基于线粒体co1基因序列的dna条形码在鲤科鲌属鱼类物种鉴定中的应用
基于线粒体COⅠ基因序列的DNA条形码在中国南海绯鲤属鱼类鉴定中的应用
基于线粒体COⅠ基因序列的DNA条形码在中国南海绯鲤属鱼类鉴定中的应用宫亚运，章群，曹艳，吕金磊，杨喜书【摘要】为探讨COⅠ基因作为DNA条形码对绯鲤属（Upeneus）鱼类鉴定的有效性，明确物种的分类地位，通过COⅠ基因5＇端652 bp序列研究中国南海绯鲤属的黑斑绯鲤（Upeneus tragula）、马六甲绯鲤（Upeneus moluccensis）、纵带绯鲤（Upeneus subvittatus）、黄带绯鲤（Upeneus sulphureus）、吕宋绯鲤（Upeneus luzonius）以及条尾绯鲤（Upeneus bensasi）6个种56 ind标本的标准DNA条形码序列的种内种间遗传距离，并构建分子系统树。
研究表明：所测样品的碱基组成为T：29.2%，C：29.6%，A：21.4%，G：19.8%，A＋T含量（50.6%）略高于G＋C含量（49.4%），转换/颠换率为3.08。
6种绯鲤属鱼类组成5个自展支持率为100%的分支，其中黑斑绯鲤和马六甲绯鲤混杂分布于同一分支上，其余4种绯鲤独自成支；分支间平均遗传距离10.10%（8.60%～12.40%），是分支内平均遗传距离0.18%（0.00%～0.30%）的56倍。
纵带绯鲤、黄带绯鲤、吕宋绯鲤、条尾绯鲤种间平均遗传距离为10.70%（8.80%～12.40%），约为这4个种种内平均遗传距离0.125%（0.00%～0.20%）的85倍，种间遗传距离大于种内遗传距离的10倍以上，确定了它们的物种有效性。
黑斑绯鲤和马六甲绯鲤种内遗传距离分别为0.40%和0.20%，与其它4种绯鲤为同一水平；但种间遗传距离仅为0.30%，属于一般物种的种内遗传距离范围，因此推测二者或为同一物种，但还需从形态学和基因组序列分析等方面加以进一步确证，其是否受到种间杂交和近期辐射进化的影响也需要今后更多的研究。
标准的DNA条形码虽然能够有效地区分中国南海绯鲤属鱼类中的纵带绯鲤、黄带绯鲤、吕宋绯鲤和条尾绯鲤，但DNA条形码对黑斑绯鲤和马六甲绯鲤的鉴定与形态学的鉴定结果不一致，表明在物种鉴定时，母系遗传的线粒体COⅠ基因有时需要结合其它核基因分子标记或生态调查资料加以辅助。
鲤科鲌属药用鱼类线粒体-I-COI-／I-基因的DNA条形码研究
鲤科鲌属药用鱼类线粒体COI基因的DNA条形码研究目的：采用线粒体COI基因序列研究我国长江流域不同地区鲤科鲌属药用鱼类的遗传特征，探讨利用该基因片段作为鲌属药用鱼类鉴定条形码的适用性。
方法：扩增鲌属药用鱼类的线粒体COI基因序列5′端并进行测序，分析不同药用鱼类种内和种间的遗传变异，构建聚类树，探讨该序列片段在鲌属药用鱼类中进行鉴定的可行性。
结果：鲌属药用鱼类COI基因片段的碱基组成中A+T碱基量明显高于G+C 量，96%的遗传变异均发生在编码区密码子第3位点，但所有翻译后氨基酸组成均相同，表明COI基因编码在鲌属鱼类中的保守性；鲌属药用鱼类的种内遗传距离均小于1%，种间遗传距离大于10倍的种内距离；NJ聚类树显示所有鲌属鱼类聚成独立的一支，其属内不同鱼种的个体又分别聚成独立的分支，不同分支具有较高的节点支持率。
结论：鲌属4种药用鱼类的DNA分类与形态学分类结果一致，COI条形码序列能够对鲌属鱼类进行有效的区分。
标签：DNA条形码；COI基因；药用鱼类；鲌属动植物药是我国中药的物质资源，生药品种的真实性不仅直接影响到药材质量的稳定性和生产的正确性，同时也影响到临床用药的安全稳定。
因此，生药真伪优劣的鉴别已成为中药事业发展的关键。
传统的鉴定方法，即感官评价、显微鉴定和理化鉴定均存在不同程度的局限性，而分子鉴定则为中药的快速和准确鉴定带来了新的契机[1，2]。
DNA条形码（DNA barcoding）技术的出现为药用动植物的鉴定带来了新的方法，它不再局限于生物的形态、性状和发育历期，而是利用一个或少数几个DNA片段对地球上现有物种进行识别和鉴定[3]。
该方法可为生药品种的确定和质量标准的制订提供准确的科学依据。
鲌属鱼类隶属于鲤形目Cypriniformes鲤科Cyprinidae，在我国广泛分布于江河、湖泊、水库等各种水系，是我国内陆天然水域中重要的经济鱼类之一[4]。
现知鲌属鱼类有9个种和亚种[4]，本属的翘嘴鲌Culter alburnus是重要的药用鱼类，具有开胃健脾，行水之功能，主治胃气不舒、水肿等症，其同属的其他4种鲌也具有相似的药用功效[5]。
基于CO1基因序列的DNA条形码在中尼边境鼠类物种鉴定中的应用
基于CO1基因序列的DNA条形码在中尼边境鼠类物种鉴定中的应用陈春生;潘其礼;王静;张晓龙;张雪莲;范泉水;牛文忠;胡小兵;格龙;房键慧;曹晓梅【摘要】Objective To discuss the feasibility of using mitochondrial CO1 gene as DNA bar code to identify species of murid. Methods The genome DNA was extracted from 42 murid samples collected in the Sino - Nepali border area. The mitochondrial C01 gene was amplified by method of consensus primer PCR and sequenced. BLAST comparison was made between the sequencing results and the DNA bar codes of other murid species in genebank,and molecular evolution tree was built. Results In this research, specific C01 gene straps in 17 samples were amplified by PCR. The average intraspecies genetic distance of the 17 samples was 0.035. The average interspecies genetic distance was 0. 47. The interspecies genetic distance was almost 10 times more than the intraspecies genetic distance. According to the BLAST comparison, the 17 samples were classified in different murid species. Conclusion The C01 gene order can be used effectively to identify the murid species.%目的探讨了线粒体CO1基因作为DNA条形码对鼠类进行物种鉴定的可行性.方法将从中尼边境采集到的42个鼠类标本,提取基因组DNA,用通用引物PCR法扩增线粒体CO1基因,并测序.将测序结果与GenBank中其他鼠类物种的DNA条码进行BLAST比对,并构建分子进化树.结果本研究中有17个标本能通过PCR扩增出特异性CO1基因条带,17个标本的种内遗传距离平均值为0.035,种间遗传距离平均值为0.47,种间遗传距离是种内遗传距离的10倍以上.根据BLAST比对法,将采集到的17个标本分到不同的鼠种中.结论 CO1基因序列能够对鼠类进行有效的物种鉴定.【期刊名称】《西南国防医药》【年(卷),期】2012(022)001【总页数】3页(P22-24)【关键词】鼠类分类;CO1基因;DNA条形码;分子进化树【作者】陈春生;潘其礼;王静;张晓龙;张雪莲;范泉水;牛文忠;胡小兵;格龙;房键慧;曹晓梅【作者单位】850002,拉萨,西藏出入境检验检疫局;中国检验检疫科学研究院;中国检验检疫科学研究院;中国检验检疫科学研究院;成都军区疾病预防控制中心;成都军区疾病预防控制中心;成都军区疾病预防控制中心;成都军区疾病预防控制中心;西藏地方病防治所;中国检验检疫科学研究院;中国检验检疫科学研究院【正文语种】中文【中图分类】Q343.1;R184.35种属的快速鉴定是鼠类研究的重要内容，由于形态学鉴定的局限性和传统分类学家队伍的持续缩减，鼠类分类学的发展迫切需要新技术的支持。
DNA条形码技术在鱼类分类学中的应用
DNA条形码技术在鱼类分类学中的应用DNA条形码技术是一种基于DNA序列的快速鉴定方法，可用于快速鉴别生物物种的分子标记技术。
DNA条形码技术已经广泛用于鱼类分类学的研究中，可以高效地对大量鱼类进行鉴定分类。
本文将深入探讨DNA条形码技术在鱼类分类学中的应用。
DNA条形码技术的原理DNA条形码技术是一种新兴的鉴定物种的方法，其基本原理是通过分析物种特异性的DNA序列来识别和区分不同的物种。
这个方法首先针对特定的基因区域，如线粒体COI基因，选择一组标准引物，并将其应用于大量的不同物种。
然后通过基因测序和生物信息学分析，将不同物种之间的DNA序列差异与同一物种之间的DNA序列相比较，并制作一张物种分类的“DNA条形码”。
在鱼类分类学中，COI基因是最常用的DNA条形码标记，因为它在鱼类中高度可变、具备系统发育信息，并且在各种物种中保持高度保守的序列片段。
目前已经收集和存储了数以千计的COI序列数据，可以用于有关鱼类物种的基因组学和生态学研究，加速理解鱼类物种的起源、分布和多样性。
DNA条形码技术的应用DNA条形码技术已经广泛应用于鱼类分类学的领域，并为鱼类学的各个领域研究提供了支持和创意。
下面我们来分别介绍DNA条形码技术在以下两个方向的应用：1. 鱼类系统发育分类的研究运用DNA条形码技术进行鱼类古生物学和系统发育分类学是其最为重要并受到广泛关注的应用之一。
DNA条形码技术不仅可以用于描述和记录多样性和分类，还可以确定各个物种和树按照演化分支的关系。
通过DNA条形码技术可以区分同物种不同亚种之间和不同物种之间的亲缘关系，解决了传统分类学所存在的一些模糊性和争议性问题，具备了高效、准确、快速、代价低的特点，因此越来越受到广泛关注和应用。
2. 鱼类谱系地理学的研究DNA条形码技术也广泛应用于鱼类谱系地理学的研究中。
通过DNA条形码技术可以对鱼类不同种群之间的遗传分化、基因流、分布格局和进化历史进行深入探究，为探讨鱼类分布和多样性模式提供了有效方法。
基于DNA条形码技术的鱼类及其生肉制品品质监管方法及其系统与制作流程
本技术涉及一种基于DNA条形码技术的鱼类及其生肉制品监管方法及其系统，所叙方法包括：（1）提取鱼类及其生肉制品DNA，获取分子条形码序列，即线粒体COI同源序列（2）通过DNA条形码数据库进行物种鉴定，将分子鉴定结果与产品信息转换为二维码图像粘贴至包装表面；（3）鱼类及其生肉制品流通过程中，消费者可借助智能设备扫描商品唯一的二维码获取产地、种类、加工记录、产品检测等信息。
本技术将分子生物学条形码与二维条形码技术相结合，实现了商业流通中鱼肉制品的自动化监管。
技术要求1.一种基于DNA条形码技术的鱼类及其生肉制品品质监管方法，其特征在于，包括如下步骤：步骤一、分子生物学手段获得鱼类制品分子条形码序列：提取样品基因组DNA、特异性引物设计、测序及数据处理；步骤二、DNA条形码数据库鉴定：进行序列相似比对，分析遗传距离，获得鱼种类鉴定结果；步骤三、根据步骤二鉴定结果结合其生肉制品的商品信息输出二维码标识：基于鱼类DNA条形码数据库平台按照产品批次生成二维码图像，打印、粘贴防水标签；步骤四、不同移动终端扫描二维码，立即可获得鱼类及其生肉制品信息，追溯任意同类产品信息。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述步骤一鱼肉制片样品DNA条形码有效序列长度大于50bp。
3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于：所述步骤一作为DNA条形码片段为线粒体COI序列。
4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述步骤一特异性引物序列为：COI1-F：TCAACCAACCACAAAGACATTGGCACR，COI1-R：TAGACTTCTGGGTGGCCAAAGAATCA；COI2-F：TCTCAACCAACCACAAAGACATTGG，COI2-R：GACTTCTGGGTGGCCAAAGAATCA；COI3-F：TCAACCAACCACAAAGACATTGGCAC，COI3-R：TAGACTTCTGGGTGGCCAAAGAATCA。
基于DNA条形码技术的鱼类系统分类学研究
基于DNA条形码技术的鱼类系统分类学研究DNA条形码技术是近年来发展起来的一种重要的遗传学技术。
它基于对基因组DNA中的一小部分区域的测序，可以提供一种快速、准确的鉴定生物种类的方法。
因此，DNA条形码技术在生物分类学研究领域发挥了非常重要的作用。
鱼类是种类非常多的一类动物，根据传统的分类学方法，鱼类的分类繁琐而复杂，不仅需要通过形态学特征进行分类判定，而且还要考虑生态习性、地理分布等因素，因此鱼类的分类一直以来都是一个难题。
然而，随着DNA条形码技术的发展，鱼类的分类学研究已经有了很大的进展。
DNA条形码技术对于鱼类分类学研究的意义在于，它可以通过测定所有鱼类物种的同一区域的DNA序列，快速、准确地获取鱼类物种之间的遗传分化信息。
这个区域被称为“COI基因”，是线粒体DNA的一部分，相对稳定，且易于进行PCR扩增和测序。
因此，通过COI基因测序，可以建立一张鱼类物种之间的遗传关系网络图，这个关系网络图可以反映不同物种之间的遗传差异，从而更为清晰地刻画各个物种之间的亲缘关系。
对于鱼类分类学研究来说，DNA条形码技术的应用可以帮助鱼类分类学家更好地了解鱼类的系统进化历史以及其形态学特征与遗传差异之间的关系。
例如，某些物种可能因为其相似的形态学特征被归为同一属或同一科，但是在遗传层面上，它们却有明显的差异，这就说明了它们的分类被漏识或被错误分类的情况。
另外，在鱼类物种繁多的情况下，DNA条形码技术可以帮助分类学家快速地鉴别各个物种的身份，这在鱼类资源保护和利用方面有着极为重要的意义。
除了对于鱼类分类学研究的影响之外，DNA条形码技术还可以帮助构建鱼类遗传多样性数据库，从而更好地了解不同物种在遗传多样性和种群遗传结构方面的差异。
这对于鱼类资源保护、遗传改良和鱼类育种都有着十分重要的作用。
尽管DNA条形码技术在鱼类分类学研究方面的应用已经取得了一些重要的进展，但是这种技术仍然面临着一些局限性。
例如，COI基因虽然稳定，但是在某些情况下，可能会出现同种内COI基因序列差异较大的情况，这些差异可能与环境因素、物种间杂交等因素有关。
4种常见鲤科鱼类DNA条形码的研究
4种常见鲤科鱼类DNA条形码的研究王茜;金毅成【摘要】测定了天津地区养殖的彭泽鲫、黄金鲫、乌克兰鳞鲤、鲤鱼4种共13尾鱼长度为814 bp的COI部分基因序列,以白鲢、罗非鱼作为外群.利用Mega4.1软件进行序列组成统计分析、种内及种间遗传距离分析,并用邻接法构建系统发育树(NJ树),在NJ树上共发现由不同物种组成的5个分支,这与传统的分类学结果一致.该研究结果显示,COI基因部分序列不但可以作为物种辨识的良好DNA条码,而且在鲤科鱼类的种间系统发生关系分析方面也具有一定的适用性.【期刊名称】《安徽农业科学》【年(卷),期】2014(000)027【总页数】3页(P9281-9282,9316)【关键词】鲤科鱼类;DNA条形码;分子系统学;COI基因【作者】王茜;金毅成【作者单位】天津农学院水产科学系,天津市水产生态及养殖重点实验室,天津300384;天津农学院水产科学系,天津市水产生态及养殖重点实验室,天津300384【正文语种】中文【中图分类】S188利用DNA条形码技术鉴别己知物种和发现新物种构建条形码标准数据库，是目前分子生物学和分类学发展的最新方向［1－3］。
与其他分子标记如RFLP、RAPD、基因芯片技术相比，DNA条形码具有易于构建统一的DNA条形码数据库;重复性高;使用方便等优势。
2003年在美国CSHA(The Cold Spring Harbor Asia Conferences)召开的全球会议制定了国际生命条形码计划(International Barcode of Life projeet)的编定计划，并首次将DNA条形码技术用于海洋生物的普查研究［4］。
很多国际组织也自行建立DNA条形码数据库，有较大影响和较大规模的组织包括FISH－BOL、Canadian Fauna和Birds等。
FISH－BOL组织计划对所有鱼类进行DNA条形码数据库的建立，重点针对1.5万种海洋鱼类的DNA条形码，目前己经获得5 000多种鱼类的DNA条形码数据。
基于DNA条形码技术的鱼类物种鉴定
基于DNA条形码技术的鱼类物种鉴定一、DNA条形码技术简介DNA条形码技术是指使用DNA序列作为生物种类鉴定的一种方法，通过对生物基因组中保守的基因区域进行PCR扩增，将DNA序列转化为数字化的条形码序列，从而实现对不同物种进行鉴定的技术。
二、DNA条形码技术在鱼类物种鉴定中的应用鱼类是一类重要的水生生物，其中含有数以千计的不同物种。
传统的鱼类物种鉴定通常通过形态学、生态学等手段进行鉴定。
但是这些方法存在着一定的局限性，因为同一物种在不同生长阶段、生长环境和物种群体之间存在着显著的形态变异。
而DNA条形码技术在鱼类物种鉴定中的应用为克服这些局限性提供了新的途径。
DNA条形码技术可以在鱼类种群中确定遗传标记，通过对不同物种DNA序列的差异进行分析，可以快速准确地进行鉴定。
此外，DNA条形码技术还可以鉴定从鱼类组织样本、食品中提取的DNA，为鱼类种质资源保护、海产品贸易等方面提供了技术手段。
三、鱼类物种鉴定中的实践应用DNA条形码技术在鱼类物种鉴定中的应用已经得到了广泛的实践。
例如，在中国，对崖州湾、琼东南沿海海域和福建沿海地区的多个鱼类群体进行了DNA条形码分析，成功鉴定了大量物种，进一步丰富了鱼类资源数据库。
此外，在欧美等地区，也已经使用DNA条形码技术对许多鱼类进行了鉴定，例如北极鱼类、白鱼类、小丑鱼类等等。
总之，DNA条形码技术在鱼类物种鉴定中的应用已经得到了广泛的实践，并且还在不断发展与提高。
随着技术的不断进步，相信DNA条形码技术在鱼类物种鉴定中的应用将会越来越广泛，发挥出越来越多的作用，对促进鱼类资源保护和开发利用等方面将会产生重要的影响。
基于线粒体COI和Cytb基因序列的6种锦鲤(Cyprinus carpio Koi)遗传多样性分析
淡水渔业& 2018, 48(3): 13 -18 Freshwater Fisheries 2018年5月May.2018基于线粒体和基因序列的6种锦鲤Koi)遗传多样性分析李梦荣，田雪，庞小磊，王良炎，胡菊，董传举，李学军，王团记(河南师范大学水产学院，河南新乡453007)摘要：实验利用线粒体C O/基因和基因的片段序列分析比较了黑锦鲤（C y)+Karasugoi Koi)、三色锦魅（C.T a i s l i o Sansliobu Koi)、红白锦魅（C.K o h a b u Koi)、黄金锦鲤（C.K i g o i Koi)、全白锦鲤(C. Platinum Ogon Koi)和全红锦鲤（C. Higoi Koi)6个锦鲤（C y)+Koi)养殖品系的遗传多样性和系统进化关系。
结果显示：基因序列分析得到的单倍型数分别为7、6。
6个品系均具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数。
群体间遗传分化系数F t、遗传距离和AMOVA等结果显示品种间变异高于品种内变异，黑锦鲤和黄金锦鲤间、红白锦鲤和三色锦鲤间不存在显著遗传差异，其余品系间差异显著。
根据C O/和C$&基因单倍型构建的品系间4系统进化树得到相同结果，黑锦鲤和全红锦鲤遗传关系较近，聚为一支。
三色锦鲤、红白锦鲤和黄金锦鲤遗传关系较近，聚为一支。
全白锦鲤与其他品系的亲缘关系均较远，单独形成一个分支。
关键词：锦鲤（C y)+—r p) Koi); C0/基因；C$&基因；遗传多样性；体色中图分类号：6917.4 文献标识码：A 文章编号：1000Y907-!2018)03-0013-06Genetic diversity of six species of Koi basedon mitochondrial and gene sequencesLI Meng-rong，T I^V N Xue，PANG Xiao-lei，WANG Liang-yan，HU Ju，DONG Chuan-ju，LI Xue-jun，WANG Tuan-ji(College o f Fisheries，Henan Normal University，Xinxiang 453007，Henan，China)Abstract ：The genetic diversity and phylogenetic relationships of six varieties of C C. carpio Karasugoi Koi，C. carpio Taishio Sanshobu Koi，C. carpii Kohabu Koi，C. carpii Kigoi Koi，C. carpii PlatinumOgon Koi，and C. carpio Higoi Koi，were analyzed by mitochondrial CO/gene and C yt% gene sequences in this study. Theresults showed that the haplotype numbers were 7 and 6，respectively. The results of g that 6varieties had h igh haplotype diversity index and lownucleotide diversity index. The results of genetic differentiation coefficient (Fst)，genetic distance and AMOVA analysis showed that genetic distance bet^veen each 2 varieties was higherthan that withiin varieties. C. carpio Karasugoi Koi and C. carpii Kigoi Koi， C. carpii Kohabu Ko shobu Koi did not had significant genetic differences between the two species，and there were s the other cultivars. The NJ phylogenetic tree of CO/ and Cp& gene haplotypes demonstrated the same results，the relationship bet^veen C. carpio Karasugoi Koi and C. carpio Higoi Koi were close and divided into a group，C. carpii Taishio 6an-shobu Koi，C. carpio Kohabu Koi，C. carpio Kigoi Koi shared the same group，the C. carpii Platinum Ogon Koi was far away from other strains.Key words ：Cyprinus carpio Koi ；CO/gene ；Cytt gene ；genetic diversity ；bodycolor锦鲤（Cppnus car'o Koi)属于鲤形目（Cyprini-formes)鲤科（Cyprinidae)鲤属（Cyprinu)。
长江中游常见鱼类DNA条形码研究及其电子芯片分析
第40卷 第5期 渔 业 科 学 进 展Vol.40, No.5 2019年10月Oct., 2019* 国家重点研发计划“典型脆弱生态修复与保护研究”重点专项(2016YFC0502210)和农业农村部长江中上游渔业资源环境科学观测站共同资助 [This work was supported by National Key R&D Program of China “Ecological Restoration and Conservation Research of Typical Fragile Ecosystems” (2016YFC0502210), and Scientific Observing and Experimental Station of Fishery Resources and Environment in the Upper and Middle Reaches of Yangtze River, Ministry of Agriculture and Rural Affairs]. 郜星晨，E-mail:130****************① 通讯作者：姜 伟，E-mail:**************** 收稿日期: 2018-06-24, 收修改稿日期: 2018-07-28DOI: 10.19663/j.issn2095-9869.20180624001 /郜星晨, 姜伟, 刘绍平. 长江中游常见鱼类DNA 条形码研究及其电子芯片分析, 2019, 40(5): 89–100Gao XC, Jiang W, Liu SP. DNA Barcoding and electronic microarrays for common fish species in the middle reaches of the Yangtze River. Progress in Fishery Sciences, 2019, 40(5): 89–100长江中游常见鱼类DNA 条形码研究及其电子芯片分析*郜星晨1 姜 伟1①刘绍平2(1. 中国长江三峡集团有限公司中华鲟研究所 三峡工程鱼类资源保护湖北省重点实验室 宜昌 443100; 2. 农业农村部长江中上游渔业资源环境科学观测实验站 中国水产科学研究院长江水产研究所 武汉 430223)摘要 为建立长江中游常见鱼类的快速鉴别方法，文献调研了7目11科50属64种鱼类名录，GenBank 共获取168条线粒体细胞色素c 氧化酶I (CO Ⅰ)序列，分析了序列特征、不同阶元Kimura-2- paramater (K2P)遗传距离及系统进化关系。
基于线粒体COI基因和D-Loop区序列的7个鲤群体遗传差异分析
基于线粒体COI基因和D-Loop区序列的7个鲤群体遗传差异分析作者：邹辉韦玲静黄杰甘宝江莫洁琳杨著山滕忠作刘康叶香尘来源：《南方农业学报》2020年第05期摘要：【目的】从分子水平探究不同鲤群体的遗传进化差异，明确金边鲤线粒体基因的遗传进化多样性，为深入开展其遗传资源保护及综合利用提供理论依据。
【方法】采用PCR直接测序分析金边鲤、晒江鲤、太湖鲤、福瑞鲤、建鲤、兴国红鲤和黑龙江野鲤等7个鲤群体的线粒体CO I基因和D-Loop区序列，通过MegAlign 7.0和DnaSP 5.0对多态位点数（S）、单倍型数（H）、核苷酸多样度（Pi）、单倍型多样度（Hd）、平均核苷酸差异（K）及群体内和群体间的遗传距离等遗传信息进行分析，运用Arlequin 3.5进行基因AMOVA分析，并以MEGA 7.0的邻接法（NJ）构建遗传进化树。
【结果】获得7个鲤群体的CO I基因序列长787 bp和D-Loop区序列长878 bp。
7个鲤群体间的CO I基因平均遗传距离为0.0035，其中金边鲤与晒江鲤的群体遗传距离最大（0.0011），与建鲤的群体遗传距离最小（0.0004）;D-Loop区序列平均遗传距离为0.0292，其中金边鲤与黑龙江野鲤的群体遗传距离最大（0.0269），与福瑞鲤和建鲤的群体遗传距离最小，均为0.0102。
在161份样品中，CO I基因共检测到12种单倍型，以单倍型HAP2最多;D-Loop区序列共检测到41种单倍型，其中HAP1、HAP2、HAP3、HAP4、HAP6、HAP7、HAP13和HAP15为金边鲤的特有单倍型。
CO I基因的群体间变异贡献率为19.27%，群体内变异贡献率为80.73%;D-Loop区序列的群体间变异贡献率为20.29%，群体内变异贡献率为79.71%。
从基于K2P遗传距离构建的遗传进化树可看出，建鲤、福瑞鲤和太湖鲤3个群体的亲缘关系最近，且同时与金边鲤聚为一小支。
微型DNA条形码在鱼类物种鉴定中的适用性研究
第３９卷 第４期应用海洋学学报Ｖｏｌ ３９，Ｎｏ ４ ２０２０年１１月ＪｏｕｒｎａｌｏｆＡｐｐｌｉｅｄＯｃｅａｎｏｇｒａｐｈｙＮｏｖ．，２０２０微型ＤＮＡ条形码在鱼类物种鉴定中的适用性研究邢炳鹏，张稚兰，王彦国，孙柔鑫，王春光 收稿日期：２０１９ ０４ １６ 基金项目：自然资源部第三海洋研究所基本科研经费资助项目（海三科２０１７００９，海三种２０１３０１６）；自然资源部海洋生态环境科学与工程重点实验室资助项目（ＭＥＳＥ ２０１７ ０４） 作者简介：邢炳鹏（１９８３—），男，硕士，助理研究员；Ｅ ｍａｉｌ：ｂｌｕｐｒｉｎ＠ｔｉｏ．ｏｒｇ．ｃｎ 通讯作者：王春光（１９７９—），男，硕士，副研究员；Ｅ ｍａｉｌ：ｗａｎｇｃｈｕｎｇｕａｎｇ＠ｔｉｏ．ｏｒｇ．ｃｎ（自然资源部第三海洋研究所，福建厦门３６１００５）摘要：以台湾海峡１１目３８科６６属８５种３５５个鱼类样品为研究对象，选取线粒体ＣＯⅠ基因中长为３１３ｂｐ的序列为微型条形码，探讨微型ＤＮＡ条形码技术在鱼类分类鉴定中的适用性。
共获取３５５条基因序列，序列中Ｔ、Ｃ、Ａ、Ｇ碱基的平均含量占比分别为２９．５０％、３０．１０％、２４．９０％和１５．５０％；ＡＴ含量占比均高于５０％。
样品种内、种间、属间、科间和目间的Ｋ２Ｐ（Ｋｉｍｒｕａ ２ Ｐａｒａｍｅｔｅｒ）遗传距离分别为０．３７％、１８．１０％、２２．１０％、２５．４０％和２７．８０％，遗传距离随着分类阶元的提高而增大，种间遗传距离是种内遗传距离的４９倍，表明该微型ＤＮＡ条形码可用于鱼类的分类鉴定，可有助于渔业资源调查和生物多样性保护。
关键词：海洋生物学；海洋鱼类；ＣＯⅠ基因；微型ＤＮＡ条形码；物种鉴定；台湾海峡ＤＯＩ：１０．３９６９／Ｊ．ＩＳＳＮ．２０９５ ４９７２．２０２０．０４．０１２中图分类号：Ｐ７３５文献标识码：Ａ文章编号：２０９５ ４９７２（２０２０）０４ ０５５９ ０７ 鱼类营养丰富，富含多种不饱和脂肪酸，也是人类重要的蛋白质来源，随着鱼类捕捞量的增加，鱼类资源及其多样性受到严重威胁。
基于线粒体COI基因序列的5种鲤养殖品种遗传多样性研究
基于线粒体COI基因序列的5种鲤养殖品种遗传多样性研究单云晶;鲁翠云;李超;张明昭;顾颖;孙效文【摘要】本研究通过对5个鲤养殖品种即高寒鲤(Cyprinus carpio Frigid carp)、松浦鲤(Cyprinus carpio Songpu carp)、蓝鳞鲤(Cyprinus carpio blue var)、松浦镜鲤(Cyprinus carpio Songpu mirror carp)和红镜鲤(Cyprinus carpio Red mirror carp)的线粒体COI基因部分序列的测定,比较并分析了其遗传多样性和系统进化关系。
在5个鲤品种共100个样本的线粒体COI序列中检测到8种单倍型,其中5个单倍型(H1、H2、H4、H5、H6)涵盖样本较多,占总样本数的94.06%。
蓝鳞鲤的单倍型数最少,仅有1个,红镜鲤单倍型数为2个,其余3个品种的单倍型数均为5个。
5个品种单倍型多样性(Hd)在0.160±0.070~0.811±0.055,其中,遗传多样性最高的为高寒鲤。
AMOVA 结果表明,品种间变异(50.28%)略高于品种内变异(49.72%),各品种间的FST值在0.7114~0.8312,其中蓝鳞鲤与其他群体之间差异最大。
用 MEGA4.0软件构建的基于遗传距离的进化树表明,5个养殖品种中,高寒鲤和红镜鲤的遗传距离最近(D=0.31),聚为一支；松浦镜鲤和松浦鲤的遗传距离较近(D=0.33),聚为一支；蓝鳞鲤与其他品种存在较大遗传差异,单独形成一个分支。
除蓝鳞鲤外,其余4个养殖品种间均存在共享的单倍型(H2、H4、H5、H6),可能是由于其在选育过程中亲本的遗传背景存在交叉,同时也证明 DNA 条码在分析种内品种间遗传关系时具有可行性但具有一定的局限性。
%The mitochondrial COI gene of five cyprinoid aquaculture varieties were sequenced and their genetic diversity and cluster analysis were compared. Eight haplotypes were detected from 100 individuals, of which 94.06%belonged to five haplotypes (H1, H2, H4, H5, H6). Cyprinus carpio blue var has only one haplotype, C. c. Red mirror carp has two haplotypes, and the othervarieties including Cyprinus carpio Frigid carp, C. c. Songpu carp and C. c. Songpu mirror carp had five. Haplotype diversity (Hd) was0.160±0.070~0.811±0.055, the highest Hd frequency was observed in Frigid carp. The AMOVA and cluster analysis revealed that genetic distance be-tween varieties (50.28%) was a little higher than that within varieties (49.72%), and the FST ranged from 0.711 4?0.831 2. Compared with the others varieties, Cyprinus carpio blue var exhibited the biggest differences. Ac-cording to the evolutionary tree based on genetic distance, five varieties could be divided into three groups, the first group included Frigid carp and Red mirror carp, the second included Songpu mirror carp and Songpu carp, and the last included Cyprinus carpio blue var. With the exception of Cyprinus carpio blue var, all varieties shared the same haplotypes (H2, H4, H5, H6), which may be due to cross breeding. This study also indicated that DNA barcoding is a practical tool for analyzing the hereditary of different varieties. However, some limitations still ex-ist.【期刊名称】《中国水产科学》【年(卷),期】2013(000)005【总页数】8页(P931-938)【关键词】鲤养殖品种;遗传多样性;DNA条形码;COI基因【作者】单云晶;鲁翠云;李超;张明昭;顾颖;孙效文【作者单位】中国水产科学研究院黑龙江水产研究所，黑龙江哈尔滨 150070; 大连海洋大学水产与生命学院，辽宁大连 116023;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江哈尔滨,150070;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江哈尔滨,150070;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江哈尔滨,150070;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江哈尔滨,150070;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江哈尔滨,150070【正文语种】中文【中图分类】S917鲤(Cyprinus carpio)是目前世界上养殖范围最广、历史最悠久的淡水鱼类, 广泛分布于欧亚大陆, 在长期的养殖和驯化过程中, 形成了多个品种或品系[1], 仅中国就育成鲤的养殖品种10余种。
线粒体COI基因条形码在鲿科鱼类物种鉴定中的应用
中国水产科学 2018年7月, 25(4): 772-782 Journal of Fishery Sciences of China研究论文收稿日期: 2018-01-27; 修订日期: 2018-05-11.基金项目: 科技部科技基础性工作专项(2013FY110700); 中国水产科学研究院基本科研业务费专项(2014A11); 国家水产种质资源共享服务平台(2018DKA30470).作者简介: 梁宏伟(1978–), 男, 博士, 副研究员, 从事水产种质资源与遗传育种研究. E-mail: lianghw@ 通信作者: 邹桂伟, 研究员, 从事水产动物遗传育种研究. E-mail: zougw@DOI: 10.3724/SP.J.1118.2018.18036线粒体COI 基因条形码在鲿科鱼类物种鉴定中的应用梁宏伟1, 2, 孟彦1, 罗相忠1, 李忠1, 邹桂伟11. 中国水产科学研究院长江水产研究所, 湖北 武汉 430223;2. 农业农村部水生动物基因组学重点实验室, 湖北 武汉 430223摘要: 为了探讨线粒体COI 基因作为DNA 条形码在中国鲿科(Bagridae)鱼类物种鉴定中的有效性, 以及系统发育中的适用性, 本研究对4属11种鲿科鱼类进行PCR 扩增, 获得48条线粒体COI 基因序列, 同时从GenBank 筛选获得8种鲿科鱼类的12条COI 基因序列进行分析。
19种鲿科鱼类的COI 基因序列特征显示: 长度为674 bp 的COI 序列片段平均碱基组成为24.82% A, 30.44% T, 27.10% C 和17.64% G, 碱基组成呈现明显的AT 偏倚性(55.26%), 具有硬骨鱼类的线粒体COI 基因的碱基组成的典型特征。
核苷酸位点中有变异位点226个, 简约信息位点195个, 单一信息位点31个, 转换颠换比为3.35。
19种鲿科鱼类的种内、种间和属间平均遗传距离分别为0.0041、0.1136和0.1268, 种间遗传距离平均为种内遗传距离的27.7倍。
基于线粒体Cyt b和COⅠ基因序列的华南鲤群体遗传结构分析
（１．华南农业大学海洋学院，广东广州 ５１０６４２；２．广东省清远市水产技术推广站，广东清远 ５１１５１０； ３．清远市北江水产科学研究所，广东清远 ５１１５１０；４．广东省清远市兴渔水产科技有限公司，广东清远 ５１１５１０）
摘要：运用线粒体 Ｃｙｔｂ和 ＣＯⅠ 基因序列测定技术，分析华南鲤（ＣｙｐｒｉｎｕｓｃａｒｐｉｏｒｕｂｒｏｆｕｓｃｕｓＬａｃｅｐｅｄｅ）３个种群的 群体遗传结构及其变异。结果表明，海南鲤、珠江鲤、榕江鲤平均遗传距离分别为 ０．００３１（Ｃｙｔｂ）、０．００３０（ＣＯⅠ ）；５２ 尾个体分别检测出 １３（Ｃｙｔｂ）、１２（ＣＯⅠ ）个单倍型，总群体单倍型多样性（Ｈｄ）分别为 ０．８７４（Ｃｙｔｂ）、０．７７０（ＣＯⅠ ）， 核苷酸多样性指数（π）分别为 ０．００４１５（Ｃｙｔｂ）和 ０．００３３８（ＣＯⅠ ），平均核苷酸差异数（Ｋ）分别为 ３．０２７（Ｃｙｔｂ）和 １．８３５（ＣＯⅠ ）。构建 ＮＪ系统进化树发现，各种群间未形成明显的谱系结构，未发现明显的地理结构。海南鲤与珠江 鲤、榕江鲤的分化约在 ２．５０万、２．６５万年前，而珠江鲤和榕江鲤之间的的分化年代约在 １．５０万年前。珠江鲤和榕江 鲤的遗传分化指数差异不显著，２个种群间的交流更加频繁。 关键词：华南鲤；Ｃｙｔｂ基因；ＣＯⅠ 基因；群体遗传结构；遗传距离；多样性指数；分化年代 中图分类号：Ｑ１７３ 文献标志码：Ａ 文章编号：１００２－１３０２（２０１８）１８－０１７９－０４
江苏农业科学 ２０１８年第 ４６卷第 １８期
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王桢璐，姚东林，谢少林，等．基于线粒体 Ｃｙｔｂ和 ＣＯⅠ 基因序列的华南鲤群体遗传结构分析［Ｊ］．江苏农业科学，２０１８，４６（１８）：１７９－１８３． ｄｏｉ：１０．１５８８９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－１３０２．２０１８．１基因序列 的华南鲤群体遗传结构分析
基于线粒体COI基因的DNA条形码在光唇鱼属鱼类系统分类中的应用
安徽农学通报2023年16期动物科学基于线粒体COI基因的DNA条形码在光唇鱼属鱼类系统分类中的应用李强1黄文炜1彭苏汉1周江伟1詹华伟1张钰莹1蓝昭军2李文俊1桂林1*（1广州大学生命科学学院，广东广州510006；2韶关市水产研究所，广东韶关512006）摘要本文基于COI基因序列对光唇鱼属13种鱼类进行分子鉴定及系统进化研究。
结果表明，光唇鱼属各物种间遗传距离，除了北江光唇鱼（A.beijiangensis）与窄条光唇鱼（A.stenotaeniatus）之间的遗传距离（0.0157）外，其余物种间遗传距离都大于0.0200。
在分子系统发育树上，北江光唇鱼与窄条光唇鱼形成一个分支，且因其种间遗传距离达不到种的划分水平，结合已有的资料判断两者可能为同一物种；吉首光唇鱼（A.jishouensis）在分子系统发育树上与侧条光唇鱼（A.parallens）和半刺光唇鱼（A.hemispinus）聚为姐妹分支，且与两者的种间遗传距离都明显大于0.020 0，吉首光唇鱼应为一个有效种；半刺光唇鱼和带半刺光唇鱼（A.cinctus）在系统树上各自分布在2个独立的分支上，且两者间遗传距离比各自与同分支上的物种间遗传距离大，故判断它们的差异已达到种的水平。
本研究结果表明线粒体COI基因序列能有效地对光唇鱼属鱼类进行物种鉴定，并可用于探讨光唇鱼属的系统发育研究。
关键词DNA条形码；COI基因；光唇鱼属；系统发育中图分类号Q953文献标识码A文章编号1007-7731（2023）16-0051-05Application of DNA barcoding based on mitochondrial COI gene in the phylogeneticclassification of AcrossocheilusLI Qiang1HUANG Wenwei1PENG Suhan1ZHOU Jiangwei1ZHAN Huawei1ZHANG Yuying1LAN Zhaojun2LI Wenjun1GUI Lin1*（1College of Life Science,Guangzhou University,Guangzhou510006,China;2Shaoguan Fisheries Research Institute,Shaoguan512006,China）Abstract Based on the COI gene sequence,13species of Acrossocheilus were analysed.The results showed that the genetic distance between species of Acrossocheilus is more than0.0200except for the genetic distance between A. beijiangensis and A.stenotaeniatus(0.0157).In the phylogenetic tree,A.beijiangensis and A.stenotaeniatus formed as the same clade,which genetic distance less than the level of species classification.The two species may be the same species with two different names.The genetic distance from A.jishouensis,A.parallens and A.hemispinus protrudated into sister branches in phylogenetic tree,and the genetic distance from both was obviously greater than0.0200,which showed that A.jishouensis is an effective specie.A.hemispinus and A.cinctus were distributed in two independent branches of the phylogenetic tree,and the genetic distance between them is larger than that between the species on the same branch,so they should be regarded as two separate species.The results of this study indicate that mitochondrial COI gene sequences are effective for species identification and can be used to explore the phylogeny of Acrossocheilus.Keywords DNA barcode;CO I gene;Acrossocheilus;phylogenetic基金项目广州市科技计划项目（201804010486）；广东省教育科学规划课题（2021GXJK097）。
DNA条形码技术在渔业资源研究中的应用展望
文章编号：1006-3188（2019）03-0042-04DNA 条形码技术在渔业资源研究中的应用展望李乐康，张颂，王先勇，方磊（ 九江市水产科学研究所，江西 九江 332000）摘要：从DNA 条形码技术的研究现状、筛选要求、鉴定优势等方面进行了介绍，并归纳总结了DNA 条形码技术在渔业资源研究中的优势、应用方向，以及可能遇到的问题，以期对渔业资源研究中的DNA 条形码应用提供参考。
关键词：DNA 条形码；渔业资源；物种鉴定中图分类号：R282.5 S932 文献标识码：A作者简介：李乐康，女，(1988-)，硕士，工程师，197043383@。
DNA 条形码技术是一种物种鉴定新技术，2003年，由加拿大生物分类学家Paul Hebert 等受到条形码技术的启发，首次正式提出DNA 条形码的概念[1]，即利用DNA 的线性核苷酸排列建立类似的条形码，得到了生物学界的普遍认可并迅速发展。
2004年生物条形码联盟成立，2007年加拿大Guelph 大学组建了第一个DNA barcoding 鉴定中心，2009年“国际生命条形码计划”正式启动。
DNA 条形码技术是指通过基因组内一段足够变异的、较短的标准DNA 片段来建立DNA 标记与物种信息之间的一一对应关系，从而建立一种生物信息识别系统，实现对物种的快速、准确鉴定[2-3]。
渔业资源又称水产资源，是指水域中具有开发利用价值的鱼、甲壳类、贝、藻和海兽类等经济动植物的总体。
渔业资源的储备量和生物多样性是渔业可持续发展的基础。
一直以来我国都是渔业大国，2016年全社会渔业经济总值达到了23662.29亿元。
但随着社会发展和环境变化，一些种群退化、甚至遭到灭绝，维持最大程度的生物多样性被认为具有更大的迫切性。
因此，正确的认识和区分物种十分重要，DNA 条形码技术作为分类学中新兴的方便、快捷、准确的鉴定手段，实现对物种的快速识别。
1 DNA 条形码技术的研究现状目前，动物、植物、微生物物种的DNA 条形码都得到了各方学者的普遍关注和广泛研究，其中动物DNA 条形码研究进行的最早。
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基于线粒体co1基因序列的dna条形码在鲤科鲌属鱼类物种鉴定中的
应用
DNA条形码技术是一种新兴的物种鉴定方法，通过对生物样品中特定基因片段的序列进行分析，可以快速、精确地鉴定生物物种。
在鱼类物种中，线粒体CO1基因序列被广泛用于DNA条形码分析。
本文将探讨基于线粒体CO1
基因序列的DNA条形码在鲤科鲌属鱼类物种鉴定中的应用。
一、线粒体CO1基因的特点
线粒体CO1基因是线粒体DNA中编码蛋白质的基因之一。
该基因在不同鱼类物种中的序列变异性非常高，但同种鱼类物种中的序列差异很小。
这一特点使得线粒体CO1
基因序列成为一种很好的DNA条形码。
此外，线粒体CO1
基因的序列长度大约在650个碱基对左右，长度适中，易于测序和分析。
二、鲤科鲌属鱼类物种的特点
鲌属（Carassius）是鲤科（Cyprinidae）中的一个属，包括了很多鲫鱼的近缘种。
该属鱼类物种的形态结构、生态习性和分布范围等方面存在着很大的差异。
因
此，传统的形态学鉴定方法仅仅基于形态的特征来判断鱼类物种的真实身份往往存在着一定的误差。
三、基于线粒体CO1基因序列的DNA条形码在鲌属鱼类物种鉴定中的应用
由于鲌属鱼类物种的形态和基因序列存在一定的差异，因此可以利用线粒体CO1基因序列作为DNA条形码来鉴定不同鲌属鱼类物种之间的差异。
研究表明，基于线粒体CO1基因序列的DNA条形码可以成功地鉴定不同鑫龙鱼种群之间的态差异，且比传统的形态鉴定方法更为准确和高效。
此外，基于线粒体CO1基因序列的DNA条形码技术还可以用于鱼类物种的遗传连锁图谱构建、种群遗传学研究、鱼类物种起源和演化研究等领域。
研究还表明，DNA条形码技术的开发和应用对于保护和管理鱼类物种资源具有积极的意义。
四、DNA条形码技术在鱼类物种鉴定中的优点
相比传统的形态学鉴定方法，DNA条形码技术具有如下优点：
1.高效： DNA条形码技术可以快速准确地鉴定大量的鱼类物种，比传统的形态学鉴定方法更为高效。
2.精准： DNA条形码技术可以在鱼类物种基因水平上分辨出不同鱼种，比传统的形态学鉴定方法更为精准。
3.可复现性： DNA条形码技术可以在不同实验室和时间段中复现，具有很高的可靠性。
4.普适性： DNA条形码技术不受鱼类物种的形态和发育水平限制，适用于不同鱼类物种的鉴定和研究。
五、结论
基于线粒体CO1基因序列的DNA条形码技术是一种有效的鱼类物种鉴定方法，在鲤科鲌属鱼类物种鉴定中具有很高的应用潜力。
随着该技术的不断完善和推广，相信将会对鱼类物种起源、分类、演化和保护等方面的研究产生广泛的应用价值。