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/topic/006/THEORY/Index.htm细胞与分子神经生物学MIT /OcwWeb/Biology/indexa.htm神经生物学台湾阳明大学（Psycheros提供）：.tw/edu_proj.htm细胞生物学北京大学/jpkc/jpkc-xb.htm 用户名：bioclass；口令：pkubio；河北大学/xbswx.asp 还没做完北大生物信息中心课件/chinese/documents/chenjg/南通医学院：/Course/KJ.htm(lzw提供) /cellsalive的课件/细胞遗传学图片/galleries/Cytogallery/cytogallery.html细胞工程学华中农业大学/kech/xbgc/微生物学武汉大学链接：http://202.114.104.238/jpkc/wsw/index.htm 用户名：whu；口令：159357；备注：专题教学网站（校教学资源网）链接：http://202.114.65.51/fzjx/wsw/bbs.htm 用户名：cxd；口令：000000；备注：教学论坛链接：http://202.114.65.51/fzjx/wsw/ 用户名：无；口令：无；备注：专题教学网站（校图书馆）链接：http://202.114.104.238/jpkc/wsw/newcourse/apply.htm 用户名：whu；口令：159357；备注：精品课程申报附件材料华中农业大学/kech/biology/index.htm图片/PublicHtml/Stock-Search2.html农业微生物学四川农业大学http://202.115.176.40/wswx/index.htm病原微生物学课件医学分子病毒学实验室/part10.htm病毒的图片库/Big_Virology/BVFamilyGroup.html#I反转录病毒/3035/Retroviruses.html遗传学吉林大学（Afunti提供）：/ycx/main.htm扬州大学：/course/yichuanxue/DEFAULT.HTM湖北大学：/jpkc/四川农业大学：http://202.115.176.40/DWYCX/dwycx.files/frame.htm盖亚科教网课件(sleep_owl提供)：/down/sort.asp?classid=18&Nclassid=169徐州师范大学：/genetics/二医大的遗传学: /zykj/~yc/jx-hd.htm台湾的（iceriver提供)：.tw/genetic/台湾翻译冷泉港的教程（Psycheros提供）：.tw//Dave's Roanoke College: http://www.cbs.dtu.dk/staff/dave/roanoke/genetics.html /MIT /OcwWeb/Biology/indexa.htm/klug_instructorCD/biology/contents-start.html医学遗传学：南通医学院：/Course/KJ.htm发育生物学(lzw提供)/(518提供）/atlases/fert/fetus.htm台湾阳明大学（Psycheros提供）：.tw/edu_proj.htm生物信息学北大/chinese/documents/index.html2001年暑期学校/ss/schedule.htmBrunel 大学/depts/bl/project/biocomp/sequence/seqanal_guide/ NCBI /Education/index.htmlEBI /2can/tutorials/index.htmlCMB 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备注：医学教育诊断网医学免疫学华中科技大学http://202.114.128.248/newkj/jingpkc/大连医科大学/department/immun/content.htm医学基础免疫学实验指导37度医学网/topic/006/TECHNICH/experimt.htm中医诊断学北京中医药大学链接：/zhongzhen/ 备注：网络课件链接：mms://210.77.146.56/zhongzhen_full.wmv 备注：讲课录像链接：/zhongzhen/12/12.htm 备注：附件材料照片及教案链接：http://202.205.144.112 用户名：zyzdx；口令：123456；备注：右上角,点击"go"进入生药学中国药科大学http://202.119.191.80/jpkc/www/index.htm链接：/jpkc/www/index.htm链接：用户名：admin；口令：adminABC；备注：《中医中药大全》工业药剂学（chyjpy提供）中国药科大学http://202.119.191.80/jpkc/yj/gyyjx/html/root/index.htm药理学：南通医学院：/Course/KJ.htm药学专业相关学科教学教案及教辅材料/jiaoan/yaojixuejiaoan.htm药物的生物化学基础中国药科大学http://202.119.191.80/jpkc/sh/html/root/index.htm计算机辅助药物设计中国药科大学http://202.119.191.80/jpkc/cadd/html/root/index.htm临床药学中国药科大学http://202.119.191.80/jpkc/lcyx/html/root/index.htm温病学南京中医药大学: http://202.195.210.110 用户名：nzy；口令:8998；人体解剖学中南大学: 链接：/jpkc/index.htm 备注：国家精品课程申报所有材料、课堂录像链接：/anatomy 备注：人体解剖学网络图库、在线答疑中国医科大学（simonyin）/jiaoxue/kecheng/index.htm解剖学图片/da.html生理学中南大学链接：/jpkc/index.htm 备注：国家精品课程?链接：http://202.197.55.10 用户名：ne8；口令：08；备注：生理学重点、难点讲授全程录像中国科学技术大学：http://202.38.91.222/physiology/cover.htm人体生理学北京大学用户名：jpkc；口令：jpkc；生理学及神经生物学课件(sleep_owl提供)浙大/download.htm(lzw提供) /~abbott/book/teaching.html /itc/hs/medical/neuralsci/病理学四川大学链接：http://202.115.96.43链接：链接：链接：中南大学链接：/jpkc/index.htm 备注：国家精品课程申报所有材料、讲课录像链接：/pathology/ 备注：图片库、病理论坛等牙体牙髓病学武汉大学http://202.114.104.243/jpkc/ytysbx/index.html 用户名：whu；口令：159357；方剂学黑龙江中医药大学/web_cai/index.htm妇产科学中国医科大学：/education/undergraduate/fcksite/index.htm儿内科学重庆医科大学/jpkc/实验诊断学中国医科大学(simonyin提供) /jiaoxue/kecheng/shiyan/index.htm南通医学院：/Course/KJ.htm外科学华中科技大学（boioplot提供）：/jpkc/index_liebiao.html内科学华中科技大学（boioplot提供）：/jpkc/index_liebiao.html未分类课件生物教研网(sleep_owl提供) /jxkj.htmbiocourse(iceriver提供) /mhhe/bcc医学动画(suntv提供) /医学教学幻灯(zhangyinxu提供) /一些医学教育资源/dispbbs.asp?boardID=117&ID=34403 (wfj2000提供,需要帐户,原提供的已不可用)/index1.htm卫生部医学教学材料(zzm1970提供)/dispbbs.asp?boardID=117&ID=24009(iceriver提供)细胞生物学、分子生物学图片系列/AB/GG/(lzw提供)动画网站集合/santarm/Diagrams2001/Weblinks2001.htm allPathways /genes/allPathways.asp。

生物信息学-甲基化引物设计

primer pair for the unmethylated DNA (U pair) should
contain the same CpG sites within their sequences.
2. 人类组蛋白修饰数据库
人类组蛋白修饰数据库（HHMD），网址：今为止收录各种实验测定的人类基因组
组蛋白修饰最为全面的数据库，当前版本共涵盖了43
种人类组蛋白修饰的大通量实验数据，并提供了通过
文献挖掘的与99种癌症相关的组蛋白修饰。
MSP工作原理
胞嘧啶结构式
重亚硫酸盐尿嘧啶结构式
MSP工作原理
Recommendations for Bisulfite Sequencing (BSP)
Primers designed by Methyl Primer Express software do not contain any
rich region.
Recommendations for Methylation-Specific PCR (MSP) Each primer should contain at least three CpG sites in its sequence, and one of the CpG sites should be at the 3’ end of the sequence to maximally discriminate between methylated DNA and unmethylated DNA.
Methylation of CpG Island
一、表观遗传学常用数据库 1. 人类表观基因组计划数据库
人类表观基因组计划数据库（The Human Epigenome Project,HEP），网址：/。人类表观基因组计划旨在确定、记录和解释人类所有基因在所有主要组织中的基因组范围内DNA甲基化模式。

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欧洲生物信息学研究所完整基因组数据库/genomes/
欧洲生物信息学研究所序列数据库研究组/seqdb/index.html
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这是加拿大生物信息学资源(CBR)的网站。该网站由加拿大国家研究委员会(NRC)创建，旨在为国家研究委员会与其它**、学术部门的科学家提供广泛使用的生物信息学工具和共享数据。加拿大生物信息学资源部分由一个专门使用该资源的委员会管理，而且其资源在用于教育和非盈利研究时只需注册均可免费作用。网站还提供有关新闻、服务与下载等信息。
法；PSI- BLAST用迭代型的剖面打分算法，每次迭代所费时间与前者相同，它可
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，是更灵敏的同源搜索软件。例如线虫的CED4是apoptosis 的调控蛋白，含有涉
及磷酸结合的P 环模体，在各种ATP 酶和GTP 酶中可发现。在用gapped BLAST搜
相似的功能。另有，按PHI- BLAST搜索在MutL DNA修复蛋白中的ATP 酶域，II型
拓扑异构酶，组氨酸激酶和HS90家族蛋白，发现一个新的真核蛋白族，共有HS90
型ATP 酶域。再有在古核tRNA核苷酸转移酶中发现核苷酸转移酶域，在细菌DNA
引物酶的古核同源体中发现螺旋酶超家族II的模体VI。用以往的搜索法这些是得
，稍有变化。expect简称E-value ，已经考虑了数据库的因素。其意义是：当用
咨询序列搜索一个数据库（如非冗余的SwissProt ，现有77419 条序列，共27864727

常用生物信息学数据库和分析工具网址

PDB release notes
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pdb
KEGG release notes
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pathway
核苷酸数据库
GenBank
/
ftp:///genbank/gbrel.txt
dbEST summary report
/dbEST/dbESTsummarv.html
EMBL release notes
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?embl
PDBSTR
http://www.genome.ad.jp
Prosite
/prosite
结构数据库
PDB
/pdb

NDB
/NDB/ndb.html
生物信息学常问的问题
/faq/
生物信息学机构
NCBI
/
International Nucleotide Sequence Database Collaboration.
/collab/
Mouse Genome Informatics
/bin/query_accession?id=MGI:97555
Saccharomyces Genome Database
/cgi-bin/dbrun/SacchDB?find+Locus+%22PGK1%22
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?prf
PDBSTR release notes

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可查询具有相同结构域的组织
/interpro/
LOGO
髓细胞分化初级反应蛋白MyD88的（IPR017281）
域关系和描述
它是一个Toll/interleukin-1受体的同源性（TIR）域。可以找到关于这个域名详细信息，包括其参与信号。更多预测蛋白质含有TIR结构域的信息（如物种，他们发现，在他们参与的途径），可使用左侧菜单。

“类似的蛋白质”和“结构”。预测组织,查询具有相同的域的所有的蛋白质。
InterPro
/interpro/
LOGO
InterPro
蛋白功能预测在结构域的水平上对未知的序列进行注释
InterPro 主页
例：对给定的未知功能的序列预测其功能 MAAGGSGAESAPPTPSMSSLPLAALNVRV RHRLSLFLNVRTQVAADWTGLAEEMNFEY LEIRRLETHPDPTRSLLDDWQGRPGASVG RLLELLAKLGRDDVLVELGPSIEEDCRKYI LKQQQEAAEKPLQVDSVDSSIPWMSGITI RDDPLGQMPEHFDAFICYCPSDIQFVQEM IRQLEQTNYRLKLCVSDRDVLPGTCVWSI ASELIEKRCRRMVVVVSDDYLQSKECDFQ TKFALSLSPGAHQKRLIPVKYKSMKKEFPS ILRFITVCDYTNPCTKSWFWTRLARALSL P

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生物信息学网站分子生物学数据库综合目录1. SRS序列查询系统(分子生物学数据库网络浏览器) http://www.embl-heidelberg.ed/srs5/2. 分子生物学数据库及服务器概览/people/pkarp/mimbd/rsmith.html3. BioMedNet图书馆4. DBGET数据库链接http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget.links.html5. 哈佛基因组研究数据库与精选服务器6. 约翰. 霍普金斯大学(Johns Hopkins University) OWL网络服器/Dan/proteins/owl.html7. 生物网络服务器索引，USCS /network/science/biology/index.html8. 分子生物学数据库列表(LiMB) gopher:///11/molbio/other9. 病毒学的WWW服务器，UW-Madison /Welcome.html10. UK MRC 人类基组图谱计划研究中心/11. 生物学家和生物化学家的WWW资源http://www.yk.rim.pr.jp/~aisoai/index.html12. 其他生物网络服务器的链接/biolinks.html13. 分子模型服务器与数据库/lap/rsccom/dab/ind006links.html14. EMBO实际结构数据库http://xray.bmc.uu.se/embo/structdb/links.html15. 蛋白质科学家的网络资源/protein/ProSciDocs/WWWResources.html16. ExPASy分子生物学服务器http://expasy.hcuge.ch/cgi-bin/listdoc17. 抗体研究网页18. 生物信息网址http://biochem.kaist.ac.kr/bioinformatics.html19. 乔治.梅森大学(George Mason University)的生物信息学与计算分子生物学专业/~michaels/Bioinformatics/20. INFOBIOGEN数据库目录biogen.fr/services/dbcat/21. 国家生物技术信息研究室/data/data.html22. 人类基因组计划情报/TechResources/Human_Genome23. 生物学软件及数据库档案/Dan/software/biol-links.html24. 蛋白质组研究：功能基因组学的新前沿(著作目录) http://expasy.hcuge.ch/ch2d/LivreTOC.html序列与结构数据库一．主要的公共序列数据库1. EMBL WWW服务器http://www.EMBL-heidelberg.ed/Services/index.html2. Genbank 数据库查询形式(得到Genbank的一个记录) /genbank/query_form.html3. 蛋白质结构数据库WWW服务器(得到一PDB结构) 4. 欧洲生物信息学研究中心(EBI) /5. EBI产业支持/6. SWISS-PROT(蛋白质序列库) http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html7. 大分子结构数据库/cgi-bin/membersl/shwtoc.pl?J:mms8. Molecules R Us(搜索及观察一蛋白质分子) /modeling/net_services.html9. PIR国际蛋白质序列数据库/Dan/proteins/pir.html10. SCOP(蛋白质的结构分类)，MRC /scop/data/scop.l.html11. 洛斯阿拉莫斯的HIV分子免疫数据库/immuno/index.html12. TIGR数据库/tdb/tdb.html13. NCBI WWW Entrez浏览器/Entrez/index.html14. 剑桥结构数据库(小分子有机的及有机金属的结晶结构) 15. 基因本体论坛/GO/二. 专业数据库1. ANU生物信息学超媒体服务(病毒数据库、分类及病毒的命名法) .au/2. O-GL YCBASE(O联糖基化蛋白质的修订数据库) http://www.cbs.dtu.dk/OGLYCBASE/cbsoglycbase.html3. 基因组序列数据序(GSDB)(已注释的DNA序列的关系数据序) 4. EBI蛋白质拓扑图/tops/Serverintermed.html5. 酶及新陈代谢途径数据库(EMP) /6. 大肠杆菌数据库收集(ECDC)(大肠杆菌K12的DNA序列汇编) http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc.html7. EcoCyc(大肠杆菌基因及其新陈代谢的百科全书) /ecocyc/ecocyc.html8. Eddy实验室的snoRNA数据库/snoRNAdb/9. GenproEc(大肠杆菌基因及蛋白质) /html/ecoli.html10. NRSub(枯草芽胞杆菌的非冗余数据库) http://pbil.univ-lyonl.fr/nrsub/nrsub.html11. YPD(酿酒酵母蛋白质) /YPDhome.html12. 酵母基因组数据库/Saccharomyces/13. LISTA、LISTA-HOP及LISTA-HON(酵母同源数据库汇编) /14. MPDB(分子探针数据库) http://www.biotech.est.unige.it/interlab/mpdb.html15. tRNA序列及tRNA基因序列汇编http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/index/html16. 贝勒医学院(Baylor College of Medicine)的小RNA数据库/dbs/SRPDB/SRPDB.html17. SRPDB(信号识别粒子数据库) /dbs/SRPDB/SRPDB.html18. RDP(核糖体数据库计划) /19. 小核糖体亚蛋白RNA结构http://rrna.uia.ac.be/ssu/index.html20. 大核糖体亚蛋白RNA结构http://rrna.uia.ac.be/lsu/index.html21. RNA修饰数据库/RNAmods/22. 16SMDB及23SMDB(16S和23S核糖体RNA突变数据库)/Departments/Biology/Databases/RNA.html23. SWISS-2DPAGE(二维凝胶电泳数据库) http://expasy.hcuge.ch/ch2d/ch2d-top.html24. PRINTS /bsm/dbbrowser/PRINTS/PRINTS.html25. KabatMan(抗体结构及序列信息数据库) /abs26. ALIGN(蛋白质序列比对一览) /bsm/dbbrowser/ALIGN/ALIGN.html27. CATH(蛋白质结构分类系统) /bsm/cath28. ProDom(蛋白质域数据库) http://protein.toulouse.inra.fr/29. Blocks数据库(蛋白质分类系统) /30. HSSP(按同源性导出的蛋白质二级结构数据库) http://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/31. FSSP(基于结构比对的蛋白质折叠分类) /dali/fssp/fssp.html32. SBASE蛋白质域(已注释的蛋白质序列片断) http://www.icgeb.trieste.it/~sbasessrv/33. TransTerm(翻译控制信号数据库) /Transterm.html34. GRBase(参与基因调控的蛋白质的相关信息数据库) /~regulate/trevgrb.html35. REBASE(限制性内切酶和甲基化酶数据库) /rebase/36. RNaseP数据库/RNaseP/home.html37. REGULONDB(大肠杆菌转录调控数据库) http://www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/38. TRANSFAC(转录因子及其DNA结合位点数据库) http://transfac.gbf.de/39. MHCPEP(MHC结合肽数据库) .au/mhcpep/40. ATCC(美国菌种保藏中心) /41. 高度保守的核蛋白序列的组蛋白序列数据库/Baxevani/HISTONES42. 3Dee(蛋白质结构域定义数据库) /servers/3Dee.html43. InterPro(蛋白质域以及功能位点的完整资源) /interpro/序列相似性搜索1. EBI序列相似性研究网页/searches/searches.html2. NCBI: BLAST注释/BLAST3. EMBL的BLITZ ULTRA快速搜索/searches/blitz_input.html4. EMBL WWW服务器http://www.embl-heidelberg.de/Services/index.html#55. 蛋白质或核苷酸的模式浏览/compbio/PatScan/HTML/patscan.html6. MEME(蛋白质超二级结构模体发现与研究) /meme/website7. CoreSearch(DNA序列保守元件的识别) http://www.gsf.de/biodv/coresearch.html8. PRINTS/PROSIT浏览(搜索motif数据库) /cgi-bin/attwood/SearchprintsForm.pl9. 苏黎世ETH服务器的DARWIN系统http://cbrg.inf.ethz.ch/10. 利用动态规划找出序列相似性的Pima IIhttp://bmerc-www.bu.ede/protein-seq/pimaII-new.html11. 利用与模式库进行哈希码(hashcode)比较找到序列相似性的DashPat /protein-seq/dashPat-new.html12. PROPSEARCH(基于氨基酸组成的搜索) http://www.embl-heidelberg.de/aaa.html13. 序列搜索协议(集成模式搜索) /bsm/dbbrowser/protocol.html14. ProtoMap(SEISS-PROT中所有蛋白质的自动层次分类) http://www.protomap.cs.huji.ac.il/15. GenQuest(利用Fasta、Blast、Smith-Waterman方法在任意数据库中搜索) http://www.gdb.rog/Dan/gq/gq.form.html16. SSearch(对特定数据库的搜索) http://watson.genes.nig.ac.jp/homology/ssearch-e_help.html17. Peer Bork搜索列表(motif/模式序列谱搜索) http://www.embl-heidelberg.de/~bork/pattern.html18. PROSITE数据库搜索(搜索序列的功能位点) /searches/prosite.html19. PROWL(Skirball研究中心的蛋白质信息检索) /index.html序列和结构的两两比对1. 蛋白质两两比对(SIM) http://expasy.hcuge.ch/sprot/sim-prot.html2. LALNVIEW比对可视化观察程序ftp://expasy.hcuge.ch/pub/lalnview3. BCM搜索装置(两两序列比对) /seq-search/alignment.html4. DALI蛋白质三维结构比较/dali/5. DIALIGN(无间隙罚分的比对程序) http://www.gsf.de/biodv/dialign/html多重序列比对及系统进行树1. ClustalW(BCM的多重序列比对) /multi-align/multi-align.html2. PHYLIP(推测系统进行树的程序) /phylip.html3. 其它系统进行树程序，PHYLIP文档的汇编http://expasy.hcuge.ch/info/phylogeny.html4. 系统进行树分析程序(生命树列表) /tree/programs/programs.html5. 遗传分类学软件(Willi hennig协会提供的列表) /education.html6. 用于多重序列比对的BCM搜索装置/multi-align/multi-align.html7. AMAS(分析多重序列比对中的序列) /servers/amas_server.html8. 维也纳RNA二级结构软件包http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/四. 有代表性的预测服务器1. PHD蛋白质预测服务器，用于二级结构、水溶性以及跨膜片断的预测http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/predictprotein.html2. PhdThreader(利用逆折叠方法预测、识别折叠类) http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/phd_help.html3. PSIpred(蛋白质结构预测服务器) /psipred4. THREADER(戴维. 琼斯) /~jones/threader.html5. TMHMM(跨膜螺旋蛋白的预测) http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/6. 蛋白质结构分析，BMERC /protein-seq/protein-struct.html7. 蛋白质域和折叠预测的提交表http://genome.dkfz-heidelberg.de/nnga/def-query.html8. NNSSP(利用最近相邻法预测蛋白质的二级结构) /pss/pss.html9. Swiss-Model(基于知识的蛋白质自动同源建模服务器) http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html10. SSPRED(用多重序列比对进行二级结构预测) /jong/predict/sspred.html11. 法国IBCP的SOPM(自寻优化预测方法、二级结构) http://pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_sopm.html12. TMAP(蛋白质跨膜片断的预测服务) http://www.embl-heidelberg.de/tmap/tmap_info.html13. TMpred(跨膜区域和方向的预测) /software/TMPRED_form.html14. MultPredict(多重序列比对的序列的二级结构) /zpred.html15. BCM搜索装置(蛋白质二级结构预测) /seq-search/struc-predict.html16. COILS(蛋白质的卷曲螺旋区域预测) /software/coils/COILS_doc.html17. Coiled Coils(卷曲螺旋) /depts/biol/units/coils/coilcoil.html18. Paircoil(氨基酸序列中的卷曲螺旋定位) /bab/webcoil.html19. PREDATOR(由单序列预测蛋白质二级结构) http://www.embl-heidelberg.de/argos/predator/predator_info.html20. EV A(蛋白质结构预测服务器的自动评估) /eva/五. 其他预测服务器1. SignalP (革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌和真核生物蛋白质的信号肽及剪切位点) http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/2. PEDANT(蛋白质提取、描述及分析工具) http://pedant.mips.biochem.mpg.de/六. 分子生物学软件链接1. 生物信息学可视化工具/alan/VisSupp/2. EBI分子生物学软件档案/software/software.html3. BioCatalog /biocat/e-mail_Server_ANAL YSIS.html4. 生物学软件和数据库档案/Dan/softsearch/biol-links.html5. UC Santa Cruz的序列保守性HMM的SAM软件/research/compbio/sam.html七. 网上博士课程1. 生物计算课程资源列表：课程大纲http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Curric/syllabi.html2. 生物序列分析和蛋白质建模的Ph.D课程http://www.cbs.dtu.dk/phdcourse/programme.html3. 分子科学虚拟学校/vsms/sbdd/4. EMBnet 生物计算指南http://biobase.dk/Embnetut/Universl/embnettu.html5. 蛋白质结构的合作课程/PPS/index.html6. 自然科学GNA虚拟学校http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Vsns/index.html7. 分子生物学算法/education/courses/590bi。

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搜索：“ NAC“ 选择数据库：Genomes下的Nucleotide 例子：选择一条拟南芥NAC家族mRNA（输入：NM_126.028.2）
2018/5/3
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FASTA格式支持的核苷酸和氨基酸代码
氨基酸代码意义 Alanine Aspartic acid or Asparagine Cysteine Aspartic acid Glutamic acid Phenylalanine Glycine
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I K L M N O P Q
Histidine
Isoleucine Lysine Leucine Methionine Asparagine Pyrrolysine Proline Glutamine

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美国国立生物信息中心-NCBI<English>/相关新闻资源AgWebAmerican ScientistBBC - Sci/T echBINASBio-IT WorldBioWorldBloombergBoston GlobeBtech Investor BusinessWeekCBS MarketWatch CNBCChemScopeCNN-T echnology EconomistForbesFortuneGenomeWebILF NewsMercury News Moreover - Biotech MSNBC - T echNatureNature: BiotechNY Times - Science Red HerringSan Fran. ChronicleThe ScientistScience Magazine Scientific American Signals MagazineThe T SectorUpsideWall StreetJournal Wash. Post - Biotech 相关信息资源About: Biotech/med AgBioForumAg Biotech InfoNet AgBiotechNetAmer. Journ. of Bioethics BioExchangeBioFindBioInformerBioresearch OnlineBioSpaceBiotech ChroniclesBiotech DictionaryBiotech JournalsBiotech Knowl. Cen.Biotech ProgressBiotech Resource - OECDBioView - JobsBioVistaBio-WebBioWorldBtech InvestorCouncil for BiotechDoubleTwistElec Journal of Biotech - BiotechGenetic Engin. NewsIonianNational Agri. LibraryNature Mag - BiotechNBIFPharmaPortalSciWebSignals MagazineTECSOC - BiotechTIGR DatabaseWWW Virtual Library国外生物学网站2国外医学网址大全(转贴)国外卫生管理/f?kz=97848670国外卫生管理团体/f?kz=97852143国外卫生管理论坛及NEWS /f?kz=97852561国外健康网(含论坛及组织) /f?kz=97858752国外医学会. 红十字会/f?kz=97868849国外医疗管理/f?kz=97877812国外主要医院网站/f?kz=97927864国外预防医学网(含食品安全)/f?kz=97933600国外血液病网站/f?kz=97938492国外妇幼(含健康儿科) /f?kz=97944322国外生物医学网/f?kz=97954968国外科学研究基金/f?kz=97962581国外医学院校(含论坛及机构) /f?kz=98005217国外医学图书馆(不含数据) /f?kz=98016192国外基础医学网站(病理) /f?kz=98026552国外基础医学网站(解剖) /f?kz=98028846国外基础医学网站(生理) /f?kz=98032258国外基础医学网站(遗传) /f?kz=98035061国外药理学机构/f?kz=98077303国外药学信息/f?kz=98081281国外药物滥用及毒物.中毒学/f?kz=98085451国外药典查询/f?kz=98088180护理机构与网站/f?kz=98090246国外护理论坛/f?kz=98094130国外外科学(普外) /f?kz=98096481国外外科学(心脏、主动脉外科)/f?kz=98097538国外外科学(血管外科) /f?kz=98099089国外外科学( 腹外科) /f?kz=98099521国外外科学( 腹腔镜) /f?kz=98100759国外外科学( 创伤外科) /f?kz=98101162国外外科学( 颅脑、普外科) /f?kz=98102459国外外科学( 整形外科) /f?kz=98102868国外外科学( 移植) /f?kz=98103559国外外科学( 泌外) /f?kz=98103821国外外科学( 麻醉及其它)/f?kz=98104325国外内科学(循环系统) /f?kz=98157899国外内科学心脏病信息/f?kz=98160843国外循环系统学心衰方面/f?kz=98162002国外循环系统学(心脏外科)/f?kz=98162463国外循环系统学(介入方面)/f?kz=98162675国外循环系统学(血脂研究)/f?kz=98163440国外循环系统学(抗凝与病理的研究)/f?kz=98180299国外循环系统学(高血压) /f?kz=98181504国外循环系统学(心律失常) /f?kz=98183119国外呼吸系统网（机构）/f?kz=98186238国外呼吸系统网（哮喘）/f?kz=98188114国外呼吸系统网（慢性阻塞性肺病）/f?kz=98189129国外呼吸系统网（肺肿瘤）/f?kz=98203256国外呼吸系统网（结核病)/f?kz=98207003国外医学网址大全国外呼吸系统网（成人呼吸窘迫与睡眠呼吸暂停）/f?kz=98210540国外消化系统网（机构)/f?kz=98212998国外消化系统网（肝病)/f?kz=98217185国外消化系统网（内镜)/f?kz=98216098国外消化系统网（消化信息)/f?kz=98214811国外消化系统网（肠道病)/f?kz=98237934国外泌尿系统网（机构)/f?kz=98239922国外泌尿系统网（泌尿疾病信息)/f?kz=98296091国外泌尿系统网（狼疮性)/f?kz=98299579国外泌尿系统网（透淅及其它)/f?kz=98311052国外神经系统网（机构)/f?kz=98313016国外神经系统网（神经疾病信息)/f?kz=98316840国外神经系统网（脑梗塞及出血)/f?kz=98319323国外神经系统网（头痛研究)/f?kz=98321789国外神经系统网（癫痫) /f?kz=98322908国外神经系统网（帕金森氏病)/f?kz=98331143国外神经系统网（老年性痴呆)/f?kz=98334633国外神经系统网（神经外科及其它)/f?kz=98336228国外内分泌系统网（机构)/f?kz=98337903国外内分泌系统网（糖尿病)/f?kz=98386600国外内分泌系统网（肥胖)/f?kz=98388056国外内分泌系统网（骨质疏松)/f?kz=98388669国外肿瘤系统网（机构)/f?kz=98389335国外肿瘤系统网（癌症信息)/f?kz=98390652国外肿瘤系统网（肿瘤护理)/f?kz=98392487国外肿瘤系统网（研究基金)/f?kz=98392764国外五官科系统网（口腔信息)/f?kz=98398976国外五官科系统网（综合信息)/f?kz=98400100国外五官科系统网（耳鼻喉科)/f?kz=98404661国外传染科系统网（感染性疾病)/f?kz=98408664国外传染科系统网（耐药研究)/f?kz=98411236国外传染科系统网（结核病) /f?kz=98411649国外传染科系统网（艾滋病) /f?kz=98412597国外生物学网站3艾滋病专利数据库/pto/access.html早老性痴呆(Alzheimer)网.au/~dhs/ad.html阿基米德计划/arch/arch.htmlAvon乳腺癌预防知识/Avon/avon.html牙科教育资源/uni/projects/der/derweb.html残疾学入门/CommonRoom/DisabilitiesAccess/杜克大学医疗中心/联机急救/~afoster/safety/健康网/health/index.html保健信息资源www-hsl.mcmaster.ca/tomflem/top.html心脏支持工作组/~rwall/HIVNet 家用测试工具/KitsHP.htmlHyperDoc：国家医药图书馆/工作和健康学院www.iwh.on.ca/home.htmMayo卫生所/MS基金会/cyber.serv/hwp/support/ms/menu.html 然药品和代用疗法/~amrta养学习中心/~rlc/远地区的医疗(Remote Area Medical) /ram/联机Rogaine /rogaine/虚拟医院/界卫生网/国外生物学网站4生物工程常用数据库核苷酸顺序数据库(GENBANK)人体基因库氨基酸顺序数据库(SWISS-PRO)酵母基因组数据库(YEASTS)美国种质保藏中心(ATCC)美国专利局数据库(USPO)国外生物学网站5生物统计和医学信息/bioinfo.html活细胞/kcj/quill/遗传学教育中心/instruction/medicine/genetic心脏预览/tfi/preview/heartpreview.html视觉化科学教育/people/art035/Bin/science.html生命树/tree/phylogeny.html虚拟青蛙解剖页/vfrog/国外生物学网站 62.极其不错的专业试题库!3.链接地址:小妹偶然发现一个分子生物学试题库,有1221道分子生物学试题!!有些难度不小!可惜未分章节,有答案!!但要填上e-mial和名字,并且每页选十题,可在每页不断选取!!.网址:,然后进入"考试指南".索要答案的方法是Y ounger先发现的!!THANK YOU!!!(9月15日9时修订!!)去“生物谷”到“生物谷站内资源”，然后去“分子生物学”栏，再打开其中的“生物化学与分子生物学经典电子书（14本）”栏找到其中的“Genes 2000”（就是GENES 7），点击其后的"打包下载"（有下划线）即可！神经科学站点midas 整理一、神经科学团体组织神经科学学会神经科学学会（The Society for Neuroscience）简称SfN，成立于1970年，会员30,000人，是目前世界上最大的一个有关脑和神经系统研究的组织。

生物信息学：第二讲NCBI序列检索

1. 打开打开NCBI网址：网址：网址 2. 选择目标数据库Nucleotide 选择目标数据库 3. 输入检索词及限制条件 4. 检索基因序列
例子3:下载玉米例子下载玉米(Zea mays)的PEP羧化下载玉米的羧化酶(PEP carboxylase)蛋白质序列蛋白质序列
第二讲 NCBI序列检索 NCBI序列检索
（一）NCBI简介简介
NCBI即美国国立生物技术信息中心即美国国立生物技术信息中心 ()，于1988年，年 11月4日立法建立，NCBI的主要任务是发日立法建立，月日立法建立的主要任务是发展新的生物资讯技术，展新的生物资讯技术，以增进对于健康和疾病相关的基本遗传分子的理解。疾病相关的基本遗传分子的理解。
（二）NCBI数据检索数据检索
例子1：下载水稻例子：下载水稻waxy基因基因
1. 打开打开NCBI网址：网址：网址 2. 选择目标数据库选择目标数据库Nucleotide 3. 输入检索词 4. 检索基因序列
例子2:下载月至12月提交的水稻例子下载2002年3月至月提交的水稻下载年月至 mRNA序列序列
1. 打开打开NCBI网址：网址：网址 2. 选择目标数据库Protein 选择目标数据库 3. 输入检索词 4. 检索蛋白质序列 Nhomakorabea作业
1. 检索迄今为止发表在Nature上的人类基检索迄今为止发表在Nature上的人类基因组序列。因组序列。 2. 检索长度为501个氨基酸的乙醛脱氢酶检索长度为501个氨基酸的乙醛脱氢酶 (acetaldehyde dehydrogenase)的蛋白质 dehydrogenase) 序列。序列。 3. 检索自己感兴趣的基因序列。检索自己感兴趣的基因序列。

微生物网址

一、门户网站：1、中国微生物信息网络http://159.226.80.1/chinese/chinese.html2、中国微生物资源信息共享/sdinfo3、中国微生物信息网络/4、中国生态系统研究网络CERN /5、中国科学院生态环境研究中心/6、中国国家生物多样性信息交换所——微生物节点/7、中国生物多样性信息中心微生物学部分/cbic.shtml8、微生物学科特色门户中心/9、All the Virology on the WWW /~dmsander/garryfavweb.html二、研究机构：10、中国科学院微生物研究所/11、天津市工业微生物研究所/12、微生物研究站(Institute of Microbiology Research)/pylorus/index.asp13、辽宁省微生物科学研究院/14、广州市微生物研究所/F/03/default.asp15、浙江省微生物研究所（浙江天科高新技术发展有限公司）/16、广东省微生物研究所/newsamplebk/17、湖南省微生物研究所/18、军事医学科学院微生物流行病研究所/19、中国科学院遗传与发育生物学研究所/20、中国科学院武汉病毒研究所/index002.htm21、江苏省微生物研究所/docc/008.htm22、江西省科学院——微生物研究所/microbe.asp23、清华大学微生物实验室/24、台湾东吴微生物学系.tw/25、河北省科学院微生物研究所/site%5Fyjs/cpjs.htm26、辽宁省微生物研究所/server. ... uctInfo&of=view27、南阳微生物研究所/chanpin.htm三、菌种保藏机构：28、中国工业微生物菌种保藏中心/29、中国典型培养保藏中心/30、中国农业微生物菌种保藏管理中心/database/search.htm31、渗流所微生物菌种库/weishengwu/index2.htm32、广东省微生物研究所菌种保藏中心/四、数据库：33、中国微生物资源数据库/34、真菌物种数据库/species/speciesnew.htm35、全球生物物种数据库/36、检验医学网上资源库/edu/resource/graphic/index.asp37、中国经济真菌多媒体数据库http://159.226.80.1/ecofungi/fungimenu.shtml38、中国微生物菌种目录http://159.226.80.1/database/catalogsc.html39、细菌名称数据库/bacteria/bacteria.htm40、真菌新种数据库/newsp/index.html41、微生物物种编目数据库/species/speciesnew.htm42、西藏大型经济真菌/xzzj/fungi_xz.htm43、革兰氏阴性杆菌编码鉴定数据库http://159.226.80.1/database/gnb/gnb.shtml44、法国细菌名称数据库/srs71bin/cgi ... BSN_Bacterial_Names45、国际微生物菌种数据网络MSDN http://159.226.80.1/msdn.shtml46、国际核酸序列数据库/srs71bin/cgi-bin/wgetz?-page+top47、国际计算机用微生物性状编码系统http://159.226.80.1/RKC.html48、Virus Database Online .au/viruses/welcome.html49、E.coli database collection – ECDC .au/viruses/welcome.html50、Molecular Microbiology Jump Station /pages/micro.html51、WHO/TDR MALARIA DATABASE .au/MalDB-www/who.html52、HPV Sequence Database /五、学会：53、中国科学院典型培养物保藏委员会/54、中国科学院典型培养物委员会/55、中国微生物学会/index.php56、湖南省微生物学会/hsm/57、Society for General Microbiology /58、Microbiology @ Leicester /六、科普及教程：59、微生物的世界.tw/colony/60、中国科普博览——微生物馆/gb/lives/microbe/microbe_basic/61、微生物界/weishengwu/62、微生物大世界/jiaomu1.htm63、星光网——临床医学常见真菌图谱/partner/njczw/jltp/zj/zj.htm64、中教育新网——微生物学教程/Special/Subject/CZSW/SWTS/WSWXJC/65、上海第二医科大学微生物教研室/micro/66、武汉大学微生物学专题教学网站http://202.114.65.51/fzjx/wsw/main.htm67、华南师范大学微生物教学网站/life/teac ... icro/info_index.asp68、西北农林科技大学——微生物教学网站/courseware/wsw/yldh.htm69、天津医科大学——医学微生物学http://202.113.49.22/home.files/microbiology/xijunxue/index.htm70、微生物资源在线/71、中华基因网——微生物检验产品/ad/millipore/007.htm72、兽医微生物学/jiaowuchu/jingpinkecheng/weishwu/七、学术期刊：73、Microbiology /74、The Microbiology Network /75、Microbiology information resources and links /76、Microbiology Jobs and Information /dir/life_sciences/microbiology/77、EPA Microbiology /nerlcwww/78、Microbiology of Yahoo /science/biology/microbiology/79、American Society for Microbiology /80、Applied and Environmental Microbiology(full-text) /81、Clinical Microbiology Reviews(full-text) /82、International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology(full-text) /83、Journal of Clinical Microbiology(full-text) /84、Microbiology(full-text) /85、Microbiology and Molecular biology Reviews(full-text) /八、检验及仪器：86、农业部微生物肥料质量监督检验测试中心/biotestlab/87、微生物生化仪器(南京庚辰科学仪器公司)/web/fxyq/flyq/weishengwu.htm88、检验医学网/list.aspx?cid=1889、杭州微生物试剂有限公司/hangwei/90、上海恒奇仪器仪表有限公司/wswjc.htm91、化工仪器网—微生物自动分析仪/products/n ... lei=C&xiaolei=I九、专业论坛：92、labcn检验医学论坛——微生物论坛/bbs6/list.asp?boardid=18十、微生物应用：93、合肥恒星科技开发有限公司/index.htm94、保定市冀微生物技术有限公司/qyml/produser15954.html95、北京九隆升微生物资源开发有限公司/cpjs.htm96、广东环凯微生科技有限公司/showroom/97、北京金山川科技发展有限公司/index.html98、重庆绿环微生物工程有限公司/product.htm99、上海通微生物技术有限公司/pro2.asp?ID=5100、杭州优活微生物开发有限公司/shf.asp101、苏州市永安微生物控制材料厂/product.html102、深圳市国赛生物技术有限公司——微生物检测试剂/microbe_antibody_elisa.htm103、广东合瀛生物工程有限公司/104、中国微生物肥料联盟/105、全禾菌业/106、仪征诚信微生物制品厂/pro ... xwsw&thelevel=3。

生物界常用网站

生物界：生物谷: 中国生物论坛丁香园论坛: http://www.jiansuo,net西陆生物探索者（西陆）全文数据库检索论坛: /21世纪生物论坛: /中国生物论坛: /Bio-Engine论坛::8080/bbs/cgi- ... p;BypassCookie=true明白读书论坛: /网上读书园地: /club/index.asp37℃医学网: /中国材料网讨论区: /生命玄机BBS: /BioSino BBS: /cgi-bin/ubbcgi/Ultimate.cgi分子生物学个人交流网论坛: /dvbbs/index.asp捌号楼医学论坛: /bbs/index.asp上海医学生联盟论坛: /dvbbs/boardstat.asp?boardid=0protocol online论坛: /forums/index.php神经科学论坛: /bbs/生命信息学专业论坛: /postnuke免疫信息学论坛: /forum/index.asp极酷论坛:/cgi-bin/forum/leoboard.cgi2)实验技术与方法：目前最好的实验方法站点之一: 有近三百种经典实验方法的生物学网站: /目前最完美的生物技术收集网站之一: :包括动植物、果蝇、分子生物、细胞生物学等等晶美生物实验方法:/site/site/practice/practice.htmWiley公司细胞生物学实验技术方法（全部可下载）:/bioengineering/wiley/index.htm分子生物学实验方法大全（英文版）:/bioengineering/moletech.htm美国BD公司的中文网站：/china/:国内流式的老大（关于流式细胞术）：美国BD 公司成立于1897 年，是世界上最大的医疗技术及医疗设备公司之一。

公司的业务分为三大类：BD医疗系统、BD生物科学系统、BD临床实验室系统，经营的产品多达一万余种，足迹遍及世界六大洲，并跻身《财富》五百强之列。

生物信息学实验

生物信息学实验实验一生物信息数据库的检索一．实验目的：1.了解生物信息学的各大门户网站以及其中的主要资源。

2.了解主要数据库的内容及结构，理解各数据库注释的含义。

3.以PubMed为例，学会文献数据库的基本查询检索方法。

二．实验内容：（1）国际与国内的生物信息中心国际NCBI、EBI、ExPASy，EMBL、SIB、TIGR以及国内CBI、BioSino网站的熟悉及内容的了解。

核酸序列数据库：genbank/EMBL-bank/DDBJNCBI网址：/EBI网址：/EMBL网址：/embl蛋白质序列数据库：Swiss Prot 、ExPASy网址：/Uniprot网址：/蛋白质结构数据库：PDB网址：/pdb/（2）数据库内容、结构与注释的浏览分别读取The spike protein of SARS-Corona Virus在NCBI中的核酸序列、SWISS-PROT蛋白质序列以及PDB蛋白质结构序列，熟悉数据库记录的结构，学会看懂其中的注释。

核酸序列:SWISS-PROT蛋白质序列:PDB蛋白质结构序列:其PDB文件见附件SARS-Corona Virus.PDB文件分别读取Heamagglutinin Genes of H9N2 Subtype Influenza A Viruses（禽流感H9N2亚型HA基因）在NCBI中的核酸序列、SWISS-PROT蛋白质序列以及PDB蛋白质结构序列，熟悉数据库记录的结构，学会看懂其中的注释。

核酸序列:SWISS-PROT蛋白质序列PDB蛋白质结构序列其PDB文件见附件H9N2.PDB文件（3）文献信息的查找与管理有效地使用NCBI PubMed提供的各种主要功能，查询并下载相关课题或研究方向的论文文摘与文献全文。

查询Influenza A Viruses分子进化研究方向的文章。

三．实验要求：（1）以其中的一个信息中心网站为例，列举其中的主要资源（数据库、网上分析、生物计算、数据下载等）。

常用生物信息学数据库和分析工具网址

BLAST
FASTA
SSearch
Electronic PCR
两序列全局/局部比对
Align two sequences using BLAST (bl2seq)
NCBINeedleman-Wunsch Global Sequence Alignment Tool
多序列分析
EBI ClustalW2
常用生物信息学数据库和分析工具网址
数据库
因特网网址
本课程网站
华中农业大学生物信息学精品课程
华中农业大学生物信息学课程之NAR数据库介绍
网上生物信息学教程
EBI自修课程
NCBI自修课程
自修课程
生物信息学常问的问题
生物信息学机构
NCBI
EBI
DDBJ
Sanger Centre
北京大学生物信息学中心
USDANational AgriculturalLibrary
DBD: Transcription factor prediction database
ooTFD
水稻基因注释数据库
日本水稻基因组(RGP)
RAP-DB
MSU Rice Genome Annotation Project
华大水稻基因组框架图
拟南芥基因注释数据库
TAIR
小RNA数据库
miRBase
基因分类数据库
核苷酸数据库
GenBank格式解释
GenBank
dbEST
dbSTS
dbGSS
Genome (NCBI)
dbSNP
HTGS
UniGene
EMBL核苷酸数据库
Genome (EBI)
向GenBank数据库提交序列

pubmed-网址wwwncbinlmnihgovpubme

1991年开始，美国卫生健康研究所（ NIH ）不定期公布能引起死亡率和致病率升高的临床试验项目重要新闻稿。
6、PMC (PubMed Center)
生命科学期刊资源中心
免费提供185多种期刊全文（至 2005/5/11止）
检索结果输出
显示检索结果保存检索结果保存检索策略打印检索结果
2.输入检索词 3.执行检索
4.点按此处可获详细注解 1.选择MeSH数据库检索
点击此处执行检索
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选择副主题词
通过MeSH
Database 检索的结果
2.引文匹配器（Citation Matcher）:
功能：输入题录信息，查找特定文献进行补缺。
注意：刊名要准确，缩写要标准；著者姓名大小写均可
如查找：由Chang PY撰写在1975年 taiwan yi xue hui za zhi 上发表的文献的其他著者
输入待检刊名输入出版年输入待检第一著者
特定文献查找（已知文献第一著者，欲查其他信息如其他著者等）
得出其他著者
3.期刊数据库（Journal database）:
通过输入刊名全称或缩写名等浏览期刊文献。
追求至善凭技术开拓市场，凭管理增创效益，凭服务树立形象。2 020年1 0月16 日星期五上午1 2时7分 14秒00 :07:142 0.10.16
严格把控质量关，让生产更加有保障。2020 年10月上午12 时7分20 .10.160 0:07Oc tober 16, 2020
作业标准记得牢，驾轻就熟除烦恼。2 020年1 0月16 日星期五12时7 分14秒 00:07:1 416 October 2020

分子生物学中常用数据库

分子生物学中常用数据库综合数据库：来源：/news/science/article/90048.html生物信息学网址链接：http://www.bioinformatics.ca/links_directory/Nucleic Acid Research Database Issue：/content/vol32/suppl_2/一、蛋白相关数据库蛋白质结构域预测工具Esignal：/esignal/信号传导系统蛋白的结构域预测工具，凡是涉及到信号传导系统的蛋白用这个预测效果最佳SignalP：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/信号肽预测工具，适合定位于非胞质位置的蛋白质Emotif：/emotif-search/结构域预测工具，由于其用motif电子学习的方法产生结构域模型，故预测效果比Prosite好Ematrix：/ematrix/是用Matrix的方法创建的结构域数据库，可与emotif互相印证。

其速度快，可快速搜索整个基因组InterPro：/InterProScan/EBI提供的服务，用图形的形式表示出搜索的结构域结果TRRD：http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/转录因子结构域预测的最好数据库。

但不会用Protscale：/cgi-bin/protscale.pl可分析该序列的各种性状如活动度、亲水性（Kyte&Doolittle）、抗原性（Hopp&Woods）等通过寻找MOTIF和Domain来分析蛋白质的功能A. MOTIF是蛋白中较小的保守序列片断，其概念比Domain小PROSITE：/tools/scanprosite/是专门搜索蛋白质Motif的数据库，其中signature seqs是最重要的motif信息B. Domain：若干motif可形成一个Domain，每个Domain形成一个球形结构，Domain与Domain之间通常像串珠一样相连Pfam：可以搜索某段序列中的Domain，并以图形化表示出来。

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