序列的相似性查询
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局部比对工具BLAST的应用
插入空格可使序列间得以对齐，但是插入 太多空格又会影响序列比较质量，为此引 入空格罚分。 BLAST（Basic Local alignment Search Tool）是基本局部比对搜索工具的缩写。 BLAST比较结果是基于E值排列输出相关 的序列条目，E值越小（或越接近0）同源 性越高。
生物信息学
伦永志
大连大学医学院
目录
DNA测序技术 序列的获取 序列的相似性查询 多序列比对 蛋白质结构分析
局部比对工具BLAST的应用 基因组翻译区域的获得
局部比对工具BLAST的应用
wenku.baidu.com
局部比对工具BLAST的应用
相似性是在数量上描述两个序列相似程度， 而同源性是质的描述，当两个序列相似性 超过一定阈值时通常认为同源。两个序列 同源意味着具有共同的祖先。 序列比较是生物信息学基本技术之一，主 要包括两序列比较和多序列比较。 序列间优化比较时有四种形式：匹配、错 配、单独空格和延伸空格。
局部比对工具BLAST的应用
计算公式：
n：待检索序列长度 m：数据库所有序列长度 S：标准化后得分 R：原始得分
基因组翻译区域的获得
基因组编码区域的获得
BLAST比对结果：5213-31463（基因组翻译区域）