病毒的分类与命名
第三章 病毒的分类与命名ppt课件
(5)分类阶元只有在病毒代表种的特性得到 了充分了解和在公开出版物上进行过描述, 以致于明确了它们的分类地位,并使其分 类阶元与其他类似的分类阶元相区别时, 才能确定下来。
(6)当病毒有明确的科、而分属未确定时, 这一病毒种在分类学上称为该科的未确定 种(unassigned species)。
植物病毒(Plant Viruses)
植物病毒(plant viruses) 噬藻体(phycophage)
真菌噬菌体或真菌病毒(mycophage) 动物病毒(Animal Viruses)
原生动物病毒(protozoal viruses) 无脊椎动物病毒(inverteble viruses)
昆虫病毒(insect viruses) 脊椎动物病毒(verteble viruses)
第三章 病毒的分类与命名
精品课件ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
病毒分类与命名的意义
病毒分类是将自然界中存在的病毒种群,按照它们的性质相 似性和亲缘关系加以归纳编排,以了解病毒共性与个性的特点. 专门研究病毒分类的学科称为病毒分类学.
由于新病毒的不断发现,且对已知不断性质的了解还不够全 面,所以目前病毒分类学尚处于不成熟阶段.
1. 进行未知病毒的分类和命名。可利用病毒分科、属、种的关系 ,对未知病毒与已经描述过的病毒比较研究和鉴定,若发现新 病毒,可按国际病毒分类命名委员会(International Committee on Taxonomy of Viruses,ICTV)的规定,提出新描 述的病毒,附有足够的资料,申述理由
精品课件
2. 有利于病毒研究工作的交流.病毒分类使病毒研究工作的 交流能够顺利进行。
3. 对寻找新的病毒疫苗株很有意义。利用病毒分类和命名的知 识,有可能寻找新疫苗株。如 Jenner发现牛痘苗能预防人的天 花病,
第二章病毒的分类与命名
病毒种的定义和命名
病毒“种”是指构成一个复制谱系( replicating lineage) 、占据一个特定小生境(ecological niche) 、具 有多个分类特征的病毒。
④ 病毒蛋白:如结构蛋白和非结构蛋白的数量,大小 以及功能和活性,氨基酸序列等; ⑤ 病毒脂类含量和特性; ⑥ 碳水化合物含量和特性; ⑦ 病毒基因组组成和复制。
病毒抗原性质: 包括病毒血清学性质与其抗原的关系。
病毒生物学特性: 包括病毒天然的宿主范围; 病毒在自然状态下的传播与媒介体的关系; 病毒的地理分布,致病机理,组织嗜亲性; 病毒引起的病理和组织病理学特点。
一、病毒的命名与分类系统进展概况
病毒的分类和命名大事记
1966年 在莫斯科举行的第九届国际微生物学会上成立了国际病毒命名委员 会 (International Committee on Nomenclature of Viruses, ICNV),并 通过了上述 新的8项分类原则。 1971年 ICNV公布了关于病毒分类和命名的第一次报告,将当时了解得比较 清楚的500多种病毒分为RNA和DNA病毒两大类,并且分为43个病毒属。 1973年 ICNV正式更名为国际病毒分类委员会(International Committee on Taxonomy of Viruses, ICTV)。 1976年 ICTV公布了病毒分类和命名的第二次报告,将病毒已建立的属(组) 按宿主分为五大类。 1979年 公布了病毒分类和命名第三次报告,并根据病毒核酸类型,包膜有 无将病毒分为7大类,总共有53个科(组或群)。
但在设立一个新的病毒属时必需有一个 同时被承认的代表种(type species) 。
病毒的分类与命名1ppt课件
• 病毒命名筹备委员会(PCNV) 1963
Preparatory Committee for Nomenclature of Virus
• 国际病毒命名委员会(ICNV) 1966
International Committee for Nomenclature of Virus
• 裸露单RN分A病子毒负链RNA病毒目
• 类病毒
• 另增设M亚on病o毒n因eg子a(vsuirbavilreasl agent)
• 1999年第7次分类报告:认可的病毒约4000 种,设3个目
• 不是所有病毒都必须隶属某个目,在没有适当目的情况
下,科可以是最高的病毒分类等级
2、病毒最新分类系统:
一、病毒分类与命名的沿革
3. 1966~1970
➢ Wildy 任ICNV主席,第一次报告——病毒的分类与命名, 描述并划定43个属(或相当于属的组、群)及其他成员; 《病毒学论文集》第5卷
➢ 采用了密码进行分类(每个密码包括4对符号); ➢ 通过了“国际病毒命名法则”,共18项。
一、病毒分类与命名的• 寄沿生革于一种以上寄主
寄主种类
:
:
:
核酸链类型 核酸含量
核衣壳外形 传播方式/传播介体
R/1 : 2/5 :
E/E : S/O
RNA/SS: 200万Da/5% : 截头杆状/截头杆状: 种子植物/确切介体不
详
R/1 : 2.3/5+ 0.6-1.3/51:977年E终/E止: S/Ne (TRV)
三、病毒分类进展及最新分类系统
• (10)肿瘤病毒群
一、病毒分类与命名的沿革
2. 1962~1966
《病毒的分类与命名》PPT课件
现有的病毒分类名称只要是有用的就应保留,新的命名 不能与已经承认(chéngrèn)的病毒名称重复。人工产生的病毒和 实验室的杂种病毒在分类学上不予考虑。
第十页,共37页。
第四页,共37页。
一、病毒(bìngdú)的命名与分类系统进展概况
病毒(bìngdú)的分类和命名大事记
1937年 Levaditi和Lepine就曾根据病毒对组织的亲和性进行分类。 1948年 Holmes提出根据病毒所引起的宿主症状的分类方案。 1950年 第五届国际微生物学会提出了有关病毒分类的8项原则。 1963年 国际微生物命名(mìng míng)委员会病毒分会根据安德鲁斯(Andrewes) 提 出的分类建议提出了新的8项分类原则: ① 核酸的类型、结构和分子量; ② 病毒粒子的形状和大小; ③ 病毒粒子的结构; ④ 病毒粒子对乙醚、氯仿等脂溶剂的敏感性; ⑤ 血清学性质和抗原关系; ⑥ 病毒在细胞培养上的繁殖特性; ⑦ 对除脂溶剂以外的理化因子的敏感性; ⑧ 流行病学的特征。
第二章 名
病毒的分类 与命 (fēn lèi)
第1、系统分类
根据病毒间的亲缘关系来进行划分成一定类群→科学 名称→适当描述
2、实用:按照一定的分类系统制成分类表,以便(yǐbiàn)对 未知病毒进行鉴定。
由于在性质上毫不相关的病毒具有相同的形态 特征,且病毒具有特殊的繁殖方式,主要采用复制方式来完
在现今水平,要得到一个既能反映病毒的进 化,又能体现病毒间亲缘关系的自然的分类系统, 难度比较大。
第三页,共37页。
目前已发现的病毒的种类约4000多种。
病毒的分类命名
呼吸道病毒
消化道病毒 性传播病毒
病毒的抵抗力
一、耐冷怕热 二、紫外线敏感
三、氧化剂敏感
四、包膜病毒对脂溶剂敏感 五、耐甘油
三. 分类原则
核酸类型和结构(RNA/DNA, ds/ss, linear/circular, fragment /nofragment)) 病毒体形状和大小 病毒体形态结构
对脂溶剂敏感性
临床分类
1、非嗜器官性病毒
2、嗜器官性病毒:嗜神经病毒
嗜肝病毒 嗜皮肤黏膜病毒 嗜眼病毒 嗜唾液腺病毒
二. 病毒分类原理
强调其分类和命名的稳定性、实用性、认可 性和灵活性。Fra bibliotek
稳定性:病毒的名称及其所属关系一旦确定下 来,就应尽可能保留。 实用性:病毒的分类体制应该对病毒学研究领 域是有用的。 认可性:病毒分类阶元和名称应该为病毒学研 究者乐意接受和使用。 灵活性:病毒分类阶元可以依据某些新发现而 进行重新修订和在确定。
第二章 病毒的分类与命名
一. 分类依据
病毒分类学是随着病毒学尤其是分子病毒学的 发展而建立起来的,并逐步走向成熟。自从 1937年首次提出根据病毒对组织的亲合性进行 分类到现在为止,将病毒系统划分为3个目64个 科。
总之,为了使分类和命名得到统一,根据 Mayo在1998年报道,在ICTV常务委员会的提 议下,批准了41条原则。
病毒的分类与命名
病毒的分类与命名
佚名分享| 收藏
按生物分类学标准,分类应能反映生物体的进化与种系发生的关系。
但病毒不可能按这个原则分类,一般仍按病毒鉴定等的实际需要而分类。
各种生物体均可有病毒寄生。
已知有动物病毒、植物病毒、放线菌病毒及细菌病毒(即噬菌体)。
医学上重要的病毒有500种左右,其中有不少对人类有致病力。
有些病毒也能在节肢动物中增殖(如虫媒病毒)。
目前通过的分类法是将支物病毒分为脱氧核糖病毒 (Deoxyriboviruses 简称DNA病毒)与核糖核酸病毒(Riboviruses 简称RNA病毒 )两大类。
再按病毒的理化性状分为若干科(族属)(表74-1)。
表74-1 按病毒理化及生物性状的分类
说明:
①正痘病毒(Orthopoxvirus)包括天花、类天花、牛痘、牛痘苗、兔痘、猴痘及鼠脱脚病等病毒皆对乙醚有抵抗性,而其他的痘病毒则对乙醚敏感。
②呼肠病毒(Reovirus)有一个外衣壳和一个内衣壳。
内壳有32个壳微粒,外衣壳的壳微粒数目则未确定,认为总共有92个壳微粒。
③病毒体大小是指直径或直径×长度。
④脱去囊膜的裸露病毒体,其核衣壳的直径为100nm,但有囊膜的病毒体则可大至200nm。
第二章_病毒的分类与命名
1978年,Luria和Darnell进一步指出,病毒只含 有一种核酸,能在活细胞内复制,并且利用活细 胞的合成机制产生子代病毒粒子。
第二节 病毒分类和命名
一 . 病毒分类与命名的沿革 1937年Levaditi和Lepine根据病毒对组织的亲和
性进行分类。 1948年Holmes提出根据病毒引起的宿主症状分类。
1950年第五届国际微生物学会提出了有关病毒分类 的八项原则:
(1)形态和繁殖方式; (2)化学结构与物理性质; (3)免疫性能; (4)对理化因子的敏感性; (5)传播方式; (6)对不同宿主组织和细胞的嗜亲性; (7)病理变化,包括包含体形式; (8)临床症状。
病毒可以在活细胞中复制和增殖,并将基因信息传 递给子代,因此病毒又可以看作是一种遗传单位。 病毒都没有自身的能量系统,只能依赖宿主细胞提 供。从这个意义上来说,任何病毒都不能离开宿主 细胞而独立的进行自我复制。
病毒的定义随着分子病毒学的发展而不断延伸。 目前,比较公认的病毒定义:病毒是一类比较原 始的、有生命特征的、能够自我复制和严格细胞 内寄生的非细胞生物。
2.病毒抗原性质 主要包括病毒血清学性质与其抗原的关系。
3.病毒生物学特性 包括病毒天然的宿主范围;病毒在自然状态下的
传播与媒介体的关系;病毒的地理分布、致病机理、 组织嗜亲性;病毒引起的病理和组织病理学特点。
一般而言,病毒粒子形态、基因组组成和复制特 性、病毒结构蛋白、非结构蛋白的数目和大小往 往作为病毒分类和命名的依据,而病毒基因组的 核酸类型、基因组的单双链、反转录过程和病毒 基因组的极性则与病毒目的分类和命名有关。
病毒的分类和命名
自从1898年贝杰林克(Beijerinck)首次提出“病毒”的概念以来,已经过去100多年时间。
病毒的种类由最初的几十种、几百种,发展到今天的4000多种,为了使如此多的病毒种类能够得到科学的命名和分类,国际病毒分类委员会(International Comittee on Taxonomy of Viruses, ICTV)已提出和多次修订了病毒的命名和分类原则,并且建立了由目、科(亚科)、属和种分类阶元构成的病毒分类系统。
目前病毒分类学这一门重要的基础学科已开始走向完善和逐渐成熟起来。
一、病毒的命名与分类系统进展概况病毒分类学是随着病毒学尤其是分子病毒学的发展而建立起来的,并逐渐走向成熟。
病毒的分类和命名大事记1937年Levaditi和Lepine就曾根据病毒对组织的亲和性进行分类。
1948年Holmes提出根据病毒所引起的宿主症状的分类方案。
1950年第五届国际微生物学会提出了有关病毒分类的8项原则。
1963年国际微生物命名委员会病毒分会根据安德鲁斯(Andrewes)提出的分类建议提出了新的8项分类原则:①核酸的类型、结构和分子量;②病毒粒子的形状和大小;③病毒粒子的结构;④病毒粒子对乙醚、氯仿等脂溶剂的敏感性;⑤血清学性质和抗原关系;⑥病毒在细胞培养上的繁殖特性;⑦对除脂溶剂以外的理化因子的敏感性;⑧流行病学的特征。
1966年在莫斯科举行的第九届国际微生物学会上成立了国际病毒命名委员会(International Committee on Nomenclature of Viruses, ICNV),并通过了上述新的8项分类原则。
1971年ICNV公布了关于病毒分类和命名的第一次报告,将当时了解得比较清楚的500多种病毒分为RNA和DNA病毒两大类,并且分为43个病毒属。
1973年ICNV正式更名为国际病毒分类委员会(International Committee on Taxonomy of Viruses, ICTV)。
第三章:病毒的分类与命名最新版病毒学精品电子课件
一些属性不很明确的属或暂定属,用引号或后缀“ -like viruses”表示,如Norwalk-like viruses。
3.2 动物病毒的命名现状
一、种的命名
病名加“病毒”: CSFV、AIV、FMDV、HBV、PRRSV
JEV、EEEV、WEEV 地名加病名加“病毒” :
地名加“病毒” : NDV
3. 属名以“Virus”结尾。
E.g. Pestivirus:瘟病毒属
Coronavirus:冠状病毒属
4. 通过一个属名的同时需通过一个代表种。
5、亚科是一组具有某些共同特性的属。
6、亚科名以“Virinae”结尾。 E.g. Retrovirinae :反转录病毒亚科 Spumavirinae:泡沫病毒亚科 7、科是一组具有某些共同特性的属(不管这些属是 否组成了亚科)。
1966年成立国际病毒命名委员会(ICNV) (1966年莫斯科会议)
1966-1971年
1970年 次报告
发表了国际病Байду номын сангаас命名委员会的第一
1971年 Wildy将ICNV的第一次报告整理发表 于《病毒学论文集》。 500 多种病毒分成 43 个病毒属(组)。
1971-1999年 1973年 ICNV 更名为国际病毒分类委员会( international
/
二
国际病毒分类与命名规则
一般规则 关于类和病毒的命名规则
关于种的规则
关于属的规则 关于亚科的规则 关于科的规则 关于目的规则
关于亚病毒因子的规则
关于书写的规则
1. 病毒分类系统:采用目、科、亚科、属和种的等级 制度,在种的命名尚不完善的情况下,许多病毒可 用国际通用的俗名。 2. 属是一组具有某些共同特性的种。
(整理)病毒的分类与命名
病毒的命名过去不够统一,有些病毒是以宿主、病理特点、致病症状、病毒颗粒形态进行命名,有些病毒是以地名和人名进行命名,还有些病毒是以字母和数字命名。
病毒的分类系统也不一致,动物病毒分类等级设立科、属、种;而植物病毒分为组、亚组、种。
为了力求分类和命名的统一,1992年Martelli首先提出了植物病毒的科、属、种分类原则,1993年8月在英国格拉斯哥召开的第9届国际病毒大会上,国际病毒分类委员会(ICTV)采纳了这一分类原则,并且新设立了一些植物病毒的科、属[1],1995年在ICTV 所公布的病毒分类和命名第六次报告中,植物病毒分类已不再采用组、亚组,而统一使用科、属、种分类系统[2]。
病毒的分类系统也开始逐渐向更高级的分类等级发展,1991年ICTV在病毒分类和命名第五次报告中首次公布了比科更为高级的分类等级,单分子负链RNA病毒目(Mononegavirales)[3],最近ICTV 又先后增设了套病毒目(Nidovirales)[4]和有尾噬菌体目(Caudovirales)[5]。
除此以外,1996年8月ICTV在第10届国际病毒大会上还对原有的病毒分类和命名规则作了进一步的修订,提出了38条新的病毒命名规则[6]。
最近据Mayo等报道,ICTV又批准了43条新的病毒分类和命名规则,同时对病毒目、科、属和种名的书写也作了专门的规范[7]。
1 病毒命名规则1.1 病毒种的定义和命名病毒“种”是指构成一个复制谱系(replicating lineage)、占据一个特定小生境(ecological niche)、具有多个分类特征的病毒。
这就是说病毒种的分类和命名不是单纯由某一个分类特征、而是由多原则分类特征决定的,包括病毒的基因组组成,病毒颗粒形态结构、生理生化特性和血清学性质等;而病毒种的一个复制谱系则强调了病毒种的系统进化特性,即现今所有的病毒种可能起源于共同的病毒祖先;病毒种所占有的小生境是指某种病毒的特定生物学特性、地理分布、宿主范围、媒介的嗜亲性、致病机理等[8]。
病毒的分类与命名
病毒的命名过去不够统一,有些病毒是以宿主、病理特点、致病症状、病毒颗粒形态进行命名,有些病毒是以地名和人名进行命名,还有些病毒是以字母和数字命名。
病毒的分类系统也不一致,动物病毒分类等级设立科、属、种;而植物病毒分为组、亚组、种。
为了力求分类和命名的统一,1992年Martelli首先提出了植物病毒的科、属、种分类原则,1993年8月在英国格拉斯哥召开的第9届国际病毒大会上,国际病毒分类委员会(ICTV)采纳了这一分类原则,并且新设立了一些植物病毒的科、属[1],1995年在ICTV 所公布的病毒分类和命名第六次报告中,植物病毒分类已不再采用组、亚组,而统一使用科、属、种分类系统[2]。
病毒的分类系统也开始逐渐向更高级的分类等级发展,1991年ICTV在病毒分类和命名第五次报告中首次公布了比科更为高级的分类等级,单分子负链RNA病毒目(Mononegavirales)[3],最近ICTV 又先后增设了套病毒目(Nidovirales)[4]和有尾噬菌体目(Caudovirales)[5]。
除此以外,1996年8月ICTV在第10届国际病毒大会上还对原有的病毒分类和命名规则作了进一步的修订,提出了38条新的病毒命名规则[6]。
最近据Mayo等报道,ICTV又批准了43条新的病毒分类和命名规则,同时对病毒目、科、属和种名的书写也作了专门的规范[7]。
1 病毒命名规则1.1 病毒种的定义和命名病毒“种”是指构成一个复制谱系(replicating lineage)、占据一个特定小生境(ecological niche)、具有多个分类特征的病毒。
这就是说病毒种的分类和命名不是单纯由某一个分类特征、而是由多原则分类特征决定的,包括病毒的基因组组成,病毒颗粒形态结构、生理生化特性和血清学性质等;而病毒种的一个复制谱系则强调了病毒种的系统进化特性,即现今所有的病毒种可能起源于共同的病毒祖先;病毒种所占有的小生境是指某种病毒的特定生物学特性、地理分布、宿主范围、媒介的嗜亲性、致病机理等[8]。
第三章 病毒的分类与命名
数字、字母或其组合已经广泛用作种的形容词, 然而新指定的编号、字母或其组合不再单独作为 种的形容词。现存的数字或字母名称仍可以继续 保留。
当ICTV下属委员会不能肯定某一个新种的分类地 位,或不能将这一新种确定在已设定的属中时, 新种会作为暂定种(tentative species)
真核生物的藻类、真菌。。。。。。
脊椎动物乃至人类中都能分离到病毒。
其中,从细菌、被子植物、节肢动物、脊椎动 物和人类中找到的病毒最多;
病毒(Virus)
噬菌体(Phage)
噬菌体(bacteriophage) 噬蓝绿藻体(cyanophage) 支原体噬菌体(mycohasmemaphage)
(type species)。
(六)种的规则
病毒种是指构成一个复制谱系(replicating lineage),占据一个特定小生境(ecological niche),具有多原则分类(polythetic class)特 性的病毒。
种名由少数几个有实际意义的词组成,但 不应该只是由宿主名加“virus”构成。
些属是否构成亚科)。
科名的词尾是“…viride”。
(四)亚科的规则
亚科是一群具有某些共同特性的种。这一分类 阶元只在需要解决复杂分类阶元问题时使用。
亚科名的词尾是“…virinae”。
(五)属的规则
属是一群具有某些共同特性的种。
属名的词尾是“…virus”。 一个承认的新属必须有一个同时被承认代表种
价阳离子后的稳定性。
⑦ 病毒抗原性质
包括病毒血清学性质 抗原的关系。
⑧ 流行病学特点
包括: 病毒天然的宿主范围 病毒在自然状态下的传播与媒介体的关系; 病毒的地理分布,致病机理,组织嗜亲性; 病毒引起的病理和组织病理学特点。
病毒的分类与命名 (2)
第14页,共83页。
4.Bergold(1960)昆虫病毒分类法
根据包涵体的有否,包涵体的形状及形成部位,将昆 虫病毒分为四个属:
(1)波氏病毒属(Borrelinavirus):多角体在感病昆虫 细胞的细胞核内形成。
(2)史氏病毒属(Smithiavirus):多角体在感病昆虫细胞 的细胞质内形成。
性口炎病毒、脱脚病病毒(小鼠)、痘苗病 毒。 (2)外胚层及内胚层病毒群:如金丝雀痘 病毒。
第10页,共83页。
(3)中胚层及内胚层病毒群:如鸡新城疫病毒、禽流感 病毒。
(4)外胚层向神经性病毒群:如一些单纯嗜神经组 织病毒。
(5)内胚层向神经性病毒群:如黄热病病毒。 (6)中胚层病毒群:如淋巴内芽肿性病毒。
80 ~ 100 ~100
第4页,共83页。
一、1961年以前 各自研究领域独立地 进行病毒分类与命名
植物病毒分类法: 1.Johnson和 Hoggan(1935)分类法 分类标准,
主要根据下列五项内容: (1)病毒的传播方式及昆虫介体 (2)自然的寄主植物范围及鉴别寄主 (3)在活体外的存活期 (4)致死温度 (5)症状特点
第23页,共83页。
1975 年,第三届国际病毒学代表大会在马德 里举行,同时 ICNV也开了会,会上 Fenner 报告了自 1970 年8 月至1975 年9 月的工作情 况,与国际病毒命名委员会第一次报告比较, 本次报告有下列几个特点:
(1)从实际工作出发,首先按宿主来分, 将病毒分为五大类,即:寄生于一种以上寄 主的、只寄生于脊椎动物的、只寄生于无脊 椎动物的、只寄生于细菌的、
(2)巴氏病毒属(Paillotellavirus):在寄主受害细胞内有折光性和多态 性的包涵体存在为特
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。
病毒的命名过去不够统一,有些病毒是以宿主、病理特点、致病症状、病毒颗粒形态进行命名,有些病毒是以地名和人名进行命名,还有些病毒是以字母和数字命名。
病毒的分类系统也不一致,动物病毒分类等级设立科、属、种;而植物病毒分为组、亚组、种。
为了力求分类和命名的统一,1992年Martelli首先提出了植物病毒的科、属、种分类原则,1993年8月在英国格拉斯哥召开的第9届国际病毒大会上,国际病毒分类委员会(ICTV)采纳了这一分类原则,并且新设立了一些植物病毒的科、属[1],1995年在ICTV 所公布的病毒分类和命名第六次报告中,植物病毒分类已不再采用组、亚组,而统一使用科、属、种分类系统[2]。
病毒的分类系统也开始逐渐向更高级的分类等级发展,1991年ICTV在病毒分类和命名第五次报告中首次公布了比科更为高级的分类等级,单分子负链RNA病毒目(Mononegavirales)[3],最近ICTV 又先后增设了套病毒目(Nidovirales)[4]和有尾噬菌体目(Caudovirales)[5]。
除此以外,1996年8月ICTV在第10届国际病毒大会上还对原有的病毒分类和命名规则作了进一步的修订,提出了38条新的病毒命名规则[6]。
最近据Mayo等报道,ICTV又批准了43条新的病毒分类和命名规则,同时对病毒目、科、属和种名的书写也作了专门的规范[7]。
1 病毒命名规则1.1 病毒种的定义和命名病毒“种”是指构成一个复制谱系(replicating lineage)、占据一个特定小生境(ecological niche)、具有多个分类特征的病毒。
这就是说病毒种的分类和命名不是单纯由某一个分类特征、而是由多原则分类特征决定的,包括病毒的基因组组成,病毒颗粒形态结构、生理生化特性和血清学性质等;而病毒种的一个复制谱系则强调了病毒种的系统进化特性,即现今所有的病毒种可能起源于共同的病毒祖先;病毒种所占有的小生境是指某种病毒的特定生物学特性、地理分布、宿主范围、媒介的嗜亲性、致病机理等[8]。
病毒种的命名由几个有实际意义的词组成,但不是单独以宿主名加“virus”构成,当ICTV下属委员会不能肯定一个新的病毒种的分类地位时,新的病毒种可以作为暂定种列在适宜的属和科中;在不考虑病毒属和科的情况下,病毒种名与病毒株一起,均应有明确的含义;如果数字和字母已经用于某一特定病毒种的命名,其数字、字母或其组合可作为病毒种的形容词,现在已知的细菌病毒种名就是由数字和字母组成的,这些细菌病毒通常没有太大的表型上的差异,而且感染相同或相似的宿主;植物病毒种的命名,一般是由宿主名加症状名和“virus”构成。
1.2 病毒属的命名病毒属是一群具有某些共同特征的种。
其属名的词尾为“virus”,但在设立一个新的病毒属时必需有一个同时被承认的代表种(type species)。
1.3 病毒科的命名病毒科是一群具有某些共同特征的属。
科名的词尾为“viridae”,“科”下面可以设立或不设立亚科。
亚科名的词尾为“virinae”。
1.4 病毒目的命名病毒目是一群具有某些共同特征的科,目名的词尾为“virales”。
一般而言,病毒颗粒的形态、基因组组成、复制方式、病毒结构蛋白和非结构蛋白的数量和大小,往往都可以作为病毒科、属命名的依据,而病毒目的命名则与病毒基因组的核酸类型、基因组的单双链、逆转录过程和病毒基因组的极性有关。
此外,病毒颗粒的形态结构和转录策略也可以用作病毒目命名的根据。
2 病毒名称的书写规则在病毒分类系统中所采用的病毒目、科、亚科和属均用斜体字书写或打印,目、科、亚科和属名的第一个字母要大写。
原来规定病毒种名一律不用斜体字书写或打印,种名的第一个字母一般不大写,但在特殊情况下,如病毒种名是来自地名或某个宿主的拉丁科名、属名时,则种名的第一个字母要大写。
但1998年3月ICTV在第27次常务会上,对病毒种名的书写规则又重新作了修订,提出了所有的病毒种名用斜体,第一个词的首字母要大写,其他词除专有名词外首字母一般不大写,同时还规定暂定种(tentative species)不用斜体,第一个字母采用大写[7]。
3 病毒分类系统1995年ICTV在病毒分类和命名第六次报告中共报告了4 000多种病毒,它们分属1个目、49个科、11个亚科、164个属(包括未分科的22个属)[2]。
1996年8月在耶路撒冷第10届国际病毒大会期间,ICTV对第六次报告作了修改和补充,1997年5月ICTV在法国的斯特拉斯堡再次召开常务会议,会上批准的病毒分类系统包括2个目、55个科、189个属(有23个属的分科未定)[9]。
1998年3月ICTV在美国加州San Diego召开了第27次常务会议,又新增添了1个目、6个科、26个属[5]。
最近,根据Pringle惠赠的“Vir us taxonomy-1999”,ICTV已经批准取消乳多空病毒科(Papovaviridae),同时新设立了乳头瘤病毒科(Papillomaviridae)和多瘤病毒科(Polyomaviridae),这样病毒分类系统达到了3个目、62个科。
另外亚病毒感染因子(subviral agent)下设卫星、类病毒和朊病毒,其中类病毒分类有2个科、7个属,类病毒科名的词尾为“viroidae”,属名词尾为“viroid”[5,10]。
国际病毒分类系统见表。
在新近公布的国际病毒分类系统中,所设立的科、属、种的中文名除了参考黄祯祥、侯云德、田波、牛宏舜、朱关福、张成良等人的相关文献外,一些新设立的病毒科、属、种的名称均按照国际病毒命名规则和命名的过程给予了适当的中文名,如:Mononegavirales下设4个科,即副粘病毒科(Paramyxoviridae)、弹状病毒科(Rhabdoviridae)、丝状病毒科(Filoviridae)和博尔纳病毒科(Bornaviridae)。
该病毒目是根据这4个病毒科的RNA基因组具有单分子负极性的共同结构特性而命名的,由希腊字“monos”(single)、“nega”(negative),加上病毒目的拉丁词尾“virales”组成,故称为单分子负链RNA病毒目(Mononegavirales)[11];Nidovirales是以冠状病毒科(Coronaviridae)和动脉炎病毒科(Arteriviridae)的基因组可转录产生一组长短不等的mRNA,即套(nest)亚基因组mRNA而命名的,它由拉丁字“nidus”(nest)加病毒目的拉丁词尾“virales”构成[12]。
对个别确实无法给出适当中文名的病毒名称,将留给国内的病毒学家和同仁进一步研究确定。
表国际病毒分类系统Table The universal system of virus taxonomy(Caudovirales)肌尾噬菌体科(Myoviridae) 细菌“T4噬菌体属”(T4-like viruses) 肠杆菌T4噬菌体(Enterobacteria phage T4) “P1噬菌体属”(P1-like viruses) 肠杆菌P1噬菌体(Enterobacteria phage P1) “P2噬菌体属”(P2-like viruses) 肠杆菌P2噬菌体(Enterobacteria phage P2) “Mu噬菌体属”(Mu-like viruses) 肠杆菌Mu噬菌体(Enterobacteria phage Mu) “SPOl噬菌体属”(SPOl-like viruses) 芽孢杆菌SPOl噬菌体(Bacillus phage SPO1) “H噬菌体属”(H-like viruses) 盐杆菌H噬菌体(Halobacterium virus H) 长尾噬菌体科(Siphoviridae) 细菌“λ噬菌体属”(λ-like viruses) 肠杆菌λ噬菌体(Enterobacteria phage λ)“T1噬菌体属”(T1-like viruses) 肠杆菌T1噬菌体(Enterobacteria phage T1) “T5噬菌体属”(T5-like viruses) 肠杆菌T5噬菌体(Enterobacteria phage T5) “ψM1噬菌体属”(ψM1-like viruses) 甲烷杆菌ψM1噬菌体(Methanobacterium ψM1)“c2噬菌体属”(c2-like viruses) 乳球菌c2噬菌体(Lactococcus phages c2) “L5噬菌体属”(L5-like viruses) 分枝杆菌L5噬菌体(Mycobacterium phages L5) 短尾噬菌体科(Podoviridae) 细菌“T7噬菌体属”(T7-like viruses) 肠杆菌T7噬菌体(Enterobacteria phage T7) “29噬菌体属”(29-like viruses) 芽孢杆菌29噬菌体(Bacillus phage 29) “P22噬菌体属”(P22-like viruses) 肠杆菌P22噬菌体(Enterobacteria phage P22)—古噬菌体科(Rudiviridae) 古细菌古噬菌体属(Rudivirus) 硫化叶菌噬菌体SIRV1(Sulfolobus virus SIRV1)—复层噬菌体科(Tectiviridae) 细菌复层噬菌体属(Tectivirus) 肠杆菌PRD1噬菌体(Enterobacteria phage PRD1)—覆盖噬菌体科(Corticoviridae) 细菌覆盖噬菌体属(Corticovirus) 交替单胞菌PM2噬菌体(Alteromonas phage PM2)—芽生噬菌体科(Plasmaviridae) 支原体芽生噬菌体属(Plasmavirus) 无胆甾原体L2噬菌体(Acholeplasma phage L2)—脂毛噬菌体科(Lipothrixviridae) 古细菌脂毛噬菌体属(Lipothrixvirus) 热变形菌噬菌体1 (Thermoproteus virus 1)—微小纺锤形噬菌体科(Fuselloviridae) 古细菌微小纺锤形噬菌体属(Fusellovirus) 硫化叶菌噬菌体 SSV1(Sulfolobus virus SSV1)—痘病毒科(Poxviridae) 脊椎动物和无脊椎动物脊椎动物痘病毒亚科(Chordopoxvirinae) 正痘病毒属(Orthopoxvirus) 痘苗病毒(Vaccinia virus) 副痘病毒属(Parapoxvirus) 口疮病毒(Orf virus) 禽痘病毒属(Avipoxvirus) 鸡痘病毒(Fowlpox virus) 山羊痘病毒属(Capripoxvirus) 绵羊痘病毒(Sheeppox virus) 野兔痘病毒属(Leporipoxvirus) 粘液瘤病毒(Myxoma virus) 猪痘病毒属(Suipoxvirus) 猪痘病毒(Swinepox virus) 软疣痘病毒属(Molluscipoxvirus) 人传染性软疣病毒(Molluscum contagiosum virus) 亚塔痘病毒属(Yatapoxvirus) 亚巴猴肿瘤病毒(Yaba monkey tumor virus) 昆虫痘病毒亚科(Entomopoxvirinae) 昆虫痘病毒A属(Entomopoxvirus A) 五月鳃角金龟子昆虫痘病毒(Melolontha melolontha entomopoxvirus) 昆虫痘病毒B属(Entomopoxvirus B) 桑灯蛾昆虫痘病毒(Amsacta moorei entomopoxvirus) 昆虫痘病毒C属(Entomopoxvirus C) 淡黄摇蚊昆虫痘病毒(Chironomus luridus entomopoxvirus)—虹彩病毒科(Iridoviridae) 无脊椎动物、脊椎动物虹彩病毒属(Iridovirus) 无脊椎动物虹彩病毒6型(Invertebrate iridescent virus 6) 绿虹彩病毒属(Chloriridovirus) 无脊椎动物虹彩病毒3型(Invertebrate iridescent virus 3) 蛙病毒属(Ranavirus) 蛙病毒3型(Frog virus 3) 淋巴囊肿病毒属(Lmphocystivirus) 淋巴囊肿病病毒1型(Lymphocystis disease virus 1)—藻类DNA病毒科(Phycodnaviridae) 藻类绿藻病毒属(Chlorovirus) 小球藻病毒1(Paramecium bursaria Chlorella virus 1) 寄生藻病毒属(Prasinovirus) 寄生藻病毒SP1(Micromonas pusilla virus SP1) 金藻病毒属(Prymnesiovirus) 金藻病毒PW1(Chrysochromulina brevifilum virus PW1) 褐藻病毒属(Phaeovirus) 褐藻病毒1(Ectocarpus siliculosis virus 1)—杆状病毒科(Baculoviridae) 无脊椎动物核型多角体病毒属(Nucleopolyhedrovirus) 苜蓿丫纹夜蛾核型多角体病毒。