基因BLAST及系统进化树构建操作步骤

基因BLAST及发育树构建操作步骤

整理--周志勤

1、输入“”网址。得到：图1

2、单击nucleotide blast

图1

3、得到新页面：图2

4、复制粘贴测序公司提供的DNA序列到blastn窗口

5、勾选“结果显示在新窗口”，单击“blast”

图2 6、得到新窗口：图3

图3

7、下拉页面，如：图4

8、选择Accession下的基因编码。入选第一个“HQ711983.1”

图4

9、得到新窗口如：图5

10、单击FASTA

图5

11、得到如：图6

12、复制菌株种名跟16SrDNA序列，并粘贴到“.txt”文件中

图6

13、新建“.txt”文件，如：图7

14、把测序菌株16SrDNA序列和选取blast所得的匹配度高的菌株16SrDNA序列粘贴在“.txt”文件下，在菌株种名前加“>”，每个序列后空一行

图7

15、复制“.txt”文件，改“.txt”文件为“.fasta”文件，如：图8

图8

16、用MEGA 4.0.2软件打开“.fasta”文件，如：图9

图9

17、单击Alignment里的Alinment Explorel/CLUSAC，如：图10

图10

18、单击Alignment里的Align by clustalW，如：图11

图11

19、在弹出窗口中单击OK，如：图12

图12

19、在弹出窗口中单击OK，如：图13

图13

20、等待数据运算，如：图14

图14

21、运算结束，关闭当前窗口。如：图15

22、在弹出的第一个窗口单击NO

图15

23、在弹出的第一个窗口单击YES，如：图16

图16

24、将文件以“.meg”格式保存，如：图17

图17

25、关闭其余窗口，打开刚刚保存的“.meg”文件，如：图18

图18

26、选择phyloeny下的Bootsteap Test of phylogeng下的Neighbor-Joining...,如：图19

图19

27、在弹出窗口单击Compulte，如：图20

图20

28、单击树状图，得到系统发育树，建议截图保存，如：图21

图21