链格孢属部分种的分类研究现状

链格孢属部分种的分类研究现状

谢红辉

【摘要】The 5.8SrDNA and ITS sequences of 41 species of Alternaria and 2 species of Stemphylium are analyzed, and the phylogenetic tree has been made. The analysis results indicated that the taxonomy among species of Alternaria is chaotic, the phylogenetic relationship of some species is very close to Stemphylium. The species those have great morphological differences can be distinguished according to sequence analysis, but sequence analysis can not distinguish the species those have little morlahological differences.%分析了41个链格孢属（Alternaria）种和2个匍

柄霉属（Stemphylium）种的5．8SrD—NA及ITS序列，并构建了系统发育树。对该系统发育树的分析表明，链格孢属种间分类比较混乱；某些种与匍柄霉属个别种的亲缘关系非常接近。链格孢属种间形态差异大的，可以根据序列分析加以区分，而形态差异小的则不能区分。

【期刊名称】《农业研究与应用》

【年(卷),期】2012(000)004

【总页数】6页(P28-33)

【关键词】链格孢属;匍柄霉属;系统发育树

【作者】谢红辉

【作者单位】广西壮族自治区亚热带作物研究所,南宁530001

【正文语种】中文

【中图分类】Q949.32

链格孢属（Alternaria）真菌是极为常见的一类分生孢子菌，全世界已描述的500个链格孢菌种级分类单位中，95%以上寄生在植物上，引起多种植物病害，给农

业生产和贮运中的农产品造成重大损失［1～4］。Howard （1983）发现有些链格孢可侵染人和动物，引起手、足等皮肤病及深部真菌病害［5］。Pribram （1930）曾多次从皮癣组织中分离到一种类似侵染链格孢（Alternaria infectoria Simmons）的真菌［6］。但是链格孢菌作为自然生态系统中的重要成员，其在生物防治中起着不容忽视的作用［7～9］。因此，链格孢的正确分类、

鉴定具有很重要的理论和实践意义，引起许多领域研究人员的广泛关注。

随着分子生物学的迅速发展和真菌分类学自身发展的客观需求，在真菌现代分类中引入了操作简便、特异性好且准确可靠的分子生物学技术鉴定方法，弥补了传统分类方法的不足，为真菌分类学研究开辟了前景［10］。本文从GenBank中收集了41个链格孢属种和2个匍柄霉属种的5.8SrDNA及ITS序列，并构建系统发育树，从分子水平上研究了这些种的分类地位。

1 研究对象

所选用的41个链格孢属种和2个匍柄霉属种如表1所示。

表1 用于5.8SrDNA及ITS序列分析的菌种序号种名 GenBank NO.（接受号）序号种名 GenBank NO.（接受号）1 A.astragali EF110523 23 A.smyrnii

AF229456 2 A.japonica FJ477839 24 A.dauci AY154701 3 A.ochroleuca

FJ426387 25 A.bokurai FJ467353 4 A.citri EF104220 26 A.leucanthemi

AF314586 5 pacta EU128529 27 A.helianthi AY154713 6 A.tenuis

EU520059 28 A.molesta FJ196308 7 A.gaisen EU520123 29 A.soliaridae

FJ196311 8 A.alternata HQ607959 30 A.novae-zelandiae EF443071 9

A.limoniasperae FJ266476 31 A.viburni FJ214876 10 A.porri DQ156345 32 A.arbusti FJ214857 11 A.azukiae EU520228 33 A.oregonensis FJ266478 12

A.palandui DQ323686 34 A.macrospora AY154689 13 A.sonchi JN383484

35 A.zinniae AY154696 14 A.cinerariae AY154700 36 A.cucumerina

GU983657 15 A.panax HQ203210 37 A.sesamicola AF314588 16

A.photistica FJ214900 38 A.carthami AF265212 17 A.thalictrigena

EU040211 39 A.allii DQ323705 18 A.carotiincultae EU136640 40 A.cichorii AM237286 19 A.radicina EU136660 41 A.jesenskae AM237084 20

A.radicina AF307014 42 ncipes GQ395367 21 A.cheiranthi AF229457 43 S.solani AF203450 22 A.selini AF229455

2 系统发育树的构建及分析

采用Neighbor-joining方法（NJ方法）对表1所列举的43个菌种构建

5.8S/ITS系统发育树（见图1），图中有“●”“◆”标注的为Stemphylium的2个种。由系统树可以看出，在0.02水平上，43个菌种被分为5组，即：束梗链

格孢（A.bokurai）和胡萝卜链格孢（A.dauci）分别为第Ⅰ、第Ⅱ组，A.cichorii

和A.jesenskae为第Ⅲ组；大孢链格孢（A.macrospora），百日菊链格孢

（A.zinniae），瓜链格孢（A.cucumerina），芝麻生链格孢（A.sesamicola），红花链格孢（A.carthami），A.allii为第Ⅳ组；茄匍柄霉（S.solani）、披针形匍柄霉（ncipes）和其余链格孢属种为第Ⅴ组。A.bokurai虽独立成组，但支持率在50%以下。A.dauci因与其他菌种的遗传距离较大，支持率达97%而独立成

一组。白花菊链格孢（A.leucanthemi）和向日葵链格孢（A.helianthi）等大孢子链格孢和小孢子链格孢梨黑斑链格孢（A.gaisen）、日本链格孢（A.japonica）、