标准曲线的制作方法
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标准样品的准备
由于你做的是基因表达分析,样品的准备就比较简单了,因为你要知道都是相对的数值(你的对照样品和实验样品中基因表达的比值),这样就不需要知道精确的拷贝数,所以标准品也就无须知道精确的拷贝数,只需知道稀释的倍数就可以了。
你实验中的标准品可以是来源比较丰富的细胞或组织的RNA转录得到的cDNA。将这种cDNA进行梯度的稀释,可以是稀释10倍,100,1000,10000等倍(具体到你的实验要根据具体的情况来调整稀释倍数。最好能作一个预实验来看看什么样的稀释倍数比较适合你的这种基因的扩增)。而对于各个稀释倍数我们要对它的拷贝数进行赋值,这个值当然不是标准品中真实含有的基因数量(在基因表达分析中也不需要),而是我们根据稀释倍数给每一个稀释度人为赋予的拷贝数,这只是为了方便实验最终结果的计算而已。比如我们把前面稀释十倍的样品赋值为10000个拷贝,100倍的赋值为1000个拷贝依次类推把10000倍的赋为10等。要注意,赋值的数目的倍数差异和你稀释的倍数是一样的,比如前面是10稀释,后面赋值也是10倍变化。
如何做标准曲线
在定量实验中标准品是要和你的未知样品一起进行定量实验的,这样在实验结束,无论是标准品还是未知样品都将跑出曲线,获得Ct值。那么我们先可以把未知样品放到一边,对于标准品来说,我们既获得了Ct值,还知道他们的拷贝数(虽然这个拷贝数是我们自己赋予的)。这样我们可以通过标准品的Ct值和拷贝数做一条标准曲线(以拷贝数为横坐标,而Ct值为纵坐标)。一旦作出了标准曲线,而未知样品的Ct值我们知道(通过实验求得的),这时候就在标准曲线上进行定位,就可以得到未知样品的拷贝数了。
事实上,操作起来没有那么复杂,你只需要告诉软件你的哪个孔是标准品,哪个是未知样品,以及标准品的拷贝数等必要信息,软件会自动帮你把标准曲线和未知样品的拷贝数计算出来。
举例来说如何进行设置
先进入软件,在板设置中选择所放样品的位置,并标上unknow或standard等信息。
选择要使用的荧光染料。
如果有些孔有重复就用用样的数字标明,这样仪器就知道哪些是重复,最终结果处理的话也可以取平均等操作。
有相同标号的系统就认为是同样的样品的重复。
接下来要给标准品赋上值,系统要知道按照什么去计算
标准品赋值要先选上要赋值的标准品,然后在工具面板中输入相应的值。
为了方便设置系统有一个自动增加稀释倍数的设置,点开后就可以选择你的稀释倍数,然后用鼠标去选择孔的时候会自动增加
选择稀释倍数
每次选择不同的孔,在里面赋的值会自动按照倍数增加
设置完标准品的量,板设置完成,接下来设置温度
在这里我提供一个对于SYBR染料常用的温度的控制模板,你可以参考。注意最后的溶解曲线制作过程在升温的过程中选择标有all的放大镜
品的拷贝数