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第三章 生物信息学数据库资源
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提纲:
模式生物测序 3大核酸数据库 蛋白质数据库
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提纲:
模式生物测序 3大核酸数据库 蛋白质数据库
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一、模式生物
Ureaplasma urealyticum
Bacillus subtilis
各内含子 5'端
AGGA或 CAAT盒
TSS
各个外显子 终止密码子
TATA盒
真核基因的一般结构
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编号 第一章 第二章 第三章 第四章 第五章 第六章 第七章 第八章 第九章
名称 生物信息学引论 生物信息学的生物学基础 生物信息学数据库资源 DNA和蛋白质序列分析 系统发生分析 基因表达数据分析 其他常用生物信息学工具 电子克隆的原理和应用 基本生物信息学工具的开发与应用
Curators
只有1.6微米长的、可以迅速繁殖的单细胞原核生物，
已经成为实验室和基因工程的重要工具。
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模式生物(Model Organism)
Saccharomyces cerevisiae 酿酒酵母
真菌界的单细胞真核生物，它的全基因组 已在1996年测定。
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模式生物(Model Organism)
mouse
Caenorhabitis
rat
elegans
Borrelia burgorferi
Plasmodium falciparum
Borrelia 生物信息A学q资u源ifex
burgorferi
aeolicus
Neisseria meningitidis Z2491
Mycobacteriu 11 m tuberculosis
严格的专性细胞内寄生； 对抗生素不敏感。
电子显微镜下的SARS冠状病毒
生物1信0息0n学m资源
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模式生物(Model Organism)
Escherichia coli 大肠杆菌
Escherichia coli K12
Escherichia coli O157:H7
大肠杆菌是研究得最为详尽的一个模式生物。这种
秀丽线虫Caenorhabditis elegans
一种透明的、生活在海滩泥沙中的小虫。
细胞数目一定：成虫细胞数目只有959个，其中包括302个神经元；
有6条染色体，全基因组生于物信1息9学9资8源年测定，长9.7Mb
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模式生物(Model Organism)
Drosophila melanogaster
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请画出示意图:
1. 中心法则 2. 真核生物基因的一般结构
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核酸
中心法则
复制
转录
DNA 逆转录
调控
RNA
蛋白质
复制
翻译
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加帽位点 5'm7GpppNp
翻译起始
植物C/GAANNATGG 动物A/GNNATGG
加poly(A)信号 植物 G/AATAA1-3 动物 AATAAA
果蝇
繁殖很快、容易诱发变异的小昆虫。 总长达1.8亿核苷酸。
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模式生物(Model Organism)
Arabidopsis thaliana
拟南芥
个体生活周期只有6周的十字花科
小草，是一种理想的模式植物。
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模式生物(Model Organism)
Oryza sativa
amphibians reptiles birds
mammals
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105
10生6 物信息1学0资7 源 108
109
1010 1011
模式生物(Model Organism) 病毒（Virus）
不具有细胞形态结构，仅由核酸和蛋白质构成； 如：人艾滋病毒HIV、SARS冠状病毒
体积小，10～300nm；
生物信息学 Bioinformatics
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复习:
第二章
生物信息学的生物学基础
细胞 蛋白质 核酸
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Questions:
1. 蛋白质二级结构有哪些？
2. 真核生物的启动子有什么作用？
3. TSS,外显子和内含子的概念。
4. 如何判断起始密码子和终止密码子？内
含子？
5. 基因表达调节有哪些？
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模式生物(Model Organism) 小鼠（Mus musculus）
基因组大小与人类相近，约30亿个核苷酸对；
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提纲:
模式生物测序 3大核酸数据库 蛋白质数据库
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主要的数据库资源
核酸序列数据库主要有GenBank, EMBL, DDBJ等.
水稻
单子叶植物模式植物，390-430MB
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模式生物(Model Organism)
非洲瓜蟾（Xenopus lavias）
1个受精卵在24小时内分裂到各种器官初具雏形的程度；
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模式生物(Model Organism)
斑马鱼（Danio rerio）
身体透明的小鱼，生活周期约3个月，是研究脊椎动物发育 过程的良好对象。
Drosophila melanogaster
Rickettsia prowazekii
Helicobacter pylori
Buchnerasp. APS
Escherichia coli
human
Arabidopsis
Thermotoga maritima
Thermoplasma acidophilum
模式生物基因组计划
模式生物基因组计划 酵母、线虫、果蝇、细菌、拟南芥等共约50多种已
完成，70余种正在进行。目前总量已达60亿碱基对！
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Genome sizes in nucleotide pairs (base-pairs)
plasmids viruses bacteria fungi plants algae insects mollusks bony fish
蛋白质序列数据库主要有SWISS-PROT, PIR, TrEMBL等，
蛋白结构数据库有PDB, MMDB等，
与基因组有关的数据库还有dbEST, OMIM等，
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3大核酸数据库
基因组数据库的相关背景。 主要的基因组数据库资源。 重点介绍GenBank
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Primary vs. Derivative Databases