第四章 SciFinder 相似结构检索 (Similarity Search)
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SciFinder使用说明
第三章 物质检索 ......................... 29
3.1 物质检索概览及物质结果界面 .............................................................................................................. 29 3.1.1 物质检索（Explore Substances）........................................................................................... 29 3.1.2 物质检索答案集的界面 .............................................................................................................. 29 3.2 物质标识符检索（Explore Substances by Substance Identifier） ........................................... 31 3.2.1 概览 .............................................................................................................................................. 32 3.2.2 检索举例 ...................................................................................................................................... 32 3.2.3 物质详情 ...................................................................................................................................... 33 3.2.4 物质标准菜单 .............................................................................................................................. 36 3.3 结构编辑器（Structure Editor）....................................................................................................... 37 3.3.1 启动结构编辑器的方法 .............................................................................................................. 37 3.3.2 结构编辑器的构成 ...................................................................................................................... 39 3.4 结构检索 .................................................................................................................................................. 63 3.4.1 概览 .............................................................................................................................................. 63 3.4.2 精确结构检索(Exact research)............................................................................................... 63 3.4.3 亚结构检索（Substructure Search）..................................................................................... 70 3.4.4 相似结构检索 .............................................................................................................................. 89 3.5 Markush 检索 .......................................................................................................................................... 96 3.5.1 概览 .............................................................................................................................................. 96 3.5.2 检索方法举例 .............................................................................................................................. 97 3.6 分子式检索（Molecular Formula）..................................................................................................... 98 3.6.1 分子式输入规则： ...................................................................................................................... 98 3.6.2 分子式检索举例 .......................................................................................................................... 99
scifinder化学结构式检索
scifinder化学结构式检索Scifinder化学结构式检索引言：Scifinder是一种常用于化学领域的专业检索工具，它能够帮助化学研究人员快速准确地获取所需的化学结构式信息。
本文将介绍Scifinder化学结构式检索的基本原理和使用方法，以帮助读者更好地利用该工具开展化学研究。
一、Scifinder的基本原理Scifinder是一种基于化学结构式的检索工具，它通过分析和识别化合物的结构式，从庞大的化学数据库中提取与其相关的文献、专利和实验数据等信息。
其基本原理是通过化学结构式的比对和匹配，寻找具有相似结构和性质的化合物，并提供相关的文献和数据资源。
二、Scifinder的使用方法1. 登录与注册用户需要注册一个Scifinder账号并登录。
用户可以通过所在机构或组织的许可获取登录凭证，并按照要求填写个人信息完成注册。
2. 结构式检索在登录后，用户可以利用Scifinder进行化学结构式的检索。
用户可以输入化合物的结构式或者关键词等信息进行查询。
在输入结构式时，可以使用分子编辑器绘制化合物的结构式，或者直接复制粘贴已有的结构式。
3. 结果筛选与分析Scifinder将根据用户的查询条件，在数据库中检索相关的文献和数据信息，并将结果以列表的形式呈现给用户。
用户可以根据需求对结果进行筛选和排序，以获取最相关的信息。
4. 文献获取与下载在获取到相关的文献信息后，用户可以通过Scifinder提供的链接或DOI获取全文文献。
用户还可以将相关文献保存到个人文件夹或导出到其他文献管理工具进行管理和引用。
5. 数据分析与比较Scifinder不仅提供了文献资源，还包括了大量的实验数据和化学信息。
用户可以通过Scifinder进行数据的分析和比较，以支持其研究工作。
三、Scifinder的优势和应用1. 广泛的数据库资源Scifinder拥有庞大的化学数据库资源，包括了全球范围内的文献、专利和实验数据等。
SciFinder——【文献检索 精】
2020/9/22
复旦大学图书馆文献检索教研室
相关反应
产物 反应物 反应 催化剂 溶解剂 其它
2020/9/22
复旦大学图书馆文献检索教研室
产品合成路线
2020/9/22
复旦大学图书馆文献检索教研室
分析和限定
2020/9/22
复旦大学图书馆文献检索教研室
分析
进一步分析（历史、著者、机构等）
2020/9/22
2020/9/22
复旦大学图书馆文献检索教研室
一共4种限定手段
限定工具，可以根据进一步的条 件去限定反应中出现的物质 （Reaction Structure),以及反应 类型（Reaction Classification） 等
2020/9/22
复旦大学图书馆文献检索教研室
2020/9/22
选择反 应类型
到目前为止, CA已收文献量占全世界化工化学总 文献量的98％。
网络版SciFinder更使用户可以查询到当天的最新 记录
2020/9/22
复旦大学图书馆文献检索教研室
SciFinder可检索数据库：
CAPLUSSM（＞2,430 万条参考书目记录，摘自世界各地9000多种 有影响的期刊杂志；每天更新3000条以上，始自1907年）
SciFinder的功能
一站式的信息检索平台，可以检索全球最大的，有关生物化 学，化学，化学工程，医药等化学相关学科的信息,包括来自 专利，期刊的文献。
查找特定化学物质的事实数据，包括理化常数，确定化学物 质科学概念和特性
查找化学反应，确定生产和合成化学物质的加工程序
2020/9/22
复旦大学图书馆文献检索教研室
• 对于多组分物质，用“.” 将 不同的组分分开
化学分子式查询(CA)
CA（美化学文摘）网络版数据库使用说明一、数据库简介CA（Chemical Abstracts）由美国化学文摘社(CAS--Chemical Abstracts Service)编辑出版，是涉及学科领域最广、收集文献类型最全、提供检索途径最多、部卷也最为庞大的一部著名的世界性检索工具。
CA报道了世界上150多个国家、56种文字出版的9500多种科技期刊、科技报告、会议论文、学位论文、资料汇编、技术报告、新书及视听资料，摘录了世界范围约98%的化学化工文献，所报道的内容几乎涉及化学家感兴趣的所有领域。
SciFinder Scholar数据库为CA（化学文摘）的网络版数据库，收录内容比CA更广泛，功能更强大。
利用现代机检技术，进一步提高了化学化工文献的可检性和速检性,更整合了Medline医学数据库、欧洲和美国等50几家专利机构的全文专利资料、以及化学文摘1907年至今的所有内容。
它涵盖的学科包括应用化学、化学工程、普通化学、物理、生物学、生命科学、医学、聚合体学、材料学、地质学、食品科学和农学等诸多领域。
它可以透过网络直接查看“化学文摘”1907年以来的所有期刊文献和专利摘要；以及八千多万的化学物质记录和CAS注册号。
SciFinder Scholar可检索数据库包括：CAplusSM:包含来自150 多个国家、9000 多种期刊的文献，覆盖1907 年到现在的所有文献以及部分1907 年以前的文献，包括有期刊、专利、会议录、论文、技术报告、书等，涵盖化学、生化、化学工程以及相关学科，还有尚未完全编目收录的最新文献。
（目前＞2,430 万条参考书目记录，每天更新3000 条以上）MEDLINE®:包含来自70 多个国家、3900 多种期刊的生物医学文献，覆盖1951 到现在的所有文献，以及尚未完全编目收录的最新文献。
（目前＞1300 万参考书目记录，每周更新4 次）REGISTRYSM: 涵盖从1957 年到现在的特定的化学物质，包括有机化合物、生物序列、配位化合物、聚合物、合金、片状无机物。
SciFinder Scholar使用入门
70
目标结构显红色
71
亚结构检索
72
亚结构检索可以在更 广义角度考察反应
73
总结合成路线， 最好以“Get Substances”进 行，逐条筛选
74
75
76
77
78
小结
• 本教程只是检索入门，介绍了最基本最常用的检 索方式，希望能起到抛砖引玉的效果。 • 熟练的使用SciFinder Scholar，可使我们的检索 效率大大提高。 • 友好、多级的检索界面，使我们更易接触到更广 泛的领域。 • 希望同学们利用课余时间尽快熟悉SciFinder Scholar，做到游刃有余，应用自如，这将十分 有助于今后学习和科研。
8
启动
点击Accept
点击OK
9
检索界面
新任务，点击也可出现"Select One"对话框
检 索 分 类
参 数 设 定
10
用于不确定信息的检索，输入主题词、结构、分子式等
确定信 息的检 索，输 入CAS 号、物 质、专 利号等
浏览期刊
11
点击进入Explore后的界面
检索主题
例如：检索Fatty Acid Synthase Inhibitor
30
获取其它方面 如Biological Study方面文章
31
373篇，Save As不 能全部保存 （<=100篇）
选择Analyze/Refine
32
选择Refine
33
选择 Publication Year
34
键入2008， 点击OK
35
得到2008年 Biological Study方 面文章47篇
36
SciFinder Web--文献、物质、反应检索
A division of the American Chemical Society
SciFinder的候选项，能让我们自由的做宽松或紧凑的选择
“concept”表示做了同义词的扩展
“closely associated with one another” 表示同时出现在一个句子中
“were present anywhere in the reference” 表示同时出现在一段话中
Get Reactions 由物质获取相关反应
文献、物质、反应无限跳查！
A division of the American Chemical Society
SciFinder不仅仅是文献检索工具，还是一个检索者交流的平台！ SciFinder提供有条件链接全文，做到与全文无缝链接，节省您的时 间、精力。
航
Part I SciFinder背景介绍
Part II
SciFinder检索技巧介绍
文献检索 物质检索 反应检索
Part III SciFinder小结及检索注意事项
A division of the American Chemical Society
登陆网址：
注：存储名称均为英文
A division of the American Chemical Society
A division of the American Chemical Society
获得感兴趣主题的文献
A division of the American Chemical Society
SciFinder检索精确性例证
检索“醛加氢催化剂为钯”的文献 检索方法1：关键词检索
关键词选择：“醛加氢” “催化剂” “钯”
SciFinder的候选项，能让我们自由的做宽松或紧凑的选择
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Get Reactions 由物质获取相关反应
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关键词选择：“醛加氢” “催化剂” “钯”
SciFinder中的相同化学结构检索
第二章 SciFinder 的相同化学结构检索 (Exact Chemical Structure Search)
当绘画好结构后，用户可用相同化学结构检索查询有关物质，并且分析其结构结果。使用这个检索可搜寻以下的物质。 与已绘画的化学结构相同：
• 构造异构体 • 互变异构(包括酮-烯醇互变异构) • 配位化合物 • 离子化合物 • 原子基和离子基 • 含同位素的物质 • 单体组成之聚合物 用户可从物质记录文件中，取得以下的数据。 • 物质基本数据 (如名称、结构、CAS 注册号) • 实验物性和计算物性 • 摘要、相关参考和书目数据 • 供货商目录数据 • 物质管制和注册数据 • 物质的反应资料
显示与物质相关的参考文件。（也可以使用 Get References 键取得文件）。 显示物质的立体结构模型 。 显示物质的供货商数据 。 显示物质管制和注册数据 。 显示物质的反应数据。(也可以使用 Get Reactions 键)(只限于有亚结构 SSM 的账号 。)
2-4
先点击物质记录右边的显微镜图像 。然后，物质的详细数据 Detail of Substance 的窗口将会出现。 物质记录通常了包括 CAS 注册号、化学结构、分子式、名称、物质物性、和相关数据。
2-8
检索更多的相关资料 (Get Related...)
用户可以检索更多的相关数据。先点击结果页中的 Get Related…。然后，Get Related Information 对话框便会出现，便可以开始检索以下的数据。
引用文件 被引用文件 文件收录之物质 文件收录之反应 网络上的数据
SciFinder 只能显示最多500条的引用和被引用文件，1000个有关的物质和反应式。如果数目太多， 会出现以下的窗口讯息。请按OK，先回到结果页减少结果数目。然后，再尝试点击Get Related…。
当绘画好结构后，用户可用相同化学结构检索查询有关物质，并且分析其结构结果。使用这个检索可搜寻以下的物质。 与已绘画的化学结构相同：
• 构造异构体 • 互变异构(包括酮-烯醇互变异构) • 配位化合物 • 离子化合物 • 原子基和离子基 • 含同位素的物质 • 单体组成之聚合物 用户可从物质记录文件中，取得以下的数据。 • 物质基本数据 (如名称、结构、CAS 注册号) • 实验物性和计算物性 • 摘要、相关参考和书目数据 • 供货商目录数据 • 物质管制和注册数据 • 物质的反应资料
显示与物质相关的参考文件。（也可以使用 Get References 键取得文件）。 显示物质的立体结构模型 。 显示物质的供货商数据 。 显示物质管制和注册数据 。 显示物质的反应数据。(也可以使用 Get Reactions 键)(只限于有亚结构 SSM 的账号 。)
2-4
先点击物质记录右边的显微镜图像 。然后，物质的详细数据 Detail of Substance 的窗口将会出现。 物质记录通常了包括 CAS 注册号、化学结构、分子式、名称、物质物性、和相关数据。
2-8
检索更多的相关资料 (Get Related...)
用户可以检索更多的相关数据。先点击结果页中的 Get Related…。然后，Get Related Information 对话框便会出现，便可以开始检索以下的数据。
引用文件 被引用文件 文件收录之物质 文件收录之反应 网络上的数据
SciFinder 只能显示最多500条的引用和被引用文件，1000个有关的物质和反应式。如果数目太多， 会出现以下的窗口讯息。请按OK，先回到结果页减少结果数目。然后，再尝试点击Get Related…。
SciFinder使用指南(图示讲解)
可视化工具
SCIFinder提供了丰富的可视化工具，如化学结构绘图和3D分子模 型，帮助用户更好地理解化学结构和分子间的相互作用。
02
SCIFinder基本操作
登录与注册
01
打开SCIFinder软件或网页界面。
02 点击“注册”按钮，填写个人信息并设置密码， 完成注册。
03 已注册用户可直接输入用户名和密码进行登录。
合物名称检索中，用户可以选择精确匹配，输入完整的化合物名称以获取精确结果。
化学性质分析
总结词
对检索得到的化合物进行化学性质分析，包括物 理性质、化学性质和光谱数据等。
总结词
支持自定义属性筛选，用户可以根据需要选择特 定的属性进行分析。
详细描述
SCIFinder可以对检索得到的化合物进行全面的化 学性质分析，提供各种物理性质、化学性质和光 谱数据，帮助用户深入了解化合物的性质。
化合物属性分析
SCIFinder提供了一系列化合物属 性，如分子量、熔点、沸点等， 帮助用户了解化合物的物理性质。
SCIFinder的特点
权威数据来源
SCIFinder的数据库来源于权威的学术和工业界数据，确保数据的 准确性和可靠性。
高级搜索功能
SCIFinder提供了多种搜索选项和过滤器，使用户能够精确地找到 所需信息。
04
SCIFinder图示讲解
检索流程图示讲解
总结词
详细展示SCIFinder的检索流程，包括关键词输入、检索选项选择、检索结果展示等步 骤。
详细描述
SCIFinder的检索流程非常直观，用户可以通过关键词输入框输入化学物质名称、分子 式、结构等关键词进行检索。同时，用户还可以通过选择不同的检索选项，如化合物类 型、来源等，进一步缩小检索范围。检索结果会以列表形式展示，包括化合物的名称、
SCIFinder提供了丰富的可视化工具，如化学结构绘图和3D分子模 型，帮助用户更好地理解化学结构和分子间的相互作用。
02
SCIFinder基本操作
登录与注册
01
打开SCIFinder软件或网页界面。
02 点击“注册”按钮，填写个人信息并设置密码， 完成注册。
03 已注册用户可直接输入用户名和密码进行登录。
合物名称检索中，用户可以选择精确匹配，输入完整的化合物名称以获取精确结果。
化学性质分析
总结词
对检索得到的化合物进行化学性质分析，包括物 理性质、化学性质和光谱数据等。
总结词
支持自定义属性筛选，用户可以根据需要选择特 定的属性进行分析。
详细描述
SCIFinder可以对检索得到的化合物进行全面的化 学性质分析，提供各种物理性质、化学性质和光 谱数据，帮助用户深入了解化合物的性质。
化合物属性分析
SCIFinder提供了一系列化合物属 性，如分子量、熔点、沸点等， 帮助用户了解化合物的物理性质。
SCIFinder的特点
权威数据来源
SCIFinder的数据库来源于权威的学术和工业界数据，确保数据的 准确性和可靠性。
高级搜索功能
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04
SCIFinder图示讲解
检索流程图示讲解
总结词
详细展示SCIFinder的检索流程，包括关键词输入、检索选项选择、检索结果展示等步 骤。
详细描述
SCIFinder的检索流程非常直观，用户可以通过关键词输入框输入化学物质名称、分子 式、结构等关键词进行检索。同时，用户还可以通过选择不同的检索选项，如化合物类 型、来源等，进一步缩小检索范围。检索结果会以列表形式展示，包括化合物的名称、
scifinder检索简介
SciFinder 检索方法简单介绍SciFinder Scholar简单介绍：SciFinder Scholar是美国化学学会（ACS）旗下的化学文摘服务社CAS （Chemical Abstract Service）所出版的化学资料电子数据库学术版。
其中的CAPLUS是CA的网络版，它是全世界最大、最全面的化学和科学信息数据库。
作为化学和生命科学研究领域中不可或缺的参考和研究工具的“化学文摘”的网络版，SciFinder 在线数据库每天更新数千条记录，更整合了Medline医学数据库、欧洲和美国等50家专利机构的全文专利资料、它可以透过网络直接查看“化学文摘”1907年以来的所有期刊文献和专利摘要；以及四千多万的化学物质记录和CAS注册号。
可访问的蛋白质和核酸信息远多于任何可公开获得的资源。
它涵盖的学科包括应用化学、化学工程、普通化学、物理、生物学、生命科学、医学、聚合体学、材料学、地质学、食品科学和农学等诸多领域。
到目前为止, SciFinder已收文献量占全世界化工化学总文献量的98％。
另外，它还有分子式、反应式和结构式（包括亚结构）检索、核酸和蛋白质序列检索等多种功能。
它超越了一般检索工具的范畴，而成为研发人员不可或缺的研发工具。
SciFinder Scholar可检索数据库包括：① CAPLUSSM（＞2150万条参考书目记录，每天更新3000条以上，始自1907年）②CAS REGISTRYSM（＞2000万条物质记录，每天更新约4000条，每种化学物质有唯一对应的CAS注册号，始自1957年）③CASREACT?（＞570万条反应记录，每周更新约600-1300条，始自1974年）④CHEMCATS?（＞390万条商业化学物质记录，来自655家供应商的766种目录）⑤ CHMLIST?（＞22.7万种化合物的详细清单，来自13个国家和国际性组织）⑥ MEDLINE（National Library of Medicine数据库，＞1200万参考书目记录，来自3900多种期刊，始自1958年）安装注意事项：①、安装前退出所有程序，网页浏览器除外。
第四章 SciFinder 相似结构检索 (Similarity Search)
3-7
比较: 完全相同结构检索、亚结构检索和相似结构检索 (Differences between Exact Chemical Structure Search,
不同类型的检索、会得到不同的结果
检索类型
能检索得到的结果
Exact Search 完全相同结构检索
Substructure Search 亚结构检索
d可点选 Filters， 来限制检索结果到指定选择。按下 OK 后， Tanimoto 的相似评分会以统计图
表来显示。
选择合适的评分， 然后按 Get Substances 查看相似之结构。
3-6
相似评分会于 CAS 注册号下显示。 用户可作再检索，按下 Analyze/Refine 中的 Refine， 再检索窗口对话框便会出现结果。 注意： 相似结构检索不能直接使用分析功能 (Analyze)， 用户必须先以结构进行再检索 (Refine)
不能检索得到的结果 含取代基的物质
两者的结构相似， 但并不是 其亚结构，如乙烷基 (甲基的 结果便不会出现)
结果的结构有较大的取代基 (相似程度低)
三种检索的相互关系
相似结构检索 亚结构检索
相似结构Байду номын сангаас索
完全相同结构检索
3-8
具体例子： 利用不同的检索方法来查询华法林 (Warfarin) 的结构
相似结构检索的参考文件 (Reference Data of
Similarity Search)
z SciFinder Scholar 的 Help (按下 Index 和进入 Similarity Searching)
z P. Willett, J.M. Barnard, and G.M. Downs, “Chemical Similarity Searching”, J. Chem. Inf. Comput. Sci. , 38, 983-996 (1998).
比较: 完全相同结构检索、亚结构检索和相似结构检索 (Differences between Exact Chemical Structure Search,
不同类型的检索、会得到不同的结果
检索类型
能检索得到的结果
Exact Search 完全相同结构检索
Substructure Search 亚结构检索
d可点选 Filters， 来限制检索结果到指定选择。按下 OK 后， Tanimoto 的相似评分会以统计图
表来显示。
选择合适的评分， 然后按 Get Substances 查看相似之结构。
3-6
相似评分会于 CAS 注册号下显示。 用户可作再检索，按下 Analyze/Refine 中的 Refine， 再检索窗口对话框便会出现结果。 注意： 相似结构检索不能直接使用分析功能 (Analyze)， 用户必须先以结构进行再检索 (Refine)
不能检索得到的结果 含取代基的物质
两者的结构相似， 但并不是 其亚结构，如乙烷基 (甲基的 结果便不会出现)
结果的结构有较大的取代基 (相似程度低)
三种检索的相互关系
相似结构检索 亚结构检索
相似结构Байду номын сангаас索
完全相同结构检索
3-8
具体例子： 利用不同的检索方法来查询华法林 (Warfarin) 的结构
相似结构检索的参考文件 (Reference Data of
Similarity Search)
z SciFinder Scholar 的 Help (按下 Index 和进入 Similarity Searching)
z P. Willett, J.M. Barnard, and G.M. Downs, “Chemical Similarity Searching”, J. Chem. Inf. Comput. Sci. , 38, 983-996 (1998).
SCIFINDER相似结构搜索教程
在相似结构的检索中， SciFinder会用Tanimoto程序来进行检索与查询物质相似的结构，并给予相似评分。
相似结构评分相似结构检索能找出与查询结构最为相似的结构，其2-D小分子的相似度会以Tanimoto程序来计算。
以下是Tanimoto的计算公式，评分是以CAS的结构描述子为基本：100 x CTanimoto Score =(QS + FS) – CC = 代表检索结构和结果结构相同的描述子数目QS = 代表在检索结构中的描述子数目FS =代表在结果结构中的描述子数目结构描述子的介绍y原子数y环数y原子排列y键排列y周边原子y相连原子数y元素成份y环类型相似性的计算中并不考虑以下因素y氢原子的数目y离子y同位素标识y立体结构多元物质的处理y每一个多元物质的成份，都会被给予相似评分 (Tanimoto score)。
最高评分的成份物质，将会在分析相似的结果中显示。
y用户检索单一物质时，点击Get Substance后，按下Filter中的Structure components 即可。
注意事项y相似检索并不适用于R 基团、可变的原子、重复单元和可变的取代位置工具。
y分析不适用于相似结构检索。
y在限定结果时，相似评分将不会显示。
y相似评分不能保存(只适用于SciFinder) 。
相似评分的显示y以整数显示，不设小数点。
系统限制y只会显示60分以上的相似结构结果。
y最多只能显示20,000 个相似结构。
例子：检索以下的相似结构有关绘制结构图的详情，请参阅第三章。
绘制工具的使用及解释也可在第三章找到。
当你完成绘图，便会像下图所示一样。
在绘制结构后，选择Similarity Search ，然后点击确定，将结构导入检索界面。
若绘制的结构含有R 基团或可变原子 (X, Ak)， 按下确定后，便会出现以下的结构绘图错误窗口。
续修改后才能导入，导入成功后如下图所示：可通过若要缩小检索范围至特定类型，可通过Characteristic(s)，Classes，Studies等过滤选项设定，限制检索结果至指定类型，点击Search，Tanimoto的相似评分会以统计图表来显示。
化学分子式查询
CA（美化学文摘）网络版数据库使用说明一、数据库简介CA（Chemical Abstracts）由美国化学文摘社(CAS--Chemical Abstracts Service)编辑出版，是涉及学科领域最广、收集文献类型最全、提供检索途径最多、部卷也最为庞大的一部著名的世界性检索工具。
CA报道了世界上150多个国家、56种文字出版的9500多种科技期刊、科技报告、会议论文、学位论文、资料汇编、技术报告、新书及视听资料，摘录了世界范围约98%的化学化工文献，所报道的内容几乎涉及化学家感兴趣的所有领域。
SciFinder Scholar数据库为CA（化学文摘）的网络版数据库，收录内容比CA更广泛，功能更强大。
利用现代机检技术，进一步提高了化学化工文献的可检性和速检性,更整合了Medline医学数据库、欧洲和美国等50几家专利机构的全文专利资料、以及化学文摘1907年至今的所有内容。
它涵盖的学科包括应用化学、化学工程、普通化学、物理、生物学、生命科学、医学、聚合体学、材料学、地质学、食品科学和农学等诸多领域。
它可以透过网络直接查看“化学文摘”1907年以来的所有期刊文献和专利摘要；以及八千多万的化学物质记录和CAS注册号。
SciFinder Scholar可检索数据库包括：CAplusSM:包含来自 150 多个国家、9000 多种期刊的文献，覆盖1907 年到现在的所有文献以及部分1907 年以前的文献，包括有期刊、专利、会议录、论文、技术报告、书等，涵盖化学、生化、化学工程以及相关学科，还有尚未完全编目收录的最新文献。
（目前＞2,430 万条参考书目记录，每天更新3000 条以上）MEDLINE®:包含来自 70 多个国家、3900 多种期刊的生物医学文献，覆盖1951 到现在的所有文献，以及尚未完全编目收录的最新文献。
（目前＞1300 万参考书目记录，每周更新4 次）REGISTRYSM: 涵盖从 1957 年到现在的特定的化学物质，包括有机化合物、生物序列、配位化合物、聚合物、合金、片状无机物。
第四章SciFinder相似结构检索
例子：
检索以下的相似结构
当绘制完结构后, 点击 Get Substance。 Get Substance 对话窗口框将会出现。
c 选择 Similarity Search 开始进行相似结构检索。
若绘制的结构含有 R 基团或 OK 后，便会出现以下的结构
3-5
可变原子 (X, Ak)， 按下 绘图错误窗口。
相似评分的显示
z 以整数显示， 不设小数点。
系统限制
z 只会显示 60 分以上的相似结构结果。 z 最多只能显示 20,000 个相似结果。
系统只能显示相似评分 60 分以上， 最多 20,000 个相似结构结果。
3-4
进行相似结构检索(Performance of Similarity Search)
检索的结果包括以下的数据。 z 物质基本数据 (如名称、结构、CAS 注册号) z 实验物性和计算物性 z 摘要、相关参考和书目数据 z 供货商目录数据 z 物质管制和注册数据 z 物质的反应数据 (只适用于有 SSM 账号的用户)
用户可以用再检索(Refine) 的功能令检索的结果更加精确。而只有在以结构再检索相似结构结果后，才 能使用分析 (Analyze) 的功能。 预览 (Preview) 和 自动提示 (Keep me posted – 只适用于 SciFinder 的用户) 的功能不能在此使用。
以下是 Tanimoto 的计算公式， 评分是以 CAS 的结构描述子为基本：
Tanimoto Score =
100 x C (QS + FS) – C
C = 代表检索结构和结果结构相同的描述子数目 QS = 代表在检索结构中的描述子数目 FS =代表在结果结构中的• 环数 • 原子排列 • 键排列 • 周边原子 • 相连原子数 • 元素成份 • 环类型
检索以下的相似结构
当绘制完结构后, 点击 Get Substance。 Get Substance 对话窗口框将会出现。
c 选择 Similarity Search 开始进行相似结构检索。
若绘制的结构含有 R 基团或 OK 后，便会出现以下的结构
3-5
可变原子 (X, Ak)， 按下 绘图错误窗口。
相似评分的显示
z 以整数显示， 不设小数点。
系统限制
z 只会显示 60 分以上的相似结构结果。 z 最多只能显示 20,000 个相似结果。
系统只能显示相似评分 60 分以上， 最多 20,000 个相似结构结果。
3-4
进行相似结构检索(Performance of Similarity Search)
检索的结果包括以下的数据。 z 物质基本数据 (如名称、结构、CAS 注册号) z 实验物性和计算物性 z 摘要、相关参考和书目数据 z 供货商目录数据 z 物质管制和注册数据 z 物质的反应数据 (只适用于有 SSM 账号的用户)
用户可以用再检索(Refine) 的功能令检索的结果更加精确。而只有在以结构再检索相似结构结果后，才 能使用分析 (Analyze) 的功能。 预览 (Preview) 和 自动提示 (Keep me posted – 只适用于 SciFinder 的用户) 的功能不能在此使用。
以下是 Tanimoto 的计算公式， 评分是以 CAS 的结构描述子为基本：
Tanimoto Score =
100 x C (QS + FS) – C
C = 代表检索结构和结果结构相同的描述子数目 QS = 代表在检索结构中的描述子数目 FS =代表在结果结构中的• 环数 • 原子排列 • 键排列 • 周边原子 • 相连原子数 • 元素成份 • 环类型
第四章数据库相似性搜索-PPT课件
基本局部比对搜索工具（BLAST）
• 变形
BLAST web服务器（/BLAST/）已经 被设计出来了，它能简化选择程序的任务。程序是基于查 询序列的类型（蛋白质序列，DNA序列还被翻译的DNA序列） 组织的。除此之外，特殊用途的程序被单独编组。例如， bl2seq，免疫球蛋白BLAST和VecSceen， 一个去除序列的 载体污染的程序。被设计用来搜索基因组数据库的程序也 被单独列出来。
第四章 数据库相似性搜索
王红岩
ห้องสมุดไป่ตู้
序
言
序列两两比对的一个主要应用就是在数据库中基于 相似性检索生物序列。这个过程包括提交查询序列和对 查询序列与数据库中的每一序列进行两两比对。所以数 据库相似性搜索就是一个大规模的序列两两比对。这种 类型的搜索是一种最有效的用来推导新测定序列功能的 方法。然而，第三章讲述的动态规划算法速度太慢因此 大多数时候是不实用的。为了提高序列比较的计算速度 需要特殊的搜索方法。这章将要介绍数据库搜索方法的 理论和应用。
基本局部比对搜索工具（BLAST）
第三步是用一个给定的得分矩阵给匹配的单词打分。 如果一个单词的得分高于某个阈值就认为它是匹配的。第 四步是通过用同样的得分矩阵给比对打分来从两个方向扩 展单词。扩展一直继续直到比对得分由于失配降低到一个 阈值之下为止（蛋白质序列的下降阈值是22 而DNA序列是 20）。得到的结果是叫做高得分片段对（HSP） 的无空位 连续片段对。在BLAST的原始版本中， 最高得分的高得分 片段对就作为最后的结果了。它们也叫做最大得分对。 在最近的BLAST的改进的程序中可以进行有空位比对。 在有空位的BLAST中， 用动态规划算法从两个方向扩展选 择的最高得分片段以引进空位。如果得分高于某个阈值扩 展就继续；否则就终止。然而，总的得分允许临时低于阈 值最后再达到阈值之上。在得到最后比对结果之前需要对 末端区域进行修整。
SciFinder的使用 物质检索与反应检索-供参考
③选择Exclude isotope‐containing substances ④确认
限定后得到756个返回结果
如何想了解更多关于结果的修饰情况，如何操作？
①点击Refine ①点
②选择Atom Attachment（原子附属） ③确认
显示该位点修饰情况 选择想要查看的位点 Refine下的Atom Attachment工具，可以量化分析各 个位点的修饰情况
OH O HO OH OH
Cl
OEt
Cl Br
OEt Br
Cl + COOH
OEt
如何检索这个反应？ 如何检索 个
选择变化只适用于指定的结构的位置（Variable only at the specified positions）精确反应检索
选择为复杂结构中的亚结构(Substructures of more complex structures)亚结构反应检索
进一步筛选得到3条反应
反应检索小结
. 画出完整的或部分的反应式进行检索 . 可进行精确检索或亚结构检索 . 通过Analyze/Refine功能来分析反应条件或限定收率等 . 可以获取相似反应信息及附加反应信息
三种类型检索的比较
检索类型
Exact Search 完全相同结构检索 （精确结构检索？） Substructure Search 亚结构检索
能检索得到的结果
与检索的结构完全相同，以及其多元 物质 （盐、聚合物、 化合物） 互变异构体 (Tautomers T Tautomers) ) 与检索的结构完全相同，以及其多元 物质 （盐、聚合物、化合物） 互变异构体 (Tautomers Tautomers) ) 含取代基的物质 与检索的结构完全相同，以及其多元 物质 （盐、聚合物、化合物） （盐 聚合物 化合物） 有相似结构的物质, 但其元素成份、 取代基和其位置与检索的结构不同两 者的结构相似，但并不是其亚结构， 如乙基 （甲基的结果便不会出现） 物质含有的环数目和检索的结构不同 （输入 6 – 5 环时， 有可能获得 6 – 6 环的结果）
scifinder使用教程
14
A division of the American Chemical Society
2013年9月13日
原文的摘要
SciFinder的摘要
The title freeze-dried powder for injection contains reduced glutathione, pH regulator, supporter and antioxidant. Reduced The invention discloses a reduced-type glutathione is identified by (1) dissolving the freeze-dried powder in glutathione freeze dried injection and making sodium hydroxide soln., adding sodium nitroprusside, shaking for technique, which is characterized by the following: displaying deep red, standing for displaying yellow, and shaking for displaying red again, and (2) testing the content of reduced loading 95.0%-105.0% reduced-type glutathione glutathione by HPLC at 210 nm on C18 column with mobile phase of phosphate (pH 3.0)-methanol (97:3). The content of reduced (C10H17N3O6S) to display white block and glutathione must be 95.0%-105.0% of amt. marked. The freezepowder; testing nitrosoferric sodium cyanide to dried powder has pH value in soln. of 5.0-6.5, drying wt. loss not more than 5.0%, impurities content not more than 4%, and bacterial display red; keeping the consistent reserving time endotoxin content less than 0.125 EU. The pH regulator comprises of main peak of sample solution as comparison sodium hydroxide, potassium hydroxide, sodium carbonate, potassium carbonate, sodium hydrogen carbonate, sodium phosphate, sample solution with pH value at 5.0-6.5; making potassium phosphate, disodium hydrogen phosphate. The supporter dried weight not over 5.0% and the content of comprises mannitol, glucose, sorbitol, sodium chloride, dextran, lactose, hydrolytic gelatin, polyethylene glycol and glycine. The relative material not more than 4%; limiting the antioxidant comprises sodium hydrogen sulfite, sodium thiosulfate, content of bacterial endotoxin less than 0.125EU; Me p-hydroxybenzoate, Et p-hydroxybenzoate, Pr phydroxybenzoate, sodium pyrosulfite or thiourea. The freeze-dried making other items satisfy the standard. powder for injection possesses stable controllable quality, and improved drug safety for patients.
scifinder 第4章 化学反应检索
4.3 从结构去检索反应（Search from One Side of Reaction） 检索例子
H N X N
检索左面结构的相关反应 产物 有一个卤原子连接苯环
请参考第三章的说明，有关怎样绘制结构和绘制结构工具的功能。
绘图方法： 用苯环工具绘制苯环。 点击环戊烷环工具，将鼠标移至已绘制的苯环的右边并加以点击，将苯环和环戊烷连合。 点击 X 菜单工具(选择 X： Any halogen 任何卤原子)，在环结构以外的地方点击。 点击可变的取代位置工具。 点击及拖曳 X 取代基至取代位置。取代基将和其位置将显示为红色。在取代基和取代位置之间会 出现一条虚线。
选择感兴趣的作者后(Macor, John E.)，感兴趣 的内容已经用黄色所显现出来，同时也显现出 同时包含多个不同作者的信息，可以继续点选 感兴趣的内容查看。 同时反应界面也出现相应的变化，如下图。
10
在反应记录数下方出现了黄色的状态栏，表示目前选择了何种分析结果，可以点击 Keep Analysis 来 获取当前分析结果，也可以通过点击 Clear Analysis 来清除当前的选择。
。
将光标置于反应参与者的某个键上，点击，键会被画上垂直的双重线以作标记。
官能团工具（Functional Group Tool） 官能团工具用于绘制时插入官能团。 插入官能团的方法： 1) 在垂直工具面板上，点击 ，会显示出官能团对话框。
2) 从窗口底部的 Terms displayed 区域选择一个选项。 3) 选择一个官能团或一类官能团。 4) 左侧窗口或高亮显示所选项，选择并点击。 5) 在文本框中键入几个字母，直到下方高亮显示出官能团。 6) 官能团（或列表中最匹配的官能团）会高亮显示在左方，并且名称或结构显示在右边窗口。 点击编辑窗口中的结构，官能团即被插入。 注意： 除了在结构编辑器中使用外， 不参加反应的官能团 （Non-participating functional groups） 可在反应检索中用检索设置项或限定标准。
scifinder web版
计算物性数据 (Calculated Properties)
保留物质 (Keep Substances)
分析和再检索结果 (Analysis / Refine)
物质的相关文件 (Reference Information related to Substances) 检索更多的相关资料 (Get Related...)
Reverse Shortcut 倒转已选的快捷方式表示 (如：COOH Æ HOOC)
Flip Horizontal
水平地翻转已选的结构图
Flip Vertical
垂直地翻转已选的结构图
Fuse Fragments
融合两个已选的结点或碎片
EБайду номын сангаасit Preferences…
Database Settings…
分析取代原子 (Analyzing Substitution Atom)
P. 1 – 1 P. 1 – 2 P. 1 – 8 P. 1 – 21 P. 1 – 23 P. 1 – 26 P. 1 – 26
P. 2 – 1 P. 2 – 2 P. 2 – 6 P. 2 – 6 P. 2 – 7 P. 2 – 7 P. 2 – 8 P. 2 – 9 P. 2 – 10 P. 2 – 11 P. 2 – 12 P. 2 – 13 P. 2 – 14
多步反应显示 (Display Multi-steps Reaction)
有关化学反应之文件 (References of Reaction)
反应分析 (Analyze)
再检索反应式 (Refine)
指定反应物/试剂和产物的化学反应 (Define the Reaction Roles) 以官能团检索 (Search by Functional Group)
保留物质 (Keep Substances)
分析和再检索结果 (Analysis / Refine)
物质的相关文件 (Reference Information related to Substances) 检索更多的相关资料 (Get Related...)
Reverse Shortcut 倒转已选的快捷方式表示 (如：COOH Æ HOOC)
Flip Horizontal
水平地翻转已选的结构图
Flip Vertical
垂直地翻转已选的结构图
Fuse Fragments
融合两个已选的结点或碎片
EБайду номын сангаасit Preferences…
Database Settings…
分析取代原子 (Analyzing Substitution Atom)
P. 1 – 1 P. 1 – 2 P. 1 – 8 P. 1 – 21 P. 1 – 23 P. 1 – 26 P. 1 – 26
P. 2 – 1 P. 2 – 2 P. 2 – 6 P. 2 – 6 P. 2 – 7 P. 2 – 7 P. 2 – 8 P. 2 – 9 P. 2 – 10 P. 2 – 11 P. 2 – 12 P. 2 – 13 P. 2 – 14
多步反应显示 (Display Multi-steps Reaction)
有关化学反应之文件 (References of Reaction)
反应分析 (Analyze)
再检索反应式 (Refine)
指定反应物/试剂和产物的化学反应 (Define the Reaction Roles) 以官能团检索 (Search by Functional Group)
scifinder web使用
检索途径
Note：初次使用结构检索时需要安装java插件
SciFinder物质检索——物质标识符检索
帕拉米韦，是一个新颖的环戊烷类抗流感病毒药物，临床数据证明其对甲型和乙型流感有效， Peramivir； CAS No： 330600-85-6
输入物质名称、 CAS号等
检索到帕拉米韦
物质涉及的文献 物质涉及的反应 物质的商业来源信息
密码： 必须包含 7-15 个字符，并且至少包含三个以下字符： 字母 数字 混合的大小写字母 非字母数字的字符（例如 @、#、%、&、*） 密码设置小技巧： 1：不要和账号中有重复的字符 2：密码格式最好是abc@123
您所注册用的邮箱中会收到CAS的确 认邮件，点击完成注册过程
SciFinder Web文献检索-主题检索
功能高分子材料的合成相关的文献 synthesis of functional polymer materials
输入关键词
各个关键词之间可以用介词连接，如of with 等
文献检索的候选项
“Concept”表示做了同意词的扩展 “Closely associated with one another” 表示同时出现在一个句子中 “were present anywhere in the reference” 表示同时出现在一段话中
负电子
常见环，多元环工具
SciFinder物质检索——精确结构检索（ Exact search ）
如果想检索帕拉米韦这个具体物质，可以使用Exact Structure检索，点击确定后，可以在原java界面看 到对应的结构
精确结构获取物质的本身，盐，混合物，聚合物等
选择立体匹配
物质本身、水合物、盐等
scifinder介绍及使用教程
A division of the American Chemical Society
SciFinder Scholar
SciFinder 包含 六大数据库
CAplus：
Part of The Process TM
大于2600万条文章记录，包含CA纸本和光盘的所有内容，同时 还收录1907年以前的上万条记录 Medline： 大于1600万条文章记录 CAplus+Medline=世界上最大的文摘数据库 Registry： 3000多万个有机无机物质，5800多万生物序列， 世界上最大的物质数据库 Chemcats：1200万条化合物商品信息 世界上最大的化学品商业数据库 Chemlist： 近24万条管制品信息
Agenda
• 什么是SciFinder －背景介绍 • 为什么要用SciFinder －功能介绍
• SciFinder 与机构作者检索
• 如何使用SciFinder－在线演示
A division of the American Chemical Society
SciFinder Scholar
Part of The Process TM
Part of The Process TM
CA on CD
1977 一个多月 √ × √ × × ×
SciFinder Scholar 1907（上万条记录回溯到 1900年以前）
一天 √ √ √ √ √ √
反应式检索
类反应式检索 分析与二次检索 检索效率 检索速度
×
× × 低 慢
×
× × 不高 尚可
Agenda
• 什么是SciFinder －背景介绍 • 为什么要用SciFinder －功能介绍
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- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
Structure components 即可。
3-3
注意事项
z 相似检索并不适用于 R 基团、可变的原子、重复单元和可变的取代位置工具。 z 分析和再检索不适用于相似结构检索。 z 在再检索结果时， 相似评分将不会显示。 z 相似评分不能以 sfr 形式保存 (只适用于 SciFinder) 。 z 不能使用预览功能。
3-13
与亚结构检索
不 能 在 亚 结 构 检 索 中 得 到 518360-49-1 ， 518360-50-4 和 518360-52-6
结束相似结构检索(Finish Similarity Search)
完成相似结构检索后， 从文件菜单 File Menu 中选择新任务 New Task， 或在主菜单条中按下 New Task 的图像。 结束 SciFinder，从文件菜单 File Menu 中选择离开 Exit SciFinder，或在主菜单条中按下 Exit 的图 像。
检索的结果包括以下的数据。 z 物质基本数据 (如名称、结构、CAS 注册号) z 实验物性和计算物性 z 摘要、相关参考和书目数据 z 供货商目录数据 z 物质管制和注册数据 z 物质的反应数据 (只适用于有 SSM 账号的用户)
用户可以用再检索(Refine) 的功能令检索的结果更加精确。而只有在以结构再检索相似结构结果后，才 能使用分析 (Analyze) 的功能。 预览 (Preview) 和 自动提示 (Keep me posted – 只适用于 SciFinder 的用户) 的功能不能在此使用。
d可点选 Filters， 来限制检索结果到指定选择。按下 OK 后， Tanimoto 的相似评分会以统计图
表来显示。
选择合适的评分， 然后按 Get Substances 查看相似之结构。
3-6
相似评分会于 CAS 注册号下显示。 用户可作再检索，按下 Analyze/Refine 中的 Refine， 再检索窗口对话框便会出现结果。 注意： 相似结构检索不能直接使用分析功能 (Analyze)， 用户必须先以结构进行再检索 (Refine)
亦可同时查出以下的异构体
3-11
3-12
相似结构检索
可检索得到的结果： 包括结构相同物质，以及用 Tanimoto 方法计算相似评分分值超过 60
相似度分布
只有用相似结构检索才能取得的结果 (请注意圆圈部分!)
完全相似结构检索与其它检索方法的比较
与完全相同结构检索比较 比较
不能在完全相同结构检索中得到 288570-06-9 和 288570-07-0.
相似结构检索的参考文件 (Reference Data of
Similarity Search)
z SciFinder Scholar 的 Help (按下 Index 和进入 Similarity Searching)
z P. Willett, J.M. Barnard, and G.M. Downs, “Chemical Similarity Searching”, J. Chem. Inf. Comput. Sci. , 38, 983-996 (1998).
以下是 Tanimoto 的计算公式， 评分是以 CAS 的结构描述子为基本：
Tanimoto Score =
100 x C (QS + FS) – C
C = 代表检索结构和结果结构相同的描述子数目 QS = 代表在检索结构中的描述子数目 FS =代表在结果结构中的描述子数目
结构描述子的介绍 • 原子数 • 环数 • 原子排列 • 键排列 • 周边原子 • 相连原子数 • 元素成份 • 环类型
Similarity Search 相似结构检索
z 与检索的结构完全相同，以及 z 其多元物质 (盐、聚合物、 化 合物)
z 互变异构体 (Tautomers) z 与检索的结构完全相同，以及 z
其多元物质 (盐、聚合物、化 合物) z 互变异构体 (Tautomers) z 含取代基的物质 z 与检索的结构完全相同，以及 z 其多元素物质 (盐、聚合物、 化合物) z 有相似结构的物质, 但其元 素成份、取代基和其位置与检 索的结构不同 z 两者的结构相似，但并不是其 亚结构，如乙烷基 (甲基的结 果便不会出现) z 物质含有的环数目和检索的 结构不同 (输入 6 – 5 环时， 有可能获得 6 – 6 环的结果)
相似性的计算中并不考虑以下因素
z 氢原子的数目 z 离子 z 同位素标识 z 立体结构
多元物质的处理
z 每一个多元物质的成份，都会被给予相似评分 (Tanimoto score) 。 最高评分的成份
物质，将会在分析相似的结果中显
z 用户检索单一物质时， 点击 Get 3-2
示。 Substance 后， 按下 Filter 中的
不能检索得到的结果 含取代基的物质
两者的结构相似， 但并不是 其亚结构，如乙烷基 (甲基的 结果便不会出现)
结果的结构有较大的取代基 (相似程度低)
三种检索的相互关系
相似结构检索 亚结构检索
相似结构检索
完全相同结构检索
3-8
具体例子： 利用不同的检索方法来查询华法林 (Warfarin) 的结构
相似评分的显示
z 以整数显示， 不设小数点。
系统限制
z 只会显示 60 分以上的相似结构结果。 z 最多只能显示 20,000 个相似结果。
系统只能显示相似评分 60 分以上， 最多 2rformance of Similarity Search)
例子：
检索以下的相似结构
当绘制完结构后, 点击 Get Substance。 Get Substance 对话窗口框将会出现。
c 选择 Similarity Search 开始进行相似结构检索。
若绘制的结构含有 R 基团或 OK 后，便会出现以下的结构
3-5
可变原子 (X, Ak)， 按下 绘图错误窗口。
3-7
比较: 完全相同结构检索、亚结构检索和相似结构检索 (Differences between Exact Chemical Structure Search,
不同类型的检索、会得到不同的结果
检索类型
能检索得到的结果
Exact Search 完全相同结构检索
Substructure Search 亚结构检索
第四章 SciFinder 相似结构检索 (Similarity Search)
若用户的账号附有 SciFinder Substructure Module (SSM) 的功能，就能用以相似结构检索以下的物质。 z 与已绘画的结构完全相同 (跟第二章的完全相同结构检索相同) z 包含检索结构的多元物质，例如: 聚合物, 配合物等 z 结构相似的物质，但元素成份、取代基和其位置有所不同 z 结构相似的物质，但只有少部分与检索结构互相符合 z 与检索结构相似，但有不同大小的环结构
3-1
相似结构检索简介 (Introduction of Similarity Search)
在相似结构的检索中， SciFinder 会用 Tanimoto 程序来检索与查询物质相似的结构，并给予相似 评分。
相似结构评分
相似检索能找出与查询结构最为相似的结构，其 2-D 小分子的相似度会以 Tanimoto 程序来计算。
检索结果的数目
完全相同结构检索 (135 项)
可检索得到的结果： 华法林和其盐、离子、立体异构体、互变异构体、含氘的标识化合物
3-9
以上环形结构亦会被检索出来
3-10
亚结构检索 (1138 项)
可检索得到的结果： 包括结构相同物质， 以华法林为取代基的物质，以及其多元物质(盐、化 合物、附加物)
z P. Willett, “Similarity-based approaches to virtual screening.” Biochem. Soc. Trans. , 31, 603-606. (2003).
3-14