mapmaker3.0软件中文说明书完整版

作者：章有知2014-06-08长春师范大学生命科学学院迄今为止最为实用的Mapmaker3.0软件中文说明书完整版我这里有完整的mapmaker3.0程序，包括mapm3pc1 and mapm3pc2.如有需要，请联系qq：154492025。

一.软件准备工作：在win xp的系统下，下载mapmaker3.0的压缩包，解压缩后有两个程序：mapm3pc1 and mapm3pc2。

将这两个程序放在C盘的根目录下，装在一个文件夹中，（win7的还没搞明白，反正这么解压缩后装了用不了。

）分别点mapm3pc1 and mapm3pc2进行安装。

安装完后，在那一堆图标里，会有一个和一个两个图标。

进行标记的连锁图谱分析和绘制，点第一个即可。

（有的电脑得点2到3次，）会出现如下界面。

二.数据准备工作这个网络上有讲的，《mapmaker3.0中文说明书》的最前边部分就是说这个的，不明白的上那里去看下。

我的补充：以文本格式保存的数据，在命名后，要进行一下改动，如你命名为，那么把名中的.txt去掉（必须是xx.raw格式）。

这时系统会提示点是就行了。

不去掉txt，mapmaker不会读取数据。

会显示：。

如果成功读取数据，则mapmaker会显示好，正式开始！第一步：启动mapmaker3.0假设我们的文件为sample.raw（和英文版中的数据时一样的）启动后，光标提示符前会有1>，代表你要输入的第一个命令的所在位置。

输入：1> prepare data sample.raw ,回车，会显示一些东西！自己操作吧！这个命令也可以用pd sample代替。

命令的作用是：读取数据源。

2> photo tutorial.out ，回车，会显示一些东西！自己操作吧！命令的作用是：将在mapmaker 中的操作都保存到tutorial.out的文件中。

这种文件不会覆盖以前的，如果你下次仍然用tutorial.out保存操作的话，它会把你新的和旧的操作都保存在一起。

第二步：两点连锁法寻找连锁群确定要将哪些标记进行连锁分析，然后按输入：sequence locus1 locus2 locus3 ...，也可用s locus1 locus2 locus3 ...,用数字表示的话，1 2 3 4 5....表示的是你的文本文件中依次从前到后的标记。

这个命令确定了当前要进行分析的序列是哪些标记，所以在以后其他的分析中，要对s重新定义。

如对sampled data中的全部12个基因座进行两点检测，则输入：3>sequence 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12（有时候，你的标记数远不止这些，那么请输入：s all），回车。

会显示一些东西！自己操作吧！然后进行分群，输入：4> group，回车。

显示：Linkage Groups at min LOD 3.00, max Distance 50.0group1= 1 2 3 5 7-------group2= 4 6 8 9 10 11 12将我们的数据分成了两个连锁群，group1 and group2。

第三步：连锁群图谱排序对连锁群内标记或者基因座之间的可能顺序进行排序，找到最好的排列顺序。

命令：5> sequence {1 2 3 5 7}(大括号代表里边的标记不固定顺序，不加大括号则代表固定顺序，当然也可以用s {group1}命令)，回车后出现：sequence #2= {1 2 3 5 7}命令：6> compare,回车后出现：Best 20 orders:1: 1 3 2 5 7 Like: 0.002: 3 1 2 5 7 Like: -6.003: 5 7 2 3 1 Like: -20.204: 5 7 2 1 3 Like: -26.265: 2 5 7 3 1 Like: -27.256: 2 5 7 1 3 Like: -28.397: 2 3 1 5 7 Like: -28.858: 5 2 3 1 7 Like: -32.339: 2 1 3 5 7 Like: -34.1210: 5 7 1 3 2 Like: -35.5511: 5 2 1 3 7 Like: -37.6112: 1 3 5 2 7 Like: -37.7613: 3 1 5 2 7 Like: -39.0914: 5 7 3 1 2 Like: -40.3815: 1 3 5 7 2 Like: -40.8716: 3 1 5 7 2 Like: -41.5517: 5 2 7 3 1 Like: -43.6718: 5 2 7 1 3 Like: -44.7819: 5 1 3 2 7 Like: -47.6320: 2 5 3 1 7 Like: -52.28order1 is set（N个标记的话，会有N!/2 种可能的排列顺序，所以如果N大于6时，这个分析就比较费劲了）。

至此，我们知道：1 3 2 5 7 是最好的排列顺序。

第四步：显示遗传图谱这个里边用到的是map命令，它也会对每个排序的最大似然比进行计算，和compare命令中显示的一样，只不过compare中显示了最有可能的20个。

然后，将最大可能性的排列显示出来，并带有图距。

经过上边的操作后，我们知道1 3 2 5 7 是最好的排列顺序，所以只需将1 3 2 5 7 进行定义即可。

7> sequence 1 3 2 5 7sequence #3= 1 3 2 5 78> map=====================================================================Map:Markers Distance1 T175 4.2 cM3 C35 15.0 cM2 T93 11.9 cM5 C66 12.2 cM7 T50B ----------43.2 cM 5 markers log-likelihood= -424.94====================================================================另外，这里需要说明的是：在compare命令后，log-likelihood的值是0.00，而在这里则是-424.94，前者是两点算法产生的结果；后者是多点算法产生的结果。

以T50B为开始，C66与其相距12.2cM，T93与C66相距11.9cM，以此类推。

把这些数据输入到刘仁虎的map draw 中，可以得到如下所示的遗传图：稍微大点的连锁群的作图这种连锁图的处理方法是求其子集。

原则：（1）尽可能少的缺失数据；（2）不要很多空间上挨得很近的标记。

要查看一个连锁群中标记的一些数据信息，请输入：list loci命令。

要查看哪些标记离的比较近，请输入：lod table命令。

9> sequence 4 6 8 9 10 11 12 回车（命令行后都需要回车，以后就不再说了） sequence #4= 4 6 8 9 10 11 1210> list lociLinkageNum Name Genotypes Group4 T24 273 codom group26 T209 275 codom group28 T125 306 codom group29 T83 327 codom group210 T17 297 codom group211 C15 324 codom group212 T71 319 codom group211> lod tableBottom number is LOD score, top number is centimorgan distance:4 6 8 9 10 116 63.13.338 16.8 56.039.06 4.339 56.3 17.8 54.86.77 36.707.6810 106.3 27.7 - 43.30.89 22.51 15.0811 14.9 74.0 6.3 65.4 -43.78 2.20 80.87 5.7612 28.2 43.1 18.4 24.1 89.1 30.122.24 9.13 39.84 32.39 2.22 23.90（上边这个表得说明一下，蓝色字体的是LOD分数，红色的是厘摩距离，黑色的是标记代号），换成下边的样子，大家就清楚了：4 6 8 9 10 116 63.18 16.8 56.09 56.3 17.8 54.810 106.3 27.7 - 43.311 14.9 74.0 6.3 65.4 -12 28.2 43.1 18.4 24.1 89.1 30.1上边我们说了两个原则：（1）尽可能少的缺失数据；10> list loci 结束后得到的数据，4是273个，6是275个，其他的都比较多，所以从这里说的话，就不选4和6了。

（2）不要很多空间上挨得很近（一般不低于6.0就可以了）的标记；8,9,10,11,12之间最小的是6.3，也行了。

所以就选8,9,10,11,12作为子集了，总共5项，也不多！12> sequence {8 9 10 11 12}sequence #5= {8 9 10 11 12}13> compareBest 20 orders:1: 11 8 12 9 10 Like: 0.002: 10 11 8 12 9 Like: -14.573: 8 11 12 9 10 Like: -15.234: 10 9 11 8 12 Like: -27.205: 11 8 12 10 9 Like: -29.976: 10 8 11 12 9 Like: -30.147: 9 10 11 8 12 Like: -32.238: 8 11 10 9 12 Like: -39.809: 10 9 8 11 12 Like: -39.9110: 9 11 8 12 10 Like: -40.0511: 11 8 10 9 12 Like: -40.2512: 11 8 9 12 10 Like: -44.7313: 8 11 12 10 9 Like: -45.2114: 10 11 8 9 12 Like: -46.5715: 8 11 9 12 10 Like: -47.4616: 9 10 8 11 12 Like: -47.9417: 10 8 11 9 12 Like: -49.6118: 8 11 10 12 9 Like: -52.7119: 9 8 11 12 10 Like: -52.7420: 11 8 10 12 9 Like: -53.07order1 is set14> sequence order1sequence #6= order111 8 12 9 10是最佳的排列顺序。