原位杂交_生物信息分析等生物技术

缺点
污染环境， 对人体有害
受半衰期限 制，检测周 期长
Solution III: 50% formamide 2X SSC, pH 4.5 Sheep serum: inactivate by heating to 70°C for 30 minutes, store in
aliquots at -20°C. 10X TBS (for 1 liter): 80 g NaCl、 2 g KCl 、250 ml 1M TBiblioteka Baiduis-HCl, pH7.5
一、查找并下载文献
二、查找目的基因
三、根据目的基因设计引物
四、测序后序列对比
关于可查找各种信号通路图的３个 国外网站
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蛋白质功能分析及预测
结构域分析 Smart 亚细胞定位预测： 磷酸化位点预测： 跨膜区预测： 分子量等电点预测： 信号肽预测： 二级结构预测：
Biotechnology Information
• NCBI(美国国立生物技术信息中心)理解自然无声 但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学 的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基 的字母表，出现了生命过程的语法，其最复杂形 式就是人类。阐明和使用这些字母来组成新的 “单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。 数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的 模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对 的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据 的容量和复杂性，并且为研究人员提供更好的便 利来获得分析和计算的工具，以便推动对我们遗 传之物和其在健康和疾病中角色的理解。
小鼠整体原位杂交所需主要试剂的配置
➢ TBST: 1X TBS plus 0.1/1% Tween -20、2 mM (0.5 mg/ml)
Levamisole (左旋咪唑)
➢NTMT: 100 mM NaCl、 100 mM Tris-HCl, pH 9.5 50 mM MgCl2
0.1/1% Tween-20 2 mM (0.5 mg/ml) Levamisole 左旋咪唑
网站和软件推荐
• 在线引物设计 • 丁香园 • 中国医学生物信息网 • 生物谷 • 中生网 • 生物通
原位杂交
• 原理：
• 原位杂交（in situ hybridization）是应用已 知碱基顺序并带有标记物的核酸探针与组 织、细胞中待测的核酸按碱基配对的原则 进行特异性结合，形成杂交体，然后再应 用与标记物相应的检测系统，通过组织化 学或免疫组织化学方法在核酸原有的位置 进行细胞定位。
➢ PBT: 1X PBS plus 0.1% or 1% Tween -20 NOTE: For mouse embryos, it is recommended that all solutions with Tween contain 1%, rather than 0.1%. Tween is routinely used at 0.1% in he chick protocol.
生物信息学
流感先心病组—唐超 2010年12月19
应用生物信息学解决 科研问题的常规思路
• 1 思考所要分析的内容 • 2 查找能够解决此类问题的软件或者网站 • 3 熟悉软件和网站的使用 • 4 通过对比分析,在多款软件和网站中得出
你所需要的软件或者网站
• 5 运用该软件或者网站解决科研问题
NCBI：National Center for
➢200X NBT: 50 mg/ml NBT in 70% DMF
➢200X BCIP: 25 mg/ml BCIP in water
要临时配制的试剂有：PBT, 6%的过氧化氢，2毫克/
毫升的甘氨酸溶液，4% paraformaldehyde和0.2% glutaraldehyde，TBST，封闭溶液（用TBST配制而 成的10%的热灭活的羊血清另加0.1%的封闭剂，抗 体的稀释（用2%的封闭剂/TBST稀释，每次漂洗约 1.7毫升），10%的封闭剂用 TBST配制。
进行整体原位杂交的优点：
整体原位杂交具有易操作、周期短、整体效果明显等特点，是一种较新的 组织原位杂交方法。胚胎是个体发育的最初阶段，整体原位杂交作为检测
胚胎发育过程中基因表达整体效果的快速、有效手段，已在果蝇，小鼠， 线虫，斑马鱼，鸡等少数几种动物中应用。
小鼠整体原位杂交所需主要试剂的配置
➢ 10X PBS(1 liter): 80 g NaCl 、2 g KCl 、14.4 g Na2PO4 、2.4 g KH2PO4 (adjust to pH 7.4 with HCl and bring to 1 liter with water)
应用
原位杂交技术已应用于基础研究如基因组图(Gene mapping),转基因检测, 基因表达定位、核DNA和RNA的mRNA的排列和运输。 临床研究应用在细胞遗传学(Cytogenetics) 产前诊断、肿瘤和传染性疾病的诊断 生物学剂量测定(biological dosimetry)和病毒学的病原学诊断等。
➢Hybridization solution: 50% formamide，5X SSC, pH 4.5 ，1% SDS 50 mg/ml yeast tRNA 50 mg/ml heparin
小鼠整体原位杂交所需主要试剂的配置
Solution I: 50% formamide 5X SSC, pH 4.5 ，1% SDS SolutionII:0.5M NaCl ,10mM Tris-HCl, 0.1%Tween-20 SolutionII加RNaseA .目的是消化未杂交上的ＲＮＡ.
同位素 生物素 荧光素 地高辛
P32标记
标记方法
标记在dATP 上，通过PCR 法掺和到探针 中
用荧光色素来标 记，如异硫氰酸 荧光素 ，罗达明 等
标记在UTP上，通过 PCR法掺和到探针中
优点
便宜
无污染，可以 简单，特异性好 在-20度长期 保存
对人体无害，易检测， 敏感性好，可以在-20 度长期保存