基因测序案例

分析草案

项目名称：西北农林科技大学18个花绒寄甲转录组+18个小RNA+6个蛋白定量分析（iTRAQ)测序及分析合同

（无参考基因组）

委托人（甲方）：西北农林科技大学林学院

受托方（乙方）：

签订地点：

签订日期：年月日

有效期限：年月日至年月日

1．项目描述

1）材料说明：研究对象为花绒寄甲（Dastarcus helophoroides），实验方案是对4龄期L1、6龄期L2、蛹期L3、1年成虫L4、2年成虫L5、4年成虫L6共6个时间点（每个时间点有3个生物学重复）的样本进行18个转录组测序、18个Small RNA测序、6个ITRAQ蛋白定量实验。其中，转录组、Small RNA测序使用同一样品。

2）项目背景信息与项目策略

3）测序数据分组、合并及符号

发育节点: 4龄期L1 6龄期L2蛹期L3 1年成虫L4 2年成虫L5 4年成虫L6

原始重复数据：(1-3) (1-3) (1-3) (1-3) (1-3) (1-3)

mRNA合并数据： X1 X2 X3 X4 X5 X6 X1-X6合并=T

↓↓↓↓↓↓

7组拼接数据：X1● X2● X3● X4● X5● X6●X1●-X6●合并=T●蛋白质翻译库X1d● X2d● X3d● X4d● X5d● X6d●Td●

按照链特异性文库建库strand-specific RNA sequencing(Directional RNA-Seq)

Small RNA合并：Y1 Y2 Y3 Y4 Y5 Y6 Y1-Y6合并=U ↓↓↓↓↓↓↓注释比对库 Y1 Y2 Y3 Y4 Y5 Y6 U

蛋白质组数据： D1 D2 D3 D4 D5 D6 D1-D6合并=V ↓↓↓↓↓↓↓注释比对库 D1 D2 D3 D4 D5 D6 V

对比15次： L1-L2，L1-L3，L1-L4，L1-L5，L1-L6；L2-L3，L2-L4，L2-L5，L2-L6；L3-L4，L3-L5，L3-L6；L4-L5，L4-L6；L5-L6

4）原始数据：每发育节点转录组3组重复数据；Small RNA的3组重复数据；蛋白组学1组数据。合并数据：3个原始重复测序数据合并为1组再组装、mapping。转录组X1～X6，组装库X1●～X6●；Small RNA 为Y1～Y6；蛋白质组为D1～D6。总数据：转录组X1～X 6合并为T、组装库T●、再mapping，；Small RNA的Y1～Y6合并为U、再mapping；蛋白组学D1-6合并为V、再mapping，转录组蛋白翻译库W。

5) 经费包括测序及以下所有信息分析费在内，信息分析费不再另行支付。1）材料说明：研究对象为花绒寄甲（Dastarcus helophoroides），实验方案是对4龄期L1、6龄期L2、蛹期L3、1年成虫L4、2年成虫L5、4年成虫L6共6个时间点（每个时间点有3个生物学重复）的样本进行18个转录组测序、18个Small RNA测序、6个ITRAQ蛋白定量实验。其中，转录组、Small RNA测序使用同一样品。

2）项目背景信息与项目策略

3）测序数据分组、合并及符号

发育节点: 4龄期L1 6龄期L2蛹期L3 1年成虫L4 2年成虫L5 4年成虫L6

原始重复数据：(1-3) (1-3) (1-3) (1-3) (1-3) (1-3)

mRNA合并数据： X1 X2 X3 X4 X5 X6 X1-X6合并=T

↓↓↓↓↓↓7组拼接数据：X1● X2● X3● X4● X5● X6●X1●-X6●合并=T●蛋白质翻译库X1d● X2d● X3d● X4d● X5d● X6d●Td●

按照链特异性文库建库strand-specific RNA sequencing(Directional RNA-Seq)

Small RNA合并：Y1 Y2 Y3 Y4 Y5 Y6 Y1-Y6合并=U ↓↓↓↓↓↓↓

注释比对库 Y1 Y2 Y3 Y4 Y5 Y6 U

蛋白质组数据： D1 D2 D3 D4 D5 D6 D1-D6合并=V

↓↓↓↓↓↓↓

注释比对库 D1 D2 D3 D4 D5 D6 V

对比15次： L1-L2，L1-L3，L1-L4，L1-L5，L1-L6；L2-L3，L2-L4，L2-L5，L2-L6；L3-L4，

L3-L5，L3-L6；L4-L5，L4-L6；L5-L6

4）原始数据：每发育节点转录组3组重复数据；Small RNA的3组重复数据；蛋白组学1组数据。合并数据：3个原始重复测序数据合并为1组再组装、mapping。转录组X1～X6，组装库X1●～

X6●；Small RNA 为Y1～Y6；蛋白质组为D1～D6。总数据：转录组X1～X 6合并为T、组装库T●、

再mapping，；Small RNA的Y1～Y6合并为U、再mapping；蛋白组学D1-6合并为V、再mapping，转

录组蛋白翻译库W。

5) 经费包括测序及以下所有信息分析费在内，信息分析费不再另行支付。

2．目标及技术内容(流式细胞仪预测该虫基因为235M，已完成了1个成虫样2G转录组测序，注释率80%)（1）Hiseq 2000完成 18个（花绒寄甲Dastarcus helophoroides）RNA样品链特异性转录组

测序,每个样品产生4Gb clean data以上，并完成相应的信息分析。Q20 95%以上，Q30 90%以上（2）Illumina完成18个（花绒寄甲Dastarcus helophoroides）RNA样品Small RNA测序（包

括miRNA，rRNA，tRNA，snRNA，piRNA，snoRNA，microRNAs，siRNA，miRNAs等），保证每个样本产

生不低于15～20M的clean reads，并完成相应的信息分析。Q20 95%以上，Q30 90%以上（3）运用iTRAQ技术，完成6个样品的蛋白组学定量分析。对6个（花绒寄甲Dastarcus helophoroides）样品进行标记，将液相色谱与质谱联用，保证每个样本产生的蛋白质数不少于转

录组注释数据量的1/10、鉴定非冗余蛋白质数不少于转录组数据量的0.6/10（果蝇9124个），通

过生物信息分析鉴定蛋白和比较差异蛋白的表达量，并完成相应的信息分析。

3．转录组技术路线

3．1 项目描述

对18 个RNA样品进行检测，样品检测合格后采取以下技术路线对转录组进行测序：常规转录

组测序样品制备――上机测序（每个样品产生 4Gb clean data）――生物信息学分析。

发育节点: 4龄期L1 6龄期L2蛹期L3 1年成虫L4 2年成虫L5 4年成虫L6

原始重复数据：(1-3) (1-3) (1-3) (1-3) (1-3) (1-3)

mRNA合并数据： X1 X2 X3 X4 X5 X6 X1-X6合并=T

7组组装数据：X1● X2● X3● X4● X5● X6●X1●-X6●合并=T●

功能注释√√√√√√√

ORF/CDS预测√√√√√√√

1 SSR/SNP分析√√√√√√√

lncRNA预测√√√√√√√

蛋白质翻译库 X1d● X2d● X3d● X4d● X5d● X6d●Td●

按照链特异性文库建库strand-specific RNA sequencing(Directional RNA-Seq；trinity组装

对比15次： X1-X2，X1-X3，X1-X4，X1-X5，X1-X6；X2-X3，X2-X4，X2-X5，X2-X6；X3-X4，