病毒基因组的构建与序列分析
猪乙型脑炎病毒SH0601株基因组序列分析及全长cDNA的构建
Ｇｅ ｏ ｉ ｅ ｕ ｎ ｉ ｇ ａ ｄ ｃ ｎ ｍ ｃｓ ｑ ｅ ｃｎ ｎ ＤＮＡ ｌｎ ｎ ｆＪ ｐ ｎ ｓ ｎ ｅ ｈ ｌ ｉ ｃｏ ｉ ｇ ｏ ａ ａ ｅ ｅｅ ｃ ｐ ａ ｉ ｓ ｔ
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维普资讯
１０ ４
Ｃｈｉ ｅ ｅ Ｊ ｕｒ ａ ｏ ｓ ｓ ｎ ｓ ０ ｎ ｌｏｆ 报
２ ０８， ２ （ ０ ４ ２）
文 章 编 号 ：０ ２ ６ ４ ２ ０ ） ２ １ ０ ５ １ ０ —２ ９ （ ０ ８ ０ —０ ４ —０
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滇重楼辣椒轻斑驳病毒分离物的鉴定及全基因组序列分析
滇重楼辣椒轻斑驳病毒分离物的鉴定及全基因组序列分析作者：杨林毅陈潞陈泽历来源：《湖北农业科学》2020年第13期摘要：滇重楼（Paris polyphylla var. yunnanensis）是多年生草本植物，其药用部位为地下根茎，是一种重要的中药材。
为明确侵染滇重楼的病毒病原，对采自云南省曲靖市的滇重楼进行透射电镜观察、DAS-ELISA和RT-PCR技术检测。
在透射电镜下观察到杆状病毒粒子，大小为（200～300） nm×（20～36） nm。
对采集到的7份病样进行DAS-ELISA检测，结果表明，其中5份病样呈阳性。
通过RT-PCR技术扩增、克隆获得1个全长为6 357 bp的曲靖分离物PMMoV-QJ的全基因组序列。
将PMMoV-QJ的全基因组序列与国内外已经报道的10个PMMoV分离物进行同源性分析比对，其同源性为99.42%～99.81%。
基于全基因序列的系统发育分析表明，PMMoV-QJ与韩国分离物亲缘关系密切。
本研究明确了该分离物的亲缘关系，从分子水平鉴定该分离物，为后续滇重楼病毒病的预防提供理论依据。
关键词：滇重楼（Paris polyphylla var. yunnanensis）;辣椒轻斑驳病毒（PMMoV）;鉴定;序列分析Abstract： Paris polyphylla var. yunnanensis is a perennial herb， and its medicinal part is underground rhizomes. It is an important chinese medicinal material. In order to clarify the viral pathogens infecting the Paris polyphylla， the transmission electron microscopy， DAS-ELISA and RT-PCR techniques were performed on the Paris polyphylla collected from Qujing， Yunnan province. Baculovirus particles were observed under transmission electron microscopy and were （200～300）nm ×（20～36）nm in size. The results of DAS-ELISA on 7 samples collected showed that 5 of them were positive. A whole genome sequence of a 6 357 bp Qujing isolate （PMMoV-QJ， accession number MK784568） was cloned by RT-PCR amplification. The homologous sequence of PMMoV-QJ were analyzed by homology with 10 PMMoV isolates reported at home and abroad， and the homology was between 99.42% and 99.81%. Phylogenetic analysis based on the whole gene sequence showed that PMMoV-QJ was closely related to Korean isolates.This study clarifies the genetic relationship of the isolate， and identifies the isolate from the molecular level， which provides a theoretical basis for the prevention of the subsequent viral disease.Key words： Paris polyphylla var. yunnanensis; pepper mild mottle virus（PMMoV）; identification; sequence analysis滇重樓（Paris polyphylla var.yunnanensis）又称独角莲，属延龄草科重楼属（Paris）多年生草本植物，其药用部位为地下根状茎，分布于亚欧大陆温带和热带地区，在中国主要集中在西南地区，其中以云南省滇中、滇东和滇东北、滇西和滇西北为主[1]。
猪嵴病毒CH441株和猪博卡病毒CH437株全基因组克隆及序列分析
猪嵴病毒CH441株和猪博卡病毒CH437株全基因组克隆及序列分析猪嵴病毒(CH441株)和猪博卡病毒(CH437株)是影响猪只健康和免疫系统的两种重要病毒。
证明和理解这两种病毒的基因组结构和序列分析对于预防和控制相关病毒性疾病具有重要意义。
本研究旨在克隆和进行猪嵴病毒(CH441株)和猪博卡病毒(CH437株)的全基因组序列分析，为进一步研究和防治相关疾病提供基础依据。
首先，我们从感染了猪嵴病毒(CH441株)和猪博卡病毒(CH437株)的猪组织中提取了病毒基因组RNA。
利用反转录酶将RNA转录为cDNA，然后进行PCR扩增。
我们设计了特异性引物，使得能够扩增整个猪嵴病毒和猪博卡病毒的全基因组。
接下来，我们进行了扩增产物的克隆和测序。
将扩增产物与载体进行酶切，然后将目标基因组和载体连接。
通过转化感受态细胞，得到包含目标基因组的质粒。
我们通过测序验证了所得质粒的完整性和正确性。
然后，我们对所得序列进行了分析。
利用生物信息学工具，我们进行了序列比对和相似性分析。
通过比对已知类似病毒的基因组序列，我们发现猪嵴病毒(CH441株)和猪博卡病毒(CH437株)的基因组序列与已知病毒具有高度相似性。
此外，我们还进行了基因组结构和功能分析。
猪嵴病毒(CH441株)和猪博卡病毒(CH437株)的基因组序列包含了多个编码外膜蛋白、RNA复制酶和结构蛋白的开放阅读框。
进一步的功能预测表明，这些蛋白在病毒的感染、复制和组装过程中发挥着重要作用。
最后，我们对猪嵴病毒(CH441株)和猪博卡病毒(CH437株)的基因组序列进行了系统进化分析。
根据序列比对结果，我们构建了系统发生树，揭示了猪嵴病毒和猪博卡病毒之间的进化关系。
综上所述，我们成功克隆并进行了猪嵴病毒(CH441株)和猪博卡病毒(CH437株)的全基因组序列分析。
结果表明这两种病毒的基因组序列与已知类似病毒具有高度相似性，并具有多个重要功能蛋白编码区。
这些研究结果为进一步研究和防治相关病毒性疾病提供了基础依据，并有望为开发相关疫苗和防控措施提供重要参考综上所述，我们成功克隆并进行了猪嵴病毒(CH441株)和猪博卡病毒(CH437株)的全基因组序列分析。
利用高通量测序快速检测H7N9禽流感病毒及基因组序列分析
利用高通量测序快速检测H7N9禽流感病毒及基因组序列分析裴广倩;范航;安小平;王伟;徐晓蒙;史套兴;童贻刚【摘要】目的探索用高通量测序技术检测咽拭子样本中H7N9禽流感病毒的方法.方法分别提取编号为106、089及024 3份样本RNA,反转录,eDNA扩增,用Ion Torrent进行高通量测序,对测序结果进行生物信息学分析.结果 3个咽拭子样本的测序结果中均能检测出禽流感病毒,拼接出的基因组序列可以进行生物信息学分析.结论利用高通量测序技术可以快速地检测H7N9禽流感病毒,并可用生物信息学软件拼接基因组序列及进行序列分析.【期刊名称】《安徽医科大学学报》【年(卷),期】2014(049)008【总页数】6页(P1033-1038)【关键词】高通量测序;H7N9禽流感病毒;生物信息学分析【作者】裴广倩;范航;安小平;王伟;徐晓蒙;史套兴;童贻刚【作者单位】安徽医科大学,合肥230032;军事医学科学院微生物流行病研究所,病原微生物生物安全国家重点实验室,北京100071;军事医学科学院微生物流行病研究所,病原微生物生物安全国家重点实验室,北京100071;军事医学科学院微生物流行病研究所,病原微生物生物安全国家重点实验室,北京100071;军事医学科学院微生物流行病研究所,病原微生物生物安全国家重点实验室,北京100071;军事医学科学院微生物流行病研究所,病原微生物生物安全国家重点实验室,北京100071;军事医学科学院微生物流行病研究所,病原微生物生物安全国家重点实验室,北京100071;军事医学科学院微生物流行病研究所,病原微生物生物安全国家重点实验室,北京100071【正文语种】中文【中图分类】R373.19;Q7禽流感病毒是一种引起禽类、部分哺乳动物及人类传染性疾病的甲型流感病毒，两个宿主相同的甲型流感病毒之间的8个RNA片段经常发生重配［1］，而且其依赖于RNA的RNA聚合酶缺少校对功能，导致其在复制过程中基因组的高突变率，这2个特性使得甲型流感病毒不断进化，引起人类感染，有时发生大爆发，感染人的禽流感病毒亚型主要为H5N1［2－3］、H9N2、H7N7。
E_亚群禽白血病病毒分离株的全基因组序列分析
·研究论文·Chinese Journal of Animal Infectious Diseases中国动物传染病学报E 亚群禽白血病病毒分离株的全基因组序列分析摘 要：为了弄清江苏省某一地方品种种鸡场病死鸡的死亡原因，采集病死鸡组织，检测显示仅为ALV 阳性；通过CEF 和DF-1细胞培养、p27抗原检测和间接免疫荧光（IFA ）对病毒进行鉴定；对病毒分离株前病毒DNA 序列进行全基因组序列测定与分析。
结果显示：分离株能够在CEF 上生长，上清液中可检测到p27抗原，CEF 出现特异性绿色荧光，DF-1细胞培养物以上检测均为阴性，初步表明分离株为ALV-E ，命名为JY202106；其基因组大小为7529 bp ，符合复制完整型C 型反转录病毒特征，缺乏肿瘤基因；序列分析显示，分离株与参考株同源性为84.3%~98.7%，gp85进化分析分离株与ALV-E 同属一个进化分支，与ev-1株同源性高达99.2%。
研究表明地方品种鸡中存在内源性ALV ，为该病的防控提供了参考和依据，也丰富了ALV 基因组数据资料。
关键词：禽白血病病毒；E 亚群；分离鉴定；基因组分析中图分类号：S852.65文献标志码：A文章编号：1674-6422（2023）03-0134-08Whole Genome Sequencing of an Avian Leukosis Virus Subgroup E IsolateWU Zhi 1,2, WU Shuang 2, YUAN Huisha 2, ZHANG Cong 2, ZHU Shanyuan 2, FAN Hongjie 1(1. Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China; 2. Jiangsu Key Laboratory for High-Tech Research and Development of Veterinary Biopharmaceuticals, Engineering Technology Research Center for Modern Animal Science and Novel Veterinary PharmaceuticDevelopment, Jiangsu Agri-Animal Husbandry Vocational College, Taizhou 225300, China)收稿日期：2022-11-19基金项目：江苏高校“青蓝工程”项目[苏教师函（2020）10号]；江苏省高等学校自然科学研究重大项目（21KJA230001）；江苏省2019年度高交优秀科技创新团队“动物疫病防控技术研究”项目（苏教科函[2019] 7号）作者简介：吴植，男，硕士，副教授，主要从事畜禽疫病防控技术研究通信作者：范红结，E-mail：************.cn2023,31(3):134-141吴 植1,2，吴 双2，袁慧莎2，张 聪2，朱善元2，范红结1（1.南京农业大学，南京200241；2.江苏农牧科技职业学院 江苏省兽用生物制药高技术研究重点实验室江苏现代畜牧与新兽药工程技术中心，泰州225300）Abstract: To determine the cause of death of breeders without significant clinical signs on a chicken farm in Jiangsu province and analyze genomic characteristics and evolution, heart, liver, lungs, kidney and bursa were collected for detection of Avian leukemia virus (ALV). The tissue samples were inoculated onto CEF and DF-1 cells. The results showed that the virus isolate was only cultured on CEF cells and the p27 antigen was detected in the supernatant. The inoculated CEF cells showed specifi c green fl uorescence in indirect immunofl uorescence assay. The isolated virus was designated as JY202106 isolate. The whole genome of this isolate was sequenced with the full length of 7529 nt, which had a genetic organization typical of replication-competent C retroviruses lacking oncogenes. In addition, sequence analysis showed that the JY202106 isolate shared 84.3%-98.7% nucleotide homology of the whole genome with the subgroup reference strains. The gp85 gene of the JY202106 isolate had the highest identity to that of ev-1, the prototype of ALV-E. This study provided additional data for understanding the genetic evolution of ALV and provided a reference for ALV prevention and control.Key words: Avian leukemia virus; subgroup E; isolation and identifi cation; genome sequence analysis吴 植等：E亚群禽白血病病毒分离株的全基因组序列分析· 135 ·第31卷第3期禽白血病病毒（Avian leukosis virus, ALV），又称Rous相关病毒[1]（Rous associated viruses, RAVs），属于逆转录病毒科正逆转录病毒科α逆转录病毒属成员[2]，其基因组结构为5'LTR-5'UTR-gag-pol-env-3'UTR-3'LTR，主要引起淋巴白血病、骨硬化病、骨髓成细胞增多症、血管瘤等多种肿瘤性疾病[3-4]，给我国养禽业造成了严重的经济损失，目前尚无有效药物和疫苗可供使用，控制该病最有效的措施是对种鸡核心群开展净化[5-6]。
病毒基因组的序列分析
病毒基因组的序列分析近年来，随着高通量测序技术的发展，病毒基因组的测序成为了一项非常重要的研究内容之一。
病毒基因组的序列分析可以帮助研究人员更好地理解病毒的特征和演化，为病毒研究和药物研发提供重要的数据支持。
一、病毒基因组的测序病毒基因组的测序是通过使用高通量测序技术对病毒基因组进行分析。
病毒基因组的测序需要进行样品提取，DNA或RNA的提取、文库构建、数据分析等多个步骤。
病毒基因组的测序有助于研究人员更好地理解病毒的基因组结构、基因编码的蛋白质功能、基因组中的序列变异情况等，为病毒的研究提供了非常重要的数据支持。
二、病毒基因组序列的比对病毒基因组序列的比对是病毒基因组研究中的一个重要环节。
通过比对不同基因序列的异同，可以帮助研究人员更好地理解病毒基因组的结构和功能。
在病毒基因组序列的比对过程中，常常采用多序列比对方法，从而可以将多个病毒基因组进行对比分析，找出共有的序列部分和不同的序列部分。
比对结果可以提供病毒基因组的演化情况、细节特征等重要信息。
三、病毒基因组的功能注释病毒基因组功能注释是为了帮助研究人员更好地理解病毒基因组的结构与功能。
通过功能注释可以为研究人员提供病毒基因组的基本信息，包括基因的编码、基因在生物学过程中所扮演的作用等。
病毒基因组的功能注释可以帮助研究人员更好地理解病毒的感染机制与演化进程。
对于药物研发方面也有重要的意义，因为药物研发需要更好地理解病毒基因组编码蛋白质的作用。
四、病毒基因组的结构分析病毒基因组的结构分析是指对不同病毒基因组中的基因结构进行分析。
病毒基因组中基因的组织方式表明基因间序列的相对位置、基因数目、长度、位置、注释和表达方式等信息，是研究病毒感染机制和演化过程的重要内容。
通过病毒基因组结构分析可以更好地了解病毒基因组结构的演化和变异规律，为病毒研究和药物研发提供有益的数据支持。
五、病毒基因组序列分析的应用病毒基因组序列分析在科学研究、病毒监测等方面有着广泛的应用。
猫杯状病毒全基因组的克隆及序列分析
猫杯状病毒全基因组的克隆及序列分析郑翠玲;向华;宣华;王延树;严悌昆【摘要】采用RT-PCR和重组PCR扩增了猫杯状病毒(felinecalicivirus,FCV)CH-GD株的全基因,并进行了序列测定,用DNAStar软件对其核苷酸序列和氨基酸序列进行比较分析.结果表明,首次分离于中国广东的CH-GD株与各参考毒株有较大的差异.CH-GD株与各参考毒株之间的同源性仅为75.4%～77.1%,明显低于各参考毒株之间的同源性(78.9%～99.9%).同时遗传进化树显示,14个分离株形成两大分支,CH-GD株独自在一分支,各分离株无明显的地域性差异.对FCV衣壳蛋白6个区(A～F)的分析结果发现,CH-GD株中A～F区的特点与报道的相符.此外还发现,CH-GD株有3个区域的3个连续的氨基酸发生了变异,与参考毒株相比,CH-GD株在这3个区域的抗原性和亲水性也都发生了相应的变化.【期刊名称】《中国畜牧兽医》【年(卷),期】2010(037)003【总页数】3页(P109-111)【关键词】猫杯状病毒;全基因组;克隆;序列分析【作者】郑翠玲;向华;宣华;王延树;严悌昆【作者单位】广东省农业科学院兽医研究所,广州,510640;河北唐山职业技术学院,唐山,063004;吉林大学畜牧兽医学院,长春,130062;广东省农业科学院兽医研究所,广州,510640;吉林大学畜牧兽医学院,长春,130062;广东省农业科学院兽医研究所,广州,510640;吉林大学畜牧兽医学院,长春,130062;广东省农业科学院兽医研究所,广州,510640;吉林大学畜牧兽医学院,长春,130062;广东省农业科学院兽医研究所,广州,510640;吉林大学畜牧兽医学院,长春,130062【正文语种】中文【中图分类】Q78猫杯状病毒(feline calicivirus,FCV)基因组全长7684 nt,为单股正链线性RNA(ssRNA),分子质量为2.4×106～2.6×106ku,它既可以作为mRNA直接翻译病毒蛋白,又可作为负股RNA的模板进行复制。
猪圆环病毒2型的分离鉴定及全基因组克隆和序列分析
毒 所 细 胞 保 管 中 心 （ Ｐ Ｖ １及 Ｐ Ｖ一 测 为 阴 经 Ｃ 一 Ｃ ２检
性 ）限 制 性 内切 酶 Ｂ ｍＨ 工、 ｎ ， ａ ＨｉｄⅢ、 ＭＤ１ 一 ｐ ８Ｔ
Ｓｍｐｅ 体 （ 生 物 工 程 大 连 有 限公 司 ） ＤＨ５ ｉ ｌ载 宝 ， ａ宿 主菌 ， 四川农 业 大学 动物 生物 技术 中心保存 。
Ｐ 一 ５细胞 ， Ｋ１ 盲传 １ ５代 后 ， Ａ 方 法检测 出有 明 显的特 异性 荧光 ， 该毒株 命 名 为 Ｐ Ｖ一一Ｃ株 ， 对 Ｐ Ｖ一 Ｉ Ｆ 将 Ｃ ２Ｓ 并 Ｃ ２Ｓ －Ｃ病 毒基 因组 全 长进行 扩增 及 克隆 、 测序 与 比对 分析 。测序 结果 显 示 该病 毒 基 因组全 长 １７ ７ｂ ， 离 ６ ｐ 分
１ １ ３ 引物设 计 采 用 Ｆ ｎ ｕ 等ｎ。 设 计用 ． ． ｅ ａ ｘＭ 。所 。 于扩增 Ｐ Ｖ－ 基 因组 为 １７ ７ｂ Ｃ ２全 ６ ｐ或 １７ ８ｂ ６ ｐ的
ＷＳ之外 ， Ｃ － Ｐ Ｖ ２还与 猪 的几 种新 出现 传 染 病 的发 生
密切相 关 ， 包括 猪 呼 吸道 病 综合 征 （ Ｒ Ｃ） Ｐ Ｄ 及猪 增 生
重视 ， 为当前研究 的热点 。 成
本试 验 从 所 采 典 型 Ｐ ＭＷＳ病 料 中分 离 鉴 定 出 Ｐ Ｖ ２ 并对 Ｐ 一 Ｃ －， ＣＶ ２全 基 因组 的 扩 增 、 隆 和 序 列 克
分析 ， 与 Ｇｅ Ｂ ｎ 并 ｎ ａ ｋ中 的 Ｐ Ｖ ２参 考毒 株进 行 同源 Ｃ 一
机理 提供 依据 。
列 ，Ｃ Ｐ Ｖ可 分为 Ｐ Ｖ １和 Ｐ Ｖ ２ 个血 清 型 ， Ｃ － Ｃ－ Ｃ －两 ＰＶ１
猪伪狂犬病病毒基因序列分析
猪伪狂犬病病毒主要功能蛋白基因序列分析摘要：根据Genbank中已发表的猪伪狂犬病病毒（PRV）gE、TK基因的序列各设计了1对引物，对分离得到的PRV毒株的gE、gG、TK基因进行了PCR扩增、回收、克隆、测序，测序结果与预期的PRV gE、gG、TK基因片段相符。
遗传进化树分析和氨基酸序列比对结果发现PRV毒株的gE、gG、TK氨基酸序列发生变化的位点与2012年国内分离到的PRV 流行株相同，从而推测该毒株为PRV变异毒株。
关键词：伪狂犬病毒；gE基因；TK基因；序列分析猪伪狂犬（Pseudorabies，PR）是由伪狂犬病毒（Peudorabies virus，PRV）引起的以家畜和多种野生动物发热、奇痒及脑脊髓炎为特征的急性传染病[1]。
该病在我国发生较为严重，是严重危害我国养猪业的疫病之一。
我国目前广泛应用的是自然缺失弱毒活疫苗Bartha-k61株，使猪伪狂犬病得到了很好的控制。
但是，2011年底至2012年该病在中国东北部分省份流行，甚至在许多使用基因缺失活疫苗免疫的规模化猪场出现了猪伪狂犬病疫情，给中国的养猪业造成了巨大的经济损失[2-6]。
伪狂犬病病毒(猪疱疹病毒1型)属于双股线性DNA病毒，大小约150kb，DNA基因组中G+C的含量高达73%，可编码100种蛋白质。
基因组由独特的长节段(UL)、独特的短节段(US)、内部倒转重复序列(IRs)和末端倒转重复序列(TRs)组成。
在病毒的结构蛋白中，gE糖蛋白是主要毒力因子之一，并作为标志基因用来区分疫苗免疫和野毒感染。
TK基因不仅是最主要的毒力基因，而且也是决定病毒持续感染的重要因素[7]。
一旦TK基因缺失，PＲV变异株对宿主的毒力将丧失或明显降低。
2013年至2014年上海市农业科学院畜牧兽医研究所繁殖障碍研究室从山西某免疫猪伪狂犬病（Bartha）疫苗的规模化猪场成功分离并鉴定出四株PRV，命名为SX1，SX2，SX3，SX4株，为明确该四株分离株是否属于PRV抗原变异毒株，本研究对PRV SX株的gE、gG、TK全基因进行克隆和测序，通过与国内外其他已公布PRV分离株的gE、gG、TK推导的氨基酸序列进行比对，构建核苷酸序列遗传进化树，以期为丰富PRV分子流行病学和开发科学有效的新型猪伪狂犬病疫苗提供重要科学依据。
新冠病毒的基因组序列分析与比对
新冠病毒的基因组序列分析与比对新冠病毒（SARS-CoV-2）是引发全球大流行的冠状病毒，导致COVID-19（新冠肺炎）。
了解新冠病毒的基因组序列是研究其起源、传播和病理机制的重要一步。
本文将对新冠病毒基因组序列的分析与比对进行详细介绍。
基因组序列分析是通过识别和解读DNA中的基因和其他功能性元素来了解其结构和功能的过程。
与其他冠状病毒相比，新冠病毒的基因组大约有30,000个碱基对，包含多个基因，这些基因编码构成病毒的不同蛋白质。
通过对新冠病毒基因组序列的分析，科学家可以了解其基本结构和可能与病毒相关的特征。
首先，新冠病毒的基因组序列需要进行序列比对。
序列比对是将待比对的序列与已知序列进行对比，以了解它们之间的相似性和差异性。
在新冠病毒的基因组序列中，可以使用多种比对算法，如BLAST、ClustalW和MAFFT等。
这些算法将病毒的基因组序列与已知冠状病毒的序列进行比对，以确定它们之间的相似性程度。
接下来，通过基因组序列的比对分析，可以发现新冠病毒与其他冠状病毒之间的差异。
比对结果可以呈现出新冠病毒与其他冠状病毒在基因组中的共同序列以及特有序列。
这些差异可能代表新冠病毒的独特特征，如其传播途径、病毒宿主相关性和治疗方法的潜在靶点。
此外，新冠病毒基因组序列的比对还可以帮助鉴定病毒的株系。
不同地区和时间收集的新冠病毒样本可能具有不同的基因组序列变异。
通过比对分析，科学家可以确定特定株系的变异情况和传播途径。
这为病毒溯源以及流行病学调查提供了重要线索。
除了比对分析，新冠病毒基因组序列的进化分析也是关键。
通过比对来自不同地区和时间的新冠病毒序列，科学家可以追踪病毒的进化过程。
这有助于了解病毒的变异和适应力，以及可能出现的新流行株系。
值得注意的是，由于新冠病毒的复杂性和基因组序列的多样性，深入的分析需要综合使用各种生物信息学工具和方法。
此外，全球科学家共享病毒基因组序列数据，促进了对新冠病毒的研究和理解。
解读基因组序列
非编码区变异功能影响预测
基于转录因子结合位点的预测方法
通过分析非编码区变异对转录因子结合位点的影响，预测变异对基因表达 调控的影响。这种方法可以识别出与特定转录因子相关的关键变异。
基于长非编码RNA的预测方法
研究长非编码RNA在基因组中的功能和调控机制，分析非编码区变异对长 非编码RNA结构和功能的影响，进而预测变异对基因表达和表型的影响。
个性化医疗和精准医学发展前景
个体化治疗方案
01
基于基因组序列的解读，医生可以为患者制定个性化的治疗方
案，选择最适合的药物和剂量，提高治疗效果。
精准预防策略
02
通过分析基因组序列，可以预测个体对某些疾病的易感性，从
而制定针对性的预防措施，降低患病风险。
遗传咨询与生育指导
03
解读基因组序列可以为遗传咨询提供科学依据，帮助家庭了解
基于表观遗传学修饰的预测方法
研究表观遗传学修饰在基因组中的分布和功能，分析非编码区变异对表观 遗传学修饰的影响，进而预测变异对基因表达和细胞命运的影响。
实验验证方法介绍
01
基因编辑技术
利用CRISPR/Cas9等基因编辑技术，在细胞或个体水平上对特定基因进
行精确编辑，引入或修复变异，观察表型变化以验证变异的功能影响。
基于比对算法的SV检测方法
通过比对算法识别待测序列与参考序列之间存在大 片段的插入、缺失、倒位或易位等结构变异。
基于组装算法的SV检测 方法
利用组装算法对基因组序列进行组装，通过 比较组装结果与参考序列的差异来检测结构 变异。
05
解读基因组序列：功能影 响预测与验证
变异对蛋白质功能影响预测
基于序列比对的预测方法
02
肺炎支原体感染的病毒基因组与变异分析
肺炎支原体感染的病毒基因组与变异分析肺炎支原体是一种常见的致呼吸道感染的病原体，其感染导致的疾病种类繁多，包括肺炎、支气管炎、喉炎等。
为了更好地了解肺炎支原体的感染机制和传播规律，科学家们对其病毒基因组进行了深入的研究。
本文将对肺炎支原体感染的病毒基因组进行分析，并探讨其变异情况。
一、肺炎支原体病毒基因组特点肺炎支原体病毒基因组是一个环状DNA分子，长度约为1.2 kb，由不同的基因区组成。
这些基因区包括病毒感染所需的结构基因、代谢基因和调控基因等。
其中，结构基因编码病毒颗粒的外壳蛋白和酶等物质，代谢基因参与病毒的生物合成，调控基因则控制病毒基因的表达和复制。
二、肺炎支原体病毒基因组的序列分析通过对肺炎支原体病毒基因组的序列分析，科学家们揭示了其与其他相关病原体的进化关系，以及其致病性的调控机制。
根据序列比对和进化树构建的结果，肺炎支原体与其他支原体具有较高的相似性，但仍然存在一定的差异。
这些差异可能是导致肺炎支原体特异性致病性的关键。
三、肺炎支原体病毒基因组的变异情况肺炎支原体病毒基因组具有一定的变异性，不同的菌株之间存在着一些差异。
这些变异可以是单个碱基的突变、插入或缺失，也可以是较大片段的基因重排。
这种基因组的变异不仅能改变病毒的致病性和抗药性，还可能对疫苗的研发和临床治疗产生重要影响。
四、肺炎支原体病毒基因组变异的影响肺炎支原体病毒基因组的变异对疾病的流行和传播具有一定的影响。
病毒基因组的变异可能会导致疫苗对不同菌株的适应性差异，影响其相应的保护效果。
此外，基因组的变异还可能改变病毒对抗生素的敏感性，从而影响病毒的防治策略。
因此，对肺炎支原体病毒基因组的变异进行监测和分析，对疫苗的研发和预防控制具有重要意义。
五、肺炎支原体病毒基因组变异的研究进展近年来，随着高通量测序技术的发展，科学家们能够更好地了解肺炎支原体病毒基因组的变异情况。
通过对大量不同菌株的基因组进行测序，并进行系统性比较和分析，科学家们逐渐揭示了肺炎支原体的遗传变异规律，并为其预防和控制提供了新的思路。
病毒基因组基因重叠编码现象分析
病毒基因组基因重叠编码现象分析作者：吴莉来源：《养生保健指南》2014年第06期摘要：病毒基因组之间在大小和结构上都有比较大的差异。
病毒基因组较小，大多数DNA病毒的基因组是双链DNA分子，而大多数RNA病毒的基因组是单链RNA分子。
因此在进化过程中形成了基因重叠编码现象。
这种现象在其他的生物细胞中仅见于线粒体和质粒DNA，所以也可以认为是病毒基因组的结构特点。
这种结构使较小的基因组能够携带较多的遗传信息。
关键词：病毒基因组基因重叠编码1.病毒基因组可以由DNA组成，也可以由RNA组成，每种病毒颗粒中只含有一种核酸，或为DNA或为RNA，两者一般不共存于同一病毒颗粒中。
组成病毒基因组的DNA和RNA可以是单链的，也可以是双链的，可以是闭环分子，也可以是线性分子。
如乳头瘤病毒是一种闭环的双链DNA病毒，而腺病毒的基因组则是线性的双链DNA，脊髓灰质炎病毒是一种单链的RNA病毒，而呼肠孤病毒的基因组是双链的RNA分子。
一般说来，大多数DNA病毒的基因组是双链DNA分子，而大多数RNA病毒的基因组是单链RNA分子。
2.基因重叠即同一段DNA片段能够编码两种甚至三种蛋白质分子，这种现象在其他的生物细胞中仅见于线粒体和质粒DNA，所以也可以认为是病毒基因组的结构特点。
这种结构使较小的基因组能够携带较多的遗传信息。
重叠基因是1977年Sanger在研究ΦX174时发现的。
ΦX174是一种单链DNA病毒，宿主为大肠杆菌，因此，又是噬菌体。
它感染大肠杆菌后共合成11个蛋白质分子，总分子量为25万左右，相当于6078个核苷酸所容纳的信息量。
而该病毒DNA本身只有5375个核苷酸，最多能编码总分子量为20万的蛋白质分子。
重叠基因有以下几种情况：①一个基因完全在另一个基因里面。
如基因A和B是两个不同基因，而B包含在基因A内。
同样，基因E在基因D内；②部分重叠。
如基因K和基因A及C的一部分基因重叠；③两个基因只有一个碱基重叠。
上海市某腹泻猪群猪流行性腹泻病毒检测及全基因序列分析
·研究论文·Chinese Journal of Animal Infectious Diseases中国动物传染病学报上海市某腹泻猪群猪流行性腹泻病毒检测及全基因序列分析摘 要：猪流行性腹泻（PED ）是由猪流行性腹泻病毒（PEDV ）感染引起的仔猪严重腹泻性疾病，传播快，发病急，死亡率高，给我国养猪业造成巨大损失。
2021年10月上海某猪场产房仔猪发生腹泻，发病率为30%~50%，死亡率为20%~30%，猪群之前进行过疫苗免疫。
粪便样本经猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒（TGEV ）、猪轮状病毒（RV ）荧光RT-PCR 检测，结果显示：PEDV 检测为阳性，TGEV 和RV 检测均为阴性。
经全基因测序后进行系统进化分析，结果显示：全基因序列属于G Ⅱ-c 亚群，S 基因序列属于G Ⅱ-b 亚群，与目前的经典疫苗株CV777和变异株AJ1102相比，CV777的全基因和S 基因都属于G Ⅰ-b 群，AJ1102的全基因和S 基因都属于G Ⅱ-b 亚群，研究结果表明新基因型的PEDV 已在上海地区流行，而传统疫苗株无法提供好的免疫效果，提示新的防控策略的制定和有针对性的疫苗的生产和使用，对于预防PEDV 感染和流行有重要意义。
关键词：猪流行性腹泻病毒；系统进化；S 基因中图分类号：S852.65文献标志码：A文章编号：1674-6422（2024）01-0175-07Detection and Complete Genomic Sequence Analysis of Porcine Epidemic DiarrheaVirus from a Diarrheal Pig Herd in ShanghaiKANG Longshan 1,2, YU Huiru 2, YANG Dequan 2, LI Xin 2, SHEN Haixiao 2, YANG Xianchao 2,WANG Jian 2, XU Lina 1, GE Feifei 2(1. College of Life Science and Food Engineering, Hebei University of Engineering, Handan 056009, China; 2. Shanghai Animal DiseasePrevention and Control Center, Shanghai 201103, China)收稿日期：2021-12-07基金项目：上海市科委自然科学基金（2021（04713））作者简介：康龙山，男，硕士,主要从事动物疫病分子流行病学研究与疫苗研制通信作者：葛菲菲，E-mail：*********************Abstract: Porcine epidemic diarrhea (PED) is a serious diarrheal disease of piglets caused by Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) infection. In October 2021, diarrhea occurred in piglets in the delivery room of a pig farm in Shanghai with the incidence rate of 30%-50% and mortality rate of 20%-30%. The pig herds had been vaccinated before. Fecal samples were examined by real-time RT-PCR for Porcine epidemic diarrhea virus, Transmissible gastroenteritis virus (TGEV), and Porcine rotavirus (RV). The results showed positive for PEDV and negative for TGEV and RV . Phylogenetic analysis of the whole genomic sequence showed that it belonged to the GII-c subgroup and the S gene sequence belonged to the GII-b subgroup. As a comparison, the whole genome and S gene of CV777 belonged to the GI-a subgroup, and the whole genome and S gene of AJ1102 belonged to the GII-b subgroup. These results showed that a new genotype of PEDV had been prevalent in Shanghai and commercial vaccine strains did not provide complete protection due to genetic variation. Key words: Porcine epidemic diarrhea virus; phylogenetic analysis; genome; S gene2024,32(1):175-181康龙山1,2，于慧茹2，杨德全2，李 鑫2，沈海潇2，杨显超2，王 建2，徐丽娜1，葛菲菲2（1.河北工程大学生命科学与食品工程学院，邯郸056009；2.上海市动物疫病预防控制中心，上海201103）· 176 ·中国动物传染病学报2024年2月猪流行性腹泻（Porcine epidemic diarrhea, PED）是由猪流行性腹泻病毒（Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV）引起的一种急性接触性传染病，主要引起仔猪发病，感染部位在小肠。
鸭圆环病毒全基因组克隆与序列分析_傅光华 (1)
后表明 , 该病 毒基因组为环 型 , 全长 1 995nt(GenBank 登录号 EF 451157), 经分析 , 该病毒基因组包 含 6 个 200nt 以上的 ORF(图 2):V1(49 ～ 927nt )、 V2(1 370 ～ 1 585nt )、V3 (1 661 ～ 1 918nt )、C1 (1 932 ～ 1 159nt)、C2(1 741 ～ 1 379nt)、C3(400 ～ 164nt)。 ORF V1 编码氨基酸推导序列为 292aa 的 rep 蛋白 , 可能与病毒的复制有关 , 在 ORF V1 的下 游有 1 个 T A T A 盒 , 可能在 rep 蛋白表达的控制和 调节过程中发挥作用 ;ORF C1 编码 257aa 的 cap 蛋 白 , 为病毒的核衣壳蛋白 , 其氨基端为精氨酸富集的 强碱性氨基酸区域 , 这与其他圆环病毒类似 , 在该基 因的下游 发现 1 个多 聚腺苷 信号 ;有关 其他 4 个 ORF 研究报道不多 , 还有待进一步研究 。 3 病毒基因组的遗传变异分析
近些年来 , 以往在鸭 、鹅等水禽中呈隐性感染的 一些病毒(如禽流感病毒和禽 1 型副粘病毒等)对水 禽表现为致死性感染[ 9 ～ 12] , 鸭的新病毒性 疫病(新 型疱疹病毒病和呼肠孤病毒病)不断出现 , 甚至免疫
收稿日期 :2007-03-19 ;修回日期 :2007-08-22 基金项目 :国家自然科学基金项目资助(N o.:30671564)福建省 财政专项 ——— 福建省 农科 院科 技创 新团 队建 设基 金资 助(S TIF Y02) 作者简介 :傅光华(1977-), 男 , 江 西永丰 , 助 、硕 士 , 主要 从事 动物病毒分子生物学研究 。 ＊通迅作者 :黄瑜(1965-), 博 士 , 研究 员 , 硕士 生导师 , E-mail : huangyu 815 @
如何利用生物大数据技术进行病毒序列分析
如何利用生物大数据技术进行病毒序列分析病毒序列分析是生物大数据技术领域中的重要研究方向之一。
随着生物信息学的快速发展，通过利用大规模基因组测序数据可以更深入地了解病毒的特征和进化方式，为疾病预防和控制提供有效的策略和方法。
本文将介绍如何利用生物大数据技术进行病毒序列分析的过程和方法。
病毒序列分析的重要性不容忽视。
病毒是一种微生物，能够感染生物体，引发各种传染病。
它们具有高变异性和适应性，使得我们难以有效地对抗它们。
通过对病毒序列的深入分析，可以揭示其进化演化及传播途径，有助于理解其疫情爆发的机理，为疫苗研发、病毒性疾病的早期诊断和有效控制提供有力的基础。
在进行病毒序列分析前，首先需要获取病毒样本的基因组测序数据。
现代测序技术的发展使这一步骤变得更加简单和快速。
对于已知的病毒，我们可以通过已有的数据库如NCBI、EMBL等进行检索和获取相关病毒序列。
对于新发现的或未知的病毒，可以利用高通量测序技术对其进行全基因组测序。
获取到病毒基因组测序数据后，下一步是进行序列预处理。
这一过程包括序列质量控制和去除污染等步骤，旨在得到高质量的序列数据。
通常会使用一些常见的序列处理软件如Trimmomatic、FastQC等进行序列质量评估和修剪，去除低质量的序列。
接下来是对序列进行比对和拼接。
利用序列比对软件如BLAST、Bowtie、BWA等，可以将新测序的病毒序列与已知的病毒序列或参考基因组进行比对，找到最佳的匹配结果。
同时，还可以利用拼接软件如SPAdes、Velvet等，将测序读段按照重叠关系进行拼接，得到完整的病毒基因组序列。
拼接完成后，下一步是进行序列注释。
序列注释是对序列进行功能和结构的解析和注释，以便更好地理解病毒的功能特征和潜在的致病机制。
利用一些常见的序列注释工具如Prokka、RAST等，可以对序列进行基因预测、基因功能注释、反义密码子分析等。
完成序列注释后，进一步分析可以包括进化分析和表达差异分析。
两株不同致病力H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列分析
两株不同致病力H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列分析刘琳琳;张毅;郭学金;范丹丹;朱梅胜;王守春;徐守振;王建琳;毕玉海【摘要】为了找到H9N2亚型禽流感病毒毒株致病力增强的分子线索,对致病力存在明显差异的2株H9N2亚型禽流感病毒进行了全基因组序列测定和分析.遗传进化分析表明,2株H9N2亚型禽流感病毒发生了基因重配,内部基因来源具有多样性.氨基酸序列分析表明,强致病力毒株A/chicken/Shandong/818/2010和A/chicken/Shandong/196/2011在HA受体结合位点、NA唾液酸结合位点和潜在糖基化位点处存在显著差异,SD/818在PA蛋白55位氨基酸和336位氨基酸等重要功能位点处出现了与致病力增强有关的突变,这种致病力增强的分子机制需要进一步探究.【期刊名称】《动物医学进展》【年(卷),期】2015(036)009【总页数】6页(P37-42)【关键词】H9N2亚型禽流感病毒;致病力;全基因;序列分析;遗传进化【作者】刘琳琳;张毅;郭学金;范丹丹;朱梅胜;王守春;徐守振;王建琳;毕玉海【作者单位】青岛农业大学动物科技学院,山东青岛266109;中国动物卫生与流行病学中心,山东青岛266032;青岛农业大学动物科技学院,山东青岛266109;青岛农业大学动物科技学院,山东青岛266109;青岛农业大学动物科技学院,山东青岛266109;青岛农业大学动物科技学院,山东青岛266109;青岛农业大学动物科技学院,山东青岛266109;青岛农业大学动物科技学院,山东青岛266109;中国科学院微生物研究所,北京100101【正文语种】中文【中图分类】S852.659.6禽流感病毒（Avian influenza virus，AIV）变异频繁，血清型众多，目前已发现16种HA亚型和9种NA亚型。
1966年，首次在美国威斯康辛州的火鸡中分离到H9N2亚型禽流感病毒［1］。
猪瘟病毒Erns基因的克隆与序列分析
摘 要 ： 了解 山 东地 区猪 瘟病 毒 的变 异情 况 ， ６份 经 ＲＴ Ｐ Ｒ方 法鉴 定为猪 瘟病 毒 （ Ｓ Ｖ） 为 将 —Ｃ Ｃ Ｆ 阳性 的
株 的 方 向 变 异 ［ ］ 因 此 ， 展 猪 瘟 病 毒 分 子 流 行 病 ２ 。 开
基 因的变 异及 生 物学 功能研 究提 供参 考 。
Hale Waihona Puke １ 材 料 与 方 法 １ １ 材 料 ．
１ １ １ 病料 ． ．
病料 采集 山东 省 济南 、 州 、 坊 、 德 潍 济
学 调查 ， 了解 猪瘟 病 毒流行 株 的变 异 情况 ， 猪 瘟 流 对 行 及其 防控 具有 重要 意义 。
山东地 区患病 猪 的病料 接种 Ｐ — ５细胞 ， 离得 到 ６株 猪 瘟病 毒 。 对该 ６株猪 瘟 病 毒 的 Ｅ 。 因主要 抗原 Ｋｌ 分 基
编 码 区序 列 进 行 了 Ｒ — Ｃ 扩 增 、 隆 、 序 ， 经 Ｄ ＴＰ Ｒ 克 测 并 ＮＡ ｔｒ 件 对 测 序 结 果 与 ＨＣ Ｖ 疫 苗 株 、 ｈｍｅ Ｓａ 软 Ｌ Ｓ ｉ ｎ株 及 Ａｌ ｒ 株 Ｅ 基 因进 行 比较 和 分 析 ， 建 了 Ｃ Ｆ 遗 传 进 化 树 。 结 果 扩 增 的 ６株 山 东 Ｃ Ｆ 分 离 株 Ｅ 。 ｆ ｔ ｏ 构 Ｓ Ｖ Ｓ Ｖ 基 因 同 源性 为 ９ ． ～ １ ０ ， ＨＣ Ｖ 疫 苗 株 ， ｈｍｅ ８５ ０ 与 Ｌ Ｓ ｉ ｎ株 及 Ａｆ ｒ 株 的 同 源 性 为 ８ ． ～ ８ ． ；６株 ｌ ｔ ｏ ２９ ５２
病毒基因组功能区的序列分析
病毒基因组功能区的序列分析病毒是一种微生物，它的基因组序列对于它的生长、繁殖和致病机制都有重要的影响。
病毒基因组包含了许多功能区，其中重要的包括编码区、调节区和保守区。
这些功能区的序列分析可以帮助我们理解病毒的生物学特性和进化关系，还可以为我们开发疫苗和药物提供重要的指导。
编码区病毒基因组中最重要的功能区之一是编码区。
它包含了所有能够编码蛋白质的基因，其中包括了构成病毒颗粒的结构蛋白、调节病毒基因表达的调节蛋白以及病毒侵袭宿主细胞所需的酶。
编码区的序列分析可以为我们提供许多有用的信息。
首先，它可以帮助我们识别其中可能产生新蛋白质的ORF（开放阅读框），这是对于病毒基因组功能的全面理解非常重要的一步。
其次，它可以告诉我们某个特定蛋白质的起始、终止和氨基酸序列，这对于生物学家和生物工程师在实验室中对这些细节进行研究和操作非常有用。
调节区除了编码区之外，病毒基因组还包含了许多重要的调节区。
这些区域在病毒复制过程中起着关键的作用，它们影响着病毒基因表达的时机、速率和位置。
与编码区不同，调节区中并没有编码蛋白质，而是产生RNA序列，这些RNA可以调控病毒基因的表达。
调节区的序列分析可以揭示其中包含的非编码RNA序列的大小、起始、终止和功能。
这些RNA序列可以在病毒复制过程中调控病毒基因表达、病毒传播能力和抗体产生等方面发挥作用。
因此，了解调节区序列可以帮助我们更好地理解病毒的复制和免疫机制。
保守区病毒基因组中的保守区是指序列在不同病毒中高度保守的区域。
这些区域通常表现出极强的序列保守性和功能保守性，它们在不同病毒的基因组中都有类似的序列。
保守区的序列分析可以将这些区域在病毒进化和传播中扮演的角色更加清晰地描绘出来。
它可以帮助我们发现不同病毒之间的进化关系和亲缘关系，以及确定它们的分类和分布。
结论病毒基因组的功能区序列分析是病毒研究和控制中不可或缺的一步。
对这些区域的深入分析可以帮助我们更好地理解病毒生物学特性和进化关系，为我们的生物工程和药物研发提供重要的信息。
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病毒基因组的构建与序列分析病毒是一种微小而具有高度适应性的生物体，它们依赖于细胞
来复制自己的遗传物质，控制着宿主细胞的生命活动，并导致各
种疾病的发生。
病毒基因组对病毒研究具有重要意义，它是病毒
遗传信息的重要载体，对于深入了解病毒的基本生物学特性、研
究病毒致病性及防治措施等都非常重要。
一、病毒基因组的构建方法
病毒基因组的构建主要包括以下几个步骤：
1. 采集病毒样本
采集病毒样本需要考虑样品来源、采集方式和保存条件等因素，确保样品的完整性和纯度。
2. 提取病毒核酸
提取病毒核酸是构建病毒基因组的前提，可以采用化学方法、机械破碎、超声裂解等方法对病毒样品进行处理，获取高质量的核酸样品。
3. 克隆病毒基因组
将提取的病毒核酸进行PCR扩增或利用克隆技术将其插入到适当的载体中，如质粒、病毒载体等，用细胞培养等方法使其成为活性的病毒基因组。
二、病毒基因组的序列分析方法
1. 二代测序技术
二代测序技术可以高通量、高效率地测序病毒基因组，包括Illumina、454、SOLiD等。
这些技术具有读长短、误差率高等缺陷，但其高通量、低成本的优点使之成为了病毒基因组序列分析的主要手段。
2. 第三代测序技术
第三代测序技术可以获得更长的读长，并且可以提供更高的准
确性。
当前主要的第三代测序技术有PacBio、Oxford Nanopore等。
第三代测序技术在病毒基因组序列分析中的应用也越来越广泛。
3. 生物信息学分析
生物信息学分析是病毒基因组序列分析的重要步骤，它能够对
病毒基因组进行注释、比对、拼接和进化分析。
比如可以用BLAST程序将病毒基因组与相关物种的基因组序列进行比对，进
而对病毒基因组进行注释和扩展；或者用Geneious软件进行拼接、序列编辑和进化树构建等。
三、病毒基因组序列分析的应用
1. 病毒分类与鉴定
病毒基因组序列分析可以对病毒进行分类和鉴定。
通过生物信
息学分析，可以对病毒基因组序列进行比对，推断病毒的进化关
系和分类位置。
同时可以根据病毒基因组序列特征进行鉴定，提高病毒检测的敏感性和特异性。
2. 病毒致病性和变异性分析
病毒基因组序列分析可以研究病毒致病性和变异性。
通过对病毒基因组序列特征和结构进行分析，可以预测病毒的致病位点和变异位置，为病毒致病机制和病毒进化规律研究提供重要依据。
3. 病毒治疗策略研究
病毒基因组序列分析可以为病毒治疗策略研究提供重要基础。
病毒基因组序列中的一些特定位点或者功能基因可能是病毒致病或者复制的关键基因，在病毒治疗中可以有针对性地控制这些基因，达到治疗效果。
总之，病毒基因组序列分析是病毒研究的重要组成部分，它为病毒分类和鉴定、病毒致病性和变异性分析、病毒治疗策略研究等提供了关键性信息。
随着测序技术的不断发展和生物信息学分析的不断完善，病毒基因组序列分析的应用前景也将更加广阔。