NCBI数据库的使用与功能介绍

获取FASTA序列
Find domain
填入蛋白质的FASTA序列并提交
BIR domain
具有保守的功能结构域BIR
NCBI分子生物学数据库 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
美国国立医学图书馆 (NLM)于1988年11月4日 建立国家生物技术信息中 心(National Center of Biotechnology Information ，简称NCBI)
National Center of Biotechnology Information
1、这是哪个基因？ 2、编码的蛋白质 序列是怎么样的? 3、有没有保守的功能结构域？ 4、它的功能是怎样的？ 5、有没有三级结构？
• BLAST可以对核酸和蛋白的多种数据库操作。有几种 比较方法可选择： • Blastp：一个氨基酸序列与一个蛋白数据库比较 • Blastn：一个核酸序列与一个核酸数据库比较。 • Blastx：一个核酸的所有读框与一个蛋白数据库比较， 可以用来发现未知核酸可能的蛋白产物。 • Tblastn：一个蛋白序列与翻译成所有读框的核酸数据 库比较。 • Tblastx：一个核酸的六种读框与一个核酸据库的六种 读框比较，但由于计算太复杂在网页中不能应用。
NCBI首先创建GenBank数据库，在重点开发 GenBank的同时，又于1991年开发了Entrez 数据库检 索系统。该系统整合了GenBank、EMBL、PIR和 SWISS-PROT等数据库的序列信息以及MEDLINE有 关序列的文献信息，并通过相关链接，将他们有机地 结合在一起。
以IL6基因为例：
Gene info：17号染色体
功能注释：Gene Ontology
该基因定位于 人体第17条染 色体，基因表 示符为：NM001168.2 初步的功能分 析：细胞周期 ，caspase酶的 抑制因子等
获取蛋白质的序列信息
该蛋白质中包含142个氨基酸，序列标识符为：NP-001159.2
NCBI的任务： 建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知 识的存储和分析的自动系统 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的 结构和功能的基于计算机的信息处理的先进方 法的研究 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库 和软件的使用 全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力
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利用Map viewer 查找基因序列、mRNA序列、启动子Promoter
如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列
mRNA序列：
蛋白序列：
Hale Waihona Puke Baidu
已知一基因序列：
CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCA AGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATG GCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTT GGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAG ATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTT TCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTT TGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACC AACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCG TGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC
如何查找基因序列、mRNA、Promoter 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列
利用Map viewer 查找基因序列、mRNA序列、启动子 Promoter Map viewer是NCBI网站上提供的一个非常 有用的寻找基因的工具，通过Map viewer你可 以了解你感兴趣基因在基因组中所处的位置、 基因序列、内含子及外显子的排列、基因的细 胞遗传学图、EST、SNP等等许多有用的信息。