RNA-SEQ原理及应用解析PPT课件

合集下载

RNA-seq技术原理及应用-课件PPT

2. 2005 年以来，以 Roche 公司的 454 技术、 Illumina 公司的 Solexa 技术和 ABI 公司的 SOLiD 技术为标志的新一代测序技术相继诞生，又称作深度测序技术。
3.把高通量测序技术应用到由 RNA 逆转录生成的 cDNA 上，从而获得来自不同基因的RNA 片段在特定样本中的含量，这就是 RNA测序或 RNA-
总结
高通量测序技术的应用面非常广，RNA-seq 只是其中一个方面，除此之外，基因组的从头测序和重测序、染色质免疫沉淀测序、甲基化测序等技术都同样有着广泛的应用。
进一步，通过对供体和受体位点的读段计数，结合外显子其他区域的读段数据，还能定量地计算选择性剪接事件之间的比例。
三、RNA-seq结果分析
两类样本 RNA-seq 数据比较分析的框架
四、RNA-seq技术应用
1、转录本结构研究利用单碱基分辨率的RNA-Seq技术可极大地丰
富基因注释的很多方面内容, 包括 5′/3′边界鉴定、 UTRs区域鉴定以及新的转录区域鉴定等。RNA-Seq 还可对可变剪接(Alternative splicing)进行定量研究。
三、RNA-seq结果分析
2. 基因表达水平估计 RNA-seq 数据最基本的应用是检测基因的表达水平，与基因芯片数据相比，RNA 测序得到的是数字化的表达信号，具有灵敏度高、分辨率高、无饱和区等优势。 RNA 测序数据是对提取出的 RNA 转录本中随机进行的短片段测序，如果一个转录本的丰度高，则测序后定位到其对应的基因组区域的读段也就多，可以通过对定位到基因外显子区的读段计数来估计基因表达水平。
二、RNA板扩增
序列
1234
TTTT…
簇序列读取反应

rna-seq的原理及应用

RNA-seq的原理及应用1. RNA-seq简介RNA-seq（RNA sequencing）是一种高通量测序技术，用于研究转录组（transcriptome）中的RNA分子。

通过RNA-seq，可以获得细胞或组织中所有转录的RNA序列信息，包括mRNA、ncRNA和小RNA等各种类型的RNA。

RNA-seq技术在生物医学研究、分子生物学和基因组学中具有重要的应用价值。

2. RNA-seq的原理RNA-seq的原理基于Illumina测序技术，主要包括以下步骤：2.1 样本准备样本准备是RNA-seq实验的关键步骤。

通常需要从细胞或组织中提取总RNA，并进行质量控制。

然后使用DNA逆转录酶（reverse transcriptase）将RNA转录为cDNA。

cDNA可用于进一步测序处理。

2.2 测序文库构建在测序文库构建过程中，需要对cDNA进行片段化（fragmentation）和连接测序适配体（sequencing adapter）等处理。

这些处理步骤是为了生成适合于测序的DNA文库。

2.3 测序构建好的文库可以通过高通量测序技术进行测序。

Illumina测序技术通过将文库中的DNA片段固定在测序芯片上，并进行DNA合成和荧光信号读取，最终得到原始的测序数据。

2.4 数据处理和分析得到原始的测序数据后，需要对数据进行质控（quality control）、去除适配体序列（adapter trimming）、序列比对（sequence alignment）等处理。

最终得到基因表达量或转录本的相对丰度信息，以及差异表达基因等分析结果。

3. RNA-seq的应用RNA-seq技术在生物医学研究中广泛应用，具有以下几个主要应用方向：3.1 基因表达分析RNA-seq可以用于分析细胞或组织中的基因表达模式。

通过测定各个基因在不同组织、不同发育阶段或不同环境条件下的表达量，可以描述基因表达的时空特征，并进一步挖掘基因的功能和调控网络。

RNA-SEQ原理及应用

通过比较不同状态下的基因表达谱，可以发现与特定生理或病理状态相关的基因表达变化，从而揭示基因在生命活动中的作用。
差异表达基因的鉴定
差异表达基因的鉴定是指通过比较不同条件或状态下基因的表达水平，找出表达有显著差异的基因。
这些差异表达基因可能涉及到特定的生理或病理过程，通过对这些基因的深入研究，有助于发现新的药物靶点或疾病标记物。
疾病预后评估与预测
预后评估
通过rna-seq技术对患者的基因表达谱进行分析，可以评估疾病的预后情况，为临床医生制定治疗方案提供参考。
预测复发风险
rna-seq技术可以预测肿瘤等疾病的复发风险，有助于临床医生制定更加合理的随访计划和干预措施。
THANKS FOR WATCHING
感谢您的观看
转录本组装
将测序得到的短读段组装成完整的转录本序列，有助于理解基因的表达和调控机制。
基因结构变异分析
基因结构变异
rna-seq可以检测到基因结构变异，包括基因融合、倒位、易位等。
变异分析
通过对测序数据的深度分析，可以鉴定出基因结构变异，并研究其对基因表达和功能的影响。
基因融合检测
基因融合
该技术利用了下一代测序技术，将RNA样本进行逆转录处理，生成cDNA，再通过测序获得每个基因的序列信息。
rna-seq技术可以检测到低丰度的转录本，并且能够精确地定量基因表达水平，为研究基因的表达调控提供了有力工具。
rna-seq技术流程
逆转录
将RNA信息。
样本准备
提取样本中的RNA、 PCR扩增等步骤，构建测序文库。
数据处理
对测序数据进行质量控制、序列比对、基因表达量计算等处理。
rna-seq技术的优势与局限性

RNA-seq技术原理及应用[优质ppt]

2. 2005 年以来，以 Roche 公司的 454 技术、 Illumina 公司的 Solexa 技术和 ABI 公司的 SOLiD 技术为标志的新一代测序技术相继诞生，又称作深度测序技术。
3.把高通量测序技术应用到由 RNA 逆转录生成的 cDNA 上，从而获得来自不同基因的RNA 片段在特定样本中的含量，这就是 RNA测序或 RNA-seq。
三、RNA-seq结果分析
2. 基因表达水平估计 RNA-seq 数据最基本的应用是检测基因的表达水平，与基因芯片数据相比，RNA 测序得到的是数字化的表达信号，具有灵敏度高、分辨率高、无饱和区等优势。 RNA 测序数据是对提取出的 RNA 转录本中随机进行的短片段测序，如果一个转录本的丰度高，则测序后定位到其对应的基因组区域的读段也就多，可以通过对定位到基因外显子区的读段计数来估计基因表达水平。
进一步，通过对供体和受体位点的读段计数，结合外显子其他区域的读段数据，还能定量地计算选择性剪接事件之间的比例。
三、RNA-seq结果分析
两类样本 RNA-seq 数据比较分析的框架
四、RNA-seq技术应用
1、转录本结构研究利用单碱基分辨率的RNA-Seq技术可极大地丰
富基因注释的很多方面内容, 包括 5′/3′边界鉴定、 UTRs区域鉴定以及新的转录区域鉴定等。RNA-Seq 还可对可变剪接(Alternative splicing)进行定量研究。
二、RNA板扩增
序列组装和比较
图像获得和处理
TGCT…
1234
TTTT…
簇序列读取反应
二、RNA-seq技术原理
RNA-seq实验流程图
三、RNA-seq结果分析
为了便于测序数据的发布和共享，高通量测序数据以 FASTQ 格式来记录所测的碱基读段和质量分数。 NCBI、EBI、 DDBJ 等数据中心建立了大容量的数据库 SRA来存放共享的测序数据。

rna-seq测序原理

rna-seq测序原理
RNA-seq测序是一种可以用于研究基因组学、组学、转录组学等领域的测序技术。

它可以用来研究基因的表达模式、基因的功能和蛋白质的表达，以及物种特异性的基因组变异。

RNA-seq是一种高通量的测序技术，可以同时测量数以万计的基因，并识别基因组中的差异，从而获得更多的信息。

它可以被用来研究物种之间的差异，以及物种内部基因表达的变化。

RNA-seq的原理是利用涉及多种步骤的流程，即从RNA
到DNA的反转录编码，然后经过克隆和序列测定，最后分析
和解读。

首先，将RNA制备好，然后进行反转录编码，将RNA转换成DNA，从而产生cDNA（反转录聚合酶）库。

然后，将cDNA库进行克隆，以获得可复制和测序的cDNA片段。

最后，将这些cDNA片段进行序列测定，并通过相应的
软件和算法来解读序列，最终得到RNA-seq的结果。

RNA-seq测序技术具有高通量，高灵敏度，低成本等优点，可以更有效地研究基因组学、转录组学和组学等领域，为基因组学、转录组学和组学研究提供有价值的信息。

rnaseq原理

rnaseq原理RNA-seq是一种广泛应用于基因组学研究的高通量测序技术，可以用于揭示转录组的全面信息。

本文将介绍RNA-seq的原理、方法和应用。

一、RNA-seq原理RNA-seq的原理基于测序技术，通过将RNA样本转录成cDNA，然后进行高通量测序，最后利用计算方法分析测序结果。

具体步骤如下：1. RNA提取：从细胞或组织中提取总RNA，包括mRNA、rRNA、tRNA等各种类型。

2. RNA片段化：将提取的RNA进行片段化处理，通常采用酶或碱性水解等方法。

3. cDNA合成：利用反转录酶将片段化的RNA转录成cDNA，其中可以选择引入barcode或UMI等标记，用于区分不同样本或纠正测序误差。

4. 文库构建：将cDNA进行末端修复、连接接头、PCR扩增等步骤，构建文库。

5. 高通量测序：使用高通量测序技术对构建好的文库进行测序，通常采用Illumina测序平台。

6. 数据分析：对测序产生的原始数据进行质控、比对到参考基因组、表达量计算、差异表达分析等一系列的数据分析步骤。

二、RNA-seq方法1. 转录组测序：全转录组测序是最常见的RNA-seq方法，旨在全面分析细胞或组织中的所有转录本。

这种方法可以发现新的转录本、揭示基因调控网络等。

2. 亚转录本测序：亚转录本测序是一种针对转录本的特定区域进行测序的方法，可以研究剪接异构体、外显子区域等细节信息。

3. 单细胞转录组测序：单细胞转录组测序是一种能够对单个细胞进行转录组分析的方法，可以揭示细胞间的差异和异质性。

三、RNA-seq应用1. 基因表达分析：RNA-seq可以计算基因的表达量，通过比较不同样本之间的表达量差异，可以发现差异表达基因，从而研究基因调控与疾病发生的关系。

2. 剪接异构体分析：RNA-seq可以揭示转录本的剪接异构体，即同一基因在不同组织或发育阶段中产生的不同转录本，有助于理解基因功能的多样性。

3. RNA编辑分析：RNA-seq可以检测RNA的编辑现象，即RNA 分子中碱基的改变。

转录组分析(RNA-Seq)-PPT文档资料

原则上, 所有的高通量测序技术都能进行RNA测序。自2019 年以来, 以Roche 公司的454 技术、Illumina 公司的 Solexa 技术和ABI 公司的SOLiD 技术为标志的新一代测序技术相继诞生, 之后HelicosBiosciences 公司又推出单分子测序(Single molecule sequencing, SMS)技术。新一代测序又称作深度测序或高通量测序, 是相对于传统的 Sanger 测序而言,主要特点是测序通量高, 测序时间和成本显著下降。各平台测序原理及序列长度的差异决定了各种高通量测序仪具有不同的应用侧重
Random hexamer primed cDNA synthesis
Paired-end
Solexa Sequencing
-6- dT微珠纯化mRNA �� mRNA片段化处理 �� 反转录反应合成合成双链cDNA �� 双链DNA末端修复及3’末端加‘A’ �� 使用特定的测序接头连接DNA片段两端
转录组分析（RNA-Seq）
• 李江攀
RNA-Seq 的技术背景 RNA-Seq 的应用领域 RNA-Seq 面临的挑战及发展前景
RNA-Seq 的技术背景
RNA-Seq又称转录组高通量测序（transcriptome sequencing）或称为全转录组鸟枪法测序（Whole Transcriptom Shotgun Sequencing WTSS）
数字表达谱与芯片的比较
特点
数字化信号高通量可重复性高无需重复实验检测低丰度基因检测新转录本检测反义链转录本
数字表达谱
√ √ √ √ √ √ √
芯片
√
Unigene12000个以上，但转录组大小受基因数目和基因丰度双重影响，组织差异、状态和实验处理也会影响转录组组成。Βιβλιοθήκη RNA-Seq 的发展前景

rna-seq原理

rna-seq原理RNA-seq（RNA序列）是一种用于检测和测量转录组中的RNA分子数量和种类的高通量测序技术。

与传统的微阵列技术相比，RNA-seq能够提供更高的分辨率和更广泛的检测范围，因此已成为了转录组学研究的常用技术之一、RNA-seq的原理基于第二代测序技术，包括Illumina HiSeq、Ion Torrent PGM和Roche 454等。

RNA-seq 测序过程可以分为样品准备、转录本测序和数据分析三个主要步骤。

样品准备：在RNA-seq实验中，需要从细胞或组织中提取总RNA，并分离出mRNA。

mRNA中包含了转录组的绝大部分信息，因此mRNA选择性地被转录成cDNA，以获取转录本的信息。

在这一步骤中，可以使用磁珠或柱提取和纯化总RNA，并使用亲和性纯化方法获得纯净的mRNA。

转录本测序：经过mRNA纯化后，mRNA通过反转录酶将其转录成cDNA，并合成双链DNA。

可以根据需求选择合适的反转录和合成方法，如Oligo(dT)引物、随机引物和增强式选择性反转录等。

之后，cDNA片段会经过末端修饰和连接接头的添加，然后扩增，并通过PCR进行文库构建。

构建完成的文库会经过质检，确定文库的质量和浓度。

最后，将文库放入测序仪中进行高通量测序。

RNA-seq常用的测序技术是Illumina HiSeq，它可以产生较短的读长，但产量高、错误率低。

数据分析：通过测序仪输出的测序数据，我们可以得到大量的短序列（reads），这些序列需要经过一系列的分析才能得到有关转录本的详细信息。

在数据分析过程中，可以进行基因注释、基因表达定量和差异表达基因分析等。

具体的步骤包括读长修剪、低质量序列过滤、序列比对和计数、基因注释、转录本表达定量和差异分析等。

在RNA-seq分析中，序列比对是一个重要的步骤。

根据测序数据的片段长度，调整对转录组的比对策略。

基于比对的方法有两种：单端比对和双端比对。

单端比对只使用单条序列进行比对，而双端比对则利用测序时同时获得的两个片段进行比对。

RNA-seq方法原理、数据分析、数据库及工具介绍

RNA-seq⽅法原理、数据分析、数据库及⼯具介绍RNA-seq⽅法原理、数据分析、数据库及⼯具介绍能够对RNA序列数据进⾏分析的新⽅法可以让我们从头开始构建转录组。

对RNA进⾏测序⼀直以来都被认为是⼀种发现基因的有效⽅法，⽽且这种⽅法还被认为是对编码基因以及⾮编码基因进⾏注释的⾦标准。

与以前的⽅法相⽐，⼤规模平⾏RNA测序⽅法（massively parallel sequencing of RNA）极⼤增强了RNA测序技术的处理能⼒，使我们得以能够对转录组进⾏测序。

在本⽂中即将介绍到的这两种RNA测序⽅法就能以前所未有的精度对转录组进⾏分析。

Trapnell⼩组使⽤的⽅法是⼀种名为Cufflinks的软件。

这种软件能够随时发现⼩⿏⽣肌细胞（myoblast cell）内新出现的转录⼦，还能在细胞分化时对转录⼦表达⽔平进⾏监测，从⽽分析基因表达情况和剪接情况。

Guttman⼩组也使⽤了与 Trapnell⼩组相类似的软件⽅法，不过他们使⽤的是另⼀种名为Scripture的软件。

Scripture软件可以对源⾃三个⼩⿏细胞系的转录组进⾏再注释（reannotate），从⽽对数百个最近新发现的lincRNA（large intergenic noncoding RNA）进⾏完整的基因模式注释。

虽然RNA测序技术已经出现了将近20年，但直到最近才开始构建克隆⽂库。

对⼈类、⼩⿏以及其它重要模式⽣物进⾏全长基因克隆构建的科研项⽬需要⼏年的时间才能够完成。

但是有了最新的测序技术，我们将不再需要构建克隆⽂库，可以直接对cDNA⽚段进⾏测序。

我们现在可以只需要花费⼏天，仅⽤以往同类项⽬科研经费的很少⼀部分就能够得到⼀个⽐较满意的完整的细胞转录组。

但是这种新技术也存在⼀点问题。

不⽤构建克隆，我们就⽆法知道哪⼀个“结果（mRNA或蛋⽩）”来⾃哪⼀个转录⼦。

最近已经有⼈开始通过对已知的或者预测出来的转录⼦的短RNA序列进⾏测序的⽅式来对基因表达和可变剪接进⾏分析研究。

RNA-seq技术原理及应用 PPT

RNA-seq技术是一种应用新一代高通量测序技术的方法，通过将RNA逆转录生成的cDNA进行测序，获得不同基因RNA片段在特定样本中的含量。该技术主要基于Illumina/Solexa测序平台，其原理是边合成边测序，利用带荧光标记的dNTP在DNA单链模板上合成互补链时发出不同颜色的荧光，从而确定每个组装和比较等步骤。最终，通过图像获得和处理系统，将测序结果转化为数字信号，以FASTQ格式记录所测的碱基读段和质量分数。RNA-seq技术பைடு நூலகம்有高灵敏度、高分辨率等优势，并广泛应用于转录本结构研究、转录本变异研究、非编码区域功能研究以及基因表达水平研究等领域，为基因组学研究提供了强有力的工具。

rna测序的原理和应用

RNA测序的原理和应用前言RNA测序技术（RNA sequencing，RNA-seq）是一种用于研究基因表达的高通量测序技术，在生物学研究和医学领域中具有广泛的应用。

本文将介绍RNA测序的原理和应用，并探讨其在基因表达研究、疾病诊断和药物筛选中的作用。

RNA测序的原理RNA测序是通过测定RNA分子序列的技术，它可以揭示细胞中的整个基因表达谱。

RNA测序的原理基于转录和逆转录反应，通过将RNA分子转录成cDNA序列，再进行高通量测序，最终得到RNA分子的序列信息。

RNA测序的主要步骤包括： 1. RNA提取：从细胞或组织中提取总RNA，通常使用酚/氯仿等方法。

2. RNA质量检测：使用电泳或荧光定量PCR等方法检测RNA的完整性和浓度。

3. 转录反应：通过逆转录酶将RNA转录成cDNA，其中可以分别对mRNA和全转录组进行反应。

4. 文库构建：将cDNA片段连接到载体中，构建RNA文库。

5. 高通量测序：使用测序技术对文库进行测序，如Illumina测序平台。

6. 数据分析：对测序产生的原始数据进行质控、比对、基因表达量计算等分析，从而获得基因表达的定量和差异表达信息。

RNA测序的应用RNA测序技术在基因表达研究、疾病诊断和药物筛选中有多种应用，下面将分别介绍。

基因表达研究RNA测序技术可用于研究基因表达调控机制、探究基因调控网络以及发现新的基因。

通过比较不同条件下的基因表达谱，可以揭示基因在不同生理状态下的表达模式，并找到与特定疾病或生物过程相关的差异表达基因。

此外，RNA测序还可以挖掘转录本的多样性，发现新的外显子和变异。

疾病诊断RNA测序技术可以用于疾病的早期诊断和分类。

通过对患者样本中的RNA进行测序，可以检测到与特定疾病相关的基因表达异常。

例如，某种癌症病人血液中的特定基因的差异表达可能暗示着该癌症的存在，从而帮助早期发现和治疗。

药物筛选RNA测序技术可用于药物筛选和药效评估。

RNA-SEQ原理及应用解析PPT课件

?高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变一次对几十万到几百万条dna分子进行序列测定因此在有些文献中称其为下一代测序技术nextgenerationsequencing足见其划时代的改变同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能所以又被称为深度测序deeps高通量测序技术对mRNA、smallRNA和ncRNA进行全面测序分析的方法。该技术实验流程包括首先获取细胞总RNA，根据实验需求对RNA样品进行相应处理，随后进行RNA片段化，一代高通量测序技术进行测序。高通量测序能够一次并行测定数十万至数百万条DNA分子序列，具有革命性的改变，使得对转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能。RNA-seq技术具有数字化信号、高灵敏度和适用于任意物种全基因组分析等优势，为基因功能及结构研究提供了有力工具。

转录组分析(RNA-Seq)

Random hexamer primed cDNA synthesis
Paired-end Solexa Sequencing
-6-微珠纯化mRNA �� mRNA片段化处理 �� 反转录反应合成合成双链cDNA �� 双链DNA末端修复及3’末端加‘A’ �� 使用特定的测序接头连接DNA片段两端 �� 4. 高通量测序（Illumina Genome Analyzer IIx） 5. 数据分析 �� 原始数据读取 �� 与数据库比对并进行注释 �� 深层次数据分析
转录组分析（RNA-Seq）
• 李江攀
RNA-Seq 的技术背景 RNA-Seq 的应用领域 RNA-Seq 面临的挑战及发展前景
RNA-Seq 的技术背景
RNA-Seq又称转录组高通量测序（transcriptome sequencing）或称为全转录组鸟枪法测序（Whole Transcriptom Shotgun Sequencing WTSS）原则上, 所有的高通量测序技术都能进行RNA测序。自2005 年以来, 以Roche 公司的454 技术、Illumina 公司的 Solexa 技术和ABI 公司的SOLiD 技术为标志的新一代测序技术相继诞生, 之后HelicosBiosciences 公司又推出单分子测序(Single molecule sequencing, SMS)技术。新一代测序又称作深度测序或高通量测序, 是相对于传统的 Sanger 测序而言,主要特点是测序通量高, 测序时间和成本显著下降。各平台测序原理及序列长度的差异决定了各种高通量测序仪具有不同的应用侧重
2、就目前来看, 作为两个高通量的转录组学研究技术, 在应用的某些方面既存在重叠和竞争也存在优势互补, 一种技术能弥补另一种技术遗漏的部分, 通常对一个生物学问题的回答需要不同实验技术的协同配合

RNA-seq技术原理及应用

Illumina/Solexa 测序技术的基本原理是边合成边测序，即测序过程是以 DNA 单链为模板，在生成互补链时，利用带荧光标记的 dNTP 发出不同颜色的荧光来确定不同的碱基。新加入 dNTP 的末端被可逆的保护基团封闭，既保证单次反应只能加入一个碱基，又能在该碱基读取完毕后，将保护基团除去，使得下一个反应可继续进行。为了增加荧光强度，使之更易被成像系统所采集，该技术在测序之前还需要对待测片板扩增
序列组装和比较
1
图像获得和处理
TGCT…
簇序列读取反应
2
3
TTTT…
4
RNA-seq实验流程图
为了便于测序数据的发布和共享，高通量测序数据以 FASTQ 格式来记录所测的碱基读段和质量分数。 NCBI、EBI、 DDBJ 等数据中心建立了大容量的数据库 SRA来存放共享的测序数据。
SHRiMP、Mosaik）。
2. 基因表达水平估计 RNA-seq 数据最基本的应用是检测基因的表达水平，与基因芯片数据相比，RNA 测序得到的是数字化的表达信号，具有灵敏度高、分辨率高、无饱和区等优势。 RNA 测序数据是对提取出的 RNA 转录本中随机进行的短片段测序，如果一个转录本的丰度高，则测序后定位到其对应的基因组区域的读段也就多，可以通过对定位到基因外显子区的读段计数来估计基因表达水平。
3. 选择性剪接事件识别和剪接异构体表达水平推断只要测序深度足够深，就能检测到所有转录本的全部序列，包括来自剪接接合区的序列。Tophat 等软件定位剪接接合区读段的策略能标定出剪接事件中的两个剪接位点：供体位点和受体位点。通过比较供体位点和受体位点的组合，就能识别选择性剪接事件。进一步，通过对供体和受体位点的读段计数，结合外显子其他区域的读段数据，还能定量地计算选择性剪接事件之间的比例。

RNA-SEQ原理及应用解析

• 3、非编码区域功能研究转录组学研究的一个重要方面就是发现和分析ncRNA。 ncRNA按其功能可分为看家ncRNA和调节ncRNA。前者通常稳定表达,发挥着一系列对细胞存活至关重要的功能, 主要包括转移RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、小核 RNA(snRNA) 及小核仁 RNA(snoRNA)等；后者主要包括长链 ncRNA(lncR NA)和以microRNA为代表的小ncRNA(small ncRNA), 在表观遗传、转录及转录后等多个层面调控基因表达。
• 5、低丰度全新转录本的确定虽然利用转座子标签和芯片技术能够获得全新的转录本，但是其工作量大，结果不确定。而RNA-Seq不受背景噪音问题的困扰，结果准确性高，因而被用来发现全新的转录本。近年来对酿酒酵母、栗酒裂殖酵母、拟南芥、水稻、小鼠、人、和人体白色念珠菌的转录组测定结果都显示出大量的新转录区域，并且其中许多转录水平都低于已知的cDNA基因。
SAGE, serial analysis of gene expression, 基因表达系列分析 MPSS, massively parallel signature sequencing, 大规模平行信号测序
四、RNA-seq技术应用
• 1、转录本结构研究利用单碱基分辨率的RNA-Seq技术可极大地丰富基因注释的很多方面内容, 包括 5′/3′边界鉴定、UTRs区域鉴定以及新的转录区域鉴定等。RNA-Seq还可对可变剪接(Alt ernative splicing)进行定量研究。 • 2、转录本变异研究在发现序列差异方面，如融合基因鉴定、编码序列多态性研究等，RNA-seq也具有很大的潜力。
三种高通量测序技术的优缺点
高通量测序中重要名词解释

rna-seq技术原理及应用

rna-seq技术原理及应用RNA - seq技术呀，可有意思啦！RNA - seq就是对转录组进行测序分析的技术。

那什么是转录组呢？简单说就是特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和。

这就像是一个细胞在某个时刻的“语言集”，RNA - seq就是要解读这个“语言集”的工具。

从原理上讲，RNA - seq的第一步就是提取RNA。

这个过程就像是从细胞这个“小世界”里把“语言记录册”（RNA）找出来。

不过要小心哦，RNA可没有DNA那么稳定，所以提取的时候得特别小心，就像对待一个超级脆弱的小宝贝一样。

提取出来的RNA有很多种，像mRNA、rRNA、tRNA等等。

但是mRNA才是我们的重点关注对象呢，因为它携带着从DNA那里转录来的遗传信息，能够指导蛋白质的合成。

然后就是构建测序文库啦。

这一步就像是把找到的“语言记录册”按照一定的规则整理成能被测序仪读懂的“小本子”。

这个过程中会给RNA加上一些特殊的接头，就像给它们贴上小标签一样。

这样测序仪就能知道从哪里开始读，又读到哪里结束啦。

测序这个环节呢，测序仪就像一个超级厉害的读书小能手，快速地读取这些“小本子”上的信息。

它会把RNA的序列一个一个地读出来，这些序列信息就像是密码一样。

RNA - seq技术的应用可广泛啦。

在医学研究里，它就像是一个超级侦探。

比如说研究癌症的时候，癌细胞和正常细胞的转录组是不一样的。

通过RNA - seq，我们就能发现癌细胞里哪些基因的表达变高了，哪些变低了。

就好像知道了癌细胞这个“坏蛋”在偷偷搞什么鬼，是多制造了一些让自己疯狂生长的东西呢，还是少制造了一些能抑制自己生长的东西。

这对我们开发新的抗癌药物或者治疗方法可太重要啦。

在植物学研究里也很有用哦。

比如说我们想知道植物在干旱环境下是怎么生存的。

通过RNA - seq，我们可以看看植物在干旱的时候哪些基因表达发生了变化。

也许有些基因会让植物关闭一些不必要的“小窗户”（气孔）来减少水分散失，有些基因会让植物制造更多能保护细胞的物质。