高斯计算常见错误及解决方案
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GAUSSION计算常见错误及解决方案
1. 自旋多重度错误
2. 变量赋值为整数
3. 变量没有赋值
4. 键角小于等于0度,大于等于180度
5. 分子描述后面没有空行
6. 二面角判断错误,造成两个原子距离过近
7. 分子描述一行内两次参考同一原子,或参考原子共线
运行出错
1. 自洽场不收敛 SCF
a. 修改坐标,使之合理
b. 改变初始猜 Guess
c. 增加叠代次数SCFCYC=N
d. iop(5/13=1)
2. 分子对称性改变
a. 修改坐标,强制高对称性或放松对称性
b. 给出精确的、对称性确定的角度和二面角
c. 放松对称性判据 Symm=loose
d. 不做对称性检查iop(2/16=1)
3. 无法写大的Scratch文件RWF
a. 劈裂RWF文件
%rwf=loc1,size1,loc2,size2,……..,locN,-1
b. 改变计算方法MP2=Direct可以少占硬盘空间
c. 限制最大硬盘maxdisk=N GB
4. FOPT出错原因是变量数与分子自由度数不相等。可用POPT 或直接用OPT
5. 优化过渡态只能做一个STEP 原因是负本征数目不对添加iop(1/11)=1
6. 组态相互作用计算中相关能叠代次数不够,增加叠代次数
QCISD(Maxcyc=N)
Default.Rou设置
•在Scratch文件夹中的Default.Rou文件中设置G03程序运行的省缺参数:
• -M- 200MW
•-P- 4
•-#- MaxDisk=10GB
•-#- SCF=Conventional or Direct
•-#- MP2=NoDirect or Direct
•-#- OPTCYC=200
•-#- SCFCYC=200
•-#- IOPs 设置如iop(2/16=1)
Default.Rou设置中的冲突
•Default route: MaxDisk=2GB SCF=Direct MP2=Direct OPTCYC=200 SCFcyc=100 iop(2/16=1) iop(5/13=1)
• ------------------
• # ccsd/6-31G** opt
• ------------------
• L903/L905 and L906 can only do MP2.
问题在于,MP2=Direct!去掉这个设置,CCSD的作业就能进行了。
因此,建议在Default设置中只设置,内存,最大硬盘,等项
振动分析的关键词
振动分析的选项
拉曼光谱Raman
非谐性 Anharmonic 势能函数不是简谐的
内转动,受阻转子 Hinderedrotor 力常数过小的转动
振-转耦合VibRot
振动圆二色性VCD 用于光活性分子
同位素效应,温度,压力 ReadIsotopes 不影响频率数值
算法选项:
解析频率 Analytic
数值频率 Numeric
二阶导数数值Enonly
FREQ的缺省设置是:有解析方式就计算解析频率,不计算Raman性质
MP3,MP4,CISD,CCSD,QCISD等方法没有解析频率,只能算数值频率。
一般各种理论方法下,计算的频率和实验测得频率之间有系统误差,需要用校正因子校正(Scale Factor)
各种方法计算频率的Scale因子
方法:约化因子约化因子
(频率)(ZPE)
HF/3-21G 0.9085 0.9409
HF/6-31G(d) 0.8929 0.9135
MP2(Full)/6-31G(d) 0.9427 0.9646
MP2(FC)/6-31G(d) 0.9434 0.9676
BLYP/6-31G(d) 0.9940 1.0119
B3LYP/6-31G(d) 0.9613 0.9804
SVWN/6-31G(d) 0.9833 1.0079
Freq=ReadIsotopes输入
# 。。。Freq=ReadIsotopes 。。。
Title
0 2
H
O 1 0.98
298.15 1.5 0.8929 温度,压力约化因子
H 2 用质量数是2(程序读取精确值)的同位素
O 18 用质量数是18(程序读取精确值)的同位素
空行
Freq=(ReadFC,ReadIsotopes)
同一方法基组下计算不同同位素的力常数矩阵(Hessian)相同,因此从前面频率计算的chechpoint文件里读取力常数,计算同位素效应的频率和热力学性质,可以节省许多时间。注:同种元素的不同同位素,几何结构是相同的,电子结构也是相同的。
也可以用Freqcheck.exe工具做不同温度,压力,同位素的热力学分析。
数值频率问题
•数值频率计算不需要很大内存和硬盘空间,但是精度较差,时间也长。
Freq=(Numeric,(Step=N))
Step用于指定微分步长,缺省为0.001*5 Angstrom
Freq=Enonly 计算解析一阶导数。数值二阶导数
振动分析中的问题
•振动分析原则上只对稳定点有意义
•振动分析一定要在结构优化相同的方法和基组上进行。
•理论计算的振动频率和试验结果有系统误差,需要乘以Scale因子校正
•考虑相关能方法的解析频率计算需要大的硬盘和内存
Warning -- explicit consideration of 3 degrees of freedom as vibrations may cause significant error
•如果出现这个警告,一般来说是出现两个方面的问题:
1. 优化的结构不够精确,需要用更严格收敛判据优化。
2. 有3个振动模式实际上应该按内转动处理。包括:自由转子模型,受阻转子模型。内转动模式对热力学性质计算有影响,特别是低频模式
稳定点优化中出现小的虚频问题
1。优化的结构还不是局域极小值点,需要用更严格的收敛判据优化。OPT(tight or verytight)
2。对应转动模式的虚频,可以用稍微修改转动模式对应的二面角,使之合理。
3。用OPT=CalcAll来计算
结构优化和频率计算中的常见错误
1. 自洽场不收敛 SCF Convergence Failure
a. 修改坐标,使之合理
b. 改变初始猜 Guess
c. 增加叠代次数SCFCYC=N
d.先用较松的SCF判据优化结束后再用正常SCF判据优化
e.不管不收敛,继续计算,iop(5/13=1)
f. 尝试用SCF=qc算法
2. 分子对称性改变a. 修改坐标,强制高对称性或放松对称性b. 给出精确的、对称性确定的角度和二面角如对Td对称性,二面角值给为,109.47122 度 c. 放松对称性判据 Symm=loose d. 不做对称性检查NoSymm或iop(2/16=1)
3. FOPT出错原因是变量数与分子自由度数不相等。可用POPT 或直接用OPT
4. 超出最大优化圈数Step Exceed
•检查分子结构是否合理,如合理可增加循环圈数,OPTCYC=N
•读取Checkpoint文件最后几何,继续优化。
•选取上次优化过程中最好的几何结构继续优化。GEOM=(step=n)
5. 无法写大的Scratch文件RWF
a. 劈裂RWF文件%rwf=loc1,size1,loc2,size2,……..,locN,-1
b. 改变计算方法
c. 限制最大硬盘maxdisk=N GB 6. 组态相互作用计算中相关能叠代次数不够,增加叠代次数QCISD(Maxcyc=N) CCSD (Maxcyc=N)等。