生物信息学解题技巧

GAAAGAGTTCACTCCAAATCAGTAGAGAGTAATATTGAAGACAAAATATTTGGGAAAACCTATCGGAAGAAGGCAAGCCTCCCCAACTTAAGC
CATGTAACTGAAAATCTAATTAT
该序列来源于哪个基因？
某天，你在实验中发现一个有趣的表型，经过一系列实验锁定某个基因，测序结果如下：
以下哪个命令是blast 2.2.30+用来格式化数据库的？
formatdb
下列哪个程序是将核酸序列按6条链翻译成蛋白质序列后搜索由核酸序列数据库按6条链翻译成的蛋白质序列数据库?
blastx
Tblastx是核酸-核酸比对。此种查询将库中的核酸序列和查询的核酸序列都翻译成蛋白质（每条核酸序列会产生3条可能的蛋白序列）。这种说法 否 是否正确？
分区 生物信息学 的第 2 页
GAAAGAGTTCACTCCAAATCAGTAGAGAGTAATATTGAAGACAAAATATTTGGGAAAACCTATCGGAAGAAGGCAAGCCTCCCCAACTTAAGC CATGTAACTGAAAATCTAATTAT
这部分序列对应的蛋白质在PDB库中有三级结构吗？
况下哪一个数据库搜索获得的匹配序列多？
62
做blastp时使用下列哪个打分矩阵？
BLOSUM 矩阵
下面哪个选项比较正确的描述了该序列所编码的基因？
看家基因
【CATCCTCTTCCTCCCTGGAGAAGAGCTATGAGCTGCCTGACGGCCAGGTCATCACTATTGGCAACGAGCGGTTCCGATGCCCTGAGGCTCTTT
基因组信息学
2017年4月4日 18:44
题目
答案
()是指进化树的拓扑形状由两两序列的进化距离决定的。
距离依靠
法 (distance methods)
已知某蛋白质部分序列如下：
跨膜
MAHAGRTGYDNREIVMKYIHYKLSQRGYEWDAGDVGAAPPGAAPAPGIFSSQPGHTPHPAASRDPVARTSPLQTPAAPGAAAGPALSPVPPVVHLTLRQAGDDFSRRYRRDFAE MSSQLHLTPFTARGRFATVVEELFRDGVNWGRIVAFFEFGGVMCVESVNREMSPLVDNIALWMTEYLNRHLHTWIQDNGGWDAFVELYGPSMRPLFDFSWLSLKTLLSLALVGAC
以下哪个软件通过对特征序列(GT-AG)的分析进行直接内含子/外显子剪接位点识别？
NetGene 2
某天，你在实验中发现一个有趣的表型，经过一系列实验锁定某个基因，测序结果如下：
BRCA1
GATGGGCTGGAAGTAAGGAAACATGTAATGATAGGCGGACTCCCAGCACAGAAAAAAAGGTAGATCTGAATGCTGATCCCCTGTGTGAGAGA
TCCAGCCTTCCTTCTTGGGTATGGAATCCTGTGGCATCCATGAAACTACATTCAATTCCATCATGAAGTGTGACGTTGACATCCGTAAAGACCTC
QAANLPIPQGMSQFQFSAQLGAMQHLKDQLEQRTRMIEANIHRQQEELRKIQEQLQMVHGQGLQMFLQQSNPGLNFGSVQLSSGNSNIQQLTPV
NMQGQVVPANQVQSGHISTGQHMIQQQTLQSTSTQQSQQSVMSGHSQQTSLPSQTPSTLTAPLYNTMVISQPAAGSMVQIPSSMPQNSTQSAT
在药物和受体之间的识别中起重要作用的非键相互作用主要包括（ ）
疏水作用、立体相互作用、包括离子-偶极作用等在内的静电作用
定义能被受体所识别的、与受体受点所识别结合起关键作用的药物分子的分子片断及三维空间位置的排布为（ ） 药效基团
以下属于蛋白质结构分类数据库的有（）
CATH、SCOP
分区 生物信息学 的第 1 页
VTTFTQDRQIRFSQGQQLVTKLVTAPVACGAVMVPSTMLMGQVVTAYPTFATQQQQAQTLSVTQQQQQQQQQPPQQQQQQQQSSQEQQLPS
VQQPAQAQLGQPPQQFLQTSRLLHGNPSTQLILSAAFPLQQSTFPPSHHQQHQPQQQQQLPRHRTDSLTDPSKVQPQ】
WMWLSCSSFFQQFFHCYCPVGFGRRTDPNGDYIRRYLPVLRGFPAKYIYDPWNAPEGIQKVAKCLIGVNYPKPMVNHAEASRLNIERMKQIYQQLSR
YRGLGLLASVPSNPNGNGGFMGYSAENIPGCSSSGSCSQGSGILHYAHGDSQQTHLLKQGRSSMGTGLSGGKRPSQEEDTQSIGPKVQRQSTN】
有
GAT来自百度文库GGCTGGAAGTAAGGAAACATGTAATGATAGGCGGACTCCCAGCACAGAAAAAAAGGTAGATCTGAATGCTGATCCCCTGTGTGAGAGA AAAGAATGGAATAAGCAGAAACTGCCATGCTCAGAGAATCCTAGAGATACTGAAGATGTTCCTTGGATAACACTAAATAGCAGCATTCAGAAA GTTAATGAGTGGTTTTCCAGAAGTGATGAACTGTTAGGTTCTGATGACTCACATGATGGGGAGTCTGAATCAAATGCCAAAGTAGCTGATGTAT TGGACGTTCTAAATGAGGTAGATGAATATTCTGGTTCTTCAGAGAAAATAGACTTACTGGCCAGTGATCCTCATGAGGCTTTAATATGTAAAAGT GAAAGAGTTCACTCCAAATCAGTAGAGAGTAATATTGAAGACAAAATATTTGGGAAAACCTATCGGAAGAAGGCAAGCCTCCCCAACTTAAGC
零碎
2017年3月14日
19:48
低阶PAM矩阵适合用来比较亲缘较近的序列，而低阶BLOSUM矩阵更多是用来比较亲缘较远的序列。 Blast是局部比对工具 构建进化树前不需要进行多序列比对
()是指进化树的拓扑形状由两两序列的进化距离决定的。
距离依靠法(distance methods)
当所考虑的谱系间进化速率可变时,()比较适用
TGGACGTTCTAAATGAGGTAGATGAATATTCTGGTTCTTCAGAGAAAATAGACTTACTGGCCAGTGATCCTCATGAGGCTTTAATATGTAAAAGT GAAAGAGTTCACTCCAAATCAGTAGAGAGTAATATTGAAGACAAAATATTTGGGAAAACCTATCGGAAGAAGGCAAGCCTCCCCAACTTAAGC
DGLSSAVWPGGETEALTRLERHLERKAWVANFERPRMNANSLLASPTGLSPYLRFGCLSCRLFYFKLTDLYKKVKKNSSPPLSLYGQLLWREFFYTAAT
NNPRFDKMEGNPICVQIPWDKNPEALAKWAEGRTGFPWIDAIMTQLRQEGWIHHLARHAVACFLTRGDLWISWEEGMKVFEELLLDADWSINAGS
邻位相连法（Neighbor-joining）
“基因组学”这个术语是1986年由（）在芬兰的一次会议上提出
Tom
DNA microarray技术的生物学原理？
碱基互补配对
利用EST文库可以做哪些工作？
发现新基因
Serial analysis of gene expression (SAGE)技术中，测定出来的代表基因表达的序列长度一般有多长？ 同源建模方法搜索模板时当序列相似度低于（）时则一般不考虑采用该方法。
某天，你在实验中发现一个有趣的表型，经过一系列实验锁定某个基因，测序结果如下：
blastp
GATGGGCTGGAAGTAAGGAAACATGTAATGATAGGCGGACTCCCAGCACAGAAAAAAAGGTAGATCTGAATGCTGATCCCCTGTGTGAGAGA AAAGAATGGAATAAGCAGAAACTGCCATGCTCAGAGAATCCTAGAGATACTGAAGATGTTCCTTGGATAACACTAAATAGCAGCATTCAGAAA GTTAATGAGTGGTTTTCCAGAAGTGATGAACTGTTAGGTTCTGATGACTCACATGATGGGGAGTCTGAATCAAATGCCAAAGTAGCTGATGTAT
ITLGAYLGHK。
该蛋白质的第212-233氨基酸序列具有以下功能？
亲缘关系远的序列之间的比对选用下面哪个打分矩阵合适？
PAM250
当所考虑的谱系间进化速率可变时,()比较适用
邻位相连 法 （Neighb orjoining）
该蛋白质来源于哪个基因？
Clock
【MVFTVSCSKMSSIVDRDDSSIFDGLVEEDDKDKAKRVSRNKSEKKRRDQFNVLIKELGSMLPGNARKMDKSTVLQKSIDFLRKHKETTAQSDASEIR
AAAGAATGGAATAAGCAGAAACTGCCATGCTCAGAGAATCCTAGAGATACTGAAGATGTTCCTTGGATAACACTAAATAGCAGCATTCAGAAA
GTTAATGAGTGGTTTTCCAGAAGTGATGAACTGTTAGGTTCTGATGACTCACATGATGGGGAGTCTGAATCAAATGCCAAAGTAGCTGATGTAT TGGACGTTCTAAATGAGGTAGATGAATATTCTGGTTCTTCAGAGAAAATAGACTTACTGGCCAGTGATCCTCATGAGGCTTTAATATGTAAAAGT
QDWKPTFLSNEEFTQLMLEALDGFFLAIMTDGSIIYVSESVTSLLEHLPSDLVDQSIFNFIPEGEHSEVYKILSTHLLESDSLTPEYLKSKNQLEFCCHMLRG
TIDPKEPSTYEYVRFIGNFKSLTSVSTSTHNGFEGTIQRTHRPSYEDRVCFVATVRLATPQFIKEMCTVEEPNEEFTSRHSLEWKFLFLDHRAPPIIGYLPFE
该序列对应的蛋白质具有什么样的保守功能结构域？
FAD_bind
【MGVNAVHWFRKGLRLHDNPALKECIQGADTIRCVYILDPWFAGSSNVGINRWRFLLQCLEDLDANLRKLNSRLFVIRGQPADVFPRLFKEWNITKL ing_7
SIEYDSEPFGKERDAAIKKLATEAGVEVIVRISHTLYDLDKIIELNGGQPPLTYKRFQTLISKMEPLEIPVETITSEVIEKCTTPLSDDHDEKYGVPSLEELGFDT
10-20 30%
同源建模方法搜索模板时当序列相似度低于（）时则一般不考虑采用该方法。
30%
Chou-Fasman是一种基于（）的预测方法
经验参数
PDB是蛋白质的（ ）
结构数据库
PIR是（ ）
蛋白质数据库
以下不属于蛋白质序列数据库的是（ ）
PDB
以下属于蛋白质三维结构测定方法的是（ ）
X-射线晶体衍射
CATGTAACTGAAAATCTAATTAT。
如果想通过该序列直接知道是哪个基因，下面哪个程序不适合做这件事情？
下列哪个程序是将核酸序列按6条链翻译成蛋白质序列后搜索蛋白质序列数据库？
blastx
登录NCBI主页，分别使用BLOSUM62和PAM30打分矩阵，其他条件均使用BLAST默认条件，搜索同一蛋白质序列。分析获得的序列，大多数情 BLOSUM
VLGTSGYDYYHVDDLENLAKCHEHLMQYGKGKSCYYRFLTKGQQWIWLQTHYYITYHQWNSRPEFIVCTHTVVSYAEVRAERRRELGIEESLPETAAD
KSQDSGSDNRINTVSLKEALERFDHSPTPSASSRSSRKSSHTAVSDPSSTPTKIPTDTSTPPRQHLPAHEKMTQRRSSFSSQSINSQSVGPSLTQPAMS