Omnic软件使用方法初步

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2024版红外软件Omnic常用操作介绍

2024版红外软件Omnic常用操作介绍
Omnic软件发展历程
Omnic软件是由美国Thermo Fisher Scientific公司开发的一款专业红外光谱分 析软件,自1980年代推出以来,经过不断升级和改进,已成为红外光谱领域的 标准软件之一。
主要功能与应用领域
主要功能
Omnic软件提供了丰富的红外光谱处理和分析功能,包括数据导入、预处理、峰识 别、定量分析、谱图比较、库检索等。
软件发展趋势及未来展望
智能化发展
随着人工智能技术的不断进步,未 来OMNIC软件有望实现更智能化 的光谱解析和处理功能,提高分析
效率。
拓展应用领域
为了满足用户不断增长的需求, OMNIC软件将继续集成更多功能, 如与其他分析软件的联用、数据处
理自动化等。
多功能集成
在保持功能强大的同时,OMNIC 软件将更加注重用户体验的优化, 如界面设计、操作便捷性等方面。
选择合适的扫描模式
根据实验需求和样品特性,选择合适的扫 描模式,如透射、反射或ATR模式,以获 得最佳的实验结果。
定期维护仪器
定期对红外光谱仪进行维护和保养,可以 确保仪器的稳定性和准确性,提高实验效 率。
常见问题解决方案分享
基线漂移问题
基线漂移可能是由于光源不稳定 或检测器老化等原因引起的。解 决方法包括重新调整光源、更换 检测器或进行基线校正等。
模型建立方法与评估指标
线性回归模型
通过最小二乘法拟合定量校正曲线, 计算回归方程和相关系数。
非线性回归模型
对于非线性关系的数据,可采用指数、 对数等非线性回归模型进行拟合。
模型建立方法与评估指标
决定系数(R²)
01
反映模型拟合优度的指标,越接近1说明模型拟合效果越好。

omnic使用指导

omnic使用指导
I
样品单光束谱图
%透射率:T= I 0 x100%= 背景单光束谱图 x100%
I-红外光透过样品光强 I 0 -红外光透过背景光强
背景光谱包含仪器和光谱内部环境或制样附件的信息。 吸光度:A=-LogT=Log 1
T
关显示
• • 标题框:谱图标题颜色与谱图相同,可以直接修改谱图标题名。 信息按钮:纪录选中谱图的采集、处理和标注信息。可以在标题、注释 和自定义信息栏中进行编辑,并可将所有信息复制到剪贴板。 图标工具 —选择工具:选择项目;扩展(拉框放大)、缩小(按住Shift键) 谱图,窗口内(间)移动谱图,选择要删除的标注。 —区间工具:选择光谱区间或测量一个未校正区间的面积。 —光谱坐标工具:显示一个点的X值和Y值。 —峰高工具:测量峰的高度。 —峰面积工具:测量峰的面积。 —标注工具:添加注释,移动注释,删除注释 注:使用光谱坐标或峰高工具时按住Shift键可自动找到峰的顶端。 取景窗与缩放条:可改变光谱显示范围。 任务窗口:使用某些OMNIC 命令时,会显示一个专用窗口,通过此窗口 可以看到操作的过程,或在过程中与软件对话。
Omnic 软件使用指导
绪论
• Omnic 与系统
Omnic 是FT-IT光谱仪的一个高级软件包。用其可以方便地对光谱进行采集、 处理、 简单定量分析等操作。并可实时监测仪器操作,如果出现故障,给出提示并解 释如何排除。 版本:1.0-8.0 , EZ-Omnic(旧简化版) , Omnic lite (新简化版) Omnic 8.0 对计算机要求: Windows XP professional SP2 或Windows Vista Business 操作系统 Intel Core 2 Duo 处理器 2.2GHz; 2GB 内存 160 GB hard disc with 1GB free space CORW/DVD combo drive USB2.0 Port (not a hub) .parallel or USB 2,0printer Port. Omnic 操作界面的语言选择: Start\Control Panel\Regional and Language Option中 Regional Option 和 Advanced 选项,中文选择Chinese (PRC),英文选择English (United States)

红外omnic使用指导

红外omnic使用指导

• ‘频率标准化’:

用15798cm-1参考激光频率的光谱仪采集的光谱的数据点的位置称为标准位置。频率标准化
是将打开的光谱数据点的位置变为标准位置。

只有两个频率不等且其差值小于20cm-1时才使用。

可用于由CSV、JDX转化得到或色散型仪器采集的光谱的校正。

选项\显示:
• ‘标注小数点为数’:最多5位。
作系统

Intel Core 2 Duo 处理器 2.2GHz; 2GB 内存

160 GB hard disc with 1GB free space CORW/DVD combo
drive

USB2.0 Port (not a hub) .parallel or USB 2,0printer Port.
以方便地对光谱进行采集、处理、 简单定量分析等操作。并可实时监
测仪器操作,如果出现故障,给出提示(tíshì)并解释如何排除。

版本:1.0-8.0 , EZ-Omnic(旧简化版) , Omnic lite (新简化版)

Omnic 8.0 对计算机要求:

Windows XP professional SP2 或Windows Vista Business 操

放入光驱,自动安装。安装完成后,不要取出光盘。将光谱

仪USB通讯线插入计算机,并开启(kāiqǐ)光谱仪。计算机提
示发现新

硬件,选择由CD安装驱动程序。
• 卸载:1,将Program Disc‘Spectrometer Driver Disc’ 放入光驱,打开,

点击 ThermoMSIUninstall,选择需要卸载项。

Omnic 软件使用指南

Omnic 软件使用指南

Omnic 软件使用指南Omnic 软件使用指南1. 概述1.1 软件简介Omnic 软件是一款功能强大的数据分析和处理工具,广泛应用于科学研究和实验室工作。

本指南旨在介绍 Omnic 软件的基本功能和操作流程,以帮助用户更高效地使用该软件。

1.2 安装与启动在安装 Omnic 软件之前,请确保您的计算机符合以下最低要求:操作系统 Windows 7 或更高版本;2GB 内存;至少 2GB 的可用磁盘空间。

按照安装向导的提示,完成软件的安装。

安装完成后,双击桌面图标即可启动 Omnic 软件。

2. 用户界面2.1 主界面Omnic 软件的主界面由菜单栏、工具栏和数据窗口组成。

菜单栏包含了各种操作命令,工具栏提供了常用工具的快速访问方式,数据窗口用于显示和处理数据。

2.2 导入数据在 Omnic 软件中,您可以通过多种方式导入数据,包括打开现有文件、从仪器直接导入数据、复制粘贴数据等。

选择合适的导入方式,将数据导入到软件中进行后续处理。

3. 数据处理3.1 数据预处理在进行数据处理之前,通常需要对数据进行预处理,以确保数据的准确性和可靠性。

Omnic 软件提供了各种功能来进行数据预处理,例如数据去噪、数据平滑、基线校正等。

3.2 数据分析Omnic 软件内置了多种数据分析工具,可以帮助用户从数据中提取有用的信息。

例如,可以进行光谱拟合、峰识别、吸收峰面积计算等分析操作。

4. 数据可视化4.1 绘图功能Omnic 软件提供了强大的绘图功能,可以将处理后的数据以各种形式进行展示。

用户可以选择不同的图表类型、设置图表样式、添加标注等来优化数据的可视化效果。

4.2 图像导出在完成数据可视化后,您可以将图像导出为常见的图像格式(如 PNG、JPEG),方便与他人共享和保存。

5. 其他功能5.1 数据管理Omnic 软件具备完善的数据管理功能,可以帮助用户进行数据的组织、分类和检索。

您可以创建文件夹、给数据添加标签、进行搜索等。

omnic使用指导

omnic使用指导
2, 2, Start\Control Panel\Add or Remove Programs,选择卸载项。
• 启动:1,鼠标双击桌面上Omnic 快捷方式。
2,开始—所有程序—Thermo Scientific— OMNIC
3, c:\Program files\Omnic\omnic32
第三页,共二十五页。
第十三页,共二十五页。
采集:
采集(cǎijí)
‘扫描次数’:取多次扫描的平均值。优点:增加扫描次数(n)可以提高信号(Signal) 和 噪声(Noise)的比值—信噪比
(SNR).SNR
。缺点:增加扫次数会延长扫描时间。
如何选择:可先采16次,然后视信噪比情况增n 加。采集完成后可选择‘增加扫描次数’。背景扫描次
—区间工具:选择光谱区间或测量一个未校正区间的面积。 —光谱坐标工具:显示一个点的X值和Y值。 —峰高工具:测量峰的高度。 —峰面积工具:测量峰的面积。 —标注工具:添加注释,移动注释,删除注释
注:使用光谱坐标或峰高工具时按住Shift键可自动找到峰的顶端。 • 取景窗与缩放条:可改变光谱显示范围。
• 任务窗口:使用某些OMNIC 命令时,会显示一个专用窗口,通过此窗口可以看到操作的过 程,或在过程中与软件对话。
第八页,共二十五页。
文件(wénjiàn)
• 打开:文件类型: .SPA-spectra缩写,Omnic默认类
型;.SPG-光谱组;.CSV-文本文件;.0??-PeakSolve文 件。.JDX-可包含多张光谱存于一个文件中的文本文件。
• 另存为:可将文件设成‘只读’ ;可以设谱图标题名为 文件名。
• 保存(bǎocún)谱图组:将多张谱图保存(bǎocún)到一个谱图 文件中。

Omnic软件使用方法初步

Omnic软件使用方法初步

Omnic软件使用指南1.Omnic与系统Omnic是Nicolet公司的在PC机使用最广泛的窗口软件平台上运行的红外软件,从开始在Windows3.1上运行的版本的1.0到目前的6.1a,现行的的操作系统 Windows98/Me/NT/2000/XP都支持。

EZ-Omnic是简化的软件,一方面价格比较低,同时更加简明,容易掌握,虽然功能比较简单,仍可以满足先当部分用户的需求。

使用的仪器通讯接口有:LTP(并行口)或PCI卡,部分早一些的仪器使用ISA卡。

2.文件结构Omnic 6.0以上版本的缺省的文件分别存在于三个目录中:C:\My Documents\Omnic,在其子目录中分门别类地存放数据与参数等文件,如Spectra存光谱,Param中存设置参数,Quan t存定量方法; C:\Program Files\Omnic,存有驱动与程序文件等,系统的卸载命令在它的子目录Uninstall中;C:\MyDocument\Omnic\Lib,存放谱库,包括购买和自建的谱库。

软件安装的应用程序除了Omnic外还有Bench Diagnostics,这是一个在系统发生故障时进行判断的重要命令,能够检查从接口卡到仪器的各个重要部件。

它们与PDF文件一起置于Thermo Nicolet程序组中,3.启动Omnic软件使用下列方法之一启动Omnic 红外软件系统:1.在Windows98等的桌面上双击(或者)2.从Srart→Program→Thermo Nicolet→Omnic(或者从Srart→Program→Omnic5.0→ ) 3.其他,如Win98中的快捷方式启动。

4.Omnic显示面板:1.Omnic是一种与窗口软件充分兼容的软件,可以显示一个或多个显示窗口,当显示多个窗口时可以选择平铺(Tile)或层叠(Cascade)方式,但其中只有一个是活动窗口(被选中的)。

光谱图可以在窗口间拖动、复制与粘贴,而且可以把复制的光谱图直接粘贴到其他应用程序的文本文件中,为发表文章或书写报告带来方便。

Omnic软件使用指南

Omnic软件使用指南

Omnic软件使用指南1.Omnic与系统Omnic是Nicolet公司的在PC机使用最广泛的窗口软件平台上运行的红外软件,从开始在Windows3.1 上运行的版本的 1.0到目前的 6.1a,现行的的操作系统Windows98/Me/NT/2000/XP都支持。

EZ-Omnic是简化的软件,一方面价格比较低,同时更加简明,容易掌握,虽然功能比较简单,仍可以满足先当部分用户的需求。

使用的仪器通讯接口有:LTP(并行口)或PCI卡,部分早一些的仪器使用ISA卡。

2.文件结构Omnic 6.0以上版本的缺省的文件分别存在于三个目录中:C:\My Documents\Omnic,在其子目录中分门别类地存放数据与参数等文件,如Spectra存光谱,Param中存设置参数,Quant 存定量方法;C:\Program Files\Omnic,存有驱动与程序文件等,系统的卸载命令在它的子目录Uninstall中;C:\MyDocument\Omnic\Lib,存放谱库,包括购买和自建的谱库。

软件安装的应用程序除了Omnic外还有Bench Diagnostics,这是一个在系统发生故障时进行判断的重要命令,能够检查从接口卡到仪器的各个重要部件。

它们与PDF文件一起置于Thermo Nicolet程序组中,3.启动Omnic软件使用下列方法之一启动Omnic 红外软件系统:1.在Windows98等的桌面上双击(或者)2.从Srart→Program→Thermo Nicolet→Omnic(或者从Srart→Program→Omnic5.0→) 3.其他,如Win98中的快捷方式启动。

4.Omnic显示面板:1.Omnic是一种与窗口软件充分兼容的软件,可以显示一个或多个显示窗口,当显示多个窗口时可以选择平铺(Tile)或层迭(Cascade)方式,但其中只有一个是活动窗口(被选中的)。

光谱图可以在窗口间拖动、复制与粘贴,而且可以把复制的光谱图直接粘贴到其他应用程序的文本文件中,为发表文章或书写报告带来方便。

OMNIC软件基础操作

OMNIC软件基础操作
软件界面基础操作
打开一个或多个光谱文件
1. 使用“文件”菜单中“打开”项;
2. 直接用鼠标将文件拖入到光 谱窗口;
3. 从“文件”菜单选择文件; 在OMNIC“文件”菜单底部有一 列最近打开过的光谱数据文件, 通过点击此处,也可 以打开相 关文件。
2
打开、保存、删除、拷贝、剪切、粘贴
3
打开、保存、删除、拷贝、剪切、粘贴
11
控制板(palette)
控制板内一共有六种工具,它们分别是选择工具、区间工具、 光谱坐标工具、峰高工具、峰面积工具和标记工具。 首先,使用选择工具选择 一个需要放大的矩形区域; 选择工具
选择一条或者多条光谱,放大和缩小光谱, 上下平移光谱,将谱图拖动至另一光谱窗口, 使分层显示的图谱移至另一窗格,选择需要 删除的标注
16
点击标注 按钮。
继续标注 下一个峰
控制板(palette)
控制板内一共有六种工具,它们分别是选择工具、区间工具、 光谱坐标工具、峰高工具、峰面积工具和标记工具。
峰面积工具
使用峰面积工具可以 测量并标注振动峰的 校正峰面积。从振动 峰底端基线处开始计 算测量的峰面积为校 正面积。 选择峰面积工具, 设置左右指针(拖 动小黑旗)及基线 点位置。
13
控制板(palette)
控制板内一共有六种工具,它们分别是选择工具、区间工具、 光谱坐标工具、峰高工具、峰面积工具和标记工具。
区间工具
有些光谱操作只针对光谱中某段区域,而不 是一整条光谱。比如,使用“生成空白”能 够删除某段光谱区域中不需要的一些振动峰。 在执行这些光谱操作前,就需要使用区间工 具。另外,使用区间工具还可以测量没有经 过基线校正的振动峰面积(绝对峰面积)。 从零拉曼强度处计算测量的峰面积为绝对面 积。 选择区间工具, 点击标注 按钮 并选择光谱区域 (拖动小黑旗)

Omnic软件使用指南

Omnic软件使用指南

Omnic软件使用指南1.Omnic与系统Omnic是Nicolet公司的在PC机使用最广泛的窗口软件平台上运行的红外软件,从开始在Windows3.1 上运行的版本的 1.0到目前的 6.1a,现行的的操作系统Windows98/Me/NT/2000/XP都支持。

EZ-Omnic是简化的软件,一方面价格比较低,同时更加简明,容易掌握,虽然功能比较简单,仍可以满足先当部分用户的需求。

使用的仪器通讯接口有:LTP(并行口)或PCI卡,部分早一些的仪器使用ISA卡。

2.文件结构Omnic 6.0以上版本的缺省的文件分别存在于三个目录中:C:\My Documents\Omnic,在其子目录中分门别类地存放数据与参数等文件,如Spectra存光谱,Param中存设置参数,Quant 存定量方法;C:\Program Files\Omnic,存有驱动与程序文件等,系统的卸载命令在它的子目录Uninstall中;C:\MyDocument\Omnic\Lib,存放谱库,包括购买和自建的谱库。

软件安装的应用程序除了Omnic外还有Bench Diagnostics,这是一个在系统发生故障时进行判断的重要命令,能够检查从接口卡到仪器的各个重要部件。

它们与PDF文件一起置于Thermo Nicolet程序组中,3.启动Omnic软件使用下列方法之一启动Omnic 红外软件系统:1.在Windows98等的桌面上双击(或者)2.从Srart→Program→Thermo Nicolet→Omnic(或者从Srart→Program→Omnic5.0→) 3.其他,如Win98中的快捷方式启动。

4.Omnic显示面板:1.Omnic是一种与窗口软件充分兼容的软件,可以显示一个或多个显示窗口,当显示多个窗口时可以选择平铺(Tile)或层迭(Cascade)方式,但其中只有一个是活动窗口(被选中的)。

光谱图可以在窗口间拖动、复制与粘贴,而且可以把复制的光谱图直接粘贴到其他应用程序的文本文件中,为发表文章或书写报告带来方便。

omnic使用指导

omnic使用指导

采集
• 实验设置:设定采集参数、如何检查采集光谱质量的参数、检索设置参数、 执行光谱仪诊断检查和准值光谱仪。生成实验(参数)文件。
打开参数文件:在‘参数文件’下来菜单中选择,或者在‘实验设置’中打开。安装智能附 件时,软件自动选择相应的参数文件。
恢复默认设置:将C:\My Documents\Omnic\PARAM\FACTOR拷贝要恢复的参数文件覆盖 C:\My Documents\Omnic\PARAM中同名文件
到窗口时,依次使用右边八种谱图颜色。第九张又开始使用第一种颜色。
编辑
选项\打印: ‘轴线粗细’:1-6;‘刻度粗细’:1-6; ‘谱线粗细’:1-10。(细-粗) ‘颜色用不同线性表示’:用相同粗细的不同条文(如虚线)代表不同颜色的谱图(尤其
用于黑白打印机) 选项\采集: ‘光阑过大影响分辨率时提示’:增加光阑孔径会降低分辨率。 ‘光学台和智能附件状态监测’: 监测光学台状态。安装智能附件时出现相关信息。 ‘设定智能吹扫’:放入、取出样品时,增加吹扫气流速。最大250秒。 选项\处理: ‘自动关闭任务窗口’:操作结果放入光谱窗口后自动关闭任务窗口。 ‘标峰’:’谱图分析‘标峰时,选择剪贴板拷贝出的峰表按峰位排序,还是强度排序。 ‘自动基线校准’:选择‘谱图处理’-自动基线校准时用得多项式级数和反复次数。 ‘Y-轴检查’:数据处理时检查Y-轴数据格式。 ‘设定水和二氧化碳参考谱图’:参考谱图至少采集64次,并尽量使用与样品谱图相同分 辨率。 ‘设定环境空气制动抑制参考谱图’:采集时:分辨率为0.5或1,格式为干涉图。 选项\窗口: 用于新光谱窗口的默认设定。已有窗口的设定在显示菜单中的‘显示参数设定’中。
Kramers-Kronig(K-K): 采用镜面反射(SR)技术时,入射角小于30°测得的谱图像透射谱的一 阶导数图,K-K可将其转化成通常的透射光谱图。从而进行定量、定性分析和谱库检索。

omnic使用指导

omnic使用指导

采集
‘ 校正’:
Kramers-Kronig(K-K): 采用镜面反射(SR)技术时,入射角小于30°测得的谱图像透射谱的一 阶导数图,K-K可将其转化成通常的透射光谱图。从而进行定量、定性分析和谱库检索。 ATR: 使用衰减全反射(ATR)技术时,红外光的穿透深度是波长的函数:长波比短波穿透深度 更大,结果,低频处的谱峰比高频处的谱峰强的多。ATR校正可改变因此造成的谱图失真。 H2O/CO2/ H2O和CO2校正:由于样品和背景分开采集, H2O和CO2在两张谱图中的不同使已扣 除背景的样品谱图中仍有较小的正(负)H2O(3800和1600cm-1)或CO2(2350和668cm-1)的 特征峰。此校正可得到样品谱图与H2O或CO2的标准的差谱,消除其影响。除非环境湿度太 高,不建议使用此校正。通常建议使用‘自动大气背景扣除’修正。标准参考谱图在‘编 辑’菜单—选项-处理中指定。 ‘自动大气背景扣除’:用定量的方法去除环境(主要是水和二氧化碳)的影响。不足是对 谱图引入了人工修饰。若采集背景和样品时,环境条件变化不大,不建议使用。标准参考 谱图在‘编辑’菜单—选项—处理—’环境空气干扰自动抑制’中指定。
−∞ −∞

+∞
+∞
关于显示
• • • • 窗口: 可显示多个窗口,只有一个是活动窗口。谱图可以在不同窗口复制、 粘贴。也可从窗口粘贴到其他应用程序(如Word,Excel等)。 状态监控:√绿勾—诊断测试通过;◎ 黄圈—冷却的检测器变热; √绿勾— X红叉-仪器故障或者仪器与计算机通讯失败。 谱图: 一个窗口可以显示多张谱图。被选中谱图的缺省颜色为红色。可以按 Ctrl键或者Shift键进行多选。 坐标轴: X-轴:通常用波数(cm-1)表示,也可以用波长表示。 Y-轴:采用透射法测定样品时,使用%透射率或者吸光度。根据 不同样品测定方法和需要:还可以选择单光束,干涉图,KubelkaMunk, 光 声光谱, %反射率或者Log(1/R)。 单光束光谱:由干涉图经傅立叶变换得到。表示红外能量对频率的强度。

OMNIC教程

OMNIC教程

1.全选所有数据,复制至excel中:
2.点数据----分列----固定宽度----下一步-----
然后在图中的位置处画一条分割线,再点下一步;然后点完成就可以了。

得到下面的格式后,点另存为,选.csv的格式,后面全点是。

3.打开OMNIC,点左上角的文件---打开,到下面的界面后选CSV格式,然后就可以打开之前保存的那个csv格式的文件。

把Y的单位根据自己测定的数据改下就可以,直接确定就可以。

然后点数据处理----自动基线校正得下图:
把原曲线删除即可得到校正后的结果,然后可以在数据处理把所标直接转换成透过率。

Omnic使用指导PPT课件

Omnic使用指导PPT课件
‘Y-轴检查’:数据处理时检查Y-轴数据格式。
‘设定水和二氧化碳参考谱图’:参考谱图至少采集64次,并尽量使用与样品谱图相同分 辨率。
‘设定环境空气制动抑制参考谱图’:采集时:分辨率为0.5或1,格式为干涉图。 选项\窗口: 用于新光谱窗口的默认设定。已有窗口的设定在显示菜单中的‘显示参数设定’中。
2021/3/7
CHENLI
12
采集
• 实验设置:设定采集参数、如何检查采集光谱质量的参数、检索设置参数、 执行光谱仪诊断检查和准值光谱仪。生成实验(参数)文件。
打开参数文件:在‘参数文件’下来菜单中选择,或者在‘实验设置’中打开。安装智能附 件时,软件自动选择相应的参数文件。
恢复默认设置:将C:\My Documents\Omnic\PARAM\FACTOR拷贝要恢复的参数文件覆盖 C:\My Documents\Omnic\PARAM中同名文件
—区间工具:选择光谱区间或测量一个未校正区间的面积。 —光谱坐标工具:显示一个点的X值和Y值。 —峰高工具:测量峰的高度。 —峰面积工具:测量峰的面积。 —标注工具:添加注释,移动注释,删除注释 注:使用光谱坐标或峰高工具时按住Shift键可自动找到峰的顶端。 • 取景窗与缩放条:可改变光谱显示范围。 • 任务窗口:使用某些OMNIC 命令时,会显示一个专用窗口,通过此窗口 可以看到操作的过程,或在过程中与软件对话。
Omnic 软件使用指导
2009-4-10
2021/3/7
CHENLI
1
• Omnic 与系统
绪论
Omnic 是FT-IT光谱仪的一个高级软件包。用其可以方便地对光谱进行采集、 处理、 简单定量分析等操作。并可实时监测仪器操作,如果出现故障,给出提示并解 释如何排除。

omnic处理蛋白二级结构

omnic处理蛋白二级结构

omnic处理蛋白二级结构
omnic是一款能够处理蛋白质二级结构的软件。

它可以通过分析蛋白质的氨基酸序列,预测其二级结构,并提供详细的二级结构信息,包括α-螺旋、β-折叠、无规则卷曲等。

omnic的使用方法如下:
1. 导入蛋白质序列:将蛋白质的氨基酸序列输入omnic中。

2. 预测二级结构:omnic会根据输入的序列,使用相应的算法预测蛋白质的二级结构。

3. 分析结果:omnic会输出蛋白质的二级结构信息,包括各种二级结构的比例、分布等。

通过omnic处理蛋白质二级结构,可以帮助研究人员更好地理解蛋白质的结构和功能,为进一步的蛋白质研究提供基础。

omnic使用指导

omnic使用指导
存在一个配置文件中。
第十页,共二十五页。
编辑(biānjí)
• 选项\文件: ‘使用选择文件类型’: 打开、保存文件时只能使用指定的文件类型。 ‘打开谱图到新窗口’: 如果关闭此选项,打开谱图到放入当前活动窗口。
‘覆盖文件前提示’: 覆盖同名光谱文件或者配置文件前提示。
‘记录存为RTF文件’: Log文件存为格式丰富(fēngfù)的文本文件,可以粘贴谱图。
• 中红外区频率范围:4000-400 cm -1,其中, 4000-1330 cm -1为基团频率区,与分子结构有对应关系。 1330 -400cm -1为指纹频率区。分子结构微小的变化会引起指纹频率的变化。
• 汽态H2O伸缩振-转光谱位于3950-3500 cm -1,变角振-转光谱位于2000-1300 cm -1, • CO2振-转吸收谱带的P支、Q支和R支分别位于2359 cm -1,2338 cm -1,669 cm -1 .
• 信息按钮:纪录选中谱图的采集、处理和标注信息。可以在标题、注释 和自定义信息栏中进行编辑,并可将所有信息复制到剪贴板。
• 图标工具 —选择工具:选择项目;扩展(kuòzhǎn)(拉框放大)、缩小(按住Shift键)
谱图,窗口内(间)移动谱图,选择要删除的标注。
—区间工具:选择光谱区间或测量一个未校正区间的面积。
‘谱线粗细’: 允许值1-10(细—粗)。
‘谱图颜色’: 设定光谱、标注、坐标标记、刻度和样品信息的颜色。光谱加到窗口时,依次使用右边 八种谱图颜色。第九张又开始使用第一种颜色。
第十一页,共二十五页。
编辑(biānjí)
选项\打印:
‘轴线粗细’:1-6;‘刻度粗细’:1-6; ‘谱线粗细’:1-10。(细-粗)

omnic使用指导

omnic使用指导
2, 2, Start\Control Panel\Add or Remove Programs,选择卸载项。
• 启动:1,鼠标双击桌面上Omnic 快捷方式。
2,开始—所有程序—Thermo Scientific— OMNIC
3, c:\Program files\Omnic\omnic32
第三页,共二十五页。
‘光阑过大影响分辨率时提示’:增加光阑孔径会降低分辨率。
‘光学台和智能附件状态监测’: 监测光学台状态。安装智能附件时出现相关信息。 ‘设定智能吹扫’:放入、取出样品时,增加吹扫气流速。最大250秒。
选项\处理:
‘自动关闭任务窗口’:操作结果放入光谱窗口后自动关闭任务窗口。
‘标峰’:’谱图分析‘标峰时,选择剪贴板拷贝出的峰表按峰位排序,还是强度排序。 ‘自动基线校准’:选择‘谱图处理’-自动基线校准时用得多项式级数和反复次数。 ‘Y-轴检查’:数据处理时检查Y-轴数据格式。
高分辨率光阑过大(<2cm-1)时可能引起光谱畸变。此时仪器会自动调节光阑大小。
‘最终格式’:
Kubelka-Munk(KM): KM能够减少或消除漫反射时与波长有关的镜面反射效应。采用漫反射技术时,由于光程长度
数可与样品不同。
‘分辨率’:指分开两条相邻谱线的能力。单位cm-1。分辨率与谱图数据点间隔成正比。优点:分辨率 越高(数值越小),光谱中的数据点靠得越近,从而可以区分越窄的谱带。缺点:提高分辨率,延长 扫描时间,降低信噪比。
如何选择:通常固体或者液体,用8cm-1或4cm-1分辨率。气体2cm-1或更高。样品与背景应使用相同 的分辨率。
• 另存为:可将文件设成‘只读’ ;可以设谱图标题名为 文件名。
• 保存(bǎocún)谱图组:将多张谱图保存(bǎocún)到一个谱图 文件中。
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Omnic软件使用指南1.Omnic与系统Omnic是Nicolet公司的在PC机使用最广泛的窗口软件平台上运行的红外软件,从开始在Windows3.1上运行的版本的1.0到目前的6.1a,现行的的操作系统 Windows98/Me/NT/2000/XP都支持。

EZ-Omnic是简化的软件,一方面价格比较低,同时更加简明,容易掌握,虽然功能比较简单,仍可以满足先当部分用户的需求。

使用的仪器通讯接口有:LTP(并行口)或PCI卡,部分早一些的仪器使用ISA卡。

2.文件结构Omnic 6.0以上版本的缺省的文件分别存在于三个目录中:C:\My Documents\Omnic,在其子目录中分门别类地存放数据与参数等文件,如Spectra存光谱,Param中存设置参数,Quan t存定量方法; C:\Program Files\Omnic,存有驱动与程序文件等,系统的卸载命令在它的子目录Uninstall中;C:\MyDocument\Omnic\Lib,存放谱库,包括购买和自建的谱库。

软件安装的应用程序除了Omnic外还有Bench Diagnostics,这是一个在系统发生故障时进行判断的重要命令,能够检查从接口卡到仪器的各个重要部件。

它们与PDF文件一起置于Thermo Nicolet程序组中,3.启动Omnic软件使用下列方法之一启动Omnic 红外软件系统:1.在Windows98等的桌面上双击(或者)2.从Srart→Program→Thermo Nicolet→Omnic(或者从Srart→Program→Omnic5.0→ ) 3.其他,如Win98中的快捷方式启动。

4.Omnic显示面板:1.Omnic是一种与窗口软件充分兼容的软件,可以显示一个或多个显示窗口,当显示多个窗口时可以选择平铺(Tile)或层叠(Cascade)方式,但其中只有一个是活动窗口(被选中的)。

光谱图可以在窗口间拖动、复制与粘贴,而且可以把复制的光谱图直接粘贴到其他应用程序的文本文件中,为发表文章或书写报告带来方便。

2.在每个显示窗口中,可以显示一个到多个光谱图,最后加入的光谱是自动被选中的,缺省颜色是红色。

有些对光谱进行进一步处理时需要或可以同时处理多个光谱。

需要有多个被选中的光谱时,通过按住Ctrl或Shift键操作鼠标来增减被选中光谱。

3.标题框在光谱窗口的上面,标题内容为人工输入,或根据使用的需要,通过“选项”中所设定的方式中适当选择自动生成。

4.按“信息按钮”或双击“标题框”中的标题,打开“选中”光谱的采集和数据处理记录的窗口,在其中的注释(Comment)等若干框中,可以输入文字信息,这些信息可以随同谱图一起打印,其它的记录为非编辑内容。

5.当显示多个光谱图时,按“标题框”右边的箭头,显示出所有谱图的标题表。

用鼠标击标题表(选中)后,用键盘上的箭头键可以改变被选中的光谱,同时可以编辑被选中的光谱的标题。

按住Ctrl或Shift对标题表或窗口中的光谱点击鼠标左键,可以增加或减少一个或多个被选中的光谱。

6.图标工具是用来定义鼠标功能的:选择,范围,坐标,峰高,峰面积,标注。

7.“取景窗”中显示有完整的光谱图(被选中的),并指明光谱在窗口中的显示范围。

通过鼠标及与的联合使用,可以改变光谱在窗格中光谱的水平方向显示区间,另外Omnic软件还有几种调整显示范围的方法。

8.快捷工具图标的使用使操作更为便捷。

5.数据采集设置从Collect下选Experiment Setup,就打开了它的窗口,从中选择与采集有关的条件和参数。

也可以调用现有的参数组文件(.exp)或保存调整选择好的条件。

1.Collect选项卡中可以选择:扫描次数 Number of Scans分辨率 Resolution光谱格式 Final Format,矫正 Correction,《对H2O, CO2的矫正见附一》文件管理 File Handling背景管理 Background Handling环境干扰补偿 Automatic Atmospheric Suppresion光谱预览Preview Data Collection,在采集光谱之前需要核实或调整样品时选用,这一功能对于显微及某些附件应用时非常有效。

2.Bench选项卡,从中可以检查红外干涉信号强度并包括:增益Gain,调整红外干涉信号强度,一般将Max调到2~8V速度 Velocity,取决于检测器和应用(速度及响应)光阑 Aperture,取决于光谱分辨率、光强的调整(也可以使用衰减屏)光谱范围 Spectral Range,可根据需要变更样品位置 Sample Compartment,对于红外的系统,在指定它后,一系列其它参数均可由软件自动配套完成设置。

3.Quality选项卡,通过适当设定需要检查的各个因素及其程度等,系统在采集过程中即时指示并记录相关因素的状态,用于保证光谱质量。

使用时注意,因素及其(量化)程度选择必须适当,否则软件不能提供正确的提示。

Use Spectral Quality Checks 决定是否使用此项功能。

4.Advanced选项卡中的参数选择中:Zero Filling 用以改善谱图曲线的连续性。

Apodization 变迹(切趾)函数,在分辨率与信躁比之间权衡。

其中Boxcar应用于高分辨率,Blackman-Harris应用于高信躁比,而Happ-Genzel最常用,它兼顾了信躁比和分辨率。

Sample Spacing 采样间隔,1自15798CM-1始,2自7899CM-1始,4从3949 CM-1始记录光谱数据。

Phase Correction 相位矫正。

Low (High) Pass Filter 低(高)通滤波器转折频率。

……5.Diagnostic选项卡:电源, 氦氖激光器, 红外光源, 电子部件, 分束片与检测器。

上面五个是诊断图标,被点击时显示出相应信息,但没有Bench Diagnostic中给出的充分,其中的“√”和“╳”分别指示正常和不正常。

a)当View reference detector 被选时,窗口中的红外干涉图就被参考检测器的干涉信号取代,其强度一般在1~2V以上。

此信号用于干涉图峰位控制、Nexus中的湿度检查和IR检测器的故障判断。

b)Align, 对干涉仪进行自动准直,将仪器调整并保持运行在最佳状态。

需人工调整干涉仪的系统,如G系列和大部分I mpact,没有此项功能。

c)Reset Bench, 光学台重置(复位)。

d)Verify Smart Accessory, 有E.S.P.功能的系统中,对智能附件进行确认(识别)。

e)Configure Bench, 光学台系统设置,输入光源、分束器、检测器和与计算机通讯的地址参数等。

对有E.S.P.功能的系统软件会自动设置,一般不需要人为调整,除非有特殊用户元件。

f)Check Desiccant, 干燥状态检查 (Nexus 系列) 。

根据结果,决定干燥剂需要更换与否。

在Omnic软件中(不含EZ),使用Match Spectrum Setting,按选定光谱图的实验条件设置有关数据采集的所有参数,确保光谱的可比性。

Spectral Quality Reference用来评价仪器状态。

6.背景与样品数据文件的采集根据上面的顺序,用Collect Background和Collect Sample的指令进行数据采集。

在背景管理Background Handling中选择前两项之一时,背景要按照所提示的顺序采集。

选择第三项时,后面输入的数值就是设定的背景有效使用分钟数,到时候软件会提示需要重新采集背景。

七.显示、打印与存盘1.选择光谱:采集好的光谱可以以重叠(Overlay)或分层(Stack)的方式显示到指定的窗格中。

最后加入或被点击的光谱图是红色,即“选中的”。

2.显示范围(坐标):其大小可以通过a) Display Limits输入数值,b) 拖动鼠标,c) 取景窗(X轴),d)View 菜单中 Full, Common, Match,Offset-Scale(Y轴),e) Roll/Zoom Window 工具等等来调整。

3.使用Find Peaks 或标峰位置,用“图标工具”进行峰高、峰面积测量与标注等等操作。

4.通过打开(Open)、剪切(Cut)、删除(Clear)、拷贝(Copy)、粘贴(Paste)、保存光谱图(Save, Save As)和保存光谱图组(Save Group)进行文件管理。

5.显示设置 (Display Setup):a) 显示项目,b)注释方式及项目,c) X轴格式,是否对低波数范围扩展或者以波长为单位,d)分层(Stack)显示光谱的个数,e) 所要显示有关采样信息的选项。

6.打印: a) 按照显示直接打印,b) 按照报告模板(Report Template)打印。

显示与打印的有关系统设置在Edit→Option中选择。

八.数据的分析处理1.转换:透过(Transmittance)与吸收(Absorbance)之间的转换。

Other Conversions 其它转换,包括漫反射、光声光谱、反射率的对数和X轴的波数/波长转换。

2.数据处理Reprocess再处理,须存有干涉图、单光束光谱图。

Baseline Correct/Automatic ~基线校正/自动基线校正:基线校正须对吸收图操作,自动基线校正对于基线不是简单倾斜的图的校正结果较差。

Other Corrections其它校正,包括:K-K、ATR.、H2O和CO2校正。

Blank/Straight Line使空白/直线生成Subtract 差谱Fourier Self-Deconvolution自去卷积,以改善峰重叠Smooth/Automatic ~平滑/自动平滑,以压缩噪声,但分辨率会有不同程度下降Change Data Spacing改变数据点的间隔,用以不同分辨率间的比较和处理Derivative导数光谱Spectral Math数学运算Multiply乘(某一系数)Add相加(两个光谱)Normalize Frequency频率标准化Normalize Scale Y坐标标准化3.Analyze 分析Find Peaks峰查找,点击鼠标设定阈值,灵敏度则与标峰多少有关。

Noise噪声水平测量Average平均值测量Statistical Spectra统计光谱,取得多个光谱的平均值与偏差Library Setup谱库设置,选择谱库路径/谱库,建立谱库组,选择检索类型、内容、定义光谱检索范围、结果保留及显示的个数。

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