10/5/2020Dept. of Medical Information
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MeSH词检索的特点
不必考虑自由词的各种变化形式，提高检索效 率。 可以很容易地检索宽广的概念，提高查全率； MeSH词一般都反映了记录较为重要的内容，具 有较高的检准率； 可以选用相关的副主题词进行组配，对检索进 行限定。
PubMed数据库
1
NCBI(美国生物技术信息中心）
网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov NCBI是美国国立卫生研究院(NIH)下属的一个机构。 NCBI创建了生物医学领域中最著名的信息检索系 统。
2Байду номын сангаас
NCBI生物医学检索系统(Entrez)
Pubmed：生物医学文献数据库； Nucleotide：核苷酸序列数据库； Protein：蛋白质序列数据库； Genome：完整的基因组汇编； Structure：大分子三维结构； PMC：数字化生物医学期刊存储与检索系统 Taxonomy：分类学数据库； OMNI；孟德尔人类遗传学数据库； Books：生物医学网络版图书。
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小结Pubmed特点
免费(Internet用户) 全科文献数据库，5000多种期刊(主流期刊) 数据更新及时（每日更新） 界面动态更新 词汇自动转换功能（智能检索） 广泛的链接功能（NCBI数据库和整个互联网） 个性化功能(My NCBI)
主题词
Neoplasms Aspirin
关键词
neoplasm、tumors、tumor、cancer aspirin、acetylsalicylic acid、 micristin、 solprin
28
Medical Subject Headings, MeSH
字顺表(2万多个医学词汇) 如:aspirin,hepatitis,asthma等
查找引文信息
1、Gene Therapy, 1999, and the title words, mitochondrial gene therapy.
2、Arthritis Rheum, 1982, page 1271 3、V. Lee, Biochemical Pharmacology, vol. 29,
专为临床医生设计的查找 有关某一疾病的治疗、诊 断、病因、预后等与临床 密切相关问题的文献。
检索系统评价 (循证医学证据)
65
7.3 Citation Matcher 引文匹配器
引文匹配器可通过已知的刊名、日期、卷、 期、论文首页码、作者名等任一项信息查找 论文的详细信息。
经常用于核对参考文献
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期刊论文发表 时所用的语言
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PubMed中的非英文文献
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基本检索
主题词检索
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3、PubMed检索
基本检索 简单检索 高级检索 主题词检索 智能检索
12
3.1 PubMed基本检索——简单检索
24
查看检索历史，进行逻辑运算
25
3.1 PubMed基本检索——实例
1、哮喘治疗(限定题目字段)的英文综述文献 2、近五年来中国研究者发表的有关Aids病研究的文
献
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3.2 PubMed主题词检索(MeSH）
27
什么是主题词(MeSH词)?
主题词是经人工规范化处理的最能表达文章主题概 念的语词。所谓规范化处理，就是在文献存储时， 对文献中的同义词、近义词、多义词等加以严格的 控制和规范，使得同一主题概念的文献相对集中在 一个主题词下。
14
例: 肝癌的化学疗法
15
例: 肝癌的化学疗法
16
3.1 PubMed基本检索——高级检索
17
3.1 PubMed基本检索——高级检索
字段限定检索
18
PubMed检索字段
19
3.1 PubMed基本检索—— Limits功能
1)字段限定检索 2)限定文献类型、语种、出版日期、
年龄、性别、研究对象等
NCBI于97年5月推出，Internet用户免费检索。 检索全世界生物医学期刊论文的重要工具； 学科覆盖范围：
临床医学、基础医学、护理学、牙科学、兽医 学、药理学、环境和公共卫生。 收录文献的时间范围：
1948Update everyday (Tuesday - Saturday)
7
1. Pubmed简介
39
举例:消化系统疾病的CT诊断
扩展 主要主题
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3.3 PubMed的智能检索
41
词语自动匹配，优化检索策略
10/5/2020Dept. of Medical Information
自由词和MeSH词联合
42
PubMed智能检索原理
对于输入检索框中的非限定检索词，系统 将依次到MeSH词转换表、刊名转换表、 短语表以及作者索引表中进行词语匹配查 找。 检索词加入有些限定（如字段限止, 引号 等），自动匹配检索功能关闭。 例： heart disease[ti]
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6. My NCBI—— Save Search
Email发送新文献 跟踪专题最新文献
56
通过My NCBI查看新文献
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6. My NCBI——Search Filters
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5. PubMed链接
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Limits功能 （限定检索）
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21
字段限定
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22
Limits：限定文献类型、语种、出版日期、
年龄、性别、研究对象等
23
3.1 PubMed基本检索——检索历史
58
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59
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6. My NCBI——Preferences
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