Local BLAST简明教程

准备待比对序列
直接从NCBI上下载FASTA格式的序列即可，与 数据库存放于同一位置（通常为Blast的bin文件 夹下）
如果需要批处理（即将多个序列与数据库进行 比对），可将其多个序列文件整合成一个fasta 文件，此处使用word或写字板均可。
序列比对
打开数据库及序列所在的文件夹，运行相应的blast命令即可
可输入 blastp –help 查看默认输出参数，即参数代码对照 如果需要对输出文件输出的参数进行自定义，则增加-outfmt参数 如只需要蛋白ID，Query Cover 和Identity 可增加参数 -outfmt “6 qacc sacc qcovs pident”
序列比对
输出格式及参数说明
（可选）Perl for Windows
主要用于下载NCBI上已有的构建好的数据库，但主要是人类、小鼠等，对 于我们来说不常用 下载地址： http://strawbberryperl.com/releases.html 下载后直接安装即可
构建数据库
方法一：
1.直接下载fasta格式的序列文件
构建数据库
“开始”->“运行”（快捷键Windows键+R）->输入“cmd”，“确认”->进入DOS系统 1.打开数据库（即序列文件）所在文件夹；2. 输入命令对数据库进行格式化。
打开数据库所在文件夹 运行命令，对数据库进行格式化
格式化成功
Leabharlann Baidu
构建数据库
方法二 从NCBI中的ftp库下载所需要的数据库， 地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db
序列文件的格式必须为fasta，文件来源不限，如NCBI、JGI等均可，但 由于不同数据库中蛋白的ID不同，应结合后期数据分析具体要求进行选 择
2.在DOS系统中利用makeblastdb.exe构建数据库
命令行：
$ makeblastdb.exe –in protein.fasta –out protein_db –hash_index–dbtype prot
LOCAL BLAST 简明教程
简介
Local Blast 是Blast的本地化版本，与在线Blast 原理相同，主要进行序列间相似性的检索
优点：与在线Blast相比，其优点在于速度快， 不受网络连接影响，且可进行批处理，数据易 于处理。
软件准备
Blast+
下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST 基于不同操作系统选择不同的安装包，解压安装，通常默认安装到 C:\Program files， 此处可以把C:\Program files\NCBI的子文件夹（通常是blast + 2.2.23）重命 名为blast，方便之后在dos中索引文件夹
要格式化的序列 的名称，需要后 缀
输出的数据库 的名称，不需 要后缀
输出的数据库 的类型 核酸：nucl 蛋白：prot
构建数据库
如：下载Aspergillus ruber基因组蛋白氨基酸序列，构建数据库 首先在NCBI上检索该物种基因组
构建数据库
基因组内共有10066个蛋白
构建数据库
也可安装Perl程序后，运用Blast自带的update_blastdb.pl进行下载 进入DOS后，打开Blast下的bin文件夹 输入以下指令可以查看帮助（可不做）
输入一下指令查看NCBI中的库
输入相应的数据库名称进行下载，此方法下载得到的数据库不需进行 格式化，以载体库（vector）为例
检索该基因组的蛋白，点击中间列右上角 “Send to”按钮，选择files， 选择FASTA格式，创建文件即可
构建数据库
• 将下载的序列重命名（默认下载文件名为sequence.fasta，容易混淆）， 保持后缀为fasta格式不变，置于blast\bin文件夹中，如果配置了环境变量，可置于任 意位置，关于配置环境变量，点击此处。 • 检查下载的序列是否完整（NCBI连接不稳定，有时候会丢数据），方法如下： 用word打开序列文件，在文件内进行查找（快捷键Crtl+F），查找“>”，查找 结果数量即为下载得到的蛋白序列数量。
序列比对
输出格式及参数说明
序列比对
输出格式及参数说明
TIPS
在local blast过程中对文件进行命名时不要出现 空格，包括序列、数据库、结果的命名等
The End
如蛋白序列比对
$ blastp.exe –query proteins.fasta –db all_proteins_db –out blast_result.xls
待比对序列名称，
数据库名称，
结果文件名称，不同后
需要后缀
不需要后缀
缀可输出不同格式的文
件,xls为excel格式,txt、
xml等均可