分子标记技术及其应用
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分子标记技术及其应用
1.2 基于PCR技术的分子标记
随机扩增片段长度多态性DNA，简称RAPD 技术
–是由Williams和Welsh（1990）同时发展起 来的一项遗传标记技术。RAPD一般采用10个 核苷酸的DNA序列为引物，扩增时退火温度 降至35℃左右。
分子标记技术及其应用
Байду номын сангаас RAPD标记
分子标记技术及其应用
–序列特异性扩增区（Sequencecharacterized Amplified Region，SCAR） 和位点特异相关引物（Allele－Specific Associated Primers，ASAP）
分子标记技术及其应用
CAP 标记
SBE1片段
Left primer
Indica (1) CGGCATATGCTATTTTCTTTGCATCTTTTAACTCTTTATGGTTCTCTCAT Japonica (1) CGGCATATGCTATTTTCTTTGCATCTTTTAACTCTTTATGGTTCTCTCAT Indica (51) TACTTGTTTTGTAGGCTATTTGAAGTTTGGGATTAATACAGTTGATGGTG Japonica (51) TACTAGTTTTGTAGGCTATTTGAAGTTTGGGATTAATACAGTTGATGGTG Indica (101) CCACAATATATCGTGAATGGGCGCCTGCTGCACAGTAAGTTCTAATGTAG Japonica (101) CCACAATATATCGTGAATGGGCGCCTGCTGCACAGTAAGTTCTAATGTAG Indica (151) TCATCCAGCTATTCGCTAATGTTTATGTGTTGTAGGAAATATGGATCACT Japonica (151) TCATCCAGCTATTCGCTAATGTTTATGTGTTGTAGGAAATATGGATCACT
RFLP Based on the mutations
分子标记技术及其应用
RFLP
分子标记技术及其应用
分子标记技术及其应用
1.1 基于Southern杂交的分子标记
小卫星DNA又称数目可变串联重复序列 （Variable Number of Tandem Repeat， VNTR）是一种重复DNA小序列，为10几百核苷酸，拷贝数10-10000不等。
基于Southern杂交的分子标记 基于PCR技术的分子标记
分子标记技术及其应用
1.1 基于Southern杂交的分子标记 限制性片段长度多态性 （Restriction Fragment Length Polymorphism） 小卫星DNA（Minisatellite DNA）
分子标记技术及其应用
直接以DNA形式出现，生物体的各个组织、 各发育时期均可检测到，不受季节、环境 的限制，不存在表达与否的问题； 数量极多，遍及整个基因组； 多态性高，利用大量引物、探针可完成覆 盖基因组的分析； 表现为中性，即不影响目标性状的表达， 与不良性状无必然的连锁； 许多标记为共显性。
分子标记技术及其应用
1. 几种常用的分子标记技术
1.2 基于PCR技术的分子标记
特异性扩增子多态性（Specific Amplificon Polymorphism，SAP） 或称序标位（Sequence Tagged Sites，STS）包括以下两种：
–酶切扩增多态性序列（Cleaved Amplified Polymorphic Sequence，CAP）
Right primer
分子标记技术及其应用
SBE1 CAPS marker derived from 3’-end was used to detect SBE1 gene in DH lines
分子标记技术及其应用
SCAR标记
分子标记技术及其应用
1.2 基于PCR技术的分子标记
简单重复序列（Simple Sequence Repeat， SSR）或称微卫星DNA（Microsatellite Repeat）、简单串联重复序列（Short Tandem Repeat Polymorphism，STRP）。 –在真核生物中，存在许多2-5bp简单重复序
随机扩增片段长度多态性DNA （Random Amplified Polymorphic DNA） 特异性扩增子多态性（Specific Amplificon Polymorphism，SAP） 简单重复序列（Simple Sequence Repeat， SSR） 扩增片段长度多态性（Amplified Fragment Length Polymorphism，AFLP）
– 缺点：多态性分布集中，合成探针困难，应 用并不广泛。
分子标记技术及其应用
Genetic fingerprinting
分子标记技术及其应用
分子标记技术及其应用
Parents and offspring have similar genetic fingerprints
分子标记技术及其应用
1.2 基于PCR技术的分子标记
1.2 基于PCR技术的分子标记 RAPD的优点：
–无种属特异性 –适合于自动化分析 –不需制备探针、杂交等程序，成本较低。 –DNA用量少，允许快速、简单地分离基因组
DNA。
分子标记技术及其应用
1.2 基于PCR技术的分子标记 RAPD缺点：
–是一种显性标记 –稳定性较差
分子标记技术及其应用
分子标记技术及其应用
分子标记技术及其应用
分子标记技术及其应用
遗传标记主要有四种类型:
形态标记（morphological marker） 细胞标记（cytological markers） 生化标记（Biochemical marker） 分子标记（molecular marker）
分子标记技术及其应用
分子标记的优越性：
1.1 基于Southern杂交的分子标记
限制性片段长度多态性， 简称RFLP – 优点：稳定，是一种共显性标记，可
区分纯合体与杂合体。 – 缺点：
分析所需DNA量较大， 步骤较多，周期长， 制备探针及检测中要用到放射性同位素
分子标记技术及其应用
Restriction fragment length polymorphism analysis
1.2 基于PCR技术的分子标记
随机扩增片段长度多态性DNA，简称RAPD 技术
–是由Williams和Welsh（1990）同时发展起 来的一项遗传标记技术。RAPD一般采用10个 核苷酸的DNA序列为引物，扩增时退火温度 降至35℃左右。
分子标记技术及其应用
Байду номын сангаас RAPD标记
分子标记技术及其应用
–序列特异性扩增区（Sequencecharacterized Amplified Region，SCAR） 和位点特异相关引物（Allele－Specific Associated Primers，ASAP）
分子标记技术及其应用
CAP 标记
SBE1片段
Left primer
Indica (1) CGGCATATGCTATTTTCTTTGCATCTTTTAACTCTTTATGGTTCTCTCAT Japonica (1) CGGCATATGCTATTTTCTTTGCATCTTTTAACTCTTTATGGTTCTCTCAT Indica (51) TACTTGTTTTGTAGGCTATTTGAAGTTTGGGATTAATACAGTTGATGGTG Japonica (51) TACTAGTTTTGTAGGCTATTTGAAGTTTGGGATTAATACAGTTGATGGTG Indica (101) CCACAATATATCGTGAATGGGCGCCTGCTGCACAGTAAGTTCTAATGTAG Japonica (101) CCACAATATATCGTGAATGGGCGCCTGCTGCACAGTAAGTTCTAATGTAG Indica (151) TCATCCAGCTATTCGCTAATGTTTATGTGTTGTAGGAAATATGGATCACT Japonica (151) TCATCCAGCTATTCGCTAATGTTTATGTGTTGTAGGAAATATGGATCACT
RFLP Based on the mutations
分子标记技术及其应用
RFLP
分子标记技术及其应用
分子标记技术及其应用
1.1 基于Southern杂交的分子标记
小卫星DNA又称数目可变串联重复序列 （Variable Number of Tandem Repeat， VNTR）是一种重复DNA小序列，为10几百核苷酸，拷贝数10-10000不等。
基于Southern杂交的分子标记 基于PCR技术的分子标记
分子标记技术及其应用
1.1 基于Southern杂交的分子标记 限制性片段长度多态性 （Restriction Fragment Length Polymorphism） 小卫星DNA（Minisatellite DNA）
分子标记技术及其应用
直接以DNA形式出现，生物体的各个组织、 各发育时期均可检测到，不受季节、环境 的限制，不存在表达与否的问题； 数量极多，遍及整个基因组； 多态性高，利用大量引物、探针可完成覆 盖基因组的分析； 表现为中性，即不影响目标性状的表达， 与不良性状无必然的连锁； 许多标记为共显性。
分子标记技术及其应用
1. 几种常用的分子标记技术
1.2 基于PCR技术的分子标记
特异性扩增子多态性（Specific Amplificon Polymorphism，SAP） 或称序标位（Sequence Tagged Sites，STS）包括以下两种：
–酶切扩增多态性序列（Cleaved Amplified Polymorphic Sequence，CAP）
Right primer
分子标记技术及其应用
SBE1 CAPS marker derived from 3’-end was used to detect SBE1 gene in DH lines
分子标记技术及其应用
SCAR标记
分子标记技术及其应用
1.2 基于PCR技术的分子标记
简单重复序列（Simple Sequence Repeat， SSR）或称微卫星DNA（Microsatellite Repeat）、简单串联重复序列（Short Tandem Repeat Polymorphism，STRP）。 –在真核生物中，存在许多2-5bp简单重复序
随机扩增片段长度多态性DNA （Random Amplified Polymorphic DNA） 特异性扩增子多态性（Specific Amplificon Polymorphism，SAP） 简单重复序列（Simple Sequence Repeat， SSR） 扩增片段长度多态性（Amplified Fragment Length Polymorphism，AFLP）
– 缺点：多态性分布集中，合成探针困难，应 用并不广泛。
分子标记技术及其应用
Genetic fingerprinting
分子标记技术及其应用
分子标记技术及其应用
Parents and offspring have similar genetic fingerprints
分子标记技术及其应用
1.2 基于PCR技术的分子标记
1.2 基于PCR技术的分子标记 RAPD的优点：
–无种属特异性 –适合于自动化分析 –不需制备探针、杂交等程序，成本较低。 –DNA用量少，允许快速、简单地分离基因组
DNA。
分子标记技术及其应用
1.2 基于PCR技术的分子标记 RAPD缺点：
–是一种显性标记 –稳定性较差
分子标记技术及其应用
分子标记技术及其应用
分子标记技术及其应用
分子标记技术及其应用
遗传标记主要有四种类型:
形态标记（morphological marker） 细胞标记（cytological markers） 生化标记（Biochemical marker） 分子标记（molecular marker）
分子标记技术及其应用
分子标记的优越性：
1.1 基于Southern杂交的分子标记
限制性片段长度多态性， 简称RFLP – 优点：稳定，是一种共显性标记，可
区分纯合体与杂合体。 – 缺点：
分析所需DNA量较大， 步骤较多，周期长， 制备探针及检测中要用到放射性同位素
分子标记技术及其应用
Restriction fragment length polymorphism analysis