蛋白质注释及功能分析

蛋白质注释及功能分析

利用基因本体GO (gene ontology )或者其它的功能注释系统（工具）来分析蛋白质的功能。然后提供蛋白质功能注释的统计分布情况。（如表1和图1 所示）该分析结果可以给出差异表达蛋白质总体的功能分布，从而使研究人员整体上把握疾病与分子功能之间的相关性。

Table 1 Protein functional distribution in XXX

Figure 1 Protein functional distribution in XXX

以下，引用一些已在文章上发表的关于蛋白质功能分析方面例子：

An outline of the functional classification of differentially expressed proteins.A, functional distribution of all 160 identities in different categories. (Dai S et al. Mol Cell Proteomics 2007;6:207-230)

Distribution of our differentially expressed protein species with isoforms by function (A) and those identified from mature rice pollen grains (14) (B).(Dai S et al. Mol Cell Proteomics 2007;6:207-230)

GO analysis of the identified proteins and phosphoproteins. The identified rice proteins, rice phosphoproteins, Arabidopsis proteins, and Arabidopsis phosphoproteins are represented by blue, red, green, and purple bars, respectively. A,Cellular localization. B, Molecular function. C, Biological process.（Hirofumi Nakagami et.al. Plant Physiol. Vol. 153, 2010）

附件信息：(如下图所示)

在附件文件中，提供每个蛋白质不同层次的GO功能注释；以及各个层次GO功能所对应的蛋白质分布。

蛋白质相互作用网络构建及分析

（一） 蛋白质相互作用构建及可视化

蛋白质相互作用网络可视化展示，图中的网络节点可以编辑，直观地展示蛋白质间的相互作用情况，挑选重要蛋白。

（A）

（B）

Figure 2 Visualization of PPI Network in XXX

Supporting Evidence for the Protein Interactions:

IPI_A IPI_B ProName_A ProName_B Score PPI_Database Interolog Interacting_Domain GO_Coannotation Genome_Context Network_Topology IPI00003865IPI00012535HSPA8DNAJA1429446186.8V V V V V V IPI00292026IPI00386448CEBPD RELA1320.0X X V V X X IPI00032179IPI00300407SERPINC1SDC2 1.7e-001X X X X X X IPI00291578IPI00642461PRPSAP1PRPS2 1.0X X X X X X IPI00010320IPI00011857CBX1CHAF1B219.0V X X V X V IPI00020071IPI00215922NPM1NR2E3152.9X X V X X X IPI00000144IPI00218158OXT ESR2 5.9e-001X X X X X X IPI00299399IPI00465084S100B DES454.2V X V V X V IPI00184584IPI00414264PSEN2SRI152.9X X V X X X IPI00010320IPI00031519CBX1DNMT1420911.2V X V V X V IPI00017292IPI00020070CTNNB1AR249.5X X V V X X IPI00006451IPI00336017NSF ARRB1 5.9e-001X X X X X X IPI00006451IPI00031583NSF VDP719.7V X X V X V IPI00005040IPI00395811ACADM DAZL 2.0e-001V X X X X X

说明：除了给出蛋白质相互作用的可信度打分，还提供蛋白质相互作用在公共数据库中的信息、相互作用结构域、基因本体共注释等。

Statistics

Evidence Interactions

Submitted HighConf

LR>2.0

PPI_Database Interolog Interacting_Domain GO_Coannotation

#interaction1496177

附件信息：

在附件信息中详细标出每对蛋白质的相互作用可信度评分，这对蛋白质相互作用的相关数据库参考信息，相互作用结构域等等。

（二） 蛋白质相互作用网络深入分析（包括拓扑性质、相互作用结构域、重要节点以及网络模块化等）。

下图展示了蛋白质相互作用网络模块以及模块间的crosstalk节点，这些节点相当于不同生物网络之间通讯的重要“关塞”，可以直观地显现其在药物靶标挖掘方面的潜力。

Figure 3 Pathway crosstalks and functional moduls