深度解密lncRNA研究策略及注意事项
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Mid 2000s: The number of predicted genes in the mammalian genome goes down and the number of detected lncRNA transcripts increases exponentially.
国自然资助lncRNA项目数量逐年上升
• 高通量：包含88,371条circRNA，68,423条lncRNA、18,853条mRNA，让您的筛选范围更广； • 特异性高：环状RNA -特异的反向剪接位点探针设计，保证每个探针检测的特异性，避免与母基因之间的
冗余影响。基于circbase数据库信息;
lncRNA同时在细胞核和细胞质内发挥功能 http://www.rikenresearch.riken.jp/eng/frontline/5920
lncRNA的功能
Magdalena Losko, Jerzy Kotlinowski, and Jolanta Jura, 2016, Mediators of Inflammation
LncRNA基本特点
• > 200nt • have little or no open reading
frame (ORF) • Polyadenylated are not necessary
(more than 40% of transcripts are non-polyadenylated) • Generally lower expressed than protein-coding genes • more tissue-specific expression patterns, with a large fraction of tissue-specific lncRNAs expressed in the brain. • general long ncRNAs lack strong conservation
训练集 验证集 生存分析 ROC曲线
沉默/过表达---功能实验 RIP-seq， pull down ChIP-seq
上海伯豪lncRNA芯片服务（Agilent 平台）
上海伯豪针对广大客户的需求，开发出 全新的SBC-lncRNA芯片，并利用 Agilent公司专利的SurePrint技术制 造。为您提供完善的基因芯片技术服务， 并完成数据分析，提供完整的实验报告。
上海伯豪lncRNA相关芯片服务
SBC V6版LncRNA芯片，探针合成基于Agilent SurePrint技术，收录的lncRNA涵盖 几大主流数据库（NCBI, UCSC, Ensembl，Gencode，Lncipedia，Noncode）， 助力您的科研工作！
ClariomTM D是昂飞公司最新开发的芯片，为您提供支持所有转录本异构体的全转录组 分析。同时，针对超过540,000个转录本的探针设计，还可帮助您对非编码RNA进行 分析。
lncRNA的类别
Knauss and Sun, Neuroscience 2013
lncRNA研究策略
组织，细胞，外周血
lncRNA芯片
RNA-seq
难点
候选lncRNA
差异倍数大的 表达量高的 靶基因功能相关的 共表达网络中的hub 结合TF靶基因数据 结合不同分类
生物标志物
机制研究
技术特点： 1）芯片采用Agilent eArray平台设计，使 用Agilent SurePrint技术合成，探针长 60mer，检出率高，技术重复性高于99%； 2）覆盖主流数据库几乎所有lncRNA和 mRNA，可同时检测lncRNA和mRNA， 并挖掘两者之间的关联； 3）随机引物扩增方式，可同时扩增带 Ploy-A和不带Poly-A的lncRNA，
lncRNA
circRNA
2
LncRNA 概述 ——lncRNA的发现
1980s-1990s: Individual lncRNAs are discovered through traditional gene mapping approaches, Xist and H19.
Early 2000s: Development of large scale cDNA sequencing leads to the discovery of a surprising number of lncRNA transcripts.
产品
lncRNA
SBC lncRNA V6 77,127
mRNA 18,854 (RefSeq)
Human
ClariomTM D (Affymetrix）
SBC lncRNA V6
32,973 58,953
18,818 20,146 (RefSeq)
Mouse
ClariomTM D （Affymetrix）
技术重复性高于99%；利用芯片碱基互补杂交的方式，能够对整体表达丰度较低的circRNA更灵敏、稳定地 进行检测;
• 超值：覆盖circRNA、lncRNA、mRNA。一份芯片数据同时提供三个层面的表达信息，circRNA和lncRNA
作Байду номын сангаас典型的内源竞争性RNA，此款芯片可以让您畅游ceRNA调控研究; 。挑战性样本（血清、血浆、外泌体） 同样适用;
深度解密lncRNA研究策略及注意事项
张晓娜 上海伯豪生物技术有限公司
共表达网络构建
高通量转录组检测对象
RNA transcripts
Protein-coding RNA(mRNA)
Non-coding RNA(非编码RNA)
Regulatory RNAs
Housekeeping RNAs
microRNA
SBC lncRNA V6
~40,000 23,259
~20,000 16,623 (RefSeq)
Rat
ClariomTM D
~25,000
（Affymetrix）
~20,000
SBC human ceRNA 芯片v1
技术优势：
• 稳定：芯片采用Agilent eArray平台设计，使用Agilent SurePrint技术合成，探针长60mer，检出率高，
国自然资助lncRNA项目数量逐年上升
• 高通量：包含88,371条circRNA，68,423条lncRNA、18,853条mRNA，让您的筛选范围更广； • 特异性高：环状RNA -特异的反向剪接位点探针设计，保证每个探针检测的特异性，避免与母基因之间的
冗余影响。基于circbase数据库信息;
lncRNA同时在细胞核和细胞质内发挥功能 http://www.rikenresearch.riken.jp/eng/frontline/5920
lncRNA的功能
Magdalena Losko, Jerzy Kotlinowski, and Jolanta Jura, 2016, Mediators of Inflammation
LncRNA基本特点
• > 200nt • have little or no open reading
frame (ORF) • Polyadenylated are not necessary
(more than 40% of transcripts are non-polyadenylated) • Generally lower expressed than protein-coding genes • more tissue-specific expression patterns, with a large fraction of tissue-specific lncRNAs expressed in the brain. • general long ncRNAs lack strong conservation
训练集 验证集 生存分析 ROC曲线
沉默/过表达---功能实验 RIP-seq， pull down ChIP-seq
上海伯豪lncRNA芯片服务（Agilent 平台）
上海伯豪针对广大客户的需求，开发出 全新的SBC-lncRNA芯片，并利用 Agilent公司专利的SurePrint技术制 造。为您提供完善的基因芯片技术服务， 并完成数据分析，提供完整的实验报告。
上海伯豪lncRNA相关芯片服务
SBC V6版LncRNA芯片，探针合成基于Agilent SurePrint技术，收录的lncRNA涵盖 几大主流数据库（NCBI, UCSC, Ensembl，Gencode，Lncipedia，Noncode）， 助力您的科研工作！
ClariomTM D是昂飞公司最新开发的芯片，为您提供支持所有转录本异构体的全转录组 分析。同时，针对超过540,000个转录本的探针设计，还可帮助您对非编码RNA进行 分析。
lncRNA的类别
Knauss and Sun, Neuroscience 2013
lncRNA研究策略
组织，细胞，外周血
lncRNA芯片
RNA-seq
难点
候选lncRNA
差异倍数大的 表达量高的 靶基因功能相关的 共表达网络中的hub 结合TF靶基因数据 结合不同分类
生物标志物
机制研究
技术特点： 1）芯片采用Agilent eArray平台设计，使 用Agilent SurePrint技术合成，探针长 60mer，检出率高，技术重复性高于99%； 2）覆盖主流数据库几乎所有lncRNA和 mRNA，可同时检测lncRNA和mRNA， 并挖掘两者之间的关联； 3）随机引物扩增方式，可同时扩增带 Ploy-A和不带Poly-A的lncRNA，
lncRNA
circRNA
2
LncRNA 概述 ——lncRNA的发现
1980s-1990s: Individual lncRNAs are discovered through traditional gene mapping approaches, Xist and H19.
Early 2000s: Development of large scale cDNA sequencing leads to the discovery of a surprising number of lncRNA transcripts.
产品
lncRNA
SBC lncRNA V6 77,127
mRNA 18,854 (RefSeq)
Human
ClariomTM D (Affymetrix）
SBC lncRNA V6
32,973 58,953
18,818 20,146 (RefSeq)
Mouse
ClariomTM D （Affymetrix）
技术重复性高于99%；利用芯片碱基互补杂交的方式，能够对整体表达丰度较低的circRNA更灵敏、稳定地 进行检测;
• 超值：覆盖circRNA、lncRNA、mRNA。一份芯片数据同时提供三个层面的表达信息，circRNA和lncRNA
作Байду номын сангаас典型的内源竞争性RNA，此款芯片可以让您畅游ceRNA调控研究; 。挑战性样本（血清、血浆、外泌体） 同样适用;
深度解密lncRNA研究策略及注意事项
张晓娜 上海伯豪生物技术有限公司
共表达网络构建
高通量转录组检测对象
RNA transcripts
Protein-coding RNA(mRNA)
Non-coding RNA(非编码RNA)
Regulatory RNAs
Housekeeping RNAs
microRNA
SBC lncRNA V6
~40,000 23,259
~20,000 16,623 (RefSeq)
Rat
ClariomTM D
~25,000
（Affymetrix）
~20,000
SBC human ceRNA 芯片v1
技术优势：
• 稳定：芯片采用Agilent eArray平台设计，使用Agilent SurePrint技术合成，探针长60mer，检出率高，