实验三：利用Blast进行序列相似性比对
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实验三：利用Blast进行序列相似性比对
具体步骤
1.登陆blast主页 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ 2.根据数据类型，选择合适的程序 3.填写表单信息 4.提交任务 5.查看和分析结果
1. 以大麦Mlo基因（Z83834）为查询序列 (1) 用Blastn能在nr/nt数据库中检索到多少条与之同源的序 列？有多少条是禾本科中的？ (2) 换用megablast或discontiguous megablast，观察检索结 果的改变。 (3) 尝试修改Blastn的参数，观测对检索结果的影响。 (4) 找出Mlo基因的编码蛋白序列，用Blastp检索到的与 Mlo蛋白同源的序列与用PSI-Blast检索到的同源序列是否 有差别？ (5) 使用BlastX预测Mlo基因的编码蛋白。 2. 用bl2seq分析大麦和小麦Mlo基因mRNA序列编码区和蛋白 质产物的同源性
பைடு நூலகம்
3. 以大肠杆菌的胶原蛋白酶名称为pHK08_29的基因做为查 询序列 (1) 用Blastn能在nr/nt数据库中检索到多少条与之同源的序 列。其中大肠杆菌、弗累克斯讷氏杆菌、沙门氏菌各有多 少条序列。
(2) 换用megablast或discontiguous megablast，观察检索结 果的改变。 (3) 尝试修改Blastn的参数，观测对检索结果的影响。 (4) 使用Blastx预测在Refseq_ protein数据库中检索到多少 条与之同源的序列。 4. 用blast2分析YP_003683100与ADH70594、 YP_004926582、 YP_004925874、 YP_003273209、 YP_003646515、 YP_003514536、 ABP47302、 ADD45443、 ADW07065、 ADG78176、 ACY21316、 ABM16043、 EHP75935、 BAC74107、 YP_00407863之间的相似性.
具体步骤
1.登陆blast主页 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ 2.根据数据类型，选择合适的程序 3.填写表单信息 4.提交任务 5.查看和分析结果
1. 以大麦Mlo基因（Z83834）为查询序列 (1) 用Blastn能在nr/nt数据库中检索到多少条与之同源的序 列？有多少条是禾本科中的？ (2) 换用megablast或discontiguous megablast，观察检索结 果的改变。 (3) 尝试修改Blastn的参数，观测对检索结果的影响。 (4) 找出Mlo基因的编码蛋白序列，用Blastp检索到的与 Mlo蛋白同源的序列与用PSI-Blast检索到的同源序列是否 有差别？ (5) 使用BlastX预测Mlo基因的编码蛋白。 2. 用bl2seq分析大麦和小麦Mlo基因mRNA序列编码区和蛋白 质产物的同源性
பைடு நூலகம்
3. 以大肠杆菌的胶原蛋白酶名称为pHK08_29的基因做为查 询序列 (1) 用Blastn能在nr/nt数据库中检索到多少条与之同源的序 列。其中大肠杆菌、弗累克斯讷氏杆菌、沙门氏菌各有多 少条序列。
(2) 换用megablast或discontiguous megablast，观察检索结 果的改变。 (3) 尝试修改Blastn的参数，观测对检索结果的影响。 (4) 使用Blastx预测在Refseq_ protein数据库中检索到多少 条与之同源的序列。 4. 用blast2分析YP_003683100与ADH70594、 YP_004926582、 YP_004925874、 YP_003273209、 YP_003646515、 YP_003514536、 ABP47302、 ADD45443、 ADW07065、 ADG78176、 ACY21316、 ABM16043、 EHP75935、 BAC74107、 YP_00407863之间的相似性.