alignment
ALIGNMENT
专利名称：ALIGNMENT发明人：HAMAZAKI FUMYOSHI,IGARASHI HAJIME,NAKAI AKYA,AYADA NAOKI 申请号：JP6433287申请日：19870320公开号：JPH0468767B2公开日：19921104专利内容由知识产权出版社提供摘要：PURPOSE:To improve accuracy of alignment, by performing measurement in a substituted region when abnormal values are detected in the amount of shift of an original plate to a substrate in prescribed regions on the substrate and performing theta directional alignment of the substrate on the basis of the results of measurement and next performing alignment of the original plate to the substrate in the respective regions. CONSTITUTION:The amount of position shift of an original plate RT to a substrate WF in prescribed regions on the substrate WF is measured by observing light which transmits a projection optical system LN and is reflected on or diffracted from marks on the substrate WF. When abnormal values are detected from the measurement, a substituted region is automatically selected and the measurement is performed in the substituted region. theta directional alignment of the substrate WF is performed on the basis of the results of measurement, and next alignment of the original plate RT to the substrate WF is performed in their respective regions. Hence, following alignment is performed on the basis of the measured values which are high in reliability in the substituted region, and so the alignment of the original plate to the substrate can be performed with good accuracy.申请人：CANON KK更多信息请下载全文后查看。
alignment
BAliBASE: A benchmark alignment database for the evaluation of multiplealignment programsJulie D. Thompson, Fridiric Plewniak and Olivier Poch.Institut de Ginitique et de Biologie Moliculaire et Cellulaire,(CNRS/INSERM/ULP), B.P. 163, 67404 Illkirch Cedex, France.E-mail : julie@igbmc.u-strasbg.frIn recent years improvements to existing alignment programs and the introduction of new iterative algorithms have changed the state-of-the-art in multiple sequence alignment. In spite of the wide variety of alignment programs now available, there have been few comparisons of the relative performance and reliability.BAliBASE (1) is a database of manually-refined multiple sequence aligment specifically designed for the evaluation and comparison of multiple alignment programs. The reference alignments are categorised by core blocks of conservation, sequence length, similarity, and presence of insertions and N/C-terminal extensions. The sequences included in the database are selected from structural databases or from manually constructed alignments in the literature. The alignments are manually verified and adjusted, to ensure that conserved residues are aligned as well as the secondary structure elements.BAliBASE (version 1.0) consists of 142 reference alignments, containing over 1000 sequences. The alignments are divided into 4 hierarchical reference sets, reference 1 providing the basis for construction of the following sets. Each of the main sets may be further sub-divided into smaller groups, according to sequence length and percent similarity. Reference 1 contains alignments of (less than 6) equi-distant, similar length sequences. Reference 2 aligns up to three "orphan" sequences (<25% identical) with at least 15 closely related sequences. Reference 3 consists of up to 4 sub-groups, with less than 25% residue identity between sub-groups. Reference 4 contains alignments including N/C-terminal extensions (up to 400 residues), or internal insertions (up to 100 residues).A comparison of alignment programs (2) using the BAliBASE alignments has shown that the choice of an alignment program depends on the sequence set to be aligned, and no single *best9 program exists. It was demonstrated that the twilight zone still exists as a real barrier for all of the programs in the study, but that the best programs were still capable of aligning on average 47% of the residues below the twilight zone at 10-20% residue identity. The recently developed iterative programs often offered improved alignment accuracy although a heavy time penalty was incurred.A notable exception was the effect of introducing a single divergent sequence into a set of closely related sequences, causing the iteration to diverge away from the best alignment. Global alignment algorithms generally performed better than local methods except in the presence of large terminal extensions and internal insertions. In these cases, a local algorithm was more successful in identifying the most conserved motifs. Global programs which tend to favour a collinear alignment of the entire lengths of the sequences were less successful, often producing a total misalignment. None of the alignment programs in the study were capable of producing good, reliable alignments in all of the BAliBASE reference tests.The results of the study should allow users to select the most suitable program depending on the set of sequences to be aligned, thus improving the accuracy of the automatic alignment and reducing the manual refinement required to obtain the final, optimal alignment. The results also indicate guidelines for the future development of multiple alignment programs.References1.Thompson, J.D., Plewniak, F. and Poch,O. (1999) Bioinformatics 1, 87-88.2.Thompson, J.D., Plewniak, F. and Poch,O. (1999) Nucl. Acids Res., (in press)。
对齐Alignment——一种新的多群组分析法
·研究方法(Research Method)·
DOI: 10.3724/SP.J.1042.2019.00181
对齐(Alignment) —— 一种新的多群组分析法
温聪聪 1 伍伟平 1 林光杰 2
(1 厦门大学海外教育学院/国际学院, 厦门 361102) (2 厦门大学新闻传播学院, 厦门 361005)
摘 要 进行跨群组的因素均值比较需要检验测量工具的可比较性, 常见的做法是使用多群组 CFA 检验各群
组的截距恒定性, 但截距恒定假设因其过于苛刻而往往无法满足。对齐法在这一背景下应运而生, 通过检验构
性(measurement invariance, Davidov et al., 2014;
唯一的男性比女性更信教的国家”的结论。但当及
Millsap, 2011)来得出量表维度是否具备跨群体可
时了解到在土耳其这样的伊斯兰国家, 即使女性
比较性的结论。检验测量恒定性包括检验构置恒
信教, 一般也不允许女性参与宗教服务, 作者判
measurement invariance) 、 残 差 恒 定 (uniqueness
收稿日期: 2018-03-08 通信作者: 温聪聪, E-mail: wencong001@
invariance 或 strict measurement invariance)、因素 方 差 − 协 方 差 恒 定 (factor variance-covariance
置恒定模型中参数的近似恒定性而进行跨群组因素均值比较。文章介绍了多群组 CFA 和对齐法的原理, 运用
机械加工常用基础英语名词术语翻译对照大全
fabrication tolerance.制造容差
fabrication 加工，制造
fabrication.制造
feeder馈电线
ferritic .铁素体的
field fabricated 工地制造的，现场装配的
field installation 现场安装
back-feed反馈
base material基底材料
bellow type 波纹管式
bend.弯管弯头
Bending： 挠曲
beveling 磨斜棱，磨斜边
blinding plate盲板
blind挡板
blowhole气泡，气孔
master schedule 主要图表， 综合图表， 设计任务书， 主要作业表
material certificate.材料合格证
metallic luster 金属光泽
motor lead电动机引出线
name plate名牌， 商标
National Electrical Code 全国电气规程
cement lined piping 水泥衬里
channel bases沟渠基底
check against 检查， 核对
check valve止回阀
chipping修琢
chronometer精密计时表
Circuit breaker断路开关
circumferential joint 周圈接缝
process pipe 工艺管道
purchased material list原材料进货单
push button station按钮式控制站
qualification： 合格性
Alignment(对齐)
●为什么要对齐？ • 简化了处理器与内存之间传输系统的设计 • 可以提升读取数据的速度，现代存储系统 都采用许多并行的存储芯片来提高读取效 率。
• 比如在32位机上每次读都是从偶地址开始，如果一个 int型存放在偶地址（4的倍数）开始的地方，那么一 个读周期就可以读出。而如果存放在奇地址开始的地 方，就可能会需要2个读周期，并对两次读出的结果 的高低字节进行拼凑才能得到该int数据。显然在读取 效率上下降很多。
0
i
c
4
j
8
S2：
0
i
4
j
c
8
实际上S2占用了 只需要9个字节 12字节
对于“struct S2 d[4]”，只分配9个字节能否满足对齐要求？不能！
S2：
i
j
c
X X X
也需要12个字节
● 结构体模数
结构体模数是#pragma pack指定的数值和 结构体内部最大的基本数据类型成员长度中 数值较小者。结构体的长度应该是该模数的 整数倍。
Alignment(对齐) 举例
例如，考虑下列两个结构声明： struct struct S1 { int i； char c； int j； }；
}；
在要求对齐的情况下，哪种结构声明更好？
0 4 8
X X X
S2 { int int char
i； j； c；
S2比S1好 需要12个字节
S1：
每4个字节可同时读写
● 什么是对齐？ 许多实际的计算机系统对基本类型数据在内存中 存放的位置有限制，它们会要求这些数据的起始 地址的值是某个数k的倍数，这就是所谓的内存对 齐，而这个k则被称为该数据类型的对齐模数 (alignment modulus)。
alignment with用法
alignment with用法alignment with用法Alignment with是一种表达方式，用来描述一个事物与另一个事物之间的对齐或一致性关系。
在创作中，我们可以使用alignmentwith来表达各种不同的概念和含义。
下面是alignment with的几种常见用法及其详细讲解：1. Alignment with目标在这种用法中，alignment with表示某个事物与目标之间的一致性。
例如：•The company’s strategy is in alignment with its long-term goals.•Our actions should be in alignment with our values.在这些例子中，alignment with表示行动或策略与目标保持一致，即保持内外部的协调和一致性。
2. Alignment with利益在这种用法中，alignment with表示某个事物与利益之间的对齐。
例如：•The new policy is in alignment with the interests of both employees and stakeholders.•The government’s decision is not in alignment with the interests of small businesses.这种用法下的alignment with表示某个决策、政策或行为是否符合各方的利益，是否对各方都有好处。
3. Alignment with价值观在这种用法中，alignment with表示某个事物与价值观之间的一致性。
例如：•The candidate’s stance on environmental issues is in alignment with the party’s values.•The company’s commitment to diversity is in alignment with its core values.此用法下的alignment with表示某个行动、决策或行为是否符合某个组织或个人的价值观。
Alignment
顯示器
CCD 2 CCD N
影像處理 LSI
CPU
馬達控 制器
對位台框
CCD CCD照明
CCD 底片 底片固定框 基板
ＸＹθ 對位台
對位馬達
CCD對位重要參數說明
• PE :基板與底片的尺寸差異. • ME :底片漲縮變化. • JE : 以基板與底片的相對差異,決定是否曝光. • 對位模式選擇. (Judge mode)
No pitch error
Pitch error
對位模式 (3) XnYn
依基板及底片的對位靶點中心的個別 X, Y 的偏 移量為依據, 作為判斷是否符合曝光條件. 若否, 則予以剔退或者重新對位.
例如: 設定JE值是20um, 必須滿足 :
X1
to X4 ≤ 20 µm, Y1 to Y4 ≤ 20 µm. 在靶位處的
XnYnCircle 即靶位中心對位模式. 以致 大量剔退.
Thank you
底片靶位
基板靶位
No pitch error
實際判別 區域
可移動靶 位實際區 域
Pitch error
虛擬標靶 靶位
對位模式 (4) Xn,Yn-CIRCLE
依基板及底片的對位靶點中心的絕對偏移量為 依據, 作為判斷是否符合曝光條件. 若否, 則予 以剔退或者重新對位. 此對位模式條件會比 XnYn更為嚴格.
Camera 2 View Area PWB Mark Center
Mask Mark Center
對位原理圖解說明
底片靶位
基板靶位
實際判別 區域
可移動靶 位實際區 域
No pitch error
Pitch error
Alignment 属性
部分
描述
object
对象表达式，其值是“应用于”列表中的一个对象。
Number
整型值，指定对齐类型，“设置值”中有详细描述。
设置值
对CheckBox和OptionButton控件，number的设置值如下：
常数
设置值
描述
VbLeftJustify
0
（缺省值）文本是左对齐的，控件是右对齐的
Alignment属性（CheckBox或OptionButton）
设置或返回一个值，决定CheckBox或OptionButton控件、控件中的文本、或DataGrid控件列中的值的对齐方式。对CheckBox、OptionButton和TextBox控件在运行时为只读。
语法
object.Alignment[=number]
VbRightJustify
1
文本右对齐，控件对齐。
对Label和TextBox控件，number设置值为：
常数
设置值
描述
VbLeftJustify
0
（缺省值）文本左对齐。
VbRightJustify
1
文本右对齐
VbCenter
2
文本居中
对DataGrid列,number设置值为:
常数
设置值
描述
DbgLeft
0
文本左对齐。
DbgRight
1
文本右对齐。
DbgCenter
2
文本居中。
DbgGeneral
3
（缺省）通用形式－文本左对齐；数值右对齐。
说明
可以在OptionButton和CheckBox控件的右边或左边显示文本。缺省值情况下，文本是左对齐的。
对对齐(alignment)的一些认识
对对齐(alignment)的一些认识关于内存地址对齐，尤其是struct中成员的对齐导致的struct的size问题很多人(包括我:()似乎都没有一个比较清晰的认识，所以产生了整理这方面思路和帖子的想法，下面的文字是资料、文档、实验和推测的混合体，有错误是肯定的:)。
能给您提供一点帮助，是我最大的愿望。
(有点麻了)引：struct s {char c;int i;}; 在sizeof(char)=1 sizeof(int)=4的情况下sizeof(struct s)为什么经常是8不是5？这个就是对齐(alignment)的缘故。
那么什么是对齐？现代计算机中内存空间都是按照byte划分的，从理论上讲似乎对任何类型的变量的访问可以从任何地址开始，但实际情况是在访问特定变量的时候经常在特定的内存地址访问，这就是对齐。
为什么呢？msdn for vc6中有这么一段：This principle is especially important when you write code for porting to multiple processors. A misaligned 4-byte data member, which is on an address that is not a multiple of four, causes a performance penalty with an 80386 processor and a hardware exception with a MIPS® RISC processor. In the latter case, although the system handles the exception, the performance penalty is significantly greater.大意是：1.某些硬件平台只能在某些地址处取某些特定类型的数据，否则抛出硬件异常。
Alignment
71535 B © Copyright SPM Instrument AB 1997
1
What is Alignment?ห้องสมุดไป่ตู้
It is the correction of relative position of two machines so that Center lines of two rotating shafts form a straight line when the machines are working at normal operating temperature.
71535 B © Copyright SPM Instrument AB 1997
22
Which Method To Be Used?
If L > D Reverse Indicator L
D/2
71535 B © Copyright SPM Instrument AB 1997
23
Combination Method
71535 B © Copyright SPM Instrument AB 1997
7
Skewed Misalignment
71535 B © Copyright SPM Instrument AB 1997
8
Recognition Of Misalignment
1. 2. 3. 4. 5. 6. 7.
71535 B © Copyright SPM Instrument AB 1997
10
1. Vibration Spectrum Analysis
Angular - Axial vibration at 1X RPM Offset - Radial vibration at 2X or 3X RPM
序列比对
•
•
tblastn：蛋白序列对核酸库的比对，将库中的核酸翻译成蛋白序列， 然后进行比对。
tblastx：核酸序列对核酸库在蛋白级别的比对，将库和待查序列都 翻译成蛋白序列，然后对蛋白序列进行比对。
基因组BLAST
基本BLAST有5种。
基本blast
粘贴序列
结 果 显 示
结 果 显 示
结 果 显 示
序列比对的生物学依据
• 生物信息学的基础：
1. 所有的生物都起源于同一个祖先； 2. 序列不是随机产生，而是在进化上，不断发生着演 变； 3. 基本假设： 序列保守性 结构保守性（功能保守性）
序列比对的生物学依据
生物信息学的两大基本任务： 1. 找到两条序列的相同点 和不同点； 2. 解释它们为什么相同， 为什么不同；
• 功能非常强大，可以用来计算进化距离，构建系 统发育树等
MEGA
竖线：一致性 (identities) 缺口(gap)：不同之处
MEGA
• Mega（Molecular Evolutionary Genetics Analysis） 是一个界面友好、操作简便、功能强大的分子进 化遗传分析软件，也是文献中经常用到的分析软 件。 • 里面附带了MUSCLE， Clustal可以进行全局比对
序列比对
李建文 lijianwen@
课程简介
1. 2. 3. 4. 什么是序列比对 序列比对的生物学依据 基本概念 各种比对软件的使用
学习目标
1. 了解序列比对的基本概念和意义 2. 初步掌握几种常用的比对软件，并解决相关问 题
什么是序列比对
• 序列比对（alignment）：为确定两个或多个 序列之间的相似性以至于同源性，而将它们按 照一定的规律排列。
alignment的用法总结大全
alignment的用法总结大全（学习版）编制人：__________________审核人：__________________审批人：__________________编制学校：__________________编制时间：____年____月____日序言下载提示：该文档是本店铺精心编制而成的，希望大家下载后，能够帮助大家解决实际问题。
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alignment例句 -回复
alignment例句-回复什么是alignment?Alignment是指某个人或团体对特定主题或价值观的支持或一致。
当个体或组织对于某个主题或价值观的行为和信念与其表达的目标保持一致时，我们可以说其具有alignment。
在现实世界中，alignment的概念广泛应用于各个领域，包括政治、商业、教育等。
一个政治团体或个人可以与某个特定政治派别或政策方向保持alignment，一个商业企业可以选择与某个特定价值观相一致的市场，一个教育机构可以遵循某种特定的教育理念。
通过保持alignment，个体或组织可以更好地实现其目标，并与其所处的环境保持一致性。
Alignment在商业领域的应用非常广泛。
企业可以选择与某个特定的价值观或社会责任保持alignment。
例如，一家环保倡导企业可能会选择与环保组织合作，推动可持续发展和环境保护。
此外，企业还可以与特定的消费者群体保持一致，通过提供符合其价值观的产品或服务，获得更好的市场回应。
当前，越来越多的消费者更注重企业的社会和环境责任，他们更愿意支持那些与自己价值观保持一致的企业。
在教育领域，alignment的概念同样起到重要的作用。
教育机构可以选择与某种特定的教育理念保持alignment，以更好地推动学生的发展。
例如，一所强调自主学习和创造力的学校可能会选择与这种教育理念一致的教育方法和课程。
通过这种alignment，学校可以更好地满足学生和家长的期望，并确保教育目标的实现。
政治领域也是alignment的重要应用领域。
政治团体或个人可以选择与某个特定政治派别或政策方向保持alignment。
通过这种alignment，他们可以更好地推动自己的政治目标，并影响社会的发展。
政治alignment可以通过支持特定政治候选人或政策，参与相关的活动和运动，以及发表相关的言论和观点来体现。
然而，alignment并非一成不变的。
个体或组织的alignment可能会随时间和环境的变化而发生变化。
alignment的含义 生物信息学
文章标题：探究生物信息学中的"alignment"含义及其应用序一、引言在生物信息学领域中，"alignment"是一个非常重要的概念。
它不仅仅存在于DNA、RNA和蛋白质序列的比对中，还在分子进化、系统发育和结构生物学等各个方面有着广泛的应用。
本文将会深入探讨"alignment"的含义，以及它在生物信息学中的重要性和作用。
二、"alignment"的含义在生物信息学中，"alignment"通常指的是对两个或多个生物序列进行比对，并找出它们之间的相似性和差异性。
这个过程包括序列的排列和匹配，以便于发现序列中潜在的模式、结构和功能。
"alignment"通常分为全局比对和局部比对两种方式。
全局比对指的是对整个序列进行比对，而局部比对则是寻找序列中相互重叠的片段进行比对。
"alignment"的含义不仅仅局限于基因或蛋白质序列的比对，在生物信息学中，它还可以指代蛋白质的空间结构比对、基因组的相似性比对以及进化树的构建和比对等内容。
可以说"alignment"是生物信息学中不可或缺的重要概念。
三、"alignment"的应用1. DNA/RNA序列比对在基因组学和遗传学研究中，科学家们通常需要对DNA或RNA序列进行比对，以获取它们之间的相似性和差异性。
这有助于鉴定基因之间的同源性，发现基因组中的SNP（单核苷酸多态性）以及进行基因组演化和比较基因组学分析。
2. 蛋白质序列比对对于蛋白质序列的比对，可以帮助科学家们预测蛋白质的结构和功能。
而且，蛋白质序列的比对还可以用于寻找同源蛋白质、进行蛋白质进化分析以及预测蛋白质间的相互作用。
3. 结构生物学中的蛋白质结构比对在结构生物学领域，科学家们利用蛋白质结构比对来发现蛋白质的结构域、功能区域和结构间的相似性。
ALIGNMENT
专利名称：ALIGNMENT发明人：SHIBA MASATAKA,OSHIDAYOSHISADA,NAKAJIMA NAOTO,UTOYUKIO,NAKADA TOSHIHIKO申请号：JP16659784申请日：19840810公开号：JPS6146024A公开日：19860306专利内容由知识产权出版社提供摘要：PURPOSE:To improve alignment precision and a throughput, by constituting an alignment optical system which is movable radially an in a tangent direction of a reduction lens being interposed between a reticle and a wafer, and by forming an alignment mark on the reticle with a refraction pattern. CONSTITUTION:An alignment optical system 8, 8' (8' is an optical system section perpendicular to 8) is put on stages 9, 9' which can be moved in the tangent direction o a reduction lens 2 and stages 10, 10' which can be moved radially in relative to the lens 2. As alignment mark 5, 5' on a reticle 1, a mirror section 31 fir reflecting images of target marks 7, 7' on a wafer 3 and a hyperbola pattern section 34 neighboring the mirror section 31 are mounted, forming a refracted imate 33 of a refraction pattern on a position of an image to be formed by reflection on the face of the reticle 1. The optical system 8, 8' is moved so that light can be focused on the position of this image, for the purpose of doing alignment.申请人：HITACHI LTD更多信息请下载全文后查看。
Alignment空间的几点注记
Alignment空间的几点注记卢国祥【摘要】Alignment空间是一种由度量空间产生的度量空间,其中的度量函数称为Alignment距离.本文首先利用扩张结构的方法直接证明了Alignment距离是度量空间中的度量函数.接下来讨论了Alignment空间中逆序列和子序列的Alignment 距离之间的关系,给出了关于Alignment距离的一系列不等式.%Alignment space is a metric space generated from a given metric space. The distance function in it is called Alignment distance. Using the extension structure method, it is first theoretically proved that Alignment distance is a distance function in the Alignment space. Next, the relationship between the different Alignment distances of inverse sequences and subsequences in the Alignment space is discussed. A series of inequalities for these distances are further proposed.【期刊名称】《工程数学学报》【年(卷),期】2012(029)001【总页数】8页(P47-54)【关键词】Alignment空间;Alignment距离;扩张结构;逆序列;子序列【作者】卢国祥【作者单位】中南财经政法大学统计与数学学院,武汉430073【正文语种】中文【中图分类】O17;O2361 引言在信息科学、生命科学中经常会遇到离散或连续数据的比较，如接收信号和发送信号的对比[1]、对模拟或数字信号的广义差错纠错[2,3]、不同图象间的比对[4]、生物序列(DNA、RNA和蛋白质等)的比对[5,6]等等．在通信以及计算机领域，产生广义差错的信道模型与纠错码理论得到了大量研究[7-9]，文献[10]给出了一个综述介绍，并把具有广义差错的网络搜索问题列为重要的应用问题．以上讨论涉及的基本问题主要是序列间的关系，关键在于确定不同集合之间的度量以及讨论度量的合理性．从这些应用问题出发，沈世镒在文献[11,12]中初步讨论了它们当中度量的数学模型，提出离散数据集产生的Alignment空间的概念．随后文献[13]讨论了在一般的度量空间中广义差错的度量问题，对文献[11,12]作出推广，并证明一般的度量空间可以产生新的度量空间，称为由一般度量空间产生的Alignment空间，也简记为Alignment空间．因为Alignment空间不具有Hamming空间[14]中分量距离的叠加性，是一种非线性度量空间，所以其结构十分复杂，有关的数学讨论较Euclid空间、Hamming空间等困难．而Euclid空间、Hamming空间中的许多问题都可以在Alignment空间中讨论，许多有关广义差错信息处理的难点都与Alignment空间的结构有关，因此对其中任何理论的研究进展都会很有意义．本文在文献[13]的基础上对Alignment空间进行进一步讨论．在第2节利用扩张结构的方法对Alignment距离是度量空间中的度量函数给出了另外一种直观的证明，这是文献[13]结果的重要补充．在第3节给出了Alignment空间中的一些特殊序列Alignment距离大小关系的几个上界，并且说明了由不同度量空间产生的Alignment空间的一点区别．2 Alignment空间的相关定义为了下面的讨论，首先回顾一下Alignment空间的相关定义．设(V,d)是一个度量空间，相应的度量函数为d(a,b)，其中a,b∈V．记分别是在V上取值的有限长序列，na,nb,nc分别是这些序列的长度，它们不一定相等，序列的下标简称为位点．记V+=V∪{−}，其中“−”是一虚拟符号，它不在集合V中．如果(V+,d)是一个度量空间，V是它的子空间，那么称V+是V的扩张度量空间，相应的度量函数还是记为d(a,b)，此时对a或b取值为“−”时要单独定义d(a,b)的值．记分别是在V+上取值的有限长序列．定义2.1 1) 称A′是A的扩张序列，如果序列A中插入一些虚拟符号后就变为序列A′；2) 称(A′,B′)是(A,B)的比对序列，如果A′,B′序列分别是A,B的扩张序列，在同一位点上不同时取“−”，而且它们的长度相同，记为n′．这时定义3)称是(A,B)的最优比对序列，如果是(A,B)的比对序列，而且对(A,B)的其他比对序列(A′,B′)总有d(A′0,B′0)≤d(A′,B′)成立；4) 记是空间V上的全体有限长序列，其中V(n)={(x1,x2,···,xn):xi∈V,1≤ i≤ n}．如果A,B∈V∗，而且它们的最优比对序列为(A′0,B′0)，那么定义dA(A,B)=d(A′0,B′0)．定义2.2 记是空间V+上的全体有限长序列，其中:xi∈V+,1≤ i≤ n}．如果是由序列A′插入一些虚拟符号“−”得到的序列，那么插入A′中的虚拟符号可用以下集合表示其中：1)为序列A′的长度，而ka表示从A′到A′′发生插入的次数，把插入的连续不间断的“−−···−”看作一次插入；2) 在H中，ik表示在紧挨A′的位点ik后有虚拟符号，ℓk表示紧挨位点ik后插入一个长度为ℓk且取值为虚拟符号“−”的向量；3) 在K中，γi表示在紧挨A′的位点i后插入虚拟符号“−”的数目．由上可知，．但当ik=0或γ0̸=0时也是有意义的，这表示在序列A′的第1个位点前有虚拟符号，于是实际上应有称H与K为序列A′′关于A′的扩张结构，而称I={ik,k=1,2,···,ka}为扩张位点的集合．易见H与K相互确定，由H确定K的表达式为反之，由K确定H的方式为：取I={i:γi>0}，并将其中元素按从小到大的次序排列，而ℓk= γik,ik ∈ I．如果记序列A′的所有扩张结构为HA′，那么当K,K′∈HA′时，可以定义它们的交、并、差运算其中容易验证，扩张结构集合HA′对以上的交、并、差运算满足结合率与分配率，因此HA′构成一布尔代数．扩张结构集合HA′的意义可以扩充为所有与序列A′长度相等的序列的扩张结构集合，此时A′为其中的一个代表元．以下定理保证了dA是度量空间中的度量函数．定理2.1 (V∗,dA)构成一度量空间，称为Alignment空间，dA称为Alignment 距离．也就是说dA满足度量函数的非负性、对称性与三角不等式三个条件．证明 dA(A,B)的非负性与对称性是显然的，下面证明三角不等式成立．记A,B,C是V∗中的任意三序列，它们的两两最优比对序列分别记为：(A′,B′),(A∗,C∗),(Bo,Co)．于是可以知道，序列A′,A∗是序列A的扩张序列，序列B′,Bo是序列B的扩张序列，序列C∗,Co是序列C的扩张序列，利用(1)式记相应的扩张结构分别为H′A,H∗A,H′B,HoB,H∗C,HoC．依据扩张结构运算，可以构造新的扩张结构：H′′A=H′A∨H∗A，并由扩张结构H′′A生成A的扩张序列A′′．同样A′′也是序列A′,A∗的扩张序列，此时得到两组扩张关系因|B′|=|A′|,|C∗|=|A∗|，故可由扩张结构HA′将序列B′变为扩张序列B′′，由扩张结构HA∗将序列C∗变为扩张序列C′′．扩张关系为易见|A′′|=|B′′|=|C′′|≡ n,d(−,−)=0，于是(Bo,Co)是(B,C)的最优比对序列，而(B′′,C′′)是(B,C)的比对序列，故再由扩张关系(2)和(3)，便有d(A′,B′)=d(A′′,B′′),d(A∗,C∗)=d(A′′,C′′)，所以d(A′,B′)+d(A∗,C∗)≥d(Bo,Co)．最后利用Alignment距离的定义和(4)式，就可以得到结论dA(A,B)+dA(A,C)≥dA(B,C)．至此，定理得证．在文献[13]中，通过dA与一种Levenshtein距离等价的结论证明了定理2.1，而本文现在通过序列扩张的方法直接证明了这个定理．3 序列的Alignment距离之间的关系定义3.1 设W=(w1,w2,···,wnw)是有限长序列，对序列W的一个逆序操作是将W变成序列，序列称作W的逆序列．定理3.1 记序列A的逆序列是A，序列B逆序列是，那么证明如果序列(A,B)的最优比对序列为(A′,B′)，那么就是的比对序列，这样由Alignment距离的定义便有反之，如果的最优比对序列为就是(A,B)的比对序列，这样由Alignment距离的定义便有定义3.2 设X=(x1,x2,···,xnx),Y=(y1,y2,···,yny)是有限长序列，nx≥ ny．如果有一组1≤i1<i2<···<iny≤nx，使得xij=yj,j=1,2,···,ny成立，那么称序列Y是X的子序列．记A,B∈V∗，序列A,B分别删掉最后一位后所得序列为A−,B−，即如果那么A− =(a1,···,ana−1),B− =(b1,···,bnb−1)．由定义3.2知序列A−,B−分别是A,B的子序列，并且以下定理成立．定理3.2 dA(A−,B−)≤ dA(A,B)+d(ana,bnb)．证明由文献[13]中的Alignment距离与Levenshtein距离的等价性可知dA(A,B)=min{dA(A−,B−)+d(ana,bnb),dA(A−,B)+d(ana,−),dA(A,B−)+d(−,bnb )}.下面分3种情况讨论：1) 如果dA(A,B)=dA(A−,B−)+d(ana,bnb)，显然就有dA(A−,B−)≤dA(A,B)．2) 如果dA(A,B)=dA(A−,B)+d(ana,−)，设序列(A−,B)的最优比对序列为(A⋄,B⋄)，由对称性可不妨设bnb的位点不大于ana−1的位点，则比对序列(A⋄,B⋄)必满足A⋄中与bnb对齐的位点取值不能为“−”．若不然，将(A⋄,B⋄)从该位点开始截到末尾得到的序列对记为其中k≤na−1．再记，由Alignment距离的定义便有现在定义其中k≤na−1．那么序列，也是(A−,B)的比对序列，并且满足又(V+,d)是一个度量空间，ak ̸= −,bnb ̸= −，于是d(ak,bnb)<d(−,bnb)+d(ak,−)．从而d(A⋄⋄,B⋄⋄)<dA(A−,B)，这与Alignment距离的定义矛盾．现在可以知道最优比对序列(A⋄,B⋄)的形式应为记B⋄中的bnb换为“−”后B⋄变为B⋆，那么序列(A⋄,B⋆)为(A−,B−)的比对序列，并且注意到(V+,d)是一个度量空间，便有由Alignment距离的定义有dA(A−,B−)≤ d(A⋄,B⋆)，从而3) 如果dA(A−,B−)=dA(A,B−)+d(−,bnb)，注意到序列A,B地位的对称性，由类似情况2的讨论同样可以得到dA(A−,B−)≤dA(A,B)+d(ana,bnb)．由定理3.2可以发现子序列的Alignment距离有可能比原来序列的Alignment距离大，以下是一个例子．例设V={0,1,2}，其中的度量函数定义为d(a,b)=|a−b|,a,b∈V，那么(V,d)是一个度量空间．V的扩张度量空间V+中的度量函数定义如下对于序列A=11120,B=1111，可以得到它们最优比对序列是Alignment距离．而对于序列A−=1112,A−=111，可以得到它们最优比对序列是Alignment距离可以看出上面的例子恰好满足dA(A−,B−)=dA(A,B)+d(ana,bnb)，所以这个上界是能够达到的．记A,B∈V∗，序列A,B分别删掉第一位后所得序列为−A,−B，即如果A=(a1,a2,···,ana),B=(b1,b2,···,bnb)，那么−A=(a2,···,ana), −B=(b2,···,bnb)．由定义3.2知序列−A,−B分别是A,B的子序列，并且以下定理成立．定理3.3 dA(−A,−B)≤ dA(A,B)+d(a1,b1)．证明由定理3.1和定理3.2易得．推论3.1 A,B的任意连续子序列满足证明由定理3.2和定理3.3，可以得到对于特殊的度量空间(V,d)，以上定理和推论的上界还可以减小．如果定义V=Fq是一个有限域其中u,v∈Fq，那么(Fq,dH)是一个度量空间．记表示Fq上的n维向量空间则就是在信息论与编码理论中经常遇到的Hamming度量空间[14]．现在对(Fq,dH)的扩张度量空间(Fq+1,dH)定义如下：其中u,v∈Fq+1．容易验证(Fq+1,dH)也是一个度量空间，通过第2节中的构造方法可以定义任意两条Fq上的有限长序列的Alignment距离dA，得到是一个度量空间．此时以下定理成立．定理3.4在Alignment空间中，有证明证明方法与定理3.2的类似．先证dA(A−,B−)≤dA(A,B)．注意到此时那么对于定理3.2的证明方法中的3种情况，第1种的讨论没有变化，dA(A−,B−)≤dA(A,B)成立．而第2种和第3种的讨论稍有不同．在第2种情况中，因为dA(A,B)=dA(A−,B)+1，同样可以得到序列(A−,B)的最优比对序列(A⋄,B⋄)的形式应为记B⋄中的bnb换为“−”后B⋄变为B⋆，那么序列(A⋄,B⋆)为(A−,B−)的比对序列，并且此时有由Alignment距离的定义便有dA(A−,B−)≤dA(A,B)．再利用序列A,B地位的对称性可以得到在第3种情况中仍然有dA(A−,B−)≤d A(A,B)，所以定理的前一个公式成立．由定理3.1，可得dA(−A,−B)≤ dA(A,B)成立．4 结束语本文只是讨论了Alignment空间中序列关系最简单的情况，可见对其处理是非常复杂的．弄清这些序列Alignment距离的大小关系可以深化我们对该空间的认识．由于Alignment空间在多个学科中，如计算机、网络、编码、密码与生物信息[15]等领域有着广泛而重要应用，而其中很多问题都是与它的数学结构有关，因此希望更多的数学家能够关注这个空间的理论，深入讨论其中的数学问题．致谢：作者感谢南开大学数学科学学院的导师沈世镒教授对此类问题的介绍及对本文的精心指导，感谢中南财经政法大学引进人才科研启动金项目(31140911216)的资助，并对审稿人表示衷心感谢！参考文献：[1]Diggavi S N,Grossglauser M.On transmission over deletionchannels[C]//Allerton Conference,Monticello,Illinois,October 2001[2]Bours A H.Construction of f i xed-length insertion/deletion correcting runlength-limited codes[J].IEEE Transactions on InformationTheory,1994,40(6):1841-1856[3]Helberg A S J,Ferreira H C.On multiple insertion/deletion codes[J].IEEE Transactions on Information Theory,2002,48(1):305-308[4]吴忠华，沈世镒.基于动态规划算法的人脸比对[J].计算机工程与应用，2006,42(33):53-55 Wu Z H,Shen S Y.Dynamic programming on face alignment[J].Computer Engineering and Applications,2006,42(33):53-55 [5]Smith T F,Waterman M S,Fitch W parative biosequence metrics[J].Journal of Molecular Biology,1981,18(1):38-46[6]Mount D W.Bioinformatics:sequence and Genome Analysis[M].New York:Cold Spring Harbor Laboratory Press,2001[7]Levenshtein V I.Binary coded capable of correcting deletions,insertions and reversals[J].Soviet Physics-Doklady,1966,10(8):707-710[8]Klein A.On perfect deletion-correcting codes[J].Journal of Combinatorial Designs,2004,12(1):72-77[9]Wang J.Some combinatorial constructions for optimal perfect deletion-correcting codes[J].Designs,Codes and Cryptography,2008,48(3):331-337 [10]Navarro G.A guided tour to approximate string matching[J].ACM Compuing Surveys,2001,33(1):31-88[11]Shen S Y,Wang K,Hu G,et al.On the alignment space[C]//Proceedings of the 2005 27th Annual International Conference of the Engineering in Medicine and Biology Society,IEEE-EMBS 2005,2005:244-247[12]沈世镒.多重序列比对Alignment的信息度量准则[J].工程数学学报，2002,19(4):1-10 Shen S rmation measure criteria of multiple sequences Alignment[J].Chinese Journal of Engineering Mathematics,2002,19(4):1-10[13]卢国祥，沈世镒.由一般拓扑度量空间所产生的Alignment空间[J].工程数学学报，2008,25(6):1097-1101 Lu G X,Shen S Y.The Alignment space generated by general metric spaces[J].Chinese Journal of Engineering Mathematics,2008,25(6):1097-1101[14]Hamming R W.Error detecting and error correcting codes[J].Bell System Technical Journal,1950,29(2):147-160[15]卢国祥.利用Alignment空间理论分析蛋白质的结构[J].计算机工程与应用，2011,47(23):54-56 Lu G ing Alignment space theory for protein structure analysis[J].Computer Engineering andApplications,2011,47(23):54-56。
alignment的用法
alignment的用法一、alignment的基本用法“alignment”主要用作名词，有“队列；结盟；校准；排成直线”等意思。
例如：1. The alignment of the stars in the night sky was truly a magnificent sight. (夜晚天空中星星的排列真是一幅壮观的景象。
)2. The political alignment of the two parties was unexpected. (这两个政党的政治结盟是出乎意料的。
)二、alignment的固定搭配1. “in alignment with”：与……成一直线；与……一致- My actions should be in alignment with my beliefs. (我的行为应该与我的信念一致。
哇，这就像火车的轨道得和它要去的方向一致一样重要呢！)- Her goals are in alignment with thepany's mission. (她的目标与公司的使命一致。
这就好比是拼图的小块刚好能和整体的图案契合呀。
)2. “out of alignment”：不成一条直线；失调- The wheels of the car are out of alignment. (汽车的轮子失调了。
哎呀，这就像人的牙齿不齐一样让人难受。
)- His spine was out of alignment after the accident. (事故后他的脊柱不成直线了。
这多痛苦啊，就像一栋歪歪斜斜的房子，看着就不安全。
)三、双语例句1. The alignment of the pictures on the wall was perfect. (墙上照片的排列非常完美。
)2. We need to check the alignment of the printer heads. (我们需要检查打印机喷头的校准。
ALIGNMENT
专利内容由知识产权出版社提供
专利名称：ALIGNMENT 发明人：HAMAZAKI FUMYOSHI,IGARASHI
HAJIME,NAKAI AKYA,AYADA NAOKI 申请号：J P 64 33187 申请日：19870320 公开号：JPH0376013B2 公开日：19911204
摘要：PURPOSE:To improve accuracy of alignment, by measuring the amount of shift of an original plate to a substrate in prescribed regions on the substrate and rejecting abnormal values from the measured ones and performing theta directional alignment of the substrate and next performing alignment of the original plate to the substrate in the respective regions. CONSTITUTION:The amount of position shift of an original plate RT to a substrate WF in prescribed regions on the substrate WF is measured by observing light which transmits a projection optical system LN and is reflected on or diffracted from marks on the substrate WF. Abnormal values are rejected from the measured ones, and theta directional alignment of the substrate WF is performed on the basis of the results of rejection. Thereafter, the alignment of the original plate RT to the substrate WF is performed in their respective regions. When the abnormal values are thus rejected, following alignment is performed on the basis of the measured values with high reliability as a result. Hence, the alignment of the original plate to the substrate can be performed with good accuracy.
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Sequence Alignment
And· And·--so,·from·hour·to·hour·we·ripe·and·ripe --so,·from·hour·to·hour·we·ripe·and·ripe And·so,·from·hour·to·hour·we·ripe·and·ripe
Global/local sequence alignment
Heuristic alignment
-Input: two sequences
-Goal: See if two sequences are "similar" or candidates for alignment -Algorithms: BLAST, FASTA (and others)
This example illustrates matches, mismatches, insertions, and deletions
Sequence Alignment
C T C T A G C A T T A G
G T T T C C G G C C T T T A T A Classification of sequence alignments The need for sequence alignment The alignment problem Alignment methods Editing and formatting alignments
- use alignment algorithms to find optimal alignment
Classifications of sequence alignments
Global/local sequence alignment Pairwise/multiple sequence alignment
- Note: for local matching, overhangs at the ends are not treated as gaps - Applications: - Searching for local similarities in large sequences (e.g., newly sequenced genomes) - Looking for conserved domains or motifs in two proteins
Global alignment - Input: treat the two sequences as potentially equivalent - Goal: identify conserved regions and differences - Algorithm: Needleman-Wunsch dynamic programming - Applications: -Comparing two genes with same function (in human vs. mouse).
Classification of sequence alignments The need for sequence alignment The alignment problem Alignment methods Editing and formatting alignments
Pairwise/multiple sequence alignment
Lecture 7:
Sequence Alignment
He Miao
PhD
Ls24@ Zhongshan University, Guangzhou Feb. 2004
Sequence Alignment Content
Classification of sequence alignments The need for sequence alignment The alignment problem
Classification of sequence alignments
The need for sequence alignment
The alignment problem Alignment methods Editing and formatting alignments
Alignment methods
Classification of sequence alignments The need for sequence alignment The alignment problem Alignment methods Editing and formatting alignments
- Applications: - Search in large databases
Editing and formatting alignments
Sequence Alignment
What is sequence alignment?
Classification of sequence alignments The need for sequence alignment The alignmentEditing and formatting alignments
Global/local sequence alignment
Suffix-prefix alignment -Input: two sequences (usually DNA) -Goal: is the prefix of one the suffix of the other? -Algorithm: modification of Smith-Waterman.
Pairwise/multiple sequence alignment
Pairwise sequence alignment A pairwise sequence alignment is an alignment of 2 sequences obtained by inserting gaps (“-”) such that the resulting sequences have the same length and where each pair of residues represents a homologous position
Classification of sequence alignments The need for sequence alignment The alignment problem Alignment methods Editing and formatting alignments
- Applications: - DNA fragment assembly
Try to align these two sequences!
Sequence Alignment
Sequence alignment is the assignment of residueresidue correspondences -precise operators for alignment: matching, gaps
Classification of sequence alignments The need for sequence alignment The alignment problem Alignment methods Editing and formatting alignments
- Look for a well-known domain in a newly-sequenced protein.
-quantitative scoring system for matches and gaps
-systematic search among possible alignments
Classification of sequence alignments The need for sequence alignment The alignment problem Alignment methods Editing and formatting alignments
Global/local sequence alignment
Semi-global alignment - Input: two sequences, one short and one long - Goal: is the short one a part of the long one? - Algorithm: modification of Smith-Waterman - Applications: - Given a DNA fragment (with possible error), look for it in the genome
Classification of sequence alignments The need for sequence alignment The alignment problem Alignment methods Editing and formatting alignments
- Comparing two proteins with similar function.
Classification of sequence alignments The need for sequence alignment The alignment problem Alignment methods Editing and formatting alignments
Global/local sequence alignment
And·then,·from·hour·to·hour·we·rot·and·rot And·then,·from·hour·to·hour·we·rot-·and·rotAnd· then,·from·hour·to·hour·we·rot-·and·rot-