Gaussian软件使用方法技巧1

Three methods for finding the transition state
TS 需要自己给出过渡态构型
Qst2 需要输入反应物和产物分子结构，先后通过两组连续的标题和分子说 明部分定义
原子坐标顺序必须一致 ！
Qst3 需要输入反应物，产物和最初的过渡态结构，先后由三组连续的标题 和分子说明部分定义
BCOT minus
01
15 19 1.8 F
15和19号原子将其距离固定为1.8A后优化
随后将优化好的结构算过渡态 opt（calcfc , ts ,noeigen）
如果还没有找到的话，可以对你猜测的构象进行频
率分析，然后查看有没有你所要的虚频，如果有的 话用GV vibrations 最下面的manual displacement 调节 震动，选中你需要的虚频向左调0.2-0.4或者你不要 的虚频向右调0.2-0.4以微调构象，然后接着套用 opt(ts,calcfc,noeigen)继续找过渡态。
方法一：第一步是将主要参加反应的键长延长20%-40%，然后固定该键进行构 象优化，然后再用TS+calcfc找过渡态。
如何固定键优化？(新建一个文件夹，将需要延长键的那个结构的chk文件 放入文件夹内。)
%chk=xx
需要延长键的那个结构的文件名
%mem=800mb
%nprocshared=4
#p b3lyp/6-31G(d) opt=Modred geom=check freq=noraman
方法二：从产物构象SCAN参加反应的键长，逐渐拉长键长优化然后看能量的变化趋势 （注意这里只选择一个键），选取能量的最高点的坐标进行过渡态优化
opt=modred
01
C
1.41432400 0.09460100 0.31826800
H
1.42370000 0.10775400 1.42899000
经验
这个方法是计算中最常用到的方法。它只需要你提供在反应坐标上位于TS两边 的结构就可以了，程序会拟合两个结构来计算过渡态。一般人说最好是反应物和产 物，这里我不认同。我认为初始的两个species的反应坐标为TS+n和TS-n，且n越小 越好，这样拟合的结果更为接近TS的结构。一般先要确定两个species一定是在反应 坐标上位于TS两侧的。这一点很简单，只需要自由优化一下，看结构式跑向R还是 跑向P就可以了。如果都跑向R/P，那么就改变一下反应的主坐标参数，这个确认步 骤很简单，只需要跑几个点。确认完两个结构现在反应坐标上位于TS两侧后，分别 固定两个species的反应主坐标参数进行优化，目的是为了让除了主坐标参数以外的 其他部分都达到一个较为合理的结构，便于qst2/qst3的进行。这一步优化不用优化 到完全收敛，只需要在能量曲线平坦之后即可取出结构做qst2/qst3，节省时间，通 常来说20步足以。
Βιβλιοθήκη Baidu
QST2（反应物产物需要优化，反应物产物原子序
数一样，反应物与产物中间应该没有别的中间体并
且只有一个过渡态,且产物反应物构型变化不大）
opt=(calcfc,qst2) freq=noraman 空行 RE 空行 反应物坐标 空行 PR 空行 产物坐标 空行 自定义基组
QST3（反应物产物需要优化，反应物产物原子序
QST2/QST3方法的优点是傻瓜式，只需要给出两个species即可，唯一需要注意的 就是这两个species必须在反应坐标上位于TS的两侧。这个方法也有一个缺点就是时 间耗费的比较长。但是这个方法在gaussian中是最常用的，也是最方便的寻找过渡 态或者过渡态初始构型的重要方法。强烈推荐。
TS
数一样，反应物与产物中间应该没有别的中间体并
且只有一个过渡态,且产物反应物构型变化不大）
opt=(calcall,qst3, noeigentest) freq=noraman 空行
RE 空行 反应物坐标 空行
PR 空行 产物坐标 空行
Transtration state 空行 过渡态坐标 空行 自定义基组
H
2.47445600 0.12780100 0.00402400
C
0.66866000 1.30146700 -0.16992700
H
1.26438900 2.14276400 -0.50621500
C
-0.66890700 1.30134300 -0.16992700
H
-1.26479300 2.14252900 -0.50621700
B 1 4 S 20 0.1
将键长为1.9的那个优化好的构型带入opt（ts,calcfc, noeigen）,算过渡态。
How to find the transition state efficiently
Transition state
过渡态结构指的是势能面上反应路径上的能量最高点，它通过最小能量 路径(minimum energy path,MEP)连接着反应物和产物的结构（如果是多步反 应的机理，则这里所指反应物或产物包括中间体）