实习九 近交系数与亲缘系数的计算汇编
系谱

举例
• 画出箭头式系谱 (需计算1号的近交系数) • 找出双亲的共同祖先:22号 • 写出双亲间的通径链:
11 11 22 25 13 22
13
• 共同祖先的近交情况:22号为非近交个体 • 计算1号个体的近交系数:
写通径链的注意事项
• 所有通径链只能从一个亲本到另一亲本
• 所有通径链必须经过共同祖先
箭头式系谱
• 专供评定亲缘程度时使用的系谱格式 • 用箭头将个体间的关系相互连结 • 与亲缘程度评定无关的个体不必画出
畜群系谱
• 根据整个畜群的血统关系,按交叉排列的 方法编制 • 编制方法(略)
二、个体近交系数的计算
• 近交系数
– 个体的两个等位基因同源相同的概率 – 近交导致群体中杂合子频率减少的程度 – 形成个体的
• 实习六: • 实习十: (二)、(三)、(四) • 实习十一: (一)、(二)、(三)
449
120 49 6 103 8 105 10 5 8 103 8 155 105 10 Ⅰ(亲代) Ⅱ(祖代) Ⅲ(曾祖代)
横式系谱
• 按子代在左,亲代在右,公畜在上,母畜在下的格 式填写,用大括号括起来 • 应该标注出个体的主要生产性能及特点 • 例如:
结构式系谱
• 公畜用方块“□”表示,母畜用圆圈“○”表示 • 将出现次数最多的个体放在适中位置,以免线条过多交叉 • 将同一代的个体放在一个水平线上,在几个世代中重复出 现的个体放在最早出现的那一代位置 • 一头家畜在系谱只能占据一个位置,出现多少次即用多少 根线条来连接 • 无需注明生产性能
家畜育种学实习
实习三 系谱的编制与及亲缘程度评定 主要内容
一、系谱的编制
二、个体近交系数的计算 三、个体间亲缘系数的计算
第五章 近交系数与亲缘相关系数

□ ½ rpo 〇 □ rGO ½ □
〇 ½
〇 〇 ½ O
所以, rGO = 1 / 4 。 (3)全同胞相关 □ 〇
〇 〇 rFS
rFS = (1 / 2) 2 + (1 / 2) 2 = 1/ 4 + 1/ 4 = 1/ 2
(4)半同胞相关 〇
□ 〇 rHS 〇
〇
rHS = (1 / 2) 2 = 1 / 4
第一节 个体的近交系数
父母代与子代之间是明显的因果关系, 前面已经证明了一个亲本到子女的通径系数是 1/2。 一个近交个体的父母,可以看成是两个结果,而它们的共同祖先则可看成是共同原因。于是, 两个结果间的相关系数就等于连接两个结果的各个通径系数的乘积,父亲到共同祖先的代数 用 n1 表示,母亲到共同祖先的代数用 n2 表示,则两个结果之间通径系数的乘积为(½)n1+n2。 当有两个以上共同原因时,则父母之间的相关系数,等于连接两者的通径系数的乘积之和, 即
如果共同祖先也无近交系数时,上式便可简化为:
R xy = ∑ 1 2
n
如果 x 与 y 到共同祖先的代数分别为 n1 和 n2, 则以上各式中的 n 可写成 n1+n2, 即 n= n1+n2。 3、亲缘相关系数的算法举例。 例 1:计算右图中的 RSD,RXA,FX。 解:已知 S 为近交个体,故应先求 FS。
3 4
S
Fx = (1 / 2) 0+1+1 (1 + 0.1875) + (1 / 2)1+1+1 + (1 / 2) 2+ 2+1 + (1 / 2) 3+ 2+1 = (1 / 2) 2 × 1.1875 + (1 / 2) 3 + (1 / 2) 5 + (1 / 2) 6 = 0.296875 + 0.125 + 0.3125 + 0.015625 = 0.46875
实习二亲缘程度评定与近交系数计算

示例:现在289号公羊的横式系谱如下,可 先将其改制成箭头式系谱,然后计算135号和 181号间的亲缘系数。
从系谱可看出,135号和181号之间,有108号和16号 108 两个共同祖先,其通径路线为: 1 3 5 16 135←108→181 9 0 289 135←90→16→49→191
通径系数的定理(一)
性质一(独立原因)
dy.x1+dy.x2=1 Py.x1=ry.x1, Py.x2=ry.x2
如果原因不完全,则决定系数之和小于1
2016/3/3
4
通径系数的定理(二)
性质二(间接原因)
1. 2.
Py.X3 = Py.x1 Px1.x3, dy.x1 = dy.x3 + dy.x4
p(135)
(181)
1 2 ( ) 2
( ) 0.25 0.0625 0.3125 31.25%
1 4 2
(2)直系亲缘间的亲缘系数,计算公式为:
1 N 1 FA RxA ( ) 2 1F x
如果共同祖先A和个体X都不是近交所 生,则公式可简化成:
1 N RxA ( ) 2
2016/3/3 9
通径链的确定:
尽
实习二:亲缘程度评定与近 交系数计算
一、实习目的
掌握近交系数与亲缘系数的计算方法。
二、实习内容
1、近交系数的计算:
1 n1 n2 1 Fx ( ) ·(1 FA ) 2
Байду номын сангаас(1)
1 1 N Fx ( ) ·(1 FA ) 2 2
1 Fx ( 2
实习九 近交系数与亲缘系数的计算

(2)
∑
1 ( 2
n1 + n 2 + 1
)
(3)
为父亲到祖先的代数, 为母亲到祖先的代数 为母亲到祖先的代数, 为祖先的近接系数 为祖先的近接系数)。 (n1为父亲到祖先的代数,n2为母亲到祖先的代数,FA为祖先的近接系数)。 为父亲到祖先的代数
上列(1)式和(2)式,算法结果完全相 同,均可运用。(1)式中的n1+n2,也就等 1 n1+n2 于(2)式中的N;(1)式括号左上方的1, 也就等(2)式括号前的。计算时,首先通过 系谱,把所给系谱划为箭头式系谱,然后通过 此系谱找出父、母到祖先的代数,然后代入公 式,即可计算。
289
示例:仍用上例系谱,计算289号公与 其祖先16号之间的亲缘系数。 从上例系谱可看出,289号与16号之间的亲 289 16 缘关系,有两条通径路线,每条通径的代数 都是3,即: 289←135←90←16 135 90 108 16 289←181←49←16
181 49
另外, 号公羊还是近交后代, 另外,289号公羊还是近交后代,其近交系 号公羊还是近交后代 数是15.63%,代入公式后则得: 数是 ,代入公式后则得:
13 13 1+ 0 1 1 R(289)(16) = [( ) + ( ) ] = = 23.25% 2 2 1+ 0.156 4 1.156
号公羊与祖先16号公羊之间的亲缘系 即289号公羊与祖先 号公羊之间的亲缘系 号公羊与祖先 数是23.25%。 数是 。
育种学实验考试 选择指数的制订
181
49
135 289 181
108 90 16 108 49 16
第5讲-近交系数与亲缘系数-群体与数量遗传学-教课件

6 0.2500 0.5000 0.5000 0.1250 0.1250 0 0.3125 0.0625 0.2813 0.6103 0.4389
7 0.2500 0.5000 0.1250 0.5000 0.1250 0.3125 0 0.0625 0.2813 0.6103 0.4389
8 0.2500 0 0.1250 0.1250 0.5000 0.0625 0.0625 0 0.5000 0.0581 0.2633
11
A2 A2 A1 A2 A1 A2 A2 A
2A1
A1 A1 A1 A1 A1 A1 A2 A1 A1
29
• 每一世代同一基因纯合子的增加概率=近交系数 增量(ΔF)
• t世代群体的近交系数Ft= 同一基因纯合子的概率。
2
0 1.0000 0 0 0 0.5000 0.5000 0 0.5000 0.5000 0.5000
3
0.5000 0 1.0000 0.2500 0.2500 0.5000 0.1250 0.1250 0.0625 0.3125 0.1875
4
0.5000 0 0.2500 1.0000 0.2500 0.1250 0.5000 0.1250 0.0625 0.3125 0.1875
0.25 0 0.5 0.125 0.2703
0 0 0.125 0.5 0.2703
0 0.5 0.5 0.4324
0 0.3125 0.5676
0
0.5676
0.1519625
作业2
利用亲缘协方差表 法计算下列公牛系谱 中所有个体的近亲 系数和两两之间的 亲缘系数。 (建议用Matlab编程)
5
6
医学遗传学亲缘系数

医学遗传学亲缘系数
亲缘系数又称血缘系数、亲属间遗传相关系数、亲缘相关系数,是指将群体中个体之间基因组成的相似程度用数值来表示。
具体来说,亲缘系数反映的是两个个体间的遗传相关(亲缘)程度,与近交系数不同。
近交系数$F_{\chi}$是说明$x$这个个体本身是什么程度的近交产生的,而亲缘系数则是反映两个个体间的遗传相关程度。
亲缘关系有两种,一种是直系亲属即祖先与后代的关系,另一种是旁系亲属的关系,即两个体既不是祖先又不是后代的关系,如兄弟姐妹、堂(表)亲属间的关系等。
亲缘系数在医学遗传学中具有重要的应用价值,可以用于研究亲属间的遗传关系,评估遗传风险等。
亲缘系数资料

亲缘系数引言在人类社会中,亲情关系一直被认为是最为重要和深厚的一种关系。
亲缘系数是一种量化亲属之间关系的指标,通过这个指标我们可以了解亲戚之间的亲近程度。
在亲缘系数的概念中,亲缘表示某人与他人之间的血缘或结婚关系。
通过计算亲缘系数,我们可以更直观地了解亲属之间的关系。
亲缘系数的计算方法亲缘系数的计算方法主要分为两种,一种是基于血缘关系的计算,另一种是基于结婚关系的计算。
基于血缘关系的计算在血缘关系的计算中,亲缘系数一般通过遗传学的知识来计算。
例如,一对父子之间的亲缘系数为50%,一对兄弟姐妹之间的亲缘系数也为50%。
通过这种方法,可以清晰地看出亲缘关系的亲近程度。
基于结婚关系的计算在结婚关系的计算中,亲缘系数一般通过家庭成员之间的关系来计算。
例如,夫妻之间的亲缘系数为100%,兄弟的亲缘系数为0%。
通过这种方法,可以清晰地了解结婚关系对于亲缘系数的影响。
亲缘系数的影响因素亲缘系数受多种因素影响,包括遗传因素、环境因素和心理因素等。
遗传因素遗传因素是决定亲缘系数的重要因素之一。
亲缘系数的计算主要基于遗传学的知识,遗传因素决定了亲缘关系的亲近程度。
环境因素环境因素也会对亲缘系数产生影响。
例如,家庭环境、社会环境等都会影响亲缘系数的计算结果。
心理因素心理因素是人类社会中不可忽视的因素之一。
人们的情感、意愿等心理因素会对亲缘系数产生影响。
亲缘系数的意义亲缘系数的计算可以帮助我们更直观地了解亲缘关系。
通过亲缘系数的计算,我们可以更加深入地了解亲戚之间的亲近程度,有利于维系家庭关系和增进家庭成员之间的感情。
结语亲缘系数作为一种量化亲缘关系的指标,在人类社会中具有重要的意义。
通过亲缘系数的计算,我们可以更清晰地了解家庭成员之间的亲缘关系,有助于促进家庭成员之间的感情交流和增进亲情。
希望本文对您有所帮助。
动物育种学近交系数和亲缘系数的计算

•区别与联系近交系数:一个个体的两个配子同源相同(identical by descent, IBD )的概率。
亲缘系数(relationship coefficient):两个有亲缘关系的个体间的加性基因效应间的相关。
近交系数和亲缘系数的计算dsAA d s SDA A Cov r σσ),(=)(b a P =YX A n n XYF F F r +++=∑+11)1()2/1(21∑+=++)1()2/1(121A n n X F F d s sd X F F r F ++=1121DS XSD F F F r ++=112根据此公式,进行计算两个个体间的加性遗传相关(additivegenetic relationship):是指在它们的基因组中具有同源相同基因的比例,或者说从个体x 的基因组中随机抽取的一个基因在个体y 的基因组中也存在的概率。
用a XY 表示 [])()()()(21d b P c b P d a P c a P =+=+=+=YX A n n XYF F F r +++=∑+11)1()2/1(21a XY 即亲缘系数的分子DS X X X a F 21=4(1)近交系数的计算公式:F X 为个体X 的近交系数;n 1为由该个体的父亲到共同祖先A 的世代数; n 2为由其母亲到A 的世代数; F A 是共同祖先A 的近交系数;Σ则表示当个体的父亲和母亲有多个途径造成亲缘相关时, 则要对由所有途径所造成的近交求和。
∑+=++)1()2/1(121A n n X F F 通径法2014/11/21 5(2)近交系数的计算CXBADE HGI首先,找出A 、B 的共同祖先:I 、G 、E2014/11/216(2)近交系数的计算CXB ADE HGI确定共同祖先的近交系数: 显然I 、G 的近交系数为0, 而F E =0.53=0.125。
2014/11/217(2)近交系数的计算CXBADE HGI确定连接A 和B 的通径链:B←E→C→AB←E→D→A B←E←G→D→AB←E←H←I→G→D→A通径链 共同祖先的近交系数n 1+n 2+1通径链的系数 B←E→C→A 4 B←E→D→A 4 B←E←G→D→A F G =0 5 B←E←H←I→G→D→AF I =07F X = 23/1288•最后,将各通径链的系数累加即得X 的近交系数。
亲缘系数与近交系数的数理分析

对等位基 因从功能上讲 , 区别为 A、 , 从 DN 可 a但 A序
I I I
列上讲 , 不同个体 的 A或 a 均有核苷酸组成或序列上 的差异 , 如同是 A基 因的功 能 , 同个 体 在结 构 上就 有可 能分 为 A1 不 或 , 同是 a 因的功能 , 同个 体在 结构 上就有 可 能分 为 基 不 A 或 。因此 近婚个体 的共 同祖先 的同一个基 因位点 , 2 就可
J u n l fMah ma ia dcn o r a t e tc 1 o Me iie
V0. 3 12
No .4
2 1 00
文 章 编 号 :0 44 3 (0 0 0 —3 80 1 0—3 7 2 1 ) 40 8 —3
中图 分 类 号 : 1 R3 1
文献标识码 : A
关键词 : 近亲婚配 ; 近交系数 ; 亲缘系数 ; 常染色体 隐性遗传病 ; 再发风险
d i1 .9 9 j in 0 443 .0 0 0 . 0 o:03 6 / .s .10 —3 72 1. 4 0 5 s
亲缘 系数 (eai s i c ef i tr是两个个体从一个共 rlt n hp ofie ,) o cn 同祖先获得一个相 同基 因的概率 。近交系数 (n re igce i edn of b — fin) 义为一个个体在一个给 定的位点从其 父母 的一个 共 i et定 c
显、 隐区别 的等位基 因 A、 , a 有亲缘关 系的两个个体都含有 一
个 隐性基 因 a 这个 致病基因可能来 自于一个共 同祖先 的其 中 ,
一
方, 或来 自于共 同祖先 的双方 。
近交系数是指近亲婚配 的后代 ( 一个个体 ) 从其 父母 的共
亲缘系数与近交系数的区别与联系

亲缘系数与近交系数的区别与联系人类在生物进化的过程中,一直在追求种群的改良和进化,研究如何来提高物种的适应性和有效改良种群的进化稳定性,可以避免突变引起的种群适应性不足产生的相关风险。
因此,种群遗传学就研究与考察种群遗传变异,以及相关性质的研究成为重要的内容。
亲缘系数和近交系数是种群遗传学中最常用的两个指标,两者的区别和联系也是研究的重要内容。
亲缘系数是指两个个体之间的关系,也就是它们之间有共同的原始基因,以及由共同的基因导出的各种表现形式的关系。
而亲缘系数的数值表示的是,两个个体共有的有效基因的比例,0表示没有共有的有效基因,而1表示两个个体完全一样,属于同一个个体。
例如,父母和子女之间的亲缘系数约为0.5,亲兄弟姐妹之间的亲缘系数一般约为0.25。
近交系数指的是两个个体之间有共同的基因,但是较低的多态性程度,也就是说,它们的遗传池可能有共同的基因,但是没有像亲缘系数那样有多样性,抑或者种群有强迫等其他因素,会导致种群基因池出现偏差或者多态性更低等现象,这时候就会导致近交系数出现偏高的现象,通常近交系数大于0.4就已经足以认为存在近交现象,种群中如果存在这种现象,会出现健康状况降低,生物多样性消失等现象。
亲缘系数和近交系数的主要区别在于,亲缘系数反映的是两个个体之间的完整关系,着重于反映亲密程度;而近交系数反映的是两个个体之间共有的基因,但是没有多样性,抑或者有其他强迫等现象,导致其偏高的现象。
另外,亲缘系数和近交系数也有联系,亲缘系数大的两个个体之间有可能存在近交现象,但是亲缘系数越低的两个个体之间近交的可能性就越小。
另外,虽然有可能会存在亲缘系数较低的两个个体之间会发生近交,但是这种近交的机会也会越来越小。
综上所述,亲缘系数和近交系数之间有着千丝万缕的联系,它们都反映着种群中遗传多样性和新基因的更新水平,当种群中多态性减少,或者存在其他强迫等因素时,会使得近交现象发生,影响种群的多样性和适应性,反之,当种群中亲缘系数越高,近交可能性就越小,这时候,种群的适应性和多样性会更好。
近交系数资料

近交系数在分子标记辅助育种 中的应用
• 近交系数在分子标记辅助育种中的应用 • 利用分子标记信息计算个体的近交系数 • 为育种提供依据:通过计算近交系数,可以评估个体的遗传风 险和遗传多样性,为育种提供依据 • 提高育种效率:通过分子标记辅助育种,可以快速、准确地计 算近交系数,提高育种效率
03
传关系,从而评估种群的遗传多样性 • 指导遗传育种:近交系数可以指导遗传育种过程中的亲本选择
和杂交组合设计,以提高育种效果 • 评估遗传风险:近交系数可以评估特定个体的遗传风险,如遗
传疾病的发病率等
近交系数的计算方法:基于系谱的公式
基于系谱的近交系数计算方 法
亲本近交系数 (F):表示个 体与其父母之 间的遗传关系
• 近交系数在鸟类中的变化规律 • 鸟类的一般近交系数较低:由于鸟类的繁殖方式和迁徙习性, 近交系数通常较低 • 不同鸟类之间的近交系数存在差异:近交系数受物种、生态环 境和繁殖方式等多种因素影响
近交系数在植物中的变化规律
• 近交系数在植物中的变化规律 • 植物的一般近交系数较高:由于植物的生命周期和繁殖方式, 近交系数通常较高 • 不同植物之间的近交系数存在差异:近交系数受物种、生态环 境和繁殖方式等多种因素影响
• 利用系谱信息计算个 体的近交系数 • 主要包括亲本近交系 数、兄妹近交系数和半兄 妹近交系数等
• F = (1/2)^n,其中 n为父母之间的代数
兄妹近交系数 (F_s):表示 个体与其兄妹 之间的遗传关
系
• F_s = (1/2)^n,其 中n为兄妹之间的代数
半兄妹近交系 数(F_h):表 示个体与其半 兄妹之间的遗
近交系数与遗传多样性的关系
近交系数与遗传多样 性的关系分析
答案实验一系谱的编制及近交系数的计算

实验一 系谱的编制及近交系数的计算一、目的通过实验,掌握几种主要形式的系谱编制方法及近交系数的计算。
二、实验内容(一)根据下列资料,编制中国黑白花品种公牛523的直式系谱、横式系谱、结构式系谱。
523号公牛,1999年出生,年龄2岁6个月,体重290公斤。
它的父亲1470号,年龄6岁,体重1042公斤;它的母亲是309号,挤乳量Ⅰ-305-5027公斤、乳脂率3.2%,Ⅱ-305-5670公斤—3.4%。
1470号公牛父亲是139号,四岁,活重850公斤;1470号的母亲119号,挤乳量Ⅱ-305-5500-3.4%。
309号的父亲编号140号,7岁,活重913公斤,309号的母亲217号,挤乳量Ⅱ-305-5900-3.2%、Ⅲ-305-6200-3.1%。
139号的父亲是4号,母亲是5号。
119号的父亲是6号,母亲是7号。
217号的父亲是10号,母亲是11号。
(二)近交系数和亲缘系数计算1. 某场巴克夏212号母猪的系谱如下,求其近交系数该是多少?答案(0.25)2. 一代全同胞交配后的后代X, 如图所示,计算其近交系数 答案(0.25)3. 计算下图中1号个体的近交系数答案(0.1875)4. X 公牛的系谱如下,求其近交系数答案(0.5)X C D A B⎪⎪⎩⎪⎪⎨⎧⎩⎨⎧⎩⎨⎧344434502125. 求下图中个体X的近交系数答案(0.218 )6. 求下图中个体X的近交系数答案(0.375 )7. 根据系谱图计算个体X的近交系数答案(0.1914 )8. 画出连续两代全同胞兄妹交配的箭头式系谱,计算其后代的近交系数及第二代全同胞间的亲缘系数。
答案(近交系数0.375;亲缘系数0.6)9. 全同胞间的亲缘系数计算:答案(0.5 )10. 画出半同胞兄妹交配的箭头式系谱,并计算半同胞兄妹间的亲缘系数。
答案(0.25 )11. 亲子间的亲缘系数计算:答案(0.5 )。
35近交系数的计算(精)

近交系数的计算
• 近交系数是指个体通过双亲从共同祖先得到相同基因的
概率,也可以说是通过近交使后代基因纯合的百分率。 • 一个个体从亲代得到某一相同基因的概率为 ,从祖代 得到相同基因的概率为 ,即每隔一代,从共同祖先得到 相同基因的概率减少 。
近交系数的计算
• 根据这个原理得出近交系数的计算公式:
计算值相加求总和, 为父亲到共同祖先的世代数, 为母 亲到共同祖先的世代,为共同祖先A的近交系数。 • 所谓共同祖先是指在个体系谱中父母双方拥有的同一个 祖先。
近交系数的计算
F • 如果共同祖先不是近交个体,则 =0,上式便可简化为:
A
近交系数的计算
• 以下面系谱为例说明近交系数的计算方法。半同胞交配:
近交系数的计算
• 全同胞交配:这个系谱的共同祖先是1号和2号家畜,个体X的
近交系数应按两条通径计算,共同祖先1号和2号家畜本身都是
非近交个体(图2—12、图2—13。代入公式:
近交系数的计算
• 即全同胞个体X的近交系数为25%。为了便于参考,于下表中表2—7各种类型
根据系谱找出所有共同祖先,一般用x代表某一个体,用s
和D分别代表它的父亲和母亲,用号码或其他符号代表其 余祖先。本系谱只有1号一个共同祖先(图2—10)。
近交系数的计算
• 绘制箭形图:箭头由共同祖先引出,通过各祖先指向父母,归
结于个体x,这一线路叫通径链。在通径链中所遇到的各代祖
先都必须按顺序用箭头相连,不可遗漏或省略。同一祖先到父 母双方可能会出现多个通径链,但是每个祖先在箭形图中只能 出现一次。凡不涉及近交的个体可省略不计(图2—8).
近交所生子女的近交系数(共同祖先的近交系数等0)
亲缘系数和近亲系数

亲缘系数和近亲系数摘要:I.引言A.亲缘系数和近亲系数的定义B.亲缘系数和近亲系数在生物学和人类学中的重要性II.亲缘系数A.亲缘系数的计算方法B.亲缘系数在生物学中的应用1.亲子鉴定2.亲缘关系分析C.亲缘系数与遗传学的关系III.近亲系数A.近亲系数的计算方法B.近亲系数在生物学中的应用1.近亲交配2.近亲关系分析C.近亲系数与遗传学的关系IV.亲缘系数和近亲系数的关系A.亲缘系数和近亲系数的联系B.亲缘系数和近亲系数在实际应用中的区别V.结论A.亲缘系数和近亲系数在生物学和人类学中的重要性B.亲缘系数和近亲系数在实际应用中的前景正文:亲缘系数和近亲系数是生物学和人类学中常用的两个概念,它们用于描述个体之间的亲缘关系。
在本文中,我们将详细介绍亲缘系数和近亲系数的定义、计算方法以及在生物学和人类学中的应用。
亲缘系数是一个用于衡量两个个体之间亲缘关系的指标。
它反映了个体之间的共同祖先数量,亲缘系数越接近1,表示个体之间的亲缘关系越近。
亲缘系数的计算方法是通过对个体之间的共同祖先进行计数,然后将计数结果进行求和。
亲缘系数在生物学中有广泛的应用,如亲子鉴定和亲缘关系分析等。
此外,亲缘系数与遗传学密切相关,因为遗传学中的许多现象,如遗传病的传递,都与亲缘关系有关。
近亲系数是一个用于衡量近亲个体之间亲缘关系的指标。
它反映了近亲个体之间的共同祖先数量,近亲系数越接近1,表示近亲个体之间的亲缘关系越近。
近亲系数的计算方法与亲缘系数类似,但仅考虑近亲个体之间的共同祖先。
近亲系数在生物学中有重要的应用,如近亲交配和近亲关系分析等。
与亲缘系数类似,近亲系数也与遗传学密切相关。
亲缘系数和近亲系数之间的关系非常紧密。
实际上,近亲系数可以看作是亲缘系数的一个特例。
当两个个体为近亲时,它们的亲缘系数接近于它们的近亲系数。
然而,在实际应用中,亲缘系数和近亲系数仍有区别。
例如,在亲子鉴定中,我们通常使用亲缘系数来确定亲子关系,而在近亲关系分析中,我们通常使用近亲系数。
实验:近交系数和亲缘系数的计算

a XX 1 FX
a xy = a yx 1 = (a xy s + a xy d ) 2
FX a XX 1
一、列表计算个体的近交系数
B X A C D G E H I
步骤: 1.将系谱中的个体按世代分别从左至右、从 上到下排列起来(世代高者在前,同一世 代,先出生者在前); 2.将各个体的父母标在各个体的上方;
二、群体的近交系数
1. 规则近交
2. 小群体 计算每个个体的近交系数,求算数平均数。 3. 大群体 随机抽取一定的样本,然后逐个计算近交系 数,取平均值; 对有完整系谱记录的群体—计算机计算所有 个体的近交系数
3. 闭锁群 长期不引进种畜的随机交配的群体
1 1 1 + F 2N E 8N s 8Nd
两个有亲缘关系的个体间的加性基因效应间的相近交系数和亲缘系数的计算家畜育种学实验三根据此公式进行计算如前两个个体间的加性遗传相关additivegeneticrelationship
家畜育种学实验三
近交系数和亲缘系数的计算
• 区别与联系 近交系数:一个个体的两个配子同源相同 (identical by descent, IBD)的概率。
Ft=1 - (1-ΔF)t
ΔF为近交系数每代增量 NS为每代参加配种的公畜数; ND为每代参加配种的母畜数; t为世代数;Ft为第t代的近交系数。
3.依据下列公式依次计算两两间的加性遗传相关。
1 FX a X s X d 2
a XX 1 FX
a xy = a yx
1 = (a xy s + a xy d ) 2
4.最后根据下列公式分别计算各个个体的近交系 数;和两两间的亲缘系数。
近交(亲缘)系数的微机快捷计算方法

近交(亲缘)系数的微机快捷计算方法
王松均;寿绍武
【期刊名称】《浙江农业学报》
【年(卷),期】1994(0)S1
【摘要】本文介绍了家畜近交系数快捷计算法的基本算法及微机计算的步骤和主程序框图。
经多年实用,在386型微机上,1小时可计算出1800~2400个近交系数,另外,还可以快捷地计算出亲缘系数。
【总页数】3页(P19-21)
【关键词】近交系数;微机;计算方法;快速;猪
【作者】王松均;寿绍武
【作者单位】杭州市种猪场
【正文语种】中文
【中图分类】S11
【相关文献】
1.基于Web的肉羊信息管理系统中亲缘系数及近交系数的程序设计与实现 [J], 涂远璐;邹建香;白云峰;冯国兴
2.近交(亲缘)系数的微机快捷计算方法 [J], 王松筠;寿绍武
3.亲缘系数与近交系数的数理分析 [J], 杨利丽;刘红英;刘顺梅;张金宝
4.亲缘系数与近交系数的区别与联系 [J], 刘红英;杨利丽;王培承;张金宝;于文静
5.动物亲缘系数及近交系数的亲缘协方差算法 [J], 简承松
因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
近交系数计算的程序设计

近交系数计算的程序设计
苏国生
【期刊名称】《中国牛业科学》
【年(卷),期】1991(000)002
【摘要】本文运用字符标记的方法,编制了近交系数计算的程序。
利用本程序计算近交系数,不需要对原始系谱整理编码,可将系谱的畜号直接输入计算机处理和运算,使用方便,运算结果准确。
本程序可以在 IBM—PC 和 PC—1500微机上运行。
【总页数】5页(P14-18)
【作者】苏国生
【作者单位】福建农学院畜牧兽医系
【正文语种】中文
【中图分类】S8
【相关文献】
1.查看系谱和计算近交系数在计算机上的实现 [J], 周敏;顾建新
2.基于Web的肉羊信息管理系统中亲缘系数及近交系数的程序设计与实现 [J], 涂远璐;邹建香;白云峰;冯国兴
3.基于ASP的个体近交系数的程序设计 [J], 范强;田长永;王景春
4.亲缘系数和近交系数计算的通用程序设计 [J], 苏国生;蒋树威
5.逐代比较累加近交系数的程序设计 [J], 陆保荣
因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。
135
90
135←90→16→49→181 289
108
16
代入公式后则得:
181 49
p(135)
(181)
12 (2)
(
1 2
)4
0.25
0.0625
0.3125
31.25%
(2)直系亲缘间的亲缘系数,计算公式为:
RxA
(1)N 1 FA 2 1F x
如果共同祖先A和个体X都不是近交所 生,则公式可简化成:
RxA
(1)N 2
示例:仍用上例系谱,计算289号公与 其祖先16号之间的亲缘系数。
从上例系谱可看出,289号与16号之间的亲 缘关系,有两条通径路线,每条通径的代数 都是3,即:
135
90
289
108
16
289←135←90←16 289←181←49←16
181
49
另外,289号公羊还是近交后代,其近交系 数是15.63%,代入公式后则得:
示例:现在289号公羊的横式系谱如下,可先将其改制 成箭头式系谱,然后计算135号和181号间的亲缘系数。
135
90
289
108
16
181
49
108
2891359016
1811409816
从上面系谱可看出,135号和181号之间,有 108号和16号两个共同祖先,其通径路线为:
135←108→181
实习九 近交系数与亲缘系 数的计算
一、实验目的
掌握近交系数与亲缘系数的计算方法。
二、实习内容
1、近交系数的计算:
Fx
(
1 )n1n21·(1 2
FA
)
(1)
Fx
1 2
(
1 2
)
N
·(1
FA
)
(2)
Fx
1 n1 n2 1
(
)
2
(3)
(n1为父亲到祖先的代数,n2为母亲到祖先的代数,FA为祖先的近接系数)。
(
1 2
)111}
(1
0)
181 49
2、亲缘系数的计算:
(1)旁系亲属间的亲缘系数,计算公式为:
RSD
[(
1 2
)
N
·(1
FA
)]
(1 FS )(1 FD )
N=n1+n2,FS为父亲的近接系数,FD为母亲的近接系数, 如果个体S、D和A都不是近交个体,则公式可简化为:
RSD
[(1)N ] 2
R(289)(16)
[( 1)3 2
(1)3] 2
10 1 1 0.156 4
1 23Байду номын сангаас25% 1.156
即289号公羊与祖先16号公羊之间的亲缘系 数是23.25%。
育种学实验考试 选择指数的制订
从系谱可看出,135号和181号之间,有108号和16号
两个共同祖先,其通径路线为:
108
135←108→181 135←90→16→49→191
289 135 90 1 6
135 90
181 14098 16
289
108
16
F(289)
{(
1 2
)221
上列(1)式和(2)式,算法结果完全相 同,均可运用。(1)式中的n1+n2,也就等 于(2)式中的N;(1)式括号左上方的1, 也就等(2)式括号前的。计算时,首先通过 系谱,把所给系谱划为箭头式系谱,然后通过
此系谱找出父、母到祖先的代数,然后代入公 式,即可计算。
示例:现在289号公羊的横式系谱如下,可 先将其改制成箭头式系谱,然后计算135号和 181号间的亲缘系数。